4A7DA

X-ray crystal structure of hewl flash-cooled at high pressure
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Fast High-Pressure Freezing of Protein Crystals in Their Mother Liquor
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
molecule tags Hydrolase
total genus 41
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4a7dA00
4NHQA 1GF7A 5HQ1A 2XBSA 4ET9A 3RZ4A 4LGKA 4IJ4A 2G4PA 4XJBA 2I6ZA 5C6JA 1HEQA 4L41A 2C8PA 1GDXA 3WU9A 4NHIA 2A7FA 3AJNA 1SLYA 4GCDA 5FHWA 2FYDA 1JITA 3TXEA 4TTDA 5LINA 1GBZA 2MEHA 153LA 1WQMA 1XSFA 3CSZA 5F81A 4DD1A 4WM2A 3EMSA 4ZFPA 5I5QA 3OJPA 2DQDY 4NY5A 1BGIA 2AUBA 1GHLA 3P68A 1BB3A 2LZ2A 4R6CA 1C43A 1BB6A 4N1CC 2BQFA 2YBJA 4UWNA 4WO6A 4DYGA 1OUDA 3J6KA 1YKZX 1LAAA 1HENA 2XBRA 1WVVA 4WLXA 4NSHA 3AW6A 3LYZA 6LYTA 3A96A 5FEKA 2XTHA 4DDAA 1LSNA 3LYMA 5LIOA 1VDSA 1IX0A 2BAAA 3A8ZA 1GBOA 4Z41A 1YKYX 2F2NA 1IWWA 5HLLA 1JPOA 193LA 1LYZA 4ETEA 5I53A 4CFOA 1B5XA 4H91A 1LSDA 3WULA 2NWDX 4N5RA 1BVXA 2DQIY 1EQ4A 1RE2A 1JTTL 4NGLA 1INUA 4NSIA 4DD2A 4Z3MA 1IR7A 1FN5A 2BQNA 2BQEA 4WM1A 4CFPA 4I8SA 4IATA 3N9CA 5LVKA 2PC2A 4ZIXA 1I20A 1DPXA 4HJZA 3T36A 4HTQA 5KXYA 5HMVA 1B7LA 4H90A 4ML7A 1CKCA 2HEEA 4ETCA 1WVUA 3LN2A 3TXHA 2YDGA 4CJ2A 3AZ5A 4OWAA 3B0KA 1LZNA 3HFMY 3QNGA 4OW1A 2D4IA 3WUMA 2MEGA 1CKGA 1GXV2 4Z98A 4WMGA 1GB6A 1QUTA 1YAOA 1YL1X 1D0KA 1LZ8A 3IJVA 1IC5Y 3F6ZA 1F6RA 2I25L 1HC0A 5C6LA 1H87A 1B7OA 4HV1A 3M3UA 3AZ7A 5B59A 3SP3A 1LZCA 3TXKA 1XGPC 3LZTA 4G4HA 4X3BA 1BWJA 5KKJA 1OUHA 2HU1A 3B6LA 1JEFA 2DBTA 3ATNA 3RNXA 1G7LC 5A3EA 2EPEA 1N4FA 3B0IA 4NFVA 4B49A 4N8ZA 5DM9A 3RW8A 1UCOA 4XJDA 208LA 2BQKA 4NSGA 1LSBA 1AT6A 1NKHA 4CHXA 4J1BA 1REXA 3LZ2A 1C08C 4NWEA 207LA 1A4VA 1JUGA 1LSEA 1HHLA 1SQ2L 1LJ3A 4OOOA 1TEWA 4LYOA 4YENA 2BQBA 1UIFA 3WVYA 3ZVQB 1OUEA 4NG8A 1GB8A 1GE1A 4GLAA 1GFEA 1ZV5L 4A7DA 1C10A 2YBHA 4UWUA 1GB7A 4LYMA 1TAYA 3BKHA 1LYSA 3TXBA 1GDWA 1WQRA 3HBHA 1B7PA 1LMQA 1UIAA 1FLQA 1IP4A 2ZQ4A 3LYTA 4H8ZA 3A93A 4IASA 4M6DA 4RW2A 3HBEX 4ET8A 5I4YA 2FBBA 4G49A 1C7PA 1GB0A 1HFXA 2D4JA 3BKVA 1MLCE 3LYOA 4NGOA 1QUSA 1TBYA 4TWSA 1VDTA 1G7MC 2ZQ3A 3WPKA 2BQCA 4GN3A 2BQHA 3N9AA 5DL9A 5LVHA 4GCCA 1T3PA 2Z39A 1D0MA 135LA 2Z2EA 2FBDA 4NSJA 4WM5A 1GPQC 5ILFA 1LJIA 1BVKC 1TDYA 5A3ZA 3AGIA 1CKFA 2FYCA 4P2EA 1KIQC 2GV0A 1HF4A 1GFAA 3WUAA 3CSQA 1JHLA 1GD6A 1HERA 5FSTA 2CDSA 1NQIA 2MEDA 4DDCA 1WQOA 1BB4A 1BQLY 1G7HC 1F6SA 4H9BA 1JKAA 1LJHA 1QTEA 2ZILA 3WPLA 2VB1A 1IP2A 5FELA 1DI4A 1LSYA 4N9RA 1JKDA 3D3DA 2YVBA 1IVMA 4QEQA 3A67Y 2LHMA 1BWHA 1IP3A 4J7VA 4LFXA 5KY1A 1QDTA 1GB9A 2I26L 3G3AB 3ATOA 2EQLA 3IWRA 2Z2FA 4ETBA 4H1PA 1GF4A 1IOTA 2DQEY 4HTKA 1XGTC 2HEBA 1FLUA 1IP1A 1LZDA 5D5CA 2BQIA 1B7NA 2X0AA 4NEBA 3TXJA 4WL7A 1IP6A 1LJGA 1JJ0A 5F9XA 2HEDA 3T6UA 1GXXA 3TMXA 4LT0A 2BQGA 1I56A 4MR1A 4I0CA 4RW1A 2HECA 1YKXX 4MSTA 1GFRA 1IIZA 2HEAA 1IOCA 1UC0A 4NGIA 4DD0A 2H5ZA 4WL6A 4XJHA 1IWTA 1GF3A 3A34A 3A3QA 1GWDA 4NGKA 3MGWA 1GFVA 3B0OA 1XFPL 134LA 1LHKA 4NGWA 2D4KA 1GBWA 1GEZA 5LAFA 1DI5A 4ANRA 133LA 3RU5A 5IDDA 5B05A 1HMLA 4WM3A 3HBDA 3CSRA 4DDBA 3TMVA 2BQAA 1UIGA 1VAUA 1LYYA 1VDPA 3W6EA 4N1EI 4QY9A 1NDGC 1QIOA 4YF2A 1QQYA 4HSFA 5E9RA 1UIBA 1OUGA 4NGVA 1REYA 1O23A 5T3FA 5HNCA 5FCPA 1NDMC 5KXMA 1IP5A 1HFZA 1LOZA 1Z55A 2W1LA 2MEIA 1LPIA 5LVJA 1XGQC 3WL2A 1IC4Y 1DPWA 2WARA 5E4PA 4WLYA 3WXTA 2ZIJA 3WU8A 4YOPA 2BLYA 4ETAA 1CKHA 5KJ9A 5KKIA 3IJUA 4BADA 1BB7A 3VWOA 5AMYA 4WM4A 2DQCY 1FKQA 1LSMA 2HEFA 1LZEA 1LSAA 4CGEA 5C6IA 2LYMA 1AKIA 1QDRA 1HSXA 2BQDA 1NF5A 4WO9A 1OUJA 1OUCA 2Z38A 2F4AA 4W96A 2ZWBA 4QGZA 2C8OA 4WG7A 1YIKA 3J4GA 1G7JC 4AGAA 1B5VA 1LJEA 3D9AC 3GXRA 1B9OA 1GBSA 3P66A 3RT5X 1GB3A 5J7CA 4HP0A 1LKRA 3AGHA 3W3EA 1LMTA 1KIPC 1HNLA 1HMKA 3TXIA 4N0JA 2BLXA 2DQJY 5APDA 2A7DA 5LXWA 1OUIA 1LZGA 3CB7A 1LSGA 1LSFA 1UACY 1LHHA 2DQGY 4FDYA 4GN5C 4U3XB 1IEEA 1CKDA 1LMOA 1HFYA 1GF0A 1WQNA 4H9HA 3ZEKA 1PS5A 2DQFC 2EKSC 1GFUA 1GFKA 1IOQA 1QSAA 5KXPA 4WLDA 1LHIA 3AW7A 1RFPA 4H93A 1GB5A 1VATA 2Y8PA 5KXZA 2F4GA 3AGGG 1FKVA 2B5ZA 2YBNA 1FDLY 5B1GA 2BQMA 1NBZC 1W08A 4ZEEA 1B5YA 5KXWA 4WLTA 3M18B 4NGJA 1GFTA 1TCYA 2YSSC 1IWVA 4NGZA 1PZYA 4B1AA 1XEIA 5HMJA 5II3A 3A6BY 1NBYC 1GB2A 4OOTA 1HSWA 1CJ7A 4RLMA 6LYZA 1D0LA 2LYZA 3TXGA 1OQMA 4O34A 4NG1A 1HEPA 4BAFA 1BHZA 5APEA 2H9JA 1UBZA 1BWIA 5FDJA 1YANA 1HEMA 4TSBA 1IR9A 1JWRA 1UIDA 4H9AA 1FBIX 3A91A 3P4ZA 1HEWA 1XEJA 3AZ6A 2MEBA 2Z19A 4GCEA 3TXFA 3WU7A 1YAPA 1LYOA 4H8XA 2BQLA 1FLYA 5LYTA 2W1XA 1ALCA 5L3HA 154LA 5B06A 4Z46A 1GF8A 1B5ZA 1AT5A 2Z37A 4OWBA 5DN5A 4GLVA 5D5FA 1H6MA 2CGIA 4R0FA 3W6FA 1IORA 5LAGA 3EXDA 2ZYPA 1JTPL 1YILA 5B07A 5B1FA 5ILCA 1ZVYB 1B7MA 2MECA 3TMUA 4HPEA 1B7SA 4XJGA 1JIYA 2W1MA 3A92A 1LJFA 1CJ9A 3P64A 2ZYCA 3WVXA 5LYZA 1LSZA 1RI8B 1LMAA 1V7SA 1GE4A 2YBMA 5LA8A 8LYZA 1LZTA 4GCBA 4G4CA 5LVIA 1DZBX 4XJIA 1GF5A 3W6BA 1D6QA 4B0DA 4B4EA 2Z12A 3WXUA 1REMA 1LKSA 3WUNA 1C46A 1F10A 1LHLA 4DD9A 4YEOA 4NGYA 1B5UA 1B7QA 3AB6A 4YM8A 4RDSA 4LT1A 4PRQA 1GFHA 3GXKA 1BB5A 2IFFY 2XJWA 1JJ3A 5DLAA 5KXLA 2ZIKA 1LJJA 1LMCA 4KPMA 4DD3A 1LZ6A 1HELA 4J0LA 5KXXA 2G4QA 3A90A 2N5ZA 1LZ5A 1JTOL 3CT5A 4NHTA 5F16A 2BQOA 2ZNXY 5LYMA 3W6CA 1JSEA 2BPUA 4NWHA 1JISA 1IOSA 1NHEA 1LCNA 4LYBA 1IWYA 4H9EA 2YBIA 5KXNA 5KXRA 3B72A 1EL1A 3G3BB 3W6DA 1LMPA 1DXJA 3P65A 5F9UA 1GFGA 2HTXA 2DQHY 4J1AA 4FJRA 4G9SA 1ZVHL 1FLWA 4E3UA 2G4NA 4OWCA 1VDQA 1GAYA 4QDNA 1VFBC 5F14A 1B7RA 3FE0A 4OWEA 4H92A 1WTMA 1LZYA 2DQAA 2BQJA 1B2KA 1D9UA 1GE2A 1KXWA 1OUFA 1UIHA 3A3RX 3CT1A 1YAQA 1LZAA 4II8A 1LMNA 5EBHA 4LYCA 4UWVA 3TMWA 2MEAA 4OWHA 3N9EA 1DI3A 1IO5A 3W6AA 1KIRC 4B4IA 4LYZA 1RCMA 4D9ZA 1GBXA 2W1YA 5IHGA 1DKJA 4C3WA 2LYOA 4NIJA 5JENB 1D6PA 1LSPA 5HNLA 1LZ4A 1LZ1A 4C5FA 2CJLA 2MEEA 1YL0X 5APFA 1JSFA 2D91A 1G7IC 4ETDA 5L3IA 4RLNA 3QY4A 5KXSA 1LJ4A 3LHMA 4H94A 9LYZA 4EMNA 4MCKA 4H9CA 1QTKA 4LYTA 3TXDA 1IWUA 2H9KA 1J1OY 3A95A 5DN4A 4DT3A 4NHPA 3FI7A 1UA6Y 5KXOA 5LVGA 4XENA 2Q0MX 1IC7Y 4XN6A 4LT3A 4PHIA 4WOAA 1KXYA 1REZA 1GFJA 4KT3A 4NHSA 2ZNWY 3EBAB 4HJVA 1LJNA 1YQVY 3ULRA 1UUZC 3WW6A 3CQLA 1GBYA 2CWIA 4BAPA 1RJCB 3E3DA 1T6VL 4H9FA 4TSCA 3OK0A 4XJFA 4HPIA 1EQEA 1LHMA 4W94A 3AYQA 1DQJC 5K7OA 1WTNA 1OP9B 1XGRC 4H8YA 4KXIA 5APCA 2F30A 1JKBA 5I4XA 1JJ1A 2DKVA 4TX7A 2YBLA 1LJKA 1NMMA 1UICA 1CNSA 1OUAA 1YAMA 4EOFA 1LSCA 1HEOA 1P2CC 1XGUC 3CT0A 3KAMA 4XADA 1CJ8A 1EQ5A 4H9IA 4PPOA 4DD7A 5L9JA 1E8LA 4DC4A 132LA 4TUNA 1B5WA 1OUBA 194LA 4DWXA 4B4JA 1GAZA 4YEMA 2LZTA 2RSCA 1GE3A 1YROA 4LT2A 1IY4A 1J1XY 1LTMA 4KL7A 1I1ZA 1VEDA 3A94A 1UIEA 1AZFA 4M4OA 1LHJA 2Z18A 4PJ2C 4GN4A 4HTNA 1JKCA 5KXKA 1ZMYL 1LZBA 5KXTA 3WW5A 1A2YC 1DKKA 1NWGA 1GF6A 3AZ4A 1J1PY 1IR8A 3WH1A 3WMKA 1B0DA 2HUBA 4PRUA 1V7TA 1MELL 5I54A 4PGJB 1QSWA 3WPJA 2MEFA 1GF9A 3EO5A 3QE8A 5M1YA 1GE0A 1LZ9A 1AM7A 1CJ6A 3K3TA 2IHLA 4WG1A 4LFPA 4AXTA 1W6ZA 1KXXA 1IY3A 4G4BA 2HU3A 2D6BA 2EIZC 4GCFA 4HV2A 4BS7A 1GEVA 1LZRA 1IP7A 3A6CY 1C45A 1F0WA 3WYHA 5I4WA 5LA5A 4XYYA 1WQPA 4LZTA 4WM6A 3ZVQA 1XEKA 1WQQA 7LYZA 1IWZA 1IWXA 4HJYA 1LZSA 5IELA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
255LA 4NHQA 1L09A 3GUJA 2XBSA 3RZ4A 4LGKA 2G4PA 3DKEX 1HEQA 1L51A 1PQIA 1L88A 1L04A 2MEHA 1B6IA 1WQMA 3CSZA 4DD1A 1L71A 218LA 4WM2A 5I5QA 4NY5A 1BGIA 4ARJA 160LA 2LZ2A 1L43A 155LA 1BB6A 2BQFA 2YBJA 1YKZX 1L89A 2XBRA 4WLXA 1L16A 4DDAA 5FEKA 5LIOA 2BAAA 3A8ZA 1QUHA 1JPOA 2OU0X 193LA 1LYZA 4ETEA 3HTDA 4CFOA 1LSDA 2DQIY 1EQ4A 1RE2A 214LA 4DD2A 2BQNA 248LA 5LVKA 4ZIXA 5KXYA 5HMVA 4LDLA 3LN2A 3TXHA 1L38A 233LA 3AZ5A 4OWAA 1L12A 1P5CA 1P3NA 3HDEA 1YL1X 1D0KA 3IJVA 3F6ZA 5C6LA 169LA 3SB7A 3AZ7A 5B59A 3SP3A 4G4HA 1OUHA 1JEFA 5A3EA 3ODUA 131LA 4NFVA 4N8ZA 4EKRA 219LA 1KY1A 237LA 3C82A 2O4WA 1A4VA 4OOOA 4LYOA 1L0KA 3HT6A 113LA 1OUEA 1GFEA 3BKHA 1GDWA 2OE9X 3HBHA 2ZQ4A 1L24A 4M6DA 4ET8A 4G49A 1HFXA 2D4JA 3BKVA 1L35A 1L56A 4NGOA 1QUSA 1G7MC 1G1WA 256LA 3N9AA 197LA 1T3PA 4NSJA 1XJUA 4WM5A 1T97A 2O79A 1CKFA 1KIQC 1HF4A 3CSQA 1GD6A 3HH4A 1L37A 1WQOA 4H9BA 1L13A 2ZILA 1IP2A 1DI4A 3D3DA 3OE0A 4QEQA 1L53A 258LA 5KY1A 1DYCA 3ATOA 1QT7A 1L02A 2DQEY 1CV0A 1XGTC 1IP1A 2BQIA 3TXJA 1JJ0A 2HEDA 182LA 3T6UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4NHQ A;  1GF7 A;  5HQ1 A;  2XBS A;  4ET9 A;  3RZ4 A;  4LGK A;  4IJ4 A;  2G4P A;  4XJB A;  2I6Z A;  5C6J A;  1HEQ A;  4L41 A;  2C8P A;  1GDX A;  3WU9 A;  4NHI A;  2A7F A;  3AJN A;  1SLY A;  4GCD A;  5FHW A;  2FYD A;  1JIT A;  3TXE A;  4TTD A;  5LIN A;  1GBZ A;  2MEH A;  153L A;  1WQM A;  1XSF A;  3CSZ A;  5F81 A;  4DD1 A;  4WM2 A;  3EMS A;  4ZFP A;  5I5Q A;  3OJP A;  2DQD Y;  4NY5 A;  1BGI A;  2AUB A;  1GHL A;  3P68 A;  1BB3 A;  2LZ2 A;  4R6C A;  1C43 A;  1BB6 A;  4N1C C;  2BQF A;  2YBJ A;  4UWN A;  4WO6 A;  4DYG A;  1OUD A;  3J6K A;  1YKZ X;  1LAA A;  1HEN A;  2XBR A;  1WVV A;  4WLX A;  4NSH A;  3AW6 A;  3LYZ A;  6LYT A;  3A96 A;  5FEK A;  2XTH A;  4DDA A;  1LSN A;  3LYM A;  5LIO A;  1VDS A;  1IX0 A;  2BAA A;  3A8Z A;  1GBO A;  4Z41 A;  1YKY X;  2F2N A;  1IWW A;  5HLL A;  1JPO A;  193L A;  1LYZ A;  4ETE A;  5I53 A;  4CFO A;  1B5X A;  4H91 A;  1LSD A;  3WUL A;  2NWD X;  4N5R A;  1BVX A;  2DQI Y;  1EQ4 A;  1RE2 A;  1JTT L;  4NGL A;  1INU A;  4NSI A;  4DD2 A;  4Z3M A;  1IR7 A;  1FN5 A;  2BQN A; 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 1RJC B;  3E3D A;  1T6V L;  4H9F A;  4TSC A;  3OK0 A;  4XJF A;  4HPI A;  1EQE A;  1LHM A;  4W94 A;  3AYQ A;  1DQJ C;  5K7O A;  1WTN A;  1OP9 B;  1XGR C;  4H8Y A;  4KXI A;  5APC A;  2F30 A;  1JKB A;  5I4X A;  1JJ1 A;  2DKV A;  4TX7 A;  2YBL A;  1LJK A;  1NMM A;  1UIC A;  1CNS A;  1OUA A;  1YAM A;  4EOF A;  1LSC A;  1HEO A;  1P2C C;  1XGU C;  3CT0 A;  3KAM A;  4XAD A;  1CJ8 A;  1EQ5 A;  4H9I A;  4PPO A;  4DD7 A;  5L9J A;  1E8L A;  4DC4 A;  132L A;  4TUN A;  1B5W A;  1OUB A;  194L A;  4DWX A;  4B4J A;  1GAZ A;  4YEM A;  2LZT A;  2RSC A;  1GE3 A;  1YRO A;  4LT2 A;  1IY4 A;  1J1X Y;  1LTM A;  4KL7 A;  1I1Z A;  1VED A;  3A94 A;  1UIE A;  1AZF A;  4M4O A;  1LHJ A;  2Z18 A;  4PJ2 C;  4GN4 A;  4HTN A;  1JKC A;  5KXK A;  1ZMY L;  1LZB A;  5KXT A;  3WW5 A;  1A2Y C;  1DKK A;  1NWG A;  1GF6 A;  3AZ4 A;  1J1P Y;  1IR8 A;  3WH1 A;  3WMK A;  1B0D A;  2HUB A;  4PRU A;  1V7T A;  1MEL L;  5I54 A;  4PGJ B;  1QSW A;  3WPJ A;  2MEF A;  1GF9 A;  3EO5 A;  3QE8 A;  5M1Y A;  1GE0 A;  1LZ9 A;  1AM7 A;  1CJ6 A;  3K3T A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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