4ARQA

Structure of the pesticin s89c, s285c double mutant
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
VPAFLFSGSTLSSYRPNFITIALPHYVNLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVCYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVTFGSGVDLGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFCDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PESTICIN
molecule tags Hydrolase
source organism Yersinia pestis
total genus 113
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4arqA02
1L40A 1CUQA 3GUPA 4I7KA 1QS5A 1L30A 157LA 2B75A 4LDEA 4W55A 1TLAA 1ZYTA 200LA 1DYCA 1L13A 1L50A 7LZMA 2L78A 213LA 1DYAA 1QT8A 4W59A 1L45A 1CU5A 167LA 1QUDA 4DKLA 1L67A 1C64A 1OWYA 2RBQA 1D3JA 1L85A 3QAKA 1L83A 219LA 1D3NA 1L39A 1L95A 177LA 3SBAA 1G0PA 3G3VA 3NY9A 1L61A 1T8GA 4YX7C 1L55A 1B6IA 1QTHA 6LZMA 3SB5A 1L41A 1C6TA 3K2RA 1LLHA 3HTGA 115LA 1C6HA 4IAPA 1L73A 3HDEA 1L47A 4ARMA 2B74A 250LA 248LA 242LA 3C80A 229LA 1L77A 3L2XA 102LA 3HH3A 173LA 4LZMA 2F47A 3V2WA 3C82A 2ANVA 4EKSA 1L25A 3HUKA 1L80A 145LA 3EMLA 232LA 1L81A 1C6PA 150LA 1XJUA 2A4TA 195LA 1L98A 1XEPA 107LA 1CVKA 144LA 3OE0A 1CTWA 243LA 2HULA 2HUKA 1SSWA 103LA 1LYDA 2CUUA 158LA 3HTDA 1L88A 1QUGA 3HTFA 1LWKA 113LA 3LZMA 3OE6A 209LA 2F2QA 3C7YA 1L91A 3C83A 3PBLA 1PQMA 199LA 211LA 1C6AA 2IGCA 261LA 4I7TA 1L87A 1OWZA 5I14A 171LA 4W51A 1C6MA 3HDFA 1P56A 2HUMA 2RBRA 1P2LA 1QTDA 1L00A 4S0WA 1L34A 170LA 3FADA 3VW7A 1DYGA 254LA 244LA 217LA 1L64A 1C6EA 1L26A 2OU9A 131LA 3L64A 1P46A 259LA 3SN6R 164LA 235LA 3CDTA 3DN4A 2RB1X 1K28A 1G0MA 1L96A 1CUPA 1L14A 2OU8A 1L68A 1NHBA 1LGXA 210LA 1P36A 125LA 178LA 1DYBA 2B6YA 1SWYA 3HT8A 1QTCA 126LA 166LA 2Q9EA 1KW7A 228LA 1LI3A 184LA 1G1VA 1L11A 3ODUA 3GUNA 1QT4A 3HH5A 1EPYA 1C60A 3CDOA 1OVJA 3DMZA 4PK0A 1G0GA 1C6IA 1L74A 3GUIA 189LA 1T6HA 1QUHA 3DN1A 162LA 3DN3A 1QT6A 2OE9X 3GUKA 1KW5A 222LA 2B6WA 1L70A 1L35A 1L79A 3DNAA 1D3FA 1T97A 2NTGA 1L17A 2OU0X 182LA 1L90A 4ARPA 1JTNA 3GUMA 4I7LA 4W57A 1C66A 252LA 175LA 3NYAA 165LA 1LGWA 1XJTA 1L94A 1C6DA 4PJZA 4EKQA 147LA 1L16A 1L42A 4DJHA 1L31A 1L69A 1LW9A 149LA 3DKEX 2LCBA 1C6NA 1P37A 4YXCA 1QSQA 2F32A 1SX2A 224LA 151LA 257LA 4OO9A 1G07A 3C8SA 4K5YA 3RZEA 3HUAA 1SSYA 2OE4X 128LA 4EJ4A 1QT3A 4W53A 1PQIA 1JQUA 260LA 1L43A 1QTVA 159LA 3C81A 1QUOA 230LA 1L36A 1C6BA 1LGUA 1L05A 2OE7X 1L46A 255LA 1PQDA 1CU2A 1KNIA 1SWZA 2ANXA 2RH1A 1P5CA 140LA 1L22A 1L65A 2O4WA 4W56A 1P6YA 247LA 2B72A 2RB2X 237LA 256LA 1L48A 3HU9A 169LA 1C61A 1L92A 1L76A 221LA 1L51A 110LA 2Z6BA 1G0JA 2LC9A 205LA 3SB8A 4EKRA 1L54A 1L53A 4EKPA 2RBNA 3NY8A 4ARLA 1ZURA 1L57A 1OV5A 129LA 3C7WA 4I7NA 1C65A 1CX7A 3F8VA 1L52A 4I7OA 4I7SA 3FI5A 4EPIA 123LA 1WTHA 163LA 234LA 3HT6A 1C63A 1DYFA 1QT5A 4ARMB 4EPFA 1L21A 2O79A 3C8RA 130LA 3CDQA 143LA 2OEAX 1KS3A 2B70A 176LA 1QTZA 4E97A 1QSBA 4GRVA 4YXAC 1QTBA 2RB0X 155LA 225LA 1L59A 258LA 3GUJA 2B7XA 1L19A 3G3WA 1L72A 1L15A 1L18A 226LA 2RBPA 104LA 185LA 1L02A 196LA 1C68A 3DMXA 238LA 3G3XA 3SB7A 1C6LA 2RAYX 148LE 141LA 1KY1A 1LI2A 1L93A 186LA 2B73A 1L71A 108LA 1CV0A 1PQKA 1OVHA 3DN0A 1D3MA 1C6CA 3HH6A 1C6FA 4ZPUA 246LA 1L89A 1L10A 3OE9A 146LA 245LA 1QS9A 3HT7A 1DYDA 3V2YA 206LA 1P2RA 240LA 1D2YA 214LA 2B6ZA 3GUOA 1L09A 1L33A 1LYIA 1OV7A 1L28A 1L0JA 1L97A 1CU0A 215LA 2QARC 3HWLA 1LWGA 127LA 4ARQA 3D4SA 198LA 1CU3A 1CV3A 249LA 216LA 3HU8A 1L03A 3RUNA 4AQNA 1C62A 114LA 4I7MA 120LA 111LA 3DN8A 2RBSA 1C6QA 251LA 1T8FA 239LA 3DN2A 3GULA 1CV1A 1G0KA 1G06A 3SB6A 253LA 1LYGA 1OVKA 3PDSA 1SX7A 160LA 1P7SA 3SBBC 3F9LA 1C6JA 1CV6A 1L32A 3HTBA 1CX6A 4DAJA 3C8QA 109LA 191LA 1L20A 1C67A 156LA 1P3NA 1PQOA 1L63A 137LA 2OTYX 262LA 1L24A 1LPYA 3HUQA 220LA 2O7AA 181LA 1L04A 1L23A 197LA 122LA 1PQJA 1L0KA 1L62A 4W52A 3FA0A 1L58A 3CDRA 218LA 1QT7A 1LYHA 212LA 4ARJA 4EXMA 4LDOA 112LA 1L49A 2B6XA 187LA 1L99A 1L66A 223LA 190LA 2RAZX 231LA 3DMVA 3SB9A 3UONA 139LA 1L08A 1C69A 1L56A 4ARQB 1L37A 3C7ZA 152LA 161LA 1LI6A 1G0LA 1L44A 174LA 201LA 4I7QA 4LDLA 1D2WA 1L38A 1L75A 2Q9DA 3HH4A 1P64A 1D9WA 1OYUA 3DN6A 1LYEA 1ZWNA 188LA 1LYFA 2B6TA 4W58A 172LA 1I6SA 4I7JA 1CV5A 1L86A 1C6GA 1L12A 168LA 1DYEA 5LZMA 4GBRB 1L60A 3HT9A 1L29A 1L82A 192LA 2RBOA 1JTMA 2NTHA 4I7RA 1CU6A 233LA 2QB0B 227LA 1L27A 4I7PA 1CV4A 183LA 1G1WA 118LA 138LA 236LA 1C6KA 1KY0A 2LZMA 180LA 1L06A 119LA 3OE8A 142LA 1L07A 241LA 1LYJA 3CDVA 4W54A 3JR6A 1T8AA 2OTZX 1L84A 1L01A 1G0QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BS7A 4EMNA 1IWZA 3A94A 2Z19A 1L30A 2XQOA 2B75A 4LDEA 2BQAA 213LA 1QT8A 5KXXA 1L45A 1QUDA 4J1BA 4Z3MA 1OWYA 1D3JA 3QAKA 4N5RA 1BWJA 3OJPA 3SBAA 4NSGA 3WH1A 135LA 1DKJA 1B6IA 1BVKC 1LZ4A 3SB5A 2BQFA 4DDCA 5J7CA 1I56A 1LLHA 1LJIA 3T36A 3A91A 2BQMA 5E4PA 4ARMA 1LZNA 2LZ2A 250LA 5HNLA 4CHXA 4PHIA 1VDPA 3C80A 173LA 208LA 1XEJA 1L25A 5KXSA 3TXKA 145LA 3A93A 4YF2A 1C6PA 1L98A 3WW6A 1CTWA 3A6CY 243LA 2HEBA 1LYDA 2CUUA 158LA 1LZSA 3OE6A 3C7YA 3TMUA 4ETDA 1V7SA 3C83A 3PBLA 3K3TA 1LHJA 211LA 1REXA 1LSCA 1I20A 1UIGA 4I7TA 2BPUA 1LTMA 6LYZA 4I8SA 4N9RA 1REYA 1C6MA 4NG1A 1FLWA 1P56A 1LZCA 1GBYA 4S0WA 4WO6A 1L34A 5F9XA 3FADA 5F14A 1VATA 1DYGA 1LJKA 1LZ9A 1IO5A 2HU3A 3WPLA 1C6EA 1JIYA 4L41A 4E3UA 3D3DA 4DWXA 4MR1A 1GFJA 2W1XA 1E8LA 1L68A 1LGXA 5B07A 1XEKA 1LMOA 1LJFA 1W6ZA 2B6YA 1GBWA 1KXXA 1I1ZA 1WVUA 1F6RA 1GHLA 2MECA 1G1VA 4PGJB 3HH5A 1EPYA 1C60A 3CDOA 4PK0A 1L74A 1C6IA 5DN4A 5F81A 3DN1A 162LA 1QDRA 1KW5A 5IELA 2G4NA 4BAPA 1IR9A 1L79A 1XGRC 1FDLY 3CSQA 3EO5A 1IOCA 1OP9B 182LA 2EKSC 1JTNA 3GUMA 1J1PY 1JKAA 252LA 175LA 2Z37A 4PRQA 165LA 1L94A 3CSRA 153LA 1HEMA 4NY5A 4EKQA 4DD3A 1GBOA 2CDSA 149LA 1GWDA 5L9JA 3T6UA 4ETAA 1JJ3A 1OUJA 1HERA 1CKDA 3WW5A 4EOFA 1GBZA 5A3ZA 151LA 4OO9A 4K5YA 128LA 1UICA 4W53A 260LA 1IP5A 1ZVYB 2EQLA 4ETBA 4WLDA 1J1OY 1NQIA 1GFGA 2NWDX 1F10A 1BB7A 1L22A 4DD7A 2O4WA 2B72A 1IOSA 1L48A 3P4ZA 3WPJA 1L76A 110LA 4J7VA 1G0JA 2LC9A 3J4GA 3SB8A 1XGUC 5LAGA 4U3XB 1NKHA 3C7WA 1DKKA 1L52A 4I0CA 3W6DA 4LFPA 1GEZA 4I7SA 4HTKA 4YOPA 1L21A 4NHQA 4KPMA 1FKVA 1B7RA 143LA 1AT5A 1KS3A 1YQVY 1QTZA 4E97A 1GFKA 4WM2A 4YXAC 4H8XA 155LA 5B06A 1B9OA 1OUEA 1L59A 4HPEA 1JJ1A 4QDNA 5LYMA 2CWIA 1L72A 4GN5C 1L18A 185LA 3G3XA 2B5ZA 1UC0A 4LT0A 148LE 1LI2A 186LA 1L71A 1EQEA 1CJ7A 1C6FA 4YENA 1GB8A 2W1YA 1SQ2L 2BQOA 1P2RA 1UIEA 5II3A 5IHGA 1JUGA 1LYIA 1L97A 1CU0A 215LA 4TX7A 4ARQA 4DD9A 1YKZX 4CJ2A 2D6BA 4W96A 1CU3A 1B5ZA 249LA 216LA 5C6IA 4WLXA 3HU8A 4AQNA 1C62A 114LA 4I7MA 1V7TA 2RBSA 251LA 2Z2EA 1GFRA 1GFHA 3ZVQA 1TDYA 2C8PA 3WVXA 1P7SA 4P2EA 4H94A 1TAYA 3SBBC 3F9LA 1C6JA 2AUBA 4DAJA 1UIFA 4A7DA 1BWIA 4OWHA 5FEKA 2BQLA 2D4JA 5ILFA 5HLLA 1LJHA 4TSCA 1IR7A 1B7SA 4LYOA 1WVVA 2O7AA 4KXIA 1L23A 1VAUA 4LYTA 1T6VL 2GV0A 2MEFA 1LYHA 4EXMA 5KKJA 4G49A 187LA 3WYHA 223LA 190LA 1CKGA 3DMVA 2ZIKA 1CKCA 1L56A 4ARQB 1L37A 1QQYA 161LA 1UUZC 4FDYA 3TMVA 1L38A 1L75A 2Q9DA 1C7PA 1OYUA 4H90A 5F16A 1LYEA 1LHKA 1AT6A 4W58A 2DQCY 3GXKA 193LA 172LA 1LMPA 3A3QA 1GB5A 5LZMA 4GBRB 1L60A 4NHPA 1L82A 2NTHA 2MEBA 4XJBA 1WQMA 1GF6A 1JKDA 1O23A 4ETCA 180LA 4XYYA 3EXDA 1GFTA 1BWHA 1VDQA 1KIQC 1NF5A 3JR6A 2OTZX 1L01A 2ZNXY 1G0QA 3HBHA 3CT5A 1L40A 2DKVA 1FLUA 1IC7Y 4I7KA 1QS5A 3M3UA 4W55A 1HFXA 1LZRA 1PS5A 3AGIA 7LZMA 2L78A 2D4IA 1DYAA 2DQAA 1CU5A 4DKLA 5APFA 4WM6A 1L83A 219LA 177LA 1L61A 1T8GA 4GCEA 6LZMA 4M6DA 1GD6A 3B6LA 1L41A 3FI7A 3HTGA 1C6HA 4DDAA 1BGIA 4XN6A 2B74A 248LA 1CJ8A 1GE3A 242LA 1L77A 3WUNA 3L2XA 4NIJA 1YAQA 4LZMA 1YANA 3C82A 1NHEA 4EKSA 4GLAA 1L80A 3EMLA 5E9RA 1JJ0A 4ET9A 3N9CA 2A4TA 5IDDA 1XEPA 107LA 4WLYA 1GFUA 1QTEA 5FCPA 5KXKA 2IHLA 1ZMYL 1QUGA 1LWKA 3TMXA 1REMA 2F2QA 1L91A 1PQMA 2Z39A 4PRUA 5FSTA 1C6AA 1H87A 1B5UA 4NGIA 4NSHA 1L87A 3P68A 4OWEA 5I14A 3WU9A 3F6ZA 1GB6A 1L00A 3G3AB 1LSPA 2YVBA 1LKSA 1GE0A 2Q0MX 254LA 5DM9A 4LYZA 217LA 1RE2A 1LHIA 1UIBA 1WQOA 5HQ1A 2OU9A 1HEWA 1P46A 4H1PA 259LA 1G0MA 1LSZA 1L96A 1L14A 3MGWA 2OU8A 1P36A 5LIOA 4C3WA 1DYBA 3HT8A 1SWYA 1FLYA 154LA 1LI3A 3J6KA 1LSBA 1YILA 4H9CA 3DMZA 1QUTA 1LSYA 2X0AA 2HU1A 4OWBA 1QT6A 1JSEA 222LA 2B6WA 1L35A 3TXDA 1D3FA 4PPOA 3FE0A 4B4EA 1L17A 2OU0X 1OQMA 4ARPA 1L90A 2H9JA 1GFAA 1C66A 1XGTC 1KXYA 2BAAA 3AW6A 1XJTA 2VB1A 4DD2A 1L42A 4DJHA 5I4WA 1J1XY 3LYTA 1L31A 1LW9A 1P37A 4YXCA 1CNSA 1SX2A 224LA 2BQDA 4NWHA 1QT3A 1IP3A 1JQUA 1QTVA 4HPIA 1LGUA 1L46A 4H91A 1OUCA 4NHIA 5DLAA 4XJDA 1P5CA 3B72A 1W08A 140LA 3LZTA 2G4QA 3A96A 1N4FA 2HECA 5LA8A 1LSFA 2RB2X 3HU9A 1GE4A 5C6LA 1L54A 4EKPA 2YBLA 4LYMA 3NY8A 3BKHA 4ARLA 1D9UA 3CQLA 3WU8A 4NGZA 1C65A 1HSXA 3FI5A 123LA 1B5VA 1GFVA 1WTHA 2MEEA 3AB6A 4UWVA 234LA 2BQBA 2MEAA 1QT5A 4ARMB 1B0DA 2LYMA 2N5ZA 1DPWA 1HEOA 130LA 1GEVA 1MLCE 1CJ6A 1G7LC 1LMNA 4GCCA 1QSBA 4GRVA 1LMCA 1NDGC 5I5QA 2LYOA 5EBHA 4NFVA 2EIZC 225LA 1AKIA 2BQCA 2YBNA 1LJEA 3GUJA 1L19A 5KXYA 1RJCB 238LA 3SB7A 2XBRA 5DN5A 1KY1A 4B0DA 2DQJY 108LA 4G4BA 5I4XA 2DQGY 2Z12A 1C6CA 5I54A 246LA 1INUA 1L89A 1IP4A 1L10A 3WVYA 245LA 1QS9A 1G7MC 3V2YA 1D2YA 214LA 2B6ZA 4TWSA 5B59A 1L09A 3AJNA 1LYSA 1XSFA 2QARC 3HWLA 1LWGA 127LA 5M1YA 2ZYCA 3RUNA 4H9EA 120LA 2LYZA 4ET8A 239LA 4H9BA 253LA 1B5YA 4N1EI 1UA6Y 1LYGA 3PDSA 5B05A 3WU7A 1SX7A 207LA 3HBEX 4DYGA 1OUBA 109LA 2BQNA 191LA 1C67A 156LA 3TXEA 1GPQC 1L63A 1OUIA 1TEWA 5B1FA 1QDTA 2BQJA 1L24A 220LA 1TCYA 4NGJA 4B4JA 4DC4A 1L0KA 1GBSA 5KJ9A 4X3BA 1LHLA 3CDRA 1G7HC 1HMLA 4CGEA 1GDWA 1B7LA 2YDGA 1LPIA 4ETEA 3UONA 2H5ZA 139LA 1L08A 3C7ZA 3VWOA 152LA 1ZV5L 3A3RX 3GXRA 201LA 2BQKA 1D2WA 4IJ4A 1GDXA 1AM7A 4XADA 1ZWNA 188LA 1YAOA 4TTDA 3HFMY 4UWUA 3WUMA 1B2KA 1CV5A 3AW7A 1L12A 1HELA 4GCBA 1YAMA 4NWEA 4WLTA 5LVHA 1LHHA 2MEIA 3B0KA 4I7PA 4PJ2C 118LA 2LZMA 1C6KA 4ZIXA 194LA 1WQRA 1L07A 5HMVA 1LYJA 1GE2A 3CDVA 3W6BA 4M4OA 1L84A 5KXPA 1HEPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4BS7 A;  4EMN A;  1IWZ A;  3A94 A;  2Z19 A;  1L30 A;  2XQO A;  2B75 A;  4LDE A;  2BQA A;  213L A;  1QT8 A;  5KXX A;  1L45 A;  1QUD A;  4J1B A;  4Z3M A;  1OWY A;  1D3J A;  3QAK A;  4N5R A;  1BWJ A;  3OJP A;  3SBA A;  4NSG A;  3WH1 A;  135L A;  1DKJ A;  1B6I A;  1BVK C;  1LZ4 A;  3SB5 A;  2BQF A;  4DDC A;  5J7C A;  1I56 A;  1LLH A;  1LJI A;  3T36 A;  3A91 A;  2BQM A;  5E4P A;  4ARM A;  1LZN A;  2LZ2 A;  250L A;  5HNL A;  4CHX A;  4PHI A;  1VDP A;  3C80 A;  173L A;  208L A;  1XEJ A;  1L25 A;  5KXS A;  3TXK A;  145L A;  3A93 A;  4YF2 A;  1C6P A;  1L98 A;  3WW6 A;  1CTW A;  3A6C Y;  243L A;  2HEB A;  1LYD A;  2CUU A;  158L A;  1LZS A;  3OE6 A;  3C7Y A;  3TMU A;  4ETD A;  1V7S A;  3C83 A;  3PBL A;  3K3T A;  1LHJ A;  211L A;  1REX A;  1LSC A;  1I20 A;  1UIG A;  4I7T A;  2BPU A;  1LTM A;  6LYZ A;  4I8S A;  4N9R A;  1REY A;  1C6M A;  4NG1 A;  1FLW A;  1P56 A;  1LZC A;  1GBY A;  4S0W A;  4WO6 A;  1L34 A;  5F9X A;  3FAD A;  5F14 A;  1VAT A;  1DYG A;  1LJK A;  1LZ9 A;  1IO5 A;  2HU3 A;  3WPL A;  1C6E A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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