4AQNA

Crystal structure of pesticin from y. pestis
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
345
structure length
340
Chain Sequence
VPAFLFSGSTLSSYRPNITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVTFGSGVDLGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFSDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PESTICIN
molecule tags Toxin
source organism Yersinia pestis
total genus 119
structure length 340
sequence length 345
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4aqnA02
1D3JA 250LA 1CU0A 2O79A 1L24A 1QS9A 2B6TA 222LA 3HH3A 1L0KA 1L42A 3DMVA 1B6IA 1CU5A 2OU9A 1CU3A 3L64A 1KNIA 1L44A 3HT9A 186LA 1L84A 3V2YA 3HTGA 1L04A 2RB2X 185LA 4EXMA 122LA 1OVJA 1T8AA 2RBOA 4ARJA 1L54A 1QUOA 1DYGA 2QARC 189LA 1LYGA 1C65A 1JQUA 199LA 4EPFA 3VW7A 145LA 1QTCA 1L47A 2RAYX 182LA 1L40A 178LA 1L65A 1CTWA 1L34A 3SN6R 155LA 183LA 169LA 1L22A 1QT7A 1CUPA 1P2RA 205LA 1OV7A 4ARLA 3G3WA 3C8QA 1JTNA 1QS5A 1DYBA 3DN2A 1CV0A 1D2YA 1L75A 1L82A 1L11A 1PQDA 4ARMA 1L45A 1L92A 2RB0X 118LA 1L95A 1PQMA 252LA 2QB0B 3DMXA 4EKQA 143LA 2B75A 1P46A 2RBRA 123LA 151LA 2B6XA 1SX2A 163LA 1KY0A 1KW7A 3G3VA 3HH6A 115LA 1G07A 1C63A 1L13A 1L38A 2CUUA 1L57A 4ARQA 1QTHA 1G06A 1T8GA 111LA 1D3FA 1I6SA 119LA 3C8SA 1C6NA 4OO9A 2LCBA 3HDEA 1L70A 1LWKA 3NY9A 4I7QA 1L90A 2OE7X 4I7JA 3RZEA 1G0QA 1QSBA 1ZWNA 1QTDA 1SX7A 2HUMA 1CV6A 196LA 1L37A 1C69A 3GUNA 2RBQA 3GUKA 152LA 3G3XA 2O7AA 3DN4A 1L91A 2NTGA 125LA 128LA 113LA 234LA 1XEPA 3HH4A 166LA 254LA 2B6YA 3OE6A 192LA 228LA 1DYFA 224LA 3C7WA 1L98A 3SBBC 2F47A 3HUQA 1C6TA 1LGXA 1QT3A 177LA 4I7RA 5LZMA 1L55A 187LA 164LA 1CX7A 3JR6A 251LA 181LA 1C6CA 4LDEA 1L29A 3HUAA 3ODUA 1OV5A 1LYHA 180LA 3FADA 3SB7A 1G0LA 1SWYA 4GBRB 3F8VA 3GULA 220LA 223LA 2HUKA 4W53A 232LA 1L73A 2RBSA 1L58A 1L93A 1L46A 1LPYA 1L20A 1L25A 1L00A 1L53A 4ARPA 214LA 1L63A 1L0JA 1P5CA 1P64A 1TLAA 148LE 1LWGA 1LI3A 3PDSA 4YX7C 158LA 4I7NA 1L86A 2OTYX 1ZURA 1C6KA 3DN0A 2A4TA 4EPIA 235LA 247LA 1D3MA 1OWZA 4W51A 1L62A 1L96A 173LA 1QSQA 3DN1A 262LA 3SB9A 1P36A 237LA 3CDQA 1L74A 1QT5A 1L99A 3HTDA 4W55A 167LA 1KY1A 1XJUA 1OVKA 4I7KA 1L77A 1L06A 3LZMA 4I7LA 3RUNA 141LA 1DYEA 1L85A 1CV4A 3NY8A 2RAZX 3DKEX 3OE8A 4PJZA 1L97A 3DN6A 1CU2A 197LA 1L31A 1C6LA 1L61A 108LA 2RBPA 1KS3A 4YXAC 1D9WA 3D4SA 7LZMA 1L18A 229LA 1LGWA 3DNAA 3V2WA 1L01A 161LA 1P3NA 236LA 3HUKA 1C6DA 1L72A 209LA 253LA 248LA 1QT8A 2B6WA 1L69A 6LZMA 1T97A 1C6AA 175LA 109LA 1P7SA 1P37A 233LA 4I7SA 231LA 3SBAA 1L14A 3HT7A 3OE0A 1L17A 127LA 1L71A 159LA 2OU0X 1C68A 104LA 1DYCA 174LA 2F2QA 142LA 1ZYTA 1CV1A 230LA 4W58A 3HH5A 4DKLA 213LA 3HU9A 3C8RA 4W59A 107LA 1D3NA 1L27A 1L64A 249LA 3F9LA 3FI5A 1L12A 4S0WA 4DJHA 3QAKA 1JTMA 4W56A 4ZPUA 1KW5A 1L28A 1L36A 1NHBA 1P6YA 1CV3A 1XJTA 2B74A 102LA 2IGCA 3DN3A 210LA 4EKSA 226LA 4ARQB 2B73A 144LA 2OE4X 212LA 242LA 1C6QA 1LYFA 2Q9DA 3GUOA 1C6BA 2F32A 1G1WA 3CDOA 1L08A 139LA 216LA 201LA 140LA 257LA 3HT8A 4DAJA 1CX6A 3C80A 3GUPA 1DYDA 1L09A 176LA 2OTZX 1L89A 4YXCA 4PK0A 188LA 4LDOA 1L52A 245LA 1L23A 1L39A 246LA 1PQJA 1WTHA 2RH1A 1C62A 198LA 4LZMA 1LLHA 171LA 1L21A 244LA 221LA 1L79A 129LA 150LA 2ANVA 1L35A 4I7TA 1LYIA 1SWZA 172LA 4LDLA 1L76A 1L87A 1C6MA 2B6ZA 1L10A 3SB6A 168LA 1C6EA 1L19A 1C6PA 3HTBA 3HU8A 2OE9X 1L94A 1QTVA 3SB5A 1L49A 1C66A 190LA 1PQKA 1L41A 1L50A 1CV5A 1L05A 1SSYA 160LA 1LW9A 1L81A 3C7ZA 138LA 2Q9EA 3HTFA 1L59A 4AQNA 1QUHA 184LA 3C82A 215LA 260LA 3FA0A 225LA 243LA 3DMZA 130LA 261LA 3DN8A 241LA 3UONA 1L43A 195LA 1LYJA 149LA 1G0MA 1D2WA 4IAPA 1L26A 1C6JA 4K5YA 1G0KA 3CDRA 219LA 256LA 156LA 157LA 4W54A 200LA 4EJ4A 1K28A 1P2LA 126LA 1QT6A 3GUMA 217LA 170LA 4EKPA 3CDTA 1L88A 1T6HA 4I7OA 2NTHA 1CUQA 1QUGA 1C61A 2OU8A 1C64A 1CU6A 2Z6BA 3CDVA 1LGUA 1L03A 3HT6A 1OYUA 1L15A 191LA 110LA 3OE9A 1G1VA 147LA 1C67A 4I7PA 227LA 1L68A 1G0GA 4ARMB 1PQOA 2RBNA 4W57A 3HWLA 1L67A 165LA 2O4WA 2LZMA 3L2XA 206LA 114LA 1L48A 1L83A 1C6FA 2L78A 1PQIA 1QTBA 1L80A 4GRVA 2RB1X 218LA 4I7MA 2B72A 3NYAA 1OWYA 3C83A 3GUIA 4E97A 239LA 2B70A 3SB8A 1LI6A 255LA 2B7XA 3HDFA 5I14A 2HULA 162LA 1L66A 1L32A 1L07A 4W52A 1LYEA 1QUDA 1G0JA 1L30A 2ANXA 211LA 1EPYA 112LA 2LC9A 1LI2A 1L16A 137LA 1G0PA 131LA 1P56A 1CVKA 1SSWA 1C6GA 3EMLA 1C60A 240LA 1L02A 3C7YA 258LA 2OEAX 3K2RA 1L51A 1OVHA 1QTZA 1DYAA 103LA 3GUJA 1C6IA 259LA 146LA 1L56A 1L33A 4EKRA 120LA 1LYDA 1C6HA 1L60A 3PBLA 1QT4A 238LA 1T8FA 3C81A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2O79A 1T6VL 1IP7A 1L42A 1IEEA 1SLYA 2OU9A 1C10A 3HT9A 3ZEKA 3B0IA 2HEDA 2MEGA 1QUSA 2RB2X 1BWIA 3AZ5A 3J4GA 122LA 1HMLA 1W08A 4ARJA 1L54A 1QUOA 1DYGA 5I4XA 1TCYA 1IC4Y 3VW7A 145LA 1L47A 182LA 1L40A 2MEFA 3SN6R 1CTWA 1CNSA 1L34A 155LA 2DQFC 2Z38A 1UACY 3WPJA 1L22A 2IHLA 1QT7A 4XENA 2YVBA 5B06A 134LA 4HJZA 1LMNA 1WQPA 1B5VA 1QS5A 1DYBA 3DN2A 1CV0A 4OOTA 1D2YA 2HEAA 4I8SA 1LZBA 4KXIA 3WYHA 4P2EA 1L11A 1LJIA 4WMGA 4DT3A 1GXV2 2Z2EA 1LTMA 5T3FA 2QB0B 1J1PY 1P46A 5C6JA 3D9AC 1ALCA 1GB2A 2B6XA 1IORA 3G3VA 3HH6A 4HPIA 1C63A 2CUUA 1YAMA 1F6RA 4ARQA 1QTHA 3AYQA 1T8GA 1CJ7A 1GF6A 119LA 5LYZA 1JKDA 1NHEA 1GFHA 2LCBA 1LZ9A 1L70A 4DD9A 1L90A 1JWRA 4IATA 1QSBA 1SX7A 1BGIA 1GDWA 1XGPC 3B72A 3AGIA 196LA 1UICA 2W1XA 1L37A 3T6UA 4KL7A 5HMVA 3GUKA 3G3XA 2YBMA 3A96A 4WLTA 3CSQA 4NIJA 128LA 4DD3A 113LA 166LA 2B6YA 228LA 3WXTA 224LA 3C7WA 1C6TA 1LGXA 4I7RA 4HP0A 1B5WA 1LYZA 2VB1A 1GFAA 4YOPA 3HUAA 1LSAA 1BWHA 1G7IC 1LYHA 5F9XA 2I25L 223LA 232LA 4QEQA 1L20A 3E3DA 1GAZA 1L53A 1ZVYB 3TXJA 1L63A 4B1AA 5FCPA 3RZ4A 1P64A 1HC0A 148LE 1VATA 3PDSA 4I7NA 4N5RA 4X3BA 5KXLA 1DI4A 2A4TA 4EPIA 1DPXA 3HFMY 4YEMA 4W51A 1L62A 2FBDA 4Z46A 4NGVA 237LA 5LVIA 2YBHA 1L99A 4B0DA 1XFPL 1XJUA 4I7KA 1IP5A 2BQMA 3RUNA 141LA 3NY8A 4C5FA 4DDBA 1UBZA 3DN6A 1CU2A 3AJNA 1IR9A 1JKCA 1L61A 2RBPA 3BKHA 4DQJA 1LZGA 4HV2A 4DYGA 1LGWA 1I56A 1LSFA 1GBZA 5KXMA 4LT3A 194LA 1OUJA 236LA 4KPMA 1D0KA 3WUAA 2XJWA 3OK0A 3TMXA 1LZYA 248LA 4H9AA 1GF7A 2W1MA 1UIAA 4H9EA 3AZ7A 109LA 1B9OA 3KAMA 3SBAA 3OE0A 1L17A 4XYYA 5APCA 4Z3MA 3W6AA 3TXGA 154LA 213LA 3HU9A 2C8PA 1L12A 5IDDA 1FKQA 1P6YA 1XJTA 5B1FA 102LA 1BVXA 2IGCA 210LA 2B73A 3VWOA 5KXRA 1NKHA 139LA 201LA 3HT8A 1LYYA 4DAJA 1BWJA 1HFYA 1L09A 4YXCA 1TDYA 5F9UA 1J1OY 1UIBA 1TEWA 3RNXA 208LA 3P64A 2DQGY 3WMKA 1IR7A 1NF5A 2CDSA 4LZMA 1IX0A 2BQOA 4PHIA 3WVXA 4AXTA 221LA 129LA 1NDMC 1L35A 1SWZA 172LA 4PRQA 1L87A 2D4IA 1FLUA 2B6ZA 1C6EA 1L94A 2G4PA 3SB5A 4B4EA 1UA6Y 5KKJA 160LA 1LJNA 1LW9A 2DQAA 3TMVA 1GWDA 5I4WA 1GEZA 1YIKA 4XJBA 5EBHA 3HTFA 1QUHA 184LA 130LA 1A4VA 1DQJC 1GFTA 2FBBA 3QNGA 149LA 1G0MA 1L26A 1C6JA 219LA 1QSAA 4EJ4A 1P2LA 4UWNA 2BQBA 126LA 3GUMA 6LYZA 3WW5A 2BQNA 1NWGA 1YKXX 1SQ2L 4WG1A 2OU8A 1W6ZA 1CU6A 2Z6BA 2Z39A 5FELA 1G7JC 1IWWA 2EKSC 1L03A 4D9ZA 1OYUA 3WU8A 2BQLA 4NGLA 1VDTA 1C67A 227LA 1L68A 2D6BA 1KXWA 1G0GA 1LHJA 4ARMB 1FBIX 1PQOA 1L67A 2O4WA 3L2XA 1GF3A 4PRUA 1L83A 3TMWA 4QGZA 2W1LA 1J1XY 1QTBA 2RB1X 1KIQC 218LA 2A7DA 3C83A 4TWSA 4E97A 1WVUA 1IR8A 4NHSA 239LA 2B70A 5B05A 4G9SA 4OOOA 4G4HA 1L07A 4B4IA 1LZ6A 1GF8A 4H1PA 5LA5A 4MCKA 4KT3A 3LYZA 1CVKA 1UIDA 153LA 5K7OA 1GD6A 4PGJB 1HNLA 1OVHA 1LSCA 1QTZA 3GUJA 3ATOA 2HTXA 1L56A 1L33A 1L60A 4B4JA 1QT4A 238LA 1T8FA 1OUFA 3AW6A 1D3JA 1CU0A 3AZ4A 1AKIA 1L24A 4N9RA 3B0OA 4DC4A 4CFOA 1C43A 4HTKA 3WPLA 1CU3A 3L64A 1KNIA 2HU3A 1L04A 185LA 1CKDA 4EXMA 3AB6A 5ILFA 3RT5X 1LSGA 2BPUA 1LYGA 1I1ZA 4HTQA 1IOTA 1QDTA 1G7HC 5KKIA 1REZA 4XJHA 3A6BY 1P2RA 1CKHA 1OV7A 1HEWA 4A7DA 135LA 2ZILA 4H8XA 1GF0A 4WLYA 4RLMA 1V7TA 8LYZA 1L95A 1VDPA 1PQMA 252LA 143LA 5KXXA 1F0WA 123LA 1JEFA 163LA 1KY0A 1KW7A 1G07A 1XGUC 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1LSNA 188LA 1H6MA 3A3QA 3A91A 4LDOA 4LT2A 1JTOL 2ZQ4A 1OUCA 1PQJA 3CSRA 3HBDA 2MEEA 1C62A 1LLHA 171LA 4R0FA 1L21A 244LA 1GE0A 5F81A 1JSEA 1LZDA 2Q0MX 1B5UA 1L10A 4LFPA 3IJVA 1GFVA 1FKVA 4WL7A 1YQVY 1PQKA 2LYMA 2BQIA 1L05A 3RU5A 1L81A 3D3DA 3C82A 3FA0A 4ET8A 225LA 261LA 241LA 4RW2A 3UONA 195LA 5KY1A 1KXYA 1LYJA 5KXSA 4IAPA 4I0CA 1HSXA 1G0KA 256LA 1UIEA 1QTEA 3HBEX 1LZ8A 2ZIJA 200LA 1HEOA 1LJGA 1GE4A 1QT6A 1LZ4A 1RFPA 3HBHA 5KXYA 1T6HA 4XJFA 1JJ1A 1C64A 2IFFY 4BAPA 1C7PA 1JJ3A 4RW1A 1YANA 1CJ8A 4U3XB 1L15A 4ZIXA 1QQYA 3OE9A 1AT6A 2HEFA 4YEOA 147LA 4I7PA 5LYMA 1B5XA 1FN5A 3WUNA 1XEIA 4WM5A 3ZVQA 1C6FA 2L78A 3P65A 2I6ZA 3EBAB 4GRVA 3T36A 4I7MA 2DQJY 3EO5A 4H94A 1B7OA 4WM4A 2FYCA 4L41A 2B7XA 2HULA 162LA 1L66A 3AGHA 4WM3A 2YDGA 4WM1A 1LYEA 1G0JA 1XGTC 2LC9A 4ZFPA 4NY5A 4CJ2A 1VEDA 2EQLA 1B7RA 4DDAA 4N1CC 4DWXA 4NGZA 1YL0X 2B5ZA 3K2RA 3A92A 2F2NA 3M3UA 5HNCA 103LA 5F14A 1C6IA 4ML7A 1GB7A 1IIZA 3TXEA 3W3EA 1GBWA 146LA 1KXXA 4EKRA 1LYDA 1LSYA 1LHLA 3C81A 4WOAA 4GCEA 1QS9A 2B6TA 2BQJA 1YL1X 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2O79 A;  1T6V L;  1IP7 A;  1L42 A;  1IEE A;  1SLY A;  2OU9 A;  1C10 A;  3HT9 A;  3ZEK A;  3B0I A;  2HED A;  2MEG A;  1QUS A;  2RB2 X;  1BWI A;  3AZ5 A;  3J4G A;  122L A;  1HML A;  1W08 A;  4ARJ A;  1L54 A;  1QUO A;  1DYG A;  5I4X A;  1TCY A;  1IC4 Y;  3VW7 A;  145L A;  1L47 A;  182L A;  1L40 A;  2MEF A;  3SN6 R;  1CTW A;  1CNS A;  1L34 A;  155L A;  2DQF C;  2Z38 A;  1UAC Y;  3WPJ A;  1L22 A;  2IHL A;  1QT7 A;  4XEN A;  2YVB A;  5B06 A;  134L A;  4HJZ A;  1LMN A;  1WQP A;  1B5V A;  1QS5 A;  1DYB A;  3DN2 A;  1CV0 A;  4OOT A;  1D2Y A;  2HEA A;  4I8S A;  1LZB A;  4KXI A;  3WYH A;  4P2E A;  1L11 A;  1LJI A;  4WMG A;  4DT3 A;  1GXV 2;  2Z2E A;  1LTM A;  5T3F A;  2QB0 B;  1J1P Y;  1P46 A;  5C6J A;  3D9A C;  1ALC A;  1GB2 A;  2B6X A;  1IOR A;  3G3V A;  3HH6 A;  4HPI A;  1C63 A;  2CUU A;  1YAM A;  1F6R A;  4ARQ A;  1QTH A;  3AYQ A;  1T8G A;  1CJ7 A;  1GF6 A;  119L A;  5LYZ A;  1JKD A;  1NHE A;  1GFH A;  2LCB A;  1LZ9 A;  1L70 A;  4DD9 A;  1L90 A;  1JWR A;  4IAT A;  1QSB A;  1SX7 A;  1BGI A;  1GDW A; 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