4ARMB

Structure of the inactive pesticin t201a mutant
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
347
structure length
347
Chain Sequence
VPAFLFSGSTLSSYRPNFEANSITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVAFGSGVDLGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFSDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLLKLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PESTICIN
molecule tags Toxin
source organism Yersinia pestis
total genus 115
structure length 347
sequence length 347
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4armB02
3CDOA 149LA 2F32A 4W57A 1L73A 229LA 1P37A 1QT8A 1L0KA 1OWZA 1QT4A 255LA 1I6SA 3DN1A 4YX7C 1TLAA 1T8AA 3HTBA 3FI5A 1B6IA 215LA 159LA 1L58A 1G0PA 3UONA 3V2YA 3HWLA 227LA 169LA 3DN3A 246LA 226LA 4LZMA 3HH3A 142LA 2RAZX 1LGXA 2RBQA 1G0GA 1OVKA 254LA 2LZMA 2B7XA 1L54A 1L03A 1KW7A 1P3NA 5LZMA 1CU6A 122LA 3HH4A 3L64A 3C7YA 1CU5A 3D4SA 192LA 1L26A 175LA 4I7LA 1PQJA 3GUPA 3HDFA 2L78A 1KY1A 4W59A 3G3XA 1L93A 3HH5A 108LA 2HULA 1CV0A 234LA 115LA 2OU8A 1LWGA 3SB6A 261LA 1L04A 4YXAC 177LA 3SB8A 3F8VA 3PBLA 228LA 184LA 1C6NA 219LA 1G1VA 4DJHA 1C6GA 221LA 1OWYA 1DYEA 2LCBA 102LA 3HTFA 1QT3A 1ZYTA 4PK0A 4LDEA 1L76A 1L62A 197LA 3CDTA 1OVJA 147LA 3L2XA 1L20A 2OEAX 2B6TA 1LWKA 2ANXA 2RH1A 4ZPUA 198LA 129LA 1WTHA 3PDSA 1P6YA 1L27A 113LA 1L69A 1DYCA 3HH6A 252LA 3CDRA 3NY8A 1LI2A 4W53A 2QARC 1L10A 260LA 1D2YA 3G3WA 2RAYX 1L50A 185LA 181LA 145LA 3V2WA 1JQUA 118LA 187LA 3CDVA 2RBRA 1SX2A 2B75A 152LA 138LA 3K2RA 123LA 1SWYA 1CUQA 238LA 2OU0X 1QT5A 1L16A 1L36A 3GULA 1L81A 4EKQA 4K5YA 3LZMA 1QT6A 1L49A 1L52A 171LA 1L12A 1CTWA 3RZEA 3OE8A 3C80A 1L11A 1L13A 1K28A 1L38A 211LA 2RBOA 1OV7A 3HTGA 140LA 173LA 235LA 1DYDA 3DMVA 1CU3A 4IAPA 1CVKA 1L21A 3SB5A 114LA 161LA 2ANVA 3VW7A 3EMLA 1CU0A 148LE 1L33A 188LA 1L22A 1L66A 2OTYX 1QTHA 4W55A 3JR6A 1QTDA 1JTMA 4ARQA 126LA 1L55A 1L19A 220LA 167LA 257LA 1XJTA 4EKPA 1C6LA 111LA 170LA 1L31A 2OU9A 1L83A 195LA 1L79A 200LA 3SBBC 218LA 1L05A 1C69A 160LA 139LA 1DYAA 201LA 1KS3A 1L86A 112LA 3DN0A 1C61A 256LA 1C6MA 222LA 1PQOA 2B72A 1C67A 3DNAA 1L39A 3C8QA 1C6CA 2RBNA 4W54A 1EPYA 214LA 3C8RA 1G0MA 3HDEA 2Z6BA 1T8FA 1P2RA 1L94A 249LA 1L89A 1P36A 3HUQA 2O79A 1C6FA 143LA 3G3VA 3DN6A 1LYFA 1P5CA 4GRVA 2RB1X 1L43A 1C6BA 1C6KA 1C6PA 1LGWA 1DYGA 1P64A 1L88A 1L99A 1PQMA 1L08A 1C66A 1C64A 1L68A 2RB0X 141LA 1DYBA 1LPYA 1C65A 241LA 4I7MA 172LA 4DAJA 1C68A 2B6WA 1LGUA 209LA 3C7ZA 1G06A 1NHBA 4I7NA 4PJZA 1KNIA 4GBRB 4ARJA 232LA 1C6TA 1L75A 245LA 3NY9A 1LYEA 1XJUA 2IGCA 2B6XA 1L65A 1QTBA 1G0KA 1G1WA 1C6IA 2B74A 3GUKA 103LA 110LA 4OO9A 125LA 1QUHA 212LA 1C6JA 1G0QA 178LA 1C6DA 1G07A 253LA 4LDLA 3CDQA 4ARQB 2OTZX 1SSWA 3C81A 1C6EA 3HT7A 3C82A 1C62A 3GUIA 4W52A 1L84A 1L35A 1QS9A 7LZMA 3OE6A 137LA 1L72A 1LYGA 1P2LA 3HUKA 4I7TA 1QUDA 165LA 3GUJA 213LA 3GUMA 109LA 2A4TA 4EXMA 262LA 1L25A 1L82A 1QSQA 3OE9A 259LA 1L97A 1L14A 1L51A 1L37A 6LZMA 1L56A 1L74A 3DN2A 4I7SA 1LI3A 236LA 247LA 151LA 2CUUA 1L63A 1D3FA 4W51A 1L92A 4ARPA 182LA 1L77A 2B70A 240LA 199LA 1L34A 1PQDA 127LA 3HUAA 1P46A 1L71A 4I7JA 1L80A 1T8GA 3C7WA 1C6QA 158LA 1L59A 1QSBA 1JTNA 1CV1A 216LA 4E97A 1L48A 1LYHA 164LA 3DKEX 1OVHA 239LA 3SB7A 2HUMA 1L30A 1KW5A 1OV5A 4I7KA 2NTGA 1L47A 4EJ4A 5I14A 4EPIA 4LDOA 1L01A 3DN4A 1CV6A 1OYUA 1ZURA 3DN8A 1L70A 4EKSA 1QTCA 4ARMA 1L91A 191LA 1QUOA 4DKLA 3HT8A 1G0JA 1L17A 1L44A 1SSYA 250LA 2F2QA 176LA 3FADA 1ZWNA 1C6HA 1L32A 1L85A 1L24A 150LA 4I7QA 206LA 3HT6A 1L42A 1QTZA 3HU8A 3SN6R 1L64A 248LA 1PQKA 2QB0B 1L46A 4I7OA 1C6AA 3QAKA 244LA 107LA 2LC9A 3HTDA 144LA 4AQNA 1L40A 119LA 2NTHA 1T6HA 1L90A 180LA 146LA 1LLHA 4S0WA 3OE0A 1D3JA 3SB9A 2B6ZA 174LA 1T97A 1L45A 1G0LA 104LA 251LA 1L57A 1L02A 1C63A 2O7AA 4W56A 237LA 2Q9DA 1L67A 1PQIA 131LA 258LA 1L53A 1CX6A 2F47A 3C8SA 3NYAA 1L29A 223LA 224LA 2OE9X 130LA 230LA 233LA 1L07A 1L15A 1L00A 2B73A 2RBSA 3ODUA 186LA 217LA 2Q9EA 1D3MA 1LYDA 1CV3A 1L87A 1C60A 166LA 1QS5A 189LA 1XEPA 163LA 1QTVA 2RB2X 155LA 1L41A 3GUOA 1D2WA 3HT9A 4I7PA 4W58A 1LYIA 4I7RA 1SX7A 1L95A 2HUKA 3FA0A 3HU9A 156LA 1LW9A 1D9WA 168LA 1KY0A 3SBAA 162LA 1L06A 1CV5A 2O4WA 196LA 128LA 2OE4X 190LA 1L18A 1L96A 1L61A 2B6YA 3C83A 1L28A 2RBPA 1QT7A 243LA 1CX7A 1LI6A 1CU2A 1CUPA 3GUNA 231LA 4ARMB 1SWZA 242LA 210LA 3DMZA 183LA 4YXCA 120LA 4EKRA 3RUNA 1LYJA 1D3NA 1P7SA 1P56A 1QUGA 4EPFA 1L98A 1L09A 3DMXA 4ARLA 1CV4A 157LA 1DYFA 2OE7X 205LA 225LA 1L60A 1L0JA 3F9LA 1L23A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LYMA 149LA 1INUA 229LA 1OWZA 255LA 1TLAA 1NBYC 1IWUA 4XYYA 215LA 4XJFA 2EIZC 3V2YA 3HWLA 4WO9A 3DN3A 1CKCA 1NQIA 1ZMYL 1DI5A 4LGKA 1OVKA 2BQDA 1GE3A 3J4GA 2BQLA 4ETEA 1KW7A 3AW6A 1B5VA 3TMUA 1MLCE 3C7YA 192LA 1XEIA 4XJGA 1LZSA 1L26A 4M4OA 1UIGA 1IY4A 4NFVA 3HDFA 2L78A 1KY1A 2BQCA 1LSYA 3HH5A 2HULA 1CV0A 1BVXA 4Z3MA 2OU8A 3SB6A 1IP1A 1WQMA 177LA 1IORA 3PBLA 228LA 1LTMA 1XGTC 1DYEA 102LA 4PK0A 4YF2A 1NBZC 147LA 3L2XA 2OEAX 1GF8A 1OUFA 1LWKA 2ANXA 4ZPUA 198LA 1KXWA 4TUNA 4B4JA 4IJ4A 129LA 2WARA 3PDSA 1P6YA 1LHIA 1B7PA 4Z46A 3CDRA 1LI2A 5HNCA 2QARC 1HSXA 1LHJA 3G3WA 1YL0X 185LA 145LA 118LA 138LA 123LA 4BAFA 5LYTA 1CUQA 238LA 1IP2A 1UICA 5KXSA 1L81A 3BKHA 4K5YA 5KXZA 2F30A 1L12A 3WW6A 3W6EA 4QY9A 1KIPC 4HPIA 5B59A 1HELA 5LVJA 1OV7A 3T6UA 173LA 1FLWA 3DMVA 1CU3A 1EL1A 3A94A 3A8ZA 3WUAA 4QDNA 3VW7A 1GBSA 5F81A 5KXOA 3EMLA 3WMKA 4OOTA 148LE 5L9JA 1L22A 1LMAA 2OTYX 3JR6A 1L19A 1CKHA 170LA 2YVBA 1QUSA 2D4JA 2FYCA 3AYQA 1L79A 1JJ3A 2GV0A 5LIOA 3W3EA 1DYAA 2YBHA 4YM8A 1C61A 1OUJA 2YBLA 3M18B 4ZFPA 1D9UA 3QNGA 3ZVQB 3HDEA 1T8FA 1P2RA 249LA 1L89A 1P36A 2A7DA 1LMQA 1C6FA 4NHQA 2YBIA 5FDJA 1GAYA 1WTMA 1IWZA 3DN6A 1LYFA 1P5CA 4GRVA 2RB1X 2AUBA 1C6PA 4DD7A 1L88A 1L99A 1PQMA 2H5ZA 1C66A 1XGRC 1UUZC 1LPYA 1C65A 241LA 2YBNA 3N9AA 2B6WA 1LGUA 3C7ZA 4N1CC 1NHBA 4GBRB 4NGVA 245LA 4TWSA 1IP7A 1DI3A 1LYEA 1LOZA 1VDTA 3TXFA 4W94A 3A95A 5DM9A 3CB7A 1HEQA 3A96A 4XJIA 1QUHA 3D3DA 4H9FA 3IWRA 4B0DA 4G9SA 1G07A 2XBRA 2D6BA 253LA 4OWAA 1NMMA 2OTZX 3TMWA 1C6EA 2A7FA 1IX0A 2BQHA 1L84A 4KPMA 1L35A 1QS9A 3HUKA 4I7TA 2DQHY 7LYZA 1GB7A 1QUDA 3GUJA 3GUMA 1OUEA 2A4TA 4WLTA 4TX7A 5LINA 4ZIXA 2FBBA 5JENB 1GE2A 1QSQA 3OE9A 5F14A 2F4GA 3AZ5A 1L14A 2MEGA 5J7CA 3WU9A 3M3UA 4I7SA 1LI3A 3TXEA 1XEKA 236LA 247LA 3WU7A 5HMJA 4C3WA 1JITA 1L63A 1ZVHL 5FELA 9LYZA 4YEMA 4W51A 1JJ0A 1HSWA 1VEDA 4GCBA 5IDDA 2B70A 199LA 208LA 1GFEA 1PQDA 1GWDA 127LA 1BB7A 6LYZA 4EOFA 1T8GA 4TSBA 216LA 3HBEX 2LYMA 2ZQ3A 3WH1A 2DBTA 1OVHA 3P4ZA 1OQMA 3SB7A 2CWIA 4N1EI 1KW5A 1OV5A 4NIJA 2LHMA 4DYGA 5I54A 1L01A 2ZNWY 3DN4A 4DD0A 3A6CY 1CV6A 3TXJA 1OYUA 4R0FA 1L70A 4LFXA 4G4HA 4EKSA 1L91A 191LA 4GCFA 1QUOA 4DKLA 1IIZA 1UIHA 5T3FA 1BB4A 2CGIA 3HT8A 1L17A 1L44A 1GEVA 2ZIKA 1D0LA 4UWVA 2ZYCA 1BWJA 1EQ5A 1GXV2 206LA 1QTZA 2H9KA 3WPLA 5LAGA 2HU3A 1LJGA 1PQKA 3E3DA 4X3BA 1QTEA 1GAZA 1QQYA 2LC9A 1RI8B 1CNSA 1FDLY 180LA 146LA 5HNLA 2BQJA 2Z37A 2I6ZA 5KXNA 1CKGA 2MEAA 1L45A 104LA 1C7PA 2ZIJA 2F2NA 3WUNA 1GE0A 4RW2A 3AZ6A 4B4IA 1L53A 2LZTA 1LZ6A 223LA 1DXJA 1QDRA 3WPKA 233LA 1L15A 4ZEEA 1LJHA 1OUDA 166LA 5E9RA 3HT9A 4J0LA 2Z18A 1XGQC 3AZ4A 190LA 1L61A 1L28A 1QT7A 4B1AA 243LA 4MCKA 4WM2A 1CX7A 2LYZA 4ARMB 4R6CA 4ETCA 3W6AA 5FHWA 1V7TA 1GF6A 3RUNA 4ETBA 1FLUA 4CFOA 1IP4A 4EPFA 1JTOL 1FKQA 4II8A 4KT3A 3AZ7A 157LA 1DYFA 225LA 5D5FA 1L60A 1LSGA 4GN5C 1L23A 3WPJA 2DQEY 1L73A 2HU1A 1P37A 4N5RA 5HLLA 1L0KA 1QT4A 3DN1A 1I6SA 4PHIA 4YX7C 3HTBA 1C45A 4NG1A 1RFPA 194LA 4H9CA 159LA 4IATA 5L3IA 226LA 4DDBA 142LA 1LKSA 3FI7A 3WL2A 2RAZX 1VATA 4NGKA 2LZMA 1WTNA 5LZMA 4N9RA 1FKVA 1LYOA 3HBDA 4I7LA 4LFPA 3GUPA 3OJPA 1GBYA 1YANA 4W59A 2XJWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4LYM A;  149L A;  1INU A;  229L A;  1OWZ A;  255L A;  1TLA A;  1NBY C;  1IWU A;  4XYY A;  215L A;  4XJF A;  2EIZ C;  3V2Y A;  3HWL A;  4WO9 A;  3DN3 A;  1CKC A;  1NQI A;  1ZMY L;  1DI5 A;  4LGK A;  1OVK A;  2BQD A;  1GE3 A;  3J4G A;  2BQL A;  4ETE A;  1KW7 A;  3AW6 A;  1B5V A;  3TMU A;  1MLC E;  3C7Y A;  192L A;  1XEI A;  4XJG A;  1LZS A;  1L26 A;  4M4O A;  1UIG A;  1IY4 A;  4NFV A;  3HDF A;  2L78 A;  1KY1 A;  2BQC A;  1LSY A;  3HH5 A;  2HUL A;  1CV0 A;  1BVX A;  4Z3M A;  2OU8 A;  3SB6 A;  1IP1 A;  1WQM A;  177L A;  1IOR A;  3PBL A;  228L A;  1LTM A;  1XGT C;  1DYE A;  102L A;  4PK0 A;  4YF2 A;  1NBZ C;  147L A;  3L2X A;  2OEA X;  1GF8 A;  1OUF A;  1LWK A;  2ANX A;  4ZPU A;  198L A;  1KXW A;  4TUN A;  4B4J A;  4IJ4 A;  129L A;  2WAR A;  3PDS A;  1P6Y A;  1LHI A;  1B7P A;  4Z46 A;  3CDR A;  1LI2 A;  5HNC A;  2QAR C;  1HSX A;  1LHJ A;  3G3W A;  1YL0 X;  185L A;  145L A;  118L A;  138L A;  123L A;  4BAF A;  5LYT A;  1CUQ A;  238L A;  1IP2 A;  1UIC A;  5KXS A;  1L81 A;  3BKH A;  4K5Y A;  5KXZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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