3WUMA

Crystal structure of hen egg-white lysozyme
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Grease matrix as a versatile carrier of proteins for serial crystallography
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-04-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3wumA00
3WMKA 2D6BA 4QY9A 7LYZA 153LA 1EQ4A 134LA 5L3IA 1XGUC 3A34A 1XEJA 2ZIJA 4LYCA 4DD2A 3A94A 2BQFA 4W94A 4B4EA 1OQMA 3WH1A 4NHPA 9LYZA 5HNCA 1FKVA 1UCOA 4DD1A 1LZ8A 1YQVY 2BLXA 2IFFY 1NBZC 2C8PA 3B6LA 1BB4A 4NG8A 3T36A 2G4QA 1UIAA 6LYZA 4PRQA 5B1FA 3A3QA 5JENB 1TEWA 4NFVA 1CKDA 3M18B 5KXRA 4CFOA 4KL7A 1YANA 1RI8B 4WLTA 1LZCA 3HBEX 1IORA 3IJVA 4B4JA 4C5FA 4NSHA 3KAMA 3AGIA 1GBXA 5K7OA 1AKIA 1DI4A 4N9RA 5F81A 1CJ6A 1FLUA 2ZQ4A 4WOAA 2EIZC 1QQYA 2Z19A 1C43A 2FBDA 2B5ZA 4EMNA 2A7DA 2LYZA 1KXXA 5D5FA 4DDCA 2G4PA 2HU1A 1GFJA 3B0OA 5DLAA 5T3FA 2BQIA 4NSIA 4HTNA 3N9CA 1LJHA 1YAOA 1LZBA 4MSTA 1GBZA 1GXXA 4NGOA 4N1EI 1FN5A 1VDSA 3SP3A 4C3WA 1IC5Y 4HPEA 2LYMA 3WVYA 5KXOA 4R6CA 1YAPA 3BKVA 1BB6A 1GFEA 1LYOA 2BQGA 4NGIA 3A93A 1GE3A 1LSCA 1MELL 1NMMA 1IY3A 3LZTA 3P65A 1VDPA 5F14A 1BWIA 4LT3A 1GFUA 5HMJA 4HPIA 4HJVA 4TX7A 1B5YA 4TWSA 6LYTA 4NG1A 3A67Y 4GCBA 4LYBA 1I56A 5L9JA 3CSQA 2XJWA 4OWCA 2YBLA 2I6ZA 4DDBA 4GN4A 1IOCA 5KKJA 3AGHA 1SLYA 3AYQA 3AW7A 4OOTA 5LA5A 1HC0A 1G7MC 1GFTA 1B7SA 1QDTA 4M4OA 4G4BA 3J4GA 1UIEA 4NGVA 3FI7A 3WPLA 3A6CY 4HTQA 4ET8A 1BGIA 1CJ9A 2HEEA 3D9AC 1IC7Y 4G4CA 2YVBA 5LA8A 4HTKA 4PGJB 2GV0A 4LYOA 4PPOA 2BPUA 1LHIA 1CJ7A 1LJKA 1UIBA 1YAMA 2ZILA 135LA 1NHEA 2DQIY 2BQLA 2H9KA 1GBYA 2LYOA 2RSCA 2YBJA 2ZYPA 3CT5A 1HERA 1JTOL 1DKKA 1T3PA 1B7NA 3IJUA 1OUHA 2MEAA 2CJLA 1H6MA 4ANRA 1JISA 1IWZA 1F0WA 4N8ZA 1LHJA 1C45A 4H8ZA 132LA 1GDWA 2MEBA 5II3A 1HEQA 5A3EA 3LYZA 4DYGA 1IOQA 3WULA 1G7IC 1GB3A 1LHMA 3EMSA 3N9AA 5C6IA 1PZYA 1BVXA 1LZGA 1A2YC 1RE2A 2F4AA 5FDJA 3TMXA 5APEA 1NF5A 2FYDA 1BHZA 3WPKA 1GF4A 1LJNA 1REXA 4O34A 2BQJA 3CT1A 1VDQA 4QDNA 1O23A 2C8OA 4NSGA 4RDSA 4H94A 1LZSA 5DL9A 3RNXA 3TXHA 1OUJA 1UIDA 2W1XA 4WM1A 3ATOA 4GCEA 5KJ9A 1D0KA 1RFPA 1GFVA 1XGPC 4LYMA 4EOFA 5D5CA 1IP4A 1XGQC 1YROA 4AXTA 1UUZC 1GAYA 4NSJA 3TMVA 1TBYA 1W08A 194LA 3K3TA 3VWOA 1LCNA 1BQLY 5FHWA 5KXPA 154LA 1LJ4A 4GN3A 1LZEA 5LXWA 2VB1A 2DQAA 2IHLA 2XTHA 4G9SA 1B7OA 2BQOA 1HFXA 1GF5A 3A92A 4LT0A 2LZ2A 1GFKA 1AT5A 1LJFA 1QTKA 1YKYX 1ALCA 3QE8A 4LFXA 1REMA 4Z98A 3HFMY 4YENA 5LIOA 1G7HC 133LA 1DI3A 1LMNA 1GBSA 1I20A 4XADA 1JTTL 1YKZX 1C46A 1D0LA 1EQEA 1LJEA 1QDRA 1DQJC 1QIOA 3A8ZA 5B06A 4H9BA 1GXV2 4WMGA 1WQNA 4G4HA 2BQHA 4CHXA 3WW6A 4OWBA 2YSSC 1GWDA 1IP3A 1GFRA 1HFYA 1GE0A 1BWHA 1LJ3A 2BAAA 4DD3A 1IP2A 3LN2A 1DXJA 1GF8A 2Y8PA 2YDGA 8LYZA 2YBNA 1DI5A 3MGWA 1NQIA 4GLAA 2BQKA 1LOZA 1W6ZA 1GB7A 4CFPA 1INUA 4NHSA 5B1GA 1VAUA 4WLYA 5I54A 4IASA 1HF4A 4FJRA 1REZA 5HNLA 4II8A 4LFPA 1HMLA 4NGYA 2F4GA 1BB3A 1FLWA 1V7TA 1XGTC 1IP1A 2X0AA 3RU5A 5KXWA 1AT6A 3WU7A 2MEHA 2MEGA 2ZQ3A 5IDDA 4WM5A 2PC2A 4WLXA 3TXBA 1B7QA 1JUGA 1LPIA 2LHMA 3QY4A 4NWHA 4OWAA 3M3UA 2HEAA 4ETAA 1KXWA 1UBZA 3N9EA 2DQCY 4TUNA 3WYHA 2EPEA 1JKDA 2ZNWY 3FE0A 2HEBA 1LSDA 1WQPA 5FCPA 1IP6A 2XBRA 5I4YA 1UIHA 2Z2EA 4GLVA 3W6AA 5F16A 3WL2A 4OOOA 5LAFA 2D91A 1LHHA 2CWIA 5LVGA 4E3UA 3ZEKA 1YIKA 1HSXA 1GB6A 1NWGA 2FYCA 4HP0A 1REYA 3ATNA 1LZDA 1MLCE 3WXTA 1YL0X 5I4XA 4XENA 4M6DA 4GCDA 4ZIXA 1JKCA 4ET9A 4WM6A 3WUNA 1GFHA 4NGJA 1WQMA 5LYMA 1JHLA 1GF3A 4Z41A 1HELA 1GF7A 5B05A 3OJPA 4DT3A 1UA6Y 3P4ZA 1JKBA 1JJ0A 1E8LA 2Z38A 4NGKA 1UACY 3TXDA 3P64A 1OUGA 1QSAA 3EBAB 4QGZA 4LZTA 4WO9A 1NBYC 5LAGA 1LSBA 1EL1A 2HEDA 3LZ2A 1ZV5L 4Z46A 2MEFA 1J1PY 193LA 3AGGG 1NKHA 1OUEA 1TAYA 2ZYCA 1LSYA 5KXXA 1B7MA 1B7RA 3LYOA 4RLNA 1LKSA 1VEDA 1BB7A 4H8XA 4RLMA 5KXLA 3AZ5A 1GPQC 4UWNA 4TTDA 2ZWBA 1GD6A 3ZVQB 4LYTA 2DQHY 1IVMA 1YL1X 3CB7A 5A3ZA 4NGLA 2F30A 3W6DA 4H90A 1IWTA 1LHKA 3TMWA 4H9HA 1HMKA 1IOSA 1AZFA 3LYMA 3TXKA 4OWEA 1LHLA 3RT5X 1HNLA 1UIFA 4TSBA 5FELA 4MCKA 1IWXA 3ZVQA 1A4VA 1GB2A 1GEVA 1BWJA 1LKRA 3BKHA 1V7SA 3WXUA 4ETCA 1GFGA 4DD9A 4L41A 1DPWA 1C08C 4H9IA 3GXKA 1B5WA 1LJGA 1B2KA 1OUCA 5KXSA 2FBBA 1HEPA 1N4FA 3EO5A 4XYYA 3TXJA 5HLLA 1LYYA 4B49A 1LSFA 2BQNA 4NY5A 3B72A 3G3BB 3WW5A 4WO6A 1HFZA 1OUFA 4UWUA 1LJJA 1CNSA 2Q0MX 1LMPA 4BS7A 1IP7A 1GEZA 4Z3MA 1D6QA 2DBTA 4XJHA 1B5ZA 3GXRA 4HSFA 4H93A 5LYZA 5C6JA 3TXFA 2YBMA 4NGWA 2AUBA 2BQBA 1F6RA 5I4WA 2D4KA 1GBWA 1XSFA 5KXMA 3IWRA 4YEOA 1TDYA 1T6VL 5LVIA 1QUSA 2BLYA 2EKSC 2BQDA 1B7PA 2LZTA 1B0DA 1VATA 4H1PA 1HEOA 1OUIA 4H92A 1IR9A 4J1BA 5F9UA 1TCYA 5KXYA 3TXEA 5ILFA 4W96A 4ML7A 4HJZA 1JWRA 4TSCA 4BADA 2DQGY 5E4PA 5APDA 2Z2FA 1LZRA 4XN6A 1IR8A 1GE4A 1KIQC 4OW1A 1IWVA 1JEFA 1WVVA 1C10A 1GE1A 4X3BA 4DD7A 1LSPA 1LMTA 2DKVA 2CDSA 4WM3A 3W6FA 1LMCA 1LSGA 1ZMYL 5LINA 3T6UA 4CGEA 4J1AA 4DWXA 4RW2A 3A96A 4PJ2C 1IWWA 1D0MA 4H9EA 1BB5A 5KXKA 1UICA 1Z55A 3LYTA 1GHLA 2W1MA 1LZ1A 1LYZA 2Z18A 1NDGC 4J7VA 4ZEEA 1OUAA 1J1XY 1WQOA 1OP9B 4ETDA 2I25L 3AW6A 4GCCA 2Z37A 4H9FA 4G49A 1YAQA 4YF2A 5KXTA 5IELA 4LT1A 1LZ4A 1FKQA 2MEIA 3TXIA 1DKJA 4YEMA 5KXZA 1LZNA 4NHQA 4B0DA 2Z12A 3B0IA 3AZ6A 3TXGA 4KPMA 3W6BA 3WU9A 4D9ZA 2BQAA 1HEWA 5LVHA 1IP5A 1IO5A 4J0LA 1IIZA 1JTPL 1LZ6A 3HBHA 4HJYA 2HU3A 1IOTA 4WLDA 1XEIA 3WUMA 1AM7A 1LJIA 5ILCA 5J7CA 5AMYA 4LYZA 3A6BY 3P66A 5L3HA 4GCFA 4NWEA 3WU8A 3WUAA 1UIGA 1RJCB 1H87A 207LA 4P2EA 3QNGA 1JPOA 2MECA 2BQCA 2DQJY 208LA 2BQEA 5DN4A 1LSEA 3AB6A 5FSTA 2DQDY 1CKGA 1FLYA 1GDXA 1LZYA 1GAZA 3B0KA 1F10A 2F2NA 2N5ZA 1LZ5A 1FDLY 1HEMA 1YKXX 3TMUA 5APCA 1LMAA 4HV1A 1IEEA 1D6PA 1KXYA 1NDMC 1EQ5A 2W1LA 1J1OY 2YBIA 4IJ4A 1CKCA 4WL6A 4LT2A 3AZ7A 4XJDA 5KY1A 4ZFPA 1GF6A 4A7DA 2HEFA 5M1YA 4WG7A 3A91A 4ETEA 4HV2A 5HMVA 4XJGA 1OUDA 4DC4A 1JIYA 5F9XA 3CSZA 1HHLA 1LMOA 2H5ZA 4BAPA 4BAFA 1LZAA 4N5RA 4OWHA 4LGKA 5APFA 4MR1A 3AZ4A 4H9CA 5I53A 1LSZA 4KXIA 2W1YA 3RZ4A 2D4IA 1PS5A 2Z39A 2MEEA 5LVKA 4I0CA 1UC0A 4CJ2A 3G3AB 2CGIA 3W6CA 1LSAA 4H9AA 4RW1A 4FDYA 2ZIKA 5LVJA 1IWUA 1FBIX 1FLQA 1XEKA 1G7JC 3AJNA 1GF9A 3W6EA 1QUTA 1C7PA 1G7LC 1GB5A 1VFBC 1IX0A 4I8SA 1JJ3A 1GFAA 2DQEY 5I5QA 3J6KA 1VDTA 1CJ8A 1LZTA 3CQLA 1IY4A 2XBSA 5E9RA 1IR7A 1SQ2L 1LSMA 5DM9A 2YBHA 1GE2A 3CT0A 3F6ZA 4UWVA 4ETBA 2G4NA 1QSWA 4IATA 2MEDA 1KIRC 1IC4Y 2A7FA 2NWDX 1WQQA 3HBDA 4H8YA 4NIJA 1KIPC 5B07A 3W3EA 4AGAA 1GBOA 4NHIA 1WVUA 3WVXA 3A95A 4KT3A 1P2CC 2DQFC 5B59A 4R0FA 4XJBA 1CKFA 3WPJA 1LYSA 1XFPL 1HENA 4NHTA 4B1AA 2HECA 5HQ1A 1CKHA 4WM4A 3A90A 5C6LA 2I26L 2HTXA 1LAAA 1GF0A 1XGRC 1QTEA 3ULRA 1GB9A 3A3RX 1B7LA 1HSWA 1JSEA 4H91A 3CSRA 4NEBA 1RCMA 4PRUA 1LZ9A 5EBHA 4WL7A 1LTMA 4WG1A 4DDAA 1ZVYB 2ZNXY 1WQRA 3RW8A 3P68A 5FEKA 1IWYA 4B4IA 4QEQA 4XJIA 1B5XA 1GB8A 2D4JA 1JJ1A 3D3DA 1DZBX 1I1ZA 1B9OA 2HUBA 4N1CC 2H9JA 1BVKC 3OK0A 3E3DA 1JSFA 5IHGA 4N0JA 4U3XB 1LSNA 4XJFA 1B5UA 4GN5C 4WM2A 3LHMA 5DN5A 5LYTA 1WTNA 4YM8A 2EQLA 1JKAA 1F6SA 1B5VA 4PHIA 5KXNA 2BQMA 4YOPA 5KKIA 1ZVHL 1GB0A 1WTMA 2WARA 4NGZA 1DPXA 1YILA 1D9UA 1JITA 3EXDA 4DD0A 1OUBA 1LMQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1K28A 1QT3A 3A34A 4DD2A 2BQFA 3FA0A 2HULA 1PQIA 1UCOA 1NBZC 3B6LA 2G4QA 4PRQA 1ZURA 3A3QA 146LA 1C6FA 3IJVA 4NSHA 3KAMA 1GBXA 1AKIA 1CJ6A 1FLUA 2ZQ4A 4WOAA 2Z19A 1C43A 4IAPA 1L01A 1L04A 1KXXA 3HT9A 1GFJA 2RH1A 4NSIA 258LA 1LJHA 4W53A 1YAOA 1LZBA 4MSTA 4N1EI 2LYMA 3WVYA 5I14A 4R6CA 1BB6A 1GFEA 185LA 4NGIA 1GE3A 3P65A 3LZTA 1L23A 197LA 1GFUA 4TX7A 4TWSA 4NG1A 3A67Y 2OU8A 1L58A 1L38A 2B6XA 2I6ZA 4GN4A 3AGHA 3GUNA 1QTCA 3HTFA 1SLYA 3AYQA 4I7MA 1L56A 180LA 3WPLA 4ET8A 262LA 4LYOA 1LHIA 1CJ7A 3RZEA 163LA 3WMKA 1L96A 1DKKA 3IJUA 2MEAA 3DMVA 4ANRA 1F0WA 4N8ZA 1GDWA 189LA 2MEBA 1G0QA 1HEQA 3LYZA 4DYGA 123LA 1LZGA 1QTVA 2OE7X 2RBRA 5APEA 1BHZA 1L89A 1REXA 2BQJA 3CT1A 4RDSA 3RNXA 3TXHA 1QTDA 3ATOA 1QT7A 2O7AA 1IP4A 1L48A 1XGQC 1YROA 4AXTA 1UUZC 3TMVA 1L45A 3VWOA 5KXPA 4DJHA 3HH5A 2DQAA 4W51A 2XTHA 3A92A 2LZ2A 1QTKA 1L29A 1OVHA 3HFMY 1L95A 1I20A 4I7SA 223LA 1DQJC 4WMGA 4G4HA 3WW6A 176LA 2YSSC 1HFYA 2BAAA 4DD3A 4I7JA 249LA 1G0MA 2Y8PA 2YBNA 4GLAA 1W6ZA 4CFPA 1INUA 1QUGA 5B1GA 1REZA 1L00A 3JR6A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WMK A;  2D6B A;  4QY9 A;  7LYZ A;  153L A;  1EQ4 A;  134L A;  5L3I A;  1XGU C;  3A34 A;  1XEJ A;  2ZIJ A;  4LYC A;  4DD2 A;  3A94 A;  2BQF A;  4W94 A;  4B4E A;  1OQM A;  3WH1 A;  4NHP A;  9LYZ A;  5HNC A;  1FKV A;  1UCO A;  4DD1 A;  1LZ8 A;  1YQV Y;  2BLX A;  2IFF Y;  1NBZ C;  2C8P A;  3B6L A;  1BB4 A;  4NG8 A;  3T36 A;  2G4Q A;  1UIA A;  6LYZ A;  4PRQ A;  5B1F A;  3A3Q A;  5JEN B;  1TEW A;  4NFV A;  1CKD A;  3M18 B;  5KXR A;  4CFO A;  4KL7 A;  1YAN A;  1RI8 B;  4WLT A;  1LZC A;  3HBE X;  1IOR A;  3IJV A;  4B4J A;  4C5F A;  4NSH A;  3KAM A;  3AGI A;  1GBX A;  5K7O A;  1AKI A;  1DI4 A;  4N9R A;  5F81 A;  1CJ6 A;  1FLU A;  2ZQ4 A;  4WOA A;  2EIZ C;  1QQY A;  2Z19 A;  1C43 A;  2FBD A;  2B5Z A;  4EMN A;  2A7D A;  2LYZ A;  1KXX A;  5D5F A;  4DDC A;  2G4P A;  2HU1 A;  1GFJ A;  3B0O A;  5DLA A;  5T3F A;  2BQI A;  4NSI A;  4HTN A;  3N9C A;  1LJH A;  1YAO A;  1LZB A;  4MST A;  1GBZ A;  1GXX A;  4NGO A;  4N1E I;  1FN5 A;  1VDS A;  3SP3 A;  4C3W A;  1IC5 Y;  4HPE A;  2LYM A;  3WVY A;  5KXO A;  4R6C A; 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 1VFB C;  1IX0 A;  4I8S A;  1JJ3 A;  1GFA A;  2DQE Y;  5I5Q A;  3J6K A;  1VDT A;  1CJ8 A;  1LZT A;  3CQL A;  1IY4 A;  2XBS A;  5E9R A;  1IR7 A;  1SQ2 L;  1LSM A;  5DM9 A;  2YBH A;  1GE2 A;  3CT0 A;  3F6Z A;  4UWV A;  4ETB A;  2G4N A;  1QSW A;  4IAT A;  2MED A;  1KIR C;  1IC4 Y;  2A7F A;  2NWD X;  1WQQ A;  3HBD A;  4H8Y A;  4NIJ A;  1KIP C;  5B07 A;  3W3E A;  4AGA A;  1GBO A;  4NHI A;  1WVU A;  3WVX A;  3A95 A;  4KT3 A;  1P2C C;  2DQF C;  5B59 A;  4R0F A;  4XJB A;  1CKF A;  3WPJ A;  1LYS A;  1XFP L;  1HEN A;  4NHT A;  4B1A A;  2HEC A;  5HQ1 A;  1CKH A;  4WM4 A;  3A90 A;  5C6L A;  2I26 L;  2HTX A;  1LAA A;  1GF0 A;  1XGR C;  1QTE A;  3ULR A;  1GB9 A;  3A3R X;  1B7L A;  1HSW A;  1JSE A;  4H91 A;  3CSR A;  4NEB A;  1RCM A;  4PRU A;  1LZ9 A;  5EBH A;  4WL7 A;  1LTM A;  4WG1 A;  4DDA A;  1ZVY B;  2ZNX Y;  1WQR A;  3RW8 A;  3P68 A;  5FEK A;  1IWY A;  4B4I A;  4QEQ A;  4XJI A;  1B5X A;  1GB8 A;  2D4J A;  1JJ1 A;  3D3D A;  1DZB X;  1I1Z A;  1B9O A;  2HUB A;  4N1C C;  2H9J A;  1BVK C;  3OK0 A;  3E3D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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