3RNXA

Crystal structure of lysozyme in 30% ethanol
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Lysozyme in 30% ethanol
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3rnxA00
5KXXA 4I8SA 1IP2A 1GDXA 1INUA 4EOFA 1V7TA 5I5QA 1LZAA 2HECA 5KXKA 3AZ5A 3WULA 4MSTA 3WW6A 1GFVA 2Z2FA 4GCDA 4WL7A 1CKHA 1LHMA 1CKFA 1LZGA 3P68A 1LHKA 4CFOA 4HTNA 4B1AA 1QUTA 3WMKA 1GWDA 1JSEA 4NGKA 1JKCA 3IWRA 4AXTA 1ZMYL 1HSWA 1CJ6A 2HU3A 1HMKA 1JIYA 3RU5A 1RJCB 5HNLA 3CT0A 1LZBA 4CHXA 3D9AC 1IOTA 1I56A 1BWJA 3ZVQA 2H5ZA 3TXIA 4J0LA 4NGYA 1B7SA 1FBIX 3N9EA 4OWCA 1MELL 1GHLA 2Z38A 3WVXA 2FBDA 1CJ7A 1VATA 2BQJA 2DKVA 2PC2A 2F2NA 3WU7A 4DC4A 1IOQA 2Q0MX 5F81A 4L41A 1GBWA 4H9CA 1DKKA 1JJ0A 4H9EA 3ZEKA 1YAQA 1G7LC 4WO6A 4DDBA 2HEDA 1WQNA 3VWOA 1LYZA 2F4GA 1HEOA 1IC4Y 1BWHA 2LYMA 4WM2A 1FN5A 1GFHA 5APFA 4N5RA 5F14A 1OUEA 1B5WA 2ZWBA 3A34A 3HBHA 4N1EI 1YANA 4GLAA 1B7QA 5FDJA 1BVXA 4OOTA 5KXMA 3W3EA 4DWXA 1FLQA 1LZ6A 4YM8A 2ZQ3A 4XN6A 4X3BA 4LYTA 5HMVA 2YBMA 3A67Y 2LYZA 1VEDA 2DBTA 4OWEA 2ZIKA 1IP6A 2W1MA 4MR1A 3WVYA 1KXXA 4HSFA 4LGKA 4RLNA 4XADA 5I4XA 3CT5A 1EQ4A 4NGVA 1GB3A 3B0IA 4WG1A 4U3XB 2G4QA 1B5UA 4UWVA 1YKZX 1HFYA 4LYMA 1UIEA 4LFXA 5LVJA 1LSDA 1XGUC 194LA 1GAZA 1LZEA 3WXUA 1DXJA 8LYZA 1B7MA 1GF5A 1IEEA 3P4ZA 1LSZA 2BQGA 3EXDA 2DQJY 4WM4A 1TEWA 1NDGC 2ZYPA 1BB3A 1BHZA 2IFFY 3A3RX 1N4FA 2BQNA 2XJWA 3CSQA 5LYZA 1BGIA 4HTKA 1HHLA 5DLAA 4Z41A 1B0DA 5KKJA 1GEVA 1OUAA 1RE2A 3AB6A 1GB2A 4DDCA 5II3A 2Z2EA 3M18B 1YAMA 1LKRA 1LZDA 1XGTC 3HBEX 4HV1A 1HENA 1CNSA 1NDMC 1RFPA 1HFZA 1LMAA 4B4IA 1OUJA 1CKGA 3WUNA 1D0MA 1LJNA 3B72A 1SLYA 2ZQ4A 1IP5A 4XJIA 1LJHA 6LYZA 4XENA 5K7OA 1YAOA 2FYDA 2LZ2A 1IR9A 1UIDA 4P2EA 1EL1A 1LHJA 4H8ZA 2BLYA 2VB1A 3RNXA 1C43A 2YBNA 1LJGA 5F9UA 1WTNA 1GBOA 4WOAA 4DT3A 4TX7A 4GCCA 3G3AB 1GPQC 1VDPA 1GXXA 2HUBA 1UUZC 4KT3A 1GFRA 1H6MA 2MEGA 4TUNA 3AJNA 1JTPL 4GN4A 1B5ZA 3FE0A 4H93A 2CWIA 3CT1A 1BB4A 4J1BA 1VDTA 1REZA 1GD6A 4IASA 4CJ2A 3LYOA 1G7JC 2YBHA 3TXKA 1IY4A 1NWGA 1H87A 4NIJA 4BAPA 5I4YA 2I26L 1DKJA 4H94A 4ZFPA 5KXWA 4ANRA 2MEIA 3QE8A 1C10A 1GFUA 1IWUA 1F10A 2WARA 1LJEA 5KY1A 2XTHA 1C7PA 1LSGA 1B7LA 2Z37A 2D91A 2CJLA 2HEFA 4RW2A 5I53A 4CFPA 5KXPA 1JKDA 2LYOA 1YQVY 1NF5A 5IELA 4IATA 4HPEA 4GCEA 1TAYA 5KJ9A 1J1OY 5LIOA 4LFPA 1VDSA 1NKHA 1G7HC 2BQHA 1P2CC 3KAMA 1BB7A 1C45A 1QTEA 1B5XA 4KXIA 1XGQC 3AW6A 4XJDA 1F0WA 1T3PA 1GE0A 4LT1A 1GXV2 2EIZC 2CDSA 4HJZA 1WQMA 2BQLA 4NGOA 2XBRA 1GF3A 1VFBC 1GFTA 1JHLA 1LTMA 3B6LA 1UIFA 3OK0A 3CSRA 1IX0A 5B07A 4ZEEA 5F9XA 1IP3A 1REXA 1KIQC 4MCKA 4R6CA 5HLLA 4O34A 4BADA 1DI4A 1LMNA 1LSEA 4NSJA 1ZVHL 1LJKA 1LZTA 1AKIA 2D6BA 4H1PA 1D6QA 2RSCA 1JITA 1B5VA 1BB6A 4NHQA 1I1ZA 3A92A 4UWUA 2H9KA 208LA 1TBYA 4NHIA 3WH1A 2D4IA 1IP4A 1B7OA 4LYBA 1IIZA 4B0DA 1REYA 1D0KA 1GFKA 1OUDA 4YEOA 1UA6Y 4M6DA 1WQPA 1YAPA 1JWRA 2YSSC 5F16A 5LINA 4NY5A 1HNLA 1JPOA 134LA 9LYZA 1LJIA 1GB8A 1YILA 2BQEA 4PRUA 1OUHA 2BQMA 2N5ZA 3TMXA 2MEFA 2B5ZA 3AZ7A 1QQYA 1WQQA 4NGWA 2FBBA 4NGZA 5LYTA 1IO5A 1ZVYB 5B1GA 5LVHA 1GBXA 4DD7A 4HPIA 1LYOA 3WXTA 5HQ1A 4J1AA 3A93A 1GFJA 4H90A 4G4HA 2NWDX 4NHSA 2IHLA 4NWEA 153LA 1GF7A 1LHLA 2G4PA 1D9UA 3A96A 5E4PA 1GDWA 3TXJA 1KXWA 5L9JA 5ILCA 1W08A 2MEHA 4GCBA 4NGIA 2MEDA 4J7VA 1SQ2L 1NBZC 4GCFA 2MEEA 5L3HA 1OUFA 4CGEA 2Z12A 4GN3A 2ZYCA 5FEKA 1WTMA 1QDTA 2HU1A 5D5CA 3B0KA 1JTTL 1LSNA 4LT0A 5IDDA 1HMLA 4M4OA 2BQFA 1QUSA 4PPOA 3TXDA 4HJYA 5KXRA 4I0CA 5FELA 2BQOA 2ZNXY 4LT3A 4LZTA 1XGPC 1BVKC 1LSBA 3TMWA 1GE2A 3AYQA 3WL2A 1LSYA 1UIGA 5LAFA 1JJ3A 1JUGA 3CSZA 3GXRA 4E3UA 4Z98A 1CJ8A 4N1CC 4DD1A 5DN5A 1D0LA 4NEBA 1UICA 1KXYA 5FHWA 3A94A 5APEA 1QSWA 4NHPA 5HMJA 3A6CY 2D4JA 1EQEA 4FDYA 1AT6A 3A6BY 5LVGA 1LZ9A 1VDQA 4WLTA 1LSPA 3TMUA 1DI3A 3HFMY 1OUIA 1TDYA 4WMGA 5I54A 5B59A 1GF6A 1IWTA 1ZV5L 3A95A 4NWHA 1LZ1A 5KXYA 4DDAA 3WW5A 4GLVA 4NHTA 4ETDA 4OWBA 4QDNA 5C6IA 4H9HA 4GN5C 1LMPA 3W6BA 1BB5A 4N0JA 1WVUA 1HERA 3M3UA 4NG8A 3W6DA 3QNGA 3RW8A 1FLUA 1Z55A 4OW1A 4ET8A 1EQ5A 1LAAA 4W94A 1GFEA 4A7DA 3LN2A 2DQFC 1B7RA 2HEEA 3OJPA 1PZYA 4N9RA 3WPLA 4B4JA 1V7SA 1LZSA 2W1XA 4LYCA 1OQMA 3WPJA 3P65A 4ZIXA 5M1YA 1REMA 4ET9A 1GF4A 4BAFA 5J7CA 1A4VA 3ATNA 4G4BA 3WUAA 132LA 1HEQA 1LYYA 4Z3MA 1GBZA 3IJVA 4YF2A 2LHMA 1IORA 2Z19A 1LZ8A 3LYZA 2CGIA 1G7IC 3A8ZA 2F30A 3CQLA 1XFPL 4ML7A 1IWXA 4NSIA 1XEIA 3W6EA 4NGLA 5DL9A 4ETAA 4R0FA 4XJBA 1NQIA 1D6PA 3ZVQB 3P64A 3WU9A 2GV0A 2H9JA 1NHEA 1IVMA 2ZNWY 5B1FA 1IWZA 1DZBX 3EBAB 4D9ZA 2YBJA 4UWNA 5IHGA 4XYYA 2BQIA 1B9OA 3WPKA 4PGJB 1IWVA 3FI7A 1RCMA 4YEMA 1UC0A 2BQBA 1IOSA 3TMVA 1T6VL 3E3DA 4HTQA 1B7NA 1QDRA 1AT5A 3F6ZA 2Z18A 1OUCA 3LZ2A 3EMSA 1J1PY 3N9CA 4II8A 3WUMA 1GF8A 1FDLY 3A91A 4DD3A 4RW1A 4TSCA 3AGHA 2BQKA 1LZYA 133LA 3ATOA 5LVIA 4H9FA 3D3DA 3LHMA 1O23A 2A7FA 2YVBA 1LSAA 4H8XA 2FYCA 3TXEA 5I4WA 5ILFA 6LYTA 1LMTA 2DQCY 2YBIA 2X0AA 4TTDA 1MLCE 1NBYC 4XJFA 3TXHA 3TXFA 4WM5A 2MEAA 3A3QA 1FLWA 2YDGA 4B49A 1GBYA 4PHIA 1GB7A 3A90A 5LXWA 1UIHA 1F6RA 5L3IA 2BAAA 1HEWA 1A2YC 4WL6A 1ALCA 1GB5A 1DI5A 1IWWA 5LA8A 4DD2A 2DQHY 1HF4A 1WVVA 2G4NA 7LYZA 1UIBA 3N9AA 4RLMA 2EKSC 1VAUA 5AMYA 5T3FA 1HEMA 2I25L 4H92A 2HEAA 1B5YA 3AGGG 4H9BA 3G3BB 4OOOA 4YENA 2D4KA 1FKQA 3T6UA 5C6JA 3LYTA 2DQDY 1LZ5A 4C5FA 3CB7A 4HP0A 4WM1A 1LMQA 2MECA 1JSFA 5KKIA 1J1XY 3AGIA 1HEPA 1QIOA 1LPIA 4G9SA 1LJFA 1XEJA 4N8ZA 3GXKA 1W6ZA 1YROA 5EBHA 1UIAA 4WM3A 5JENB 4NG1A 1B2KA 4Z46A 1GF9A 4H91A 3QY4A 3BKVA 1LSMA 4LYOA 5LYMA 4LYZA 4OWHA 1JEFA 1LJ3A 2ZIJA 5FSTA 3W6AA 135LA 5A3EA 5HNCA 1GE3A 1LKSA 1UCOA 1DPWA 2W1YA 1GB6A 4G49A 4OWAA 1LCNA 1LMCA 2YBLA 4HV2A 4W96A 5KXOA 1JTOL 1OP9B 1YL0X 4H8YA 3MGWA 3P66A 1CKDA 4ETBA 2BQCA 193LA 1G7MC 4LT2A 1KIPC 1YIKA 5B05A 1BWIA 1LHHA 3T36A 4DD9A 3TXGA 2F4AA 2HTXA 4YOPA 1HFXA 4TSBA 4DYGA 1HELA 4C3WA 3SP3A 5KXLA 5KXZA 1FKVA 4IJ4A 4KPMA 4H9IA 2BPUA 2C8PA 3BKHA 5APDA 1GFAA 2A7DA 4PRQA 3RT5X 1B7PA 1DQJC 1GFGA 1WQOA 1IP1A 4RDSA 1LJJA 1GEZA 1QTKA 1IY3A 1HSXA 1E8LA 2EQLA 4AGAA 4EMNA 1OUGA 1LZRA 3W6CA 5LAGA 1GB9A 1GAYA 1GE4A 1LZCA 1LSFA 4WLXA 1LZ4A 5LVKA 1IR8A 1AM7A 4NSGA 1GBSA 1IC5Y 1LSCA 2DQAA 4QGZA 1RI8B 3EO5A 3WYHA 1UACY 2DQIY 1LZNA 1FLYA 4PJ2C 1GB0A 3W6FA 1CKCA 2ZILA 1WQRA 2AUBA 2DQGY 1YKYX 1CJ9A 3IJUA 2W1LA 4TWSA 5DN4A 3ULRA 5C6LA 207LA 1JJ1A 2MEBA 4QEQA 2XBSA 3B0OA 3K3TA 1IWYA 1PS5A 2EPEA 2Z39A 3J4GA 4KL7A 1C46A 1IOCA 5B06A 3J6KA 4ETCA 1JISA 1XSFA 1JKAA 2BQAA 1F6SA 1XEKA 2I6ZA 1LMOA 4QY9A 5KXNA 5KXSA 1YKXX 1IP7A 1NMMA 1TCYA 3TXBA 4B4EA 4XJGA 1LYSA 2Y8PA 5KXTA 4WLDA 1QSAA 5APCA 3WU8A 1I20A 2C8OA 4H9AA 154LA 3AZ4A 1GF0A 4WO9A 4XJHA 1IC7Y 1XGRC 1LJ4A 2DQEY 1OUBA 2HEBA 1LHIA 5E9RA 1JKBA 1BQLY 1DPXA 4G4CA 1HC0A 1LOZA 4HJVA 4WLYA 4NSHA 5LA5A 1AZFA 1YL1X 2BQDA 5FCPA 1UBZA 3RZ4A 4WM6A 1KIRC 4NGJA 4NFVA 2LZTA 1IR7A 3LYMA 5D5FA 3HBDA 5DM9A 1C08C 5A3ZA 1GE1A 2BLXA 3AZ6A 4ETEA 4WG7A 4BS7A 3AW7A 3LZTA 4FJRA 4DD0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RUNA 1QUDA 1QUGA 4YXCA 3D4SA 5KXKA 1G0LA 2IGCA 2Z2FA 4EKRA 1PQJA 2RH1A 3P68A 1L87A 4ARMB 4B1AA 2B6TA 3RU5A 1L72A 1L53A 1LZBA 4CHXA 1IOTA 1JTNA 1L36A 1QS9A 1L33A 1GHLA 2FBDA 161LA 215LA 2DKVA 5LZMA 4DC4A 1IOQA 107LA 4H9CA 146LA 1DKKA 1JJ0A 4I7NA 4WO6A 2HEDA 1WQNA 251LA 3VWOA 3GUJA 4ARPA 1L07A 1FN5A 2ZWBA 4GLAA 1B7QA 1C6GA 1BVXA 5KXMA 1LZ6A 3HTDA 2ZQ3A 4LYTA 1L75A 191LA 2YBMA 3A67Y 2LYZA 1C60A 2DBTA 3FADA 2W1MA 4LGKA 5I4XA 4NGVA 180LA 4WG1A 187LA 1C6DA 1L14A 1LGUA 1GAZA 130LA 1KW7A 8LYZA 1T6HA 213LA 2DQJY 1L13A 2IFFY 5LYZA 4HTKA 1RE2A 1QTHA 3AB6A 3M18B 122LA 1LZDA 1PQKA 1NDMC 3C83A 1OUJA 3B72A 1SLYA 6LYZA 4XENA 1IR9A 1UIDA 1D3JA 1EL1A 1C43A 2QB0B 4LDOA 1GBOA 4TX7A 1GPQC 1GXXA 2MEGA 1B5ZA 1L35A 1VDTA 1P2RA 1NHBA 1DKJA 4H94A 4ANRA 3GUOA 3QE8A 2WARA 1IWUA 4EPIA 1LJEA 2CJLA 206LA 5I53A 1JKDA 1G0PA 2LYOA 250LA 1CU0A 1VDSA 229LA 1G7HC 2BQHA 4XJDA 1L76A 2B6XA 1L84A 4LT1A 249LA 4NGOA 1T8GA 1OWYA 3L64A 1JHLA 4DQ7A 3DN8A 158LA 1L59A 5B07A 1IX0A 1L32A 234LA 1L16A 5F9XA 4BADA 1LMNA 1LZTA 4H1PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5KXX A;  4I8S A;  1IP2 A;  1GDX A;  1INU A;  4EOF A;  1V7T A;  5I5Q A;  1LZA A;  2HEC A;  5KXK A;  3AZ5 A;  3WUL A;  4MST A;  3WW6 A;  1GFV A;  2Z2F A;  4GCD A;  4WL7 A;  1CKH A;  1LHM A;  1CKF A;  1LZG A;  3P68 A;  1LHK A;  4CFO A;  4HTN A;  4B1A A;  1QUT A;  3WMK A;  1GWD A;  1JSE A;  4NGK A;  1JKC A;  3IWR A;  4AXT A;  1ZMY L;  1HSW A;  1CJ6 A;  2HU3 A;  1HMK A;  1JIY A;  3RU5 A;  1RJC B;  5HNL A;  3CT0 A;  1LZB A;  4CHX A;  3D9A C;  1IOT A;  1I56 A;  1BWJ A;  3ZVQ A;  2H5Z A;  3TXI A;  4J0L A;  4NGY A;  1B7S A;  1FBI X;  3N9E A;  4OWC A;  1MEL L;  1GHL A;  2Z38 A;  3WVX A;  2FBD A;  1CJ7 A;  1VAT A;  2BQJ A;  2DKV A;  2PC2 A;  2F2N A;  3WU7 A;  4DC4 A;  1IOQ A;  2Q0M X;  5F81 A;  4L41 A;  1GBW A;  4H9C A;  1DKK A;  1JJ0 A;  4H9E A;  3ZEK A;  1YAQ A;  1G7L C;  4WO6 A;  4DDB A;  2HED A;  1WQN A;  3VWO A;  1LYZ A;  2F4G A;  1HEO A;  1IC4 Y;  1BWH A;  2LYM A;  4WM2 A;  1FN5 A;  1GFH A;  5APF A;  4N5R A;  5F14 A;  1OUE A;  1B5W A;  2ZWB A;  3A34 A;  3HBH A;  4N1E I;  1YAN A;  4GLA A;  1B7Q A; 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 1GEZ A;  1QTK A;  1IY3 A;  1HSX A;  1E8L A;  2EQL A;  4AGA A;  4EMN A;  1OUG A;  1LZR A;  3W6C A;  5LAG A;  1GB9 A;  1GAY A;  1GE4 A;  1LZC A;  1LSF A;  4WLX A;  1LZ4 A;  5LVK A;  1IR8 A;  1AM7 A;  4NSG A;  1GBS A;  1IC5 Y;  1LSC A;  2DQA A;  4QGZ A;  1RI8 B;  3EO5 A;  3WYH A;  1UAC Y;  2DQI Y;  1LZN A;  1FLY A;  4PJ2 C;  1GB0 A;  3W6F A;  1CKC A;  2ZIL A;  1WQR A;  2AUB A;  2DQG Y;  1YKY X;  1CJ9 A;  3IJU A;  2W1L A;  4TWS A;  5DN4 A;  3ULR A;  5C6L A;  207L A;  1JJ1 A;  2MEB A;  4QEQ A;  2XBS A;  3B0O A;  3K3T A;  1IWY A;  1PS5 A;  2EPE A;  2Z39 A;  3J4G A;  4KL7 A;  1C46 A;  1IOC A;  5B06 A;  3J6K A;  4ETC A;  1JIS A;  1XSF A;  1JKA A;  2BQA A;  1F6S A;  1XEK A;  2I6Z A;  1LMO A;  4QY9 A;  5KXN A;  5KXS A;  1YKX X;  1IP7 A;  1NMM A;  1TCY A;  3TXB A;  4B4E A;  4XJG A;  1LYS A;  2Y8P A;  5KXT A;  4WLD A;  1QSA A;  5APC A;  3WU8 A;  1I20 A;  2C8O A;  4H9A A;  154L A;  3AZ4 A;  1GF0 A;  4WO9 A;  4XJH A;  1IC7 Y;  1XGR C;  1LJ4 A;  2DQE Y;  1OUB A;  2HEB A;  1LHI A;  5E9R A;  1JKB A;  1BQL Y; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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