4AQNA

Crystal structure of pesticin from y. pestis
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
345
structure length
340
Chain Sequence
VPAFLFSGSTLSSYRPNITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVTFGSGVDLGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFSDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Toxin
source organism Yersinia pestis
publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PESTICIN
total genus 119
structure length 340
sequence length 345
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4aqnA02
1DYFA 1QTHA 2OTZX 1L55A 4ARPA 1D3NA 1L81A 189LA 3HH3A 1I6SA 1L69A 3HTFA 1K28A 4I7MA 3CDOA 1C6JA 1C6MA 1DYGA 1L40A 1OVHA 159LA 1CV6A 4EKRA 1G0LA 1QTVA 4EXMA 1L32A 1L10A 1PQDA 3HT9A 1QTZA 2IGCA 1OWZA 4DJHA 1P3NA 4EPFA 1QTDA 1D2WA 1L60A 216LA 3D4SA 109LA 131LA 1C6KA 1OVJA 1KW5A 3FA0A 170LA 1L06A 1LGUA 1QT5A 4W54A 4I7NA 1NHBA 217LA 1L89A 164LA 3FI5A 1C67A 183LA 1L15A 1L59A 2B6TA 104LA 1QT3A 258LA 2OU8A 3HDEA 176LA 7LZMA 1C63A 1L19A 252LA 3ODUA 1L67A 157LA 1L80A 1L93A 1L09A 1L35A 1C6TA 1OYUA 1DYDA 1L52A 260LA 1C6HA 2O4WA 1C6GA 1C6PA 1P64A 2RBSA 4LDEA 1QT8A 1DYCA 1CVKA 244LA 1L47A 1L98A 1QT4A 1L50A 1L49A 2B74A 3RZEA 221LA 235LA 3C7WA 1C61A 147LA 1P6YA 1L91A 1QTBA 4GBRB 1L23A 234LA 2A4TA 2B7XA 4I7LA 162LA 3SB6A 1C6DA 181LA 3SN6R 167LA 253LA 3HTBA 1WTHA 2OE4X 1L70A 3L2XA 1QTCA 1C65A 1ZURA 192LA 1L56A 1C6FA 3C8SA 1P2RA 107LA 218LA 155LA 2RAYX 3CDVA 1T97A 2B75A 3DN3A 2RB2X 226LA 3DN2A 1D9WA 4ARMA 150LA 3HU9A 3HT7A 125LA 5LZMA 119LA 1L00A 1L43A 1D3JA 2RBOA 1C6BA 2RB1X 1L22A 190LA 1CUQA 250LA 1C62A 1PQJA 1L74A 211LA 1D2YA 2L78A 1OVKA 4YXCA 3EMLA 4LZMA 2HUKA 1LI3A 1LWGA 1C68A 1L99A 4I7TA 6LZMA 165LA 1JQUA 1L29A 127LA 201LA 2OE7X 1L83A 1JTNA 184LA 2QB0B 2O79A 213LA 1C6NA 1L51A 1QUHA 141LA 2RH1A 257LA 3HDFA 1CU5A 1L42A 173LA 2B6XA 3HH5A 3C7YA 1L96A 4I7OA 1LPYA 1P2LA 1L76A 1L11A 2F32A 4ZPUA 2OE9X 200LA 161LA 1SSWA 3DMXA 152LA 2QARC 1P7SA 4GRVA 1QSBA 4I7QA 128LA 4EJ4A 1LYDA 1SWYA 1LYFA 227LA 130LA 1G0KA 3G3WA 138LA 160LA 1PQKA 3HH6A 1PQOA 259LA 3GUOA 3NY8A 3DN8A 1LYGA 1C66A 215LA 1G07A 4AQNA 1PQIA 1L48A 1CV0A 1L31A 1L85A 149LA 255LA 197LA 1XJTA 1L97A 172LA 1L33A 122LA 4W51A 1L25A 1C60A 1G0JA 1SSYA 1G06A 1L12A 1T8FA 1L05A 1L37A 2RBRA 191LA 3LZMA 1L39A 3HUKA 4ARQB 1TLAA 3HUQA 1C64A 4PJZA 3SB8A 1B6IA 163LA 3C82A 1L73A 1L13A 2B72A 1L18A 140LA 1L84A 4K5YA 205LA 1C6IA 1L04A 198LA 1CTWA 3CDQA 2ANXA 3C8QA 3UONA 1SWZA 4ARMB 1XJUA 4ARQA 3C80A 3L64A 123LA 1L53A 5I14A 1QT6A 4LDOA 1QUDA 111LA 2Q9EA 3C83A 3FADA 1L65A 1L54A 1T6HA 4W55A 3V2WA 3GUNA 2OU0X 4I7SA 220LA 1L57A 3HU8A 169LA 1G0QA 3HTGA 3GUIA 1L41A 1L21A 139LA 1LYHA 247LA 2F47A 185LA 1CU3A 3HTDA 214LA 1L08A 4E97A 231LA 144LA 240LA 2HUMA 1CV1A 1L34A 1L16A 4I7PA 2OTYX 1JTMA 113LA 1L38A 1L45A 3SB5A 3C8RA 238LA 1CV5A 256LA 2OEAX 112LA 1L46A 156LA 3F8VA 4ARJA 2RBNA 3PBLA 3DN6A 1L72A 1L61A 219LA 245LA 1KY0A 1L79A 1L17A 196LA 1LW9A 1L14A 2NTGA 1LI6A 1CX7A 1L27A 242LA 145LA 4W59A 262LA 1C6QA 1PQMA 3VW7A 2B73A 236LA 3SB7A 4S0WA 1P46A 1QUGA 4EKQA 3CDRA 3PDSA 1G0GA 1L68A 195LA 3G3VA 2RBQA 2B6ZA 168LA 1L03A 177LA 4YX7C 206LA 1C6EA 4W53A 3CDTA 1C6AA 148LE 3C7ZA 1L95A 3GUKA 3G3XA 178LA 4W56A 1SX7A 142LA 1LYJA 233LA 2B6YA 1L94A 1QT7A 249LA 3NY9A 1CU2A 3SBAA 1CU0A 1L87A 2Q9DA 1P36A 251LA 1LWKA 254LA 1LYIA 1L0KA 1CV3A 4EPIA 108LA 4I7KA 1L86A 1LGWA 2RAZX 2LCBA 1L77A 1L64A 182LA 1G1VA 212LA 2B6WA 2B70A 232LA 3HT6A 1L88A 166LA 1QS5A 2Z6BA 143LA 239LA 118LA 1LLHA 1XEPA 3OE9A 1SX2A 1L28A 3JR6A 1EPYA 209LA 2LZMA 1L0JA 3OE0A 110LA 2O7AA 174LA 4W52A 4I7RA 1LI2A 120LA 1L44A 1L62A 1C6LA 237LA 3GUMA 2OU9A 171LA 222LA 158LA 1L36A 1OWYA 1L30A 1L92A 243LA 1P56A 224LA 1QUOA 2RB0X 1L20A 1L82A 3DMVA 1D3FA 180LA 1L71A 1KS3A 246LA 2CUUA 4W57A 3HT8A 1L02A 1P5CA 210LA 103LA 1LGXA 229LA 3GULA 1CU6A 230LA 1L63A 3GUPA 3DN0A 1DYBA 114LA 3NYAA 1L24A 3RUNA 228LA 3DKEX 1G0MA 4PK0A 3SB9A 1C6CA 1L26A 223LA 4DAJA 1T8AA 137LA 3DN1A 4YXAC 151LA 1CUPA 3SBBC 146LA 1ZWNA 4OO9A 3K2RA 1D3MA 1KNIA 1L90A 3OE8A 3HH4A 199LA 1L66A 225LA 3OE6A 4W58A 4ARLA 2RBPA 1L58A 4I7JA 1LYEA 3DMZA 1KY1A 1OV5A 102LA 1KW7A 175LA 1DYEA 188LA 1G1WA 3HUAA 1T8GA 1L75A 1DYAA 186LA 3DN4A 4EKPA 1QSQA 3F9LA 3DNAA 2HULA 1L07A 1L01A 241LA 1CV4A 3HWLA 261LA 4EKSA 2ANVA 115LA 1QS9A 1OV7A 187LA 126LA 4LDLA 1C69A 4IAPA 1P37A 2F2QA 4DKLA 129LA 1G0PA 3GUJA 3QAKA 2LC9A 3C81A 1ZYTA 2NTHA 3V2YA 248LA 1CX6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DYFA 1HMKA 3G3BB 1IC7Y 4NHSA 2BPUA 1C6JA 4WM1A 1BHZA 1DYGA 159LA 4R6CA 1QUTA 1P2CC 5LA8A 1LJEA 1QTZA 4EPFA 4NGVA 5KXNA 1L60A 3B0KA 109LA 1JKAA 1OVJA 1LGUA 1QT5A 3EMSA 1NHBA 3FI5A 3F6ZA 4DD1A 3HDEA 4DD3A 176LA 5FSTA 1I1ZA 1L19A 3ODUA 1L67A 1UCOA 1GFEA 4NHPA 1L52A 4EMNA 4LT2A 1LYYA 1GB7A 2O4WA 4KPMA 2RBSA 3OK0A 1KXWA 4LT1A 1LJ3A 4ETEA 1L98A 1L50A 3RZEA 235LA 2HEBA 3C7WA 1C61A 147LA 1OUBA 1P6YA 2ZQ4A 4IATA 1L23A 1CKGA 2A4TA 4I7LA 2H5ZA 3ATNA 1HSWA 8LYZA 1C6DA 181LA 1IEEA 1JUGA 5FCPA 3SN6R 253LA 2OE4X 1GB0A 3L2XA 1GEZA 2XTHA 4M6DA 3W6AA 2RAYX 3CDVA 5B07A 226LA 1B5UA 3DN2A 1B0DA 1F0WA 150LA 2MEAA 2RBOA 1WQNA 1LJFA 2XQOA 2L78A 1GFJA 4LZMA 1LWGA 208LA 4DDBA 1SQ2L 1WQMA 1L29A 127LA 4WLXA 1WQPA 1CKDA 3EXDA 1XGRC 1GB5A 3GXKA 4WM2A 213LA 1TEWA 1RI8B 2BQOA 1LZ4A 5DM9A 5T3FA 4H9AA 3WPKA 2G4PA 1IP3A 1WQQA 1LYOA 153LA 1IY3A 4N1CC 1B7PA 1NBYC 3WW6A 5HMJA 2ZYCA 4GRVA 5IHGA 1OUIA 1QSBA 2C8PA 1OUDA 1UA6Y 5F16A 1B7QA 1LPIA 4B4IA 3G3WA 5D5CA 3HH6A 3T6UA 3DN8A 3WUNA 1G07A 4HJZA 1CV0A 1L31A 5LXWA 1QTEA 1LTMA 172LA 2DQIY 5IDDA 3TXKA 1L12A 2NWDX 4H9IA 1LJNA 5FEKA 191LA 3CB7A 1YIKA 1TLAA 3HUQA 3EBAB 5KXZA 1DI3A 1L73A 1L13A 4K5YA 4DC4A 1C6IA 1L04A 1B2KA 4H92A 4OWEA 198LA 2IHLA 2DQEY 2ANXA 1DPWA 1FLUA 3C8QA 4PPOA 7LYZA 3C80A 3P4ZA 1HEPA 1L53A 5I14A 1GFRA 1YAQA 111LA 2YBJA 5B59A 1CJ9A 3FADA 1TBYA 1CKHA 4W55A 1PS5A 5DL9A 2DQHY 4J1BA 1UBZA 4DDAA 3P65A 4B49A 139LA 4HPEA 214LA 1L08A 240LA 1L16A 3FI7A 1UIEA 1GAZA 5KXTA 4H9CA 1IWZA 2EIZC 1G7MC 4WM6A 3QNGA 5C6IA 1CV5A 3F8VA 2RBNA 3DN6A 1L72A 4Z3MA 1L79A 5LA5A 1RJCB 4NWEA 2H9JA 2G4NA 2HU1A 1LSGA 3WPJA 4W59A 4OOOA 3VW7A 2DQGY 3SB7A 4S0WA 5KXWA 3MGWA 4W53A 3HBHA 178LA 1YL0X 1D6QA 4W56A 1CKCA 4BAPA 1CU2A 1L87A 2Q9DA 5KXXA 2BQFA 2HU3A 4DQJA 4I7KA 3B0IA 1L64A 182LA 212LA 2YBLA 3HFMY 1F6RA 4G9SA 2Z6BA 1VDSA 239LA 118LA 1LLHA 1SX2A 3TXGA 1L28A 1GE0A 4PHIA 1JJ0A 1YAPA 2LZMA 3OE0A 5KXKA 3A3QA 120LA 2LYOA 237LA 4N5RA 2OU9A 222LA 4G4BA 1L30A 1B5VA 2MEIA 1AKIA 2YBHA 1L20A 1DKJA 1T3PA 2BQHA 1BVXA 1D3FA 3LYZA 246LA 1REZA 2BQKA 5APCA 1GHLA 3HT8A 3P64A 3SP3A 1OUHA 2Z37A 103LA 1LGXA 4QDNA 4H93A 1CU6A 114LA 3NYAA 1IORA 4L41A 4XN6A 4YXAC 2I6ZA 1LJIA 1ZWNA 4OO9A 5L3IA 2PC2A 3N9CA 1D6PA 4LFPA 4NHQA 1HENA 1LYEA 3A6BY 1OV5A 1C45A 1KW7A 3AZ7A 1G1WA 3HUAA 4EKPA 4XJGA 4XJHA 1UIFA 1WVVA 1B7LA 241LA 3HWLA 261LA 4EKSA 5I4WA 1IP2A 4B4JA 4ETDA 1MELL 1WTMA 3N9EA 187LA 1GE4A 4GCBA 1C69A 2VB1A 4IAPA 3TXHA 4DKLA 5B1FA 1C43A 1G0PA 1BB4A 2LC9A 5KXPA 4NIJA 5LYTA 1QTHA 1D3NA 3W3EA 3HH3A 1W08A 3CDOA 1LSZA 1L40A 1LSBA 1CV6A 2FBBA 3TMUA 1L32A 207LA 1PQDA 3P68A 3HT9A 1LHMA 2HUBA 2IGCA 4DJHA 2Z19A 2BAAA 1QTDA 1CKFA 1GB2A 216LA 4HJVA 1C6KA 170LA 2BQLA 4I7NA 217LA 1L15A 194LA 1L59A 2OU8A 1LSAA 4OW1A 1IOCA 1C63A 1QTKA 4J0LA 1C7PA 1L80A 4NSJA 4NG1A 1L35A 1C6TA 1DYDA 1GF7A 1VEDA 1C6HA 1C6GA 2Y8PA 3AYQA 1P64A 1GD6A 1DYCA 1LZEA 1G7JC 1L47A 1QT4A 2ZILA 221LA 3WH1A 5JENB 4WO9A 1L91A 2FYCA 1QIOA 1LZCA 234LA 2XBRA 1GBXA 1OP9B 4H9HA 3EO5A 4DQ5A 1ZURA 4ZEEA 1L56A 1C6FA 3C8SA 1HHLA 5F81A 1T97A 2BLYA 4WMGA 1W6ZA 1LSMA 4LYCA 5J7CA 3IWRA 3GXRA 3HT7A 1GFVA 5DN4A 1D3JA 1C6BA 2RB1X 1JTPL 1OVKA 3EMLA 1JJ1A 1OUFA 1JKBA 4RDSA 1XGUC 6LZMA 1EQ5A 4ZFPA 201LA 1J1OY 1HELA 2BQIA 4C3WA 5ILCA 3G3AB 3A34A 184LA 1ZMYL 5DN5A 1L51A 1QUHA 4B0DA 1EQEA 141LA 4NFVA 3WULA 2HTXA 4XJBA 4LYBA 3AZ5A 1LZ9A 2B6XA 1L96A 4OOTA 1L11A 2F32A 2YVBA 1HEOA 161LA 1SSWA 1LSFA 1OUGA 1P7SA 2N5ZA 4WLYA 4I7QA 128LA 1IP7A 1LYDA 1LYFA 138LA 1C08C 1PQKA 4YENA 3GUOA 3NY8A 3WUMA 1C66A 4BAFA 4PRUA 1FDLY 5LAGA 2EKSC 4AQNA 4FDYA 1QSWA 4H90A 1V7TA 4MCKA 3WYHA 4H1PA 1IC4Y 3TXBA 2RSCA 1NMMA 1LMTA 3LYOA 1L25A 1G0JA 1SSYA 2H9KA 1G06A 4NGOA 3VWOA 1L05A 2Z38A 1IY4A 1G7HC 4DDCA 3HUKA 4GN5C 4ML7A 4ARQB 1HF4A 1IOQA 3SB8A 163LA 134LA 205LA 1GFKA 154LA 2ZNWY 4J1AA 4NG8A 3ULRA 4ZIXA 5KXOA 4W96A 1XGTC 1QT6A 2DKVA 3T36A 1QUDA 1GF4A 2Q9EA 1LSCA 1DI4A 1LMCA 2XBSA 3D9AC 1HMLA 3WXUA 4I7SA 2MEGA 1LZAA 1L57A 1G0QA 3HTGA 5L9JA 4NGKA 1L41A 1GF6A 1BB6A 3HTDA 231LA 4N1EI 144LA 4HSFA 2HUMA 1CV1A 1HEWA 1LKSA 1OUJA 2OTYX 4H9FA 4WM3A 1JTMA 113LA 1L45A 1DPXA 1TDYA 4XJDA 1EL1A 256LA 4LT3A 5KXSA 4H8ZA 112LA 1L46A 3PBLA 3A92A 245LA 1L17A 1LW9A 2D4IA 2BQDA 4NGIA 145LA 1OUAA 1D0LA 3AGGG 2W1MA 1BWJA 4CFOA 3PDSA 1G0GA 1L68A 3TXIA 4DT3A 168LA 4YX7C 1C6EA 4H9BA 3TXEA 148LE 2Z18A 5IELA 1DI5A 2F30A 1LYJA 4LYTA 1IC5Y 4NSHA 1QT7A 4P2EA 5LYZA 251LA 1O23A 3ATOA 4KL7A 1GXV2 1CV3A 2DQAA 3RT5X 4EPIA 2F4GA 1QUSA 1G1VA 1EQ4A 1UIGA 1ZVYB 166LA 1LZRA 3IJVA 2CWIA 3N9AA 1WTNA 1B5XA 3OE9A 1LKRA 1HFXA 3JR6A 1EPYA 4E3UA 1L0JA 110LA 174LA 4W52A 4I7RA 1LI2A 1JEFA 3BKHA 3GUMA 1N4FA 2BQNA 1B7RA 4LYOA 5FHWA 5EBHA 4DQ7A 1LSEA 1P56A 224LA 1VFBC 1QUOA 4R0FA 3DMVA 1D0MA 1NF5A 1AT6A 4U3XB 1L71A 2MEEA 2CUUA 5HQ1A 1HNLA 2ZWBA 4Z98A 6LYZA 3GULA 230LA 1L63A 1LZ8A 3AW7A 1IO5A 3DKEX 1G0MA 1LYZA 4PK0A 3SB9A 1XGQC 137LA 3WPLA 1T6VL 1D3MA 1BQLY 3AZ4A 3CSZA 3HH4A 1L66A 1GF3A 3OE6A 4ARLA 5I5QA 4I7JA 4GN4A 3A91A 3DMZA 4KT3A 102LA 175LA 2LYMA 188LA 1KIQC 1L75A 1DYAA 186LA 2BQMA 2MECA 1KIPC 2FBDA 1JKCA 2EPEA 115LA 1OV7A 3WUAA 2CGIA 5B1GA 1E8LA 1JKDA 4OWBA 2F2QA 4WG7A 129LA 3WU7A 3QAKA 1IP5A 1JPOA 2MEHA 3V2YA 1AT5A 248LA 2F4AA 1JWRA 1CX6A 1BVKC 4N8ZA 1LMPA 4UWUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1DYF A;  1HMK A;  3G3B B;  1IC7 Y;  4NHS A;  2BPU A;  1C6J A;  4WM1 A;  1BHZ A;  1DYG A;  159L A;  4R6C A;  1QUT A;  1P2C C;  5LA8 A;  1LJE A;  1QTZ A;  4EPF A;  4NGV A;  5KXN A;  1L60 A;  3B0K A;  109L A;  1JKA A;  1OVJ A;  1LGU A;  1QT5 A;  3EMS A;  1NHB A;  3FI5 A;  3F6Z A;  4DD1 A;  3HDE A;  4DD3 A;  176L A;  5FST A;  1I1Z A;  1L19 A;  3ODU A;  1L67 A;  1UCO A;  1GFE A;  4NHP A;  1L52 A;  4EMN A;  4LT2 A;  1LYY A;  1GB7 A;  2O4W A;  4KPM A;  2RBS A;  3OK0 A;  1KXW A;  4LT1 A;  1LJ3 A;  4ETE A;  1L98 A;  1L50 A;  3RZE A;  235L A;  2HEB A;  3C7W A;  1C61 A;  147L A;  1OUB A;  1P6Y A;  2ZQ4 A;  4IAT A;  1L23 A;  1CKG A;  2A4T A;  4I7L A;  2H5Z A;  3ATN A;  1HSW A;  8LYZ A;  1C6D A;  181L A;  1IEE A;  1JUG A;  5FCP A;  3SN6 R;  253L A;  2OE4 X;  1GB0 A;  3L2X A;  1GEZ A;  2XTH A;  4M6D A;  3W6A A;  2RAY X;  3CDV A;  5B07 A;  226L A;  1B5U A;  3DN2 A;  1B0D A;  1F0W A;  150L A;  2MEA A;  2RBO A;  1WQN A;  1LJF A;  2XQO A;  2L78 A;  1GFJ A;  4LZM A;  1LWG A;  208L A;  4DDB A;  1SQ2 L;  1WQM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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