3WU8A

Spatiotemporal development of soaked protein crystal; derivative 1080 sec
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Spatiotemporal development of soaked protein crystal
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3wu8A00
1XGTC 3ZEKA 1JTOL 2HU1A 1HERA 1SLYA 2BQCA 2VB1A 1YIKA 3P66A 4N9RA 1REZA 5E9RA 5KXRA 5II3A 1GBYA 5HLLA 5AMYA 1GFGA 1WQMA 2F30A 3A91A 5I4WA 5L9JA 2I6ZA 5LAGA 1MELL 2EQLA 3D9AC 4YOPA 1IP2A 1F0WA 1IR8A 1H87A 1LZTA 3RU5A 5L3IA 1INUA 2Q0MX 4OWCA 8LYZA 1GB2A 5IHGA 1BWJA 1GWDA 3P4ZA 4WLTA 2ZNXY 1DI4A 2H9JA 1LMQA 3WMKA 4HP0A 2LYZA 3LYTA 1JTTL 1N4FA 4GN3A 2BQGA 4TSCA 5I4XA 1HEMA 3CQLA 1HC0A 1GFVA 4WL6A 4WM1A 3QNGA 4OWEA 3AZ7A 2BQOA 4LYMA 1QUSA 4NGZA 1XEJA 1LMOA 4NSGA 1JKAA 5HNLA 3WU9A 4N1CC 3WULA 2Z2EA 3BKVA 1GE4A 4PPOA 2BQNA 3AGGG 1B5VA 2H9KA 4N0JA 4XJHA 3W3EA 3QY4A 1BHZA 1TEWA 1CJ8A 1UCOA 1IC7Y 1BGIA 3G3BB 4NEBA 4RLNA 4QDNA 5KXSA 1W6ZA 1YKYX 5DN5A 4ML7A 3A67Y 1C7PA 2FBDA 3J6KA 4B49A 4HPIA 1IOSA 1VFBC 4HJVA 3W6CA 3WXUA 4XJIA 3A6CY 1OUCA 4G4HA 4M4OA 5KXMA 1HMLA 4H91A 1LJKA 3HBHA 3WUNA 1DZBX 5FSTA 1T3PA 4HJYA 3WU7A 5KKIA 3HFMY 1LYOA 1B7NA 3EBAB 2N5ZA 5LVHA 1WQPA 1AT5A 1LZAA 5B07A 154LA 3AYQA 1BB7A 1UIHA 2DBTA 2Z12A 1OUJA 1NBZC 1AZFA 1LKRA 5LA8A 1GAYA 4LYBA 1LSZA 4M6DA 3AZ5A 4LFPA 3W6EA 3WUAA 1GFTA 1LZ4A 1TBYA 4NGVA 4OW1A 5LXWA 1JJ1A 1LZRA 1IP5A 1JUGA 1VDPA 6LYTA 4U3XB 4Z3MA 1LSNA 1B7LA 2D4IA 4DD3A 4NIJA 2ZIKA 3T6UA 1QUTA 1B5XA 1IVMA 1B0DA 1BB5A 3EMSA 1G7IC 2D6BA 1IIZA 1LTMA 2HUBA 1LZDA 4D9ZA 1OQMA 3A6BY 2DQGY 3G3AB 3CSQA 4GCFA 2Y8PA 3ATOA 3FI7A 4NHSA 3A8ZA 5I54A 2W1LA 1VDTA 4WL7A 4DD9A 4GLAA 1IEEA 4H92A 4AXTA 3W6DA 4XJBA 1J1XY 1RI8B 1IO5A 4GCBA 4C5FA 4IATA 1HENA 1KIQC 5ILFA 3IWRA 1D6PA 2DQEY 2LHMA 1CKDA 2LYMA 1LJJA 1YL1X 2YBLA 1GF9A 2BQMA 4IJ4A 4YF2A 1B7OA 1IX0A 4H9CA 1G7JC 4WLXA 1GB0A 1DKJA 3A3QA 4I0CA 1LHJA 1NWGA 3E3DA 1IWZA 1PS5A 1LHHA 1HF4A 3TMWA 2DQHY 1RE2A 1GEZA 1WTMA 4NGLA 4QGZA 3WPJA 3AGHA 133LA 4CFPA 1AKIA 1FN5A 1QSWA 1BB3A 4WG1A 3TXEA 4OWAA 4ETAA 3TXBA 1LSBA 4A7DA 4HPEA 1JEFA 3EO5A 1P2CC 2HEEA 208LA 2F4GA 2Z39A 1GD6A 2IHLA 1LSFA 2I26L 2G4QA 1HMKA 5A3ZA 3HBDA 1LJ4A 1F6RA 3TMXA 1B7SA 1LPIA 1CKCA 1LSGA 5KXZA 4WM4A 5KKJA 1GF4A 5APFA 1IWVA 1LSYA 5B05A 1B5ZA 2C8OA 4H9FA 4H8XA 4HJZA 1HELA 1EQ5A 1REMA 4KT3A 2DQDY 2RSCA 3N9EA 4DDBA 3M18B 1LMPA 5M1YA 1BVKC 1IWWA 3ATNA 4MR1A 1WVVA 4BS7A 1EQ4A 4CJ2A 4WG7A 1DPXA 1QTKA 4J1BA 3W6BA 1B5UA 4PRQA 2HU3A 5EBHA 1GF0A 3A90A 4GCDA 1RJCB 4NGKA 5B59A 1LZGA 3TXDA 1IOQA 4NG8A 4GCEA 4DD2A 1LSAA 3IJUA 1YKZX 1GFJA 1NHEA 3M3UA 207LA 4G9SA 1BQLY 4B4JA 2W1XA 4UWUA 4YM8A 4HSFA 1GBSA 1GDXA 2MEAA 4J7VA 1GBZA 1V7TA 2ZQ4A 1HEWA 1LOZA 2MEHA 1OUEA 4LZTA 1LHIA 4CHXA 1LZ8A 4X3BA 1NKHA 2LZ2A 4NSHA 1JKDA 1UACY 1BWHA 1XGQC 4GCCA 4DD7A 4XJFA 6LYZA 1YQVY 2HEDA 4H94A 3VWOA 1G7HC 4CFOA 1TCYA 3WVXA 1RCMA 1FDLY 1GFKA 4LT0A 1FLYA 7LYZA 4DDCA 2NWDX 1H6MA 3ULRA 4H9HA 1REYA 3TXIA 1IY3A 1CJ6A 4Z98A 2BPUA 5L3HA 1J1OY 4HTNA 4WO6A 3TMVA 2YDGA 2ZQ3A 4ZFPA 4TWSA 2LZTA 1JKBA 1QSAA 4LYCA 1C46A 4N5RA 4NHTA 1IC4Y 1LSEA 1YL0X 3WW5A 5KXLA 1UIFA 4L41A 4TX7A 3RNXA 3B0IA 1UBZA 1LZNA 4B4IA 5F9XA 1XGRC 5LVJA 2H5ZA 5I53A 4RW1A 1LCNA 4TSBA 4OWHA 2MEFA 4N8ZA 3TXGA 1WQRA 1GB5A 2Z37A 3KAMA 1DQJC 4NSIA 4NWEA 4QEQA 1AT6A 4OOOA 1GF6A 2ZIJA 3P65A 1UIEA 4FJRA 3AW7A 5HQ1A 4E3UA 1I1ZA 2EPEA 4H9IA 5B1FA 1Z55A 132LA 1IP6A 4H9BA 1UC0A 1VEDA 5LVIA 1ALCA 2HEAA 5DN4A 1DI3A 1LZ9A 4NHQA 4XENA 4ET9A 3P68A 3WL2A 4NY5A 2G4PA 2Z38A 1UA6Y 3LYMA 1VDSA 1FKVA 1XEKA 194LA 4NGYA 2DQFC 2XBRA 1IP1A 4H90A 3IJVA 1QQYA 1YILA 5KXOA 1HNLA 1B5WA 1D9UA 4TUNA 1BB6A 1IR9A 1ZV5L 5LYZA 135LA 1JSFA 2A7FA 2BQFA 1KIRC 1UIGA 1WVUA 3N9CA 1LSDA 1T6VL 4ZIXA 1JKCA 2BAAA 1ZVHL 1UUZC 1HSWA 4WM3A 1XSFA 3SP3A 1GFAA 1JJ3A 4UWVA 4WM2A 4PJ2C 9LYZA 3GXRA 4HTQA 3WU8A 1KIPC 4KL7A 3RZ4A 5FELA 1GE2A 1VAUA 1KXYA 3B6LA 4BADA 4ETBA 1LJ3A 1LZ5A 1DKKA 5LA5A 1NQIA 4B0DA 2YBJA 1LSPA 5E4PA 3AGIA 1IP7A 3WVYA 3LZ2A 5FDJA 1QTEA 193LA 2D91A 5A3EA 2BQHA 1F10A 4Z46A 1A4VA 3B0OA 4PGJB 2DQCY 2A7DA 5C6JA 2FYDA 5LVKA 2MEDA 1D0LA 5LVGA 4N1EI 4RLMA 4NGIA 2BQBA 4B4EA 2MECA 4WO9A 5F81A 1LJGA 1LHMA 5FEKA 1DPWA 5F9UA 1GFEA 3EXDA 1LMNA 1BVXA 1WQOA 1QIOA 1OUBA 1IR7A 2YBIA 5D5CA 1HEQA 1XFPL 1B7MA 2MEBA 4O34A 1B5YA 1LJHA 3AB6A 2YSSC 4LGKA 3WPLA 2HEBA 5HNCA 1HEOA 2FBBA 4W96A 2FYCA 1B7PA 1IY4A 1YKXX 3TXFA 1LAAA 153LA 3RT5X 1REXA 5DM9A 1GBWA 1LZEA 3WW6A 3WYHA 2YBNA 4HTKA 3CB7A 4NWHA 5KXPA 1GBXA 2PC2A 4IASA 4XJGA 5APEA 1WQQA 2BQLA 5KJ9A 1JWRA 1UIDA 4ET8A 4Z41A 1SQ2L 4DYGA 1I20A 1I56A 1GXXA 1WTNA 1ZVYB 2CGIA 1FLQA 1LHLA 3WUMA 1JPOA 5KXWA 1OUHA 1LKSA 5C6IA 1NDGC 4YENA 1GB3A 2XBSA 2HECA 5LYTA 3OK0A 2XJWA 1JJ0A 4WLYA 1NF5A 4P2EA 4RDSA 1LMTA 3GXKA 4WOAA 1NMMA 3MGWA 4OOTA 5HMVA 2YBHA 4ETCA 1XGUC 3A95A 1PZYA 1GFRA 4G4CA 5APDA 2BQKA 3N9AA 4H93A 4H9EA 2BQIA 3QE8A 4B1AA 1HHLA 1LZ1A 1GAZA 4PRUA 1GFHA 5I5QA 1MLCE 3LYZA 4LFXA 5JENB 4XN6A 3B0KA 1IWTA 2ZYCA 1C10A 2IFFY 1CKHA 1HSXA 4II8A 3A34A 1QDRA 4HV2A 1LZSA 2F2NA 1GF5A 5DLAA 1LSMA 2HEFA 2DQJY 4H8YA 3T36A 1GE3A 1LZCA 3AW6A 3P64A 3TXJA 5KXTA 4EOFA 5KXKA 3OJPA 1LJIA 1FKQA 3BKHA 1IC5Y 4LT3A 1IOCA 4XJDA 1OUIA 4H8ZA 4DC4A 2MEIA 1IORA 5IELA 4NGJA 2AUBA 3AZ6A 1JHLA 1NDMC 3WXTA 134LA 3A92A 1OUDA 3HBEX 3W6FA 1RFPA 2G4NA 4I8SA 3W6AA 2DKVA 1B7RA 4MCKA 4WM6A 1IWXA 5D5FA 2CJLA 1EQEA 2HTXA 5KY1A 3LYOA 4BAFA 1HFZA 1AM7A 1EL1A 2YBMA 1LHKA 4GN4A 4NGOA 4XYYA 3LHMA 4DT3A 4GN5C 1UICA 1LMAA 1CJ7A 3WH1A 5F14A 1LMCA 2W1YA 1BWIA 4EMNA 4DD0A 2BLYA 4WM5A 5C6LA 2C8PA 1DXJA 1F6SA 4UWNA 2EIZC 4WMGA 4BAPA 4DD1A 1BB4A 4LT1A 2WARA 3ZVQB 2B5ZA 5LYMA 1G7MC 4R0FA 4R6CA 2F4AA 4MSTA 3A96A 1JSEA 3F6ZA 3LZTA 2DQIY 1GHLA 4NG1A 4NFVA 1GB7A 2XTHA 4H9AA 5APCA 1C45A 4TTDA 1JTPL 2BQJA 2CDSA 3J4GA 1LZBA 1XEIA 1B9OA 5F16A 4KPMA 1VDQA 1G7LC 2ZILA 4CGEA 2D4KA 4HV1A 1FLUA 1DI5A 3CSZA 1JISA 4GLVA 4PHIA 1LSCA 2Z2FA 3AJNA 1OP9B 5HMJA 3ZVQA 4QY9A 4AGAA 4LYOA 3CT5A 4KXIA 1GB8A 4OWBA 1KXXA 1IWYA 2MEGA 3FE0A 4G4BA 3AZ4A 4YEOA 1OUAA 4WLDA 5K7OA 5FHWA 4LT2A 1CKFA 1NBYC 4NHIA 4YEMA 5LAFA 1YAQA 5ILCA 2GV0A 4DDAA 4W94A 3D3DA 2YVBA 4FDYA 1GB6A 1D0KA 1VATA 4NHPA 1ZMYL 1WQNA 4XADA 1IOTA 2I25L 1OUGA 1TDYA 1LJFA 4H1PA 1HEPA 5B1GA 2DQAA 2ZYPA 1LJNA 1LYYA 5KXXA 1GF7A 3A94A 5T3FA 1YAMA 1LZ6A 1YANA 1LZYA 1YAPA 2BQDA 1IWUA 2Z19A 3CT0A 2X0AA 4ETEA 3A93A 3LN2A 1E8LA 1V7SA 1QDTA 1UIAA 2EKSC 3CT1A 3B72A 2BQEA 2BQAA 1FBIX 1IP4A 1YAOA 2CWIA 1J1PY 4ETDA 1OUFA 1LYSA 1C08C 1GE0A 4G49A 1GDWA 1TAYA 1UIBA 4RW2A 4LYZA 1YROA 1GE1A 3RW8A 5LINA 1HFYA 1GEVA 1HFXA 3K3TA 1GXV2 4J1AA 5J7CA 4J0LA 4C3WA 4NGWA 3A3RX 3CSRA 1D0MA 1IP3A 1D6QA 1C43A 1GF3A 1XGPC 2LYOA 5DL9A 3WPKA 1LJEA 1CKGA 1GB9A 2ZWBA 5I4YA 2W1MA 1GF8A 2Z18A 1GFUA 1LYZA 5LIOA 5FCPA 1A2YC 1JITA 3TMUA 3TXHA 4DWXA 1JIYA 1O23A 1GPQC 2MEEA 1GBOA 1KXWA 3TXKA 1CJ9A 1W08A 2ZNWY 2D4JA 4LYTA 4NSJA 4ANRA 1B2KA 1CNSA 2BLXA 1B7QA 5IDDA 5KXNA 4ZEEA 5B06A 5KXYA 1FLWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
192LA 1L99A 2HU1A 4PJZA 1C6EA 5II3A 5L9JA 2I6ZA 5LAGA 1MELL 1F0WA 2Q0MX 1L96A 8LYZA 1QT6A 4WLTA 2LYZA 1JTTL 1HEMA 4E97A 4NGZA 1JKAA 3WU9A 1GE4A 3FA0A 1B5VA 1D9WA 4N0JA 4XJHA 1LYEA 1TEWA 1PQDA 3C7YA 4RLNA 4NEBA 4QDNA 5KXSA 1YKYX 3J6KA 260LA 2FBDA 4B49A 4HPIA 3DMXA 3A6CY 4M4OA 4G4HA 1HMLA 1LW9A 242LA 1P46A 3WUNA 1K28A 243LA 182LA 197LA 1T3PA 114LA 3HFMY 1CUPA 1WQPA 1AT5A 1LZAA 3AYQA 1G0LA 1UIHA 3F8VA 1NBZC 1AZFA 1LKRA 5LA8A 3WUAA 3AZ5A 3PBLA 2B6XA 1LZRA 6LYTA 1B7LA 147LA 1C6HA 3DKEX 189LA 1PQMA 1G7IC 1IIZA 1LTMA 3ATOA 162LA 3FI7A 4NHSA 3GUPA 2RB0X 4DQJA 1CX6A 1OWYA 1LGWA 1L67A 3W6DA 1RI8B 1DYAA 1IO5A 4C5FA 1KIQC 3IWRA 2DQEY 1CKDA 2LYMA 4IJ4A 1GF9A 2BQMA 4YF2A 130LA 1G7JC 2B7XA 1GB0A 3C80A 1L05A 3WPJA 133LA 1QSWA 1L88A 2I26L 1HMKA 1LPIA 110LA 1XJUA 232LA 1B5ZA 1C6PA 1EQ5A 3M18B 251LA 1IWWA 3ATNA 3LZMA 1L57A 4CJ2A 1LYIA 1QS9A 1B5UA 2HU3A 141LA 4GCDA 5B59A 1LZGA 216LA 1IOQA 2RBPA 4GCEA 3M3UA 4G9SA 4AQNA 1GDXA 1L27A 170LA 2MEHA 1SWZA 140LA 4DD7A 1P2RA 4H94A 4CFOA 1RCMA 1FDLY 1GFKA 1FLYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1XGT C;  3ZEK A;  1JTO L;  2HU1 A;  1HER A;  1SLY A;  2BQC A;  2VB1 A;  1YIK A;  3P66 A;  4N9R A;  1REZ A;  5E9R A;  5KXR A;  5II3 A;  1GBY A;  5HLL A;  5AMY A;  1GFG A;  1WQM A;  2F30 A;  3A91 A;  5I4W A;  5L9J A;  2I6Z A;  5LAG A;  1MEL L;  2EQL A;  3D9A C;  4YOP A;  1IP2 A;  1F0W A;  1IR8 A;  1H87 A;  1LZT A;  3RU5 A;  5L3I A;  1INU A;  2Q0M X;  4OWC A;  8LYZ A;  1GB2 A;  5IHG A;  1BWJ A;  1GWD A;  3P4Z A;  4WLT A;  2ZNX Y;  1DI4 A;  2H9J A;  1LMQ A;  3WMK A;  4HP0 A;  2LYZ A;  3LYT A;  1JTT L;  1N4F A;  4GN3 A;  2BQG A;  4TSC A;  5I4X A;  1HEM A;  3CQL A;  1HC0 A;  1GFV A;  4WL6 A;  4WM1 A;  3QNG A;  4OWE A;  3AZ7 A;  2BQO A;  4LYM A;  1QUS A;  4NGZ A;  1XEJ A;  1LMO A;  4NSG A;  1JKA A;  5HNL A;  3WU9 A;  4N1C C;  3WUL A;  2Z2E A;  3BKV A;  1GE4 A;  4PPO A;  2BQN A;  3AGG G;  1B5V A;  2H9K A;  4N0J A;  4XJH A;  3W3E A;  3QY4 A;  1BHZ A;  1TEW A;  1CJ8 A;  1UCO A;  1IC7 Y;  1BGI A;  3G3B B;  4NEB A;  4RLN A;  4QDN A;  5KXS A;  1W6Z A;  1YKY X;  5DN5 A;  4ML7 A;  3A67 Y;  1C7P A;  2FBD A; 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 4G4B A;  3AZ4 A;  4YEO A;  1OUA A;  4WLD A;  5K7O A;  5FHW A;  4LT2 A;  1CKF A;  1NBY C;  4NHI A;  4YEM A;  5LAF A;  1YAQ A;  5ILC A;  2GV0 A;  4DDA A;  4W94 A;  3D3D A;  2YVB A;  4FDY A;  1GB6 A;  1D0K A;  1VAT A;  4NHP A;  1ZMY L;  1WQN A;  4XAD A;  1IOT A;  2I25 L;  1OUG A;  1TDY A;  1LJF A;  4H1P A;  1HEP A;  5B1G A;  2DQA A;  2ZYP A;  1LJN A;  1LYY A;  5KXX A;  1GF7 A;  3A94 A;  5T3F A;  1YAM A;  1LZ6 A;  1YAN A;  1LZY A;  1YAP A;  2BQD A;  1IWU A;  2Z19 A;  3CT0 A;  2X0A A;  4ETE A;  3A93 A;  3LN2 A;  1E8L A;  1V7S A;  1QDT A;  1UIA A;  2EKS C;  3CT1 A;  3B72 A;  2BQE A;  2BQA A;  1FBI X;  1IP4 A;  1YAO A;  2CWI A;  1J1P Y;  4ETD A;  1OUF A;  1LYS A;  1C08 C;  1GE0 A;  4G49 A;  1GDW A;  1TAY A;  1UIB A;  4RW2 A;  4LYZ A;  1YRO A;  1GE1 A;  3RW8 A;  5LIN A;  1HFY A;  1GEV A;  1HFX A;  3K3T A;  1GXV 2;  4J1A A;  5J7C A;  4J0L A;  4C3W A;  4NGW A;  3A3R X;  3CSR A;  1D0M A;  1IP3 A;  1D6Q A;  1C43 A;  1GF3 A;  1XGP C;  2LYO A;  5DL9 A;  3WPK A;  1LJE A;  1CKG A;  1GB9 A;  2ZWB A;  5I4Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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