3LZMA

Structural studies of mutants of t4 lysozyme that alter hydrophobic stabilization
Total Genus 57
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH2 (39-50)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH4 (83-90)AH6 (108-113)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Structural studies of mutants of T4 lysozyme that alter hydrophobic stabilization.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3lzmA00
2F2QA 3DN1A 2B75A 1B6IA 2B7XA 1P5CA 3CDVA 1C60A 4W54A 2LZMA 2O4WA 3F8VA 148LE 1OWYA 4YX7C 1D3FA 2B6ZA 2F32A 129LA 1LYEA 1L05A 1PQMA 1P36A 1L52A 3HT7A 1LGUA 3HU9A 1P3NA 140LA 1L58A 4DAJA 258LA 259LA 1L28A 3LZMA 234LA 4I7RA 122LA 2LC9A 1PQDA 1QT7A 3HDFA 4W55A 1QTDA 252LA 1C6GA 1L70A 184LA 3HTBA 260LA 4W57A 1C67A 1QT6A 1L82A 3DN4A 4ARPA 1LWKA 170LA 1C62A 1L76A 1L39A 3OE6A 1QS5A 1PQOA 1G1VA 1JTMA 1CU2A 2OE4X 3PBLA 102LA 1L90A 1L29A 1L63A 214LA 3HH3A 1LI6A 3OE9A 1L77A 1DYBA 254LA 118LA 4ARQB 137LA 167LA 1L66A 4E97A 1KNIA 1QTZA 3GUKA 1LYJA 1L36A 1T6HA 1L24A 2NTGA 1ZURA 3HTDA 4DJHA 1L31A 176LA 249LA 4EKSA 1G0QA 3HH5A 3DN2A 1G0KA 1OWZA 1P56A 174LA 253LA 3DMXA 1L79A 2O79A 1CU0A 2RB0X 3SB8A 1LYFA 1C6EA 3C8RA 1QUGA 227LA 192LA 1JTNA 5LZMA 189LA 110LA 1L18A 1C65A 1JQUA 1T8GA 112LA 115LA 1L99A 1QTVA 1P2LA 3VW7A 114LA 3C8QA 146LA 205LA 3C8SA 166LA 244LA 2LCBA 1QT8A 1L72A 178LA 1P46A 1QT3A 1KY1A 3L64A 1L62A 1L96A 3PDSA 1PQKA 2RH1A 1L67A 1L81A 187LA 1KY0A 1EPYA 1C6HA 111LA 1CX7A 3NYAA 4I7NA 4IAPA 257LA 242LA 3SB5A 1L21A 2B73A 2OTYX 4YXAC 1G0MA 4ARLA 4YXCA 1C61A 3F9LA 1I6SA 3DNAA 3SBBC 1C6AA 128LA 1L59A 103LA 4ZPUA 183LA 1T8FA 196LA 1G0JA 1P37A 1CX6A 2Z6BA 1PQJA 1C6QA 1C6PA 1T8AA 1QSBA 250LA 247LA 3DN0A 2B6YA 2B6TA 1PQIA 4I7PA 2IGCA 3G3XA 198LA 1L84A 1OYUA 155LA 3GUPA 3DMZA 1L73A 1L49A 143LA 228LA 3C82A 3OE8A 3HH6A 1OV5A 109LA 2RBNA 255LA 197LA 1LPYA 2OEAX 1C64A 1L20A 4AQNA 1C6NA 1SSYA 1OVKA 212LA 3JR6A 1KW7A 1G1WA 1QTBA 200LA 1C6FA 1L02A 177LA 232LA 3DN8A 1C63A 3CDQA 4W58A 1LLHA 4PK0A 1L13A 1SWZA 7LZMA 159LA 1NHBA 4ARQA 1L14A 2QARC 186LA 4LDOA 145LA 4I7SA 1L91A 4I7OA 1L04A 1P7SA 1QUHA 2RB2X 1L11A 2Q9DA 1L01A 1QS9A 190LA 3HTFA 1DYGA 1L32A 4I7JA 1L35A 2RBPA 1QT4A 1C6JA 1L37A 3HH4A 3QAKA 213LA 2HUKA 4I7LA 126LA 156LA 1L22A 180LA 138LA 3FADA 3GULA 1C6TA 3CDTA 219LA 195LA 1L68A 3L2XA 1LYIA 1L45A 1P64A 4PJZA 3C83A 1L38A 1LGXA 1C6KA 1CV1A 229LA 3HUQA 1C6IA 1L46A 2RAZX 1L95A 1L08A 3HUAA 131LA 3C7YA 1C6DA 119LA 175LA 1TLAA 239LA 1D3NA 1L50A 1G06A 4W53A 1CVKA 2B6XA 3G3WA 1L86A 2B72A 201LA 225LA 1QSQA 5I14A 1L30A 4EKPA 1XJUA 1DYEA 1LW9A 2RBOA 4S0WA 2O7AA 3HDEA 1LYDA 2B74A 238LA 1C6CA 157LA 209LA 3GUMA 1CTWA 2RB1X 188LA 3C7ZA 1L06A 1L16A 1L69A 4EPFA 1L25A 1L87A 1QTCA 1QUDA 1L64A 1L54A 4EPIA 4I7TA 1CV5A 2ANVA 4GBRB 1D2WA 1DYAA 4I7KA 1L61A 3CDRA 3DMVA 123LA 1SX7A 1L19A 1C6LA 1L15A 2RBQA 4W52A 4ARMA 240LA 147LA 158LA 1QUOA 3HU8A 3C80A 3G3VA 1L65A 1L83A 2OE9X 1L75A 3V2YA 181LA 1L94A 4DKLA 1L80A 3HT9A 1L48A 3GUJA 172LA 3SBAA 4I7QA 1C6MA 1ZYTA 3C81A 246LA 2RBSA 2QB0B 217LA 4EKRA 1P2RA 2RAYX 4ARMB 1L47A 2HUMA 165LA 139LA 1L60A 161LA 191LA 107LA 3V2WA 1L12A 4ARJA 125LA 150LA 2F47A 1SX2A 1CUQA 1C66A 1L33A 1L42A 1LYGA 4W59A 173LA 3UONA 2A4TA 221LA 1D2YA 1KS3A 1L23A 2B6WA 1CU6A 2ANXA 3K2RA 142LA 1L0KA 6LZMA 1L53A 1K28A 1G0PA 1D3MA 1L56A 151LA 4LZMA 1L57A 2B70A 1L74A 3DN6A 2Q9EA 1OVHA 1LI2A 1L97A 4LDLA 1LWGA 236LA 130LA 1CU3A 144LA 3SB6A 127LA 3ODUA 251LA 4K5YA 171LA 3CDOA 1L0JA 3SB9A 4GRVA 2L78A 152LA 1T97A 1SSWA 1SWYA 2NTHA 4LDEA 4W51A 2HULA 3DN3A 1D3JA 1L00A 1L07A 4EKQA 1KW5A 1L26A 104LA 3FI5A 3SN6R 1L44A 1CV3A 2RBRA 1L51A 3EMLA 237LA 1L17A 3GUNA 2OU8A 1LI3A 1XJTA 3NY9A 141LA 1L40A 231LA 1L85A 2OTZX 1OVJA 1DYDA 108LA 1WTHA 1QTHA 262LA 1P6YA 162LA 164LA 149LA 3RZEA 1ZWNA 1CU5A 1G0GA 3FA0A 1CV4A 1G07A 1L55A 1DYCA 233LA 211LA 1C68A 1OV7A 215LA 256LA 1L03A 3GUOA 220LA 1LGWA 2OU0X 243LA 113LA 3NY8A 1CV6A 1C69A 1L34A 3DKEX 1D9WA 1L92A 1L43A 3HT6A 199LA 4OO9A 3HWLA 1DYFA 2OU9A 1LYHA 1C6BA 235LA 2CUUA 1L71A 1L98A 224LA 4W56A 1XEPA 168LA 1CUPA 1L27A 185LA 3RUNA 230LA 1G0LA 210LA 1L10A 4I7MA 241LA 3GUIA 160LA 169LA 1L93A 3HUKA 1QT5A 3OE0A 182LA 163LA 245LA 4EJ4A 3SB7A 2OE7X 4EXMA 216LA 3HT8A 1L41A 3HTGA 218LA 1L89A 1CV0A 206LA 223LA 3C7WA 1L09A 261LA 1L88A 248LA 120LA 226LA 3D4SA 222LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DN1A 1JPOA 1JTTL 2LZMA 2XTHA 4XJDA 3F8VA 1OWYA 1LHLA 1XGPC 3P68A 2B6ZA 4KT3A 1HNLA 4LT0A 1XGTC 4ZEEA 1P36A 1LGUA 5HNCA 2PC2A 3A92A 2LZ2A 1LHKA 4HTNA 1L28A 234LA 3WW6A 1LMAA 1C6GA 1HEOA 1L70A 4FJRA 4H8XA 5I5QA 5KXWA 6LYZA 2YBNA 1OUHA 4NGYA 1B7NA 1GBZA 3WW5A 1GB0A 1L82A 1IP4A 4ARPA 1C62A 1L76A 1VFBC 4NGZA 1GBYA 3ULRA 1A2YC 3PBLA 1L90A 214LA 1L77A 1B5VA 3RW8A 254LA 4ARQB 2F30A 167LA 3AJNA 4DDBA 4QY9A 5FCPA 4DDCA 1WQQA 4EKSA 5DN5A 5KXZA 1P56A 3AB6A 1LZ8A 3E3DA 7LYZA 3OK0A 2LHMA 1B5UA 1LMCA 3A94A 189LA 110LA 1IEEA 2B5ZA 1ALCA 2HEDA 1JQUA 2EIZC 1MLCE 115LA 1OUAA 1DZBX 1JEFA 1HFYA 3VW7A 3C8QA 4Z46A 1LJEA 244LA 1JJ3A 5I53A 1L72A 178LA 5C6IA 1P46A 3L64A 1WTMA 1L96A 1IOTA 1PQKA 2RH1A 1CX7A 1YROA 3EO5A 1LAAA 3T6UA 1FDLY 3P66A 3TXKA 1G0MA 4NHSA 5KXNA 3TXIA 1B7PA 1I6SA 3DNAA 3QNGA 5E4PA 1XFPL 3AZ7A 1NHEA 1G0JA 5LYZA 1SQ2L 1IP7A 2Z6BA 5DN4A 1C6QA 2BQGA 2Z2FA 1V7SA 198LA 2IGCA 3G3XA 3P4ZA 3WYHA 4PRQA 1QSAA 143LA 3OE8A 3HH6A 109LA 2OEAX 5F81A 1I56A 1YANA 1G1WA 200LA 1EL1A 1L02A 4DWXA 1LJGA 3P64A 4PGJB 3CDQA 4W58A 1GB8A 1L13A 2FYDA 4ARQA 4C3WA 1IWWA 2QARC 4I7OA 5J7CA 4YEMA 1P7SA 1QUHA 2G4QA 4RW2A 1XGRC 1GB7A 2MEFA 1FLWA 3AZ6A 4NSIA 5LVKA 1LKRA 4H92A 1OUBA 2RBPA 1QT4A 1C6JA 1B7MA 1L37A 1REMA 4N1EI 5L3IA 1YILA 213LA 1LYYA 138LA 195LA 1DPXA 5KXKA 1P2CC 3AW6A 4GCFA 1BQLY 4G49A 3HUAA 1T6VL 3RT5X 3C7YA 4N5RA 1C6DA 175LA 1JKDA 1LJIA 4XENA 1VATA 1A4VA 3WVXA 1G06A 1LHHA 4LYZA 4W53A 1BWIA 1JKAA 1CVKA 2B6XA 1L86A 2DBTA 1QSQA 5I14A 1L30A 2RBOA 1DYEA 4NEBA 1KIRC 1GE0A 5FEKA 1C6CA 3GUMA 1LMOA 2RB1X 1L06A 1L16A 2DQCY 2Z39A 1L87A 1WQMA 3CSRA 4NSJA 4NGVA 1J1PY 4ANRA 1MELL 1C7PA 5EBHA 3DMVA 2BQJA 4B0DA 1HHLA 1L19A 4ARMA 147LA 158LA 5F9XA 5L3HA 2CWIA 4L41A 1L65A 2W1LA 1L83A 3A91A 4DC4A 1L94A 4DKLA 4XJFA 3TMXA 1CKHA 1L48A 3GUJA 172LA 1JTOL 3SBAA 1VEDA 3TXGA 2QB0B 135LA 5F14A 217LA 2RAYX 1YIKA 5DL9A 5KY1A 3OJPA 1IVMA 1L60A 4NWHA 3V2WA 4ARJA 4N9RA 4GCEA 1SX2A 1C66A 1L33A 1L42A 1ZVYB 2BQAA 173LA 3UONA 1GFUA 2A4TA 4XJIA 4WL7A 1KS3A 4WO9A 1QDTA 5A3ZA 142LA 1L53A 5FHWA 1RI8B 1GF5A 1JISA 5II3A 5LYMA 3N9EA 4DD7A 4H93A 1IWXA 1OVHA 1GFKA 1LI2A 2BQBA 1L97A 4LDLA 2BQNA 1CU3A 4W96A 2F2NA 132LA 1VDQA 4K5YA 1NMMA 1REXA 2W1YA 3SB9A 3WMKA 2YSSC 152LA 3AZ5A 1DPWA 1IX0A 1SSWA 1SWYA 2NTHA 1GBXA 1C43A 1L07A 3B72A 1KW5A 4HPIA 1LTMA 1UIGA 4B4IA 3SN6R 5LAGA 1QIOA 1CV3A 1GHLA 3EMLA 237LA 2N5ZA 1L17A 2OU8A 2HTXA 1OVJA 1P6YA 4LZTA 4DQ5A 149LA 3RZEA 5FDJA 5KXSA 1CU5A 3FA0A 1IC7Y 3TXEA 1CV4A 1G07A 1L55A 2BQMA 1B7OA 3CQLA 2WARA 1LGWA 1IC4Y 1CV6A 4DD1A 1G7MC 1D9WA 1IY4A 1AZFA 1L43A 3HT6A 4KXIA 1OUIA 4TX7A 2OU9A 1C10A 1LYHA 1C6BA 4WM3A 1DKJA 2HUBA 5LVJA 4ETCA 1NKHA 4RDSA 1F0WA 2D6BA 4H9AA 168LA 1CUPA 1IR7A 1LZ6A 1L10A 193LA 3GUIA 1LZCA 160LA 1L93A 1LZAA 3OE0A 5LVHA 3SB7A 4EXMA 216LA 5APCA 3HTGA 3W6CA 3WPLA 2BQCA 2CDSA 4NFVA 248LA 5LAFA 5KXOA 1RJCB 1B6IA 3CDVA 1C60A 3LYOA 1GPQC 2O4WA 4KPMA 4HPEA 1D3FA 2F32A 129LA 2MEAA 5I4WA 1L05A 5ILFA 1GEZA 5B59A 1L58A 3FE0A 2D91A 122LA 4HJVA 5LINA 4WG7A 3LYTA 4W57A 1LOZA 1LWKA 3LHMA 5T3FA 3D3DA 3M3UA 3QY4A 1QS5A 4WL6A 3W6DA 102LA 3WULA 1L29A 3HH3A 1DYBA 1WQPA 137LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3DN1 A;  1JPO A;  1JTT L;  2LZM A;  2XTH A;  4XJD A;  3F8V A;  1OWY A;  1LHL A;  1XGP C;  3P68 A;  2B6Z A;  4KT3 A;  1HNL A;  4LT0 A;  1XGT C;  4ZEE A;  1P36 A;  1LGU A;  5HNC A;  2PC2 A;  3A92 A;  2LZ2 A;  1LHK A;  4HTN A;  1L28 A;  234L A;  3WW6 A;  1LMA A;  1C6G A;  1HEO A;  1L70 A;  4FJR A;  4H8X A;  5I5Q A;  5KXW A;  6LYZ A;  2YBN A;  1OUH A;  4NGY A;  1B7N A;  1GBZ A;  3WW5 A;  1GB0 A;  1L82 A;  1IP4 A;  4ARP A;  1C62 A;  1L76 A;  1VFB C;  4NGZ A;  1GBY A;  3ULR A;  1A2Y C;  3PBL A;  1L90 A;  214L A;  1L77 A;  1B5V A;  3RW8 A;  254L A;  4ARQ B;  2F30 A;  167L A;  3AJN A;  4DDB A;  4QY9 A;  5FCP A;  4DDC A;  1WQQ A;  4EKS A;  5DN5 A;  5KXZ A;  1P56 A;  3AB6 A;  1LZ8 A;  3E3D A;  7LYZ A;  3OK0 A;  2LHM A;  1B5U A;  1LMC A;  3A94 A;  189L A;  110L A;  1IEE A;  2B5Z A;  1ALC A;  2HED A;  1JQU A;  2EIZ C;  1MLC E;  115L A;  1OUA A;  1DZB X;  1JEF A;  1HFY A;  3VW7 A;  3C8Q A;  4Z46 A;  1LJE A;  244L A;  1JJ3 A;  5I53 A;  1L72 A;  178L A;  5C6I A;  1P46 A;  3L64 A;  1WTM A;  1L96 A;  1IOT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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