4B49A

1.15 a structure of lysozyme crystallized without 2-methyl-2,4- pentanediol
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallization of Lysozyme with (R)-, (S)- and (Rs)-2-Methyl-2,4-Pentanediol
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
molecule tags Hydrolase
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-07-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4b49A00
1IP4A 1WQOA 1B7OA 1DQJC 1I1ZA 1LSAA 1GEZA 1YAQA 4IASA 2EKSC 4LT2A 4J7VA 1IOTA 3EO5A 4LYZA 4PJ2C 3WXTA 7LYZA 5KXPA 1JSEA 2B5ZA 4Z41A 4WM1A 193LA 1G7JC 5LAGA 3ATNA 4H9HA 1NQIA 1LSBA 5FCPA 5IELA 1B5WA 2N5ZA 1PS5A 4MSTA 3WU7A 1Z55A 3A96A 1SQ2L 4TSBA 3QNGA 1YAPA 3WPLA 2Z38A 3WUNA 1HNLA 1RFPA 4GCEA 1GF4A 3D3DA 2BQIA 1IP5A 1LZ4A 4OOTA 1H6MA 1LKSA 4X3BA 1HF4A 5KXYA 3WH1A 3CT5A 1GFJA 1H87A 1GHLA 3IJUA 4HP0A 4OWHA 1BGIA 4GLVA 1FLYA 2BQOA 3LYOA 4NGJA 4YOPA 3ZVQB 4NHTA 3TXHA 1GB0A 2YBNA 1ZV5L 1YIKA 3WU8A 3TXEA 1YKYX 3AZ7A 2YBLA 1HC0A 2PC2A 4BADA 1IWWA 1NDMC 3A67Y 4OOOA 3A3RX 3TMWA 1GBOA 4ZFPA 2BPUA 2EQLA 2I25L 4CFPA 6LYZA 1LMPA 4QY9A 2BQHA 2Z37A 1LOZA 4HPIA 1UUZC 2DKVA 1LSYA 5KXRA 1DZBX 4NHQA 1GF9A 3WW6A 4PRUA 5B06A 3TXBA 1JKBA 3W6FA 4B0DA 4LYMA 4WO9A 132LA 5LYZA 1YAMA 4MCKA 5DN5A 1CJ6A 3W6BA 1LJ4A 2VB1A 2WARA 4L41A 4RLMA 2G4PA 4H8ZA 4BAPA 4G4HA 2X0AA 1IOCA 1DI4A 1HELA 3A93A 3WPJA 1HENA 3G3AB 1HSXA 4TX7A 1GFHA 1J1PY 1TDYA 4GCDA 4DD1A 5IHGA 3CB7A 1VAUA 3OK0A 4XENA 3P66A 3A91A 1LYOA 4OWCA 5B05A 5I4XA 2BQFA 5APFA 4B4EA 3WXUA 3M3UA 1QIOA 4LZTA 4OWAA 1C08C 1EQ4A 2ZQ3A 5C6LA 4WLXA 1HMKA 1OUJA 4ETCA 3RZ4A 2CDSA 2MEIA 5B1FA 1LZ5A 1BQLY 1LMOA 1QSWA 4NEBA 1LJIA 1VEDA 1YKXX 1BWHA 1NWGA 2DQDY 1NMMA 1HEMA 4G9SA 5C6IA 4YEOA 4DT3A 1QTKA 1XGTC 1YANA 1IWXA 3MGWA 4PGJB 5ILCA 1C7PA 1D9UA 4CFOA 1UA6Y 1LPIA 1XFPL 1ZMYL 2AUBA 153LA 2LYZA 1HEOA 1LZEA 3BKVA 1DPWA 1YQVY 1OUFA 4LT0A 2XBRA 1D6PA 1LJJA 1TAYA 4KXIA 4R0FA 1GXXA 1LMCA 4C5FA 4DDBA 1YROA 5B07A 3VWOA 1GD6A 1UIBA 135LA 2W1XA 3IJVA 3AGGG 4B49A 4NFVA 1KIRC 1J1OY 3QY4A 3T36A 2W1YA 4II8A 5D5FA 2XTHA 1GAZA 4Z46A 3IWRA 4XJDA 3RW8A 8LYZA 5EBHA 1IWVA 1AKIA 3N9EA 1GE0A 1BB4A 1UIFA 5KXLA 2LZTA 2W1MA 2Z2FA 1BB3A 1LZRA 1JEFA 5LA8A 2D4IA 3A90A 4M4OA 5HQ1A 1IC5Y 3WW5A 1OUHA 5II3A 1F6SA 1C46A 1UIDA 4NSIA 5A3EA 1HMLA 2XJWA 4WLYA 1WQPA 2BQAA 1LCNA 2MEAA 5LVGA 1D0MA 1YAOA 1LJEA 1F0WA 1FLWA 3AW7A 3CSQA 4WOAA 1F6RA 5L9JA 1C43A 2C8PA 3HFMY 4H9EA 1D0LA 1GE2A 2BQLA 4EMNA 4Z3MA 5KY1A 3ULRA 1DI3A 1WVVA 1C45A 1CNSA 1LSFA 1YL0X 2ZIJA 4DYGA 1IWTA 1IP3A 1LMNA 1IR8A 1GB3A 3E3DA 1IOQA 1LMTA 6LYTA 5KKJA 1JJ0A 1TCYA 4EOFA 5HNLA 1G7HC 4LFPA 1JTPL 1OUDA 2H9KA 2MECA 3HBDA 4XJGA 5F9UA 1B5XA 4ETEA 2BQEA 5KXMA 3RT5X 1GAYA 1LZ9A 2ZNXY 1HEPA 4LGKA 5APDA 1QTEA 2LHMA 1INUA 1LJ3A 5HMVA 5LVJA 2IHLA 2ZNWY 1KXYA 1C10A 4XJHA 1WQRA 1NBZC 1LAAA 3N9CA 5APCA 1XGPC 1HERA 1QQYA 1N4FA 3ATOA 1BB7A 4OWEA 1LSNA 1LZSA 5F9XA 2D4KA 1GDWA 5I53A 2YBMA 1LJGA 1IWYA 1CKHA 1LHJA 1OUIA 1B5YA 1G7MC 5HLLA 4XJFA 2YSSC 4N8ZA 1LHHA 4G49A 1HEWA 1JPOA 4MR1A 4ETDA 3HBHA 1JIYA 2HEDA 4NHIA 4U3XB 5F14A 1LMAA 4G4CA 2DQCY 1WQNA 5HMJA 2F30A 207LA 4HJVA 1HFZA 1GF7A 1O23A 3WVXA 1LSCA 2YVBA 3A8ZA 3A92A 1F10A 1V7TA 2BQBA 1UIHA 2HTXA 1WVUA 3P64A 3GXRA 2CJLA 1NF5A 1BHZA 3AGHA 4GN3A 1LZBA 2BLYA 1LYSA 1IORA 1BWIA 2MEBA 4N5RA 4RLNA 5L3HA 3RU5A 208LA 1GB2A 1RE2A 4TSCA 4YENA 1UIAA 3W6DA 4PPOA 2Z2EA 4HTNA 2Z12A 4HTKA 5DM9A 5B1GA 4A7DA 1AM7A 4LFXA 3W6AA 1HFXA 4QDNA 1GFRA 3CQLA 1B7QA 1QUTA 4J1AA 4AGAA 5FELA 4CGEA 3WYHA 1LZAA 4WMGA 1UCOA 1TEWA 1RI8B 3CT0A 4XJBA 5HNCA 1UC0A 2BQNA 4O34A 3WPKA 3FE0A 1FDLY 3K3TA 3G3BB 1GDXA 5LVKA 5LYMA 2ZIKA 134LA 1GPQC 3AB6A 3WUAA 5KKIA 4HJZA 1LZGA 1LTMA 1WQQA 4YEMA 2YBHA 3A6CY 1IY3A 1DPXA 1FLQA 1QUSA 1XSFA 1IWUA 1LSZA 2IFFY 2Z19A 3CT1A 4H94A 4NGWA 4WLTA 1QDRA 4NGOA 4WM4A 3P68A 3TXKA 4HTQA 4ZIXA 1LJNA 4LT3A 4DD2A 1B7PA 1LZ1A 2C8OA 1IX0A 5A3ZA 2ZYCA 5E4PA 1OUGA 1GFTA 2CGIA 4DD0A 3A94A 2DQAA 2LYOA 1JTOL 5KXNA 4OW1A 2I26L 5F16A 3EBAB 2Y8PA 1IOSA 2H9JA 1AT6A 2I6ZA 4N0JA 2MEEA 4NIJA 3WU9A 1BB5A 1EQEA 4UWUA 2BQDA 1IP6A 2XBSA 1GF6A 1UBZA 4TTDA 3TMVA 5I5QA 1HHLA 1LSGA 2F4AA 1FN5A 1LZTA 4WM2A 1LJHA 2LYMA 1GF3A 1DXJA 4OWBA 3A6BY 4PHIA 4DWXA 5KXKA 5KXOA 1GFUA 2A7DA 1B5UA 2ZQ4A 4WG1A 4ET9A 5ILFA 3TXGA 4LT1A 4LYTA 1UACY 5T3FA 1HEQA 5LVIA 1VDSA 1DI5A 1XGQC 1A4VA 3TXIA 4M6DA 1XEJA 3BKHA 4H92A 1ALCA 3A95A 3LN2A 3AJNA 4KPMA 4C3WA 1AZFA 4BS7A 1IC7Y 2RSCA 4RDSA 4NGVA 2H5ZA 4B4IA 3AGIA 1BB6A 3AZ4A 5KXTA 1W08A 4IATA 4WM6A 1IY4A 5LXWA 3CSZA 1SLYA 3F6ZA 4UWVA 2MEDA 4WL6A 4XN6A 1KIPC 5KXSA 1V7SA 2Z18A 4H8XA 3KAMA 4LYBA 1XGRC 1HSWA 4QGZA 5F81A 4KL7A 1RJCB 1B5ZA 5IDDA 3B6LA 4E3UA 5B59A 3WVYA 1LKRA 4NG8A 3ZVQA 4WL7A 2YBJA 2G4NA 4W96A 4NWHA 4GLAA 3T6UA 3P4ZA 3ZEKA 2ZILA 1KIQC 1GB6A 1GE1A 4NSJA 4J1BA 1OUEA 2DQHY 4XYYA 1JHLA 4H9FA 1LZYA 2HECA 4H1PA 2FBDA 1XGUC 3WL2A 4WG7A 3LYZA 1JUGA 4DDCA 5JENB 1FKVA 2EPEA 1FKQA 1GB7A 4G4BA 3B0OA 1IO5A 4RW1A 2F2NA 5FDJA 1UIEA 3FI7A 4NGLA 1GFAA 1LSPA 1LZNA 1VDPA 4H91A 1J1XY 1RCMA 4H8YA 4R6CA 2HUBA 3TXDA 4WM3A 1LJFA 5KXWA 1CJ7A 3TXFA 4CHXA 3W6CA 4LYOA 5E9RA 1VDTA 5AMYA 2MEGA 1REZA 1LSMA 1REXA 2HEFA 1YL1X 1XEIA 1FBIX 1GF0A 1OUBA 4N1CC 1LHMA 1GBXA 2MEHA 1VATA 2FYCA 1JSFA 3W6EA 2LZ2A 3M18B 4AXTA 1D6QA 1CKDA 2HEEA 4DC4A 1B7NA 1UICA 1JKDA 4DD3A 2W1LA 4FDYA 1GBZA 133LA 1B7RA 1GFEA 1LSEA 4HV1A 1W6ZA 2HU3A 4PRQA 1LYZA 1HFYA 1MLCE 1GBYA 1GB8A 1OP9B 2Z39A 5L3IA 3LZ2A 4NGKA 2ZYPA 4GN4A 1IC4Y 1IIZA 1IP1A 1G7LC 3N9AA 3LHMA 4H9IA 4LYCA 3J4GA 4NHSA 2NWDX 1B9OA 2BQCA 1GE4A 1LSDA 4P2EA 3EMSA 1TBYA 1NDGC 2Q0MX 1GEVA 5LVHA 1JJ1A 1LZ8A 1KXXA 1JWRA 1REYA 3CSRA 1OUAA 4RW2A 4GCBA 4TUNA 4ANRA 1IP2A 3TMXA 3QE8A 4B4JA 1I20A 1WTMA 4N9RA 1E8LA 1GF5A 1DKJA 1P2CC 1B0DA 1YILA 3A34A 1LZ6A 3A3QA 3LYMA 4IJ4A 4NHPA 4WLDA 4XADA 154LA 1BVXA 5LA5A 3B0IA 1CJ8A 1ZVYB 3B72A 2A7FA 2HEBA 4CJ2A 4I0CA 4ML7A 5FEKA 3AZ6A 1OQMA 4TWSA 4NGIA 1YKZX 2D6BA 4H93A 1JJ3A 1ZVHL 9LYZA 4NG1A 1QDTA 1IR7A 1VDQA 1GFGA 1NKHA 4ETAA 5I4WA 4I8SA 1MELL 1JKCA 2ZWBA 5KXZA 2BQKA 5FSTA 4XJIA 4ET8A 5APEA 2G4QA 4H9BA 5KJ9A 2BAAA 2BQMA 1EQ5A 2CWIA 4WM5A 1JITA 5LAFA 1B7LA 3B0KA 3P65A 5M1YA 2DQEY 3AZ5A 1LHIA 1CKCA 3GXKA 1GBWA 4NSHA 1GBSA 3LZTA 1B7MA 1WQMA 1LHLA 3HBEX 4HPEA 3AW6A 4GN5C 4YM8A 1AT5A 1BVKC 5DN4A 1IVMA 4BAFA 4H90A 1GF8A 4WO6A 5I54A 4J0LA 5FHWA 3WUMA 1IR9A 3SP3A 1QSAA 1WTNA 1REMA 2HU1A 2MEFA 3D9AC 1CJ9A 1I56A 5J7CA 1GB9A 5DLAA 4NGYA 1GWDA 4GCCA 1EL1A 1GB5A 1A2YC 1LZCA 2YDGA 2DQJY 4UWNA 1KXWA 4NGZA 5LIOA 2DBTA 4H9CA 3WULA 3TMUA 1G7IC 1LYYA 1T3PA 4ETBA 2DQIY 3J6KA 4DD9A 2BQJA 2FYDA 3AYQA 2EIZC 4B1AA 1JKAA 1LJKA 2DQFC 4YF2A 1GFKA 1IWZA 1T6VL 2FBBA 2D4JA 1FLUA 4NWEA 5KXXA 4DDAA 5D5CA 194LA 1IP7A 5K7OA 2F4GA 1B2KA 1JISA 1NBYC 4HV2A 4HJYA 5LYTA 4NSGA 5DL9A 5I4YA 4W94A 1PZYA 4FJRA 1LMQA 1B5VA 4N1EI 5LINA 2BQGA 2GV0A 1LZDA 1GFVA 2DQGY 3EXDA 4D9ZA 1IEEA 1DKKA 3W3EA 1JTTL 3OJPA 1XEKA 5C6JA 4GCFA 1CKFA 1GE3A 4HSFA 3RNXA 4H9AA 1GXV2 1NHEA 1B7SA 3LYTA 4NY5A 3TXJA 3WMKA 4DD7A 1UIGA 4ZEEA 1VFBC 1OUCA 1D0KA 2HEAA 2BLXA 1CKGA 4Z98A 2YBIA 1LHKA 2D91A 1BWJA 4KT3A 4QEQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B7OA 4IASA 2EKSC 4LT2A 1IOTA 3EO5A 7LYZA 1PQKA 4Z41A 1G7JC 4LDOA 4H9HA 5IELA 1Z55A 4TSBA 3WPLA 4EKQA 3D3DA 2QARC 233LA 1LZ4A 4OOTA 1H6MA 5KXYA 1GFJA 4GRVA 1LGWA 4NGJA 4YOPA 1C6PA 1P37A 2YBNA 1YIKA 2B7XA 1L73A 3WU8A 1YKYX 3AZ7A 2YBLA 205LA 3A67Y 3HT6A 4ZFPA 2BPUA 2I25L 2IGCA 1LMPA 1L77A 1LOZA 1L59A 4EKSA 5B06A 4I7NA 4LYMA 1C65A 132LA 1CJ6A 3W6BA 1LJ4A 2WARA 2G4PA 4H8ZA 195LA 1PQOA 3CDVA 4S0WA 4BAPA 2X0AA 1C66A 1HELA 3A93A 1L0KA 3G3AB 1HSXA 4GCDA 5IHGA 3OK0A 1L22A 4XENA 1QUGA 3A91A 3WXUA 3M3UA 1EQ4A 3RZ4A 5B1FA 1LZ5A 1BQLY 1YKXX 1L75A 2DQDY 1C6CA 5C6IA 4G9SA 1L40A 1YANA 3MGWA 2OU0X 150LA 4CFOA 7LZMA 1UA6Y 1HEOA 3UONA 1D6PA 162LA 161LA 2B6ZA 3QY4A 236LA 4II8A 2XTHA 107LA 8LYZA 1L13A 1AKIA 3N9EA 1GE0A 1BB4A 4EPIA 1QS9A 1L36A 2W1MA 3SB7A 3A90A 1IC5Y 3HDFA 1KY0A 1F6SA 1UIDA 2XJWA 2Q9EA 2BQAA 1D0MA 4E97A 1C64A 3CSQA 1FLWA 1F6RA 5L9JA 1SWZA 1D0LA 4EMNA 1C6KA 3ULRA 1DI3A 3PDSA 1GB3A 1JJ0A 2NTHA 4EOFA 2H9KA 3HH6A 3RT5X 2ZNXY 1OV5A 1LI6A 2ZNWY 1WQRA 1NBZC 1LAAA 4I7PA 1XGPC 1QQYA 1BB7A 1GDWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IP4 A;  1WQO A;  1B7O A;  1DQJ C;  1I1Z A;  1LSA A;  1GEZ A;  1YAQ A;  4IAS A;  2EKS C;  4LT2 A;  4J7V A;  1IOT A;  3EO5 A;  4LYZ A;  4PJ2 C;  3WXT A;  7LYZ A;  5KXP A;  1JSE A;  2B5Z A;  4Z41 A;  4WM1 A;  193L A;  1G7J C;  5LAG A;  3ATN A;  4H9H A;  1NQI A;  1LSB A;  5FCP A;  5IEL A;  1B5W A;  2N5Z A;  1PS5 A;  4MST A;  3WU7 A;  1Z55 A;  3A96 A;  1SQ2 L;  4TSB A;  3QNG A;  1YAP A;  3WPL A;  2Z38 A;  3WUN A;  1HNL A;  1RFP A;  4GCE A;  1GF4 A;  3D3D A;  2BQI A;  1IP5 A;  1LZ4 A;  4OOT A;  1H6M A;  1LKS A;  4X3B A;  1HF4 A;  5KXY A;  3WH1 A;  3CT5 A;  1GFJ A;  1H87 A;  1GHL A;  3IJU A;  4HP0 A;  4OWH A;  1BGI A;  4GLV A;  1FLY A;  2BQO A;  3LYO A;  4NGJ A;  4YOP A;  3ZVQ B;  4NHT A;  3TXH A;  1GB0 A;  2YBN A;  1ZV5 L;  1YIK A;  3WU8 A;  3TXE A;  1YKY X;  3AZ7 A;  2YBL A;  1HC0 A;  2PC2 A;  4BAD A;  1IWW A;  1NDM C;  3A67 Y;  4OOO A;  3A3R X;  3TMW A;  1GBO A;  4ZFP A;  2BPU A;  2EQL A;  2I25 L;  4CFP A;  6LYZ A;  1LMP A;  4QY9 A;  2BQH A;  2Z37 A;  1LOZ A;  4HPI A;  1UUZ C;  2DKV A;  1LSY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3HT9 A;  1NDG C;  1LZ8 A;  1L45 A;  1KXX A;  1JWR A;  1OUA A;  1G1V A;  4GCB A;  1L91 A;  3GUK A;  1L41 A;  1OV7 A;  1E8L A;  2B6W A;  4NGO A;  3A3Q A;  1P46 A;  1QT5 A;  1L87 A;  4IJ4 A;  4WLD A;  1DYA A;  5LA5 A;  169L A;  4ML7 A;  1L90 A;  3GUL A;  1LYI A;  1YKZ X;  3F8V A;  1ZVH L;  9LYZ A;  1GFG A;  4ARJ A;  1L47 A;  3D4S A;  5KXZ A;  4XJI A;  3RZE A;  1SX7 A;  2G4Q A;  3DKE X;  5LAF A;  3P65 A;  5M1Y A;  146L A;  1LGX A;  3LZT A;  1B7M A;  4HPE A;  4YM8 A;  1AT5 A;  4BAF A;  1GF8 A;  3SP3 A;  1WTN A;  2HU1 A;  1DYE A;  1L07 A;  3L2X A;  4NGY A;  211L A;  1P7S A;  3DN0 A;  4H9C A;  163L A;  1T3P A;  2EIZ C;  4B1A A;  1LJK A;  2DQF C;  1GFK A;  2FBB A;  1LI3 A;  194L A;  1IP7 A;  4LDL A;  1PZY A;  4W52 A;  5LIN A;  2BQG A;  1IEE A;  1DKK A;  1XEK A;  5C6J A;  4HSF A;  212L A;  4DD7 A;  3GUI A;  4ZEE A;  1VFB C;  1D0K A;  4Z98 A;  1BWJ A;  2L78 A;  1QS5 A;  4QEQ A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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