3SB9A

Cu-mediated dimer of t4 lysozyme r76h/r80h by synthetic symmetrization
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
PMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVHGILHNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 56
structure length 163
sequence length 163
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3sb9A00
161LA 180LA 1L63A 1LGUA 1OV5A 3CDVA 236LA 3SB7A 1L03A 210LA 1OWZA 1CVKA 1L09A 1LW9A 170LA 1L84A 1L49A 2B72A 228LA 1L32A 241LA 3HT9A 1C61A 3FADA 1P2LA 3DMZA 1D3MA 1L42A 211LA 2QARC 4ARQB 1CV0A 1G0MA 1L69A 4ARLA 1L97A 127LA 4DJHA 1L23A 1CTWA 3C82A 1L07A 4ARMA 1L44A 1L93A 156LA 169LA 3PBLA 215LA 4EKRA 149LA 139LA 1L92A 3ODUA 1L79A 1LI2A 261LA 3SN6R 1L85A 3LZMA 4EKSA 248LA 192LA 2O7AA 1L39A 1L94A 1L10A 1KW7A 1KW5A 2RAZX 3DN8A 2QB0B 1QS5A 1L25A 1L51A 4DAJA 4I7LA 159LA 2O79A 3DN6A 1QT6A 1L90A 1L38A 2B6ZA 1P5CA 1XEPA 1P37A 1CU0A 1WTHA 1PQJA 1B6IA 1ZWNA 1G07A 3C7WA 118LA 254LA 238LA 217LA 216LA 1L17A 2F2QA 3GUPA 1L27A 2ANXA 4LDOA 1KS3A 231LA 145LA 225LA 3RUNA 2B70A 1L82A 230LA 3G3WA 1OWYA 165LA 1DYCA 182LA 1KY1A 222LA 1LI3A 174LA 1CV5A 3HT7A 206LA 5I14A 4W55A 2RBNA 1LGWA 1LGXA 229LA 2RH1A 1L54A 1L36A 4W59A 1LYFA 160LA 1L50A 4YX7C 1L20A 4EJ4A 3HH6A 6LZMA 184LA 1L01A 1QTDA 4EKPA 3GUIA 1L59A 1SWYA 2B75A 1JTNA 1C6LA 2RBPA 1G1WA 2LCBA 4W56A 162LA 1CV4A 1P64A 1PQOA 1CX6A 4W52A 258LA 1QUOA 3HU9A 2B7XA 3D4SA 111LA 1C60A 3HT8A 178LA 1L57A 2B73A 146LA 138LA 227LA 1C6MA 3GUJA 233LA 1LYIA 1L80A 1L0JA 1OVJA 4EPIA 191LA 108LA 3HTGA 1CV3A 4I7PA 2OE7X 3GUNA 1L29A 4EPFA 2RBOA 3OE8A 1LI6A 150LA 240LA 3DNAA 1ZYTA 3NY9A 209LA 4LDEA 239LA 1C6TA 1QT3A 1CV6A 223LA 2ANVA 2OE9X 1L64A 1JTMA 224LA 1LYDA 166LA 1L74A 1L91A 2OE4X 3C83A 1LYGA 3OE0A 1L70A 1L67A 3DMVA 3HH4A 1L43A 1L47A 1L15A 3SB5A 197LA 235LA 148LE 1C6DA 3HH5A 218LA 1CV1A 1L60A 1L75A 256LA 3C81A 1LLHA 3OE6A 1L83A 3HDEA 1C6HA 1P3NA 1C64A 1CUQA 1L05A 151LA 1C6QA 2OU0X 3HH3A 1CU5A 1PQIA 3L2XA 187LA 4EXMA 255LA 1L11A 1LWKA 1CUPA 3HUKA 4S0WA 155LA 3C80A 1L72A 176LA 130LA 1D2WA 220LA 120LA 1KNIA 2O4WA 1C6EA 1L18A 251LA 1L88A 1T97A 1L89A 1QTCA 2B74A 1L73A 2RB1X 2L78A 1P2RA 1L45A 3DN4A 109LA 3G3VA 113LA 1T6HA 247LA 3CDTA 4ARMB 177LA 1PQMA 3DN2A 3K2RA 2RB0X 2F47A 4GBRB 173LA 4AQNA 1C66A 1DYDA 1I6SA 1L40A 3JR6A 1XJUA 3CDOA 1L02A 1C6KA 1L81A 3C8RA 164LA 158LA 1XJTA 1C6PA 260LA 3G3XA 1C6AA 4GRVA 2Z6BA 1QS9A 3NYAA 212LA 1G0PA 2LC9A 4I7KA 128LA 1QUDA 3DN0A 1ZURA 1G0LA 234LA 3V2WA 205LA 4W51A 3SB8A 115LA 1K28A 4EKQA 3GUMA 1C6FA 4ZPUA 137LA 198LA 112LA 1G1VA 3CDRA 5LZMA 257LA 226LA 3QAKA 1EPYA 3GUOA 1L53A 195LA 250LA 1SSYA 4I7RA 1T8FA 4LZMA 4W57A 196LA 3C8SA 1C6JA 1L14A 1L71A 199LA 1L21A 4YXCA 142LA 185LA 1C6NA 1QUHA 1L31A 1L68A 1C6BA 167LA 2LZMA 3SB9A 1QTHA 3SBAA 2HULA 1TLAA 1QUGA 1L41A 7LZMA 3DN1A 1L28A 114LA 1L12A 1L22A 259LA 1L34A 1NHBA 2RBSA 1L65A 1L62A 221LA 4W54A 1L16A 4DKLA 122LA 4IAPA 1L95A 2B6TA 103LA 3CDQA 1L87A 1CU2A 181LA 1OYUA 188LA 232LA 3HU8A 1P7SA 245LA 3OE9A 2HUMA 175LA 4ARJA 3VW7A 2Q9DA 1DYGA 1G06A 1CU6A 1C68A 1L96A 183LA 104LA 4W53A 3UONA 1C65A 3L64A 1P6YA 1QTVA 1CX7A 200LA 1L46A 3HT6A 4ARPA 1L77A 171LA 4I7NA 4K5YA 126LA 1G0KA 1L66A 107LA 2NTGA 3HUAA 125LA 1QT7A 1L48A 1SX2A 1LYEA 1L13A 1L30A 243LA 4YXAC 186LA 3FA0A 2IGCA 1D9WA 4I7OA 1LYHA 1LPYA 2OTZX 1L55A 172LA 1DYFA 3HTFA 1L00A 190LA 252LA 2B6WA 1L35A 3C8QA 157LA 1C67A 1C6CA 3HTDA 1LYJA 147LA 242LA 249LA 1L86A 3GULA 1QTZA 3SB6A 3FI5A 1D3JA 1CU3A 262LA 3HUQA 1C62A 1L61A 2F32A 168LA 3C7ZA 219LA 1L26A 2RBRA 1L98A 143LA 1T8AA 1OV7A 3SBBC 152LA 201LA 1KY0A 129LA 1L33A 4PK0A 1G0JA 1P56A 2NTHA 102LA 3C7YA 131LA 1L19A 1PQKA 1QSQA 1L06A 1JQUA 2A4TA 3HTBA 1SX7A 1L52A 1C63A 1OVHA 3F8VA 144LA 1C6GA 4I7SA 2RAYX 163LA 1D3FA 244LA 3DMXA 3HDFA 1G0QA 1L0KA 1L24A 2OTYX 1L58A 1L04A 2B6XA 1QT5A 1QT8A 189LA 1P36A 1C69A 4I7QA 3DKEX 4ARQA 4I7MA 237LA 119LA 1D3NA 2HUKA 1L99A 1G0GA 3DN3A 140LA 253LA 2RB2X 1DYEA 1L76A 1OVKA 3NY8A 1DYBA 1L37A 1PQDA 4LDLA 2OEAX 3GUKA 1L56A 1QTBA 4OO9A 1D2YA 1QT4A 1T8GA 214LA 2OU8A 3V2YA 1SSWA 110LA 4W58A 1QSBA 1DYAA 2CUUA 4I7TA 2B6YA 3F9LA 3PDSA 4E97A 246LA 3RZEA 1LWGA 141LA 1SWZA 4I7JA 1L08A 2RBQA 3HWLA 1C6IA 4PJZA 2OU9A 213LA 2Q9EA 1P46A 3EMLA 123LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
161LA 1T3PA 4ETBA 4C3WA 3SB7A 1JJ1A 1CVKA 1D0KA 2FYDA 1LJNA 1L09A 1LW9A 1L49A 2B72A 228LA 241LA 3HT9A 1VDQA 1JIYA 134LA 5KXXA 5KXMA 4ARQB 1CV0A 4LYBA 4AXTA 4ARLA 1L97A 127LA 4WMGA 4XJBA 1L07A 1IP5A 1IP1A 4KXIA 156LA 1MELL 5FHWA 1VDSA 4N9RA 3PBLA 215LA 3FE0A 1PS5A 1L79A 1OUDA 3SN6R 3LZMA 4MR1A 248LA 2WARA 1YAOA 1CJ7A 1LMQA 1KW7A 2RAZX 3HFMY 4IASA 1HELA 1KXXA 4DAJA 1NWGA 4G9SA 3RW8A 4J1BA 4I7LA 135LA 3F6ZA 2ZWBA 4QY9A 1JTOL 1GBXA 5I53A 1LZNA 1B5WA 1G07A 118LA 254LA 2MECA 1OUCA 3GXKA 238LA 217LA 2F2QA 3A67Y 2W1LA 2DQEY 1GAZA 2ZIJA 1UA6Y 2C8PA 2HU1A 1DYCA 1LI3A 1GFTA 5I14A 1GB8A 1VFBC 1IOTA 1IY3A 3LYOA 1L36A 4W59A 1LYFA 1GE3A 2Z18A 1XEKA 1LSFA 2CWIA 4PRQA 2EQLA 4U3XB 1C6LA 2RBPA 1H87A 162LA 1CV4A 3CSQA 2FBDA 1CX6A 2IHLA 258LA 4LYOA 3D4SA 1C60A 2B73A 1IVMA 1ZV5L 1C6MA 1WQOA 1L80A 1UIGA 1GFJA 1CV3A 2HEFA 3TMWA 1C10A 4I7PA 2RSCA 1L29A 1ZYTA 1IOQA 1UCOA 4LDEA 1NQIA 1JTMA 2MEIA 1GFKA 1RFPA 5LINA 1L70A 1CKHA 3N9EA 4DDBA 4DD7A 1TCYA 3RU5A 1L15A 4XYYA 4WLDA 1L75A 1B5UA 4O34A 3OE6A 1OUJA 8LYZA 1CUQA 1GD6A 1C6QA 5LVGA 3HH3A 1CU5A 1PQIA 3B0IA 4EXMA 1L11A 5F9XA 4YOPA 3HUKA 3TXKA 5FDJA 1D2WA 220LA 3BKHA 1J1OY 5KXWA 1L18A 1L88A 1L89A 1XGTC 5FELA 1XGQC 1HNLA 4KPMA 1G7LC 3LZTA 1LKSA 1C7PA 1HEQA 109LA 1YILA 247LA 5LYZA 4QDNA 3N9AA 4WM4A 4GBRB 173LA 3WU8A 1QQYA 3JR6A 3EO5A 1C45A 1WQMA 3TXGA 3C8RA 4H9IA 1XJTA 1UACY 1QS9A 1HFXA 194LA 212LA 1QUDA 4CHXA 234LA 4WL7A 205LA 4W51A 3IWRA 5I4XA 3GUMA 112LA 2HEEA 3A91A 1G1VA 5ILCA 1YROA 2LYOA 257LA 1JJ3A 2FYCA 3LYTA 3WXTA 3TXJA 1LJKA 3P64A 1T8FA 4W57A 196LA 1JSEA 4B4IA 1L21A 142LA 1IWXA 4WG7A 1QUHA 1C6BA 3TXHA 1UUZC 2LZMA 1J1XY 5LYMA 4GLAA 1LHIA 1QTHA 3TXIA 1F0WA 1DKJA 1LSYA 3CT5A 259LA 1B5XA 2MEGA 1NHBA 5J7CA 2RBSA 4LYZA 1GE4A 4NGJA 2B6TA 3FI7A 1L87A 1CU2A 181LA 3A34A 232LA 3QE8A 1XGPC 175LA 5B05A 5DL9A 1GE2A 3VW7A 2DQJY 4N1CC 1GBWA 1CU6A 1C68A 1INUA 5KKJA 4W53A 4DD0A 2H9JA 1DPXA 1LJIA 2FBBA 4H94A 1GB6A 1L46A 4ARPA 4ETCA 4I7NA 4EOFA 107LA 3OJPA 5I5QA 5KJ9A 1L48A 186LA 1FN5A 4GCEA 1D9WA 4TTDA 2EPEA 9LYZA 5APFA 1L55A 3D9AC 3A8ZA 3HTDA 1C67A 1C6CA 4WOAA 5KXRA 1LYJA 3A3RX 1LJEA 1L86A 4NY5A 1QTZA 4PHIA 262LA 1C62A 1L61A 1L26A 2RBRA 4Z3MA 1DPWA 3M18B 5LVKA 1LYYA 1UIDA 1GXV2 4PK0A 4DYGA 102LA 3C7YA 4G4CA 2YBLA 4N8ZA 1YAQA 1JQUA 1L52A 4WM1A 4ML7A 4Z98A 1D3FA 3DMXA 1G7HC 5HMJA 4ETAA 1L04A 1QT5A 189LA 1C69A 3DKEX 4ARQA 2HUKA 1BB5A 5ILFA 3VWOA 1LZEA 253LA 2RB2X 1WVVA 2Z37A 3M3UA 1LMOA 4OOOA 1L37A 1LAAA 1LSDA 1PQDA 2OEAX 1L56A 5C6LA 1D2YA 1QSWA 1QT4A 2W1XA 3AW6A 4OW1A 3TXEA 110LA 1WVUA 4NSIA 3F9LA 1IWVA 4QGZA 1LWGA 1LZGA 4H9CA 1LZ1A 3RZ4A 3EMSA 3HUAA 4XJDA 1QUTA 3W6BA 3CDVA 236LA 3T6UA 1VATA 170LA 1FDLY 1GB7A 4NIJA 2XBSA 1CJ8A 2DQAA 1I56A 4DDAA 1L42A 1AM7A 2QARC 1GF0A 3D3DA 5C6IA 4B1AA 1G0MA 1L69A 1FKQA 2IFFY 2Z19A 3CT1A 4PPOA 1L44A 1I1ZA 4ARMA 7LYZA 4ET9A 4EKRA 1D9UA 2YBJA 3CQLA 5LAGA 2BQMA 3E3DA 1GHLA 4LYTA 1DI5A 1L94A 5KXNA 3DN8A 4NHPA 1CJ6A 2QB0B 1QS5A 1L51A 1LZBA 3TXFA 159LA 2O79A 3DN6A 4HPEA 1L90A 1L38A 4J7VA 4NHSA 3TXDA 4M4OA 5B1FA 3LYZA 1CU0A 1PQJA 1ZWNA 3K3TA 1BB4A 1B5YA 1OUFA 4FJRA 1HSWA 2Z2FA 2DKVA 1L27A 2ANXA 4LDOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 161L A;  1T3P A;  4ETB A;  4C3W A;  3SB7 A;  1JJ1 A;  1CVK A;  1D0K A;  2FYD A;  1LJN A;  1L09 A;  1LW9 A;  1L49 A;  2B72 A;  228L A;  241L A;  3HT9 A;  1VDQ A;  1JIY A;  134L A;  5KXX A;  5KXM A;  4ARQ B;  1CV0 A;  4LYB A;  4AXT A;  4ARL A;  1L97 A;  127L A;  4WMG A;  4XJB A;  1L07 A;  1IP5 A;  1IP1 A;  4KXI A;  156L A;  1MEL L;  5FHW A;  1VDS A;  4N9R A;  3PBL A;  215L A;  3FE0 A;  1PS5 A;  1L79 A;  1OUD A;  3SN6 R;  3LZM A;  4MR1 A;  248L A;  2WAR A;  1YAO A;  1CJ7 A;  1LMQ A;  1KW7 A;  2RAZ X;  3HFM Y;  4IAS A;  1HEL A;  1KXX A;  4DAJ A;  1NWG A;  4G9S A;  3RW8 A;  4J1B A;  4I7L A;  135L A;  3F6Z A;  2ZWB A;  4QY9 A;  1JTO L;  1GBX A;  5I53 A;  1LZN A;  1B5W A;  1G07 A;  118L A;  254L A;  2MEC A;  1OUC A;  3GXK A;  238L A;  217L A;  2F2Q A;  3A67 Y;  2W1L A;  2DQE Y;  1GAZ A;  2ZIJ A;  1UA6 Y;  2C8P A;  2HU1 A;  1DYC A;  1LI3 A;  1GFT A;  5I14 A;  1GB8 A;  1VFB C;  1IOT A;  1IY3 A;  3LYO A;  1L36 A;  4W59 A;  1LYF A;  1GE3 A;  2Z18 A;  1XEK A;  1LSF A;  2CWI A;  4PRQ A;  2EQL A;  4U3X B; 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