3SP3A

Lysozyme in 20% sucrose
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Lysozyme in 20% sucrose
rcsb
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3sp3A00
4II8A 5K7OA 4WOAA 1ZVHL 4YF2A 1FLQA 3BKVA 5EBHA 1KXXA 1RE2A 4DD2A 1GB0A 1UIFA 1B7QA 1JTPL 4ZEEA 5E4PA 4LT2A 3FE0A 5DM9A 5I5QA 1XGPC 4DD0A 1GB3A 1YILA 4GN5C 1CKCA 2BQLA 2HU3A 3FI7A 1JEFA 1YKYX 1JJ1A 1GE0A 1LJNA 1LZDA 1ZVYB 4PJ2C 2DQHY 1B5WA 1FKVA 1YIKA 2MEIA 4OOOA 5FDJA 4Z3MA 4HSFA 1IWTA 1BB7A 1GBWA 3TXDA 3EMSA 4L41A 5HQ1A 1OUFA 1BQLY 1JKBA 1HELA 4H1PA 4WM3A 5B06A 1GB5A 1AT5A 1LSEA 1LZGA 1TBYA 1CJ6A 1BGIA 3WPJA 4WLYA 4HV1A 4HJZA 1B7NA 4QEQA 4H9FA 5HMVA 1IWVA 3HBEX 3TMVA 1IOTA 4ANRA 1B5ZA 1IP7A 1UC0A 1XEIA 1F6RA 3MGWA 1KIRC 193LA 1MELL 1EQEA 1LCNA 3TXJA 1F10A 1NBYC 1LYSA 3TXHA 1YAPA 1GB7A 1G7JC 1ZV5L 1REXA 4HJVA 4YEOA 1HSXA 3W6EA 3WYHA 4DC4A 3QE8A 1VATA 4XJFA 3AW7A 1BVKC 2LHMA 154LA 4Z41A 1BWIA 1D0KA 2X0AA 4G4HA 2CDSA 3WXTA 5M1YA 3TXEA 1BB5A 1IX0A 4E3UA 4GCBA 1AT6A 4PHIA 1GF9A 4N9RA 3A34A 1YQVY 1JJ3A 2HEEA 2YSSC 4XJHA 4NGJA 2BQGA 4DD9A 2YBNA 5KKJA 1BB3A 4IJ4A 3W6DA 1EQ5A 1QUTA 2LYZA 2XBRA 3HBDA 2Z19A 4GCDA 4IATA 2DQFC 4Z98A 4OW1A 1IWZA 2BQBA 5KXYA 5HLLA 1IP6A 2XTHA 5LYMA 4LFXA 1LZCA 5LA8A 3IWRA 1LZ6A 4P2EA 1B7SA 2DQEY 5KXLA 1XFPL 1MLCE 1REMA 1JJ0A 2YBIA 1PZYA 2D4JA 2DKVA 1T3PA 2MEFA 1EL1A 2BQHA 4OWCA 3A91A 1GFEA 4N5RA 1A4VA 208LA 1YKXX 1OUCA 2B5ZA 4PRQA 4FDYA 3HFMY 1IVMA 3D9AC 2XJWA 1QDRA 3VWOA 5DL9A 1LJ3A 1YAOA 4TUNA 2ZYCA 1WVUA 4WM6A 4B49A 5ILFA 1NMMA 1UIAA 2H9JA 1RFPA 3WL2A 5IDDA 1JUGA 1LHLA 2BLYA 2YBLA 2GV0A 4RW1A 1GFVA 1LZ1A 4TSBA 2BQDA 3AZ4A 1JHLA 1V7TA 3A67Y 4NIJA 1I1ZA 1BHZA 1CKDA 4NHSA 1LYYA 1LMCA 1GDXA 4OWBA 1BWHA 5A3ZA 1O23A 3P66A 1OP9B 153LA 1UA6Y 2DBTA 4H91A 1JISA 1IP1A 1BB4A 4QY9A 1TAYA 3N9CA 3LYZA 4PPOA 2W1YA 5FHWA 8LYZA 1GFTA 3LYMA 4XJIA 2ZWBA 4O34A 2BQJA 3W6CA 2HEBA 1VDPA 2G4PA 3WVXA 2HECA 5APEA 1IEEA 1TEWA 3WUMA 3B6LA 1DXJA 1WQQA 4NG8A 1LZBA 1IWWA 1GB6A 2I6ZA 4XYYA 5KXRA 1LJJA 2FBDA 1G7MC 4R6CA 4EMNA 2HEDA 4H9BA 1XGRC 2MEAA 4LYCA 4BAPA 4U3XB 3AZ5A 3CQLA 4MR1A 4XN6A 4KT3A 1CJ7A 4WG1A 1GFKA 3OJPA 4J0LA 1NWGA 3P4ZA 1J1PY 4LYZA 2D6BA 4XJBA 4LYBA 4DYGA 1I20A 1FN5A 1LSNA 2FYCA 2MECA 2YBHA 4B4EA 2PC2A 4HP0A 1LSZA 1INUA 1B5VA 4GLAA 4G49A 3TXKA 2W1MA 5APDA 1HFXA 3LYTA 1LSMA 1C10A 1IR9A 1OUIA 1YAMA 3LZ2A 3A8ZA 4N8ZA 4WL7A 3W3EA 4H8XA 4NWEA 1IWUA 1LMNA 5LAGA 1LJFA 1IWXA 2G4NA 1P2CC 1QUSA 1QSWA 4OWAA 4LYOA 4DDAA 1CKGA 4LZTA 4D9ZA 4ETDA 1LYZA 1D6QA 2LYOA 4LT1A 2RSCA 5KY1A 4WO9A 5E9RA 1DQJC 1FDLY 1UBZA 2Q0MX 3WU9A 1REYA 2BQFA 3BKHA 1JWRA 3K3TA 3WPLA 1SLYA 2DQGY 3GXRA 5T3FA 4DDCA 1IORA 3EO5A 1UUZC 5IELA 1E8LA 1HMKA 1IC4Y 4B1AA 1JSFA 1OUAA 3AGHA 5DLAA 2MEBA 4GCCA 5KXWA 1HF4A 1KIPC 3WXUA 5I4WA 1IY3A 135LA 1DKJA 1FLWA 3IJVA 5APCA 1HENA 1WVVA 1UIHA 2Y8PA 5FEKA 3T36A 1GBSA 3ZVQA 1JKDA 4ETAA 2BQMA 1CKHA 1FBIX 2DQJY 5LVIA 3A3QA 3QY4A 4H90A 1AM7A 1BB6A 1WTMA 5B07A 4NSIA 4KXIA 1IP4A 1UICA 2G4QA 4TWSA 2C8OA 3CB7A 4CHXA 3KAMA 2Z2EA 4G4CA 1LSCA 2IHLA 4RW2A 2H5ZA 4NGIA 3D3DA 1OUBA 2W1XA 1HEWA 1XEJA 3QNGA 4HTQA 1JKCA 3N9AA 4XJGA 1B7PA 4OWEA 1LZAA 2HU1A 2EPEA 3ATNA 1LJHA 1GF7A 3A6BY 1GBYA 4KPMA 1IWYA 3A92A 4ETEA 5L3HA 1GXV2 1RCMA 1RI8B 1N4FA 4YENA 4C3WA 4NSJA 1DPXA 1LJGA 1NDMC 2F2NA 5F81A 5LINA 1G7HC 1LZEA 1GB9A 1XGUC 1GXXA 5DN5A 1C7PA 1JTTL 1XEKA 1EQ4A 1JKAA 4PRUA 3ZEKA 4ET8A 4GLVA 3OK0A 4HJYA 4CFOA 1LTMA 2Z37A 3W6AA 1V7SA 1B7RA 2Z39A 4HV2A 1BWJA 2F4AA 1GFRA 1QQYA 1VAUA 4OWHA 3ATOA 1HEMA 1LSGA 1GF8A 1PS5A 5FCPA 3T6UA 1GF5A 2YBMA 1OUGA 1FKQA 7LYZA 5KJ9A 4RDSA 5B1FA 5LVHA 4UWNA 1JSEA 1LJ4A 3W6FA 4H92A 4LT3A 1IC5Y 4FJRA 1NDGC 1UIGA 1GWDA 4CJ2A 2MEHA 1C45A 1NBZC 5HMJA 4NHQA 1LHKA 4H94A 1Z55A 3AW6A 3P68A 3LYOA 4J1BA 4CGEA 5I4YA 1H6MA 1WQOA 1A2YC 3AB6A 1DI5A 1DI3A 1B5UA 1UIDA 4TSCA 4NFVA 1UCOA 3W6BA 3WU7A 3TXFA 2DQAA 4WM1A 4XADA 5APFA 2A7FA 1OUEA 2MEDA 4RLMA 3RT5X 3A93A 4Z46A 5C6IA 3B0KA 4LYTA 2IFFY 1LZTA 1UIEA 2ZNWY 1GB8A 2EIZC 4WM4A 4WM5A 4DT3A 4H9EA 3F6ZA 3RZ4A 4NGOA 1GAZA 3AJNA 1HNLA 3WH1A 5C6LA 4NGZA 4A7DA 1GBZA 3AZ7A 1LZ5A 2ZIKA 4X3BA 3G3AB 3ZVQB 5KXKA 4LFPA 1VEDA 1NKHA 2VB1A 1WQNA 3P64A 3RNXA 2WARA 3M3UA 5F14A 1SQ2L 3RU5A 4M6DA 1LSBA 1W08A 4C5FA 1IOSA 3A3RX 4J7VA 5LA5A 5II3A 1OUDA 5J7CA 134LA 1OQMA 2BQAA 3WU8A 4H9IA 3A90A 4DD3A 1GE2A 5LVJA 3HBHA 1C43A 4NG1A 1HEPA 2HEAA 2ZIJA 1GFAA 1GF3A 2BQNA 1DPWA 2LZ2A 3AZ6A 5KXTA 3TMXA 4NGWA 1GD6A 1IC7Y 4NHIA 5I53A 1LYOA 1LKSA 5LYZA 2EQLA 1DI4A 5I4XA 1LJKA 5FELA 9LYZA 1B9OA 4GN4A 1LHIA 1D9UA 1NF5A 1AKIA 4HTNA 5HNLA 1F0WA 1LZ9A 4W96A 5KXZA 3CSRA 4NGLA 1GPQC 3GXKA 5KXNA 4WG7A 1HERA 2AUBA 2BQKA 4NY5A 1HEOA 3A94A 2BAAA 4H9AA 1LZNA 4N1CC 3WPKA 2NWDX 1BVXA 4YEMA 5JENB 4G9SA 4XENA 4H93A 3WUAA 1LZRA 5ILCA 5FSTA 3ULRA 5LAFA 5L3IA 1FLYA 1LSAA 1B7OA 1LSYA 194LA 1OUJA 1LMQA 1LHMA 1LAAA 3B0OA 1WQPA 4DD1A 4IASA 3LN2A 1IIZA 1C08C 3B0IA 4AXTA 1LJEA 1LSFA 5B59A 4UWVA 4BADA 4J1AA 2CWIA 1GF0A 2BLXA 1WQRA 1XGQC 3J6KA 5C6JA 1KIQC 1FLUA 4NGKA 3EBAB 3M18B 2EKSC 1D0LA 2CGIA 4BAFA 4WLXA 2I26L 4H8ZA 1LSPA 1CNSA 1JPOA 1LOZA 1CJ9A 4HTKA 1GF6A 1GAYA 1YKZX 1IOCA 1UIBA 3AGGG 3WW5A 1GEVA 1IO5A 1NQIA 1AZFA 1OUHA 2FYDA 2Z12A 3AYQA 3N9EA 4B4JA 1YL0X 4HPIA 3WVYA 2BQCA 2Z2FA 1GFUA 3CSZA 4NWHA 1QSAA 3WMKA 4LYMA 1IR8A 4GCFA 1YANA 1GF4A 4KL7A 5L9JA 5KXPA 3TXGA 4ML7A 3TXIA 2D4IA 2D91A 5B05A 5F9XA 1GDWA 1LMTA 4N0JA 3P65A 4B4IA 2W1LA 1I56A 4ETCA 3E3DA 2ZYPA 4WMGA 2I25L 1ALCA 1HFZA 5D5CA 3WULA 2FBBA 4ZFPA 1GFGA 4CFPA 1LKRA 4ZIXA 1HSWA 4YOPA 1LHJA 2BQOA 1IOQA 1LZYA 4LT0A 2YVBA 2A7DA 5LXWA 4QGZA 4WM2A 4I0CA 1XGTC 2YDGA 2D4KA 4WLTA 4ETBA 4LGKA 4XJDA 3CT5A 1F6SA 1TCYA 6LYZA 1C46A 1J1OY 1YL1X 2BQIA 4DD7A 1GE3A 1HFYA 1JTOL 5B1GA 1YAQA 3G3BB 2ZNXY 1NHEA 4H9HA 4G4BA 4H9CA 4NSHA 3TXBA 4W94A 133LA 1GBXA 3A95A 2LYMA 2XBSA 1WTNA 2HUBA 4B0DA 1G7LC 2MEGA 4WLDA 1QTEA 2CJLA 2HTXA 5KXSA 4WO6A 1IY4A 1LMPA 4N1EI 2BPUA 4DDBA 5A3EA 1IP3A 1B7LA 1WQMA 5LVKA 1VDQA 1LMOA 1LJIA 1B5YA 2ZQ4A 5KKIA 4R0FA 1VDTA 2LZTA 1IR7A 1CJ8A 2BQEA 1LHHA 3A96A 5KXXA 1LMAA 1J1XY 4RLNA 4BS7A 3AGIA 1IP2A 1GEZA 1VFBC 4NHPA 4YM8A 4AGAA 5F9UA 2F30A 4OOTA 1HHLA 5F16A 1D0MA 1UACY 1KXWA 5KXMA 2ZILA 1GFJA 1B5XA 3TMWA 1GHLA 5I54A 2MEEA 5LYTA 207LA 4NGVA 1GFHA 2DQDY 1HC0A 3RW8A 5KXOA 1GE4A 2H9KA 5DN4A 1IP5A 1QDTA 3IJUA 2Z18A 2F4GA 4GN3A 5HNCA 1VDSA 1HEQA 2HEFA 5LVGA 3CT1A 3LZTA 1TDYA 1GBOA 3WW6A 4DWXA 3TMUA 2DQIY 1XSFA 4TTDA 5LIOA 1ZMYL 4NHTA 1GE1A 1HMLA 1B2KA 1LSDA 1LZ8A 3EXDA 3J4GA 4PGJB 2N5ZA 1T6VL 2DQCY 4I8SA 1D6PA 4H8YA 4NGYA 4QDNA 1B7MA 1LPIA 2C8PA 5IHGA 1GB2A 1REZA 3SP3A 3WUNA 4NEBA 1CKFA 1H87A 4WL6A 1LZ4A 1JITA 1QIOA 1KXYA 1QTKA 2YBJA 2Z38A 1YROA 1JIYA 4MSTA 3LHMA 132LA 2ZQ3A 4MCKA 1DZBX 4TX7A 5D5FA 6LYTA 1G7IC 1B0DA 5AMYA 1LZSA 3A6CY 3CSQA 3B72A 4GCEA 4EOFA 1W6ZA 1DKKA 4NSGA 1RJCB 4HPEA 3CT0A 4UWUA 4M4OA 4ET9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L46A 1FLQA 3BKVA 4W57A 3LZMA 4DD0A 1YILA 4ARMA 1CKCA 2BQLA 2ANXA 1YKYX 1GE0A 1LZDA 2DQHY 1P37A 1BB7A 1GBWA 1C6LA 3EMSA 1BQLY 4H1PA 205LA 1L05A 1L02A 3HTGA 1LSEA 1BGIA 1ZWNA 184LA 1L16A 245LA 1L63A 4ANRA 1LYDA 1F6RA 1L26A 3TXJA 1YAPA 3W6EA 3DN0A 1C6GA 2LHMA 1BWIA 5M1YA 4GCBA 4W56A 2HEEA 4XJHA 1C6CA 5LZMA 4DD9A 1BB3A 3HUKA 4GCDA 2DQFC 1IWZA 2BQBA 5KXYA 5LYMA 1LZCA 5LA8A 1LZ6A 3HTBA 1XFPL 256LA 120LA 2YBIA 1PZYA 1T3PA 1QUGA 3A91A 190LA 1A4VA 3C7YA 1QDRA 216LA 3VWOA 3VW7A 5ILFA 2Z6BA 1GFVA 148LE 4ARMB 1BHZA 1LYYA 150LA 1C65A 2B6TA 3P66A 4AQNA 1OP9B 1UA6Y 4H91A 2B6YA 1TAYA 3N9CA 8LYZA 1GFTA 2ZWBA 2BQJA 2HEBA 1VDPA 2HECA 4DJHA 1IWWA 5KXRA 1LJJA 1G7MC 4R6CA 4BAPA 4U3XB 3CQLA 4KT3A 4WG1A 1NWGA 1L23A 232LA 4LYZA 1L53A 1L10A 1LSZA 2HULA 1B5VA 4GLAA 4G49A 4EKRA 125LA 3LYTA 1C10A 3A8ZA 4N8ZA 3W3EA 4NWEA 1T6HA 1P2CC 3HT8A 4D9ZA 1L99A 4ETDA 1LYZA 1D6QA 2RSCA 5KY1A 4WO9A 1P2RA 5E9RA 1C6EA 3HU9A 3EO5A 1E8LA 1XEPA 3G3XA 1JSFA 4W52A 1KIPC 1D2WA 1IY3A 241LA 135LA 3C81A 1JKDA 1ZYTA 4ETAA 4NSIA 1IP4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4II8 A;  5K7O A;  4WOA A;  1ZVH L;  4YF2 A;  1FLQ A;  3BKV A;  5EBH A;  1KXX A;  1RE2 A;  4DD2 A;  1GB0 A;  1UIF A;  1B7Q A;  1JTP L;  4ZEE A;  5E4P A;  4LT2 A;  3FE0 A;  5DM9 A;  5I5Q A;  1XGP C;  4DD0 A;  1GB3 A;  1YIL A;  4GN5 C;  1CKC A;  2BQL A;  2HU3 A;  3FI7 A;  1JEF A;  1YKY X;  1JJ1 A;  1GE0 A;  1LJN A;  1LZD A;  1ZVY B;  4PJ2 C;  2DQH Y;  1B5W A;  1FKV A;  1YIK A;  2MEI A;  4OOO A;  5FDJ A;  4Z3M A;  4HSF A;  1IWT A;  1BB7 A;  1GBW A;  3TXD A;  3EMS A;  4L41 A;  5HQ1 A;  1OUF A;  1BQL Y;  1JKB A;  1HEL A;  4H1P A;  4WM3 A;  5B06 A;  1GB5 A;  1AT5 A;  1LSE A;  1LZG A;  1TBY A;  1CJ6 A;  1BGI A;  3WPJ A;  4WLY A;  4HV1 A;  4HJZ A;  1B7N A;  4QEQ A;  4H9F A;  5HMV A;  1IWV A;  3HBE X;  3TMV A;  1IOT A;  4ANR A;  1B5Z A;  1IP7 A;  1UC0 A;  1XEI A;  1F6R A;  3MGW A;  1KIR C;  193L A;  1MEL L;  1EQE A;  1LCN A;  3TXJ A;  1F10 A;  1NBY C;  1LYS A;  3TXH A;  1YAP A;  1GB7 A;  1G7J C;  1ZV5 L;  1REX A;  4HJV A;  4YEO A;  1HSX A;  3W6E A;  3WYH A;  4DC4 A;  3QE8 A;  1VAT A;  4XJF A;  3AW7 A; 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 2BPU A;  4DDB A;  5A3E A;  1IP3 A;  1B7L A;  1WQM A;  5LVK A;  1VDQ A;  1LMO A;  1LJI A;  1B5Y A;  2ZQ4 A;  5KKI A;  4R0F A;  1VDT A;  2LZT A;  1IR7 A;  1CJ8 A;  2BQE A;  1LHH A;  3A96 A;  5KXX A;  1LMA A;  1J1X Y;  4RLN A;  4BS7 A;  3AGI A;  1IP2 A;  1GEZ A;  1VFB C;  4NHP A;  4YM8 A;  4AGA A;  5F9U A;  2F30 A;  4OOT A;  1HHL A;  5F16 A;  1D0M A;  1UAC Y;  1KXW A;  5KXM A;  2ZIL A;  1GFJ A;  1B5X A;  3TMW A;  1GHL A;  5I54 A;  2MEE A;  5LYT A;  207L A;  4NGV A;  1GFH A;  2DQD Y;  1HC0 A;  3RW8 A;  5KXO A;  1GE4 A;  2H9K A;  5DN4 A;  1IP5 A;  1QDT A;  3IJU A;  2Z18 A;  2F4G A;  4GN3 A;  5HNC A;  1VDS A;  1HEQ A;  2HEF A;  5LVG A;  3CT1 A;  3LZT A;  1TDY A;  1GBO A;  3WW6 A;  4DWX A;  3TMU A;  2DQI Y;  1XSF A;  4TTD A;  5LIO A;  1ZMY L;  4NHT A;  1GE1 A;  1HML A;  1B2K A;  1LSD A;  1LZ8 A;  3EXD A;  3J4G A;  4PGJ B;  2N5Z A;  1T6V L;  2DQC Y;  4I8S A;  1D6P A;  4H8Y A;  4NGY A;  4QDN A;  1B7M A;  1LPI A;  2C8P A;  5IHG A;  1GB2 A;  1REZ A;  3SP3 A;  3WUN A;  4NEB A;  1CKF A;  1H87 A;  4WL6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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