3SP3A

Lysozyme in 20% sucrose
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Lysozyme in 20% sucrose
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3sp3A00
3F6ZA 3K3TA 2XBRA 2HEFA 1ALCA 1GBZA 4NGJA 4X3BA 133LA 1B5VA 1BVKC 4NGWA 3WH1A 1HEQA 1T6VL 1NDGC 2BQEA 4WOAA 1IWTA 4HJYA 1GDWA 5I4YA 3RZ4A 4H9BA 1B5XA 2G4PA 2HEBA 4TTDA 1C10A 4HPIA 1NHEA 4C5FA 1V7SA 1HENA 1JJ3A 1BHZA 5EBHA 1HELA 5F9UA 1GWDA 4RW2A 2Y8PA 3WUMA 1GXV2 3OK0A 4DD2A 2F30A 2HEEA 1AT5A 2CWIA 1HHLA 1GFUA 5FELA 1MELL 3QY4A 4HPEA 1GF3A 1F6SA 3TXKA 4H9AA 1WQMA 4GCDA 4O34A 1JHLA 1QUSA 4J0LA 4NGKA 3E3DA 4FJRA 2NWDX 3RT5X 2A7FA 5LA8A 1IC7Y 1LJJA 1GEZA 1UIBA 2XBSA 4TSCA 1LMPA 2MEIA 1D0MA 5IHGA 3WPKA 1WQPA 4QY9A 2HU1A 4HJVA 1GFHA 1LJGA 1LJNA 1LZ5A 4H1PA 3WYHA 2MEHA 3A34A 3ZVQA 3A90A 1DI3A 2EIZC 4Z46A 2BLXA 4NG8A 5B1FA 3WXUA 3M18B 4WM5A 4LFXA 1LJ3A 1XEKA 5HMJA 1IVMA 1FKVA 2Z18A 3A67Y 4PRQA 2ZQ3A 4G4HA 3A96A 1CKCA 4PJ2C 1J1OY 2HEDA 1G7MC 2I6ZA 4WG7A 4WL6A 4ETBA 1REMA 135LA 1JSEA 1IX0A 5LINA 4RW1A 2CGIA 2Z2EA 4KPMA 4NIJA 1W08A 4XJGA 5JENB 1JKBA 1GBWA 1UIGA 1GFAA 5FDJA 1LZ6A 4XJDA 5LIOA 4YF2A 4D9ZA 1B9OA 4LFPA 5DM9A 5APDA 3VWOA 1EQ4A 1LZGA 2ZNXY 1IP4A 4ML7A 1FLYA 1VDSA 1W6ZA 3TMUA 1B7NA 5IELA 1B7LA 4RLMA 3W6AA 5LYMA 3ZEKA 1LSZA 1QIOA 1LJHA 4KT3A 7LYZA 1OUDA 134LA 1IO5A 4II8A 1OUFA 3J4GA 1DI4A 1YAQA 1I20A 2WARA 5FSTA 1UIEA 3WVYA 1D6QA 3CT5A 3CSQA 2RSCA 3B0OA 2FYDA 4HSFA 1GDXA 3LYMA 4NGZA 3CSZA 3TXFA 1GB6A 1GBOA 1XGUC 1I56A 4FDYA 4B1AA 4DDCA 3AZ6A 1D0KA 1GE2A 5HNLA 3M3UA 1XFPL 1REYA 2DQAA 2BQLA 2ZNWY 4G9SA 1G7JC 1GB8A 2BQGA 1NBYC 1LZYA 1EQ5A 1GB7A 5I54A 1LZAA 4XJIA 4NGIA 5KXYA 2D91A 1HNLA 4RDSA 1FLUA 1GHLA 1LJFA 3A6CY 3WPJA 2F4GA 2HUBA 1GF9A 1GE3A 1LKRA 1TAYA 1CJ8A 3A3QA 3AYQA 1YROA 4LYBA 1LSYA 1GE0A 1KXWA 1LYSA 4CJ2A 2MEEA 4OOTA 2YBNA 4WMGA 4EOFA 4N8ZA 5L3IA 3W6FA 2MEFA 1CKFA 1GXXA 5APFA 3WW5A 3WUAA 4L41A 3T36A 1REZA 1IY3A 1OUHA 1B7QA 1JUGA 1YKXX 2YBIA 1A4VA 3KAMA 4NSIA 2Z2FA 2CDSA 2DQIY 3RW8A 1HEPA 5FHWA 1CKHA 1J1PY 1HSXA 4HV2A 5F9XA 1O23A 3P4ZA 5AMYA 4DWXA 2YDGA 1LZDA 4U3XB 4G4BA 2H5ZA 4LZTA 1LMOA 3J6KA 1IR8A 1GF8A 5APCA 5T3FA 1DI5A 2YBHA 1LSFA 1LZNA 1HMKA 1DPWA 1P2CC 1LSPA 1XEJA 4J7VA 1IORA 2Z12A 2DQCY 4TWSA 4NGOA 4B4IA 1NMMA 5LVKA 1OUGA 1RCMA 1GFGA 4WL7A 1GE4A 4NSHA 1TDYA 4TX7A 1OQMA 5E9RA 3LYTA 4YEOA 1JJ1A 1XEIA 1G7HC 1GBSA 5C6JA 1D6PA 3TMVA 2DBTA 2H9KA 3IJUA 4H8XA 4M4OA 2BAAA 2HU3A 4NEBA 1V7TA 1ZVYB 2DKVA 4NHIA 1JJ0A 3B72A 4NHTA 1RJCB 2D6BA 3AW6A 1LJ4A 4M6DA 1CJ6A 1LSMA 4BAPA 2Z37A 1IOQA 3B0KA 4OWHA 1B5UA 2ZQ4A 2LZTA 1RE2A 1JISA 1LMNA 4NGYA 2I26L 1ZMYL 3HBEX 4NHQA 4H93A 5APEA 1FLWA 1KXXA 1GFKA 2IFFY 3WMKA 3WU9A 4E3UA 3B6LA 4ZIXA 1LMQA 1GF0A 1QSAA 1GF5A 5II3A 1PS5A 2VB1A 2W1MA 4Z98A 1TEWA 1LTMA 1SLYA 3LYZA 1C08C 3G3BB 4UWUA 4IJ4A 1WVUA 2BQFA 2C8PA 4H8ZA 1FDLY 4G4CA 1J1XY 1YL0X 3EXDA 1PZYA 1F10A 1WQOA 2N5ZA 3CSRA 4CGEA 1BGIA 208LA 1OUCA 3AZ5A 4NWHA 5FCPA 1BB4A 1IC5Y 2DQGY 2BQJA 2W1LA 5B1GA 1Z55A 2ZYCA 1OUBA 4PGJB 5K7OA 1MLCE 4B4JA 1OUAA 1XGPC 1BWJA 1DXJA 1HEMA 4CFOA 1AZFA 1LZSA 4MCKA 5IDDA 4LYZA 4G49A 5LA5A 1LZ1A 2ZYPA 154LA 4C3WA 3RU5A 1FKQA 5HLLA 4OWBA 1LZBA 2MEAA 4J1AA 5KKIA 5B07A 4NSGA 4OWCA 1GEVA 1LKSA 1VDQA 4DD0A 3MGWA 2Q0MX 4H90A 1NF5A 1LJIA 4ZFPA 4NSJA 1G7IC 1LJKA 6LYTA 1QSWA 1WTMA 4QGZA 4H92A 5I4WA 2YSSC 5KXMA 4ET9A 1BWIA 1WQNA 2XJWA 5KXWA 3IJVA 3WPLA 1IWWA 1DKKA 2HTXA 1TCYA 4OWAA 4XENA 1HFXA 2LZ2A 4H9HA 1LSCA 3TXEA 4QDNA 3WVXA 1GFTA 3CQLA 5DN4A 5KXKA 4H94A 1XGQC 2YBJA 4W96A 8LYZA 1LHMA 1F6RA 4DD3A 1IR7A 4YENA 5L3HA 1CKDA 5F14A 1OUJA 1CNSA 4KXIA 1QTKA 1IEEA 4HJZA 2BQIA 3B0IA 4H9FA 1UA6Y 1CJ9A 5E4PA 1IP3A 1B0DA 5D5FA 1LHLA 4LYMA 5I5QA 1SQ2L 3A3RX 5A3EA 5FEKA 4XJHA 1KIQC 1LSEA 2FBDA 2B5ZA 1LSAA 1YKYX 1DZBX 4NHPA 4DDAA 2F4AA 2IHLA 4GCFA 4DD7A 1WQRA 4B49A 2FBBA 4H9EA 1GFEA 4NGLA 3FI7A 4UWNA 4DDBA 1JITA 3LZ2A 3SP3A 1LSGA 1HSWA 2G4NA 4GCCA 1LZ4A 4MR1A 1G7LC 1CJ7A 4WO6A 4LT2A 2X0AA 1WQQA 1YAOA 4GLVA 194LA 1GB9A 4GCBA 1LHJA 1BB6A 4HTQA 4XN6A 1ZV5L 4NFVA 5KXLA 4N1EI 3T6UA 1IP7A 3TXIA 4DYGA 1GFRA 1I1ZA 4Z41A 1IP2A 2BQHA 4J1BA 2Z38A 1RFPA 1LHIA 1WTNA 5B06A 3AB6A 1LHKA 1GD6A 1JTPL 3WU8A 1VAUA 1INUA 4GCEA 3D9AC 5B05A 1UBZA 2ZIKA 1BB3A 2EQLA 1AM7A 1IC4Y 1B5YA 1LYZA 2DQHY 3AGGG 4LYOA 4RLNA 1HERA 1GAYA 1XSFA 4TSBA 5D5CA 4Z3MA 1A2YC 2MEGA 2XTHA 3AZ7A 1H87A 2D4IA 1JEFA 1LZTA 2EPEA 3P68A 5HMVA 1BB5A 3P66A 1B7MA 1BVXA 1YILA 2CJLA 4H91A 1FLQA 3WUNA 1AT6A 1VDPA 3AW7A 1GFVA 3BKVA 4NGVA 4ETDA 2C8OA 1IOCA 1GBYA 1GB2A 4W94A 1VDTA 1VEDA 4IASA 1GAZA 2DQEY 2YBLA 4DC4A 4ETEA 5KKJA 2FYCA 1AKIA 1C7PA 2DQJY 4LYTA 5A3ZA 4ETAA 5KXRA 3TXGA 1LPIA 4HTKA 2BQNA 2DQDY 1JPOA 2LHMA 1IP5A 1E8LA 3N9AA 1LMAA 3ZVQB 9LYZA 1BQLY 3QNGA 3A91A 1KIPC 1KXYA 1UIHA 3EMSA 4LGKA 3WULA 3G3AB 5LVIA 1JIYA 1LJEA 1NQIA 2BQOA 2MEDA 1HFYA 4MSTA 1IP6A 1IOTA 1D9UA 1LZRA 1BWHA 4WM3A 193LA 1WVVA 1YAPA 4AXTA 5ILFA 3LN2A 1JWRA 3EBAB 4LT3A 3GXKA 1IIZA 1GF6A 1XGRC 1LAAA 1LOZA 1IY4A 1CKGA 3AJNA 4GN3A 1JTTL 4HP0A 5KY1A 3A95A 3WXTA 1UIDA 3N9CA 3CT1A 1T3PA 1DPXA 4B4EA 3W6EA 3TXJA 1LSDA 1YQVY 2Z39A 1OP9B 4R6CA 4WM2A 4ET8A 1HEOA 1LCNA 2BQDA 3CT0A 1GB5A 4XYYA 3FE0A 2F2NA 4YEMA 4LT0A 1LZCA 4OWEA 207LA 3LZTA 1B2KA 1GF7A 1DKJA 3N9EA 1EQEA 5F81A 2Z19A 2A7DA 3ATNA 2I25L 1LYYA 4R0FA 4WLTA 1UACY 1UIFA 4BAFA 1C45A 1JSFA 1B7SA 3D3DA 1QTEA 4H9CA 4TUNA 2W1XA 1FN5A 4I8SA 4BS7A 4QEQA 5KXNA 4LT1A 1GB3A 1GE1A 4A7DA 2LYZA 2LYMA 4DD9A 4KL7A 4P2EA 5C6LA 1QDTA 4H9IA 5HNCA 5KJ9A 4OOOA 1C46A 4N0JA 5LAGA 1IWUA 2YBMA 1ZVHL 1UUZC 2BQCA 4PRUA 3W3EA 4ETCA 1N4FA 1FBIX 2MEBA 2YVBA 5LVGA 1VATA 1LZEA 4OW1A 2W1YA 1HEWA 3W6BA 1IOSA 5ILCA 5KXTA 1B7RA 1HF4A 4DT3A 3W6CA 1H6MA 1REXA 4EMNA 5L9JA 1D0LA 3HFMY 5KXXA 1LMCA 2MECA 5DN5A 3ULRA 1B7OA 3A6BY 1YAMA 3ATOA 3LYOA 4WM4A 1BB7A 5LVJA 1QUTA 5C6IA 3A94A 3WW6A 3TXDA 5LXWA 3TXHA 4WLYA 4NG1A 153LA 4WM6A 3AZ4A 4WO9A 4YM8A 1RI8B 2D4JA 5LVHA 1NDMC 4NY5A 4ZEEA 1NWGA 1JKCA 4XJFA 3W6DA 2ZIJA 4IATA 132LA 1TBYA 1UICA 2EKSC 5LAFA 1IWXA 1KIRC 3QE8A 5F16A 2G4QA 4GLAA 1NBZC 6LYZA 3TMWA 3TXBA 1IWYA 1GPQC 5LYZA 5LYTA 1UIAA 4BADA 3A92A 1JKAA 3BKHA 3P64A 1OUIA 3WL2A 4PHIA 2PC2A 3WU7A 3TMXA 1JKDA 2ZWBA 3LHMA 5DL9A 2BQKA 1YKZX 1VFBC 4N1CC 4WG1A 3CB7A 1B5WA 1OUEA 1XGTC 3OJPA 2HECA 4HTNA 1GFJA 1QDRA 3AGIA 4AGAA 1LHHA 1B5ZA 5I53A 4CHXA 3A8ZA 1LZ8A 2AUBA 4DD1A 1QQYA 4WLXA 5KXSA 4XJBA 5KXOA 1NKHA 5HQ1A 2BPUA 1B7PA 1YANA 2ZILA 3HBDA 2BQAA 1LSBA 1EL1A 1UCOA 2BLYA 4N5RA 1YL1X 4ANRA 1LYOA 5M1YA 1GB0A 2BQMA 2LYOA 3A93A 2D4KA 2DQFC 5I4XA 1IP1A 4WLDA 1LMTA 3IWRA 4LYCA 4I0CA 4CFPA 1GBXA 1IWVA 1LZ9A 1JTOL 1YIKA 2H9JA 1C43A 4GN5C 4N9RA 4HV1A 4NHSA 4PPOA 2GV0A 3EO5A 5KXZA 3AGHA 2HEAA 1F0WA 4XADA 3GXRA 3P65A 4GN4A 4UWVA 5KXPA 4H8YA 1DQJC 5J7CA 1IR9A 1LSNA 5DLAA 3RNXA 1HFZA 4NWEA 4WM1A 1UC0A 3HBHA 1GF4A 4B0DA 1IWZA 5B59A 1HMLA 4YOPA 2BQBA 1HC0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
127LA 183LA 133LA 4W58A 4YXCA 4WOAA 2G4PA 1C64A 1BHZA 1HELA 1LYDA 3OK0A 4ARPA 2OU8A 3FI5A 4EKQA 1GFUA 1WQMA 1QUSA 2NWDX 2A7FA 1D0MA 3VW7A 1L80A 1QT3A 1LJGA 3SBBC 3ZVQA 1L93A 5B1FA 4I7OA 186LA 251LA 3A67Y 1J1OY 2HEDA 4WL6A 1L54A 1REMA 4XJGA 1EQ4A 5IELA 3ZEKA 7LYZA 1IO5A 1OUFA 1I20A 3WVYA 1L97A 3B0OA 2FYDA 4HSFA 1GDXA 1P36A 1GB6A 1GBOA 1XGUC 4DDCA 5HNLA 1REYA 2BQGA 3OE9A 4W57A 5KXYA 2D91A 3CDVA 178LA 3C83A 2F4GA 1GF9A 1GE3A 3A3QA 3HH4A 1HMLA 1L33A 1GE0A 1KXWA 4CJ2A 2MEEA 4OOTA 4WMGA 4EOFA 5L3IA 3C80A 2MEFA 2HULA 4LDLA 3WUAA 4L41A 234LA 2YBIA 3KAMA 1A4VA 3C81A 2CDSA 5FHWA 1J1PY 1HSXA 2YDGA 4U3XB 165LA 2H5ZA 1DI5A 1XEJA 2Z12A 2B6XA 4EXMA 1GFGA 4NSHA 1TDYA 1LYFA 1L50A 239LA 2H9KA 1L44A 3IJUA 2HU3A 1C6PA 259LA 2DKVA 3B72A 2Z37A 1IOQA 3B0KA 2LZTA 1LMNA 1OV5A 2IFFY 236LA 3WMKA 182LA 1C6AA 1GF0A 1PS5A 4Z98A 5I14A 1TEWA 3G3BB 1FDLY 1PZYA 1F10A 2N5ZA 4I7JA 1L91A 1CX7A 5K7OA 144LA 2RBQA 4CFOA 1AZFA 4MCKA 1PQOA 2ZYPA 2MEAA 1D9WA 1L32A 1GEVA 1C63A 1C60A 3MGWA 4NSJA 4QGZA 2XJWA 1KY1A 1HFXA 1OVJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3F6Z A;  3K3T A;  2XBR A;  2HEF A;  1ALC A;  1GBZ A;  4NGJ A;  4X3B A;  133L A;  1B5V A;  1BVK C;  4NGW A;  3WH1 A;  1HEQ A;  1T6V L;  1NDG C;  2BQE A;  4WOA A;  1IWT A;  4HJY A;  1GDW A;  5I4Y A;  3RZ4 A;  4H9B A;  1B5X A;  2G4P A;  2HEB A;  4TTD A;  1C10 A;  4HPI A;  1NHE A;  4C5F A;  1V7S A;  1HEN A;  1JJ3 A;  1BHZ A;  5EBH A;  1HEL A;  5F9U A;  1GWD A;  4RW2 A;  2Y8P A;  3WUM A;  1GXV 2;  3OK0 A;  4DD2 A;  2F30 A;  2HEE A;  1AT5 A;  2CWI A;  1HHL A;  1GFU A;  5FEL A;  1MEL L;  3QY4 A;  4HPE A;  1GF3 A;  1F6S A;  3TXK A;  4H9A A;  1WQM A;  4GCD A;  4O34 A;  1JHL A;  1QUS A;  4J0L A;  4NGK A;  3E3D A;  4FJR A;  2NWD X;  3RT5 X;  2A7F A;  5LA8 A;  1IC7 Y;  1LJJ A;  1GEZ A;  1UIB A;  2XBS A;  4TSC A;  1LMP A;  2MEI A;  1D0M A;  5IHG A;  3WPK A;  1WQP A;  4QY9 A;  2HU1 A;  4HJV A;  1GFH A;  1LJG A;  1LJN A;  1LZ5 A;  4H1P A;  3WYH A;  2MEH A;  3A34 A;  3ZVQ A;  3A90 A;  1DI3 A;  2EIZ C;  4Z46 A;  2BLX A;  4NG8 A;  5B1F A;  3WXU A;  3M18 B;  4WM5 A;  4LFX A;  1LJ3 A;  1XEK A;  5HMJ A;  1IVM A; 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 1NDM C;  4NY5 A;  4ZEE A;  1NWG A;  1JKC A;  4XJF A;  3W6D A;  2ZIJ A;  4IAT A;  132L A;  1TBY A;  1UIC A;  2EKS C;  5LAF A;  1IWX A;  1KIR C;  3QE8 A;  5F16 A;  2G4Q A;  4GLA A;  1NBZ C;  6LYZ A;  3TMW A;  3TXB A;  1IWY A;  1GPQ C;  5LYZ A;  5LYT A;  1UIA A;  4BAD A;  3A92 A;  1JKA A;  3BKH A;  3P64 A;  1OUI A;  3WL2 A;  4PHI A;  2PC2 A;  3WU7 A;  3TMX A;  1JKD A;  2ZWB A;  3LHM A;  5DL9 A;  2BQK A;  1YKZ X;  1VFB C;  4N1C C;  4WG1 A;  3CB7 A;  1B5W A;  1OUE A;  1XGT C;  3OJP A;  2HEC A;  4HTN A;  1GFJ A;  1QDR A;  3AGI A;  4AGA A;  1LHH A;  1B5Z A;  5I53 A;  4CHX A;  3A8Z A;  1LZ8 A;  2AUB A;  4DD1 A;  1QQY A;  4WLX A;  5KXS A;  4XJB A;  5KXO A;  1NKH A;  5HQ1 A;  2BPU A;  1B7P A;  1YAN A;  2ZIL A;  3HBD A;  2BQA A;  1LSB A;  1EL1 A;  1UCO A;  2BLY A;  4N5R A;  1YL1 X;  4ANR A;  1LYO A;  5M1Y A;  1GB0 A;  2BQM A;  2LYO A;  3A93 A;  2D4K A;  2DQF C;  5I4X A;  1IP1 A;  4WLD A;  1LMT A;  3IWR A;  4LYC A;  4I0C A;  4CFP A;  1GBX A;  1IWV A;  1LZ9 A;  1JTO L;  1YIK A;  2H9J A;  1C43 A;  4GN5 C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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