3WW6A

Crystal structure of hen egg white lysozyme mutant n46d/d52s
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRDTDGSTSYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Effect on catalysis by replacement of catalytic residue from hen egg white lysozyme to Venerupis philippinarum lysozyme
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-06-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3ww6A00
1CKHA 3B0OA 5B1GA 3ULRA 4BADA 1B0DA 1E8LA 1XEIA 1YQVY 4PPOA 1JISA 1GBYA 1LCNA 3P65A 3TXFA 1XEJA 2D6BA 3CT1A 5K7OA 1LSMA 1HEOA 1LZEA 1VAUA 1D0LA 1OUIA 4QGZA 3RU5A 1GF6A 1IWZA 4OWAA 1C46A 3WMKA 4WLTA 4WLYA 4B4IA 1ZMYL 4ETCA 3WUAA 2MEHA 1ZVYB 5E9RA 3ZVQA 1LMCA 4H1PA 194LA 1LKSA 4RW2A 4LT3A 1HEMA 1FBIX 1LMTA 3A96A 3W3EA 4NHSA 1AM7A 1F0WA 4HJZA 3WYHA 3BKHA 1KIRC 1OUEA 4H8XA 2MEFA 1RI8B 4Z41A 1B5XA 3F6ZA 2YBNA 7LYZA 4BS7A 1NMMA 5KXOA 1YAOA 5B06A 4HP0A 2I25L 1FLQA 4CJ2A 1GBXA 5KY1A 5IDDA 1LYYA 2HUBA 5APDA 5L3HA 1GXXA 1WQPA 1EQ4A 4CHXA 1YL1X 1IWXA 1NDMC 1B5ZA 4M4OA 1LJEA 3EMSA 4GCEA 2MEIA 1GFHA 4LYMA 5EBHA 1IX0A 1WVVA 1HFXA 3B72A 1JKCA 4WMGA 1F6SA 5B1FA 3CT0A 1YILA 4WM1A 2WARA 4H91A 4W96A 1SLYA 1GDWA 3AZ4A 1QDRA 5KXTA 2LYMA 5LAGA 1GE3A 1GF7A 1LJHA 1LZYA 1HERA 1LSBA 2MEAA 4J1AA 5LA5A 1KXXA 5FSTA 5E4PA 3A92A 4OWHA 1WQOA 1LHKA 4NGJA 4PJ2C 1FLWA 4ZEEA 5J7CA 4NGZA 4P2EA 4QEQA 1LHLA 3TXEA 3RT5X 4DDBA 3N9EA 4EOFA 1GWDA 1LOZA 1DI4A 2BQGA 1DI3A 2HU1A 2F4GA 2XTHA 3M18B 4YF2A 5I4YA 5KXXA 4J7VA 1B7SA 1JJ1A 1LKRA 4NG8A 1GFJA 4NSGA 4WG7A 4WL7A 5F81A 3TXBA 3N9AA 4WO9A 5KXWA 1GFTA 1GDXA 1DQJC 3WVXA 4LT1A 5LVJA 1GB5A 1IO5A 1JKBA 2BLXA 2FYDA 3ZVQB 5FELA 4WM4A 1LMPA 2ZIJA 5HLLA 3RZ4A 1IC7Y 2YBMA 1W08A 3LZ2A 3GXKA 1LZBA 4WM2A 4DDAA 3MGWA 5A3EA 1HFZA 1RJCB 4WOAA 4XENA 5L3IA 1C08C 1NDGC 2IHLA 3HFMY 1D0MA 1J1OY 1B7LA 3EBAB 1IP6A 3G3BB 2W1YA 1WVUA 4G49A 3P66A 3AYQA 3D3DA 1IOTA 3J4GA 4H9AA 1UBZA 1UC0A 4L41A 4DDCA 1C45A 3QY4A 1GE4A 1MELL 3N9CA 1LMQA 5II3A 4NHIA 4QDNA 1B9OA 5APCA 1B5YA 4ZFPA 1JTTL 2BQBA 4XJFA 2G4QA 1UCOA 1VEDA 1JJ0A 2I26L 1NBYC 2DQCY 2D4KA 2ZIKA 1REXA 2W1LA 3E3DA 4OOOA 1LZGA 2ZYPA 4UWUA 4NSJA 1B7QA 1GAZA 1LZNA 4XYYA 2BQNA 3J6KA 1LYOA 3T36A 1LYZA 1WTNA 3QNGA 1B7MA 4ET9A 4NY5A 3TXKA 1D6PA 5DLAA 4MSTA 1BB4A 4LT2A 4OWCA 4OWEA 1XGRC 3W6CA 3WPLA 1LZ1A 5APEA 2D4JA 2EKSC 2HEDA 5KXLA 1KIPC 1GEZA 4W94A 4KXIA 4XJDA 4GCCA 6LYZA 1IP2A 5KXRA 1GF9A 2Y8PA 4LYCA 3B0KA 3HBDA 1QQYA 2H5ZA 1EQ5A 1GB2A 3IWRA 4G9SA 3WW5A 1DPWA 4LYZA 3W6EA 1CKFA 1GBOA 4YENA 1GF3A 2MEBA 3ZEKA 1W6ZA 3AGGG 1JTPL 4GN3A 4H9IA 1OUHA 3WXUA 1LZ8A 1JEFA 4WO6A 5KKIA 1A2YC 4FDYA 2XBRA 4H9HA 1D0KA 1GB8A 2G4PA 3P4ZA 1GFRA 1OUGA 1IOCA 1LHHA 1LMAA 5KXSA 1DXJA 2BQDA 1IP1A 4TSCA 1VATA 4YEOA 4TSBA 3VWOA 5FEKA 1I20A 3ATNA 1B5WA 1GE0A 1HMKA 3LYZA 1VFBC 2MEEA 1IWWA 1CJ6A 2CJLA 3TXJA 2HU3A 2Z18A 1D6QA 2BQFA 1C7PA 1CKGA 2EIZC 1QDTA 4R0FA 135LA 1XEKA 4XJGA 1FKVA 1LJKA 2D4IA 3AZ6A 4G4CA 4PRQA 5I4XA 3AW6A 4I8SA 1IP7A 5F9UA 1LZ4A 2EPEA 1LSEA 5I53A 5LYTA 4H9CA 2DKVA 1C43A 2HTXA 4PGJB 3W6DA 3TMXA 1UUZC 1G7JC 4H9EA 1LZ9A 4WM3A 4PRUA 1JSFA 1LJNA 1LZAA 4TWSA 4H92A 4CGEA 3TXDA 1INUA 4HPEA 4J0LA 1HELA 1O23A 3EXDA 2MEDA 3M3UA 1GBZA 4OWBA 1YROA 5LVHA 2C8OA 2X0AA 4GN4A 2Z39A 1CNSA 3WUMA 4NG1A 4LZTA 2NWDX 3W6BA 1IVMA 1XGQC 2GV0A 2DQFC 5KXYA 2YBLA 4II8A 1LSNA 1BVKC 4ZIXA 2CWIA 4TUNA 3CT5A 1V7TA 1JPOA 3WPJA 1BB3A 2DQJY 5KXNA 3TMVA 1BHZA 1GB3A 5LYMA 1LTMA 1BVXA 3LN2A 1B5VA 1BGIA 1YL0X 4KPMA 3WVYA 4A7DA 1GHLA 4N5RA 4UWNA 2LYZA 3CB7A 1RCMA 4B0DA 5HMJA 2Z2EA 1IR7A 2HEEA 3P64A 4WM5A 1LZCA 1A4VA 4NHPA 1IY3A 1VDTA 2YVBA 5DM9A 3RW8A 1TDYA 1OUAA 5LIOA 1GB0A 2ZNXY 1TEWA 3WH1A 1CKCA 1GB9A 4YM8A 1VDPA 1LHJA 193LA 1DI5A 2F30A 5C6JA 6LYTA 1BB6A 2BPUA 4I0CA 1LSCA 1YAPA 5D5FA 3WW6A 1GF5A 1UIHA 2ZILA 2FYCA 4ETDA 2YDGA 1REYA 1BWHA 1WQMA 4ML7A 4MCKA 3WU8A 1GEVA 1JHLA 2RSCA 1DPXA 4H8YA 4XADA 5DN5A 1HEWA 2DQHY 3IJVA 133LA 1GBSA 1OUDA 3HBHA 1F10A 1IR8A 1LSPA 2BQOA 1HNLA 1UIGA 1GXV2 1GFKA 1NBZC 1V7SA 2HEFA 4NWHA 1LSGA 2EQLA 1IIZA 1LJJA 3LYOA 4NSHA 1LAAA 1B7PA 1TAYA 1KXYA 1REZA 4H8ZA 2HEBA 4B4JA 4NGKA 2A7FA 4H9BA 4DD9A 4B49A 4HTQA 1YIKA 5APFA 4GN5C 4NGWA 4DD3A 2ZQ3A 1UIAA 5FDJA 1GFEA 3D9AC 5IHGA 1IP4A 1T6VL 4DD1A 2DQGY 5ILFA 1REMA 1YAQA 1LYSA 2BQLA 1LMOA 2BQCA 4GCDA 3TMUA 1EQEA 4Z46A 1MLCE 4GLAA 4YEMA 1JKAA 4XN6A 4B4EA 4XJBA 5B05A 1TCYA 1NHEA 1BQLY 4LYBA 8LYZA 1I1ZA 2ZQ4A 2C8PA 2MEGA 4CFOA 5DN4A 1IEEA 3G3AB 5F14A 4OW1A 4N1EI 2W1XA 3QE8A 3A90A 5A3ZA 5I4WA 3B6LA 2IFFY 1JSEA 4LYTA 4HPIA 4ETBA 3AB6A 4RLNA 1QUTA 4WG1A 5JENB 4NEBA 5LXWA 1CKDA 4G4HA 1UIFA 2F2NA 1IWYA 1I56A 1CJ8A 2H9KA 1LJIA 2Z12A 1IOQA 1GFUA 1GF8A 1OUFA 2BAAA 1G7MC 1PZYA 2XJWA 3ATOA 4HV2A 4WLXA 5I5QA 1ZV5L 3WU9A 1BB5A 4D9ZA 4HTKA 2BQMA 1ZVHL 4Z3MA 3LYTA 1PS5A 2LZ2A 2VB1A 2AUBA 4NHTA 2Z2FA 4NGYA 1GFVA 3OJPA 5LYZA 4X3BA 1GBWA 1YANA 3T6UA 1GF4A 1IY4A 3AJNA 4WL6A 4LGKA 1LJFA 1LZSA 3A3QA 1EL1A 1HEPA 3P68A 5KXMA 2BQKA 1QTEA 1XSFA 1UICA 1LPIA 1YKYX 2MECA 3A8ZA 3CQLA 1GB6A 3W6AA 4CFPA 1GFAA 2Z38A 4HTNA 4HJVA 4N8ZA 4XJIA 1LZTA 1B7OA 4UWVA 2Z19A 1GF0A 1VDSA 2HECA 1XGUC 2LZTA 1CJ7A 3WULA 2BQHA 1WTMA 4WM6A 1HENA 1BWJA 2ZWBA 1G7LC 3FE0A 2BQIA 5HNCA 5KXKA 1IORA 4HV1A 1IP5A 1FLUA 2YBIA 1HMLA 4NFVA 4YOPA 2B5ZA 5F9XA 4B1AA 5KJ9A 3A6BY 5AMYA 2BQAA 2HEAA 5M1YA 4LFPA 1H6MA 5LVIA 2CGIA 3TXGA 1DKKA 4IJ4A 4N0JA 5KXZA 1UIDA 2ZYCA 5F16A 2XBSA 1IR9A 3A67Y 1UACY 4E3UA 4KT3A 4DYGA 4NWEA 5LA8A 3CSRA 1KXWA 5C6LA 1FN5A 2YSSC 3B0IA 4LT0A 4N9RA 4Z98A 3A91A 3IJUA 1OQMA 1YKXX 1BB7A 1T3PA 4RW1A 2F4AA 3HBEX 1LSZA 154LA 3AGIA 4C5FA 2DQIY 1LZ6A 4RDSA 1IWTA 1HEQA 5KKJA 1N4FA 1FKQA 3AW7A 1YKZX 1H87A 3TXHA 1WQQA 1OP9B 4H93A 4ETEA 1IOSA 3SP3A 2YBJA 1NWGA 2LYOA 5FHWA 4TTDA 3GXRA 1B7NA 1JIYA 3A34A 1JUGA 1YAMA 3LHMA 5FCPA 2W1MA 1LSFA 1TBYA 2YBHA 2Q0MX 3KAMA 134LA 1HF4A 4DWXA 1BWIA 1JTOL 3AZ7A 4MR1A 1B2KA 4IATA 4XJHA 3A95A 1GE2A 1J1PY 1NQIA 4DD0A 1NKHA 5ILCA 1HSXA 1GPQC 4GLVA 4DD7A 5B59A 3WL2A 3WU7A 1HC0A 3LYMA 4LFXA 4O34A 2N5ZA 1KIQC 1GD6A 208LA 1DKJA 4BAFA 2BQEA 1VDQA 4H90A 3K3TA 4EMNA 1LJGA 1QIOA 1Z55A 4U3XB 4N1CC 2DQEY 1SQ2L 1JJ3A 1QSWA 4FJRA 3TMWA 2Z37A 5HQ1A 4NGVA 4WLDA 3FI7A 4NHQA 1QTKA 1UIBA 4PHIA 2FBBA 4DT3A 1RE2A 5HNLA 3A94A 1AT6A 1LSDA 1LZRA 1HSWA 4KL7A 1GB7A 4H94A 2CDSA 4G4BA 2A7DA 2LHMA 5B07A 1OUBA 1LMNA 1UA6Y 1LJ3A 4DC4A 1JWRA 1LZDA 4GCFA 5IELA 1GFGA 5D5CA 1JITA 1XFPL 1IP3A 2DQDY 3EO5A 5HMVA 5L9JA 1C10A 5I54A 2DBTA 4IASA 1IWUA 1LHMA 1XGTC 3RNXA 1J1XY 2G4NA 5DL9A 4NGIA 4AGAA 3WXTA 1B5UA 2BLYA 4OOTA 5KXPA 3CSQA 4HSFA 4NIJA 1FLYA 4AXTA 1WQRA 1IWVA 1F6RA 1JKDA 3WPKA 1OUJA 3OK0A 1NF5A 4NGOA 3AGHA 5LVKA 1XGPC 1GAYA 4J1BA 3W6FA 4NSIA 2D91A 1LJ4A 1QSAA 2ZNWY 4GCBA 4NGLA 4QY9A 1UIEA 5LINA 153LA 4H9FA 4M6DA 2PC2A 3TXIA 1WQNA 207LA 5T3FA 1P2CC 1G7HC 3A6CY 1IC5Y 3AZ5A 1HFYA 2DQAA 1AZFA 1IC4Y 1OUCA 1GE1A 2FBDA 2I6ZA 4C3WA 132LA 1AKIA 1HHLA 3A93A 1ALCA 4HJYA 1QUSA 5LVGA 1CJ9A 3A3RX 4LYOA 4ANRA 4BAPA 3BKVA 4RLMA 4R6CA 3WUNA 4TX7A 5LAFA 4DD2A 2H9JA 9LYZA 1RFPA 1LHIA 1FDLY 5C6IA 1DZBX 1LZ5A 3LZTA 1LSYA 2BQJA 1B7RA 1G7IC 1D9UA 4ETAA 4ET8A 3CSZA 1LSAA 1AT5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C6MA 1OV5A 4BADA 1YQVY 3P65A 2D6BA 3C7ZA 2LC9A 1IWZA 1G0MA 1XJTA 3WUAA 1C60A 3ZVQA 4PJZA 4RW2A 4LT3A 3SBAA 3A96A 1QT7A 1L99A 1AM7A 1F0WA 4HJZA 4YXCA 3BKHA 1T6HA 4EPFA 1B5XA 7LYZA 1NMMA 5KXOA 1YAOA 1OWZA 1OV7A 3NYAA 4CJ2A 5KY1A 1GXXA 1YL1X 1IWXA 1B5ZA 1C6TA 2RBRA 2HUMA 1GFHA 1WVVA 3SB8A 1L00A 3B72A 4I7NA 1L75A 102LA 4ARLA 5KXTA 2LYMA 5LA5A 1LJHA 3CDRA 1HERA 1LSBA 4J1AA 3HTDA 143LA 4PJ2C 1P7SA 5J7CA 4NGZA 1LGWA 3TXEA 1L36A 3RT5X 3N9EA 2HU1A 2XTHA 5KXXA 4J7VA 1B7SA 1JJ1A 1LKRA 1GFJA 4WG7A 3TXBA 1GDXA 2F47A 1GB5A 5FELA 2ZIJA 4WM2A 4DDAA 1L98A 1RJCB 2NTHA 1NDGC 3HFMY 1J1OY 3G3BB 2W1YA 3AYQA 1IOTA 4DDCA 1UC0A 157LA 2LZMA 1QUDA 4NHIA 1JTTL 2BQBA 3HTGA 1UCOA 2I26L 1NBYC 2ZIKA 2B70A 2W1LA 1L87A 4OOOA 1LZGA 4UWUA 1GAZA 1LZNA 3QNGA 1B7MA 3TXKA 4MSTA 4OWCA 3WPLA 2HEDA 1GEZA 182LA 1QUOA 1P37A 4LYCA 3DNAA 2H5ZA 4G9SA 1D2WA 1QT5A 1GF3A 1W6ZA 4GN3A 1L68A 3WXUA 5KKIA 1A2YC 4H9HA 1D0KA 1GB8A 1LMAA 4YEOA 3VWOA 5FEKA 1GE0A 1IWWA 1CJ6A 139LA 3TXJA 2HU3A 1L53A 229LA 1LJKA 2D4IA 1LZ4A 2EPEA 4LZMA 4W59A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CKH A;  3B0O A;  5B1G A;  3ULR A;  4BAD A;  1B0D A;  1E8L A;  1XEI A;  1YQV Y;  4PPO A;  1JIS A;  1GBY A;  1LCN A;  3P65 A;  3TXF A;  1XEJ A;  2D6B A;  3CT1 A;  5K7O A;  1LSM A;  1HEO A;  1LZE A;  1VAU A;  1D0L A;  1OUI A;  4QGZ A;  3RU5 A;  1GF6 A;  1IWZ A;  4OWA A;  1C46 A;  3WMK A;  4WLT A;  4WLY A;  4B4I A;  1ZMY L;  4ETC A;  3WUA A;  2MEH A;  1ZVY B;  5E9R A;  3ZVQ A;  1LMC A;  4H1P A;  194L A;  1LKS A;  4RW2 A;  4LT3 A;  1HEM A;  1FBI X;  1LMT A;  3A96 A;  3W3E A;  4NHS A;  1AM7 A;  1F0W A;  4HJZ A;  3WYH A;  3BKH A;  1KIR C;  1OUE A;  4H8X A;  2MEF A;  1RI8 B;  4Z41 A;  1B5X A;  3F6Z A;  2YBN A;  7LYZ A;  4BS7 A;  1NMM A;  5KXO A;  1YAO A;  5B06 A;  4HP0 A;  2I25 L;  1FLQ A;  4CJ2 A;  1GBX A;  5KY1 A;  5IDD A;  1LYY A;  2HUB A;  5APD A;  5L3H A;  1GXX A;  1WQP A;  1EQ4 A;  4CHX A;  1YL1 X;  1IWX A;  1NDM C;  1B5Z A;  4M4O A;  1LJE A;  3EMS A;  4GCE A;  2MEI A;  1GFH A;  4LYM A;  5EBH A;  1IX0 A;  1WVV A;  1HFX A;  3B72 A;  1JKC A;  4WMG A;  1F6S A;  5B1F A;  3CT0 A;  1YIL A;  4WM1 A; 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 4NHQ A;  1QTK A;  1UIB A;  4PHI A;  2FBB A;  4DT3 A;  1RE2 A;  5HNL A;  3A94 A;  1AT6 A;  1LSD A;  1LZR A;  1HSW A;  4KL7 A;  1GB7 A;  4H94 A;  2CDS A;  4G4B A;  2A7D A;  2LHM A;  5B07 A;  1OUB A;  1LMN A;  1UA6 Y;  1LJ3 A;  4DC4 A;  1JWR A;  1LZD A;  4GCF A;  5IEL A;  1GFG A;  5D5C A;  1JIT A;  1XFP L;  1IP3 A;  2DQD Y;  3EO5 A;  5HMV A;  5L9J A;  1C10 A;  5I54 A;  2DBT A;  4IAS A;  1IWU A;  1LHM A;  1XGT C;  3RNX A;  1J1X Y;  2G4N A;  5DL9 A;  4NGI A;  4AGA A;  3WXT A;  1B5U A;  2BLY A;  4OOT A;  5KXP A;  3CSQ A;  4HSF A;  4NIJ A;  1FLY A;  4AXT A;  1WQR A;  1IWV A;  1F6R A;  1JKD A;  3WPK A;  1OUJ A;  3OK0 A;  1NF5 A;  4NGO A;  3AGH A;  5LVK A;  1XGP C;  1GAY A;  4J1B A;  3W6F A;  4NSI A;  2D91 A;  1LJ4 A;  1QSA A;  2ZNW Y;  4GCB A;  4NGL A;  4QY9 A;  1UIE A;  5LIN A;  153L A;  4H9F A;  4M6D A;  2PC2 A;  3TXI A;  1WQN A;  207L A;  5T3F A;  1P2C C;  1G7H C;  3A6C Y;  1IC5 Y;  3AZ5 A;  1HFY A;  2DQA A;  1AZF A;  1IC4 Y;  1OUC A;  1GE1 A;  2FBD A;  2I6Z A;  4C3W A;  132L A;  1AKI A;  1HHL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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