3SBBC

Disulphide-mediated tetramer of t4 lysozyme r76c/r80c by synthetic symmetrization
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
PMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVCGILCNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 57
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3sbbC00
219LA 2RBOA 1D9WA 1DYEA 1L19A 261LA 104LA 123LA 4GRVA 1PQKA 3QAKA 1C6BA 228LA 1QTVA 255LA 1L15A 4IAPA 3OE8A 1L97A 2B70A 1SX7A 3FI5A 183LA 1CV1A 198LA 1QSQA 1SWYA 145LA 1WTHA 2NTHA 1P46A 243LA 1C60A 1DYCA 1D3JA 1L71A 3HU9A 2O4WA 3C8SA 1L0JA 144LA 1T6HA 1JTNA 205LA 3F9LA 147LA 1K28A 1L03A 226LA 2RH1A 2RBRA 1CU2A 1L50A 1LYHA 3UONA 1L20A 1G0QA 152LA 1OV5A 1QTBA 2F2QA 2QARC 1L66A 3PBLA 1L12A 1P6YA 1L40A 192LA 2F32A 3SB5A 1C6JA 185LA 1DYAA 254LA 115LA 3NY9A 4S0WA 4DKLA 1CX6A 2ANVA 215LA 1L90A 1C64A 1C6LA 107LA 3HTBA 4W55A 172LA 1L84A 1L23A 1L73A 209LA 4ARQB 3GUNA 3C82A 4EPFA 1DYDA 4ARPA 1C6GA 3HT6A 1L76A 212LA 151LA 3DN6A 150LA 1P56A 4OO9A 186LA 199LA 160LA 259LA 4LDEA 1OWZA 1L87A 1C6CA 191LA 1L81A 4E97A 7LZMA 3GUPA 3HT9A 3F8VA 195LA 238LA 1P36A 1L35A 218LA 3HDFA 4YX7C 1L10A 1LPYA 247LA 1QUGA 2OTYX 2O79A 1CTWA 3HTDA 4DAJA 1XEPA 2A4TA 256LA 1L70A 2B75A 3V2YA 1L58A 162LA 1D2WA 1OV7A 2B72A 1ZURA 3SBBC 166LA 122LA 1JQUA 1CUQA 1D2YA 1L65A 2L78A 257LA 1L86A 1SSYA 180LA 1P64A 111LA 1PQDA 3G3VA 245LA 1C68A 114LA 229LA 3FADA 3DN4A 1L21A 221LA 1LYEA 6LZMA 2Q9EA 2HUMA 1P2LA 3V2WA 251LA 1OVKA 1KW5A 110LA 1L13A 1LYFA 169LA 3GUIA 143LA 148LE 1L17A 4I7PA 1T97A 2B7XA 1L52A 137LA 3DMVA 1L93A 1L61A 1L31A 1L26A 2RAYX 2RBSA 1QTZA 1JTMA 4DJHA 3DMXA 3HT8A 1L75A 1L57A 1L0KA 1LYJA 1KNIA 2QB0B 3K2RA 146LA 234LA 2OE7X 2HUKA 1L72A 1G0PA 1KW7A 1CU6A 3G3XA 129LA 1OVHA 3CDRA 1C67A 1L48A 1L63A 4W51A 159LA 2CUUA 4ARQA 1LYIA 1LI3A 4I7OA 2NTGA 3OE6A 4ARLA 4K5YA 1QUDA 230LA 1L33A 1L64A 1L37A 1LGWA 224LA 1L82A 1I6SA 131LA 4YXAC 1D3NA 244LA 3HT7A 187LA 3CDTA 3C8RA 155LA 4I7LA 246LA 1EPYA 1L95A 2B6WA 1QT7A 2B6TA 1C63A 1DYGA 1P2RA 232LA 3GUJA 1L16A 182LA 2HULA 216LA 109LA 140LA 1LYGA 4LZMA 1C6AA 3NYAA 102LA 220LA 1L92A 3L64A 1L01A 1L60A 3C83A 1L67A 4I7JA 1L68A 3C7WA 1G0LA 167LA 2OTZX 4W57A 1L44A 1CV4A 3D4SA 164LA 4I7QA 1CU5A 3DN0A 1CX7A 3HU8A 1TLAA 1C65A 3SN6R 3VW7A 1L89A 3LZMA 1L00A 1C6QA 2F47A 4GBRB 1KS3A 126LA 163LA 1L25A 3SB6A 2B73A 1L43A 4W52A 3GUMA 1L08A 1L06A 3C80A 3SBAA 3HDEA 1QUOA 4I7NA 1QSBA 1L07A 3CDQA 3RZEA 1C6DA 1KY1A 1T8FA 2RAZX 1L14A 250LA 217LA 3DN1A 3HH5A 1DYFA 1L02A 3HH4A 1L59A 1CU0A 2Z6BA 252LA 2IGCA 1C6NA 260LA 222LA 262LA 1C66A 1L56A 231LA 237LA 2OU9A 3GUKA 1L41A 211LA 4YXCA 200LA 4LDLA 1PQOA 1C6MA 1CVKA 149LA 1L11A 214LA 2OE4X 206LA 235LA 1LYDA 4PJZA 3DN8A 1OWYA 1L24A 4EKQA 1G07A 1CV3A 1CV6A 1CU3A 249LA 3C7YA 112LA 1QS5A 227LA 3DMZA 4ZPUA 1T8GA 2OEAX 2B6YA 1XJUA 4ARJA 2RBPA 4I7SA 3CDOA 128LA 1G1VA 4W53A 188LA 1C6EA 3NY8A 196LA 3HTFA 1DYBA 4EKPA 2RBNA 1C6TA 1L39A 1LI6A 1QTHA 1LW9A 3G3WA 1L54A 1D3MA 4W59A 1L49A 120LA 258LA 2OU0X 1L53A 1QT6A 1LGUA 1L42A 1PQJA 1KY0A 236LA 1P7SA 1ZYTA 1LI2A 213LA 3GULA 139LA 1QT3A 1NHBA 1ZWNA 1QT4A 3DN2A 3OE0A 1L94A 1G0KA 1L28A 4AQNA 103LA 1OYUA 197LA 1C6HA 1LWGA 201LA 2RB2X 3C81A 3HTGA 1L83A 142LA 4EPIA 3ODUA 2RB1X 1L55A 1T8AA 1QUHA 1OVJA 3SB7A 4I7RA 127LA 1C6KA 1P3NA 1L91A 3DN3A 1L30A 2OU8A 3CDVA 4I7TA 1L38A 3SB8A 4EXMA 3HUAA 1XJTA 4EKRA 157LA 3JR6A 3SB9A 1L18A 3HUKA 141LA 1L34A 4EKSA 170LA 1SX2A 176LA 2B6XA 5LZMA 3FA0A 3PDSA 1L98A 2B74A 3GUOA 4W58A 168LA 130LA 1L85A 1L46A 1G0GA 2B6ZA 4W56A 1L22A 156LA 1G0MA 1L62A 1L80A 3HWLA 1L29A 3DKEX 1C6IA 253LA 3C8QA 1C6PA 125LA 1L77A 3OE9A 181LA 173LA 184LA 1L96A 108LA 1L45A 2Q9DA 175LA 5I14A 1G1WA 178LA 1C6FA 1C61A 161LA 1G0JA 2RB0X 4I7MA 1QT8A 113LA 1P5CA 2RBQA 4EJ4A 1L99A 241LA 3HH6A 239LA 1LWKA 1SWZA 1PQIA 2ANXA 1L51A 2OE9X 2O7AA 210LA 1LLHA 1SSWA 4ARMA 1L88A 1PQMA 240LA 1L05A 223LA 3L2XA 1QS9A 2LCBA 138LA 2LZMA 1L36A 225LA 4W54A 1G06A 1P37A 3EMLA 3C7ZA 1CUPA 1L47A 3HH3A 2LC9A 1L74A 1QTCA 1C62A 4PK0A 1D3FA 1CV0A 1B6IA 189LA 1L69A 1QT5A 248LA 1CV5A 177LA 1C69A 4LDOA 171LA 165LA 1L32A 3RUNA 242LA 233LA 4I7KA 119LA 3HUQA 1L04A 1QTDA 118LA 190LA 174LA 1LGXA 4ARMB 3DNAA 1L79A 158LA 1L27A 1L09A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2I25L 2RBOA 1D9WA 4ET8A 1DYEA 1LSBA 3A94A 4J1AA 1C6BA 133LA 3WW5A 1QTVA 255LA 1L15A 1BB7A 4OW1A 2B70A 1SX7A 4NEBA 3FI5A 1SWYA 145LA 1WTHA 1DYCA 1LZ5A 5F81A 4TSBA 1KXWA 3C8SA 2HTXA 1N4FA 4QEQA 5KXZA 1K28A 4YENA 1RFPA 3UONA 1YROA 7LYZA 3WPKA 3PBLA 152LA 2D4KA 1L12A 4XENA 4DD7A 1NKHA 3FE0A 5I4WA 1YL1X 4EOFA 1MLCE 4I0CA 4UWUA 1UIHA 1DYAA 115LA 4NGJA 3NY9A 1TAYA 4P2EA 5HNCA 2HEDA 1C64A 2XQOA 3HFMY 4NSJA 4RLMA 4W55A 1EQ4A 1QQYA 1IR9A 4HV2A 2EPEA 1LMAA 1L84A 1L23A 3WUAA 3GUNA 134LA 1GE0A 2BAAA 3CSQA 1L76A 3B0IA 1GPQC 4ZFPA 2ZWBA 1WQOA 1YAOA 4H8XA 150LA 4OO9A 160LA 1OWZA 4WM4A 4H93A 4NWEA 5LYTA 2MEBA 2F2NA 7LZMA 1HEPA 4GLAA 3HBEX 3LZ2A 1BVXA 1G7LC 3HDFA 1IP7A 1BB6A 247LA 3J6KA 1REXA 4NGOA 1F10A 1CTWA 1C7PA 3HTDA 1FLWA 4DAJA 3F6ZA 4OWHA 3TXDA 2FBBA 2A4TA 1YILA 1L70A 1BQLY 2YVBA 1DQJC 1WVUA 1IWXA 1G7JC 1JJ1A 3SBBC 1SLYA 1CUQA 4TX7A 180LA 1J1PY 245LA 4H9AA 114LA 3FADA 1GDXA 4H94A 3KAMA 1LMOA 1DXJA 2HUMA 1OVKA 1PZYA 3GUIA 1LYFA 148LE 1B0DA 1T97A 1LKRA 3DMVA 1HC0A 4PPOA 2BQIA 2RAYX 3D3DA 3A6BY 1QTZA 4DJHA 1IWVA 2LZ2A 4LT0A 2LZTA 1GFTA 1L75A 4FJRA 4R6CA 1LYJA 1GFUA 146LA 1GFEA 1JSEA 234LA 2EQLA 2OE7X 3CQLA 2MEIA 3TXBA 4J0LA 1G0PA 1KW7A 1CU6A 3W6BA 3G3XA 4DQ7A 129LA 1L63A 3B0OA 3AW6A 1GB3A 2DQCY 1LI3A 2MEFA 3OE6A 1L33A 1LJFA 1CJ6A 4YXAC 244LA 3CDTA 1G7HC 246LA 4HJYA 1JKBA 2F4GA 1GAYA 1DKJA 1XSFA 232LA 1IO5A 109LA 4LZMA 1C6AA 3NYAA 3AZ4A 2H9KA 2DQEY 5C6IA 1L01A 4I7JA 3C7WA 2HEAA 2EIZC 4HV1A 1D0MA 3OJPA 1A2YC 1GB2A 4I7QA 5E9RA 3DN0A 1QTKA 5LVGA 1TLAA 4DQ5A 1WQMA 3SN6R 4GN4A 1L00A 4LYZA 6LYTA 4Z41A 1C6QA 4ETEA 4QGZA 126LA 1L25A 3SB6A 4W52A 4UWVA 4ETDA 1GFJA 3GXKA 3LN2A 1LSEA 1B5XA 1UBZA 3HDEA 4IASA 1QUOA 2ZIJA 3G3BB 1L14A 250LA 4LT3A 2YBIA 217LA 1L59A 1LMTA 3HBHA 3RZ4A 1C6NA 3CT1A 4HTNA 4YF2A 2LYMA 3GUKA 4OWCA 4XJBA 1C6MA 2X0AA 4J1BA 4PGJB 235LA 4PJZA 1OWYA 4H9CA 2XBRA 4HP0A 2BQMA 1BWIA 1XJUA 5LIOA 4W94A 4W53A 1OUFA 5LVKA 3W6FA 1GF3A 2Z12A 1OUHA 3EBAB 1L53A 5I54A 1LHIA 4KXIA 4DDBA 1P7SA 3VWOA 1QT3A 4NGLA 3CB7A 1REMA 1L28A 1NWGA 1LWGA 201LA 2CWIA 2H5ZA 4EPIA 3ODUA 4Z98A 3A92A 1QUHA 2EKSC 3LYZA 1OVJA 1C6KA 3WU9A 1GB8A 1XGUC 1L38A 4EXMA 1XJTA 5C6JA 1DPXA 1LMCA 141LA 1TBYA 1SX2A 3FA0A 3TXHA 168LA 2HU3A 4W56A 1L29A 1LZNA 3DKEX 1BGIA 181LA 1OUJA 108LA 5I14A 3P65A 178LA 3E3DA 3EXDA 2RB0X 1CJ9A 4GLVA 3WW6A 1VDPA 1LMPA 2HU1A 4WM6A 4RDSA 1C08C 3B0KA 1CNSA 1LWKA 1SWZA 1PQIA 5F9XA 5FELA 1IWUA 4C3WA 4ARMA 5LYZA 1L88A 1GE3A 1LJ4A 1QDTA 1NHEA 2LZMA 1L36A 3TMXA 3A67Y 1IOSA 4G4BA 1REZA 1L47A 2Z19A 1C62A 1CV0A 2YBLA 2FYDA 2MEDA 4ZIXA 5FHWA 3WH1A 4U3XB 4I7KA 4H9EA 2IHLA 1QTDA 1H87A 190LA 1HHLA 2ZQ4A 4NHPA 4H9BA 1XGPC 1WQNA 158LA 1L09A 1LZGA 3M3UA 1PQKA 4GRVA 1VDTA 4GCEA 1LSDA 1CV1A 5FDJA 1OUCA 1B9OA 2LYOA 3TXKA 9LYZA 243LA 1C60A 4RW1A 1IY4A 3AZ7A 1D3JA 8LYZA 5KXLA 1LSYA 144LA 3D9AC 3TXGA 1T6HA 1TEWA 205LA 1LJ3A 3RNXA 1L03A 4OOOA 1SQ2L 1LYHA 1QUTA 3B72A 2QARC 1QTBA 2F32A 1LJNA 4O34A 3ZVQB 5I53A 185LA 4AXTA 4HSFA 1KIRC 4S0WA 1LHMA 4DKLA 2ANVA 4Z46A 1L90A 1C6LA 4NHTA 5B05A 1IOCA 5KKJA 1ZV5L 172LA 1B7NA 4N0JA 4NGKA 4ARQB 1NDGC 1GFVA 4XYYA 1KXXA 1C6GA 3HT6A 151LA 3DN6A 1D6QA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2I25 L;  2RBO A;  1D9W A;  4ET8 A;  1DYE A;  1LSB A;  3A94 A;  4J1A A;  1C6B A;  133L A;  3WW5 A;  1QTV A;  255L A;  1L15 A;  1BB7 A;  4OW1 A;  2B70 A;  1SX7 A;  4NEB A;  3FI5 A;  1SWY A;  145L A;  1WTH A;  1DYC A;  1LZ5 A;  5F81 A;  4TSB A;  1KXW A;  3C8S A;  2HTX A;  1N4F A;  4QEQ A;  5KXZ A;  1K28 A;  4YEN A;  1RFP A;  3UON A;  1YRO A;  7LYZ A;  3WPK A;  3PBL A;  152L A;  2D4K A;  1L12 A;  4XEN A;  4DD7 A;  1NKH A;  3FE0 A;  5I4W A;  1YL1 X;  4EOF A;  1MLC E;  4I0C A;  4UWU A;  1UIH A;  1DYA A;  115L A;  4NGJ A;  3NY9 A;  1TAY A;  4P2E A;  5HNC A;  2HED A;  1C64 A;  2XQO A;  3HFM Y;  4NSJ A;  4RLM A;  4W55 A;  1EQ4 A;  1QQY A;  1IR9 A;  4HV2 A;  2EPE A;  1LMA A;  1L84 A;  1L23 A;  3WUA A;  3GUN A;  134L A;  1GE0 A;  2BAA A;  3CSQ A;  1L76 A;  3B0I A;  1GPQ C;  4ZFP A;  2ZWB A;  1WQO A;  1YAO A;  4H8X A;  150L A;  4OO9 A;  160L A;  1OWZ A;  4WM4 A;  4H93 A;  4NWE A;  5LYT A;  2MEB A;  2F2N A;  7LZM A;  1HEP A;  4GLA A;  3HBE X;  3LZ2 A;  1BVX A;  1G7L C;  3HDF A;  1IP7 A;  1BB6 A;  247L A; 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