3SB8A

Cu-mediated dimer of t4 lysozyme d61h/k65h by synthetic symmetrization
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
GGPMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKHEAEHLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 53
structure length 165
sequence length 165
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3sb8A00
123LA 2RB1X 2OU9A 1L87A 3HTBA 1DYAA 184LA 1L36A 1L09A 1L47A 3DMVA 214LA 1L01A 1QUHA 140LA 1L74A 2OE4X 218LA 1L80A 1L56A 3C8RA 180LA 7LZMA 1C6DA 1L89A 2B6WA 235LA 1QTZA 1LI3A 1PQKA 4LDLA 2HUMA 182LA 1C6KA 1L59A 3HUKA 1L66A 1K28A 237LA 1CV4A 4EKPA 1L67A 1D2YA 222LA 1OWZA 3C7ZA 1C6LA 1QT7A 3HDEA 3G3WA 1LYDA 3C83A 170LA 1L07A 1G0KA 3SB7A 1KY0A 1C6TA 1L96A 3SB5A 177LA 1G0LA 3FI5A 3HTDA 4I7RA 4E97A 1G0JA 1T8GA 158LA 5LZMA 1L75A 1L16A 4LDEA 1L23A 1L19A 3DN2A 1CV6A 1L90A 2RBPA 1LYHA 4I7PA 3DKEX 1QUOA 4EXMA 1L32A 233LA 1CU6A 1L92A 239LA 3C7WA 1P64A 1QTVA 1L53A 1D9WA 1C6BA 3DN3A 216LA 3EMLA 1L57A 3HU8A 3C8SA 4W59A 1LI6A 2B75A 4GBRB 1L35A 4PJZA 1QS9A 1OVKA 1XJUA 1G0QA 2QARC 1QT4A 1L52A 1L02A 2IGCA 1L58A 1P6YA 1D3NA 190LA 1LGXA 186LA 125LA 223LA 1L27A 2OTZX 1C6JA 4YXCA 252LA 1DYBA 1L70A 1PQDA 4W56A 3HWLA 1L44A 1C6EA 1LGWA 2B74A 3C7YA 1L77A 3G3XA 1L20A 3GUIA 3SB9A 1L38A 4YX7C 1D2WA 3OE6A 2B6YA 3FA0A 1SSYA 1L98A 2LCBA 232LA 1L50A 4ARPA 4W58A 2OTYX 1L45A 4EJ4A 1DYFA 1L95A 1L99A 219LA 3GUJA 3HUAA 1DYEA 163LA 1SWYA 256LA 238LA 4W57A 1QSBA 3C80A 250LA 4I7NA 1C6PA 3F9LA 1KW5A 1C69A 1TLAA 2RH1A 3CDTA 114LA 2OU8A 1L86A 2B72A 1LWGA 1LYIA 1T6HA 1QUDA 1P5CA 1L93A 161LA 3DMXA 1KNIA 1L46A 137LA 2B70A 187LA 1L22A 260LA 120LA 2RBOA 1C65A 1KS3A 1P46A 2QB0B 3OE9A 3SB8A 3NY8A 1L63A 1LW9A 3CDQA 1L03A 145LA 148LE 1L30A 1T8AA 1L76A 175LA 144LA 1C6MA 128LA 4IAPA 142LA 1LPYA 1P36A 243LA 1L10A 3DMZA 261LA 3NY9A 3RZEA 1QSQA 1L08A 3HUQA 3GUMA 4W54A 1CU0A 1DYCA 1L04A 3DN6A 1OV7A 197LA 1L83A 4EPIA 1LLHA 1L12A 212LA 146LA 1C63A 2CUUA 131LA 1CUQA 1L0JA 1L25A 3C81A 1L39A 224LA 1CTWA 1OYUA 1G1WA 127LA 181LA 2RB2X 1L88A 210LA 230LA 3PBLA 1SSWA 4W52A 1WTHA 2F2QA 244LA 4YXAC 199LA 2ANXA 3C8QA 107LA 104LA 1NHBA 189LA 1QT8A 231LA 1L71A 102LA 1C6NA 2LZMA 1G0GA 159LA 122LA 1C64A 149LA 3L2XA 1LYEA 4I7TA 2F32A 4W53A 3HH4A 1C6IA 3DN0A 1L65A 165LA 2ANVA 1G06A 1C68A 2Q9DA 2OE9X 1SX2A 4EPFA 3ODUA 143LA 1PQIA 1L29A 249LA 1L61A 1JTNA 3F8VA 1L73A 1C60A 3OE8A 198LA 1CV1A 1L41A 173LA 1L43A 1QUGA 1P3NA 255LA 1CU2A 1L24A 1P2LA 1LYGA 1L40A 1G0PA 3SBBC 3HTFA 1L06A 1T97A 1L55A 3DN4A 141LA 1L72A 258LA 174LA 185LA 3NYAA 1QTHA 118LA 1D3MA 2B7XA 3HH6A 167LA 1P56A 200LA 1P2RA 156LA 1QS5A 4DJHA 2B6XA 4ARQB 3GUOA 1L13A 3V2WA 1OVJA 1SWZA 2B73A 2F47A 2OEAX 171LA 3PDSA 1L84A 4LDOA 1L97A 150LA 4DKLA 2RB0X 111LA 3SB6A 4ARLA 1C6QA 2LC9A 3HDFA 1L00A 3GUNA 1QTDA 4ARJA 1CV0A 3L64A 1L94A 1LWKA 1CX7A 1L34A 247LA 4ARQA 169LA 1LYFA 2O4WA 1QTCA 248LA 1JQUA 254LA 1ZWNA 1ZURA 245LA 1SX7A 3CDRA 1C61A 4OO9A 4ZPUA 2RBQA 220LA 110LA 1LI2A 183LA 234LA 4EKRA 1L68A 4I7SA 3G3VA 4W51A 3HT8A 3UONA 3HH5A 4K5YA 1LYJA 4PK0A 4DAJA 1G1VA 2NTGA 1CVKA 1L31A 188LA 2NTHA 1PQMA 2B6TA 1L15A 4EKSA 1L17A 1L64A 3DN1A 151LA 164LA 172LA 1L49A 1LGUA 4AQNA 221LA 2O79A 4ARMA 155LA 113LA 1QT6A 1L26A 126LA 2RBNA 129LA 1L14A 1QTBA 241LA 3GUPA 138LA 6LZMA 130LA 3HTGA 3LZMA 229LA 206LA 4I7QA 1L33A 215LA 3D4SA 1CX6A 1L28A 226LA 1L37A 213LA 3CDOA 4I7OA 3FADA 1L0KA 1OVHA 1XEPA 168LA 1DYDA 217LA 3HH3A 2O7AA 195LA 1CUPA 225LA 240LA 3DNAA 139LA 246LA 3SN6R 3RUNA 1I6SA 1L05A 1L85A 1CU3A 3HT6A 3HU9A 1L42A 112LA 196LA 1C62A 201LA 4LZMA 160LA 1DYGA 209LA 1KY1A 2B6ZA 4GRVA 192LA 5I14A 1KW7A 3GULA 1L91A 3GUKA 2Z6BA 176LA 1CV3A 3K2RA 4I7KA 1G07A 191LA 152LA 1L69A 2Q9EA 1L79A 4I7LA 1OWYA 2A4TA 1PQOA 1OV5A 1L62A 1P37A 103LA 109LA 4W55A 162LA 1CV5A 3VW7A 3SBAA 2RAZX 1B6IA 227LA 1EPYA 242LA 1L48A 262LA 251LA 1C6GA 3CDVA 2RBRA 3JR6A 2RBSA 1T8FA 1G0MA 1XJTA 3HT7A 178LA 2HULA 205LA 119LA 2HUKA 1L60A 4I7JA 1P7SA 147LA 3V2YA 4EKQA 3QAKA 228LA 1L51A 115LA 1CU5A 3C82A 3OE0A 1C6AA 4I7MA 1JTMA 3DN8A 1QT5A 166LA 1C6HA 3HT9A 108LA 259LA 257LA 1L18A 236LA 1PQJA 1D3FA 1D3JA 253LA 157LA 1C66A 1C67A 1C6CA 1QT3A 1ZYTA 1L11A 211LA 2L78A 4S0WA 1L21A 1L82A 2OU0X 2OE7X 4ARMB 1L54A 2RAYX 1C6FA 1L81A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KJ9A 4G4BA 2HEBA 1DYAA 2DBTA 3M18B 214LA 1LZRA 1DKJA 1LMOA 4PPOA 1LMNA 135LA 5IHGA 2OE4X 1L80A 3C8RA 7LZMA 1C6DA 1LI3A 1PQKA 1GFJA 1GEVA 2HUMA 4NHIA 5I4WA 3HUKA 1REYA 1LPIA 2WARA 237LA 2GV0A 1OUBA 3OJPA 1OP9B 1OWZA 3C7ZA 1C6LA 1QT7A 2H9JA 4UWNA 3G3WA 4XN6A 170LA 1G0KA 2ZYCA 1LSFA 1G0LA 1LSAA 1B7MA 1LMAA 1L23A 1GFAA 1L19A 4N1CC 2RBPA 1IP7A 1GHLA 2CGIA 4G49A 1IWUA 1GFGA 233LA 1L92A 4OWAA 216LA 2LZTA 2BLYA 5I53A 3C8SA 2XBSA 4W59A 3T36A 2B75A 4ZFPA 1J1XY 1JKDA 5LAGA 4TX7A 1RJCB 1QT4A 3BKHA 2Y8PA 4LYMA 1L58A 1LGXA 1LHHA 125LA 223LA 1LJ3A 4MSTA 1C6JA 252LA 1DYBA 4XJHA 1JEFA 5A3EA 4WLTA 4H9BA 3SB9A 1LOZA 3OE6A 2B6YA 2DQIY 1IWWA 4XJBA 5II3A 232LA 4XJGA 3A90A 1IC4Y 4H9AA 3WU9A 1L45A 3J4GA 2X0AA 219LA 1L99A 3GUJA 3TXIA 1JUGA 1LJEA 1DYEA 4MR1A 1IORA 4I7NA 3EO5A 3AGIA 3WXUA 1P5CA 161LA 120LA 3WU8A 4HTKA 1UIHA 3OE9A 1ZVHL 1HEWA 4IJ4A 1L63A 1OUGA 3CDQA 5HNLA 4N5RA 4GN5C 148LE 2LZ2A 1F10A 5B06A 2W1MA 1LTMA 1JHLA 142LA 243LA 1TDYA 4NEBA 3WYHA 1QSQA 4CHXA 1B5YA 1GE1A 1CU0A 1DYCA 2PC2A 1L04A 5LVKA 3DN6A 1IR8A 197LA 3AYQA 4G4CA 1C45A 127LA 181LA 1LYOA 199LA 1B5ZA 1G0GA 1KIQC 159LA 2BQNA 3KAMA 4I7TA 4ET8A 1B5UA 4DD1A 165LA 2ANVA 1DQJC 1G06A 4GCCA 2OE9X 2CDSA 4EPFA 5LYMA 1GF7A 6LYZA 1QIOA 4NSGA 249LA 4HSFA 1L61A 1L73A 4XJIA 198LA 1JKAA 173LA 255LA 1P2LA 5E9RA 3HTFA 1I56A 4HJVA 174LA 185LA 118LA 3TXGA 3MGWA 4C5FA 1FLYA 1P2RA 3LYZA 1QS5A 2HEDA 3GUOA 1L13A 5LVHA 1SWZA 2OEAX 1GF5A 171LA 4UWUA 150LA 4DKLA 4N8ZA 111LA 3SB6A 1DPWA 1JTOL 2I25L 1HFZA 1LZCA 1L00A 3WU7A 3TXKA 4ARJA 1CV0A 7LYZA 1L94A 247LA 4G4HA 1VFBC 1LYFA 2O4WA 3AB6A 1QTCA 4GCEA 1VDTA 1IC5Y 1PZYA 3TXJA 1BHZA 1C61A 4ZPUA 3ATNA 4NY5A 220LA 3WVYA 4EKRA 1L68A 3UONA 3SP3A 1PQMA 1AT5A 1HMKA 1IP1A 3A34A 3RW8A 4PJ2C 1LZGA 2O79A 2RBNA 126LA 1L14A 4WM6A 5LVJA 4NGLA 138LA 1XEKA 3LHMA 5KY1A 3LZMA 1QSAA 206LA 4HV1A 3D4SA 1CX6A 4DC4A 3FE0A 2NWDX 1GB5A 1OVHA 5KXZA 3HH3A 3P66A 4NSJA 4N9RA 4DDAA 4PGJB 240LA 3DNAA 5KXYA 1LZ6A 2AUBA 1L05A 4TUNA 3HT6A 1L42A 112LA 4X3BA 5KXLA 4NHQA 1BB7A 1IWZA 1LSYA 4GRVA 192LA 5E4PA 4WLDA 3GULA 1GE3A 1REZA 3W6FA 3K2RA 1H87A 191LA 2F4AA 1L69A 2Q9EA 3TXEA 1GB7A 5I54A 1L62A 1P37A 4PRUA 2MECA 4W55A 4KL7A 5T3FA 4H91A 4P2EA 4ML7A 2RAZX 1B6IA 4B4IA 2ZQ4A 1LSNA 2Z2EA 3JR6A 1BWJA 1IWYA 4E3UA 1CJ9A 2Z12A 205LA 1OUAA 119LA 2HUKA 1QTEA 1B2KA 1VAUA 3AZ4A 1P7SA 1UACY 134LA 3V2YA 4EKQA 4H8ZA 2Z2FA 115LA 1CU5A 3C82A 3GXRA 3TXFA 1UCOA 1IC7Y 3DN8A 3A92A 166LA 5KKIA 1L18A 1DI3A 236LA 4HJYA 1UBZA 1D3JA 1LJNA 157LA 1C66A 1C67A 1LKRA 1I1ZA 1C6CA 1QT3A 1QDTA 4J0LA 1GB2A 3LYMA 211LA 2L78A 4S0WA 1LZAA 2FBBA 2IFFY 2OU0X 1D6PA 3W3EA 1RE2A 1GFKA 4B4EA 4DD7A 1RI8B 5A3ZA 2CWIA 184LA 1OUEA 1L74A 218LA 4U3XB 4OWHA 1YANA 4LYBA 3RZ4A 1L89A 2B6WA 2BQKA 1NF5A 4HTQA 4DT3A 1C6KA 1L59A 1YAQA 1K28A 1LSPA 4XJDA 5FDJA 1GFTA 4EKPA 5C6LA 4GCBA 4A7DA 1JSEA 1LYDA 3TMVA 5KXNA 1KY0A 1D0LA 1HEOA 3FI5A 3HTDA 4HV2A 133LA 4E97A 3TMWA 1T8GA 158LA 3IWRA 1L75A 3EBAB 4H9FA 3D3DA 1GFUA 1PS5A 3DN2A 1HHLA 1CV6A 1L90A 1REXA 1LYSA 154LA 1LYHA 4I7PA 3DKEX 2DQDY 1QUOA 4EXMA 1IOSA 1CU6A 1C6BA 2BQJA 1LI6A 1XGRC 5DN4A 1L35A 1OVKA 2QARC 1LSEA 1L02A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5KJ9 A;  4G4B A;  2HEB A;  1DYA A;  2DBT A;  3M18 B;  214L A;  1LZR A;  1DKJ A;  1LMO A;  4PPO A;  1LMN A;  135L A;  5IHG A;  2OE4 X;  1L80 A;  3C8R A;  7LZM A;  1C6D A;  1LI3 A;  1PQK A;  1GFJ A;  1GEV A;  2HUM A;  4NHI A;  5I4W A;  3HUK A;  1REY A;  1LPI A;  2WAR A;  237L A;  2GV0 A;  1OUB A;  3OJP A;  1OP9 B;  1OWZ A;  3C7Z A;  1C6L A;  1QT7 A;  2H9J A;  4UWN A;  3G3W A;  4XN6 A;  170L A;  1G0K A;  2ZYC A;  1LSF A;  1G0L A;  1LSA A;  1B7M A;  1LMA A;  1L23 A;  1GFA A;  1L19 A;  4N1C C;  2RBP A;  1IP7 A;  1GHL A;  2CGI A;  4G49 A;  1IWU A;  1GFG A;  233L A;  1L92 A;  4OWA A;  216L A;  2LZT A;  2BLY A;  5I53 A;  3C8S A;  2XBS A;  4W59 A;  3T36 A;  2B75 A;  4ZFP A;  1J1X Y;  1JKD A;  5LAG A;  4TX7 A;  1RJC B;  1QT4 A;  3BKH A;  2Y8P A;  4LYM A;  1L58 A;  1LGX A;  1LHH A;  125L A;  223L A;  1LJ3 A;  4MST A;  1C6J A;  252L A;  1DYB A;  4XJH A;  1JEF A;  5A3E A;  4WLT A;  4H9B A;  3SB9 A;  1LOZ A;  3OE6 A;  2B6Y A;  2DQI Y;  1IWW A;  4XJB A;  5II3 A;  232L A;  4XJG A;  3A90 A;  1IC4 Y;  4H9A A; 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