3SB6A

Cu-mediated dimer of t4 lysozyme d61h/k65h/r76h/r80h by synthetic symmetrization
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
GPMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKHEAEHLFNQDVDAAVHGILHNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 56
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3sb6A00
2RBNA 1P36A 2Q9DA 212LA 147LA 1CU3A 185LA 216LA 1L86A 1L48A 3DNAA 1DYFA 162LA 1CV5A 1L71A 196LA 4I7TA 1CV6A 108LA 1CU5A 3G3WA 1CUPA 1LW9A 4W55A 1DYCA 115LA 1QUDA 3QAKA 144LA 1L53A 1XEPA 243LA 1QS5A 1G1WA 1L14A 3DN4A 1L10A 250LA 4I7KA 3C8RA 3FADA 192LA 2QARC 1L28A 225LA 187LA 1LPYA 1L99A 139LA 3OE6A 125LA 1L90A 1LWGA 2OE4X 3GULA 146LA 1KY0A 1QT6A 3HTGA 1L41A 3GUMA 1L31A 260LA 1L95A 4ARLA 1KW5A 235LA 2HULA 210LA 3SB9A 3HWLA 1P5CA 1JQUA 2A4TA 1C6AA 4DAJA 4EKPA 245LA 233LA 1KS3A 4IAPA 1L08A 3ODUA 1L37A 112LA 2RBQA 1LGXA 1C64A 1L24A 2RBRA 1L92A 1L69A 1I6SA 1G0LA 229LA 1LYFA 4EKRA 140LA 3HT7A 3HT6A 4LDLA 1T97A 3HU9A 1PQIA 3HH6A 1CV0A 1LYJA 1LI6A 1QT4A 3L2XA 2OU9A 120LA 1P56A 1L07A 3HT8A 130LA 1L47A 1DYGA 221LA 4GBRB 2F47A 1L11A 1PQDA 214LA 1QUHA 259LA 1LWKA 1L01A 4I7SA 1CTWA 1D2YA 2LC9A 1CU2A 3DMVA 4YX7C 3HTFA 1C6FA 1XJUA 1P6YA 1L29A 1L77A 1SX2A 141LA 1L81A 2OTZX 1C6BA 3CDVA 4I7PA 1L50A 1L72A 113LA 4DKLA 1L21A 3C8QA 1CU0A 1EPYA 3HTDA 3C7WA 4YXCA 2NTGA 1QTDA 2B6ZA 1P3NA 2NTHA 3HH5A 1QSBA 107LA 1ZURA 3EMLA 1L45A 2OTYX 1SWYA 1QTHA 3L64A 1QUGA 109LA 1L79A 1QTBA 4E97A 103LA 138LA 163LA 1L0JA 238LA 1OV5A 199LA 1P37A 2OE9X 118LA 137LA 145LA 1SWZA 4AQNA 1L09A 244LA 4LDEA 1CV3A 182LA 1D3FA 2QB0B 201LA 1LI2A 228LA 2O79A 191LA 2OU0X 1L74A 3DN3A 261LA 1L49A 1C6LA 252LA 3RZEA 1C6HA 1L03A 1D9WA 126LA 3HTBA 1DYAA 1PQKA 4ARMA 2Q9EA 189LA 217LA 4LZMA 3HUAA 1L57A 1C6MA 3DN0A 3GUIA 3SBAA 3C80A 1L44A 104LA 1K28A 3HUKA 1L30A 2LCBA 3NYAA 3GUJA 1L64A 3F9LA 177LA 3DN8A 220LA 3C82A 1C6EA 131LA 1CVKA 1P64A 3HUQA 1LYDA 247LA 1L73A 3HH3A 3HDFA 161LA 3UONA 1L98A 111LA 151LA 7LZMA 3F8VA 2B75A 3DN6A 180LA 184LA 3DN1A 4DJHA 237LA 1D3MA 4YXAC 234LA 1TLAA 102LA 156LA 190LA 3OE0A 4ARJA 1QS9A 1L22A 1T8AA 3SBBC 251LA 3C81A 1C6PA 2B72A 1L65A 1L36A 3K2RA 230LA 231LA 242LA 4ARPA 3CDRA 173LA 1C6JA 2B7XA 1C6GA 3OE8A 1L97A 2B6XA 246LA 253LA 1L59A 3G3VA 127LA 4EPFA 1QT7A 3C7YA 224LA 218LA 2CUUA 2RB0X 1L91A 1L76A 1QT3A 2HUMA 4EKQA 1PQMA 1L80A 1L27A 2Z6BA 1L60A 1CU6A 197LA 1L40A 3NY8A 2L78A 3G3XA 1L70A 1L67A 1L84A 1C6DA 1D2WA 3HT9A 3HU8A 4W57A 1LGWA 1C62A 3SN6R 1L26A 3SB6A 1L46A 1L66A 3DMZA 1ZWNA 1L75A 1G0MA 1DYDA 226LA 248LA 155LA 1OVKA 4GRVA 167LA 1L94A 4W58A 232LA 211LA 1L35A 4EJ4A 1JTMA 1L82A 1L38A 1T6HA 241LA 1B6IA 1C6CA 128LA 1WTHA 219LA 158LA 1P2LA 257LA 240LA 1T8GA 3PBLA 1L55A 1LYEA 4W56A 198LA 1C6IA 1G0GA 1L87A 2O4WA 1PQOA 1L93A 3C8SA 4EKSA 1LYIA 1LI3A 1L06A 3CDQA 1L20A 1P2RA 1L25A 4I7OA 1OYUA 1DYEA 200LA 1L32A 1C69A 1QTVA 2B6TA 2ANXA 1LLHA 213LA 2B73A 3GUPA 1L68A 3DMXA 3NY9A 4I7NA 1L34A 129LA 1OWYA 2RBPA 4ARQA 1G0QA 3HDEA 157LA 119LA 4ZPUA 159LA 171LA 1L12A 149LA 1L54A 1KW7A 1G06A 174LA 2B70A 4ARMB 3DKEX 1OV7A 3LZMA 4K5YA 1L18A 2RB2X 114LA 122LA 1PQJA 255LA 3PDSA 1L16A 1L56A 1C63A 1C61A 1OVHA 186LA 4I7JA 4OO9A 172LA 152LA 1L83A 1P46A 164LA 2LZMA 1LGUA 4W59A 1C6NA 1NHBA 1G0JA 222LA 2RAZX 1L04A 3FA0A 3SB7A 1L39A 165LA 2B74A 1SSWA 1L52A 1QSQA 4I7LA 4I7MA 1L96A 2F2QA 1OVJA 110LA 254LA 2HUKA 183LA 1G07A 2OE7X 170LA 1L19A 1QT5A 160LA 2RH1A 3V2WA 3OE9A 4PJZA 1L61A 1L05A 1QUOA 3GUKA 150LA 178LA 3JR6A 3V2YA 3HH4A 1L62A 166LA 1G0PA 1KY1A 5LZMA 1L00A 1L63A 3C83A 1L51A 209LA 1C6KA 4W54A 1C6QA 249LA 1L58A 4W51A 1ZYTA 2RB1X 206LA 1CUQA 1P7SA 215LA 4EXMA 205LA 4S0WA 1D3JA 1CV4A 3GUNA 1L89A 143LA 1L02A 1L85A 1CX7A 3C7ZA 4PK0A 1L43A 3VW7A 1L0KA 1QTCA 1QTZA 2OEAX 227LA 2B6YA 175LA 3CDOA 1G1VA 2ANVA 258LA 4LDOA 3GUOA 176LA 262LA 168LA 4I7RA 2B6WA 1XJTA 223LA 4I7QA 1CX6A 1L33A 4EPIA 1C67A 1G0KA 1QT8A 1LYGA 2RBOA 1SX7A 2O7AA 123LA 6LZMA 1JTNA 3RUNA 5I14A 2RBSA 3FI5A 1CV1A 239LA 142LA 1KNIA 1L15A 181LA 1SSYA 148LE 188LA 1D3NA 2OU8A 3CDTA 1C66A 1C68A 2IGCA 3DN2A 3D4SA 1L17A 1L88A 2RAYX 1C60A 1L13A 4W53A 1C65A 1L23A 4W52A 3SB8A 1T8FA 3SB5A 1DYBA 1LYHA 1C6TA 169LA 2F32A 4ARQB 236LA 1OWZA 1L42A 256LA 195LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RBNA 2Q9DA 212LA 1BVXA 1GB8A 1UIGA 5LVHA 5F9XA 1LSBA 1L71A 2BLYA 196LA 5FELA 5FHWA 3G3WA 5I4YA 1CUPA 1LW9A 1QUDA 115LA 3WU8A 3WULA 243LA 1G1WA 3DN4A 4WM4A 1LKSA 4I7KA 4ETEA 3C8RA 1CKDA 225LA 2F30A 1B7QA 1YROA 2F2NA 1YQVY 1LPYA 1LWGA 4LT2A 1H87A 2BQDA 2OE4X 5ILCA 1HFZA 1QT6A 3GUMA 260LA 4E3UA 1KW5A 4HSFA 1B5ZA 2LYZA 3SB9A 4I8SA 1OQMA 1C6AA 1YL0X 245LA 233LA 4YOPA 5F9UA 3HBHA 1F6SA 1G0LA 133LA 2HTXA 4Z41A 1FN5A 3HU9A 1GB0A 1GE1A 2LHMA 2D4JA 4B4IA 3LZTA 1IWZA 1P56A 1NKHA 1OUFA 3HT8A 1L47A 1UICA 4Z46A 3N9EA 1QUHA 1LZNA 1LWKA 1YL1X 2ZNXY 1TEWA 3ZEKA 1CU2A 1HFXA 4YX7C 1GB6A 1AKIA 4TUNA 2Q0MX 4TTDA 1P6YA 1L77A 4PRUA 4I7PA 4II8A 3CSRA 1IX0A 1LYYA 3WPJA 3C8QA 4OOOA 4DQ7A 2Z18A 3LN2A 3C7WA 4YXCA 5AMYA 1C08C 2YBJA 3LYZA 1LZ5A 3HH5A 1ZURA 1SWYA 3L64A 109LA 1GBWA 5LA5A 103LA 138LA 5LYMA 1LZDA 4GCBA 238LA 4NHTA 4B4EA 2CGIA 3WPLA 244LA 4LDEA 1CV3A 2C8PA 201LA 1LI2A 2OU0X 2DQIY 1C6LA 252LA 1L03A 3HTBA 5LINA 4OWCA 1O23A 4NHIA 4GLAA 1HENA 5KXRA 3HUAA 1G7IC 3DN0A 3RT5X 3GUIA 4QGZA 4DDBA 1LJJA 1G7HC 2BQIA 3HUKA 4NGLA 4XJHA 3NYAA 1SQ2L 4DD0A 4CFPA 220LA 1P64A 1LYDA 161LA 1HMKA 1QSWA 1UUZC 2BLXA 7LZMA 1REXA 3FE0A 1GFEA 1XEJA 2FBBA 2MEDA 1G7JC 1FKVA 4YXAC 102LA 156LA 1QS9A 1T8AA 3SBBC 1OUGA 2YSSC 1C7PA 2Y8PA 3K2RA 3IWRA 242LA 4ARPA 2MECA 3VWOA 3OE8A 4OWBA 5E4PA 246LA 1L59A 4G4CA 3C7YA 224LA 1WVUA 1IO5A 208LA 1SLYA 1RFPA 5DN4A 1B5VA 2MEGA 2RB0X 1L91A 1L76A 2EPEA 4EKQA 1GF8A 2XTHA 1L40A 1VDPA 1FLWA 2L78A 4C3WA 4NEBA 1L84A 1C6DA 4HP0A 4W57A 1LGWA 1IWXA 3SB6A 1NHEA 1UIFA 3A93A 1DYDA 226LA 5HQ1A 155LA 1OVKA 1UIDA 1HSWA 3EO5A 232LA 4HJZA 1L35A 4TWSA 1B6IA 128LA 1GHLA 257LA 4W96A 1LYEA 4ET8A 4DD3A 198LA 1GD6A 1DPXA 2O4WA 3TMVA 1LOZA 3QY4A 1W6ZA 1LYIA 1GFAA 1LI3A 1L06A 1L20A 2BQKA 4I7OA 3A34A 3J6KA 1UCOA 4DQJA 2ANXA 3GUPA 4ARQA 3K3TA 1TCYA 4KT3A 1WQQA 4ZPUA 4J0LA 2Z2EA 9LYZA 1G06A 2B70A 3A3QA 1OV7A 1I1ZA 5F14A 1L18A 122LA 1L16A 1L56A 2CJLA 2N5ZA 4W59A 1G0JA 222LA 2B74A 3A91A 4WG1A 5A3EA 1LHLA 1QSQA 1JSFA 4RDSA 1RJCB 2F2QA 1RE2A 3W6DA 1OVJA 2BQAA 4XENA 183LA 2BQNA 1BVKC 1LSCA 1QT5A 160LA 3OE9A 1WVVA 3WW5A 150LA 3V2YA 2HU1A 1G0PA 3TMUA 4LYZA 5DN5A 1AT5A 5LZMA 4M6DA 2BQGA 1T6VL 1JISA 1LJGA 4GCFA 1D0KA 4W51A 1YAQA 1J1XY 1CUQA 1P7SA 4N1EI 215LA 1OUAA 1BWHA 1L85A 2BAAA 4PK0A 4J1BA 3WU7A 1QTZA 3WVYA 1EQ5A 4IATA 2W1MA 5LIOA 176LA 4I7RA 4G9SA 4ZFPA 1XFPL 4I7QA 4WM6A 5EBHA 1QTEA 1TBYA 5B05A 1LHIA 4LYTA 5KXNA 2O7AA 123LA 1LSYA 1BWIA 239LA 1L15A 3AZ7A 3ATNA 3CDTA 4D9ZA 1B5YA 3A90A 1GF3A 3D4SA 1L17A 5IHGA 4HTQA 1QUSA 1L13A 3CT5A 4NY5A 1T8FA 3SB5A 1DYBA 4XJIA 3B0KA 195LA 1QDRA 185LA 3A96A 1GPQC 1NDGC 1DYFA 1JEFA 162LA 4UWUA 1HERA 4KL7A 4ETCA 1L53A 1XEPA 1T3PA 1WTMA 250LA 3EMSA 2H5ZA 3P68A 4UWNA 1YKXX 2CWIA 4WM3A 4HJYA 187LA 3ZVQA 4WLXA 1EQ4A 2RSCA 1GBYA 4H8ZA 4QY9A 2XJWA 1L41A 1KIPC 1L31A 1L95A 3QNGA 2AUBA 4DQ5A 4GN3A 1KXWA 1JHLA 3HWLA 1LSZA 5L9JA 1DZBX 1P5CA 4DAJA 2HEFA 1L08A 1A2YC 3ODUA 2LYOA 1QUTA 2HEEA 2ZYCA 4NG8A 1L24A 2RBRA 1VEDA 132LA 1BHZA 1I6SA 1QQYA 4N1CC 1REMA 229LA 2BQFA 1IWVA 1LYFA 3WXUA 4LDLA 3HT6A 1T97A 1IC5Y 1LSPA 1PQIA 3HH6A 3L2XA 2OU9A 1LMAA 1L07A 1DKJA 1L11A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2RBN A;  2Q9D A;  212L A;  1BVX A;  1GB8 A;  1UIG A;  5LVH A;  5F9X A;  1LSB A;  1L71 A;  2BLY A;  196L A;  5FEL A;  5FHW A;  3G3W A;  5I4Y A;  1CUP A;  1LW9 A;  1QUD A;  115L A;  3WU8 A;  3WUL A;  243L A;  1G1W A;  3DN4 A;  4WM4 A;  1LKS A;  4I7K A;  4ETE A;  3C8R A;  1CKD A;  225L A;  2F30 A;  1B7Q A;  1YRO A;  2F2N A;  1YQV Y;  1LPY A;  1LWG A;  4LT2 A;  1H87 A;  2BQD A;  2OE4 X;  5ILC A;  1HFZ A;  1QT6 A;  3GUM A;  260L A;  4E3U A;  1KW5 A;  4HSF A;  1B5Z A;  2LYZ A;  3SB9 A;  4I8S A;  1OQM A;  1C6A A;  1YL0 X;  245L A;  233L A;  4YOP A;  5F9U A;  3HBH A;  1F6S A;  1G0L A;  133L A;  2HTX A;  4Z41 A;  1FN5 A;  3HU9 A;  1GB0 A;  1GE1 A;  2LHM A;  2D4J A;  4B4I A;  3LZT A;  1IWZ A;  1P56 A;  1NKH A;  1OUF A;  3HT8 A;  1L47 A;  1UIC A;  4Z46 A;  3N9E A;  1QUH A;  1LZN A;  1LWK A;  1YL1 X;  2ZNX Y;  1TEW A;  3ZEK A;  1CU2 A;  1HFX A;  4YX7 C;  1GB6 A;  1AKI A;  4TUN A;  2Q0M X;  4TTD A;  1P6Y A;  1L77 A;  4PRU A;  4I7P A;  4II8 A;  3CSR A;  1IX0 A;  1LYY A;  3WPJ A;  3C8Q A;  4OOO A;  4DQ7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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