4B0DA

Crystal structure of hen egg white lysozyme from an auto harvested crystal
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Direct: A New Method for Automated Crystal Harvesting Based on Laser-Induced Photoablation of Thin Films
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
molecule tags Hydrolase
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-07-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4b0dA00
1UIGA 4G9SA 1LZRA 1DKJA 4XENA 1ZVHL 3OJPA 4GN5C 2C8OA 4H9BA 1VDTA 2YBNA 2DQJY 2FBBA 4NHQA 4RW2A 1LPIA 3A6BY 4MR1A 3A91A 1OUJA 3P65A 1BWHA 3WUAA 1JJ1A 3W6CA 1IR9A 1BWJA 2MEDA 4H92A 4B4IA 1NMMA 3WVYA 4Z98A 3ZEKA 3LYTA 2X0AA 3AW7A 5LAGA 5KXMA 1B5UA 1KIRC 5LAFA 3HBDA 4YEMA 4TX7A 1IC4Y 5I4YA 1GWDA 1UACY 4PRQA 1JSFA 5KXWA 4DWXA 2BLYA 3E3DA 1LSZA 2BQDA 1GBZA 2N5ZA 1TBYA 1C45A 4NGOA 1NBYC 1C7PA 1YKZX 4GCCA 5ILCA 2BLXA 4E3UA 4XJFA 3A8ZA 2BQAA 1DZBX 5KXKA 2FYCA 4EOFA 3WW5A 5KKJA 2ZIJA 1XGQC 4J1BA 1EQ5A 4AXTA 1BQLY 2MEBA 1HSWA 1LMOA 1JWRA 4NIJA 4TSBA 1CKCA 3QNGA 1NDGC 4LFPA 1LHJA 1JEFA 1QDRA 4GCEA 3A90A 1FLUA 2CWIA 5HNCA 5I4XA 1DKKA 1GPQC 4TSCA 4IASA 1GE1A 4IJ4A 3W3EA 5C6IA 3WPLA 1F0WA 2G4PA 1D0LA 1UIEA 4XN6A 4ETDA 2Z39A 2HEEA 4NG1A 4OOOA 1LCNA 4NHSA 4TUNA 4LT0A 4XJIA 4WM1A 1QQYA 1RCMA 1JKAA 4A7DA 1JJ0A 4OOTA 4WL7A 5D5FA 1TEWA 1YKXX 5HLLA 3B0OA 3G3BB 1LJ3A 1EQEA 4NWEA 1LHLA 1FLWA 2AUBA 4WM2A 1AT5A 2BQLA 1YAPA 1LZSA 1MLCE 3TMXA 1ZV5L 4HTKA 5KY1A 1LZYA 3WPKA 154LA 2BQIA 4WO9A 1REZA 2LZ2A 1H87A 2F30A 4TTDA 4ANRA 4X3BA 1IR8A 2PC2A 4HV1A 3CT1A 4CFPA 4BADA 5B1FA 1XEIA 4NGZA 1IC7Y 2HUBA 1IP7A 4HJVA 1FN5A 1NQIA 1WQMA 3AJNA 4J0LA 4WG7A 3P68A 4WLXA 1HEPA 1GBWA 1GF0A 5L3IA 4KL7A 5F9UA 4CJ2A 1LYSA 3IWRA 1QUTA 1GFUA 1LZBA 2H5ZA 1IC5Y 4NGVA 3BKVA 1B5ZA 1GAZA 5B59A 4ZIXA 1EL1A 1HEMA 3WUMA 1ALCA 1FBIX 4QDNA 4H9AA 1NF5A 1LSPA 1IOQA 1BVKC 5A3ZA 1LJ4A 3D9AC 2RSCA 4YEOA 3TXBA 1LKRA 1REXA 4LFXA 4Z3MA 4HPIA 1GF8A 3QE8A 3AZ4A 4HSFA 2W1LA 3A67Y 1CNSA 3WU7A 4CFOA 5KKIA 4G4BA 6LYZA 1XGUC 1VEDA 1ZMYL 1GEZA 1HEQA 4W94A 5KXOA 2D6BA 1QSAA 1G7JC 1AT6A 2WARA 4OWAA 1J1OY 4QEQA 4R0FA 1IORA 1B5VA 1V7SA 3LYMA 4H8ZA 4LT1A 1GFGA 4PRUA 3CT0A 1CJ8A 1FDLY 208LA 193LA 1G7MC 1GFVA 1UIDA 4GCBA 5C6LA 1JPOA 5L9JA 3AYQA 1OUDA 4G4CA 4H8XA 1XGRC 4HTQA 4DYGA 1UIHA 2H9KA 2CJLA 2CDSA 1XEKA 2W1MA 4WOAA 4J1AA 5EBHA 1JTOL 1LYYA 5KXNA 1FKQA 1HMKA 4BAPA 1CJ6A 1O23A 1HFXA 4H8YA 4PJ2C 2Y8PA 4WL6A 3RW8A 3LYZA 1DQJC 4B0DA 4XJBA 2ZYCA 1LJHA 5HQ1A 1GF3A 194LA 1LYZA 1OUGA 1YL0X 1JUGA 1PS5A 2Q0MX 1VAUA 4UWVA 4OWHA 1IOSA 2BQBA 1GB6A 4LYBA 2I25L 1OP9B 2ZILA 5B06A 1IWTA 3A3QA 5LA5A 2ZIKA 3ZVQA 2I6ZA 5ILFA 2MEHA 1I1ZA 2A7FA 1B7NA 1DPXA 2XBRA 4NGWA 3SP3A 1SQ2L 1LSYA 1REMA 1YAOA 1I56A 1D9UA 1LMPA 3K3TA 3TMVA 4GCFA 5C6JA 207LA 4HJZA 1FLYA 2CGIA 4NGLA 4WM4A 5J7CA 3AGHA 5DL9A 1GB5A 2YSSC 4EMNA 3N9CA 4II8A 4H9CA 1BVXA 4LGKA 5II3A 4N8ZA 4NG8A 5LVIA 5F16A 1JKBA 2D4JA 4H9FA 1GD6A 1GF4A 5DM9A 3W6BA 1B5XA 3A92A 4H90A 3VWOA 4LYCA 1HMLA 4WLYA 1IEEA 4AGAA 1PZYA 2ZNWY 3A94A 1AKIA 1GE0A 1CJ9A 1XEJA 2DBTA 4LT3A 3T36A 3GXKA 4NY5A 1HC0A 1J1XY 2HECA 4KPMA 3AZ6A 1IWYA 2BQJA 1LKSA 1LMAA 1LZ4A 1LOZA 1QUSA 1VDPA 4N1CC 1RFPA 134LA 1TDYA 1OUAA 3B0KA 4CHXA 4H9EA 1B0DA 1N4FA 2BQKA 2FBDA 1B7OA 1C43A 2BPUA 3AZ5A 3ZVQB 2GV0A 2Z38A 3LZTA 4WM6A 1CKGA 5DN4A 2Z19A 4ET8A 1MELL 1NDMC 1JTTL 4HV2A 2BQCA 1VFBC 2MECA 4H9IA 1OUBA 1WVUA 4MSTA 3TMUA 1GF7A 4HTNA 4NGKA 2DQAA 3HBEX 4B1AA 1WTMA 1GB3A 3N9EA 2DQCY 1DI4A 5KXZA 132LA 1FLQA 4DD1A 1JSEA 1RI8B 1CKFA 2ZNXY 1VATA 3T6UA 4H93A 1WQPA 4PGJB 1HFYA 4WO6A 3EXDA 2BAAA 4RW1A 1LSBA 1GB9A 3IJVA 1HERA 3CQLA 1CKDA 1KXXA 3TMWA 1GB0A 4NSHA 3RT5X 2YVBA 5LVHA 5F81A 1LMNA 2BQNA 2DQHY 2EQLA 1IWXA 2YBMA 4FJRA 4L41A 3WXUA 2LZTA 5LXWA 1OUIA 2BQMA 4W96A 3LHMA 1B9OA 1GFJA 4WM5A 4WMGA 3CSRA 5I4WA 4O34A 1UIFA 5KXLA 2XTHA 5FEKA 3W6AA 3TXDA 1GFAA 1DXJA 1LHMA 1GB2A 1B7MA 4DD9A 2NWDX 1IO5A 1LJNA 3HFMY 2BQOA 5I5QA 1IP2A 5LIOA 4YM8A 4OWBA 1C08C 133LA 4OWCA 4DD2A 4RLNA 3F6ZA 1A4VA 4GLVA 2D4IA 4GN3A 1IWZA 4M4OA 1JISA 2DQFC 5KXSA 1GAYA 4DDCA 5LVGA 4B4JA 2ZQ4A 3LN2A 5KXRA 2W1YA 1JITA 1EQ4A 5LYZA 1BB6A 2Z2EA 1G7LC 3WVXA 1IVMA 1NKHA 1GBYA 1IOTA 1GF6A 1UIBA 2A7DA 3WL2A 1E8LA 1WQQA 1VDSA 2ZYPA 3A34A 5IDDA 5LYMA 1LSEA 5APDA 4ML7A 2HEBA 1LSMA 4PHIA 1YQVY 3TXHA 3WPJA 5LVJA 4XJHA 1LJGA 3IJUA 3M3UA 5DLAA 5F14A 4UWUA 4XJGA 1IR7A 2XBSA 4H94A 4M6DA 1YROA 1GF5A 2Z2FA 4WLTA 1P2CC 1XSFA 3TXJA 1B5WA 4NGYA 3WYHA 1UCOA 1AM7A 2D4KA 1B7RA 1ZVYB 2IFFY 3A3RX 5FSTA 1HSXA 1NHEA 1JJ3A 2DQDY 4IATA 4QGZA 3W6FA 5T3FA 4WM3A 3W6DA 1TAYA 3WU9A 2DKVA 1GB8A 1OUEA 5KXXA 3B0IA 3G3AB 5DN5A 2F4GA 2ZQ3A 4B49A 5JENB 3WULA 1LMCA 1NWGA 1LSGA 4PPOA 1B7SA 4J7VA 2LYOA 1WQOA 2F4AA 3WUNA 4NGJA 1KIPC 3HBHA 4NSIA 3EO5A 1V7TA 3EMSA 3FI7A 2BQGA 3N9AA 4NHTA 4G4HA 1LZDA 4DD7A 1UC0A 4C5FA 2DQIY 1GE4A 1QIOA 1CJ7A 4RDSA 1OUCA 7LYZA 1GEVA 1B5YA 5B07A 4CGEA 1LYOA 4ETBA 4TWSA 1LZ8A 1IP3A 1BGIA 1YIKA 3P4ZA 6LYTA 4OW1A 2EPEA 1LZ1A 1XFPL 2W1XA 4BAFA 2BQHA 1LSCA 2MEEA 4LT2A 1UUZC 1LSAA 1UA6Y 1TCYA 4NFVA 5APCA 2HU3A 1LZAA 2YDGA 4B4EA 1QTEA 4ZEEA 1XGPC 3WMKA 4G49A 5KJ9A 2YBJA 1BB5A 1LZEA 4H9HA 1LJKA 1BB4A 2YBLA 5M1YA 4RLMA 1LJJA 4DDBA 5HNLA 3WU8A 3RZ4A 1LSDA 1GFKA 1WQRA 5E4PA 5IELA 4N5RA 5D5CA 1IOCA 1LZGA 5APFA 1HEOA 1IP5A 1IIZA 3RU5A 5I54A 1LMTA 2Z18A 2LHMA 4BS7A 3AB6A 1Z55A 1INUA 2FYDA 1F6RA 2D91A 3A93A 2BQEA 4ETEA 5HMJA 1WQNA 135LA 3CB7A 2HTXA 1LMQA 2YBIA 4FDYA 4NEBA 4D9ZA 4KXIA 1HEWA 1WVVA 4KT3A 1GFHA 1GBSA 4GN4A 4H1PA 1YILA 4XJDA 1D6PA 4U3XB 3WXTA 5IHGA 1IWWA 1I20A 2DQGY 1GFTA 3B72A 5B05A 4GLAA 1IP6A 1BB7A 4N0JA 4NWHA 3TXIA 1IP4A 1G7IC 1OQMA 1GXV2 3CT5A 4LZTA 4NHIA 1VDQA 1UIAA 2ZWBA 4N1EI 5L3HA 2F2NA 4ETCA 1BHZA 1XGTC 3WH1A 2H9JA 4ET9A 1WTNA 1C46A 2G4NA 5AMYA 1LSFA 4P2EA 1YANA 1LAAA 1KXYA 2IHLA 1QDTA 3EBAB 3WW6A 5APEA 2DQEY 1BB3A 1HFZA 1LZCA 1JTPL 5KXYA 5LYTA 3W6EA 1GE2A 5FCPA 4WLDA 1HELA 1IWVA 5FELA 1GFEA 4LYZA 1GBXA 5HMVA 3J4GA 9LYZA 2EKSC 2I26L 1YAMA 4H91A 3TXGA 1T6VL 4Z46A 1GE3A 1D0MA 2C8PA 2LYZA 3LZ2A 4NSGA 2HEDA 2MEGA 3AW6A 2G4QA 1LJIA 1F10A 2HEAA 4QY9A 4NGIA 3FE0A 3CSQA 3A6CY 4GCDA 1LHHA 1W08A 3AGIA 1JHLA 1GDXA 1HNLA 3KAMA 2Z37A 5FDJA 1GHLA 1KXWA 1B2KA 2EIZC 1IY4A 4I8SA 5A3EA 3A96A 4YF2A 1LJFA 1GF9A 3ATOA 3ULRA 5KXPA 4Z41A 1FKVA 1LZ6A 1GXXA 1W6ZA 4N9RA 4I0CA 1JIYA 1SLYA 5F9XA 4C3WA 4LYOA 4OWEA 4WG1A 1LZTA 2HEFA 4MCKA 4DDAA 5LVKA 1JKCA 3AZ7A 1B7QA 3QY4A 1IY3A 3M18B 4LYMA 5I53A 3CSZA 4DT3A 4UWNA 4ETAA 1LZ5A 1LZ9A 4ZFPA 1IP1A 1RE2A 3D3DA 3BKHA 2VB1A 1DI3A 4DD3A 1QTKA 1OUHA 4HPEA 3MGWA 1UICA 1BWIA 2LYMA 4YOPA 3AGGG 2Z12A 3GXRA 3OK0A 5KXTA 1F6SA 2MEIA 1YAQA 1HHLA 3TXEA 4DC4A 1H6MA 5FHWA 1J1PY 2MEFA 1HF4A 5B1GA 5LA8A 2B5ZA 1REYA 4XADA 2MEAA 3ATNA 153LA 4LYTA 4NSJA 1GFRA 1B7PA 3J6KA 3B6LA 4XYYA 1LZNA 4YENA 1JKDA 3P66A 1UBZA 2HU1A 2BQFA 1OUFA 1D6QA 4NHPA 3TXFA 4HJYA 1LSNA 2XJWA 1DPWA 1LTMA 1GDWA 3A95A 3RNXA 1LHIA 5LINA 1IX0A 1CKHA 4HP0A 4R6CA 1A2YC 1D0KA 3TXKA 8LYZA 1GBOA 1B7LA 5E9RA 1YL1X 4DD0A 1RJCB 5K7OA 1G7HC 1HENA 1NBZC 1QSWA 1LJEA 1YKYX 1AZFA 3LYOA 2YBHA 3P64A 1DI5A 1C10A 1LHKA 1KIQC 1GB7A 1T3PA 1IWUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OV5A 1ZVHL 3OJPA 1C65A 2DQJY 2FBBA 3A6BY 3SN6R 1OUJA 3P65A 109LA 1JJ1A 4B4IA 1CU2A 3PDSA 157LA 4Z98A 1D3FA 1KIRC 236LA 4TX7A 1UACY 4PRQA 4DWXA 2N5ZA 1TBYA 1C45A 1L00A 1NBYC 4OO9A 5KXKA 3WW5A 1XGQC 1CUQA 3C8QA 4TSBA 1NDGC 240LA 3SB8A 1QDRA 3ODUA 3C7ZA 5I4XA 1F0WA 4XN6A 4NG1A 1LCNA 1QQYA 1JJ0A 1YKXX 3B0OA 1LHLA 1LI6A 2AUBA 118LA 1P3NA 223LA 1LZYA 154LA 186LA 4WO9A 4TTDA 4X3BA 2PC2A 3DKEX 5A3ZA 1K28A 3GUJA 4HJVA 1NQIA 3AJNA 5F9UA 4CJ2A 3BKVA 1EL1A 3WUMA 1ALCA 1FBIX 1NF5A 4W56A 2RH1A 1KY1A 1REXA 4Z3MA 4HPIA 3QE8A 3A67Y 1VEDA 1HEQA 2WARA 1G7JC 4OWAA 4QEQA 1IORA 1V7SA 3LYMA 4I7TA 1G07A 4EKSA 3CT0A 1CUPA 1CJ8A 193LA 4GCBA 1JPOA 1OUDA 255LA 4ARPA 1XGRC 1C6EA 1L63A 2CDSA 1L17A 2B73A 5KXNA 4BAPA 3C80A 1LGUA 1QSQA 3OE8A 4XJBA 2ZYCA 3GUMA 5HQ1A 1GF3A 1L15A 1PS5A 1L93A 1QT5A 3UONA 1QUOA 4LYBA 2I25L 2ZILA 3RZEA 253LA 3A3QA 2ZIKA 1L47A 2MEHA 2A7FA 1B7NA 1DPXA 2XBRA 1D9UA 3TMVA 1D2WA 4HJZA 2CGIA 3AGHA 5DL9A 4LGKA 2OTYX 130LA 4WLYA 1PZYA 1L86A 3T36A 1CJ9A 2DBTA 2B6YA 172LA 1QTZA 1C64A 1LKSA 1C6FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UIG A;  4G9S A;  1LZR A;  1DKJ A;  4XEN A;  1ZVH L;  3OJP A;  4GN5 C;  2C8O A;  4H9B A;  1VDT A;  2YBN A;  2DQJ Y;  2FBB A;  4NHQ A;  4RW2 A;  1LPI A;  3A6B Y;  4MR1 A;  3A91 A;  1OUJ A;  3P65 A;  1BWH A;  3WUA A;  1JJ1 A;  3W6C A;  1IR9 A;  1BWJ A;  2MED A;  4H92 A;  4B4I A;  1NMM A;  3WVY A;  4Z98 A;  3ZEK A;  3LYT A;  2X0A A;  3AW7 A;  5LAG A;  5KXM A;  1B5U A;  1KIR C;  5LAF A;  3HBD A;  4YEM A;  4TX7 A;  1IC4 Y;  5I4Y A;  1GWD A;  1UAC Y;  4PRQ A;  1JSF A;  5KXW A;  4DWX A;  2BLY A;  3E3D A;  1LSZ A;  2BQD A;  1GBZ A;  2N5Z A;  1TBY A;  1C45 A;  4NGO A;  1NBY C;  1C7P A;  1YKZ X;  4GCC A;  5ILC A;  2BLX A;  4E3U A;  4XJF A;  3A8Z A;  2BQA A;  1DZB X;  5KXK A;  2FYC A;  4EOF A;  3WW5 A;  5KKJ A;  2ZIJ A;  1XGQ C;  4J1B A;  1EQ5 A;  4AXT A;  1BQL Y;  2MEB A;  1HSW A;  1LMO A;  1JWR A;  4NIJ A;  4TSB A;  1CKC A;  3QNG A;  1NDG C;  4LFP A;  1LHJ A;  1JEF A;  1QDR A;  4GCE A;  3A90 A;  1FLU A;  2CWI A;  5HNC A;  5I4X A;  1DKK A;  1GPQ C;  4TSC A;  4IAS A;  1GE1 A;  4IJ4 A;  3W3E A;  5C6I A; 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 5FDJ A;  1GHL A;  1KXW A;  1B2K A;  2EIZ C;  1IY4 A;  4I8S A;  5A3E A;  3A96 A;  4YF2 A;  1LJF A;  1GF9 A;  3ATO A;  3ULR A;  5KXP A;  4Z41 A;  1FKV A;  1LZ6 A;  1GXX A;  1W6Z A;  4N9R A;  4I0C A;  1JIY A;  1SLY A;  5F9X A;  4C3W A;  4LYO A;  4OWE A;  4WG1 A;  1LZT A;  2HEF A;  4MCK A;  4DDA A;  5LVK A;  1JKC A;  3AZ7 A;  1B7Q A;  3QY4 A;  1IY3 A;  3M18 B;  4LYM A;  5I53 A;  3CSZ A;  4DT3 A;  4UWN A;  4ETA A;  1LZ5 A;  1LZ9 A;  4ZFP A;  1IP1 A;  1RE2 A;  3D3D A;  3BKH A;  2VB1 A;  1DI3 A;  4DD3 A;  1QTK A;  1OUH A;  4HPE A;  3MGW A;  1UIC A;  1BWI A;  2LYM A;  4YOP A;  3AGG G;  2Z12 A;  3GXR A;  3OK0 A;  5KXT A;  1F6S A;  2MEI A;  1YAQ A;  1HHL A;  3TXE A;  4DC4 A;  1H6M A;  5FHW A;  1J1P Y;  2MEF A;  1HF4 A;  5B1G A;  5LA8 A;  2B5Z A;  1REY A;  4XAD A;  2MEA A;  3ATN A;  153L A;  4LYT A;  4NSJ A;  1GFR A;  1B7P A;  3J6K A;  3B6L A;  4XYY A;  1LZN A;  4YEN A;  1JKD A;  3P66 A;  1UBZ A;  2HU1 A;  2BQF A;  1OUF A;  1D6Q A;  4NHP A;  3TXF A;  4HJY A;  1LSN A;  2XJW A;  1DPW A;  1LTM A;  1GDW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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