3SB8A

Cu-mediated dimer of t4 lysozyme d61h/k65h by synthetic symmetrization
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
GGPMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKHEAEHLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 53
structure length 165
sequence length 165
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3sb8A00
145LA 1L57A 3UONA 1L0KA 3C82A 4IAPA 3SB5A 126LA 155LA 104LA 1C6TA 169LA 2O7AA 1L29A 1LLHA 1L08A 3NY8A 1L65A 2A4TA 2L78A 103LA 4ARMB 3HT6A 2QB0B 2RBNA 3C7WA 4I7PA 3HDFA 1OWYA 1L17A 1C6IA 5LZMA 199LA 258LA 149LA 1L59A 1ZURA 1D9WA 2OEAX 1QTVA 1L98A 1QTCA 212LA 2QARC 3GUJA 256LA 198LA 3HT8A 107LA 3D4SA 1CVKA 127LA 1L40A 3HTFA 1L82A 180LA 1L20A 1L51A 2B6ZA 1KW7A 102LA 2RB0X 2B75A 1L76A 1CV5A 151LA 3NY9A 3OE0A 4I7MA 1D3JA 230LA 220LA 1L87A 190LA 1L03A 183LA 1CU0A 1LYJA 1P3NA 157LA 1P2RA 2NTGA 2LCBA 2O79A 2B70A 3SB8A 3C80A 3C8QA 1L11A 192LA 3FADA 3HH6A 1L44A 2IGCA 1PQJA 255LA 2B72A 1JQUA 1L49A 2RBQA 1C64A 2B6XA 147LA 1DYCA 1L35A 110LA 1L42A 4K5YA 1L94A 238LA 1L62A 1C6QA 226LA 1QSBA 191LA 2RBPA 1L67A 2RBSA 2F2QA 3OE6A 1P7SA 1C6CA 4ARQA 1C6BA 249LA 3DN6A 144LA 1DYDA 7LZMA 2HUMA 2RB1X 1C69A 1CV3A 137LA 1L66A 1XEPA 1DYBA 1QT7A 1DYGA 1PQMA 2B73A 4W56A 205LA 1LI3A 4OO9A 188LA 181LA 1L23A 1KY0A 3RZEA 146LA 142LA 1QUGA 4I7QA 1L74A 139LA 1ZYTA 1L97A 1C68A 3V2WA 4W53A 1L93A 2OE9X 1QS5A 3SN6R 3HU9A 197LA 1G06A 3RUNA 3SBBC 1K28A 1C63A 1JTMA 3GULA 1G0JA 213LA 3SBAA 1DYAA 1JTNA 3QAKA 4DAJA 1DYEA 2B7XA 2OE7X 1C6KA 3SB9A 1QT8A 1L39A 2F47A 1L02A 227LA 2ANVA 4EJ4A 4W51A 4YXCA 1P36A 216LA 1PQOA 1LWKA 1CUPA 177LA 1C6PA 1OYUA 3DN8A 1L25A 239LA 1L31A 223LA 4S0WA 235LA 1T97A 187LA 1QTHA 167LA 1EPYA 1QT3A 4EKQA 247LA 2Q9DA 1LYDA 1L12A 4DKLA 1LYGA 1T8GA 3C8SA 1C6FA 3DN3A 2RAYX 1L50A 1P2LA 1L16A 4GRVA 4LZMA 1L70A 2B6TA 219LA 2Q9EA 118LA 243LA 1L54A 231LA 156LA 211LA 1L48A 4LDOA 3GUPA 1QUOA 4ARLA 3HH4A 1G07A 1CU2A 1C65A 2OE4X 3GUKA 3GUIA 175LA 1KNIA 4W55A 3C83A 1LI2A 1C6DA 1L32A 1L88A 3DN2A 261LA 165LA 158LA 1L26A 236LA 1LYHA 1DYFA 2RH1A 3FA0A 4ZPUA 1L64A 246LA 2NTHA 257LA 1L47A 1CV4A 2RAZX 1XJTA 141LA 1L06A 1L75A 4DJHA 1C6EA 1LW9A 1L01A 3LZMA 3OE9A 1L19A 1P6YA 3CDTA 3G3XA 233LA 1G0KA 1CTWA 1L07A 1L27A 1NHBA 1T6HA 166LA 112LA 1L61A 253LA 1L91A 1SX2A 1L90A 3HU8A 218LA 1L22A 3L2XA 1L72A 1L84A 1L37A 4PJZA 2B74A 1LYEA 1P64A 114LA 1QT4A 148LE 1P37A 3ODUA 196LA 217LA 3OE8A 1QSQA 4PK0A 113LA 237LA 1L56A 232LA 1L96A 1C6HA 109LA 4ARQB 3HH5A 161LA 2CUUA 128LA 168LA 1L21A 1QTDA 3HTDA 3GUMA 4I7OA 4E97A 4YX7C 1L45A 1SWZA 1C6JA 221LA 3HT7A 2Z6BA 3HUAA 140LA 138LA 189LA 186LA 1I6SA 3FI5A 1D3NA 1ZWNA 2HUKA 1PQIA 184LA 1L95A 225LA 1C62A 120LA 1B6IA 3HDEA 123LA 1QUHA 3CDOA 159LA 2LC9A 1L58A 1L79A 1SWYA 200LA 143LA 170LA 5I14A 1L60A 4I7TA 160LA 4I7SA 4I7NA 129LA 3EMLA 1L43A 1PQDA 4I7RA 4I7LA 1L71A 4W58A 4EXMA 1G0QA 3DMZA 1L80A 1QUDA 1CX7A 3HT9A 1PQKA 1QTBA 1L33A 1WTHA 2OU8A 2B6YA 2OU9A 1QT6A 1L38A 3JR6A 4W59A 1D3FA 3G3VA 4W52A 244LA 3CDRA 242LA 1L46A 206LA 1L24A 1P5CA 262LA 3SB6A 1L04A 4ARMA 3HUKA 3DKEX 3F8VA 2OTZX 1L73A 3DN0A 1OVJA 3PBLA 3SB7A 111LA 1D3MA 1L14A 1G0MA 1P56A 1LGUA 224LA 1CX6A 1L77A 3HWLA 1L99A 1QT5A 1CU3A 171LA 1L05A 4ARJA 1T8FA 176LA 1CU6A 3GUNA 234LA 3HUQA 3CDVA 1L41A 1L81A 2HULA 1L00A 3L64A 251LA 3DN4A 2RBOA 1OWZA 1TLAA 1CV6A 130LA 1OV5A 4LDLA 1C6AA 1D2WA 1P46A 1C6GA 4I7JA 6LZMA 1L68A 254LA 1OVKA 3HH3A 2ANXA 1L69A 3C7YA 1LGWA 1LYIA 1G0LA 4YXAC 245LA 108LA 2OTYX 1L10A 2OU0X 3F9LA 162LA 215LA 1C6LA 163LA 1L15A 1SX7A 4AQNA 115LA 1G1WA 174LA 172LA 2LZMA 1C6NA 250LA 252LA 4ARPA 173LA 1L89A 4EKSA 1C60A 3HTBA 1L30A 1L34A 4EKPA 1L92A 1L28A 185LA 182LA 1G1VA 4EPIA 1L55A 3HTGA 1G0GA 3DMVA 1SSWA 1L09A 4I7KA 1C66A 3PDSA 3G3WA 1KY1A 195LA 4W54A 2F32A 2RB2X 1L53A 150LA 1LWGA 3C8RA 125LA 1XJUA 1L86A 2RBRA 3K2RA 1LPYA 1L36A 1LYFA 1G0PA 3VW7A 3C7ZA 178LA 209LA 131LA 248LA 222LA 1QS9A 240LA 3V2YA 1KS3A 1CV1A 1L13A 1L85A 3CDQA 2B6WA 210LA 1C6MA 164LA 1CV0A 4EKRA 1OVHA 1CU5A 1L0JA 1L83A 1QTZA 201LA 152LA 1D2YA 1C61A 214LA 4EPFA 1CUQA 1L52A 1C67A 229LA 1KW5A 4LDEA 260LA 122LA 1T8AA 1OV7A 1LI6A 1SSYA 3GUOA 1L18A 1L63A 2O4WA 228LA 4GBRB 241LA 3NYAA 3C81A 4W57A 3DMXA 3DNAA 119LA 259LA 1LGXA 3DN1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LJKA 3UONA 5FHWA 126LA 4IASA 2BQDA 2DBTA 104LA 1V7SA 1C6TA 1QUSA 4XN6A 1GF0A 1YANA 4GCBA 1LLHA 5F9UA 1IWVA 1GBXA 3HT6A 1IOQA 3HDFA 1D6PA 1LHLA 1KXXA 154LA 3WPKA 1FKQA 3WYHA 1JHLA 1ZURA 1D9WA 1LSFA 1L98A 3GUJA 4J7VA 3WUMA 1UIGA 4WM2A 198LA 107LA 1CVKA 1LZ4A 1L40A 2BQEA 3LN2A 180LA 1HMKA 4LZTA 5KXPA 1FLUA 1LJGA 5LYZA 4HSFA 1XEKA 1L76A 4NG1A 3NY9A 4H8YA 1D3JA 1L87A 190LA 1L03A 2MECA 1LYJA 4H93A 2O79A 2B70A 3C8QA 192LA 4WM5A 2IGCA 2B72A 2RBQA 1UACY 1L35A 110LA 2W1MA 1LSDA 1L62A 4OWBA 5LIOA 5LVHA 4DD0A 1RFPA 2F2QA 2NWDX 1LSNA 1P7SA 1C6CA 1IC7Y 4ARQA 207LA 4XJFA 1WQMA 4GN4A 4DD7A 2RB1X 1GF3A 5E4PA 1DYBA 1D0MA 1LJNA 205LA 1LOZA 3RZEA 146LA 1GF7A 1GFAA 4U3XB 5L3IA 3W6AA 1GBOA 4NGOA 3V2WA 4HPEA 1QS5A 3D3DA 3A94A 2YSSC 197LA 2DQAA 1NKHA 4LYZA 3SP3A 4RDSA 3LYZA 1SQ2L 5APCA 2OE7X 3OJPA 1QT8A 1L39A 5FEKA 2Z18A 2X0AA 1L02A 227LA 5DN4A 4LT1A 216LA 4GLVA 1HSXA 1VDSA 5DM9A 4G49A 3J6KA 1REZA 187LA 1QDTA 4NGZA 167LA 1HHLA 3W6CA 4W96A 4N5RA 1CKGA 5B06A 4DD1A 4EKQA 3WU8A 1OUHA 3WU9A 3ZVQB 3BKVA 1LYDA 2XQOA 1LYGA 1KXWA 2RAYX 1L50A 1NQIA 219LA 118LA 243LA 2MEFA 3HFMY 2EQLA 5LAGA 4Z98A 5F16A 1C43A 1EL1A 3T36A 1CU2A 1MLCE 5KXLA 2OE4X 1JSEA 3GUIA 4W55A 1KNIA 3C83A 1C6DA 1L32A 2BQHA 1UC0A 1DXJA 1L26A 236LA 3WULA 3CB7A 1WQPA 4ZPUA 5C6IA 1L64A 1LZRA 1CJ6A 2NTHA 1IP7A 3A90A 1BHZA 2RAZX 1L06A 1T3PA 1VATA 4TWSA 1HNLA 3WMKA 4LYMA 1P6YA 4OWAA 1LMAA 1CTWA 1L07A 1L27A 1KIPC 1QQYA 1IC4Y 253LA 1L90A 1MELL 3HU8A 218LA 3RZ4A 1AM7A 2Y8PA 4WLXA 1HEWA 4PJZA 4DD2A 1LJFA 2B74A 4NHIA 1B7OA 1TBYA 2FYDA 1P37A 3ODUA 4WG1A 1GB3A 232LA 1L96A 1C6HA 161LA 128LA 1L21A 1QTDA 1IR8A 5I5QA 3GUMA 193LA 4YX7C 5C6JA 5F14A 2Z6BA 140LA 3A67Y 3AZ6A 5KXXA 3K3TA 1IIZA 225LA 1L95A 4ET9A 4ZEEA 1JJ0A 4ETEA 200LA 132LA 160LA 194LA 3EMLA 1IWWA 4I7RA 1XSFA 1KXYA 3DMZA 1QUDA 3WU7A 3A3QA 1QTBA 3HBDA 2OU8A 1BQLY 135LA 2OU9A 1QT6A 3TMXA 3JR6A 5HLLA 4BAFA 1B7MA 1D3FA 1LZGA 4P2EA 3CDRA 206LA 4NSJA 1UIHA 3W6EA 1W08A 1P5CA 3SB6A 4XJHA 4ARMA 1GFEA 3DKEX 3TXKA 1WQNA 1YKXX 3BKHA 1GF5A 1LGUA 2G4QA 4NHTA 1HEMA 4LYBA 3CDVA 2BAAA 1E8LA 2HULA 1L00A 3L64A 1LZDA 1C45A 3CQLA 1REYA 1BWHA 1LZCA 1QIOA 1IP5A 4N9RA 1G7MC 1C6AA 2C8PA 1D2WA 1C6GA 4HJZA 1REMA 1D9UA 2BQKA 4YXAC 1IY3A 245LA 2OU0X 1GXV2 3F9LA 162LA 1WTMA 1UCOA 1OUEA 4GLAA 1NHEA 1SX7A 1UICA 4AQNA 1BWJA 3ATOA 1F0WA 1GFUA 250LA 3RT5X 1HEOA 252LA 3CT1A 1L30A 1LHMA 1L92A 2F30A 4XYYA 1QSWA 1G0GA 5FCPA 5KXKA 4Z3MA 1LZ5A 5D5CA 5IELA 1IP4A 1C66A 1OQMA 3PDSA 4MSTA 1G7LC 3G3WA 2F4AA 4W54A 3AZ5A 4TSCA 1NWGA 4DQ7A 1G0PA 1WQOA 5D5FA 178LA 248LA 3A96A 5KY1A 1QS9A 1KS3A 1CV1A 3TXEA 2B6WA 1LJ3A 5LVKA 1CV0A 1LZAA 1CU5A 1B5VA 1L83A 4BADA 1GF8A 1QTZA 3P64A 5T3FA 1HC0A 4C3WA 1CUQA 2YBHA 1AZFA 1NBZC 1SSYA 1L18A 1GXXA 2O4WA 1B5XA 2YBJA 4E3UA 4NHSA 1DI4A 4YOPA 1TAYA 153LA 4W57A 4BS7A 1IOTA 3DNAA 119LA 1HELA 1IP6A 3FE0A 3DN1A 1IY4A 145LA 1L57A 1L0KA 3C82A 3WPJA 4H8ZA 5KXNA 169LA 2O7AA 3QY4A 4HJYA 1B5YA 1GFTA 2A4TA 1IC5Y 103LA 3WXTA 5JENB 1H6MA 1OWYA 5LZMA 258LA 149LA 1BVKC 1GB6A 1LMOA 2F4GA 2OEAX 3RNXA 127LA 3HTFA 1JIYA 4D9ZA 1C10A 3WVXA 2Z2FA 2B6ZA 3CSRA 1KW7A 5A3ZA 102LA 2RB0X 1CV5A 151LA 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4YEMA 1B7NA 2AUBA 112LA 1PZYA 1L72A 1L84A 1XEIA 2BQAA 1HSWA 1LYEA 1P64A 2DQCY 1QT4A 6LYTA 4DT3A 2PC2A 3OE8A 2ZWBA 4PK0A 4NGKA 237LA 1L56A 1G7JC 4ARQB 1DKKA 2BQMA 4W94A 2CUUA 4J0LA 168LA 4PPOA 4I7OA 1C46A 3HUAA 3FI5A 4ETAA 1OUIA 2HUKA 1C62A 3HDEA 4BAPA 5DN5A 1RCMA 2LC9A 5F9XA 1L58A 1L79A 143LA 170LA 4UWUA 2D4IA 4I7TA 1BVXA 3ZEKA 1B7LA 4I7SA 1YAMA 4W58A 4EXMA 1DPXA 5M1YA 1JTTL 4OOTA 1IVMA 1GFGA 3M3UA 2B6YA 4B49A 1OUGA 5FDJA 1LZ1A 2ZYCA 3G3VA 5I53A 4W52A 1L46A 1I1ZA 1L24A 4R0FA 2ZQ4A 1D3MA 224LA 1P56A 4A7DA 1IORA 3LZTA 1IX0A 1QT5A 1ZMYL 5KKJA 4ARJA 1GHLA 3LYOA 4ETCA 1CU6A 2HECA 3HUQA 251LA 1LZSA 2BLXA 1NMMA 1OWZA 1CV6A 1LJEA 5I54A 2MEGA 1DPWA 4I7JA 1XGRC 3HH3A 254LA 2DQJY 2ANXA 1WVVA 1IOCA 2VB1A 108LA 2XTHA 1KIQC 1YAPA 1Z55A 4DDBA 2HEEA 1C6LA 115LA 4B4EA 174LA 172LA 4AXTA 4PHIA 2DQIY 4ARPA 1L89A 5II3A 1C60A 4EKPA 2BQGA 2BLYA 185LA 182LA 1LMPA 1C08C 3HTGA 1OUDA 2GV0A 2H5ZA 3P65A 3AW7A 4DDCA 5LVJA 2CWIA 150LA 1I20A 1INUA 4MR1A 1LPYA 8LYZA 5B07A 3V2YA 4GCDA 5KXRA 2YBNA 3CDQA 4LGKA 1UIEA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LJK A;  3UON A;  5FHW A;  126L A;  4IAS A;  2BQD A;  2DBT A;  104L A;  1V7S A;  1C6T A;  1QUS A;  4XN6 A;  1GF0 A;  1YAN A;  4GCB A;  1LLH A;  5F9U A;  1IWV A;  1GBX A;  3HT6 A;  1IOQ A;  3HDF A;  1D6P A;  1LHL A;  1KXX A;  154L A;  3WPK A;  1FKQ A;  3WYH A;  1JHL A;  1ZUR A;  1D9W A;  1LSF A;  1L98 A;  3GUJ A;  4J7V A;  3WUM A;  1UIG A;  4WM2 A;  198L A;  107L A;  1CVK A;  1LZ4 A;  1L40 A;  2BQE A;  3LN2 A;  180L A;  1HMK A;  4LZT A;  5KXP A;  1FLU A;  1LJG A;  5LYZ A;  4HSF A;  1XEK A;  1L76 A;  4NG1 A;  3NY9 A;  4H8Y A;  1D3J A;  1L87 A;  190L A;  1L03 A;  2MEC A;  1LYJ A;  4H93 A;  2O79 A;  2B70 A;  3C8Q A;  192L A;  4WM5 A;  2IGC A;  2B72 A;  2RBQ A;  1UAC Y;  1L35 A;  110L A;  2W1M A;  1LSD A;  1L62 A;  4OWB A;  5LIO A;  5LVH A;  4DD0 A;  1RFP A;  2F2Q A;  2NWD X;  1LSN A;  1P7S A;  1C6C A;  1IC7 Y;  4ARQ A;  207L A;  4XJF A;  1WQM A;  4GN4 A;  4DD7 A;  2RB1 X;  1GF3 A;  5E4P A;  1DYB A;  1D0M A;  1LJN A;  205L A;  1LOZ A;  3RZE A;  146L A;  1GF7 A;  1GFA A;  4U3X B;  5L3I A;  3W6A A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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