4ARQA

Structure of the pesticin s89c, s285c double mutant
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
VPAFLFSGSTLSSYRPNFITIALPHYVNLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVCYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVTFGSGVDLGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFCDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PESTICIN
molecule tags Hydrolase
source organism Yersinia pestis
total genus 113
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4arqA02
198LA 1L64A 3EMLA 1G06A 1C6BA 2B6ZA 3SB9A 1L36A 3SB6A 2OE7X 244LA 1CU2A 1LWGA 169LA 3HT6A 237LA 2ANXA 4LDLA 170LA 1K28A 2OEAX 3C83A 177LA 1JTNA 234LA 1L35A 1G07A 4I7QA 1L22A 1G0JA 3C8SA 210LA 1PQJA 238LA 257LA 107LA 1G1WA 1L31A 1QS5A 1QSQA 251LA 1LYIA 1KW5A 3C82A 1L27A 1L94A 2F2QA 4I7PA 3OE0A 2B74A 245LA 2LZMA 233LA 166LA 1C65A 1L56A 1L30A 1LGWA 3CDQA 1LWKA 1QT3A 3RUNA 4DKLA 1QT6A 157LA 1C6KA 4I7NA 1P64A 182LA 1QUOA 160LA 231LA 3L64A 1P37A 138LA 1L65A 4YXAC 4ARJA 2NTGA 1DYCA 165LA 1EPYA 1P6YA 1L72A 7LZMA 3HT9A 241LA 3SBBC 1PQDA 1QT7A 1B6IA 253LA 2QARC 126LA 2QB0B 4EPFA 145LA 199LA 115LA 181LA 1L46A 1L95A 1L18A 1CV0A 1D3FA 1L62A 211LA 217LA 1L01A 150LA 2HUKA 2RAZX 129LA 1C6TA 258LA 1LGXA 163LA 3DN2A 205LA 174LA 192LA 1WTHA 3NY9A 1QUGA 2OU0X 1L79A 1L69A 1PQMA 1L88A 4LDOA 2B7XA 1P5CA 212LA 1L96A 1PQKA 2RB1X 1T97A 1L12A 1L33A 1C6QA 2B6XA 2NTHA 1SX2A 128LA 1D2YA 2B73A 2RB2X 4I7KA 1SWZA 4YXCA 4EKQA 155LA 103LA 4ZPUA 1QTZA 2OE9X 3DN6A 4OO9A 1D9WA 230LA 252LA 2RBQA 2OTZX 3K2RA 172LA 3DN8A 1DYDA 1G0LA 3DN3A 130LA 1L71A 195LA 1L11A 4K5YA 1CX7A 137LA 189LA 222LA 158LA 1L43A 4LZMA 1L77A 161LA 250LA 1CU5A 256LA 1CV6A 1KS3A 1P46A 2A4TA 186LA 2B6YA 3DKEX 2LCBA 4I7OA 3ODUA 1QT5A 1L14A 3C80A 4W53A 3VW7A 1L21A 1P7SA 1SSWA 1OYUA 220LA 1OVJA 3GUMA 3SB5A 188LA 146LA 3HT8A 1L93A 1L23A 1QTVA 122LA 1DYEA 215LA 4ARLA 1C62A 4DAJA 109LA 156LA 1L34A 3F9LA 4YX7C 1L24A 4I7LA 3D4SA 1XJTA 3HT7A 1CUPA 1QTBA 3HTGA 190LA 1CV1A 2RBRA 1C6EA 148LE 2RBPA 196LA 1L09A 3SN6R 3GUNA 2RB0X 118LA 4W59A 1L92A 209LA 4I7JA 3HWLA 4EKPA 1KNIA 1L76A 1L0JA 2RH1A 1L29A 1L89A 139LA 3HDFA 4W55A 1L26A 1L58A 3DMVA 1L97A 185LA 1L63A 159LA 1CV5A 1NHBA 142LA 4EXMA 1LYDA 1L40A 1LI3A 1L16A 4ARMB 168LA 4GRVA 3HUQA 1L80A 1L83A 1C6HA 3C7ZA 3G3VA 141LA 1CV4A 2HULA 3GUJA 2CUUA 246LA 1LI2A 1QTHA 3SB7A 4ARPA 3NY8A 2B72A 236LA 1L82A 2B6WA 1I6SA 249LA 125LA 112LA 3GUPA 3QAKA 1L54A 1L39A 3C7YA 2F47A 1L05A 1OV7A 4ARMA 120LA 1P3NA 2B6TA 2F32A 1C6LA 1L04A 1L74A 227LA 235LA 2OU8A 3OE8A 4AQNA 1DYFA 216LA 3PBLA 3DNAA 1L10A 1L15A 1LYJA 4EJ4A 2L78A 1LI6A 1L59A 4EPIA 224LA 143LA 1LYHA 2Z6BA 3OE6A 1KY0A 4E97A 1C60A 1QS9A 4I7SA 1G0KA 1LYGA 1DYBA 1T8AA 262LA 4W56A 4EKRA 3DN0A 1D2WA 1OVHA 2OU9A 1C6FA 4S0WA 1L48A 4PK0A 1L55A 1L60A 3NYAA 149LA 2RBNA 225LA 167LA 3G3WA 3GUIA 2RBSA 1DYAA 228LA 1SX7A 2RAYX 2LC9A 127LA 2OTYX 1XJUA 4IAPA 1L51A 1L85A 152LA 260LA 1L0KA 1OVKA 108LA 1L75A 175LA 259LA 218LA 1L17A 197LA 1L47A 3HH6A 1G0MA 1L13A 5I14A 1L32A 1SWYA 3C7WA 1T8FA 2O4WA 1KW7A 3CDTA 4W54A 1LPYA 1L25A 3V2YA 4LDEA 104LA 1L52A 1TLAA 1L86A 1CX6A 1P2LA 247LA 164LA 191LA 1L50A 1P2RA 1CTWA 1ZYTA 1PQIA 1C6JA 1C66A 1P36A 1ZURA 1C67A 1G0PA 1L67A 248LA 1L03A 200LA 3HU8A 1C6CA 3CDRA 111LA 180LA 4DJHA 3UONA 1L90A 3HUAA 1L70A 226LA 1L61A 1JTMA 242LA 3L2XA 2B70A 1C61A 1C6NA 3LZMA 2ANVA 1G0QA 3SBAA 3CDOA 3HH5A 3F8VA 201LA 1C6MA 131LA 3GULA 2B75A 3G3XA 214LA 3SB8A 2Q9DA 3HU9A 1L98A 173LA 1OV5A 1L44A 1L00A 1PQOA 240LA 1QUHA 1C6AA 1LYFA 254LA 1L06A 4ARQB 176LA 1L20A 4EKSA 3HTDA 1L73A 3HH4A 1C64A 6LZMA 1QSBA 3GUOA 3HUKA 1SSYA 123LA 1P56A 1QTDA 140LA 1L38A 223LA 3FADA 1CV3A 1CU0A 255LA 239LA 1DYGA 1QTCA 1G0GA 1L45A 1QT4A 1LGUA 4W51A 1CUQA 114LA 1LLHA 219LA 1OWZA 3C81A 3HH3A 4ARQA 1QUDA 1T6HA 1L07A 1QT8A 221LA 178LA 1L19A 243LA 1C6IA 3C8RA 2RBOA 2OE4X 3PDSA 183LA 206LA 1CU6A 4W52A 2HUMA 151LA 110LA 1L84A 1CVKA 184LA 1LW9A 3DMXA 1L28A 4I7MA 1T8GA 3CDVA 4I7TA 1C6PA 3GUKA 5LZMA 1OWYA 3DMZA 232LA 1XEPA 4W58A 3FA0A 1C63A 1L66A 102LA 3FI5A 1JQUA 1G1VA 187LA 1D3NA 1C68A 3HTFA 1D3JA 162LA 1L99A 1ZWNA 1L81A 3DN4A 3HTBA 113LA 3DN1A 1L53A 1L91A 1L68A 1L41A 2IGCA 119LA 3RZEA 2Q9EA 1C6GA 1C69A 1L57A 1LYEA 229LA 1L02A 3V2WA 1D3MA 1L37A 2O7AA 3JR6A 4GBRB 3HDEA 1CU3A 1KY1A 4W57A 3C8QA 1C6DA 3OE9A 1L87A 144LA 261LA 2O79A 171LA 1L42A 213LA 4PJZA 147LA 4I7RA 1L08A 1L49A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HNLA 3W6EA 198LA 4IJ4A 1GBSA 2RSCA 4BAFA 1B5XA 4C3WA 1C6BA 2B6ZA 1L36A 3SB6A 2CDSA 1GPQC 6LYZA 1TCYA 1UICA 1GB3A 3LYTA 234LA 4LFXA 1GFVA 1F10A 5JENB 1DI4A 1ZV5L 3WXTA 2MEDA 238LA 257LA 4GCDA 2HECA 4CFPA 1KW5A 3P68A 245LA 1IP2A 1WQMA 1LZCA 166LA 3A3QA 3G3BB 1L30A 3WH1A 3TMVA 1QT3A 2YBMA 2WARA 4I7NA 1P64A 231LA 2ZNXY 1P37A 3TMUA 1LYYA 4YXAC 1DYCA 1LJJA 165LA 1LHJA 5KKIA 1IR7A 4ET8A 4EPFA 2DQJY 115LA 1GF5A 1L18A 194LA 1CV0A 1D3FA 3IWRA 1L62A 2HUKA 129LA 5I53A 3A6BY 4N0JA 205LA 1QUGA 2B7XA 1FLQA 1L96A 4LYCA 3AW7A 1GFJA 3CSRA 2B73A 4XJHA 2RB2X 1SWZA 155LA 2LYOA 4ZPUA 1DI5A 5APEA 1D9WA 3WVYA 4N9RA 1YAQA 172LA 1DYDA 130LA 5KXZA 1L71A 3RNXA 1CX7A 2C8OA 1IOQA 4LZMA 1INUA 1L77A 256LA 1LJNA 1ZVHL 1IWXA 1GBXA 1VFBC 1FN5A 1NMMA 5LAGA 4I7OA 1OP9B 4W53A 1N4FA 4QGZA 2BQMA 2XBRA 4DD2A 4HPEA 4H8YA 1L23A 1QTVA 5D5FA 1OUDA 1W6ZA 4DAJA 1RCMA 3A67Y 1L24A 3D4SA 1QIOA 5LYZA 3HT7A 1GFEA 1QTBA 190LA 3W6DA 4DT3A 4LGKA 1GF8A 2XQOA 5LVKA 1LMTA 5DL9A 1LYSA 4DD0A 1SLYA 4H9IA 1BHZA 1L0JA 3AZ7A 3WYHA 1GAZA 1L26A 3DMVA 1YAOA 1JTTL 185LA 3ZEKA 159LA 2EQLA 142LA 1IWUA 4EXMA 2W1LA 1LJIA 3B0OA 3WW5A 4PPOA 1L16A 4BS7A 1CNSA 168LA 3HUQA 1G7IC 3C7ZA 1GFHA 141LA 1LZ5A 1NKHA 2CUUA 1YANA 2BQJA 1B7SA 1I6SA 3P4ZA 1JUGA 5DM9A 1GBZA 4CJ2A 1L54A 2F47A 1AT5A 2HEFA 1L04A 3OE8A 227LA 1DYFA 3A94A 4LYTA 5KXPA 4X3BA 1LMNA 1LSNA 224LA 143LA 3OE6A 1HFYA 1KY0A 4E97A 2Z37A 1AKIA 4I0CA 5KJ9A 1QSAA 1MLCE 262LA 1TAYA 1GEVA 3DN0A 1HSWA 1OVHA 5E4PA 2OU9A 3CSQA 4J7VA 1LZ4A 135LA 3GUIA 2W1XA 2LZTA 2LC9A 127LA 1XJUA 1P2CC 1L51A 1L85A 2Q0MX 2Z38A 2YVBA 1T3PA 1L0KA 3TMXA 1OVKA 108LA 1PS5A 4FJRA 4HJVA 4TSBA 4OWHA 1CKFA 1LZ9A 1KW7A 4W54A 2HEBA 2IHLA 5A3ZA 3V2YA 1CX6A 2Z18A 3WU7A 247LA 3WULA 1ZYTA 1D9UA 1HFZA 1C67A 2FYCA 1B7MA 1GE3A 3HU8A 111LA 4G9SA 5LVHA 2BQIA 1CKGA 1RFPA 3HUAA 3RW8A 207LA 1IORA 1EQ4A 3L2XA 1C10A 2B70A 5APCA 1C08C 1G0QA 1CJ6A 5APFA 1OQMA 4U3XB 2B75A 4GN5C 4HJYA 4UWUA 3SB8A 5J7CA 173LA 5FHWA 3ZVQB 3WU8A 4XENA 1L00A 2VB1A 254LA 1OUEA 1L20A 4NWHA 1BWHA 2DQHY 2ZYPA 4ETEA 1L73A 4ETBA 6LZMA 1GWDA 1LJGA 1QSBA 3GUOA 1IX0A 3HUKA 4NHSA 1JKCA 3AGHA 1CU0A 2BQEA 2MEEA 1DYGA 3ZVQA 1QT4A 1LLHA 4GN3A 1T6HA 3G3AB 1B0DA 1L19A 2DQCY 1DPWA 2YBNA 2B5ZA 2RBOA 1LPIA 206LA 1CU6A 3LYOA 4W52A 3P65A 4WMGA 3J6KA 1LHLA 5L3HA 5I54A 1I1ZA 1CVKA 4ANRA 1LW9A 1YKXX 4LT0A 3CDVA 1XEKA 1LHIA 1XEPA 3EMSA 3AJNA 1GF7A 1G1VA 4NHQA 1DKKA 1D3JA 1ZWNA 3HTBA 3DN1A 1B7LA 4XYYA 1FKQA 1IWYA 1HNLA 2H9JA 1HF4A 229LA 1VDTA 1GF9A 1L02A 3V2WA 5LXWA 2ZWBA 4NGYA 3HDEA 1LTMA 1CU3A 1KY1A 2Z2FA 5F9UA 1GE1A 1RI8B 4LZTA 1HEOA 3OE9A 1B2KA 1L87A 1L42A 2FBDA 213LA 4PJZA 2BLYA 3A91A 1A2YC 3SB9A 1JTOL 3EMLA 1LYZA 4ET9A 2ZQ4A 2OE7X 1IOTA 2BQGA 1LWGA 4LDLA 170LA 3C83A 4RLMA 1L35A 4WLYA 1L22A 1CKCA 3C8SA 3F6ZA 1QDRA 1G1WA 1WTMA 1QS5A 251LA 1QTEA 1L27A 1L94A 4I7PA 2B74A 2LZMA 1LSFA 233LA 1LHHA 5LYTA 1LGWA 1REYA 3RUNA 157LA 4KPMA 182LA 1FLYA 3AGGG 2DQFC 3AYQA 1SQ2L 4B49A 1L65A 4ARJA 2NTGA 3A8ZA 1EPYA 4J0LA 2BQHA 1PQDA 1B6IA 4WM6A 2QARC 1JISA 2QB0B 199LA 1B7NA 1JITA 217LA 2A7FA 258LA 1HMKA 3NY9A 5EBHA 4LT2A 2G4PA 4LDOA 1P5CA 212LA 1PQKA 1LHKA 3B6LA 1GB6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5HNL A;  3W6E A;  198L A;  4IJ4 A;  1GBS A;  2RSC A;  4BAF A;  1B5X A;  4C3W A;  1C6B A;  2B6Z A;  1L36 A;  3SB6 A;  2CDS A;  1GPQ C;  6LYZ A;  1TCY A;  1UIC A;  1GB3 A;  3LYT A;  234L A;  4LFX A;  1GFV A;  1F10 A;  5JEN B;  1DI4 A;  1ZV5 L;  3WXT A;  2MED A;  238L A;  257L A;  4GCD A;  2HEC A;  4CFP A;  1KW5 A;  3P68 A;  245L A;  1IP2 A;  1WQM A;  1LZC A;  166L A;  3A3Q A;  3G3B B;  1L30 A;  3WH1 A;  3TMV A;  1QT3 A;  2YBM A;  2WAR A;  4I7N A;  1P64 A;  231L A;  2ZNX Y;  1P37 A;  3TMU A;  1LYY A;  4YXA C;  1DYC A;  1LJJ A;  165L A;  1LHJ A;  5KKI A;  1IR7 A;  4ET8 A;  4EPF A;  2DQJ Y;  115L A;  1GF5 A;  1L18 A;  194L A;  1CV0 A;  1D3F A;  3IWR A;  1L62 A;  2HUK A;  129L A;  5I53 A;  3A6B Y;  4N0J A;  205L A;  1QUG A;  2B7X A;  1FLQ A;  1L96 A;  4LYC A;  3AW7 A;  1GFJ A;  3CSR A;  2B73 A;  4XJH A;  2RB2 X;  1SWZ A;  155L A;  2LYO A;  4ZPU A;  1DI5 A;  5APE A;  1D9W A;  3WVY A;  4N9R A;  1YAQ A;  172L A;  1DYD A;  130L A;  5KXZ A;  1L71 A;  3RNX A;  1CX7 A;  2C8O A;  1IOQ A;  4LZM A;  1INU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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