4ARPA

Structure of the inactive pesticin e178a mutant
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
345
structure length
340
Chain Sequence
VPAFLFSGSTLSSYRPNITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFAGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVTFGSGVDLGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFSDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PESTICIN
molecule tags Hydrolase
source organism Yersinia pestis
total genus 102
structure length 340
sequence length 345
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4arpA02
1PQIA 1L70A 1L38A 3HUAA 1XEPA 1L0JA 1L63A 1L97A 240LA 1QTDA 4I7NA 147LA 3C8QA 163LA 141LA 143LA 1D9WA 4GRVA 167LA 2F47A 1CV6A 177LA 1CVKA 1L91A 3FA0A 2O79A 1C6KA 4S0WA 4EKSA 3GUMA 4W59A 2B70A 1L85A 166LA 3DMXA 3OE9A 3HTDA 4EKQA 1B6IA 1L95A 1L19A 3SB5A 1OWYA 221LA 1KY1A 1C6QA 1C67A 1L33A 1G0LA 2RAZX 3HTGA 206LA 1L04A 1C60A 4EPFA 1L11A 216LA 1DYGA 1LYDA 3HT7A 256LA 1SX7A 1CUPA 258LA 1TLAA 1L61A 4W54A 3NY8A 1L71A 2RBQA 1G0QA 4W56A 150LA 112LA 1P3NA 173LA 1SX2A 4ARPA 210LA 231LA 168LA 1L28A 213LA 1D2YA 1C6MA 130LA 4I7OA 142LA 4YX7C 1PQMA 1DYFA 1LI3A 1ZWNA 1I6SA 2OTYX 176LA 1C61A 261LA 1C69A 1LYIA 3NY9A 253LA 1L98A 123LA 7LZMA 1L07A 1P46A 2RB1X 1C6NA 1L01A 243LA 1QUHA 4EJ4A 4ARQA 228LA 1P37A 1LYHA 1L24A 1KY0A 183LA 3GUOA 1KW5A 1L18A 1OWZA 1SWZA 4ARQB 1LYEA 1C62A 1P7SA 110LA 1CV3A 1P6YA 218LA 1JQUA 1L44A 1D3JA 1D3MA 1QTCA 2B74A 2HUMA 119LA 2L78A 1L15A 3FI5A 3C7YA 227LA 252LA 3HT6A 159LA 128LA 3L64A 1P5CA 1CU3A 2O4WA 251LA 1DYCA 1L68A 1DYDA 131LA 1OVKA 1L12A 1L42A 247LA 1QTBA 1L32A 1LW9A 1KW7A 4LDEA 5LZMA 3OE6A 3CDTA 4I7LA 172LA 1L89A 191LA 1P2RA 2B72A 4AQNA 3CDVA 1L20A 1L49A 3GUKA 1LLHA 2F32A 156LA 1L69A 4LDLA 1LI6A 1L77A 212LA 1KNIA 3V2YA 4ARLA 111LA 2B6TA 103LA 2CUUA 3DN1A 2OU9A 109LA 1L13A 122LA 1T97A 3HH3A 1QS9A 1C6IA 1ZYTA 1C6FA 3F8VA 1G0PA 244LA 3C83A 3G3WA 5I14A 1L22A 4I7KA 245LA 3SB7A 4EKRA 1L31A 3CDOA 230LA 1L87A 1L86A 3HTBA 1DYBA 229LA 118LA 3HH5A 3HH6A 250LA 1CX6A 1LGWA 2F2QA 4DAJA 4ZPUA 3GUIA 157LA 1CV1A 1CTWA 2RBPA 185LA 214LA 1C6PA 4I7PA 1PQDA 1L26A 1PQOA 1CU0A 1L02A 1KS3A 114LA 1JTNA 3HDFA 3C8RA 1QT8A 1L34A 1QT4A 2RB0X 1L23A 2RBSA 201LA 1L59A 3SBBC 1P36A 1C66A 3SB6A 1LPYA 259LA 3HTFA 3VW7A 1C6BA 2LZMA 1OVHA 1CUQA 1G0MA 2NTHA 4I7QA 4I7SA 115LA 1CU2A 1L41A 3SBAA 4EPIA 4PK0A 1L94A 1C6TA 145LA 2RBRA 4IAPA 4E97A 4I7MA 2B6ZA 4PJZA 3GULA 2ANVA 1D3NA 2QARC 1L30A 255LA 1L21A 1LWGA 2IGCA 242LA 151LA 1LI2A 260LA 3G3VA 1C6GA 139LA 3DN0A 1SWYA 2LCBA 1L93A 1CV4A 1L81A 4ARJA 1L25A 1L60A 3HUQA 2OU0X 1T8AA 1L65A 1T8GA 4DKLA 3RUNA 1CX7A 2A4TA 1C63A 3GUJA 1JTMA 1L66A 1OV7A 174LA 2QB0B 2OE4X 3EMLA 192LA 4EKPA 108LA 1QT5A 3CDQA 4K5YA 4GBRB 2Z6BA 4YXAC 126LA 262LA 211LA 3DN8A 3C8SA 3HWLA 1C68A 3HUKA 127LA 4YXCA 3DKEX 1C6AA 3OE8A 1LGXA 1QT7A 4W58A 178LA 1T8FA 120LA 161LA 3G3XA 3GUPA 1L09A 1PQJA 1L90A 1NHBA 3SB9A 1L03A 1QUDA 3PDSA 3L2XA 3DN6A 1L75A 1L54A 2Q9DA 1QSQA 3DMZA 1L29A 1QUOA 1SSWA 1LYGA 1L80A 3SN6R 1L48A 4DJHA 1QUGA 1L57A 190LA 205LA 1L08A 1QS5A 1L73A 1L39A 1L67A 1OV5A 1K28A 3C80A 2OTZX 1G1WA 160LA 1L35A 137LA 3DN4A 1L51A 1L16A 1L46A 2LC9A 1L88A 3HT9A 164LA 246LA 1G06A 3C82A 197LA 1L53A 4LDOA 1QTHA 225LA 149LA 3HH4A 1L96A 4LZMA 4W55A 1G0JA 1QT3A 2B75A 4ARMA 2B7XA 2O7AA 224LA 241LA 170LA 4ARMB 237LA 3HDEA 2NTGA 235LA 2OE9X 3C7WA 165LA 1C6DA 226LA 188LA 257LA 198LA 1D2WA 1EPYA 138LA 2OE7X 1L43A 146LA 144LA 4W52A 3DNAA 1L10A 1L82A 3F9LA 1L14A 1L40A 2HULA 3DN3A 1CU6A 1L27A 3HT8A 1L84A 171LA 199LA 1L83A 222LA 3DMVA 158LA 148LE 2OEAX 3QAKA 1G0GA 1LWKA 239LA 1XJUA 113LA 1QSBA 186LA 1L99A 107LA 182LA 1C6EA 209LA 4I7RA 2RAYX 3K2RA 1L74A 2RH1A 152LA 2B6YA 2B6WA 1P64A 162LA 1LGUA 169LA 1L64A 2RBOA 4OO9A 155LA 1ZURA 3CDRA 1C6LA 1C6CA 3V2WA 1CV0A 2ANXA 1L62A 1L36A 1L92A 217LA 1LYFA 254LA 104LA 3PBLA 2B6XA 1LYJA 189LA 3D4SA 129LA 1L76A 3FADA 2Q9EA 180LA 196LA 3UONA 1G0KA 234LA 3ODUA 1L00A 184LA 181LA 233LA 2RB2X 232LA 3RZEA 3C81A 1L50A 140LA 1P2LA 1QT6A 223LA 3NYAA 3OE0A 3HU9A 1G1VA 4I7TA 1G07A 1PQKA 1DYAA 1DYEA 2RBNA 1C65A 1OVJA 3C7ZA 238LA 1L17A 125LA 1L56A 249LA 1OYUA 3JR6A 236LA 1CU5A 1L37A 4W53A 1L45A 1T6HA 2B73A 1XJTA 1L47A 1L0KA 1QTVA 102LA 1L52A 3DN2A 4W57A 1CV5A 3GUNA 215LA 1C6JA 1WTHA 2HUKA 1D3FA 1C64A 1QTZA 220LA 187LA 1P56A 4EXMA 1C6HA 6LZMA 200LA 1SSYA 1L55A 1L58A 2OU8A 4I7JA 1L06A 1L05A 195LA 219LA 175LA 1L79A 3LZMA 3SB8A 1L72A 3HU8A 4W51A 248LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TXHA 3W6FA 1KXYA 3TXFA 240LA 1XEIA 2G4PA 1C46A 1FLUA 1EL1A 3ATNA 1GFKA 143LA 4HTNA 5KXYA 4LT0A 4H9BA 1QDRA 1CV6A 1UACY 2EKSC 3B72A 1WQMA 3AGIA 1D0KA 4XJFA 1NKHA 4W59A 1JTTL 3HTDA 4HPIA 1L19A 1OWYA 1C67A 1H87A 5HMVA 4NY5A 3RNXA 206LA 1SX7A 1GFVA 1LYSA 1TDYA 3NY8A 5APFA 4W56A 112LA 4RW2A 5KKJA 1B5XA 168LA 2W1LA 130LA 1LKSA 5AMYA 1GF8A 1YAPA 2LYOA 1IX0A 2OTYX 1UIGA 261LA 1C69A 1LYIA 3NY9A 253LA 2AUBA 1IO5A 1L98A 2RB1X 1F6SA 4HJYA 7LYZA 1N4FA 4EJ4A 4ARQA 1P37A 3OJPA 1KW5A 1LYEA 2DQIY 4H8XA 1TCYA 1D3JA 4R6CA 1O23A 227LA 4WLXA 3HT6A 3AW7A 2H9KA 3L64A 1GE0A 1JEFA 4HTQA 4UWNA 1WQQA 5LAFA 1YANA 4YOPA 3CSQA 4NIJA 4MSTA 1OUJA 247LA 4KPMA 1BWHA 1KW7A 3OE6A 3KAMA 4AGAA 172LA 3WU9A 1LMTA 4AQNA 4PHIA 1L20A 1JTPL 5JENB 3GUKA 1LLHA 1LI6A 1KNIA 111LA 2B6TA 103LA 4DQ5A 1IIZA 1BWIA 4TSBA 3HH3A 1QS9A 2F30A 3F8VA 4N9RA 1G7MC 4NGYA 244LA 3C83A 4II8A 5T3FA 4LT2A 3SB7A 230LA 1JKCA 1DYBA 1CX6A 4H9CA 1T6VL 3GUIA 3TMVA 5I54A 1C08C 4N8ZA 2BQJA 214LA 2F4AA 1C6PA 1LYZA 3CT1A 5KXRA 1L26A 1ZVYB 1CU0A 1QUTA 3EO5A 3C8RA 1L23A 4DQJA 3P64A 5LAGA 3FE0A 1SQ2L 1P36A 2HU3A 1NDGC 3A90A 1CUQA 4J7VA 4I7SA 1CU2A 1L41A 3SBAA 4DD3A 4GLVA 4PK0A 3B0OA 4TWSA 4Z41A 1IP7A 1C6TA 1BHZA 4E97A 5DLAA 4I7MA 4NWHA 2ANVA 1D3NA 1OUBA 255LA 4NGIA 4ETEA 4CFPA 1NQIA 1LWGA 3G3VA 139LA 4TTDA 1LZNA 1UIAA 4FDYA 4ARJA 1L25A 1L60A 3HUQA 4DD2A 5APDA 1L65A 3RUNA 4N5RA 1JTMA 4GN4A 2OE4X 1MLCE 3EMLA 108LA 1TBYA 4WLTA 1GFRA 3ZVQA 1GFGA 1LJNA 2DQFC 2Z6BA 126LA 211LA 4H8ZA 5F14A 3DN8A 3HWLA 4MCKA 1C68A 3HUKA 1RJCB 1QT7A 4W58A 2B5ZA 3A93A 120LA 3P66A 4NHQA 5F9UA 5E4PA 3WYHA 1NHBA 1QUDA 3WXUA 5FCPA 1HHLA 1L54A 1OUFA 3B6LA 1LYGA 1QTEA 1LZ9A 1L80A 3T36A 4NSJA 3TXBA 1QUGA 1L57A 1QS5A 4DD7A 1UIHA 1L67A 1J1OY 3AZ4A 160LA 1B7RA 2BQOA 3DN4A 4GN5C 4J0LA 2LC9A 3A34A 1G06A 5ILFA 1JKDA 1IR8A 1VFBC 4LZMA 1G0JA 1QT3A 2B75A 2O7AA 4FJRA 241LA 170LA 1GD6A 4ARMB 1T3PA 5IELA 2OE9X 1QUSA 188LA 1LSFA 198LA 1LSYA 4W52A 3P65A 3TXGA 1GB2A 1L14A 1L40A 2HULA 3DN3A 5ILCA 171LA 1L83A 158LA 1FBIX 5LA5A 2NWDX 5KJ9A 1JKAA 1QSBA 2LYMA 5C6LA 1LHKA 1IOCA 1HC0A 1QSAA 1QDTA 3LYOA 4U3XB 3K2RA 4C5FA 1WTNA 152LA 4WL7A 2B6WA 3W6AA 1LGUA 5KXZA 1LZGA 2BQBA 1JJ3A 2RBOA 5B07A 1BWJA 1JSEA 3V2WA 1C6CA 1GBXA 3ATOA 2CDSA 1L62A 1L92A 254LA 4R0FA 1B7NA 5LVKA 1LHJA 3D4SA 4QY9A 1UIEA 1PZYA 3WPJA 3FADA 3UONA 1G0KA 4CGEA 234LA 132LA 181LA 1V7SA 233LA 4KT3A 2FYCA 3RZEA 4LYZA 4DDAA 1IOSA 1LSZA 3C81A 1L50A 3ZEKA 3OE0A 1G1VA 4W94A 2RBNA 2Y8PA 4H91A 3C7ZA 2A7DA 249LA 3WPLA 3JR6A 236LA 1GF6A 2HEAA 1T6HA 2B73A 1L47A 5F81A 3DN2A 1CV5A 215LA 1WTHA 3CSRA 4DQ7A 1B7PA 3J4GA 5LXWA 1GB0A 4I7JA 1L05A 195LA 3SB8A 2BQCA 1VATA 248LA 1B7OA 1PQIA 4B4EA 3HUAA 1W6ZA 1B2KA 5LIOA 1L63A 4BADA 4G4BA 1QTDA 147LA 1GBZA 1D9WA 4GRVA 134LA 1GBOA 1LZYA 4WM4A 2F47A 177LA 1CVKA 4NSIA 1BB3A 2O79A 5HNLA 1DZBX 1KIQC 2B70A 3TMXA 3OE9A 4EKQA 1L95A 3SB5A 4ZFPA 1OUIA 1XGUC 4XJIA 3TMWA 2C8PA 1REZA 1OUEA 4EPFA 1L11A 1GAYA 1LJIA 2LZTA 1HFXA 256LA 1CUPA 4QGZA 1GPQC 1LHHA 135LA 1IP1A 4AXTA 2LYZA 5KXKA 2RBQA 3CSZA 4M6DA 5KY1A 1AZFA 1IWZA 173LA 4ARPA 5F9XA 210LA 231LA 1L28A 4DD0A 1CJ9A 142LA 1JKBA 1RI8B 1OQMA 3BKHA 1PQMA 1DYFA 4NGWA 1I6SA 1DI4A 3N9EA 1IWTA 123LA 1HFZA 1DPWA 4C3WA 1B7QA 1ALCA 3WU8A 4G49A 228LA 5B1GA 1JPOA 1LYHA 3GUOA 1SWZA 4HP0A 1REYA 1YAOA 4J1AA 1P6YA 1LMNA 3LYTA 1FKQA 3FI5A 5B59A 1VDTA 2F4GA 159LA 128LA 1OUHA 4N0JA 1P5CA 5HQ1A 1CU3A 1GB7A 1HMLA 4DDBA 131LA 1XEJA 1DXJA 1L42A 1QTBA 1YKZX 4LDEA 5LZMA 2BQAA 4XENA 3CDTA 133LA 4I7LA 1LJHA 1F10A 4NGVA 3CDVA 1CJ8A 1LMOA 1RE2A 4B0DA 2F32A 4HPEA 5L9JA 1L77A 212LA 4ARLA 1HENA 2CUUA 2OU9A 4M4OA 4W96A 2HECA 109LA 1L13A 122LA 1C6FA 2Z18A 4H9AA 3HFMY 1LKRA 1L22A 245LA 1HEQA 1L87A 1XGQC 3HTBA 229LA 118LA 3HH5A 3HH6A 1IWYA 1IC4Y 1NMMA 2F2QA 2D6BA 4XJBA 2RBPA 4NGKA 2DQGY 4EMNA 3HDFA 3A67Y 201LA 4H1PA 3SBBC 259LA 1SLYA 1YROA 1I1ZA 2DBTA 1GE1A 1GEZA 208LA 1WTMA 2EQLA 4ZIXA 4IAPA 2RBRA 1IORA 3AYQA 5LVIA 1L30A 1IOQA 1LSEA 2CJLA 4LT3A 1GEVA 3HBDA 151LA 1LI2A 1C6GA 2DQCY 1GB5A 3CB7A 1L93A 1CV4A 1IP4A 1L81A 2OU0X 1T8GA 1CX7A 1IOTA 2ZYCA 2Z2FA 1OV7A 174LA 4EKPA 5KXNA 1UBZA 4NFVA 1FLYA 3C8SA 4PPOA 3M3UA 2ZIKA 1LGXA 3A91A 2ZWBA 1T8FA 1HEMA 3FI7A 161LA 3G3XA 3GUPA 1JJ0A 1L09A 4H8YA 2DQJY 1IP2A 1C10A 3PDSA 1CNSA 3D3DA 4HV1A 2MECA 1HF4A 3HBHA 4DWXA 3DN6A 1L75A 1A2YC 4TSCA 1QSQA 1QUOA 3SP3A 1SSWA 1L48A 8LYZA 5C6JA 190LA 1QQYA 1K28A 193LA 3C80A 1LZBA 1A4VA 4RLNA 4CJ2A 1LJJA 4DYGA 1L16A 2MEFA 164LA 5I4WA 2ZNWY 246LA 197LA 4NGOA 4NHTA 1JITA 4LDOA 2MEGA 5L3HA 1QTHA 225LA 4OOTA 4ETDA 1KXWA 1D0MA 1YIKA 1IP5A 4ARMA 1HMKA 224LA 2HUBA 237LA 235LA 1GXV2 1WVVA 3LZTA 1EPYA 2OE7X 4XJGA 2XBSA 146LA 3DNAA 4NHIA 5I4XA 1BB7A 2BQNA 4WM5A 4BS7A 4J1BA 1L27A 1XGTC 1HELA 1OUCA 1LSGA 199LA 1C45A 3QAKA 1G0GA 239LA 4KXIA 2BLYA 3A92A 3J6KA 2BQEA 5DN5A 4CHXA 182LA 1F6RA 4N1EI 1ZMYL 1C6EA 1WQRA 1L74A 4HJVA 1RCMA 1P64A 162LA 5FHWA 1JHLA 1D9UA 1L64A 4OO9A 3TXDA 4L41A 1XGPC 207LA 3CDRA 4LYOA 1C6LA 1LZ8A 1CKCA 2ANXA 1GF3A 1LZSA 3PBLA 1FN5A 2B6XA 1GFUA 4OW1A 129LA 1B5VA 1LYOA 5A3EA 180LA 196LA 1H6MA 3LYZA 4PGJB 1NBYC 1LZAA 2RB2X 1GF5A 232LA 1HEPA 2C8OA 3F6ZA 1UC0A 1GB9A 1VDQA 1LSBA 4I7TA 1DYAA 4ET9A 2W1YA 4NGZA 1L17A 3WH1A 4DC4A 5B05A 1CU5A 1L45A 3WXTA 1L0KA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3TXH A;  3W6F A;  1KXY A;  3TXF A;  240L A;  1XEI A;  2G4P A;  1C46 A;  1FLU A;  1EL1 A;  3ATN A;  1GFK A;  143L A;  4HTN A;  5KXY A;  4LT0 A;  4H9B A;  1QDR A;  1CV6 A;  1UAC Y;  2EKS C;  3B72 A;  1WQM A;  3AGI A;  1D0K A;  4XJF A;  1NKH A;  4W59 A;  1JTT L;  3HTD A;  4HPI A;  1L19 A;  1OWY A;  1C67 A;  1H87 A;  5HMV A;  4NY5 A;  3RNX A;  206L A;  1SX7 A;  1GFV A;  1LYS A;  1TDY A;  3NY8 A;  5APF A;  4W56 A;  112L A;  4RW2 A;  5KKJ A;  1B5X A;  168L A;  2W1L A;  130L A;  1LKS A;  5AMY A;  1GF8 A;  1YAP A;  2LYO A;  1IX0 A;  2OTY X;  1UIG A;  261L A;  1C69 A;  1LYI A;  3NY9 A;  253L A;  2AUB A;  1IO5 A;  1L98 A;  2RB1 X;  1F6S A;  4HJY A;  7LYZ A;  1N4F A;  4EJ4 A;  4ARQ A;  1P37 A;  3OJP A;  1KW5 A;  1LYE A;  2DQI Y;  4H8X A;  1TCY A;  1D3J A;  4R6C A;  1O23 A;  227L A;  4WLX A;  3HT6 A;  3AW7 A;  2H9K A;  3L64 A;  1GE0 A;  1JEF A;  4HTQ A;  4UWN A;  1WQQ A;  5LAF A;  1YAN A;  4YOP A;  3CSQ A;  4NIJ A;  4MST A;  1OUJ A;  247L A;  4KPM A;  1BWH A;  1KW7 A;  3OE6 A;  3KAM A;  4AGA A;  172L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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