3SB5A

Zn-mediated trimer of t4 lysozyme r125c/e128c by synthetic symmetrization
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
GPMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKCWDCAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3sb5A00
258LA 1PQOA 2RH1A 2HUMA 1L97A 4DJHA 4GBRB 181LA 1JTMA 256LA 1JTNA 3DMZA 1L33A 2F47A 1L80A 1T6HA 3FADA 1CX6A 235LA 1LI3A 141LA 4W57A 103LA 2O79A 161LA 2RBNA 200LA 145LA 3C7WA 131LA 3HU8A 3GUOA 3VW7A 3SBBC 1LI6A 3OE6A 246LA 4ARJA 1CV3A 3DN3A 3NYAA 244LA 253LA 1L75A 1L79A 1L22A 1ZURA 1B6IA 1P64A 3HDEA 3SB7A 3SB9A 1LYIA 4I7NA 1D3FA 2IGCA 1C63A 1L12A 1CUQA 128LA 241LA 243LA 190LA 210LA 1C6PA 196LA 2NTGA 4YX7C 2O7AA 1L84A 1G0GA 219LA 180LA 4W59A 1LWGA 3V2WA 1T8GA 187LA 1L25A 4DAJA 251LA 1L96A 1QUGA 1L82A 2LZMA 183LA 1G0PA 1OVJA 1L27A 4EKQA 164LA 1L49A 1G1VA 4OO9A 3HUKA 130LA 1CX7A 1P36A 4W58A 1C6LA 1KNIA 2B75A 242LA 2OE4X 1L36A 112LA 1L71A 1LYFA 1SWYA 5I14A 1L59A 1L77A 4I7JA 3FI5A 1P3NA 3ODUA 185LA 1LGXA 1QUHA 1L55A 3D4SA 4W55A 238LA 4I7TA 4EPIA 198LA 191LA 1D3JA 4ZPUA 2O4WA 1LI2A 182LA 248LA 1CV6A 1L85A 3DN1A 5LZMA 3HTFA 1L20A 1L06A 1SSYA 1G06A 224LA 1L95A 102LA 127LA 129LA 158LA 138LA 3QAKA 236LA 1XJUA 1LYHA 3SN6R 1CV1A 1G1WA 1L05A 1QT3A 1L93A 143LA 3C80A 3L64A 192LA 1L52A 1XJTA 3C81A 3C7ZA 148LE 1OVHA 1L08A 1C6BA 221LA 3F8VA 3F9LA 1ZWNA 1C6DA 1KW7A 1LYJA 4ARLA 3GUKA 1D2WA 2QB0B 2RB0X 1C61A 1G0LA 3HUQA 1C64A 1DYGA 1EPYA 1L65A 1OWZA 4YXCA 104LA 125LA 118LA 1C6MA 261LA 1L30A 1L51A 162LA 2A4TA 3C83A 3PDSA 160LA 1L28A 1C6IA 1CTWA 1PQKA 1L48A 1P46A 3CDQA 1C6HA 108LA 231LA 2OU0X 110LA 119LA 169LA 3CDTA 1CV5A 4ARQA 2RB1X 245LA 4W51A 1L60A 2OU9A 3FA0A 2RBPA 3DN2A 172LA 4EJ4A 1QT7A 1L01A 4ARPA 175LA 1L39A 3DN8A 4EXMA 1QT5A 1DYBA 3SB6A 1CU6A 1K28A 1L16A 4IAPA 234LA 1SWZA 2RB2X 4I7LA 1OV5A 2RBQA 4ARMA 3DNAA 2RBRA 107LA 1L94A 3DN0A 7LZMA 4YXAC 3GUNA 4S0WA 126LA 144LA 1P37A 109LA 1C6JA 1QSBA 3HH3A 2B6XA 4I7PA 3HTBA 1T8AA 1P7SA 3C8RA 1L46A 1SX7A 2HUKA 3RUNA 1T8FA 209LA 2B6YA 1C6FA 1I6SA 111LA 3OE8A 1CU2A 147LA 1C6KA 1G0KA 4LZMA 1L43A 1DYDA 3CDVA 1L24A 1C6CA 3SB5A 156LA 3CDOA 1KS3A 120LA 1L92A 214LA 1SSWA 1WTHA 173LA 1L76A 1L53A 262LA 3CDRA 2OE7X 1L29A 2OEAX 177LA 1DYEA 1DYAA 197LA 1L88A 1L74A 2Z6BA 2RAYX 1L23A 2F2QA 3UONA 1LPYA 140LA 2NTHA 3K2RA 1L86A 1OV7A 2RBOA 151LA 2Q9DA 1L35A 1C6TA 171LA 3HDFA 1LGUA 3JR6A 1KW5A 1LW9A 1P2LA 1LYEA 1TLAA 2B70A 227LA 137LA 1C62A 2B6ZA 167LA 1CU3A 1CU5A 4AQNA 1QS9A 6LZMA 3DKEX 165LA 188LA 174LA 1D2YA 1G07A 1LLHA 113LA 1QSQA 1L81A 1T97A 1L67A 4I7SA 142LA 225LA 2HULA 1L83A 1L62A 1L54A 1C68A 232LA 122LA 1L58A 1L42A 1L90A 163LA 114LA 1L70A 2RBSA 152LA 1QTZA 4W53A 255LA 3OE0A 155LA 1L64A 1L04A 1CU0A 1C6NA 206LA 1L0JA 149LA 1XEPA 1L0KA 2F32A 176LA 1SX2A 259LA 186LA 2LC9A 4I7KA 2ANXA 1OVKA 1QTBA 3HT6A 1QT8A 2OE9X 2B7XA 1OWYA 1KY1A 1L40A 1QT6A 1L26A 1QTDA 226LA 4EKRA 2RAZX 1QTHA 4PJZA 239LA 1L14A 1PQJA 229LA 223LA 3V2YA 3PBLA 1P2RA 1LYGA 1L99A 216LA 2B6TA 2QARC 1G0MA 4I7RA 1L66A 1L63A 3HU9A 3RZEA 1L87A 1L37A 4DKLA 2LCBA 1L00A 217LA 1DYFA 170LA 1QUOA 178LA 1CUPA 1DYCA 1L89A 4LDOA 1C60A 146LA 201LA 2CUUA 3DMXA 3LZMA 1C66A 1L07A 1L69A 247LA 150LA 1L17A 1CVKA 4EKPA 3NY8A 1L32A 3HTGA 1LGWA 139LA 1L91A 1L73A 1L09A 230LA 1C6QA 2B6WA 2OU8A 1L68A 1L56A 3OE9A 1L98A 1ZYTA 1JQUA 233LA 215LA 3G3XA 218LA 3NY9A 257LA 4W52A 1PQIA 3HT8A 3GUPA 1L47A 1L15A 1L50A 1C6EA 1L18A 3HH6A 1QT4A 1D9WA 2B73A 4ARQB 3GUMA 2B72A 3GULA 189LA 4W56A 3SBAA 1C6GA 1G0JA 1L44A 4PK0A 1L21A 249LA 3L2XA 1C6AA 1L03A 4E97A 166LA 3C8QA 1P5CA 252LA 250LA 1LYDA 1QTCA 168LA 1C69A 4I7MA 212LA 4EPFA 1OYUA 4ARMB 1QUDA 1D3NA 1PQDA 3DMVA 1NHBA 3EMLA 220LA 184LA 1L31A 2ANVA 3DN4A 3DN6A 3HH5A 195LA 157LA 4LDEA 3HT7A 1L34A 3HH4A 4GRVA 1L61A 1L02A 1L45A 4LDLA 3HT9A 1LWKA 115LA 4EKSA 2L78A 4W54A 2OTZX 1P56A 3HWLA 1C67A 1D3MA 1L72A 3SB8A 3C7YA 4I7QA 1C65A 1L19A 1CV4A 1QS5A 2B74A 159LA 240LA 1PQMA 3HTDA 1L11A 254LA 2Q9EA 1L10A 3G3WA 4K5YA 1P6YA 213LA 4I7OA 1QTVA 211LA 228LA 1G0QA 222LA 1L38A 2OTYX 3G3VA 1L13A 1KY0A 1L41A 1L57A 205LA 3C8SA 199LA 3GUJA 3C82A 237LA 3HUAA 123LA 260LA 3GUIA 1CV0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RH1A 4DD2A 4J0LA 4GBRB 181LA 256LA 1UIDA 5T3FA 1L33A 5KKIA 2N5ZA 1D6QA 1JPOA 1IR7A 3CT1A 5APFA 161LA 1G7HC 1YL1X 3GUOA 1OQMA 1W6ZA 5ILFA 4H1PA 244LA 5B07A 1L22A 1ZURA 1B7MA 1VDPA 3HDEA 4BS7A 5LYZA 1C63A 4P2EA 2G4NA 4H90A 2Y8PA 1LSCA 1C6PA 2NTGA 1IVMA 1JTOL 4CFOA 4IATA 3WUAA 1G0GA 1QSWA 180LA 1GF7A 1OUFA 1LKRA 4H9AA 2MEHA 4GCEA 1JITA 3HBHA 5FDJA 3A67Y 3W6BA 1LJEA 1C7PA 3HUKA 5KXKA 1C6LA 1UA6Y 4H92A 2BQLA 1LYFA 4H91A 1L77A 5KXMA 1P3NA 3ODUA 1GFGA 4W55A 4XN6A 4EPIA 5D5FA 4O34A 4QY9A 1JSFA 2W1XA 4NGWA 1IOCA 191LA 1CJ7A 1UIGA 4NSIA 1L85A 1LJIA 1QUSA 3DN1A 4WM5A 4NFVA 5LIOA 4A7DA 1GBWA 4HTKA 3WVXA 2MEBA 1L52A 1XJTA 1L08A 1IP5A 4I8SA 1WQNA 2VB1A 3GUKA 1NMMA 1DPXA 1DYGA 1OWZA 4XYYA 3LYZA 125LA 1C08C 5IELA 1B0DA 4XJGA 261LA 1FLQA 1QQYA 3W3EA 2FYCA 2YBLA 4GCCA 4WO6A 4M4OA 1LZYA 4NHQA 1L48A 4OWCA 1F6SA 1C6HA 2I26L 119LA 134LA 4ARQA 2RB1X 245LA 3AGHA 2OU9A 2Q0MX 3DN2A 4NGLA 154LA 4EJ4A 1LJJA 1K28A 1LYYA 4IJ4A 2BQBA 5HQ1A 4PGJB 2MEAA 1T6VL 2RBQA 3DNAA 107LA 3DN0A 4LYMA 3GUNA 126LA 1CJ6A 1T3PA 4GN5C 1P37A 1RI8B 1YROA 1P7SA 3C8RA 8LYZA 1EQEA 2HUKA 1T8FA 4YOPA 1I6SA 111LA 3OE8A 5K7OA 4UWVA 1C6KA 1L43A 3RU5A 3T36A 4AXTA 1B5WA 4LFPA 1IP4A 4NHTA 3CDOA 120LA 4WL7A 1L92A 1YQVY 4DDBA 4GLVA 2HEBA 3J6KA 2W1MA 1LPIA 3P65A 4H9EA 1C45A 1L74A 2DQCY 2EQLA 3UONA 4WM4A 2MEGA 1LKSA 151LA 1V7TA 3WXUA 171LA 1HSXA 1LW9A 1IWUA 1NBYC 1YL0X 4KXIA 4TSBA 3ATOA 2B6ZA 1CU3A 4AQNA 1IWYA 1GPQC 165LA 174LA 1QSQA 1L81A 1LSYA 1WVUA 3IJUA 142LA 4WM1A 1BVKC 1L83A 5KXZA 4H9HA 1L90A 1L70A 152LA 5APEA 3WUMA 5F9XA 5LA8A 1LYZA 1L64A 2MEEA 1LZDA 1F6RA 2F32A 4LT3A 1RFPA 1YKYX 3AZ7A 1IO5A 2LC9A 3ZVQA 1LZEA 1OVKA 4ML7A 1HFZA 1KY1A 1LHJA 1OP9B 2BAAA 4HV1A 2MEIA 3EMSA 3RW8A 1GFUA 5LVKA 1QTHA 4PJZA 1B7RA 2Z37A 4XJHA 2CJLA 1LYGA 3B6LA 5AMYA 5LVHA 4I7RA 1D9UA 4Z98A 1IOTA 1GBXA 1L00A 1MELL 3J4GA 2FYDA 4XENA 5D5CA 178LA 5HMVA 2Z2FA 1DYCA 1C60A 2CUUA 1C66A 2Z39A 1ZV5L 5E4PA 1IOQA 4NSJA 1HHLA 4G9SA 139LA 1B5UA 1GF6A 2Z12A 1XEJA 1L68A 2BQJA 2C8PA 1L98A 2HEFA 1GD6A 3NY9A 257LA 4W52A 2X0AA 3GUPA 3T6UA 1D9WA 4ET9A 5B59A 4ARQB 3WU7A 2HTXA 3GULA 2B72A 1WTNA 1GFRA 1OUGA 1L44A 1B5YA 4PK0A 3QNGA 166LA 3LZ2A 1BB4A 3TXEA 4ETAA 1INUA 3CB7A 5C6LA 1OYUA 1D3NA 1PQDA 4LZTA 220LA 4YENA 3A3QA 3CT5A 4WLXA 153LA 1UUZC 4N8ZA 2ZNWY 4B49A 1XGTC 1H6MA 1L34A 1LJ4A 1L02A 1L45A 1BQLY 3HT9A 3B0IA 3AGIA 3A94A 1WVVA 4GCFA 5I4WA 4II8A 3SB8A 1H87A 1L19A 1QS5A 2B74A 2MEDA 159LA 240LA 2F30A 3HTDA 1I20A 2DBTA 211LA 1NWGA 3G3AB 1KY0A 1VAUA 1L57A 1E8LA 4HPEA 3GUIA 1CV0A 5ILCA 1PQOA 3OK0A 2HUMA 2PC2A 1L97A 1DKKA 1JTNA 4IASA 1QDTA 1YIKA 1ZVHL 4B0DA 2F47A 3FADA 4Z3MA 235LA 4WG7A 4YEOA 1GBYA 3B0KA 4X3BA 1LSGA 4WM3A 103LA 3C7WA 3VW7A 3A8ZA 200LA 145LA 4H93A 1XGUC 1KXXA 2FBDA 3DN3A 253LA 4DT3A 4B1AA 3CQLA 1J1PY 1P64A 3SB9A 1D3FA 1DQJC 1CUQA 1TCYA 2YBNA 241LA 243LA 190LA 210LA 1NDMC 2ZILA 1KXYA 1HENA 3LYTA 4YX7C 4RDSA 1LZGA 1CNSA 5FCPA 1LWGA 1LTMA 4WMGA 3ZVQB 5II3A 1L25A 1D0LA 251LA 1LAAA 4NWHA 2LZMA 183LA 1OVJA 1XSFA 4EKQA 1GF0A 1CX7A 1B7PA 1PS5A 4BADA 1KNIA 2B75A 2OE4X 1OUHA 1L71A 1GE4A 1L59A 1J1OY 1RE2A 1LHMA 2DQAA 185LA 1SQ2L 1BB7A 1L55A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2RH1 A;  4DD2 A;  4J0L A;  4GBR B;  181L A;  256L A;  1UID A;  5T3F A;  1L33 A;  5KKI A;  2N5Z A;  1D6Q A;  1JPO A;  1IR7 A;  3CT1 A;  5APF A;  161L A;  1G7H C;  1YL1 X;  3GUO A;  1OQM A;  1W6Z A;  5ILF A;  4H1P A;  244L A;  5B07 A;  1L22 A;  1ZUR A;  1B7M A;  1VDP A;  3HDE A;  4BS7 A;  5LYZ A;  1C63 A;  4P2E A;  2G4N A;  4H90 A;  2Y8P A;  1LSC A;  1C6P A;  2NTG A;  1IVM A;  1JTO L;  4CFO A;  4IAT A;  3WUA A;  1G0G A;  1QSW A;  180L A;  1GF7 A;  1OUF A;  1LKR A;  4H9A A;  2MEH A;  4GCE A;  1JIT A;  3HBH A;  5FDJ A;  3A67 Y;  3W6B A;  1LJE A;  1C7P A;  3HUK A;  5KXK A;  1C6L A;  1UA6 Y;  4H92 A;  2BQL A;  1LYF A;  4H91 A;  1L77 A;  5KXM A;  1P3N A;  3ODU A;  1GFG A;  4W55 A;  4XN6 A;  4EPI A;  5D5F A;  4O34 A;  4QY9 A;  1JSF A;  2W1X A;  4NGW A;  1IOC A;  191L A;  1CJ7 A;  1UIG A;  4NSI A;  1L85 A;  1LJI A;  1QUS A;  3DN1 A;  4WM5 A;  4NFV A;  5LIO A;  4A7D A;  1GBW A;  4HTK A;  3WVX A;  2MEB A;  1L52 A;  1XJT A;  1L08 A;  1IP5 A;  4I8S A;  1WQN A;  2VB1 A;  3GUK A;  1NMM A;  1DPX A;  1DYG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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