4AQN | Genus

Total Genus 119

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	119
sequence length	345
structure length	340
Chain Sequence	VPAFLFSGSTLSSYRPNITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVTFGSGVDLGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFSDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLLK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__735233289681211__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__735233289681211__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4AQN/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__735233289681211__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"735233289681211","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4AQN/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__735233289681211__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d03871d9124529dc5a24c6c/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d03871d9124529dc5a24c6c/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d03871d9124529dc5a24c6c/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d03871d9124529dc5a24c6c/pdb.gz): 448 ms

reading 340 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

340 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:339});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Toxin
source organism	Yersinia pestis
publication title	Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PESTICIN
total genus	119
structure length	340
sequence length	345
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2012-04-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF16754	Pesticin	Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.40	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	4aqnA02

159LA 1L86A 3SN6R 1C6LA 111LA 4OO9A 3L64A 4I7RA 1C65A 156LA 1L81A 1DYGA 4GRVA 152LA 1L53A 4ARJA 1L32A 1ZWNA 1CV1A 2LCBA 1DYDA 1L95A 1L75A 2OU0X 1T6HA 1CUQA 1G1WA 3GUPA 1C6IA 177LA 130LA 1C6CA 1L90A 1QUOA 2QB0B 3C81A 1G0KA 3HUQA 3L2XA 235LA 3NY8A 3DN2A 1L16A 3VW7A 4DKLA 1G07A 4E97A 1DYBA 1C6HA 2RAYX 1I6SA 2OU9A 4LDLA 1L21A 2LZMA 198LA 185LA 1C61A 1P64A 2RAZX 1G0MA 4EXMA 255LA 3GULA 140LA 1L63A 3HU9A 1CX6A 1CV3A 3DN6A 4EPIA 147LA 1L66A 1QTHA 231LA 2LC9A 223LA 1L42A 1T8GA 1L50A 1C6JA 142LA 163LA 3RZEA 175LA 1P5CA 3PDSA 1L96A 6LZMA 2NTHA 1C6AA 1CU3A 138LA 1L57A 3DN0A 1L09A 1L62A 169LA 178LA 146LA 187LA 225LA 1L46A 2A4TA 137LA 4ARQA 1L76A 1D2YA 1SSYA 4IAPA 4YXCA 2RB0X 1LYJA 1CU6A 190LA 3HH5A 1LWKA 1QT4A 2O7AA 1L69A 2RB1X 3OE8A 1C63A 1QS5A 2RH1A 2ANVA 1CUPA 3DN8A 141LA 4ARQB 123LA 4W58A 155LA 4GBRB 3GUNA 243LA 1XJUA 2B7XA 1G0JA 1D3NA 1L45A 3HTFA 244LA 247LA 1D3JA 1C6BA 1LGUA 1SX7A 3ODUA 7LZMA 3DN1A 1P2LA 1L44A 122LA 1C6DA 170LA 1OV7A 2L78A 1G0GA 2HULA 2RBQA 1L55A 262LA 1QT5A 1L82A 1L41A 3HU8A 1PQJA 1C6EA 189LA 229LA 200LA 1L67A 3C8RA 4EKQA 2B72A 3C8QA 1L59A 1QT7A 3HTGA 125LA 2B6XA 1L12A 210LA 2Z6BA 1CTWA 3DNAA 1DYAA 3JR6A 1L52A 151LA 3SBBC 1QTCA 3HT8A 5LZMA 1L99A 1PQDA 2B6ZA 2RBOA 1C6GA 1QT8A 3CDQA 1CU5A 1L10A 2B6YA 4DJHA 3F8VA 1L19A 1C60A 1LI6A 1L43A 3SB8A 2B73A 3HUAA 1L15A 102LA 1OWYA 1L13A 213LA 2RBRA 1L27A 201LA 3V2WA 1L92A 188LA 1L0KA 1L94A 112LA 1C6KA 1L38A 157LA 1L73A 4I7PA 4W57A 4I7OA 4ARMA 2OTYX 4I7NA 4I7KA 1L35A 1QUHA 239LA 1C6QA 3K2RA 1L07A 1L58A 183LA 1L80A 3HTDA 242LA 245LA 1P6YA 1G06A 4ARMB 1LYFA 217LA 128LA 224LA 165LA 120LA 1CV5A 1XEPA 3GUJA 1CV6A 3GUIA 2HUKA 3GUOA 209LA 3NY9A 2B6TA 2Q9DA 126LA 1L48A 162LA 1LWGA 2F32A 1ZYTA 1L51A 192LA 1L89A 2RBSA 212LA 1LPYA 1PQIA 4LDOA 1L68A 252LA 1LYHA 2IGCA 259LA 3HUKA 211LA 3CDRA 3DMVA 1L37A 1NHBA 1L31A 3C7WA 1D2WA 173LA 1QUDA 4S0WA 216LA 1B6IA 3SB6A 1LYGA 1T8FA 1L79A 3HH4A 150LA 4W59A 1C6PA 1L39A 3HT9A 176LA 1PQOA 1QT3A 114LA 1L83A 196LA 143LA 129LA 1L04A 1L60A 1SWYA 248LA 1L22A 4I7SA 1L49A 256LA 119LA 1L24A 1LYDA 1QT6A 1P7SA 1L84A 234LA 1C62A 4I7QA 4EJ4A 1JTMA 1QTZA 1K28A 160LA 1D3MA 103LA 1L98A 1L26A 1KY1A 2RBNA 1L00A 148LE 3CDTA 1L36A 1L47A 113LA 1LLHA 4W56A 4ARPA 1L03A 250LA 1PQKA 246LA 3SB7A 241LA 227LA 1WTHA 1KNIA 4EKPA 1CV4A 4ARLA 107LA 3F9LA 2OEAX 1P2RA 1C67A 1QSQA 4YX7C 180LA 4EKSA 254LA 1L14A 214LA 145LA 2ANXA 1OV5A 4I7TA 3CDVA 232LA 1CU2A 258LA 172LA 144LA 4LZMA 5I14A 3HWLA 108LA 161LA 110LA 1L77A 4DAJA 4W53A 1QTDA 115LA 3C7ZA 3HT6A 3HH6A 1D9WA 1SX2A 3OE6A 174LA 3DKEX 1DYFA 118LA 2OE9X 3DN3A 215LA 3NYAA 184LA 3C7YA 1L33A 4AQNA 1L02A 3HH3A 237LA 1L97A 127LA 1P36A 221LA 1L06A 1L74A 218LA 2OTZX 4PK0A 1P3NA 2CUUA 3SB9A 1OVJA 3HDFA 1P46A 3G3WA 230LA 253LA 2O4WA 1L34A 1L30A 228LA 1L93A 1LYIA 3OE0A 3PBLA 104LA 2RB2X 1OYUA 4LDEA 166LA 1L56A 240LA 3HT7A 1CX7A 131LA 1QS9A 4W52A 1G1VA 1SWZA 1P56A 220LA 191LA 1CVKA 1L70A 158LA 1L23A 4W54A 171LA 4I7LA 199LA 3SB5A 3V2YA 1LGXA 3FI5A 2B75A 1L61A 3C82A 233LA 1CU0A 1JTNA 4K5YA 3C8SA 236LA 4YXAC 197LA 1LGWA 1L28A 2B74A 168LA 1C64A 1TLAA 3CDOA 1L11A 1OVKA 1T97A 1L40A 1G0PA 1L25A 1L65A 1L18A 260LA 1PQMA 186LA 2F2QA 1L01A 1L08A 1L20A 1KW7A 1C6NA 1QTBA 2HUMA 1C6TA 1DYCA 1L72A 1C6FA 3HDEA 1KW5A 1C69A 1QTVA 3DMXA 195LA 1L17A 1ZURA 4EKRA 2OU8A 4W51A 3UONA 1L88A 164LA 2B70A 1C68A 3G3VA 3SBAA 1G0QA 219LA 1L29A 3HTBA 1C66A 149LA 1QSBA 3FA0A 1D3FA 4ZPUA 1L64A 3C80A 2OE4X 181LA 226LA 3LZMA 205LA 206LA 3GUMA 4I7JA 1JQUA 1C6MA 2F47A 1LI3A 1P37A 3QAKA 3OE9A 1LW9A 257LA 3EMLA 139LA 251LA 1L71A 1DYEA 1G0LA 1L05A 167LA 1L91A 1OVHA 1L85A 1SSWA 249LA 261LA 4PJZA 1LI2A 3C83A 3GUKA 4EPFA 1OWZA 3RUNA 4I7MA 1L54A 1LYEA 238LA 2RBPA 1XJTA 2OE7X 3DMZA 1L87A 1EPYA 182LA 3D4SA 222LA 2NTGA 109LA 1CV0A 3G3XA 2QARC 1KS3A 1KY0A 4W55A 1L0JA 3FADA 2Q9EA 1T8AA 2B6WA 2O79A 1QUGA 3DN4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

159LA 1IC4Y 1LMPA 3SN6R 1UBZA 4OO9A 156LA 1L81A 1DYGA 5APCA 1JSEA 2BQIA 3F6ZA 4HPEA 4YEMA 2BQJA 3LZ2A 1A4VA 1G1WA 1WQPA 3GUPA 4KPMA 2QB0B 3C81A 1B7SA 1G0KA 3L2XA 4XJHA 1NBYC 2RSCA 3DN2A 4DKLA 1G07A 5F9XA 1GAYA 3CT5A 1I6SA 1JWRA 2RAZX 1LHJA 1G0MA 1JUGA 5F14A 2HEFA 1H87A 3DN6A 147LA 4ZIXA 4NGYA 2Z2FA 3EXDA 1L42A 1T8GA 4NWHA 1L50A 4B49A 3RZEA 3LZTA 1P5CA 2YBHA 1L96A 1C6AA 2YVBA 4RLMA 3DN0A 1L62A 178LA 5LVKA 4R0FA 3CQLA 1L46A 2A4TA 137LA 5E4PA 1HNLA 2BPUA 190LA 2O7AA 3OE8A 1JJ1A 1DQJC 1JKCA 1C63A 4IASA 3AW6A 2RH1A 3B6LA 3GXRA 1OUHA 3MGWA 2CJLA 123LA 1G7LC 3GUNA 1XJUA 2B7XA 1G0JA 2DQIY 247LA 1SX7A 1P2LA 122LA 1LSMA 170LA 1AM7A 1G0GA 2HULA 262LA 2HEAA 1QT5A 2W1LA 4H94A 1PQJA 1F6SA 4OOTA 1IOQA 1LMNA 3C8RA 1W08A 2F4GA 1L59A 4B1AA 1NQIA 1XEKA 4TSCA 1LJ4A 4HJYA 1IC5Y 3AYQA 1H6MA 4DQJA 2DQEY 2X0AA 1VAUA 154LA 1IEEA 3HBHA 2B5ZA 2B6YA 1F6RA 3F8VA 1L19A 1LI6A 1L43A 2LYOA 4M4OA 1OWYA 3LN2A 4NFVA 1HMLA 1NWGA 4G4CA 1L0KA 3TXFA 1GE0A 4WM3A 157LA 3A91A 3QY4A 4I7PA 3AGGG 4ARMA 1IWZA 1NHEA 4I7NA 2AUBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 159L A;  1IC4 Y;  1LMP A;  3SN6 R;  1UBZ A;  4OO9 A;  156L A;  1L81 A;  1DYG A;  5APC A;  1JSE A;  2BQI A;  3F6Z A;  4HPE A;  4YEM A;  2BQJ A;  3LZ2 A;  1A4V A;  1G1W A;  1WQP A;  3GUP A;  4KPM A;  2QB0 B;  3C81 A;  1B7S A;  1G0K A;  3L2X A;  4XJH A;  1NBY C;  2RSC A;  3DN2 A;  4DKL A;  1G07 A;  5F9X A;  1GAY A;  3CT5 A;  1I6S A;  1JWR A;  2RAZ X;  1LHJ A;  1G0M A;  1JUG A;  5F14 A;  2HEF A;  1H87 A;  3DN6 A;  147L A;  4ZIX A;  4NGY A;  2Z2F A;  3EXD A;  1L42 A;  1T8G A;  4NWH A;  1L50 A;  4B49 A;  3RZE A;  3LZT A;  1P5C A;  2YBH A;  1L96 A;  1C6A A;  2YVB A;  4RLM A;  3DN0 A;  1L62 A;  178L A;  5LVK A;  4R0F A;  3CQL A;  1L46 A;  2A4T A;  137L A;  5E4P A;  1HNL A;  2BPU A;  190L A;  2O7A A;  3OE8 A;  1JJ1 A;  1DQJ C;  1JKC A;  1C63 A;  4IAS A;  3AW6 A;  2RH1 A;  3B6L A;  3GXR A;  1OUH A;  3MGW A;  2CJL A;  123L A;  1G7L C;  3GUN A;  1XJU A;  2B7X A;  1G0J A;  2DQI Y;  247L A;  1SX7 A;  1P2L A;  122L A;  1LSM A;  170L A;  1AM7 A;  1G0G A;  2HUL A;  262L A;  2HEA A;  1QT5 A;  2W1L A;  4H94 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4AQNA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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