3WUAA

Spatiotemporal development of soaked protein crystal; derivative 3610 sec
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Spatiotemporal development of soaked protein crystal
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3wuaA00
1GE0A 5KXKA 4NWHA 4CJ2A 4NGOA 4HTKA 1CKFA 4YEOA 1NDMC 4WOAA 1TCYA 4NGIA 3A94A 3LYOA 3MGWA 1B9OA 1EQ5A 1DKJA 1KXWA 2YBHA 1AM7A 2HTXA 1TEWA 2H9KA 4II8A 1D9UA 2MECA 1ZV5L 2Z18A 1B7LA 3T36A 1HC0A 1LOZA 1LSPA 2HEEA 5KXMA 1QTKA 2D91A 5LVHA 1GEZA 6LYTA 2BQEA 5T3FA 5LVIA 2YBJA 2BLXA 1LZYA 5KXRA 1LJIA 1LJEA 1GWDA 3M3UA 2BPUA 1E8LA 1IY3A 1JITA 1VDQA 1LZ6A 2CDSA 3RZ4A 1IC7Y 1RE2A 1TBYA 4GLAA 132LA 2BQLA 3M18B 3RW8A 4DT3A 1UIFA 3TXEA 1GDWA 4N5RA 3W6BA 1IWVA 1ZVHL 4OWBA 4I8SA 4DC4A 5I4WA 4XADA 4B1AA 3B72A 3GXRA 1CJ6A 4ML7A 5ILFA 5KXLA 2MEHA 1NF5A 1LPIA 1LSNA 4P2EA 135LA 4H94A 3LYZA 1QQYA 208LA 1GF0A 4TTDA 4X3BA 4DD2A 5HQ1A 1UIHA 2YBLA 1GXV2 4DD7A 1RJCB 2DQAA 4NHIA 5APCA 1GBSA 1OUGA 1HNLA 4HSFA 1YKZX 1D0LA 1LYOA 1LJNA 2LZ2A 4NGWA 1OUJA 4KPMA 1LHJA 1WQMA 3WL2A 4B0DA 3ULRA 4GCFA 4ETDA 4YF2A 4H9CA 4UWUA 1GF9A 1WQPA 4LYOA 1IWYA 4WLYA 5J7CA 1JPOA 1GF5A 3FI7A 1I20A 4EMNA 3B0OA 1JSFA 4KL7A 5KXZA 2F30A 1HEQA 5D5FA 1LJHA 1OUIA 1WQRA 3D9AC 5B05A 1CJ8A 4FJRA 3ATOA 3AW6A 4B4IA 1BB7A 2YBIA 3WVXA 3TMVA 1B7OA 5KXNA 1HMLA 1HEMA 1REMA 1LHIA 5E4PA 3IWRA 1ALCA 1VATA 4LYCA 4W96A 1P2CC 4WL6A 2VB1A 1G7JC 1HERA 2XTHA 3G3AB 3ZVQA 1HFZA 1EQEA 4GN3A 3W6CA 4ZFPA 1JISA 2C8OA 1IP1A 2DQIY 4PGJB 2RSCA 1HEPA 1NBYC 1IWTA 2AUBA 3W6DA 2Z12A 2BAAA 9LYZA 1D0KA 1GB0A 1VFBC 4ET9A 1HF4A 4XN6A 1HHLA 1A4VA 1AT5A 1DPXA 4NEBA 3LHMA 1XGRC 3TMUA 3TXHA 1JTOL 2EQLA 2HEBA 4N9RA 4B4JA 5I4YA 2F4AA 4R6CA 2LYMA 1HEWA 2YDGA 4LT0A 2DQFC 1IORA 1KIQC 4KXIA 2BQJA 1XEJA 1EQ4A 2BQMA 1CNSA 1GEVA 1BB6A 1GFTA 3LYTA 4XJBA 1YAPA 3LZTA 3WW5A 4ETBA 1GFUA 2W1XA 4BADA 4CGEA 1B5XA 1DI3A 1LJGA 3WUMA 1LJ3A 1OUBA 3LZ2A 1YIKA 1T3PA 5HLLA 1V7TA 1YAOA 1IR8A 3A8ZA 4I0CA 1GHLA 3D3DA 1HMKA 1IIZA 1MLCE 4NY5A 3G3BB 1LMOA 3BKHA 4R0FA 1LSMA 1DZBX 1NKHA 5JENB 2LZTA 2F4GA 1IOQA 1GBXA 4J1BA 4YENA 4LGKA 1UBZA 1BWIA 1KXYA 2FYDA 4G4CA 5FDJA 4M4OA 1GFAA 1C08C 3CSQA 2ZILA 5A3EA 1UIEA 3W6EA 2HEFA 1I56A 1GB7A 3SP3A 1UIDA 1LSFA 4HV1A 207LA 2X0AA 4H9EA 1LZBA 4CFPA 1NBZC 1LSYA 2MEBA 2BQGA 5LXWA 1UIBA 1J1OY 5LVJA 2HEDA 4H8YA 4PPOA 1F6SA 3WPJA 1IP2A 1AKIA 1GFGA 2EPEA 1LHHA 3B6LA 3IJUA 2PC2A 4NGJA 2Z39A 3HFMY 4PJ2C 4BS7A 1SLYA 5F16A 4N0JA 1LZ5A 2H5ZA 1LJKA 3A91A 1YANA 2D4KA 4NGKA 1LSEA 1UACY 4O34A 3EBAB 4NGVA 5FSTA 133LA 5APEA 5IDDA 2MEIA 4H8ZA 2LYOA 5LVGA 1GF8A 4WM6A 1XGQC 1LHKA 1GB3A 1DKKA 1XEKA 2XJWA 1CKGA 3A93A 6LYZA 3TXFA 3N9AA 5I5QA 3WW6A 1JJ0A 4ETCA 2FBBA 4FDYA 4U3XB 4BAFA 1UA6Y 7LYZA 3A3QA 1JHLA 1JJ1A 3AZ5A 1XEIA 3WUAA 1AZFA 4NWEA 4QEQA 5C6LA 2MEAA 3ATNA 1IP4A 3B0KA 1LKRA 2ZYPA 3WUNA 5F14A 1D6PA 3E3DA 2A7DA 3AZ6A 1RCMA 1JWRA 2B5ZA 1CJ9A 1CKHA 1HFXA 1ZVYB 5EBHA 1GB8A 1CKDA 4GCDA 5F81A 4OOTA 1LCNA 1BB5A 1CKCA 1VDPA 5HNLA 3P64A 1W6ZA 4HP0A 1FN5A 5B1FA 3W6FA 1IVMA 1NHEA 1KIRC 4XJHA 1LSGA 2Z38A 3AGIA 1IO5A 1LSZA 3A3RX 4N8ZA 4OOOA 1IY4A 4OWAA 3WU9A 1LJJA 1NQIA 3QY4A 4NHSA 5B07A 1LHMA 1UUZC 3WH1A 2BQKA 1KXXA 4CFOA 1LZSA 2N5ZA 3AJNA 4DD3A 4NIJA 5DN4A 1IX0A 1NDGC 1IP3A 1HEOA 1LMAA 4WO9A 1JKBA 1B7QA 1WVUA 4AXTA 4B4EA 1A2YC 1XSFA 1ZMYL 4HJZA 1UICA 5HNCA 1BB4A 1FKVA 1KIPC 1HSXA 1OP9B 1HELA 4B49A 2HU3A 1LJFA 1N4FA 5LYZA 3EXDA 3HBDA 4Z41A 5KKJA 3N9EA 1SQ2L 1UC0A 1JKDA 1C45A 3TXDA 4ZEEA 1PS5A 1LYYA 4WLDA 2IHLA 1FLUA 1LYZA 194LA 5DL9A 3TMWA 5A3ZA 1H6MA 1LZTA 4WG7A 1LKSA 1QUTA 4WO6A 3A96A 1GBYA 1FKQA 2HEAA 4G4BA 4Z98A 5LVKA 2MEGA 3CSZA 1B5YA 2DQCY 2GV0A 4W94A 5FHWA 1LMNA 4NG1A 3TXIA 8LYZA 5K7OA 1LZ8A 2C8PA 2MEFA 1IWWA 1FDLY 4H1PA 2G4QA 4YEMA 2YBNA 5LIOA 1QTEA 1LZ4A 2I26L 1LZAA 4OWEA 4DD9A 2Z19A 4HTNA 4DDBA 1G7LC 5KXYA 1AT6A 5ILCA 2DQDY 3QE8A 1IC5Y 5APDA 2I25L 3A92A 5I54A 2NWDX 1TDYA 4H90A 4WG1A 3RNXA 4AGAA 3AGHA 4ZIXA 4Z3MA 2DKVA 1IOCA 2XBRA 4RW2A 3KAMA 4LT3A 1I1ZA 4E3UA 3CT5A 5E9RA 1JEFA 1WTMA 3OJPA 4XJGA 1B7PA 2CGIA 2EIZC 5LAFA 3GXKA 2ZQ3A 1QUSA 4H93A 1J1XY 3RU5A 1RFPA 1B5ZA 4WM4A 3WPLA 1GPQC 4G9SA 4KT3A 4LYMA 4RLNA 2Q0MX 2ZNWY 1XFPL 4HPIA 1YILA 1WQNA 4J0LA 193LA 2BQFA 1RI8B 1JTPL 2BQNA 1JKCA 5KXOA 5FCPA 4DDAA 1LMQA 3CQLA 4IASA 4OWCA 4WMGA 5HMJA 5LINA 4OW1A 4WLTA 4WM1A 1GD6A 1IWXA 1GFKA 1REXA 1LJ4A 2BQCA 4QDNA 3ZEKA 1LZ1A 1LMCA 1J1PY 3OK0A 1OUFA 1BHZA 4GCBA 4HJYA 5B1GA 1H87A 4A7DA 4Z46A 1GB2A 2HU1A 2H9JA 5I53A 154LA 1GE2A 2CWIA 3K3TA 4G49A 1DI5A 4QY9A 2BLYA 1LHLA 4LYTA 2YVBA 1G7HC 3N9CA 1WQOA 4QGZA 5KXSA 5FEKA 5KXWA 1IWUA 5LYTA 1REZA 4OWHA 1GE3A 1B2KA 1GB5A 4H9FA 3VWOA 3ZVQB 4NSJA 1JJ3A 1JTTL 3AGGG 3CB7A 4DWXA 4MR1A 4RDSA 2ZNXY 1JKAA 3P4ZA 5FELA 2DQHY 2DQGY 3WMKA 5II3A 1BB3A 3A34A 4ANRA 1LZDA 4RLMA 2FYCA 1BWHA 3J6KA 5B59A 1FBIX 5LA5A 1LTMA 3A67Y 4DD1A 2HECA 2ZIJA 1GE1A 3T6UA 1IR7A 4ETAA 4H8XA 5C6JA 4WM5A 1LZEA 1OQMA 4NHTA 4TX7A 4XENA 2CJLA 3TXGA 3AB6A 2LYZA 5AMYA 4NGLA 4C3WA 1VAUA 4HJVA 1GF4A 3P68A 2YBMA 4N1CC 2DQEY 4NG8A 3A95A 1G7MC 1T6VL 2MEDA 3EO5A 2I6ZA 1GF3A 2XBSA 2BQHA 2MEEA 1B5WA 1OUHA 3P66A 1GAYA 3WXTA 4ETEA 3LYMA 5I4XA 1GE4A 1NMMA 5LYMA 3P65A 5B06A 1GFVA 1YAMA 2HUBA 1YKYX 4HV2A 1WTNA 3TXBA 5D5CA 4TWSA 5KXPA 1B5UA 1WQQA 3B0IA 4L41A 1DQJC 1QDTA 1IP6A 3WULA 3A6CY 3WVYA 4TUNA 5F9XA 1GF6A 1JUGA 4XJIA 3WXUA 3EMSA 4TSCA 4IATA 4PRUA 2ZIKA 4LYZA 1LZCA 1PZYA 1IOTA 4H92A 134LA 1LMTA 2EKSC 1LSAA 4YOPA 1UIGA 4NGYA 5DN5A 5DLAA 5APFA 1UCOA 1BVXA 1BVKC 1QIOA 1F0WA 4UWNA 5KJ9A 5L9JA 1IOSA 1B0DA 1YL1X 4NFVA 1JSEA 1BGIA 1GBOA 1VEDA 2YSSC 4RW1A 5KXXA 2WARA 4LT2A 1IP5A 4XJFA 3AYQA 5L3HA 1QDRA 1XGUC 3HBHA 4NSGA 5LA8A 4WLXA 1B7SA 4MSTA 4H9HA 3WU8A 1GFJA 5L3IA 2BQOA 1GFRA 4IJ4A 4UWVA 1OUDA 4PRQA 4H91A 4C5FA 1IC4Y 1TAYA 5DM9A 4GCCA 4MCKA 3F6ZA 3QNGA 4H9IA 4DD0A 4M6DA 3AZ4A 1LYSA 1YL0X 3TXKA 1LSCA 1GB6A 1LZGA 2BQBA 2IFFY 4GLVA 3WPKA 1GBZA 1GXXA 2BQIA 2ZYCA 5KY1A 1BQLY 1W08A 2DBTA 1XGTC 1VDSA 1VDTA 2Z2FA 2W1MA 1FLWA 1LMPA 3FE0A 1MELL 4TSBA 4CHXA 5IHGA 4NHPA 1IP7A 1GDXA 1QSAA 2FBDA 1DXJA 1B7MA 1YQVY 5M1YA 3W6AA 1NWGA 4YM8A 3IJVA 3TMXA 1LZNA 4WM2A 4GN5C 4ET8A 1F6RA 5F9UA 4N1EI 1F10A 1G7IC 1C46A 1CJ7A 1BWJA 1HFYA 3CT0A 4NGZA 1LSBA 1OUAA 1Z55A 2G4PA 3AZ7A 1C10A 1B5VA 1EL1A 4GN4A 2BQDA 3J4GA 4HTQA 4J7VA 4NSIA 5LAGA 1XGPC 2G4NA 1IWZA 2ZWBA 1C43A 2D6BA 5HMVA 1HSWA 1YAQA 4WM3A 5IELA 2ZQ4A 5C6IA 1LZRA 2F2NA 3BKVA 5KKIA 1GB9A 1OUCA 1OUEA 4LT1A 1GFHA 3A90A 1GAZA 4GCEA 4BAPA 1FLQA 2A7FA 2DQJY 1YKXX 2Y8PA 4LZTA 3W3EA 4PHIA 1C7PA 1JIYA 1IEEA 4LFPA 1YROA 1LAAA 1QSWA 2BQAA 3AW7A 3HBEX 3RT5X 3WU7A 1V7SA 4XJDA 1LZ9A 4EOFA 1D6QA 5KXTA 2D4JA 1GF7A 2W1LA 1DI4A 1INUA 1LSDA 3A6BY 2Z37A 1FLYA 3CT1A 4NHQA 1O23A 1B7RA 1D0MA 1GFEA 1UIAA 4D9ZA 4LFXA 4WL7A 2Z2EA 4DDCA 1B7NA 1REYA 3WYHA 1HENA 4H9AA 4J1AA 4DYGA 3LN2A 4G4HA 2D4IA 4HPEA 3CSRA 1WVVA 1GBWA 4H9BA 4LYBA 4NSHA 3TXJA 1DPWA 2LHMA 153LA 2W1YA 4XYYA 1IR9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KXKA 4CJ2A 4ARQA 4HTKA 1TCYA 2YBHA 113LA 4II8A 1HC0A 1LSPA 3HH6A 1L48A 5LVIA 2BLXA 1GWDA 1LZ6A 1C6HA 1TBYA 1L68A 3M18B 3DN1A 1IWVA 2LC9A 1P2RA 1KY1A 2MEHA 3CDRA 4P2EA 143LA 208LA 1L84A 4TTDA 3RZEA 1C68A 1RJCB 3HT8A 5APCA 1GBSA 1OV5A 221LA 261LA 1OUGA 4HSFA 1LI2A 224LA 4NGWA 1OUJA 1WQMA 1OWZA 239LA 5KXZA 4KL7A 1HEQA 1DYBA 1LJHA 3C8SA 155LA 3ATOA 3TMVA 1HEMA 216LA 1CUPA 1L69A 4ZFPA 195LA 168LA 1JISA 2AUBA 1L96A 1CU2A 3V2WA 1D0KA 1L37A 3C8QA 1HHLA 3SB8A 1XGRC 5I4YA 1JTOL 2HEBA 1L20A 3DMVA 4I7OA 4R6CA 2DQFC 4I7PA 171LA 1L34A 2BQJA 1P37A 3LZTA 4CGEA 1CV0A 1B5XA 4I7LA 1JTNA 5HLLA 1IR8A 3D3DA 184LA 1HMKA 1CV4A 1G0MA 1LSMA 178LA 1L32A 4LGKA 1KXYA 2FYDA 4M4OA 1GFAA 1C08C 1L75A 2ZILA 1CU5A 1LSFA 1UIDA 4HV1A 1L09A 2X0AA 1NBZC 2BQGA 4LDLA 2HEDA 1IP2A 2EPEA 4PJ2C 1LJKA 231LA 152LA 1UACY 1T8FA 5FSTA 2MEIA 1ZWNA 1LYFA 149LA 1GF8A 1LHKA 3VW7A 1DKKA 233LA 2XJWA 1JJ0A 4FDYA 4U3XB 1L18A 3F8VA 3WUAA 1XEIA 1AZFA 2QB0B 3ATNA 1L39A 3HWLA 2A7DA 1CKHA 1ZVYB 5F81A 3G3VA 3K2RA 3W6FA 4N8ZA 4OOOA 1CTWA 186LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GE0 A;  5KXK A;  4NWH A;  4CJ2 A;  4NGO A;  4HTK A;  1CKF A;  4YEO A;  1NDM C;  4WOA A;  1TCY A;  4NGI A;  3A94 A;  3LYO A;  3MGW A;  1B9O A;  1EQ5 A;  1DKJ A;  1KXW A;  2YBH A;  1AM7 A;  2HTX A;  1TEW A;  2H9K A;  4II8 A;  1D9U A;  2MEC A;  1ZV5 L;  2Z18 A;  1B7L A;  3T36 A;  1HC0 A;  1LOZ A;  1LSP A;  2HEE A;  5KXM A;  1QTK A;  2D91 A;  5LVH A;  1GEZ A;  6LYT A;  2BQE A;  5T3F A;  5LVI A;  2YBJ A;  2BLX A;  1LZY A;  5KXR A;  1LJI A;  1LJE A;  1GWD A;  3M3U A;  2BPU A;  1E8L A;  1IY3 A;  1JIT A;  1VDQ A;  1LZ6 A;  2CDS A;  3RZ4 A;  1IC7 Y;  1RE2 A;  1TBY A;  4GLA A;  132L A;  2BQL A;  3M18 B;  3RW8 A;  4DT3 A;  1UIF A;  3TXE A;  1GDW A;  4N5R A;  3W6B A;  1IWV A;  1ZVH L;  4OWB A;  4I8S A;  4DC4 A;  5I4W A;  4XAD A;  4B1A A;  3B72 A;  3GXR A;  1CJ6 A;  4ML7 A;  5ILF A;  5KXL A;  2MEH A;  1NF5 A;  1LPI A;  1LSN A;  4P2E A;  135L A;  4H94 A;  3LYZ A;  1QQY A;  208L A;  1GF0 A;  4TTD A;  4X3B A;  4DD2 A;  5HQ1 A;  1UIH A;  2YBL A;  1GXV 2;  4DD7 A;  1RJC B;  2DQA A;  4NHI A;  5APC A;  1GBS A; 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 1FLW A;  1LMP A;  3FE0 A;  1MEL L;  4TSB A;  4CHX A;  5IHG A;  4NHP A;  1IP7 A;  1GDX A;  1QSA A;  2FBD A;  1DXJ A;  1B7M A;  1YQV Y;  5M1Y A;  3W6A A;  1NWG A;  4YM8 A;  3IJV A;  3TMX A;  1LZN A;  4WM2 A;  4GN5 C;  4ET8 A;  1F6R A;  5F9U A;  4N1E I;  1F10 A;  1G7I C;  1C46 A;  1CJ7 A;  1BWJ A;  1HFY A;  3CT0 A;  4NGZ A;  1LSB A;  1OUA A;  1Z55 A;  2G4P A;  3AZ7 A;  1C10 A;  1B5V A;  1EL1 A;  4GN4 A;  2BQD A;  3J4G A;  4HTQ A;  4J7V A;  4NSI A;  5LAG A;  1XGP C;  2G4N A;  1IWZ A;  2ZWB A;  1C43 A;  2D6B A;  5HMV A;  1HSW A;  1YAQ A;  4WM3 A;  5IEL A;  2ZQ4 A;  5C6I A;  1LZR A;  2F2N A;  3BKV A;  5KKI A;  1GB9 A;  1OUC A;  1OUE A;  4LT1 A;  1GFH A;  3A90 A;  1GAZ A;  4GCE A;  4BAP A;  1FLQ A;  2A7F A;  2DQJ Y;  1YKX X;  2Y8P A;  4LZT A;  3W3E A;  4PHI A;  1C7P A;  1JIY A;  1IEE A;  4LFP A;  1YRO A;  1LAA A;  1QSW A;  2BQA A;  3AW7 A;  3HBE X;  3RT5 X;  3WU7 A;  1V7S A;  4XJD A;  1LZ9 A;  4EOF A;  1D6Q A;  5KXT A;  2D4J A;  1GF7 A;  2W1L A;  1DI4 A;  1INU A;  1LSD A;  3A6B Y;  2Z37 A;  1FLY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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