4ARMB

Structure of the inactive pesticin t201a mutant
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
347
structure length
347
Chain Sequence
VPAFLFSGSTLSSYRPNFEANSITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVAFGSGVDLGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFSDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLLKLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PESTICIN
molecule tags Toxin
source organism Yersinia pestis
total genus 115
structure length 347
sequence length 347
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4armB02
1QTVA 1SSYA 1C66A 3HTGA 3C81A 2IGCA 3GUNA 2OE4X 4ARPA 1CV0A 1L16A 260LA 4LDLA 1D3JA 2F2QA 4E97A 253LA 1D3MA 104LA 1L0KA 1LWKA 1LYEA 4W58A 1CX7A 108LA 4EKSA 223LA 157LA 1L63A 3PDSA 192LA 1L11A 231LA 2B6TA 211LA 1CU0A 1C6NA 1WTHA 1DYEA 262LA 137LA 3C82A 3DN2A 3GUIA 3HH4A 4ARMB 3DN1A 3GUKA 1L53A 1LI3A 170LA 1L71A 3FA0A 2B7XA 122LA 161LA 4EPIA 1L41A 3ODUA 1C6LA 257LA 4DAJA 1LI6A 195LA 1SWYA 176LA 182LA 1TLAA 1L88A 4EJ4A 163LA 1C6IA 2OTYX 209LA 1G1WA 1G0LA 118LA 119LA 164LA 1LYFA 3CDOA 1CU5A 3HUQA 149LA 3HH5A 1L60A 3K2RA 180LA 3DN0A 112LA 1L26A 2OU8A 1CTWA 1QTBA 113LA 1XJTA 2A4TA 4ARMA 2HULA 2RBRA 2CUUA 3HT8A 2B73A 1DYBA 3UONA 131LA 3HT9A 2RB2X 1L72A 3SB6A 1L90A 4DKLA 102LA 1CV4A 1CV3A 1L84A 1PQMA 1G1VA 1L42A 2ANXA 1L65A 1L52A 1L39A 4W52A 138LA 1L21A 1QTDA 1L31A 1G0MA 1DYGA 4I7LA 6LZMA 158LA 143LA 2OU0X 1PQJA 107LA 186LA 3GUJA 218LA 139LA 217LA 173LA 3CDQA 3HTBA 1L86A 2RH1A 168LA 1L0JA 1L19A 1OV7A 2B72A 2OU9A 3L64A 3HT7A 3SBBC 1B6IA 1PQIA 3SBAA 3HH6A 4LZMA 2RB1X 1D9WA 4I7NA 3L2XA 155LA 3SN6R 1C6TA 3C7YA 199LA 1LLHA 4GBRB 1L62A 1L74A 3SB8A 3HU8A 3C8RA 1C68A 1L13A 1L14A 1PQDA 229LA 103LA 248LA 1L68A 3HH3A 171LA 1C65A 2O4WA 1OVJA 181LA 4W57A 1T97A 1L79A 115LA 3JR6A 184LA 1QSQA 1L36A 1SSWA 2B6XA 1L43A 235LA 1L70A 1C6QA 1NHBA 1L17A 4YX7C 1L56A 1OWZA 221LA 3G3VA 130LA 1QTCA 2RB0X 1KS3A 128LA 1L05A 1G06A 1QUGA 2QB0B 4EKRA 1QUDA 3HU9A 1L54A 1SX7A 1C6JA 2NTHA 1L67A 126LA 4EKQA 4YXAC 1L33A 1L46A 1C6MA 1P46A 232LA 3D4SA 1L64A 230LA 1L32A 1G0PA 1G0QA 1L45A 261LA 1XJUA 2Z6BA 1C6GA 2F32A 3HDEA 1L89A 3FADA 1L23A 1L92A 1QT5A 2B6YA 1L25A 147LA 1L95A 152LA 1C60A 2RBQA 2Q9DA 3SB7A 1LGUA 2OEAX 1CUQA 1L07A 1L76A 3CDVA 1G0KA 4GRVA 3GULA 1ZWNA 1L00A 214LA 1KW7A 2O79A 234LA 111LA 2LZMA 3LZMA 4YXCA 1CU6A 227LA 1L02A 1CU2A 1JQUA 1JTNA 1G0JA 1SX2A 233LA 3G3XA 174LA 160LA 1OVHA 1DYAA 244LA 255LA 4AQNA 1CV5A 1L22A 226LA 7LZMA 1LYDA 169LA 140LA 3C80A 2B6WA 4EXMA 1L61A 1QSBA 183LA 109LA 4I7OA 250LA 1C6PA 185LA 120LA 165LA 1L12A 2LCBA 1L27A 1L48A 150LA 1L03A 1SWZA 1L91A 4DJHA 3DNAA 4PK0A 2L78A 1XEPA 1QT6A 252LA 1L82A 1C64A 1QUOA 3DN3A 1PQKA 156LA 1KY0A 2ANVA 1OV5A 1L38A 3OE9A 1DYDA 247LA 256LA 1LYJA 1CU3A 2OTZX 4K5YA 1L83A 151LA 4I7MA 4EPFA 3C83A 1L93A 3QAKA 3HTFA 240LA 3CDRA 1L69A 1L20A 177LA 1G07A 1L87A 205LA 146LA 258LA 125LA 1KW5A 1C6DA 1OWYA 236LA 3C7WA 243LA 148LE 246LA 1L55A 1I6SA 251LA 3HWLA 1C6CA 224LA 2RBSA 1CV1A 1QT7A 197LA 1L59A 4EKPA 142LA 1QS5A 4I7RA 1D3NA 1L85A 2Q9EA 1OVKA 3FI5A 3NY9A 1P7SA 4ARLA 1C6FA 1L09A 3SB9A 1DYCA 1T8FA 1L75A 259LA 3OE8A 3VW7A 4IAPA 1L51A 1CX6A 210LA 1L49A 1KY1A 1G0GA 219LA 4ARQA 222LA 4W59A 3HUAA 1LGWA 3GUMA 2RBOA 4I7JA 2B74A 2B6ZA 1LW9A 4W56A 1CV6A 1L30A 3EMLA 1OYUA 1QT8A 216LA 1T8AA 200LA 129LA 2F47A 178LA 127LA 1L97A 1K28A 220LA 3NYAA 1C6KA 1JTMA 225LA 1P37A 245LA 3V2YA 1LYGA 1L66A 1QT3A 3F8VA 3DMXA 2RBPA 1LWGA 1L15A 2RBNA 237LA 4I7SA 213LA 3DN6A 3HDFA 1C67A 1P5CA 1LGXA 110LA 1L77A 1L08A 4W54A 2B70A 1C6HA 1P2RA 159LA 1C63A 1L96A 196LA 1LI2A 1P3NA 3NY8A 1P6YA 228LA 241LA 189LA 1CVKA 1L81A 3C8QA 1L29A 1LPYA 187LA 239LA 4I7TA 3C7ZA 4I7QA 1L73A 1L58A 2O7AA 4ARJA 3CDTA 3OE6A 1L01A 4LDOA 1C6AA 4I7KA 1D3FA 1L40A 1P36A 1L98A 1L04A 1L18A 2RAZX 141LA 3DMVA 1D2YA 4W55A 1L47A 1QTHA 1L10A 3RUNA 2LC9A 1C62A 1C6EA 1L34A 3SB5A 1LYIA 2B75A 4ZPUA 3OE0A 206LA 3F9LA 249LA 3HTDA 3DN8A 5LZMA 1L06A 1ZURA 198LA 145LA 212LA 4ARQB 188LA 4S0WA 1QTZA 1QS9A 190LA 1L94A 3C8SA 4W53A 1L35A 4LDEA 1L44A 215LA 2HUMA 5I14A 254LA 1QUHA 238LA 1P64A 201LA 3HUKA 144LA 2OE9X 1L57A 2OE7X 3HT6A 114LA 1L37A 1D2WA 2HUKA 3DN4A 3DMZA 172LA 1L50A 1P56A 1C69A 1L80A 1ZYTA 1C61A 166LA 1L28A 1T6HA 1C6BA 1PQOA 1L99A 4OO9A 175LA 3GUOA 1DYFA 167LA 162LA 3GUPA 3V2WA 1EPYA 2QARC 1P2LA 3DKEX 123LA 1QT4A 242LA 3G3WA 1T8GA 3PBLA 1L24A 1KNIA 2NTGA 4W51A 3RZEA 2RAYX 4I7PA 1CUPA 1LYHA 4PJZA 191LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WU8A 3P65A 1CJ6A 2OE4X 1VATA 4NGJA 1C46A 208LA 5FEKA 5IDDA 4E97A 1GB0A 1B7OA 1L0KA 1CX7A 3AGGG 1UICA 5KKJA 1L63A 3LZTA 192LA 5LAGA 1L11A 4PJ2C 3T6UA 5I4WA 231LA 1CU0A 1C6NA 1CJ8A 4DD0A 1VDSA 3GUIA 4YM8A 1L53A 1LI3A 170LA 2Z2FA 4H94A 1ZVYB 1LJKA 3FI7A 4DD3A 1LJJA 2CDSA 1L41A 1C6LA 2XQOA 176LA 5FCPA 1G7MC 4EJ4A 4GLAA 1L88A 1BHZA 2Z39A 1LTMA 2OTYX 5L3HA 1BB6A 4LT3A 118LA 1LYFA 1CU5A 1I1ZA 5DN4A 3P66A 3DN0A 4NIJA 2OU8A 1CTWA 1EL1A 1HSXA 2A4TA 2G4PA 3LN2A 1BVKC 4XJIA 2B73A 1JKBA 2BQGA 2BQNA 4H8XA 3UONA 131LA 3HT9A 1IR7A 1L90A 1AT5A 1CV4A 1JWRA 1L84A 4NGOA 3CT1A 5LVHA 1GFHA 1DYGA 2CWIA 3LYTA 1DKJA 143LA 3LHMA 1YKZX 173LA 3M3UA 3A93A 1IC7Y 168LA 1GWDA 2B72A 3HT7A 1GBOA 1PQIA 4H9HA 4LZMA 1AM7A 4HTKA 4YF2A 3SN6R 3WXTA 1LLHA 1SLYA 4BS7A 3IJUA 3TXJA 1C68A 2W1LA 1IR9A 1NF5A 103LA 248LA 4B4IA 4IJ4A 3WVXA 3HH3A 2G4NA 1IOSA 3JR6A 115LA 1JEFA 1QSQA 4LYZA 1L17A 4LZTA 1B7RA 1OWZA 1W6ZA 130LA 1QTCA 2RB0X 1JKDA 1IP3A 128LA 132LA 1L05A 1G06A 5AMYA 1GXV2 4E3UA 1QUDA 1JTPL 1SX7A 1JISA 2NTHA 4H90A 1P46A 3D4SA 2Q0MX 1C6GA 3HDEA 1DI3A 1L25A 152LA 1WTMA 3AZ5A 3SB7A 2OEAX 4L41A 3WU7A 3CDVA 1BWHA 5L9JA 4GRVA 5FHWA 3GULA 1L00A 4QDNA 3WW5A 1LZSA 234LA 3TXDA 1OUEA 4H92A 1IORA 5M1YA 1JQUA 1SX2A 3G3XA 1B7QA 1IIZA 1DYAA 1GB2A 255LA 4AQNA 1L22A 169LA 5HNLA 3C80A 1LKRA 4WM5A 1NBYC 2Z19A 4M4OA 5K7OA 183LA 185LA 1L12A 3ATOA 3AGIA 150LA 4G49A 4TSCA 1LSBA 1UC0A 4XN6A 2MECA 5ILFA 1LZRA 3W6CA 1KY0A 5KJ9A 4WM6A 5KXPA 1IOQA 1CU3A 5APEA 151LA 1GD6A 5LXWA 4N8ZA 3CQLA 1XGTC 1L20A 177LA 4MR1A 2BQKA 3QE8A 1L87A 3TXIA 4BAFA 1C08C 146LA 1IX0A 258LA 125LA 4DD9A 1KXYA 1OWYA 3C7WA 243LA 1LKSA 3G3BB 1FBIX 1WQRA 1JKCA 3A3RX 197LA 1LJIA 134LA 1QS5A 1D3NA 3CT5A 4PHIA 3TXEA 3SB9A 1DYCA 1T8FA 4IAPA 1CX6A 3AW7A 3QY4A 1IP4A 1OUIA 4XJGA 4DD1A 1BWIA 4ARQA 4WLXA 1LGWA 5DLAA 5B1GA 5F9UA 3B0KA 1LHIA 1LAAA 1L30A 2W1XA 3EMLA 216LA 3OK0A 1HEMA 3TXFA 1T8AA 1XSFA 3QNGA 1MLCE 3N9EA 2H5ZA 5HQ1A 1JSFA 245LA 1LYGA 1D6QA 1QT3A 1HEOA 2BLYA 3DMXA 1L15A 4I7SA 4AXTA 3K3TA 1C67A 1RFPA 2B70A 154LA 4OWBA 2HEDA 4I0CA 5D5CA 196LA 1LSPA 5HMVA 1JUGA 187LA 239LA 1L73A 1L58A 2ZNWY 4ARJA 4NFVA 1IP6A 3CDTA 5APFA 1L01A 1W08A 2IFFY 1RE2A 4H8YA 1LYYA 2CJLA 5LA5A 3A90A 1GFEA 5B59A 1B5VA 4OWHA 4H93A 5KXZA 1C62A 1L34A 3SB5A 3VWOA 4ZPUA 3FE0A 1L06A 145LA 3TMVA 2F4AA 1T6VL 1QS9A 4W53A 4WM1A 3C8SA 1L35A 3WU9A 3AB6A 2Z2EA 1HMLA 3P64A 4NGLA 5KXMA 4H9AA 1LZ9A 3WPJA 3A96A 1IC5Y 172LA 5KXSA 4LYTA 1ZYTA 1T6HA 3M18B 1C6BA 1PQOA 3TMXA 175LA 1D0LA 4HTNA 3A67Y 1Z55A 3CSRA 1B7MA 1VDQA 3WUNA 3GUPA 2QARC 3DKEX 1L24A 4TUNA 1KNIA 4W51A 1TEWA 1C66A 3HTGA 3C81A 1HFYA 2IGCA 3GUNA 4GCBA 1CV0A 4DQ5A 1D3JA 3RT5X 1BB3A 253LA 1RI8B 4EMNA 1D3MA 1LYEA 2LZTA 1LSNA 1BVXA 3PDSA 1B5XA 2B6TA 211LA 1WQPA 4NG8A 4WL7A 1CKFA 3HH4A 3GUKA 5APDA 2B7XA 5KXTA 1LSCA 3WPLA 1LHLA 2W1MA 4DAJA 4GCFA 182LA 1TLAA 3B6LA 5LA8A 1PS5A 3MGWA 209LA 2D4JA 4DD2A 2RSCA 1NDGC 1L60A 5I53A 1C10A 3K2RA 3W6DA 112LA 1B7NA 2CUUA 2FYCA 3HT8A 4H9CA 1GF4A 2RB2X 1CV3A 1PQMA 1L65A 1L52A 1FN5A 1QTDA 3TMWA 2HECA 1G0MA 1QTKA 2BQCA 107LA 1GBXA 186LA 4ANRA 1OQMA 218LA 139LA 1D0KA 4NWHA 5II3A 1IO5A 4NHPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3WU8 A;  3P65 A;  1CJ6 A;  2OE4 X;  1VAT A;  4NGJ A;  1C46 A;  208L A;  5FEK A;  5IDD A;  4E97 A;  1GB0 A;  1B7O A;  1L0K A;  1CX7 A;  3AGG G;  1UIC A;  5KKJ A;  1L63 A;  3LZT A;  192L A;  5LAG A;  1L11 A;  4PJ2 C;  3T6U A;  5I4W A;  231L A;  1CU0 A;  1C6N A;  1CJ8 A;  4DD0 A;  1VDS A;  3GUI A;  4YM8 A;  1L53 A;  1LI3 A;  170L A;  2Z2F A;  4H94 A;  1ZVY B;  1LJK A;  3FI7 A;  4DD3 A;  1LJJ A;  2CDS A;  1L41 A;  1C6L A;  2XQO A;  176L A;  5FCP A;  1G7M C;  4EJ4 A;  4GLA A;  1L88 A;  1BHZ A;  2Z39 A;  1LTM A;  2OTY X;  5L3H A;  1BB6 A;  4LT3 A;  118L A;  1LYF A;  1CU5 A;  1I1Z A;  5DN4 A;  3P66 A;  3DN0 A;  4NIJ A;  2OU8 A;  1CTW A;  1EL1 A;  1HSX A;  2A4T A;  2G4P A;  3LN2 A;  1BVK C;  4XJI A;  2B73 A;  1JKB A;  2BQG A;  2BQN A;  4H8X A;  3UON A;  131L A;  3HT9 A;  1IR7 A;  1L90 A;  1AT5 A;  1CV4 A;  1JWR A;  1L84 A;  4NGO A;  3CT1 A;  5LVH A;  1GFH A;  1DYG A;  2CWI A;  3LYT A;  1DKJ A;  143L A;  3LHM A;  1YKZ X;  173L A;  3M3U A;  3A93 A;  1IC7 Y;  168L A;  1GWD A;  2B72 A;  3HT7 A;  1GBO A; 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