3WVYA

Structure of d48a hen egg white lysozyme in complex with (glcnac)4
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTAGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title The role of Asp48 in the hydrogen bonding network involving Asp52 of hen egg white lysozyme
rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3wvyA00
4N0JA 133LA 2XTHA 2BQMA 1FKVA 3J4GA 1G7MC 5FELA 3ULRA 4DDCA 4CJ2A 1HEWA 1JJ0A 1LSEA 4QEQA 1UIAA 4CFPA 1CJ9A 1PS5A 1A4VA 1LKRA 1WTNA 4HTKA 4H9HA 4TSBA 5F16A 3RNXA 2D4JA 3TMUA 1GB6A 3A3QA 1LAAA 2X0AA 1FLYA 1ZVYB 1UACY 5HNLA 4HJZA 2Z2FA 5KXYA 1XSFA 3CB7A 2ZQ3A 1NKHA 3GXKA 1NDMC 2BPUA 4D9ZA 1GFKA 3M18B 4B4JA 1VDPA 1IC5Y 5DM9A 3QY4A 1QQYA 3WPLA 1WVVA 3FE0A 3A3RX 4LT3A 1GB8A 5HMJA 3W6CA 5L9JA 4YENA 4B4IA 135LA 1OUBA 4MR1A 1AM7A 3RZ4A 2Z39A 1B7RA 5C6LA 1B7OA 5KXMA 1ALCA 1WQRA 3WW6A 1LSNA 1LZNA 4GCBA 1G7LC 1BB4A 5D5CA 1XEJA 4HV1A 4N1EI 1LHLA 4NHPA 1LZCA 1LZTA 1SQ2L 1DPWA 1ZV5L 1KIQC 1OUAA 2LZTA 4O34A 1OUGA 2H5ZA 5C6JA 1TEWA 3N9AA 2BQCA 4NGYA 4NY5A 3A90A 1LJIA 4LFXA 4HV2A 1UA6Y 1CKCA 3WVXA 3LZ2A 1CJ8A 1UCOA 1B9OA 1OUIA 1DXJA 1DKKA 1XGPC 4B0DA 4WM5A 5B59A 1B5VA 1LPIA 1CJ7A 4W94A 3AGHA 1HC0A 2BQJA 1NF5A 1NWGA 3VWOA 1LZ9A 5DLAA 4LZTA 1LHMA 1CJ6A 1DPXA 5I53A 5APCA 5B1FA 3TXKA 3LHMA 3MGWA 4XADA 3WPJA 5J7CA 4ET8A 1TAYA 1V7TA 4H8ZA 3LYZA 5EBHA 1XGUC 4B49A 1IP4A 4ZFPA 1NBYC 2BQKA 4G4CA 5KKJA 1HSXA 1GFRA 3B0KA 4LYBA 1DZBX 1GFHA 4AGAA 1LJHA 4WMGA 193LA 4TWSA 2G4QA 2LYOA 5LIOA 5F14A 1LOZA 1UUZC 1UBZA 3BKHA 1F6SA 3IJVA 1RI8B 1GE3A 2HTXA 1LJGA 4NGWA 4XN6A 2HEBA 4GCFA 3QNGA 2F4GA 1LTMA 4XJBA 2BQFA 1IORA 1GD6A 4ETBA 1WTMA 4CHXA 1LMOA 3ZVQA 5FHWA 1OUCA 4NHSA 2DQHY 3WU8A 1WQOA 2HECA 1D0MA 3WXUA 1BB3A 4GCEA 4OWBA 4PHIA 1OUHA 4HPEA 1YKYX 4LYTA 3A67Y 2D91A 1LSPA 4NHIA 1AT5A 4FJRA 4G49A 5IELA 2BAAA 5LVJA 1UIDA 4PGJB 5D5FA 2WARA 2F2NA 1G7JC 1GB5A 4HTNA 1VATA 4R0FA 1GWDA 1LJ3A 2CJLA 1LJFA 4WG7A 1DI5A 1RCMA 4NSHA 4OOOA 2Z37A 1GBYA 2C8OA 3G3AB 4IATA 4NEBA 1CNSA 4LGKA 4WM4A 3WUAA 3M3UA 1QUTA 207LA 3WU7A 5APDA 4B4EA 4BAPA 2ZNXY 1B5WA 2YSSC 2BQDA 2Z19A 4ML7A 4XJGA 1IWVA 4P2EA 3LYMA 1JKAA 2XBRA 4WO9A 1WQNA 4HJYA 4PJ2C 1JKDA 3TXJA 1UICA 1JTPL 3AB6A 4LT1A 3W6AA 4NSJA 1IVMA 5F9UA 5FCPA 4HJVA 4BADA 1IO5A 1LJEA 3CSQA 1LZBA 1LSFA 3WULA 1GBZA 4WM6A 4ETEA 1BGIA 1JHLA 4N8ZA 3E3DA 3A34A 1I1ZA 1YKZX 1GF4A 1OUEA 2W1XA 1IC7Y 1LJ4A 4H9CA 1E8LA 1GXXA 2I26L 4NSIA 5KKIA 1IR7A 1T6VL 4NGZA 1HHLA 4LYZA 1I20A 2LYMA 3TXEA 1GB2A 1J1OY 4IJ4A 2AUBA 4KXIA 4RLMA 2CGIA 3ZVQB 1B5UA 4XJDA 4NWEA 3WL2A 1YQVY 1H6MA 2F30A 1LHJA 2A7FA 2DQAA 4WL7A 4PRQA 1ZVHL 4BS7A 1KIPC 5F81A 4Z41A 4DD0A 1GF6A 2YBIA 3CQLA 5DN5A 4N5RA 2DQIY 4PPOA 1C10A 1KIRC 3T6UA 1YKXX 3AGGG 3CSZA 1GEVA 2I6ZA 4WM3A 4CFOA 1GFEA 2EQLA 3HBDA 2BLXA 2YBHA 2ZWBA 2MEFA 4MSTA 5B05A 6LYZA 1JUGA 3A8ZA 3SP3A 1ZMYL 5DN4A 1JKBA 2ZYPA 4GN4A 4H9BA 1YAOA 3ATNA 4H91A 5B1GA 1GE2A 1J1PY 3WYHA 4YM8A 2Z18A 1G7IC 134LA 2F4AA 2FBBA 3N9CA 1RFPA 2YBLA 5KXZA 4RW2A 1JWRA 1LZ5A 1LZAA 5KXTA 5B07A 4I0CA 1A2YC 2FBDA 1C46A 3P4ZA 1LZ6A 5LXWA 4NWHA 4EOFA 1LZSA 2GV0A 1GHLA 1RE2A 2BQBA 2Q0MX 2ZNWY 4QY9A 3P68A 1IR9A 1IWYA 1KXWA 2FYCA 1JEFA 2W1LA 2W1YA 4J0LA 1IOQA 1B5YA 1IX0A 1HEQA 2DQCY 2YDGA 5AMYA 4BAFA 4WG1A 2YVBA 1GB0A 5A3EA 3EBAB 1UIEA 1AZFA 2YBJA 4H94A 2ZYCA 3AW7A 1OUFA 1GDXA 3WMKA 4NHTA 1LSGA 1LZDA 1VAUA 4GCDA 1GDWA 2BQLA 1TCYA 1V7SA 1BVXA 5JENB 4CGEA 1LZEA 4DD1A 1D0LA 4NGLA 2Z12A 1XGQC 1I56A 1NMMA 4WL6A 3TXGA 4YF2A 2C8PA 1Z55A 4ZIXA 5LYZA 5HNCA 1IWTA 4I8SA 4KPMA 2BQEA 5I4YA 2H9KA 3RW8A 2BLYA 5KXLA 1YROA 3WXTA 1GF9A 1IOSA 1LSDA 1P2CC 5APFA 1GBXA 2NWDX 2MEDA 1LYOA 5KXWA 4NGOA 4DC4A 1C45A 1HFYA 1QDRA 1G7HC 1NQIA 4GLVA 3A95A 1IP1A 1HFXA 4W96A 4M6DA 3WVYA 3N9EA 3K3TA 5FDJA 2LHMA 3AYQA 3AW6A 1WQPA 1FN5A 4G4HA 4FDYA 1VDTA 1LSAA 4Z46A 1IP6A 1JKCA 1HNLA 5LINA 1B7MA 2BQNA 1JIYA 4OWCA 2B5ZA 4XYYA 1B0DA 4DD7A 1XEKA 2H9JA 1IOCA 1LYZA 1LMTA 4XJFA 5LAFA 1N4FA 2W1MA 1GAZA 3HFMY 1REZA 2BQOA 4NGJA 1GAYA 3CSRA 2MEIA 4J1AA 1TDYA 4R6CA 3RU5A 5KJ9A 3D9AC 3WPKA 1OUDA 3HBHA 132LA 1HEOA 1IWWA 1DI3A 1LJKA 2EIZC 4H9IA 4H8XA 2LZ2A 3HBEX 2Z2EA 4NGIA 5IDDA 1UIHA 1QUSA 4OWAA 1HEMA 1J1XY 4UWNA 4B1AA 4NGVA 4DD2A 3A94A 3A92A 3WW5A 1LMQA 4X3BA 4Z98A 1LMPA 3J6KA 1CKHA 1FLWA 3EMSA 3TXFA 2Z38A 4QDNA 5LVGA 1UC0A 1JPOA 5LAGA 1XFPL 1F10A 1GFAA 5HMVA 1VEDA 1HMLA 1BB7A 2BQAA 3A96A 3ATOA 3B0OA 1JTTL 1HENA 3BKVA 2PC2A 4C5FA 4H92A 1REXA 1F6RA 1LHKA 5KXRA 4AXTA 4J7VA 1HF4A 5LVKA 5I4XA 3GXRA 1B5ZA 3AGIA 5HLLA 2HEEA 2MEGA 2XBSA 2MEAA 1MLCE 2BQHA 3A91A 1YAMA 4LFPA 4WLYA 3WU9A 2G4NA 1FKQA 2CWIA 5LA8A 1SLYA 1GBWA 4DT3A 3AJNA 1GFTA 3EO5A 2EKSC 3W6DA 4YOPA 4U3XB 1LCNA 1LMCA 4H1PA 5F9XA 4UWVA 4YEMA 3G3BB 1BB5A 4DYGA 1GE0A 3LYOA 4MCKA 4LYMA 3TXHA 1EQ4A 3A6CY 2DQFC 3WUNA 1LHIA 4UWUA 5LVIA 1LKSA 2N5ZA 2YBMA 4C3WA 4Z3MA 1YL0X 5ILCA 1YIKA 4NIJA 4XJIA 5I54A 1IR8A 1XGRC 2D6BA 4HP0A 3T36A 4DD9A 3TXBA 2DQJY 2MEEA 208LA 5T3FA 1KXYA 3AZ7A 1QSAA 4WO6A 2G4PA 5KXPA 2HEFA 4J1BA 3B0IA 1WQQA 1D0KA 1GF3A 4H93A 1LSYA 4LT2A 1JISA 1GFUA 4A7DA 4N1CC 1GBSA 4G9SA 5E9RA 3TMVA 2DKVA 4HTQA 1VFBC 4DD3A 1REMA 1LZRA 1BWIA 4H9EA 1IIZA 4IASA 4TSCA 1LYYA 3TMWA 2MEHA 3WUMA 5L3IA 4L41A 4HSFA 4LT0A 4LYCA 5LA5A 1NBZC 4RLNA 3D3DA 4G4BA 1KXXA 1GE1A 1B7PA 1GBOA 2I25L 4DDBA 1HFZA 7LYZA 3P66A 1GB9A 2MECA 1B7SA 2HU3A 154LA 4M4OA 4XJHA 1GE4A 3TXIA 4H8YA 3FI7A 2DQGY 4OWHA 2FYDA 1FDLY 4WM2A 4RW1A 5II3A 4QGZA 4ETAA 4TTDA 4ET9A 153LA 5APEA 3IWRA 3F6ZA 2XJWA 3CT5A 5B06A 1D9UA 3AZ6A 1LZYA 1FLQA 4WM1A 1QDTA 2DQEY 1D6QA 1D6PA 3W3EA 1IY4A 5KXNA 1GF5A 3AZ4A 4NFVA 1LSBA 1W08A 5IHGA 2DQDY 1HERA 4NSGA 2ZIJA 1LYSA 5I5QA 1VDSA 1XGTC 9LYZA 5M1YA 1REYA 1YANA 5KXXA 2HEDA 1JSFA 3OK0A 5K7OA 1YAQA 4XENA 1GB3A 1GPQC 1C43A 3AZ5A 2EPEA 4DWXA 3CT1A 1MELL 1QTKA 3TXDA 3TMXA 1GF7A 1LZGA 1IP7A 1B7QA 1IOTA 1FBIX 4KT3A 5LYMA 1AKIA 1B7NA 1LHHA 5KY1A 1DQJC 1IC4Y 3ZEKA 1BB6A 1B7LA 1DI4A 1BVKC 2ZILA 4II8A 1LSCA 1IWXA 4H9FA 4TUNA 4KL7A 1GFJA 1GEZA 1LMAA 3CT0A 1O23A 1LZ1A 1CKDA 3QE8A 4PRUA 1RJCB 2HUBA 2YBNA 2VB1A 3W6EA 2LYZA 1PZYA 1VDQA 2DBTA 2Y8PA 2HEAA 1BWHA 2IHLA 1EQEA 4WLDA 1IY3A 1IP3A 1XEIA 5ILFA 4RDSA 3P65A 3B72A 1IEEA 6LYTA 4NG1A 1JSEA 5E4PA 1C08C 1QTEA 1CKFA 1HSWA 1DKJA 1W6ZA 4H9AA 4OW1A 4N9RA 4NHQA 1NHEA 1LJJA 1YL1X 4DDAA 3W6FA 4EMNA 1QIOA 2HU1A 4ZEEA 1JJ1A 4GLAA 3KAMA 1BWJA 3LYTA 3OJPA 3B6LA 4ETCA 2ZQ4A 1EQ5A 2MEBA 1GFGA 1LJNA 5I4WA 4H90A 5KXSA 1OP9B 3P64A 1OQMA 1LZ4A 1IWUA 1LMNA 1TBYA 194LA 3EXDA 1F0WA 5A3ZA 3RT5X 1HELA 4TX7A 2BQIA 2D4KA 4WOAA 1GF8A 2D4IA 4GN3A 2ZIKA 1C7PA 1GXV2 4WLXA 1H87A 5LYTA 1NDGC 1WVUA 1JTOL 4OOTA 4GCCA 5L3HA 1AT6A 1FLUA 1EL1A 3LZTA 5LVHA 2IFFY 1CKGA 1B5XA 3A93A 5FSTA 1IWZA 4ETDA 1IP2A 2CDSA 1B2KA 4GN5C 3IJUA 1LSZA 1YAPA 3A6BY 4NGKA 1JJ3A 1LSMA 1WQMA 2RSCA 1BHZA 1GF0A 5KXKA 4WLTA 5DL9A 3W6BA 4E3UA 1UIBA 1YILA 5FEKA 2BQGA 8LYZA 5HQ1A 5KXOA 3LN2A 4NG8A 1HEPA 1UIFA 4LYOA 4YEOA 1UIGA 1LZ8A 1QSWA 1GB7A 2A7DA 1BQLY 1IP5A 1HMKA 1T3PA 1INUA 1JITA 3WH1A 4HPIA 5C6IA 1OUJA 1GFVA 4ANRA 4OWEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
133LA 2BQMA 4I7JA 1PS5A 1WTNA 1LKRA 3RNXA 1LAAA 3DN8A 1FLYA 1ZVYB 4DKLA 4HJZA 4GBRB 1CVKA 3HDEA 3M18B 1VDPA 150LA 1WVVA 2B7XA 1L96A 3A3RX 3W6CA 1OUBA 4MR1A 3RZ4A 1L80A 4EKRA 3WW6A 1BB4A 5D5CA 2HUMA 2RB1X 1LGWA 1LZTA 1SQ2L 1L42A 1ZV5L 1KIQC 1OUGA 2H5ZA 1TEWA 1L13A 1CJ8A 1DXJA 1DKKA 1XGPC 5B59A 1CJ7A 190LA 2B6ZA 3VWOA 1LZ9A 1LHMA 2OEAX 1C60A 3LHMA 1TAYA 1V7TA 1QTCA 1L61A 1XGUC 1IP4A 4ZFPA 1NBYC 5KKJA 1HSXA 4W57A 3B0KA 131LA 3SB8A 4WMGA 1UBZA 3DMXA 1GE3A 2HTXA 1LJGA 141LA 3HT8A 2RBRA 1LTMA 4XJBA 3SB6A 1L71A 2HECA 4OWBA 1OUHA 3NY8A 174LA 184LA 4NHIA 4FJRA 5LVJA 1KS3A 4PGJB 2WARA 1G7JC 3HH4A 201LA 1VATA 4R0FA 2CUUA 1CV0A 1OVHA 4IAPA 1LI6A 3OE0A 4IATA 1CNSA 4LGKA 3WU7A 4K5YA 1L43A 4XJGA 1C6EA 241LA 2B6XA 1QUDA 3SB5A 119LA 169LA 1G0PA 1IO5A 1LJEA 4WM6A 4DJHA 4I7NA 1LJ4A 4NSIA 5KKIA 4I7KA 4NGZA 4LYZA 4IJ4A 1QT3A 4KXIA 4RLMA 2CGIA 4I7LA 1H6MA 1LHJA 2A7FA 4WL7A 4Z41A 3EMLA 2OU9A 1GF6A 4DD0A 4EXMA 3T6UA 3AGGG 2OE7X 2I6ZA 4CFOA 1L46A 1L83A 127LA 2EQLA 147LA 3HUKA 3A8ZA 1YAOA 4H91A 1GE2A 148LE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4N0J A;  133L A;  2XTH A;  2BQM A;  1FKV A;  3J4G A;  1G7M C;  5FEL A;  3ULR A;  4DDC A;  4CJ2 A;  1HEW A;  1JJ0 A;  1LSE A;  4QEQ A;  1UIA A;  4CFP A;  1CJ9 A;  1PS5 A;  1A4V A;  1LKR A;  1WTN A;  4HTK A;  4H9H A;  4TSB A;  5F16 A;  3RNX A;  2D4J A;  3TMU A;  1GB6 A;  3A3Q A;  1LAA A;  2X0A A;  1FLY A;  1ZVY B;  1UAC Y;  5HNL A;  4HJZ A;  2Z2F A;  5KXY A;  1XSF A;  3CB7 A;  2ZQ3 A;  1NKH A;  3GXK A;  1NDM C;  2BPU A;  4D9Z A;  1GFK A;  3M18 B;  4B4J A;  1VDP A;  1IC5 Y;  5DM9 A;  3QY4 A;  1QQY A;  3WPL A;  1WVV A;  3FE0 A;  3A3R X;  4LT3 A;  1GB8 A;  5HMJ A;  3W6C A;  5L9J A;  4YEN A;  4B4I A;  135L A;  1OUB A;  4MR1 A;  1AM7 A;  3RZ4 A;  2Z39 A;  1B7R A;  5C6L A;  1B7O A;  5KXM A;  1ALC A;  1WQR A;  3WW6 A;  1LSN A;  1LZN A;  4GCB A;  1G7L C;  1BB4 A;  5D5C A;  1XEJ A;  4HV1 A;  4N1E I;  1LHL A;  4NHP A;  1LZC A;  1LZT A;  1SQ2 L;  1DPW A;  1ZV5 L;  1KIQ C;  1OUA A;  2LZT A;  4O34 A;  1OUG A;  2H5Z A;  5C6J A;  1TEW A;  3N9A A;  2BQC A;  4NGY A;  4NY5 A;  3A90 A;  1LJI A;  4LFX A;  4HV2 A; 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 2Y8P A;  2HEA A;  1BWH A;  2IHL A;  1EQE A;  4WLD A;  1IY3 A;  1IP3 A;  1XEI A;  5ILF A;  4RDS A;  3P65 A;  3B72 A;  1IEE A;  6LYT A;  4NG1 A;  1JSE A;  5E4P A;  1C08 C;  1QTE A;  1CKF A;  1HSW A;  1DKJ A;  1W6Z A;  4H9A A;  4OW1 A;  4N9R A;  4NHQ A;  1NHE A;  1LJJ A;  1YL1 X;  4DDA A;  3W6F A;  4EMN A;  1QIO A;  2HU1 A;  4ZEE A;  1JJ1 A;  4GLA A;  3KAM A;  1BWJ A;  3LYT A;  3OJP A;  3B6L A;  4ETC A;  2ZQ4 A;  1EQ5 A;  2MEB A;  1GFG A;  1LJN A;  5I4W A;  4H90 A;  5KXS A;  1OP9 B;  3P64 A;  1OQM A;  1LZ4 A;  1IWU A;  1LMN A;  1TBY A;  194L A;  3EXD A;  1F0W A;  5A3Z A;  3RT5 X;  1HEL A;  4TX7 A;  2BQI A;  2D4K A;  4WOA A;  1GF8 A;  2D4I A;  4GN3 A;  2ZIK A;  1C7P A;  1GXV 2;  4WLX A;  1H87 A;  5LYT A;  1NDG C;  1WVU A;  1JTO L;  4OOT A;  4GCC A;  5L3H A;  1AT6 A;  1FLU A;  1EL1 A;  3LZT A;  5LVH A;  2IFF Y;  1CKG A;  1B5X A;  3A93 A;  5FST A;  1IWZ A;  4ETD A;  1IP2 A;  2CDS A;  1B2K A;  4GN5 C;  3IJU A;  1LSZ A;  1YAP A;  3A6B Y;  4NGK A;  1JJ3 A;  1LSM A;  1WQM A;  2RSC A;  1BHZ A;  1GF0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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