3RUNA

New strategy to analyze structures of glycopeptide antibiotic-target complexes
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
166
structure length
165
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A carrier protein strategy yields the structure of dalbavancin.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/antibiotic
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords LYSOZYME
total genus 60
structure length 165
sequence length 166
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3runA00
3DMZA 1C6LA 1C6KA 1JTMA 1P36A 3DN4A 4LDEA 1CV6A 4YXCA 1DYCA 1L21A 1LYGA 216LA 1L83A 1L28A 3HWLA 4EKQA 1L92A 1LI6A 1QT3A 4DAJA 3NYAA 4EPFA 1L02A 3NY9A 4ARJA 2Z6BA 1L14A 1L34A 1PQDA 1T6HA 1L45A 1L39A 2B6YA 1LPYA 3GULA 2B73A 1L00A 1L40A 2OEAX 1L85A 236LA 1L42A 1QT7A 3CDRA 1C63A 1L86A 4E97A 1G07A 1OVKA 1B6IA 2O4WA 2L78A 3EMLA 1L96A 3HTDA 3QAKA 3NY8A 4S0WA 4I7PA 1QUGA 169LA 244LA 3C81A 227LA 2RBSA 149LA 213LA 2RB2X 4W59A 1C6JA 1LI3A 219LA 2RBNA 1TLAA 1L82A 1ZWNA 1L90A 4W58A 1JQUA 2HUKA 4ARLA 186LA 1OV7A 1D9WA 165LA 1L98A 3GUNA 4OO9A 1CUQA 1D2WA 4LZMA 247LA 3SBAA 151LA 3HT7A 4I7RA 1SSWA 129LA 3K2RA 1LYHA 1WTHA 4W51A 2Q9DA 1L61A 2B6WA 1L36A 1L66A 1L18A 1L37A 4IAPA 1LWGA 1PQKA 3HU8A 1L33A 1L31A 1CX7A 1C6IA 2B75A 256LA 2OU9A 1L29A 3RZEA 1L23A 262LA 1D3NA 177LA 1L93A 145LA 150LA 3F8VA 2O7AA 195LA 229LA 1C66A 1OV5A 2HUMA 1CU5A 1D3JA 3DN1A 1C6TA 1L94A 160LA 1L60A 1L52A 1L16A 1QTBA 2B72A 188LA 1CV3A 4EXMA 2OU8A 164LA 232LA 1CU2A 1CV1A 3GUKA 2O79A 3GUJA 239LA 1QUHA 1LW9A 1C6FA 1C6NA 175LA 3HH3A 2F47A 1L38A 4GBRB 1L32A 2B74A 241LA 166LA 1C61A 128LA 168LA 3CDTA 110LA 1C6GA 1QTCA 122LA 217LA 155LA 3C7YA 1PQMA 1C6PA 1LLHA 103LA 162LA 111LA 1QUOA 1L91A 2RB1X 142LA 1KY0A 1L35A 3HT6A 2IGCA 1L43A 1L75A 1P6YA 223LA 3PDSA 1KS3A 1QTZA 176LA 1L17A 252LA 4I7LA 1L55A 3ODUA 3DN6A 3CDVA 1G06A 1L64A 1L65A 120LA 4I7TA 107LA 222LA 4YX7C 2RH1A 1PQIA 138LA 2RBOA 180LA 1LI2A 237LA 1QT5A 4ZPUA 161LA 1T97A 2Q9EA 1G0LA 1XEPA 3OE8A 2F2QA 248LA 1QT6A 1L24A 3DNAA 1C6CA 3HTBA 1D3MA 2RB0X 197LA 1JTNA 249LA 3OE9A 1KW7A 1L19A 108LA 143LA 1QTVA 1CV0A 4AQNA 1CU6A 1L20A 3C8RA 3V2WA 205LA 2B6TA 210LA 228LA 1C6MA 2RAZX 3HDEA 1CX6A 255LA 1P64A 1G0PA 4W53A 1ZYTA 259LA 167LA 246LA 1C62A 1G0KA 3LZMA 214LA 1L70A 1L22A 4DJHA 1L01A 1L89A 4LDOA 1C60A 1L07A 1T8FA 1DYBA 4W54A 1C64A 187LA 1QUDA 3FADA 2B70A 1L41A 1L10A 1QSBA 1L53A 140LA 3JR6A 3HH5A 4EKPA 257LA 1P56A 3G3WA 4YXAC 1C68A 3SN6R 2OE9X 1L08A 1P7SA 3HUKA 3OE0A 1G0JA 3G3XA 3GUPA 1CUPA 230LA 1QS9A 3DN0A 2LZMA 4EPIA 2HULA 1L87A 4W55A 1L0JA 3C7ZA 181LA 1I6SA 1DYDA 1L58A 2QARC 182LA 1QT8A 2B6ZA 2OE4X 1G1VA 3SBBC 3SB5A 1OVJA 2NTGA 4I7KA 261LA 2OTYX 1L47A 1LYFA 1P46A 1L13A 157LA 1QSQA 114LA 3PBLA 1G0GA 1SX7A 3FA0A 4I7QA 218LA 1L71A 212LA 1PQJA 1C67A 191LA 3CDQA 123LA 131LA 238LA 4ARMA 1C6DA 240LA 2RBQA 3GUOA 4EKRA 139LA 3UONA 173LA 242LA 2LC9A 198LA 1L05A 3OE6A 4LDLA 1C6AA 3HT8A 196LA 3RUNA 1C6BA 1L74A 127LA 1P5CA 1LGUA 2QB0B 243LA 172LA 3HT9A 2OU0X 251LA 3VW7A 1L72A 254LA 3GUMA 1DYAA 115LA 2NTHA 4EJ4A 1DYFA 1L03A 1L15A 148LE 1L77A 1L67A 1CTWA 174LA 4PJZA 1L73A 1L12A 4PK0A 225LA 3CDOA 1T8GA 1L62A 3C83A 189LA 3C80A 2LCBA 4W52A 1L56A 4I7SA 1ZURA 1L57A 1L69A 1P2LA 1L99A 258LA 4W56A 2RBRA 3HUQA 1L63A 2RAYX 4ARQA 1CU3A 1LYJA 1LYIA 245LA 250LA 1OWZA 192LA 1L11A 1D2YA 1QTDA 3G3VA 1L26A 2OTZX 1QS5A 1SSYA 3HDFA 1L04A 146LA 1L44A 3SB6A 152LA 3HU9A 2ANXA 3HH6A 112LA 171LA 137LA 1SWYA 3V2YA 5I14A 1SX2A 1XJTA 1PQOA 201LA 4I7MA 3HUAA 1KW5A 2B7XA 4ARPA 7LZMA 6LZMA 1CV4A 1P3NA 1DYGA 1LGXA 1SWZA 5LZMA 3SB8A 3GUIA 224LA 1L50A 113LA 200LA 2F32A 125LA 226LA 1L97A 231LA 4ARMB 1L51A 1L68A 170LA 4DKLA 1NHBA 4I7OA 1C69A 220LA 147LA 1L49A 3FI5A 1OYUA 234LA 3L64A 1KY1A 1L46A 1CV5A 3DMXA 1L09A 1LGWA 3D4SA 2OE7X 178LA 1DYEA 206LA 1L59A 2CUUA 1L80A 235LA 2ANVA 3DN8A 3DN2A 185LA 1L06A 1LYEA 1L95A 118LA 3HTFA 215LA 3C8QA 3C82A 1L79A 141LA 1L30A 4EKSA 1C6HA 209LA 1OWYA 159LA 109LA 1T8AA 163LA 3F9LA 1QTHA 1LYDA 3HTGA 1P37A 3DKEX 126LA 3L2XA 183LA 4GRVA 3SB7A 4ARQB 1L25A 3C8SA 156LA 1L48A 104LA 1L81A 184LA 1L84A 1C6EA 1D3FA 1L54A 119LA 4W57A 144LA 233LA 1EPYA 1LWKA 4I7JA 1L0KA 190LA 1CU0A 199LA 1G0MA 1QT4A 1OVHA 158LA 260LA 3C7WA 102LA 1P2RA 130LA 1XJUA 1CVKA 253LA 3SB9A 1L76A 1L27A 3DMVA 1K28A 1C6QA 221LA 2RBPA 2A4TA 3DN3A 4I7NA 2B6XA 4K5YA 211LA 1C65A 1G0QA 1L88A 1G1WA 1KNIA 3HH4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A8ZA 1C6LA 4H8YA 4LT1A 2FYCA 1A2YC 4NGLA 3AW6A 4XJFA 1L83A 2BQHA 2Y8PA 4NSGA 4EPFA 4ARJA 1L34A 4N0JA 1L45A 3QNGA 1GFEA 1QDTA 3CDRA 1L86A 4AGAA 1G7LC 4LT2A 2XTHA 2L78A 4B49A 3LZ2A 1UIFA 2YBMA 244LA 3C81A 2NWDX 3WVYA 4W59A 1C6JA 219LA 4B4IA 4GCFA 1L90A 1IR7A 186LA 1OV7A 165LA 3GUNA 2BQIA 1B7QA 1D2WA 4LZMA 4NHQA 3WU9A 3J4GA 1DI5A 247LA 1HFYA 2BLXA 4QGZA 1SSWA 129LA 5I4XA 1DKKA 4UWNA 1LHLA 1VATA 3FE0A 4W51A 1CKGA 1LZ8A 3TXDA 1LCNA 1L31A 4HSFA 4H8ZA 2BQOA 1BB4A 1D3NA 1B5XA 1L93A 5J7CA 229LA 1J1PY 1IP7A 4Z98A 1D3JA 4J7VA 1L94A 1B5UA 1LMPA 1L60A 1HEOA 1CV3A 4EXMA 4WM3A 1LSFA 1A4VA 1UC0A 4DD0A 1VDTA 3CT0A 4TX7A 4GBRB 1HMKA 166LA 1UIAA 3P66A 1GF9A 1BB5A 1GE0A 4HTKA 2BQGA 1L43A 3W6CA 1P6YA 1KS3A 4G49A 1BQLY 252LA 3ODUA 1LMAA 1L65A 4I7TA 107LA 5KXWA 1OQMA 1XEIA 3AZ7A 4YX7C 2RH1A 1F10A 1IP2A 1DZBX 1B5WA 138LA 1B7SA 4CFPA 208LA 1HEQA 1GFUA 1QT5A 1T97A 3A90A 2YBJA 1GF0A 1LZBA 1GF5A 2F2QA 3IJVA 2LHMA 1D3MA 1E8LA 1GE3A 1AT5A 4GCBA 5FELA 108LA 143LA 1KXXA 4AQNA 205LA 2B6TA 210LA 228LA 2LYOA 3CSRA 255LA 1G0PA 4W53A 1JWRA 2D4KA 1G0KA 3LZMA 3LHMA 1L22A 2HEEA 4NGYA 1L01A 1C60A 1L07A 187LA 1L41A 1IWTA 1L53A 140LA 3JR6A 2C8PA 1LHMA 4YXAC 1C68A 3WPLA 1XEKA 1WQRA 3G3XA 1QS9A 1WTNA 4XJIA 4EPIA 2BQDA 3WMKA 1UA6Y 3C7ZA 3M18B 1DYDA 4N1CC 3E3DA 182LA 4YEOA 2D4JA 4KT3A 3SBBC 3SB5A 1HHLA 2NTGA 3WXUA 2HUBA 1IC5Y 2OTYX 4I0CA 3AW7A 1LYFA 2N5ZA 5B05A 1QSQA 3RNXA 1G0GA 1L71A 212LA 1GB3A 191LA 4M6DA 3N9EA 4II8A 1C6DA 3GUOA 240LA 2RBQA 1IX0A 1LMOA 2LC9A 4IJ4A 5HLLA 4MCKA 1JKDA 2D4IA 1C6AA 1L74A 3TMWA 1VDPA 1CJ8A 1P5CA 1LHJA 4GCCA 4LYMA 2B5ZA 3VW7A 1L72A 3WW6A 4OWAA 1L03A 1LZ6A 3WU7A 1CTWA 1LZGA 4H90A 1LZNA 1XGRC 2DQJY 1G7JC 1L12A 1LJIA 1T8GA 4XJGA 3C83A 4H94A 2F2NA 4I7SA 1T6VL 3G3AB 2RBRA 3HUQA 2RAYX 3W6EA 3HBHA 3WUAA 1CU3A 1LYJA 1C43A 1BHZA 4H9AA 1D2YA 1QTDA 5LVJA 3HDFA 1L44A 146LA 3HU9A 2ANXA 2BQNA 4WLYA 2D91A 171LA 3MGWA 4NHPA 137LA 5I14A 1GBZA 1FN5A 4R0FA 4G4CA 1JKCA 4U3XB 5C6LA 4WM4A 1P3NA 4HPEA 1LMCA 1SWZA 4LYBA 1GB6A 4RLNA 3HBEX 1L51A 1DXJA 2BPUA 3A93A 3A34A 4MR1A 4FDYA 1OYUA 234LA 3DMXA 2H9JA 3D4SA 3B0IA 1DYEA 1OUJA 4GN3A 1L59A 2CUUA 1L80A 235LA 3DN8A 4NSJA 2DQEY 1LYEA 1LJJA 3HTFA 4B4JA 1DKJA 1IOQA 4XADA 4GLVA 1OUIA 141LA 1HSWA 4HTQA 4EKSA 209LA 2XQOA 3AGGG 4FJRA 2MEAA 1P37A 3L2XA 1LHIA 1FLQA 1LJGA 5FSTA 2WARA 3QY4A 156LA 1L81A 4NG1A 5KXYA 4W57A 5FEKA 233LA 1YQVY 4I7JA 4OWBA 5A3EA 4H9EA 1LZ5A 1OVHA 3P4ZA 2MEEA 1CVKA 253LA 1L76A 4NGJA 3TMUA 1IOSA 1LJNA 4N8ZA 2VB1A 1P2CC 5L9JA 3DN3A 2B6XA 5HNLA 1CJ7A 1VDQA 1GEZA 1C65A 1OUEA 1G1WA 3DMZA 1MELL 1NHEA 1C6KA 1JTMA 3LYTA 3WPKA 3DN4A 1DYCA 4GCDA 3T6UA 1LYGA 1DI4A 1GB7A 1UICA 1L28A 3HWLA 1NDMC 1QT3A 1LI6A 4DAJA 1SQ2L 1PQDA 1L39A 5EBHA 4CGEA 1LSDA 1L40A 1YKYX 2OEAX 1L85A 1IORA 5B1FA 236LA 1QT7A 1GB8A 1LJEA 2DBTA 1NQIA 4R6CA 1GB0A 3CB7A 1G07A 1GFGA 207LA 1B6IA 1BWIA 4OWCA 2IHLA 3NY8A 1C10A 3LYZA 4I7PA 1JKBA 5B06A 4OWEA 2RBSA 4N5RA 1LHKA 2RB2X 4I8SA 4A7DA 1JISA 3WW5A 2RBNA 1L82A 3TMVA 4H93A 4W58A 5APFA 3ZVQA 1IC7Y 4ARLA 3A94A 3W6DA 5KXKA 1D9WA 3CQLA 1IWZA 3RW8A 5IDDA 1JKAA 2MEBA 3SBAA 4I7RA 2Q9DA 1ZVYB 3QE8A 1UIEA 2B6WA 1L18A 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4I7KA 1L47A 3D3DA 4XENA 114LA 1GB9A 1SX7A 2EIZC 1LYYA 1JJ3A 4DQJA 131LA 5FHWA 4EKRA 1KIPC 1VAUA 1LJFA 3HFMY 3UONA 2DQIY 3K3TA 1L05A 1B5VA 5HNCA 3IJUA 4ET9A 5I53A 1IWWA 4BADA 1LGUA 2GV0A 1HMLA 172LA 2ZILA 1REZA 3GUMA 4OWHA 1T3PA 1GHLA 4PJZA 1L73A 1CKHA 225LA 3CDOA 4ANRA 1L62A 1LSCA 3T36A 4W52A 4DT3A 1F0WA 5E9RA 1BWJA 1L57A 258LA 4WLXA 3TXIA 5KXZA 1GB2A 1L63A 1JTPL 4NGKA 1LYIA 245LA 250LA 1OWZA 2BAAA 1L26A 1D6QA 1NF5A 1JSFA 5LVIA 4HV1A 2W1LA 1XSFA 1ZV5L 1LMNA 1UCOA 3CSQA 1PQOA 1FDLY 1NMMA 1CV4A 4WM2A 1QTKA 3SB8A 3GUIA 113LA 5KXSA 4GCEA 1EQ4A 1TCYA 3EMSA 125LA 1L97A 231LA 4XJHA 4I7OA 4DKLA 4OOTA 1WQNA 1F6RA 147LA 4CHXA 1NKHA 5LYMA 3L64A 2BQJA 4YF2A 3WUMA 2Z37A 4H9FA 1LSMA 2ANVA 3DN2A 5FCPA 185LA 215LA 2YSSC 3C8QA 3A3RX 2ZWBA 1IC4Y 4DD2A 1OWYA 1GF3A 3TXGA 109LA 163LA 1LJ3A 3F9LA 1QTHA 4WG7A 1LYDA 3HTGA 183LA 4NGOA 3SB7A 1L25A 3A95A 4GLAA 1IWVA 1XGUC 3CSZA 1L48A 104LA 5I5QA 2CWIA 2DQAA 3RZ4A 1C6EA 1D3FA 1OP9B 5KKJA 144LA 3AZ5A 190LA 4IASA 1B9OA 5M1YA 1ALCA 2I26L 5C6IA 3C7WA 2YBHA 1P2RA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3A8Z A;  1C6L A;  4H8Y A;  4LT1 A;  2FYC A;  1A2Y C;  4NGL A;  3AW6 A;  4XJF A;  1L83 A;  2BQH A;  2Y8P A;  4NSG A;  4EPF A;  4ARJ A;  1L34 A;  4N0J A;  1L45 A;  3QNG A;  1GFE A;  1QDT A;  3CDR A;  1L86 A;  4AGA A;  1G7L C;  4LT2 A;  2XTH A;  2L78 A;  4B49 A;  3LZ2 A;  1UIF A;  2YBM A;  244L A;  3C81 A;  2NWD X;  3WVY A;  4W59 A;  1C6J A;  219L A;  4B4I A;  4GCF A;  1L90 A;  1IR7 A;  186L A;  1OV7 A;  165L A;  3GUN A;  2BQI A;  1B7Q A;  1D2W A;  4LZM A;  4NHQ A;  3WU9 A;  3J4G A;  1DI5 A;  247L A;  1HFY A;  2BLX A;  4QGZ A;  1SSW A;  129L A;  5I4X A;  1DKK A;  4UWN A;  1LHL A;  1VAT A;  3FE0 A;  4W51 A;  1CKG A;  1LZ8 A;  3TXD A;  1LCN A;  1L31 A;  4HSF A;  4H8Z A;  2BQO A;  1BB4 A;  1D3N A;  1B5X A;  1L93 A;  5J7C A;  229L A;  1J1P Y;  1IP7 A;  4Z98 A;  1D3J A;  4J7V A;  1L94 A;  1B5U A;  1LMP A;  1L60 A;  1HEO A;  1CV3 A;  4EXM A;  4WM3 A;  1LSF A;  1A4V A;  1UC0 A;  4DD0 A;  1VDT A;  3CT0 A;  4TX7 A;  4GBR B;  1HMK A;  166L A;  1UIA A;  3P66 A;  1GF9 A;  1BB5 A;  1GE0 A;  4HTK A;  2BQG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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