3SB7A

Cu-mediated trimer of t4 lysozyme d61h/k65h/r76h/r80h by synthetic symmetrization
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
PMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKHEAEHLFNQDVDAAVHGILHNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 54
structure length 163
sequence length 163
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3sb7A00
2B6ZA 212LA 220LA 2B6TA 1L15A 4K5YA 1C6JA 1JTMA 1L28A 1L68A 3HUKA 4PK0A 140LA 1C6PA 237LA 3DN6A 251LA 3F8VA 3DNAA 3HDFA 1G1WA 3ODUA 2A4TA 3RUNA 261LA 1CUPA 190LA 1K28A 2O4WA 4EKQA 108LA 1L95A 4YXAC 1EPYA 3G3VA 1OYUA 1L48A 243LA 162LA 2RAYX 1L83A 3FA0A 3SB8A 188LA 3HUAA 1C6MA 118LA 2OTYX 1P56A 1CU6A 206LA 1L76A 3HT9A 1L41A 3C8QA 1L34A 2B74A 1L45A 1LWGA 1L40A 230LA 1L52A 1CU0A 3CDVA 3F9LA 129LA 1QTBA 1I6SA 143LA 2OEAX 2NTGA 138LA 1L54A 3G3WA 226LA 4ARLA 3HU8A 2Z6BA 1L73A 4LZMA 229LA 1C63A 1L74A 2RBOA 186LA 1L89A 1L51A 1P46A 3DMXA 150LA 1D2WA 1KY1A 1L75A 1L46A 1L0JA 189LA 4IAPA 3GUOA 3EMLA 4DKLA 1P5CA 1L88A 1L23A 1LGWA 3QAKA 216LA 235LA 139LA 3C83A 1L19A 1NHBA 1T8AA 3D4SA 1KS3A 1P7SA 2B7XA 4LDEA 1L37A 3HTBA 1DYCA 1CV3A 1QUOA 1CTWA 1L03A 1G0QA 1C64A 1LI2A 3SBAA 240LA 1P3NA 1L71A 1CV5A 4ZPUA 2OU0X 1OWZA 1L10A 1P2RA 1LYGA 1L13A 114LA 2ANVA 2O7AA 173LA 4EJ4A 242LA 165LA 2Q9EA 3L2XA 4DJHA 1PQMA 1KY0A 1JQUA 1L01A 1QTDA 2LZMA 1L31A 227LA 1ZURA 3OE6A 169LA 5I14A 3HH5A 1SSYA 3GUIA 1L24A 1C69A 1L43A 1L0KA 200LA 3CDRA 1SWZA 174LA 2L78A 1L62A 4ARPA 2B72A 130LA 239LA 1P6YA 4EKSA 3C8RA 1DYEA 249LA 1L57A 3NYAA 1SX7A 187LA 247LA 1L25A 1CUQA 1L65A 1G0PA 4W57A 1C6BA 2OE7X 1L36A 4GBRB 201LA 2B73A 1P2LA 1L93A 2RB0X 4I7TA 2F32A 119LA 1C67A 1L92A 3HT8A 167LA 1L53A 218LA 3FADA 4I7NA 232LA 4GRVA 122LA 182LA 2B6WA 1QT6A 1QTVA 1L91A 4PJZA 1OWYA 3FI5A 128LA 160LA 1L20A 221LA 4W58A 3UONA 1P36A 1ZWNA 1C6HA 1L63A 3GULA 2HUMA 1L18A 1QUHA 1L70A 171LA 1SX2A 1QUDA 176LA 4W55A 1L27A 228LA 156LA 1L55A 262LA 2OTZX 1L14A 3DN8A 1C6EA 1QUGA 4I7RA 1L05A 4LDLA 1LPYA 4S0WA 3L64A 3GUNA 115LA 1LYEA 1L49A 3V2YA 197LA 1L33A 1LYIA 1LW9A 3DKEX 1G07A 2OU9A 164LA 1L90A 3HUQA 1C6GA 1C6DA 1CV0A 1SSWA 244LA 1C6FA 1G0KA 215LA 3SN6R 1C6AA 1L60A 1L72A 3HU9A 255LA 1L44A 142LA 2HULA 1C60A 168LA 1QT7A 214LA 1CU5A 205LA 183LA 3LZMA 1L85A 213LA 177LA 1CX6A 1QT3A 196LA 1T97A 1OVHA 3DMVA 224LA 1LGXA 4I7MA 1L29A 170LA 2F2QA 1LYHA 2RBRA 1L98A 3HWLA 2LC9A 4EKPA 1OV7A 1L17A 1T8GA 7LZMA 1C6CA 252LA 1L64A 3HDEA 1C66A 184LA 2B75A 3CDOA 181LA 159LA 3DN0A 4I7KA 1L81A 1PQJA 1PQOA 1DYFA 157LA 1QTCA 146LA 2B70A 2NTHA 1D9WA 3V2WA 1L04A 234LA 4DAJA 1L47A 233LA 1QTZA 1L56A 3SB9A 166LA 127LA 1QT5A 258LA 257LA 238LA 102LA 109LA 141LA 1C62A 1L32A 110LA 1QT8A 2B6YA 1L02A 1OVKA 1LLHA 1L94A 1C6QA 1G0LA 4ARQB 1CU2A 260LA 2RB2X 1L96A 4W56A 149LA 1SWYA 1L16A 1CV6A 1LI6A 1L26A 4I7JA 3C8SA 1OVJA 120LA 4YXCA 5LZMA 1CVKA 131LA 1L12A 1L61A 4W53A 1QS9A 1PQIA 1L07A 1L97A 3G3XA 1CV4A 4EXMA 1L38A 3GUJA 2RBNA 3C82A 2HUKA 1L30A 223LA 1D3MA 1PQDA 3VW7A 1L11A 2LCBA 1G0JA 4ARMB 1L79A 2ANXA 2RAZX 245LA 1D3NA 1JTNA 4I7QA 2QARC 1L09A 1LGUA 3HT6A 1KW7A 2F47A 172LA 4ARQA 219LA 125LA 3GUKA 2O79A 4W54A 3HT7A 3PBLA 198LA 147LA 1T8FA 1LI3A 2OU8A 3DMZA 2CUUA 1DYDA 2OE9X 2RB1X 1PQKA 2B6XA 1QSBA 1T6HA 3HTDA 1DYBA 192LA 1D2YA 1C6IA 2RBSA 4EPFA 253LA 1B6IA 3NY9A 4ARMA 175LA 107LA 1C6TA 222LA 151LA 1LYDA 1L22A 1KW5A 1LWKA 2RBPA 1D3FA 2IGCA 1L08A 3HTFA 4OO9A 178LA 1KNIA 248LA 1L42A 6LZMA 1D3JA 3GUPA 3C7WA 246LA 4W59A 3K2RA 126LA 1QT4A 250LA 4ARJA 3CDQA 217LA 1L67A 1CU3A 4W51A 191LA 148LE 3GUMA 1L82A 103LA 3HH3A 254LA 4LDOA 1LYJA 210LA 185LA 2QB0B 1L21A 3DN1A 4I7OA 4AQNA 1CV1A 1L86A 4YX7C 104LA 231LA 3HTGA 1G0GA 195LA 1C68A 4W52A 225LA 3CDTA 1L58A 1QSQA 3SB7A 1L39A 3JR6A 111LA 137LA 1QS5A 1G1VA 4EKRA 3NY8A 3C81A 4I7LA 145LA 1L84A 1C6KA 1ZYTA 1XJUA 256LA 155LA 158LA 1L50A 3HH4A 1P37A 3OE0A 3OE9A 1G0MA 1C61A 236LA 163LA 1L35A 1L06A 3DN3A 3DN2A 4I7PA 4E97A 4EPIA 1XEPA 1C6NA 180LA 1TLAA 1DYAA 1QTHA 123LA 1L80A 3RZEA 4I7SA 3HH6A 259LA 1C6LA 2OE4X 3SB5A 1DYGA 3SBBC 161LA 1L59A 3OE8A 1L66A 1OV5A 211LA 3DN4A 1L77A 2Q9DA 2RBQA 112LA 1G06A 199LA 3C7YA 113LA 1P64A 1L99A 1WTHA 3PDSA 3SB6A 1C65A 1LYFA 3C80A 1L87A 1XJTA 241LA 1CX7A 3C7ZA 2RH1A 209LA 1L69A 1L00A 144LA 152LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NBZC 2B6ZA 2B6TA 1DPWA 1C6JA 4WM3A 1L28A 1L68A 3HUKA 5LYZA 1C6PA 237LA 1B0DA 2YVBA 3F8VA 1AM7A 2A4TA 4TUNA 5KKJA 261LA 1IP1A 1GF8A 2AUBA 3G3VA 1OYUA 2RAYX 1CKHA 3TXDA 3SB8A 3RU5A 4N5RA 1GFGA 118LA 3P64A 1J1PY 1P56A 3W6AA 3ULRA 4H8YA 1LSNA 1V7TA 4G9SA 5FELA 2DQGY 1QUTA 3AW6A 1IC4Y 1LWGA 1JKCA 3TXGA 4WL7A 5C6IA 1OUGA 230LA 4WO9A 2ZYPA 3HBEX 2Z6BA 1C63A 2ZWBA 4WL6A 1C08C 186LA 4H9FA 4YOPA 1L51A 4NWEA 3ZEKA 216LA 2ZQ4A 4J0LA 1B7PA 139LA 3D3DA 1NF5A 1T8AA 3TXJA 1W08A 2B7XA 1L37A 4LGKA 3HTBA 4W94A 3VWOA 3ATNA 1CTWA 1LHKA 1LI2A 5B06A 1VATA 4LT2A 5IELA 2OU0X 1I20A 1UIEA 1L10A 2O7AA 1XGQC 1GB5A 4WM4A 173LA 1OUBA 5IHGA 2YBJA 1GXXA 5E9RA 165LA 1GE4A 3G3AB 4RW2A 1GF7A 1JQUA 1L01A 1BGIA 4KT3A 227LA 5I14A 4N0JA 4G4HA 2XBRA 3CDRA 1L62A 2YBHA 4ARPA 1UA6Y 4DQ7A 239LA 1FBIX 1OUCA 1P6YA 4HV2A 1CKFA 1DYEA 1XGPC 3NYAA 2I25L 5DN5A 247LA 1HEPA 2G4QA 1XEIA 1L65A 3RT5X 4ML7A 1E8LA 1LZ6A 4EMNA 201LA 4DC4A 2B73A 1P2LA 1QTEA 3F6ZA 5KJ9A 3AB6A 2ZNWY 2F32A 4HP0A 1NWGA 1GB0A 4NGKA 5K7OA 3B0KA 218LA 1LZNA 5FCPA 1UIAA 1IOCA 1L91A 4ZEEA 1LJJA 4G4CA 3A92A 160LA 4NY5A 1WQOA 4Z98A 4GCCA 5FEKA 2HUMA 1QUHA 2W1XA 1BB7A 1SX2A 1QUDA 176LA 228LA 5A3ZA 4LDLA 3TMUA 2YBMA 1I1ZA 1VAUA 2I26L 3WVXA 3V2YA 1LW9A 1WTMA 3CSZA 4NWHA 5LYMA 1C6GA 3TXEA 1C6DA 4I0CA 3WW6A 1CV0A 4H9EA 3SN6R 215LA 2DQIY 1HELA 1C6AA 1L60A 3HU9A 5HNLA 1IC7Y 7LYZA 5KXXA 1NMMA 142LA 4N1EI 1IWXA 1HFYA 1KXWA 168LA 1GDXA 3LZMA 3W6FA 3WUAA 1CX6A 4ETAA 196LA 1T97A 1LSMA 1OVHA 224LA 4Z41A 1GE0A 5I4WA 2RBRA 3GXKA 2LC9A 1OV7A 3HDEA 1LSCA 3CDOA 2XJWA 1LYZA 1L81A 1PQOA 157LA 146LA 3A34A 1ZMYL 233LA 1L56A 3SB9A 2HEBA 4UWNA 238LA 4HTQA 4NHQA 4B0DA 1LZYA 3AZ5A 3CT1A 1LMOA 5HMVA 5APCA 2B6YA 2RB2X 1L26A 1OVJA 5LZMA 131LA 1CV4A 1L38A 2BQEA 3VW7A 1SQ2L 1L11A 1G0JA 208LA 1LYOA 2ANXA 2RAZX 2MEFA 1LJNA 5F9UA 5F16A 4MCKA 1BB5A 1B7MA 1A2YC 2YDGA 1P2CC 1T8FA 1ZV5L 2B6XA 1QSBA 3TXHA 1C6IA 2XBSA 222LA 151LA 3AZ6A 4G4BA 1LJHA 3A6CY 1D3FA 2HEDA 3HTFA 1FLQA 2DBTA 178LA 2CWIA 1IR7A 1D3JA 3AZ4A 4W59A 3SP3A 4GCDA 1A4VA 2LYMA 4NHPA 1QUSA 3HBHA 4QDNA 3A93A 1L67A 1YAOA 1GFHA 5C6JA 1GHLA 1L82A 4ETBA 4FJRA 103LA 1OUDA 254LA 1LYJA 1WQPA 1GFTA 4AQNA 1CV1A 1VEDA 2B5ZA 3A90A 4YENA 231LA 193LA 1YAQA 2CDSA 3ATOA 2C8OA 1QSQA 1J1XY 3TXKA 2Z2EA 3WL2A 1JTTL 2Z39A 1C6KA 1IEEA 1IOTA 2Z18A 4ET8A 2ZIKA 5B1FA 1D6PA 2F2NA 1AZFA 5DM9A 3QNGA 1P37A 3OE0A 2Z12A 1LJFA 1C61A 236LA 2BPUA 163LA 1L35A 3DN2A 3DN3A 4XJDA 4I7PA 1JISA 1C6NA 180LA 2HEEA 4ZIXA 4PJ2C 1QTHA 4YEOA 1QQYA 3HH6A 2CJLA 5II3A 4B1AA 3SB5A 1DYGA 3FE0A 161LA 3AGHA 4LT1A 199LA 3C7YA 1NBYC 4J7VA 1L87A 2ZIJA 4TSCA 1B7LA 4GCFA 1JSFA 1D0KA 5L3HA 1IP4A 5EBHA 1QIOA 5I4YA 2H5ZA 212LA 1L15A 1WQRA 4HPEA 1JTMA 1TCYA 1GF9A 4B4EA 1DPXA 1LJIA 1IP2A 3DNAA 3HDFA 1G1WA 3RUNA 1GE1A 3AW7A 1K28A 108LA 1L95A 1IY3A 4YXAC 243LA 2NWDX 162LA 2EKSC 1L83A 3HUAA 1C6MA 2OTYX 206LA 4XJHA 5LINA 1XGRC 1L41A 5HQ1A 1L34A 2B74A 3N9EA 1L45A 1INUA 5ILCA 3E3DA 3F9LA 4ET9A 4ETDA 4XYYA 2BQLA 4Z3MA 4NGWA 138LA 4OWBA 4AXTA 1LZSA 4LFPA 3LN2A 4LZMA 4B49A 1LZGA 1LZRA 3DMXA 150LA 1KY1A 1JJ1A 1KIQC 1LKSA 4DKLA 1P5CA 1L88A 1N4FA 1L23A 1LGWA 4LT3A 4HTNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1NBZ C;  2B6Z A;  2B6T A;  1DPW A;  1C6J A;  4WM3 A;  1L28 A;  1L68 A;  3HUK A;  5LYZ A;  1C6P A;  237L A;  1B0D A;  2YVB A;  3F8V A;  1AM7 A;  2A4T A;  4TUN A;  5KKJ A;  261L A;  1IP1 A;  1GF8 A;  2AUB A;  3G3V A;  1OYU A;  2RAY X;  1CKH A;  3TXD A;  3SB8 A;  3RU5 A;  4N5R A;  1GFG A;  118L A;  3P64 A;  1J1P Y;  1P56 A;  3W6A A;  3ULR A;  4H8Y A;  1LSN A;  1V7T A;  4G9S A;  5FEL A;  2DQG Y;  1QUT A;  3AW6 A;  1IC4 Y;  1LWG A;  1JKC A;  3TXG A;  4WL7 A;  5C6I A;  1OUG A;  230L A;  4WO9 A;  2ZYP A;  3HBE X;  2Z6B A;  1C63 A;  2ZWB A;  4WL6 A;  1C08 C;  186L A;  4H9F A;  4YOP A;  1L51 A;  4NWE A;  3ZEK A;  216L A;  2ZQ4 A;  4J0L A;  1B7P A;  139L A;  3D3D A;  1NF5 A;  1T8A A;  3TXJ A;  1W08 A;  2B7X A;  1L37 A;  4LGK A;  3HTB A;  4W94 A;  3VWO A;  3ATN A;  1CTW A;  1LHK A;  1LI2 A;  5B06 A;  1VAT A;  4LT2 A;  5IEL A;  2OU0 X;  1I20 A;  1UIE A;  1L10 A;  2O7A A;  1XGQ C;  1GB5 A;  4WM4 A;  173L A;  1OUB A;  5IHG A;  2YBJ A;  1GXX A;  5E9R A;  165L A;  1GE4 A;  3G3A B;  4RW2 A;  1GF7 A;  1JQU A; 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