4AGAA

Hofmeister effects of ionic liquids in protein crystallization: direct and water-mediated interactions
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Hofmeister Effects of Ionic Liquids in Protein Crystallization: Direct and Water-Mediated Interactions
doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4agaA00
1MLCE 1EQ5A 4GN4A 5IELA 4WG7A 4NGJA 1B5ZA 4B4JA 2BQDA 5HNLA 4KPMA 3CB7A 4H9AA 3VWOA 1C08C 4UWNA 1GHLA 3B72A 1GBSA 5LXWA 5FCPA 1IWTA 1NKHA 1LJ4A 1UIFA 4XENA 4TSBA 1HENA 2IFFY 3K3TA 5KXYA 4G49A 1LYSA 1LZ9A 1MELL 4ET9A 1HMLA 1D0KA 2MEBA 1V7TA 3ZVQB 4NFVA 4XJDA 1IP6A 1N4FA 5B1FA 4WO9A 4WM5A 2CJLA 1UACY 1ZV5L 5KXTA 1BVKC 1KXWA 2DQJY 4RW1A 134LA 4EOFA 1ZMYL 1GAZA 3ATOA 4GCDA 4H8YA 2YVBA 1HF4A 5APDA 4ZIXA 2CWIA 1GBWA 1GDXA 1C10A 2G4NA 1YILA 4TSCA 2F4AA 2Q0MX 3BKVA 1C46A 3A92A 2ZIJA 4E3UA 2MEHA 1WVVA 4TUNA 1CJ9A 1REXA 3AGHA 1LJKA 2ZNXY 3A90A 4ETAA 5KKJA 1JPOA 1IOCA 6LYZA 2WARA 1IR7A 4ZEEA 4PRQA 1HEMA 1HFYA 2DQEY 5KXRA 1LMOA 4IATA 3RW8A 1IEEA 2A7DA 1DKJA 3WL2A 4H9IA 2ZYCA 4WLXA 2EIZC 1YKZX 4NSIA 2BQOA 1B7NA 1LTMA 1BWHA 2I25L 1HERA 3P64A 2HUBA 4R6CA 3T6UA 1YL1X 1XGUC 3N9AA 5A3ZA 3LYZA 5ILFA 5I4YA 2DQCY 2N5ZA 1HC0A 2EKSC 2ZWBA 2HTXA 1LMPA 1HFZA 1I1ZA 4N1EI 1JTTL 4MSTA 4GCBA 1VAUA 1XGRC 1LYZA 1OP9B 3W6EA 2BQFA 3TMVA 4DD7A 1LSEA 4H92A 1BB7A 4LYZA 5JENB 1C7PA 3WW6A 1B7OA 4BADA 2EPEA 5II3A 1GE3A 1GXV2 3B0OA 4Z41A 1JHLA 1YAOA 3EO5A 3J6KA 3M18B 1QSAA 1LJ3A 1T6VL 1OUGA 4TWSA 2Z12A 4BAPA 1HSWA 2Y8PA 1KXXA 2XBSA 2BQEA 4XYYA 1CJ7A 3WXTA 4NHPA 1YROA 193LA 2ZQ3A 3CT0A 4HTKA 4NHSA 4OWAA 1GF0A 4OWEA 1VFBC 1GFHA 4W96A 4XADA 3A95A 2DQAA 4HJZA 4ML7A 1IP7A 4B4EA 5LYZA 2X0AA 5KXLA 2FYDA 5KXZA 3B0IA 4R0FA 2DQGY 1GXXA 4LYTA 4DDCA 5A3EA 5KXKA 4B49A 1UIEA 5F16A 5L3HA 3LYTA 1KIQC 1YAQA 1D6QA 4LFPA 5KJ9A 1JKBA 4LT0A 3WU9A 1IX0A 1LSMA 3AZ4A 132LA 1JWRA 1XEJA 1ZVYB 1IWWA 1UBZA 2ZNWY 4FDYA 5E9RA 4WM2A 4CHXA 1AM7A 5DL9A 1C45A 3A93A 1LZ1A 1PZYA 2BQHA 3WXUA 1TDYA 4LYOA 3AW7A 5D5CA 4Z3MA 1BGIA 4PPOA 5APFA 4HV1A 1F10A 1WQQA 2F2NA 1D0LA 1HEOA 1DQJC 2H5ZA 1IORA 1YQVY 4GN5C 1IP1A 4J0LA 1XFPL 5E4PA 3WVXA 2LHMA 4BAFA 1XSFA 5L9JA 2W1LA 3A6BY 1UIHA 1DXJA 2C8PA 2LZ2A 1B5YA 1UIDA 2CGIA 4GCEA 1FBIX 2BQNA 1GE2A 1GFUA 2YDGA 1BVXA 1JTPL 1FN5A 3WPLA 4HPIA 5FSTA 194LA 1LZYA 1XEIA 4PGJB 1IIZA 1CJ6A 1OUJA 3ZVQA 3P66A 3CT5A 1GFRA 1LSZA 1I20A 1DKKA 4NSJA 2YBIA 1FLWA 5B1GA 1AT5A 4RW2A 5C6IA 2H9JA 1UIGA 1DZBX 1EQEA 3TXDA 2ZQ4A 1REMA 1LPIA 2MEFA 3TXFA 5LYMA 3RT5X 1LMTA 1O23A 4HTQA 1KXYA 1B7MA 1CNSA 3M3UA 4A7DA 1QIOA 1W6ZA 208LA 4OOOA 3RZ4A 4ETEA 1LZGA 2BQJA 4YF2A 1TBYA 2ZILA 3P4ZA 4UWUA 1F6SA 1FDLY 1QUSA 3A8ZA 1GF5A 2H9KA 4OWBA 1GBOA 1LSDA 1SQ2L 4ETDA 5I4WA 154LA 1AT6A 1JSEA 4L41A 1A2YC 1GDWA 4WLDA 5KKIA 3D3DA 3CSRA 1FLQA 1F6RA 4NGLA 1YANA 2YBNA 2ZYPA 3QY4A 1LZDA 3WPKA 1HMKA 3WW5A 1DI5A 1I56A 4XJIA 1G7HC 5LAFA 1Z55A 1LYYA 3KAMA 4C5FA 1IC4Y 5I4XA 2XJWA 1UICA 1VATA 3LYOA 4N0JA 1NBYC 4G9SA 4QGZA 5KXOA 4HJYA 3RNXA 1LZSA 1IWUA 4CFPA 3GXKA 1DPXA 3LHMA 1LHLA 5DN5A 5HMVA 1XGPC 3AB6A 4N8ZA 4YM8A 1BB3A 4LGKA 3TXIA 1IP5A 4M4OA 1JISA 4H9HA 1GE1A 4HJVA 1YIKA 1HELA 2IHLA 4WM4A 2G4QA 2Z39A 4YEMA 1QSWA 3W6DA 3AW6A 1LSYA 3WYHA 2BLYA 4NSHA 2HEBA 4NG8A 1LSCA 1ALCA 5DM9A 4LYCA 1WQNA 3WPJA 1JEFA 4DWXA 1YKXX 4OOTA 1UC0A 2CDSA 4XJBA 1C43A 1IR8A 2W1YA 4XJFA 1BHZA 4DD3A 2Z37A 4LYMA 1LZBA 1T3PA 2BQIA 3AJNA 1LZNA 4DD2A 4WMGA 1H87A 1LJJA 1IP2A 5KY1A 4TTDA 1GFTA 3E3DA 1TAYA 1RJCB 4P2EA 4GLVA 1RCMA 4ANRA 4PRUA 2LZTA 1LHMA 4KXIA 1GPQC 1GE4A 1LJHA 4LT2A 5I54A 4DT3A 4O34A 2BQBA 2DQIY 3CSZA 4D9ZA 2I26L 1B2KA 4H9BA 1FLYA 1GBXA 1FLUA 1NF5A 4H94A 4NGIA 2BLXA 1A4VA 1KIRC 3AGGG 1J1XY 1UA6Y 1INUA 1GEVA 1ZVHL 5LAGA 3TXBA 4OWCA 4N1CC 4G4BA 3HFMY 3HBDA 4DDBA 3TXEA 3W6FA 4N9RA 1GF8A 1YAMA 1GD6A 1GEZA 1G7IC 1DPWA 1HHLA 4WM6A 1WQOA 1GFJA 5I53A 5EBHA 5F81A 5IDDA 6LYTA 2HECA 4XN6A 4ZFPA 2DQDY 2W1MA 1OUEA 5LVGA 2LYMA 4H8XA 2D91A 4DDAA 1GFKA 4YENA 3TXKA 5FEKA 2D6BA 3W6CA 1QQYA 2HEEA 1WQRA 1TEWA 5HQ1A 5C6LA 2VB1A 1LJFA 5KXPA 1WQMA 7LYZA 1GB7A 3WULA 8LYZA 4PHIA 1NHEA 4CJ2A 4OW1A 1GFGA 3ATNA 4NHTA 5APCA 3P68A 1IR9A 1SLYA 3G3AB 5ILCA 1LJIA 1DI4A 1JITA 4QDNA 1GB2A 4H93A 1YL0X 1UIBA 4OWHA 4DD1A 1LZCA 4II8A 1LHHA 1GFEA 1D6PA 4GCCA 1G7JC 4GLAA 1LZ6A 4XJGA 1BWIA 1CKDA 4CFOA 1JTOL 2YBMA 1QUTA 1LHKA 3AYQA 5L3IA 4AXTA 2HEFA 2I6ZA 3SP3A 3TMWA 3WUAA 4NGYA 4I8SA 4WM1A 4NEBA 1GB9A 3A67Y 1VDSA 3HBHA 1REYA 1WTNA 1NBZC 4RLNA 1EL1A 1GWDA 1IOTA 1LOZA 5LINA 3AZ6A 1CKFA 1GF7A 5LVKA 1NQIA 2BQMA 1GB6A 3BKHA 5HNCA 5LYTA 2Z2EA 1LZRA 1CKHA 3EBAB 4NWEA 2Z18A 1PS5A 5KXMA 1CKCA 1LYOA 3A6CY 4WM3A 4X3BA 5F14A 4H90A 5M1YA 5DLAA 3CT1A 1QDRA 5APEA 4KT3A 4HP0A 1CKGA 3W6BA 2MECA 1IVMA 2MEDA 4B0DA 1HEQA 1LZAA 5LVIA 3WUNA 2F4GA 1JIYA 2LYZA 2Z38A 3OK0A 2A7FA 4QEQA 4WL6A 1VDQA 1WTMA 1IP3A 3A3QA 1NMMA 2ZIKA 3A3RX 4KL7A 4WLYA 1GBYA 1D0MA 4NGVA 2HEDA 1J1OY 2GV0A 1IO5A 3D9AC 3EMSA 5C6JA 1AZFA 1LHJA 4J1AA 5HMJA 9LYZA 1LCNA 1B9OA 4ETCA 1B7RA 4QY9A 1HFXA 1G7LC 1GAYA 1LHIA 2D4IA 5KXNA 3W3EA 2RSCA 4B4IA 1LMAA 1LZEA 1B7PA 1IWZA 1BB4A 1IOQA 1LSFA 2D4KA 1B5UA 2BQGA 3T36A 5LVHA 4U3XB 1GF4A 1JJ3A 1JJ1A 5FDJA 1OUDA 1B5VA 2BAAA 2HU1A 4PJ2C 5DN4A 1WVUA 4RLMA 4CGEA 1JKDA 5LVJA 2PC2A 2LYOA 3MGWA 1GB5A 2FYCA 2G4PA 3WMKA 1IWXA 2NWDX 3AZ5A 3CSQA 1HSXA 1B5XA 2YBLA 4NGOA 1OUCA 2Z19A 4J7VA 1XGTC 3A34A 5F9XA 1IOSA 4NG1A 5B07A 5HLLA 1G7MC 3TMXA 4C3WA 1FKQA 3RU5A 4GCFA 1VDPA 1LJEA 2W1XA 3FE0A 5B59A 1BQLY 3IWRA 1BB5A 4LT3A 4NGZA 1GE0A 5LIOA 1UUZC 1YAPA 5T3FA 3WUMA 5LA8A 5K7OA 2DKVA 2HU3A 1LSGA 3LN2A 4DD9A 1JKAA 4UWVA 4YOPA 3EXDA 1B0DA 1B7LA 1GFVA 3QE8A 3A94A 4J1BA 4NIJA 2YBHA 1HEPA 3ULRA 1LKSA 4I0CA 5KXXA 1LZ8A 4RDSA 1LKRA 1BWJA 4ET8A 4MCKA 4XJHA 1YKYX 2DBTA 1B5WA 4WOAA 2DQFC 3A91A 4NGWA 2F30A 4MR1A 4DD0A 4H9EA 1V7SA 4H9FA 1OUFA 5FELA 3TXJA 1B7SA 1RE2A 1JUGA 1WQPA 3IJUA 4B1AA 1VEDA 1E8LA 1GBZA 1LZ5A 2D4JA 3LZ2A 4H1PA 1IP4A 1JJ0A 3J4GA 2MEIA 1GF9A 5KXSA 4M6DA 3TXHA 1LAAA 1LZTA 1JKCA 3OJPA 3GXRA 2HEAA 4YEOA 4WG1A 4HTNA 5J7CA 3P65A 1LSBA 1REZA 1TCYA 3N9EA 2MEAA 3B6LA 1NDGC 2BQKA 3LZTA 1OUIA 1P2CC 4NHIA 1IC5Y 5KXWA 1LSNA 1GB0A 1B7QA 2MEGA 1IWVA 5LA5A 3FI7A 4LT1A 1LSPA 2B5ZA 3F6ZA 1IY3A 4G4CA 3HBEX 1LMNA 1GB3A 3W6AA 3ZEKA 2BQLA 1QDTA 1F0WA 1XGQC 2FBBA 4DYGA 1QTEA 2BQCA 2FBDA 1DI3A 3QNGA 1RFPA 3WU7A 4NHQA 1LSAA 1LZ4A 1OUAA 2XBRA 3G3BB 5FHWA 153LA 1NDMC 1OUHA 3CQLA 1NWGA 2BPUA 5D5FA 3A96A 2MEEA 4HSFA 2AUBA 5B06A 3WVYA 135LA 1HNLA 4H9CA 1BB6A 5I5QA 1LJNA 1GF3A 1VDTA 4HV2A 4N5RA 5F9UA 4DC4A 4NWHA 4W94A 3AGIA 4WO6A 2EQLA 4G4HA 4ETBA 2BQAA 1UIAA 1W08A 2XTHA 4GN3A 4WL7A 4HPEA 4IJ4A 1D9UA 1AKIA 1UCOA 3IJVA 4LYBA 1EQ4A 4WLTA 4NSGA 4NGKA 2DQHY 207LA 3AZ7A 1GF6A 3TMUA 4H91A 1FKVA 1LMQA 1OUBA 3N9CA 1GFAA 1H6MA 5B05A 3B0KA 1CJ8A 4LFXA 1LJGA 4H8ZA 1RI8B 1HEWA 1GB8A 1IC7Y 4IASA 4TX7A 1XEKA 3WH1A 2Z2FA 2YSSC 2C8OA 3LYMA 2YBJA 3WU8A 1JSFA 1IWYA 1QTKA 4Z98A 4BS7A 4EMNA 1IY4A 1J1PY 4FJRA 4LZTA 1KIPC 5IHGA 1OQMA 3TXGA 4AGAA 133LA 1LMCA 5AMYA 4Z46A 4NY5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QB0B 1D2WA 2BQDA 3V2YA 2RB1X 4UWNA 1GHLA 3B72A 1GBSA 5FCPA 1NKHA 1LJ4A 4XENA 4DAJA 1D3JA 214LA 4DQ7A 4ET9A 1HMLA 3ZVQB 4NFVA 5B1FA 1UACY 1KXWA 4RW1A 134LA 3L64A 3ATOA 1GAZA 1HF4A 3TXKA 1GBWA 1GDXA 3OE8A 2Q0MX 1L36A 1WVVA 1REXA 1LJKA 257LA 253LA 3A90A 2WARA 172LA 1HEMA 5KXRA 1QT8A 2BQOA 1LTMA 2I25L 3P64A 1HERA 4R6CA 220LA 2DQCY 4GRVA 2EKSC 2HTXA 2RBNA 1OVJA 1L68A 1L11A 1XGRC 2B6TA 1L37A 1LSEA 4H92A 4LYZA 4BADA 4Z41A 252LA 1JHLA 1QSAA 2Z12A 1CUQA 1XJUA 1KXXA 2XBSA 2ZQ3A 1L00A 4PK0A 1LWKA 2DQAA 5LYZA 2X0AA 2FYDA 1YAQA 2IGCA 1D6QA 1JKBA 1P2RA 1JWRA 1LYJA 1NHBA 1ZVYB 201LA 3WXUA 4LYOA 1QT3A 1WQQA 2B74A 2H5ZA 1CU3A 4BAFA 190LA 2C8PA 1UIDA 230LA 1PQIA 1BVXA 1LZYA 1L05A 4LZMA 3ZVQA 3P66A 3CT5A 1GFRA 3G3XA 238LA 4RW2A 5C6IA 5LYMA 152LA 4HTQA 3M3UA 208LA 3RZ4A 2B70A 1F6SA 1GF5A 5I4WA 1GBOA 1AT6A 1JSEA 4L41A 1GDWA 3D3DA 138LA 1F6RA 4NGLA 2ZYPA 3WW5A 1QT7A 4XJIA 1G7HC 3SB8A 1L46A 1L45A 1VATA 4QGZA 5KXOA 4HJYA 3RNXA 226LA 219LA 4CFPA 1DPXA 4EKSA 1G0LA 5DN5A 1BB3A 2HUMA 4HJVA 1GE1A 1L74A 4WM4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MLC E;  1EQ5 A;  4GN4 A;  5IEL A;  4WG7 A;  4NGJ A;  1B5Z A;  4B4J A;  2BQD A;  5HNL A;  4KPM A;  3CB7 A;  4H9A A;  3VWO A;  1C08 C;  4UWN A;  1GHL A;  3B72 A;  1GBS A;  5LXW A;  5FCP A;  1IWT A;  1NKH A;  1LJ4 A;  1UIF A;  4XEN A;  4TSB A;  1HEN A;  2IFF Y;  3K3T A;  5KXY A;  4G49 A;  1LYS A;  1LZ9 A;  1MEL L;  4ET9 A;  1HML A;  1D0K A;  2MEB A;  1V7T A;  3ZVQ B;  4NFV A;  4XJD A;  1IP6 A;  1N4F A;  5B1F A;  4WO9 A;  4WM5 A;  2CJL A;  1UAC Y;  1ZV5 L;  5KXT A;  1BVK C;  1KXW A;  2DQJ Y;  4RW1 A;  134L A;  4EOF A;  1ZMY L;  1GAZ A;  3ATO A;  4GCD A;  4H8Y A;  2YVB A;  1HF4 A;  5APD A;  4ZIX A;  2CWI A;  1GBW A;  1GDX A;  1C10 A;  2G4N A;  1YIL A;  4TSC A;  2F4A A;  2Q0M X;  3BKV A;  1C46 A;  3A92 A;  2ZIJ A;  4E3U A;  2MEH A;  1WVV A;  4TUN A;  1CJ9 A;  1REX A;  3AGH A;  1LJK A;  2ZNX Y;  3A90 A;  4ETA A;  5KKJ A;  1JPO A;  1IOC A;  6LYZ A;  2WAR A;  1IR7 A;  4ZEE A;  4PRQ A;  1HEM A;  1HFY A;  2DQE Y;  5KXR A;  1LMO A;  4IAT A;  3RW8 A;  1IEE A;  2A7D A;  1DKJ A;  3WL2 A;  4H9I A;  2ZYC A; 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 3B6L A;  1NDG C;  2BQK A;  3LZT A;  1OUI A;  1P2C C;  4NHI A;  1IC5 Y;  5KXW A;  1LSN A;  1GB0 A;  1B7Q A;  2MEG A;  1IWV A;  5LA5 A;  3FI7 A;  4LT1 A;  1LSP A;  2B5Z A;  3F6Z A;  1IY3 A;  4G4C A;  3HBE X;  1LMN A;  1GB3 A;  3W6A A;  3ZEK A;  2BQL A;  1QDT A;  1F0W A;  1XGQ C;  2FBB A;  4DYG A;  1QTE A;  2BQC A;  2FBD A;  1DI3 A;  3QNG A;  1RFP A;  3WU7 A;  4NHQ A;  1LSA A;  1LZ4 A;  1OUA A;  2XBR A;  3G3B B;  5FHW A;  153L A;  1NDM C;  1OUH A;  3CQL A;  1NWG A;  2BPU A;  5D5F A;  3A96 A;  2MEE A;  4HSF A;  2AUB A;  5B06 A;  3WVY A;  135L A;  1HNL A;  4H9C A;  1BB6 A;  5I5Q A;  1LJN A;  1GF3 A;  1VDT A;  4HV2 A;  4N5R A;  5F9U A;  4DC4 A;  4NWH A;  4W94 A;  3AGI A;  4WO6 A;  2EQL A;  4G4H A;  4ETB A;  2BQA A;  1UIA A;  1W08 A;  2XTH A;  4GN3 A;  4WL7 A;  4HPE A;  4IJ4 A;  1D9U A;  1AKI A;  1UCO A;  3IJV A;  4LYB A;  1EQ4 A;  4WLT A;  4NSG A;  4NGK A;  2DQH Y;  207L A;  3AZ7 A;  1GF6 A;  3TMU A;  4H91 A;  1FKV A;  1LMQ A;  1OUB A;  3N9C A;  1GFA A;  1H6M A;  5B05 A;  3B0K A;  1CJ8 A;  4LFX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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