4AGAA

Hofmeister effects of ionic liquids in protein crystallization: direct and water-mediated interactions
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Hofmeister Effects of Ionic Liquids in Protein Crystallization: Direct and Water-Mediated Interactions
doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4agaA00
4QEQA 1SLYA 4J0LA 4CFOA 5C6LA 2RSCA 1GFHA 3A93A 1JKDA 1QIOA 2DQFC 1WQRA 1TAYA 2LZTA 1DPWA 3LHMA 1HEWA 4NGOA 3GXRA 1HF4A 4BAPA 1D9UA 1LJIA 4H8XA 1DI4A 3N9AA 1LZCA 1W6ZA 2G4PA 4WL6A 1JKAA 1B7RA 1IOQA 3WVYA 4Z46A 1XEKA 2W1LA 1E8LA 1XGUC 2D4JA 2YBLA 4HSFA 1UIEA 1OP9B 1YKZX 2Z2EA 3B6LA 4LYMA 1JHLA 1LMCA 1UIGA 3EXDA 3KAMA 5FHWA 4NWHA 1CJ7A 2MEGA 4WM1A 4LFPA 4U3XB 4WOAA 4DDAA 1BQLY 1WTMA 1YANA 1FLWA 1QQYA 4LT0A 5FCPA 4H8ZA 4NSGA 1CJ6A 2D4KA 3AZ5A 3QE8A 4IASA 3B0OA 4ETCA 2MEDA 2BLYA 1LSYA 1NWGA 5LVHA 3WW6A 1ALCA 3N9EA 4HJVA 1GB2A 4XYYA 5F16A 1DQJC 3TMUA 3WYHA 5LXWA 4KXIA 1KXYA 4XJIA 3LZ2A 2AUBA 2BQDA 5DL9A 1B7QA 1CKGA 4DWXA 1JJ0A 1XEJA 1IR9A 3VWOA 1GFVA 1OUJA 1BB4A 3RT5X 1GBYA 5L3IA 2FYDA 4OWHA 4E3UA 4PGJB 4H9AA 3TXIA 1QTKA 2HU3A 4OWCA 5B06A 3LYOA 1MLCE 3ZVQB 4WMGA 2H9JA 1D0MA 1LSDA 3WU8A 2BQFA 1GF9A 4LT1A 1LSFA 2HUBA 3E3DA 1UIHA 5KY1A 1LHKA 1JEFA 5APCA 1BGIA 4GN3A 4DC4A 1LSEA 3CT5A 2A7FA 1YROA 1B5XA 1GF7A 5F81A 1LSPA 5AMYA 1NBZC 4NSIA 1C45A 1B2KA 4QDNA 1D0LA 1IP1A 1IP4A 4EOFA 4DYGA 1WTNA 3AB6A 5D5FA 4GLVA 1GFEA 3CT1A 1HFXA 3WPJA 2I6ZA 3A6CY 4NEBA 1LSAA 3G3BB 3TXHA 1UUZC 1B7NA 2BQJA 3TXKA 4NG8A 4OWAA 4OOOA 5DN5A 3RU5A 1JPOA 2IHLA 4B4EA 153LA 5B1FA 1GBSA 2BQKA 1HEMA 4ET8A 1DI5A 2BQAA 1LJKA 1XGQC 1HSXA 4H94A 1LHMA 1IP2A 2BQCA 2NWDX 2Z2FA 1RI8B 3OJPA 1RFPA 3WPKA 4HPIA 2CDSA 3AZ4A 3EMSA 1LYOA 4TTDA 3MGWA 1XFPL 1GB5A 1QDTA 3FI7A 4PHIA 2BQNA 2F4GA 4KL7A 4XENA 4NGWA 3W6DA 2DBTA 1PZYA 1QUSA 2C8OA 3ZEKA 5LA5A 1WVUA 5B1GA 1LZSA 5KXZA 4CFPA 2Z37A 5KXYA 1YL1X 1IWXA 1LMPA 2BAAA 1DKKA 1QUTA 4DD7A 4CJ2A 3QNGA 1GHLA 4UWUA 1YILA 1IR7A 2F4AA 194LA 5I4XA 1OQMA 1G7HC 1GF5A 1UC0A 4H9CA 1HC0A 2LYMA 1BB3A 3W6AA 1LSBA 1OUFA 1LZGA 2DQDY 1GB9A 5KXWA 4Z98A 1ZV5L 4NWEA 1UCOA 4M6DA 4ET9A 4WO6A 1LZEA 1WQMA 4H92A 2BQHA 5DM9A 2HEEA 2BLXA 4HP0A 1CKHA 4HV2A 5KKIA 1FLYA 1LZDA 3HBHA 3CB7A 4GCFA 5T3FA 1EQEA 1IORA 1CJ8A 4H93A 1LZBA 4BADA 1AT6A 4YM8A 1CNSA 2DQCY 1WQNA 4ANRA 1NMMA 4B0DA 3LN2A 2HEAA 2D4IA 1LAAA 1I20A 2Y8PA 4LZTA 3WUMA 4ETBA 3A92A 1JJ3A 1B5UA 1AM7A 1HELA 1LSZA 5HMJA 4H8YA 1F6RA 1DXJA 1HENA 1JWRA 4NHIA 5C6JA 2BPUA 1BWJA 3IJUA 3A96A 4RLMA 1REZA 3W3EA 4ETDA 1BWIA 1GFTA 1LSCA 1KIPC 1LJFA 2X0AA 1IWUA 1DI3A 1DKJA 5KJ9A 2W1MA 4WLDA 4XJFA 4M4OA 1B5WA 1LZ8A 1VEDA 4B4JA 2W1YA 4NHTA 1A2YC 1O23A 1I56A 1UIBA 1CKDA 6LYTA 1UA6Y 4H91A 1LTMA 4LGKA 4B49A 4DD2A 4TUNA 1HEPA 1LJJA 2ZYCA 5L3HA 4QY9A 5F9XA 2Z19A 4OWBA 1B7LA 4LFXA 3WU7A 5JENB 1JKBA 1LMAA 5J7CA 5FSTA 4WO9A 1FKQA 1REMA 1KXXA 2EQLA 1KIRC 1WVVA 2HEBA 3A6BY 1F10A 1GBZA 3P65A 4II8A 4NHSA 1HFYA 5E4PA 3RW8A 4GCCA 7LYZA 5L9JA 1T6VL 1WQPA 4H90A 4PPOA 1A4VA 4WLTA 1JKCA 1I1ZA 4LT3A 4DDBA 1HMLA 3AJNA 1IX0A 3TMXA 2DQAA 5KXRA 4BAFA 4N9RA 4WG1A 2CWIA 4WG7A 3D3DA 1LJ4A 1GXV2 4NGYA 1TBYA 3WUAA 1GBXA 1F0WA 1IWTA 1JJ1A 1QTEA 3HFMY 1LZ9A 4WLXA 1LYYA 2FBDA 4NY5A 1RJCB 2H9KA 1OUEA 4GCDA 4LYZA 1GE4A 4J1AA 4WL7A 1IC4Y 2EKSC 4W94A 3TMVA 5D5CA 4UWVA 1W08A 1IO5A 5B59A 1B7MA 4GCBA 1OUBA 1GFGA 3FE0A 1XSFA 2BQEA 2LZ2A 4OW1A 4YOPA 1DZBX 1GEZA 1J1PY 2F2NA 2ZILA 4HTKA 5LAGA 134LA 3T6UA 4DD1A 4WM4A 3SP3A 1C08C 1D6QA 4HTNA 1GE0A 1VDTA 6LYZA 3M3UA 4G4HA 1GPQC 4KT3A 1REXA 4GLAA 1LYSA 1INUA 5FELA 2ZIKA 3N9CA 1GE2A 4LYCA 1GFUA 4YENA 1ZMYL 3W6FA 1IC5Y 4Z41A 1QSWA 1REYA 2XBSA 1ZVHL 2DKVA 2PC2A 3D9AC 3W6CA 1IEEA 1YQVY 4H9FA 4OWEA 4ZFPA 5F14A 2DQIY 2G4QA 3P64A 5IELA 3AGIA 4HTQA 4H9HA 4B4IA 1TCYA 2FBBA 4C5FA 3OK0A 3B0IA 4CHXA 3AYQA 4NG1A 1C10A 4LYBA 1YAPA 3AW6A 1VATA 5LVJA 1LMTA 1GB0A 1C43A 1EQ5A 1HNLA 1LJ3A 4NGKA 4DDCA 1YIKA 3A3RX 1DPXA 1RE2A 2HEFA 4BS7A 4H9BA 1D6PA 132LA 1NQIA 3A91A 1LZ1A 2BQIA 1AT5A 1B7PA 1BHZA 4NGJA 1GDXA 1MELL 4MSTA 5II3A 1F6SA 1LMNA 1GEVA 1LZ5A 2ZQ3A 1FLQA 4HJZA 4NHQA 1SQ2L 1LZ6A 1C7PA 1IR8A 1B7OA 1KIQC 2CJLA 1IOCA 2G4NA 1D0KA 1LKSA 4LT2A 5I53A 3A95A 4NSJA 1B5VA 3B0KA 4A7DA 1OUAA 1YKYX 1GB3A 4YEOA 1B7SA 1NBYC 135LA 1G7LC 2YSSC 3AZ7A 4HV1A 4AXTA 4DD0A 5I4YA 1NF5A 3LYZA 1JSEA 2MEIA 5HLLA 3RZ4A 4XJHA 4QGZA 4C3WA 1LJEA 1HFZA 3ZVQA 2Z12A 1IWYA 1GF6A 2ZNXY 1LYZA 4TWSA 3BKHA 4N1CC 5LVKA 5M1YA 1YAOA 2MEFA 2Z18A 4G9SA 4XJDA 5KXNA 3TXDA 1XGPC 4WM5A 1CKFA 5B07A 2DQJY 3G3AB 3P66A 1IOSA 1ZVYB 1GB7A 1PS5A 4I8SA 5APDA 1CKCA 4NGIA 5A3ZA 1IIZA 1BWHA 1GF8A 1WQQA 3WUNA 3AZ6A 5LYZA 3HBDA 2MEAA 5LIOA 3CSRA 3LYTA 2YBHA 3EO5A 1G7MC 1JIYA 2YBJA 3P68A 1GFKA 3TXJA 1LCNA 4IJ4A 1FN5A 1GE1A 2XJWA 1JSFA 3QY4A 1IP5A 4G4CA 5APFA 1IWVA 4NGLA 1UIDA 2HU1A 2YBNA 1UBZA 4WM6A 3WXUA 1GD6A 3HBEX 1LZYA 1BB7A 3WXTA 4X3BA 4GN4A 1VDPA 3WL2A 193LA 4W96A 4FDYA 1FLUA 4G4BA 3GXKA 1OUCA 1LZNA 1HMKA 1YAQA 4RDSA 3P4ZA 1NDGC 1LOZA 8LYZA 3CSQA 9LYZA 5KKJA 4NGVA 1GFAA 1UIFA 3CSZA 4ETEA 3ATNA 4NSHA 2D6BA 1NDMC 4OOTA 1KXWA 4LYOA 5ILCA 5C6IA 5HMVA 1LHLA 4P2EA 1UACY 4R0FA 1GXXA 4HJYA 1GWDA 4XJBA 2H5ZA 3B72A 4D9ZA 5EBHA 1JTPL 4NIJA 2YDGA 2ZIJA 1TDYA 1HEOA 2MEBA 4ETAA 3A94A 2F30A 1LZAA 2MECA 1TEWA 1XEIA 5I54A 1LJHA 1YL0X 2DQEY 4WLYA 3T36A 3W6BA 3WVXA 5LYMA 1H87A 3CQLA 1V7SA 4ZEEA 4ZIXA 2IFFY 4GN5C 1AKIA 1LSMA 2HECA 2YBMA 3CT0A 2I26L 5KXPA 1BVKC 1GDWA 4I0CA 4AGAA 5LINA 1EQ4A 2MEEA 1HSWA 2D91A 4G49A 4LYTA 4MCKA 3W6EA 1NHEA 4N0JA 1IWZA 2GV0A 3WU9A 3F6ZA 1IVMA 5HNLA 3WMKA 3K3TA 1CJ9A 1OUDA 1EL1A 4N1EI 1BB6A 1V7TA 1HEQA 1LZTA 3IWRA 2LYOA 1J1OY 4HPEA 2LHMA 3WW5A 2XTHA 1VFBC 1JTTL 2C8PA 1LZRA 1IY3A 2BQLA 1OUGA 2EIZC 2ZQ4A 5KXSA 3RNXA 1FDLY 4WM2A 1GF3A 1UIAA 1T3PA 4ML7A 3A67Y 1OUIA 5LVIA 2Q0MX 1GBWA 5DN4A 2FYCA 4WM3A 1B5YA 2I25L 154LA 1YAMA 1YKXX 4IATA 5KXKA 4GCEA 5HQ1A 4EMNA 1GFJA 1C46A 3A8ZA 5F9UA 4L41A 1G7IC 1WQOA 2HEDA 2XBRA 3IJVA 5FEKA 3TMWA 3TXGA 5LVGA 4FJRA 4RLNA 4RW2A 1IP6A 5APEA 3ULRA 4NFVA 1P2CC 1UICA 4H1PA 5KXXA 2WARA 4PJ2C 4DD3A 1NKHA 1GBOA 1GB8A 1H6MA 1QSAA 2ZNWY 3BKVA 4R6CA 1GB6A 5E9RA 2HTXA 5HNCA 1LSNA 1VDQA 3WPLA 208LA 2CGIA 2EPEA 1LSGA 4NGZA 4PRUA 1LKRA 1JUGA 1GE3A 3LZTA 5FDJA 1IP3A 2DQGY 1IC7Y 3TXBA 1B9OA 1Z55A 5IDDA 2DQHY 5I4WA 5ILFA 1IOTA 1GF0A 2LYZA 1IWWA 3TXFA 3AW7A 4RW1A 4YEMA 1G7JC 2BQGA 5KXOA 5LYTA 5LAFA 1JTOL 4MR1A 1J1XY 4J1BA 1IP7A 4TX7A 1B0DA 1LHIA 2N5ZA 2Z38A 3M18B 1JISA 1GFRA 2VB1A 133LA 1LJGA 1BVXA 1LZ4A 3TXEA 2BQBA 2ZYPA 4O34A 4XN6A 3J6KA 1HERA 4TSBA 5A3EA 1HHLA 1LMOA 4CGEA 1FBIX 4UWNA 4H9EA 5I5QA 1GF4A 1RCMA 5KXLA 1FKVA 4YF2A 1JITA 5KXTA 3AGHA 2BQMA 1VAUA 4N5RA 1B5ZA 4N8ZA 1OUHA 2YBIA 2BQOA 1LHHA 4PRQA 1VDSA 1LMQA 5IHGA 2W1XA 2B5ZA 2YVBA 2ZWBA 3AGGG 3J4GA 1IY4A 5DLAA 4B1AA 1BB5A 207LA 1AZFA 1LHJA 4H9IA 3WULA 3A34A 4DT3A 1QDRA 4J7VA 4XJGA 1GAYA 1LJNA 3ATOA 5KXMA 3EBAB 1XGTC 1XGRC 4KPMA 3WH1A 4TSCA 4DD9A 3LYMA 2MEHA 4Z3MA 4NHPA 5LA8A 3A3QA 2Z39A 5K7OA 1N4FA 1GAZA 1LPIA 5B05A 3A90A 2A7DA 4XADA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OTYX 4QEQA 4J0LA 2Q9DA 1QIOA 2DQFC 2LZTA 1DPWA 3LHMA 4BAPA 1OYUA 3GXRA 1B7RA 1C6JA 4W56A 1UIEA 1YKZX 1LMCA 3EXDA 5FHWA 3V2WA 2MEGA 4WM1A 4WOAA 164LA 3HH6A 3AZ5A 1G0JA 2MEDA 4W55A 3WW6A 5LXWA 3DN0A 1G06A 1B7QA 215LA 4DWXA 2A4TA 3OE0A 1GFVA 3RT5X 1P37A 1L03A 4H9AA 1QTKA 5B06A 2H9JA 1OV5A 2BQFA 4DQJA 3E3DA 4DC4A 1LSEA 3CT5A 2B6XA 1YROA 3DNAA 1LSPA 1L89A 1C45A 1IP1A 252LA 1IP4A 4EOFA 4DYGA 4GLVA 2ANVA 3CT1A 3A6CY 2BQJA 4NG8A 4OWAA 1L85A 1LI6A 2IHLA 227LA 2BQKA 4ET8A 2BQAA 1IP2A 2RBQA 3OJPA 1DYCA 3VW7A 251LA 1L44A 2BQNA 3W6DA 1PZYA 1QT4A 1L68A 1IWXA 149LA 1DKKA 2OE4X 3HH3A 3QNGA 1C64A 1L06A 1GF5A 1HC0A 1EPYA 1LSBA 1CV0A 1SX7A 5KXWA 1GB9A 4Z98A 4NWEA 3HUKA 4ET9A 1G1WA 1WQMA 1L10A 2BLXA 1XJTA 6LZMA 1LZDA 3CB7A 4GCFA 1LZBA 259LA 4BADA 1L70A 4ANRA 3WUMA 1I20A 4EKRA 1L09A 1JJ3A 1B5UA 4K5YA 4H8YA 1F6RA 1L76A 1CVKA 1DXJA 1JWRA 4NHIA 4RLMA 3A96A 3W3EA 1GFTA 1LSCA 1D9WA 1DI3A 2RBNA 4XJFA 4B4JA 1LZ8A 4NHTA 1A2YC 256LA 6LYTA 1L47A 1P6YA 1JTMA 4TUNA 2ZYCA 5F9XA 2Z19A 1TLAA 1L80A 1SSWA 4WO9A 3A6BY 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QEQ A;  1SLY A;  4J0L A;  4CFO A;  5C6L A;  2RSC A;  1GFH A;  3A93 A;  1JKD A;  1QIO A;  2DQF C;  1WQR A;  1TAY A;  2LZT A;  1DPW A;  3LHM A;  1HEW A;  4NGO A;  3GXR A;  1HF4 A;  4BAP A;  1D9U A;  1LJI A;  4H8X A;  1DI4 A;  3N9A A;  1LZC A;  1W6Z A;  2G4P A;  4WL6 A;  1JKA A;  1B7R A;  1IOQ A;  3WVY A;  4Z46 A;  1XEK A;  2W1L A;  1E8L A;  1XGU C;  2D4J A;  2YBL A;  4HSF A;  1UIE A;  1OP9 B;  1YKZ X;  2Z2E A;  3B6L A;  4LYM A;  1JHL A;  1LMC A;  1UIG A;  3EXD A;  3KAM A;  5FHW A;  4NWH A;  1CJ7 A;  2MEG A;  4WM1 A;  4LFP A;  4U3X B;  4WOA A;  4DDA A;  1BQL Y;  1WTM A;  1YAN A;  1FLW A;  1QQY A;  4LT0 A;  5FCP A;  4H8Z A;  4NSG A;  1CJ6 A;  2D4K A;  3AZ5 A;  3QE8 A;  4IAS A;  3B0O A;  4ETC A;  2MED A;  2BLY A;  1LSY A;  1NWG A;  5LVH A;  3WW6 A;  1ALC A;  3N9E A;  4HJV A;  1GB2 A;  4XYY A;  5F16 A;  1DQJ C;  3TMU A;  3WYH A;  5LXW A;  4KXI A;  1KXY A;  4XJI A;  3LZ2 A;  2AUB A;  2BQD A;  5DL9 A;  1B7Q A;  1CKG A;  4DWX A;  1JJ0 A;  1XEJ A;  1IR9 A;  3VWO A;  1GFV A;  1OUJ A;  1BB4 A;  3RT5 X; 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 1GB8 A;  1H6M A;  1QSA A;  2ZNW Y;  3BKV A;  4R6C A;  1GB6 A;  5E9R A;  2HTX A;  5HNC A;  1LSN A;  1VDQ A;  3WPL A;  208L A;  2CGI A;  2EPE A;  1LSG A;  4NGZ A;  4PRU A;  1LKR A;  1JUG A;  1GE3 A;  3LZT A;  5FDJ A;  1IP3 A;  2DQG Y;  1IC7 Y;  3TXB A;  1B9O A;  1Z55 A;  5IDD A;  2DQH Y;  5I4W A;  5ILF A;  1IOT A;  1GF0 A;  2LYZ A;  1IWW A;  3TXF A;  3AW7 A;  4RW1 A;  4YEM A;  1G7J C;  2BQG A;  5KXO A;  5LYT A;  5LAF A;  1JTO L;  4MR1 A;  1J1X Y;  4J1B A;  1IP7 A;  4TX7 A;  1B0D A;  1LHI A;  2N5Z A;  2Z38 A;  3M18 B;  1JIS A;  1GFR A;  2VB1 A;  133L A;  1LJG A;  1BVX A;  1LZ4 A;  3TXE A;  2BQB A;  2ZYP A;  4O34 A;  4XN6 A;  3J6K A;  1HER A;  4TSB A;  5A3E A;  1HHL A;  1LMO A;  4CGE A;  1FBI X;  4UWN A;  4H9E A;  5I5Q A;  1GF4 A;  1RCM A;  5KXL A;  1FKV A;  4YF2 A;  1JIT A;  5KXT A;  3AGH A;  2BQM A;  1VAU A;  4N5R A;  1B5Z A;  4N8Z A;  1OUH A;  2YBI A;  2BQO A;  1LHH A;  4PRQ A;  1VDS A;  1LMQ A;  5IHG A;  2W1X A;  2B5Z A;  2YVB A;  2ZWB A;  3AGG G;  3J4G A;  1IY4 A;  5DLA A;  4B1A A;  1BB5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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