4DC4 | Genus

Total Genus 39

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	39
sequence length	129
structure length	129
Chain Sequence	KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__0045294615079774__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__0045294615079774__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4DC4/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__0045294615079774__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"0045294615079774","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4DC4/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__0045294615079774__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d03ab5054a80bf26d36ad48/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d03ab5054a80bf26d36ad48/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d03ab5054a80bf26d36ad48/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d03ab5054a80bf26d36ad48/pdb.gz): 1594 ms

reading 129 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

129 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 19 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:128});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	Characterization of heat induced spherulites of lysozyme reveals new insight on amyloid initiation pubmed doi rcsb
molecule keywords	Lysozyme C
total genus	39
structure length	129
sequence length	129
chains with identical sequence	B, C
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2012-01-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	4dc4A00

2BQMA 3EXDA 2Z18A 1YL0X 1GB0A 1DI3A 1YAMA 3W6DA 3WU8A 4DDAA 1JITA 4G49A 1IWXA 4G9SA 3CT5A 3J4GA 2BPUA 5KXRA 4G4CA 1LMTA 5APEA 1IVMA 2BLXA 1LZ4A 4J7VA 5I4XA 4KL7A 1ZV5L 2XBRA 2Z38A 1LSMA 1NBZC 4NG8A 3TXHA 2DQFC 1QTEA 1BHZA 1FDLY 2MEGA 3LZ2A 2BQKA 5I4WA 2MEAA 2X0AA 1IX0A 1B5YA 3TXDA 1H6MA 5DL9A 3W6BA 1C10A 5KXLA 1GFUA 1IP3A 2XBSA 1LYZA 1XFPL 2G4QA 1LJFA 5L3IA 1GHLA 1QTKA 4LFXA 6LYZA 4B49A 3BKHA 1LMPA 4B4JA 1IOQA 5KXTA 4NGIA 3P65A 1INUA 1B0DA 2D4JA 5FDJA 3K3TA 3CB7A 3QY4A 5LIOA 3AZ7A 1IC4Y 2DQEY 4OWEA 1BWHA 1ZVHL 3RT5X 1GEZA 3OJPA 2BQBA 4DD3A 2LYMA 1GF9A 3WPKA 4GN3A 4B1AA 207LA 1BGIA 1J1OY 2MEFA 2HEAA 4HPEA 1CKCA 4PHIA 4C5FA 4LYTA 1LMAA 1BWJA 2YBMA 4LT1A 1OUDA 4ETAA 1XEKA 5LYZA 3B72A 2C8PA 1GBYA 4H94A 1KIPC 1LHJA 2LYZA 1GFKA 5HNLA 1KIRC 1LZBA 1IC7Y 1LMCA 4BADA 4GLAA 2ZQ3A 1B5ZA 4NSHA 1RJCB 5FEKA 4QGZA 2HEBA 4QDNA 4X3BA 1G7JC 5B1FA 3EO5A 2MEHA 5LVKA 1KXYA 1G7HC 3A3QA 3N9AA 7LYZA 4LFPA 1GBXA 3GXKA 4FJRA 4H91A 5KXYA 3P68A 3AGIA 1IY3A 2HEEA 1IP5A 4ETCA 1GBZA 1YKYX 3WW5A 5IHGA 153LA 3A93A 3AB6A 1XGPC 1GXXA 3TXBA 4XJFA 1I20A 1LYSA 3HBEX 3VWOA 1CNSA 1J1XY 4ET9A 4E3UA 1HFZA 1DQJC 1TDYA 1GBWA 2ZYPA 1FLUA 1CJ7A 4BS7A 4WLTA 1JKBA 2ZNWY 4LYBA 1LSBA 1GE0A 3AW6A 3P66A 4NGVA 1BVKC 1HEWA 1LHIA 1JSFA 4HTQA 1VATA 4HV1A 3A67Y 5AMYA 1F6RA 5DN4A 1IR8A 1JHLA 1D0KA 4N8ZA 2FYCA 1HMLA 1GB6A 1WTMA 1LZYA 4CHXA 1UCOA 4H9CA 1LJHA 4RW1A 1JJ1A 3T6UA 5ILFA 1LZ1A 3D3DA 1D6QA 4HP0A 4NHIA 4AXTA 3TXJA 2Y8PA 4J0LA 2D4KA 2CWIA 2GV0A 3MGWA 1NDGC 5KXOA 1JISA 2I25L 4O34A 1G7IC 4OWHA 4DDCA 5A3ZA 3RNXA 4H90A 1YKXX 2BQGA 5II3A 4HJYA 5APFA 4MSTA 1H87A 3A92A 2BQLA 1B7OA 3IWRA 1B7PA 1UIHA 2F30A 3WVXA 1GFHA 1RFPA 1GB8A 1HSXA 2HECA 1GBOA 2ZYCA 4ETEA 4FDYA 1OUCA 1GF8A 1HEQA 4XENA 1PZYA 3G3AB 4TUNA 4XJIA 4M4OA 1HEPA 4DD7A 2Z37A 1LJ3A 1FN5A 1LMOA 2YBLA 4GCCA 3RU5A 2VB1A 4G4BA 1FBIX 2BQFA 4H93A 1NF5A 4PGJB 4RLMA 1LPIA 1MLCE 1T3PA 4PJ2C 1JUGA 4XJGA 3WVYA 3TMXA 132LA 1UIGA 3A8ZA 1B7SA 2WARA 3A96A 1XEJA 2BQIA 4LT3A 5LAGA 4MR1A 9LYZA 3TXKA 1JWRA 4ZEEA 1MELL 1C7PA 4OOOA 3CT1A 5LVIA 2BQAA 2PC2A 1JJ3A 1UC0A 5LVHA 1C46A 1LJNA 1B5WA 4H92A 4H8XA 4N1EI 5IDDA 1J1PY 4YEMA 1QUTA 1WQPA 3AGHA 3OK0A 1QDTA 1OP9B 1JIYA 1GWDA 1PS5A 4WM5A 3SP3A 5FSTA 1UIBA 2EKSC 2BAAA 1OUHA 2MEEA 5LYMA 3CT0A 1KXWA 1LZSA 1XEIA 1HERA 1UA6Y 3HBDA 5F14A 2BQJA 1GE2A 1UACY 3WMKA 5KXXA 1GB9A 1GB7A 1GDWA 1EQ5A 2HEFA 1LZRA 4CFPA 5HMVA 4QEQA 4ETDA 4IJ4A 4XJDA 1YQVY 3TMWA 3A3RX 1GE3A 1D6PA 4GCEA 3ATNA 3TXGA 3EBAB 4CGEA 4H9HA 4H9IA 4J1AA 3WUAA 4YEOA 3B0IA 1REYA 2LYOA 4WO6A 1OUGA 3QNGA 1VAUA 2FBDA 1TBYA 3AZ6A 3ZEKA 4LYCA 5HQ1A 1IOTA 4P2EA 1B7QA 1FLWA 2YBHA 1NDMC 1GAYA 1LSAA 2DQGY 1NMMA 4MCKA 5DM9A 3A91A 3TXIA 2BQDA 2EQLA 4H9AA 5IELA 4J1BA 3A34A 2F4AA 4NG1A 4NGOA 1LCNA 1IR9A 1LSPA 1V7SA 3CSQA 5K7OA 4R0FA 4XN6A 2A7FA 1TAYA 1LOZA 3LYMA 4NWHA 1IOCA 1NHEA 5F9UA 1LKSA 1IC5Y 5L3HA 1VDQA 194LA 1GEVA 1IEEA 4KXIA 5KJ9A 1JPOA 4WLYA 3CSRA 2W1MA 4NY5A 4NGJA 4NGYA 1JKCA 2YBIA 4NSJA 1BB3A 5LA5A 1LAAA 4OW1A 1D0LA 1HMKA 3LZTA 4EMNA 4BAPA 4XJBA 1NWGA 2DQJY 1LZ6A 1BWIA 1IO5A 5F9XA 1VEDA 3WH1A 2MECA 4CJ2A 1T6VL 1EL1A 1LSYA 1OUBA 2G4NA 193LA 2W1XA 3TMVA 4Z46A 3B0OA 4Z98A 2YBNA 4WLDA 3AW7A 3EMSA 4DYGA 154LA 1B7LA 4KPMA 4NHQA 3AYQA 2XTHA 1WTNA 4OOTA 2H9JA 4HJVA 1QUSA 4XADA 4B4EA 3IJUA 4NGLA 5I53A 2BQHA 2HTXA 1B2KA 1JTTL 3A90A 5I4YA 5DLAA 4B0DA 2BQNA 1LJKA 1A2YC 1LZGA 5J7CA 2IFFY 1JKDA 2FBBA 4TX7A 5ILCA 1Z55A 2DQCY 5KKJA 5L9JA 3AGGG 4WL7A 1LMNA 1GBSA 1WQOA 3TMUA 4LYZA 3B0KA 4GCFA 4LGKA 1GB2A 4H1PA 1IY4A 1JTOL 1UIEA 4YENA 1LZAA 3KAMA 4ANRA 1CKDA 2Z19A 3F6ZA 1AKIA 2NWDX 5A3EA 1D9UA 1E8LA 1KXXA 1LHLA 5LINA 4D9ZA 1IR7A 4LYMA 2BQEA 3ATOA 3D9AC 3TXEA 2I6ZA 1TCYA 3TXFA 3W6FA 5LAFA 5FHWA 1B9OA 208LA 1C45A 8LYZA 5JENB 1ZVYB 3WXUA 1LZ8A 1FLYA 1GAZA 2HU3A 1WVUA 4NHPA 1UUZC 4OWCA 3J6KA 1F6SA 4AGAA 1QSWA 4NGZA 4OWAA 4G4HA 1QDRA 1I56A 4H9FA 5B59A 1LZNA 1ALCA 1LHMA 4A7DA 4NSGA 1NQIA 1UIAA 2D6BA 2DQDY 2HU1A 2ZQ4A 4HJZA 4WG7A 2ZILA 1DKKA 1GFJA 3N9EA 5D5FA 5EBHA 5LVJA 1HHLA 1GXV2 1BB5A 1XSFA 1XGRC 4NIJA 1YIKA 1GF6A 4NGWA 3CSZA 1IWWA 3WPJA 1LSNA 1LSEA 5T3FA 3AZ5A 3WU9A 5I54A 1WQMA 3N9CA 4DD0A 4PRUA 4ZIXA 2DKVA 3FE0A 4IATA 3E3DA 3LYOA 3HBHA 1GB5A 1EQEA 1QQYA 1IWVA 1LHHA 1XGTC 4YF2A 1LSGA 4HPIA 1ZMYL 4UWUA 1REXA 4DC4A 1B7MA 3W6EA 1LJIA 4NGKA 2I26L 1IWZA 1IOSA 2LZTA 3B6LA 1GPQC 1JKAA 1DPXA 1OUAA 1O23A 4NHTA 4LZTA 1IWYA 4W96A 4WM2A 1DI4A 1SQ2L 2N5ZA 1YAPA 3M18B 4ETBA 1IWTA 1RCMA 1WVVA 1IORA 1LZEA 3ZVQA 3A6BY 1I1ZA 5B1GA 4HV2A 4WO9A 4N5RA 1CJ9A 2Z12A 2HUBA 3HFMY 4N0JA 5C6JA 1AM7A 3FI7A 2D4IA 5KXWA 4YOPA 4H8ZA 4WM6A 1RE2A 4II8A 5APCA 5LA8A 1HSWA 4WMGA 3WUNA 1LMQA 4GCDA 1F10A 1SLYA 2EPEA 1LZ9A 2YVBA 3A94A 1W6ZA 5B07A 1WQNA 3A6CY 6LYTA 4TTDA 1LJGA 1FKVA 1GE4A 1WQRA 2F4GA 2LZ2A 4H8YA 3P64A 2C8OA 1GFTA 1LSCA 2IHLA 2MEBA 5KY1A 4ET8A 1UIDA 4H9BA 4I0CA 3ZVQB 2Z2EA 4KT3A 1BB4A 3LN2A 1HF4A 3G3BB 4TSBA 4IASA 1IIZA 135LA 4N1CC 4R6CA 1GDXA 4W94A 3CQLA 1JJ0A 5KXPA 1GFGA 1LZDA 3P4ZA 4UWVA 3WUMA 1YILA 4EOFA 5KXNA 1AZFA 1LTMA 1YAOA 2RSCA 4LYOA 1DPWA 5F81A 1LYOA 4HSFA 1VDTA 2Q0MX 4GCBA 4DDBA 1GFRA 1LZCA 3LHMA 1DXJA 2MEDA 1REZA 4DWXA 4RDSA 2ZWBA 1P2CC 5LXWA 1VFBC 3BKVA 4I8SA 1JTPL 1LJJA 4ML7A 3GXRA 3W3EA 2DQHY 1C08C 4WM3A 4M6DA 5I5QA 1LSFA 3A95A 5KXZA 1IP4A 3M3UA 4N9RA 2DQAA 1HEMA 5LVGA 3WU7A 1GF3A 1QSAA 1GE1A 4BAFA 1C43A 4GN4A 1D0MA 1BVXA 1UIFA 3WL2A 1CKGA 1IP7A 1DI5A 1LZTA 1YKZX 1YROA 2H9KA 5LYTA 1YL1X 1GF4A 1DZBX 4NSIA 5DN5A 1UICA 3AJNA 1GB3A 4PPOA 2BQOA 4RLNA 3W6AA 2H5ZA 4NWEA 1DKJA 1OUJA 5HMJA 4Z3MA 4WG1A 5FELA 1B5VA 1YANA 1OUIA 2YSSC 1EQ4A 4NEBA 4WM4A 2Z2FA 1GFEA 1IP6A 2MEIA 5E9RA 2CDSA 5KXSA 4ZFPA 4Z41A 1LJ4A 1KIQC 2F2NA 4C3WA 4PRQA 3LYTA 2LHMA 1JSEA 1OUEA 1REMA 2ZIKA 1GFVA 3QE8A 2YBJA 3W6CA 5C6LA 5M1YA 4YM8A 1HC0A 1LKRA 5KXMA 3WYHA 4DT3A 2B5ZA 2A7DA 1XGUC 3WULA 1LSDA 1HENA 1A4VA 1LHKA 1NBYC 1XGQC 2DBTA 1HELA 1OUFA 4XJHA 1HFYA 1NKHA 1IP1A 1WQQA 2Z39A 1HEOA 4QY9A 5HNCA 1GFAA 5FCPA 1AT6A 1JEFA 3IJVA 4WM1A 1BB6A 1GF7A 1LYYA 5APDA 4GN5C 4WOAA 3AZ4A 5HLLA 1BB7A 3LYZA 3WPLA 1YAQA 1CKFA 1LZ5A 2ZNXY 1FLQA 4WLXA 2ZIJA 1UBZA 5KXKA 4L41A 2XJWA 3WW6A 1RI8B 2BLYA 1IWUA 1GF0A 5B06A 1G7MC 4OWBA 4LT0A 5F16A 1N4FA 2EIZC 4DD2A 4HTKA 1B5UA 1CKHA 1TEWA 2CGIA 2AUBA 5D5CA 3WXTA 2D91A 1QIOA 133LA 1CJ6A 1B5XA 1HNLA 1G7LC 1AT5A 2W1YA 1FKQA 4LT2A 4U3XB 4HTNA 4NFVA 4H9EA 1W08A 1V7TA 4B4IA 5E4PA 5KKIA 4WL6A 2W1LA 134LA 1VDPA 1IP2A 1CJ8A 1LJEA 1VDSA 2YDGA 4CFOA 1BQLY 3T36A 1B7NA 1F0WA 2BQCA 4NHSA 4RW2A 4XYYA 1B7RA 2DQIY 2G4PA 4GLVA 4UWNA 4DD1A 3RW8A 1HFXA 1OQMA 2CJLA 2FYDA 1GD6A 5C6IA 4DD9A 1LSZA 4TSCA 5B05A 4TWSA 3RZ4A 1GF5A 2HEDA 3ULRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BQM A;  3EXD A;  2Z18 A;  1YL0 X;  1GB0 A;  1DI3 A;  1YAM A;  3W6D A;  3WU8 A;  4DDA A;  1JIT A;  4G49 A;  1IWX A;  4G9S A;  3CT5 A;  3J4G A;  2BPU A;  5KXR A;  4G4C A;  1LMT A;  5APE A;  1IVM A;  2BLX A;  1LZ4 A;  4J7V A;  5I4X A;  4KL7 A;  1ZV5 L;  2XBR A;  2Z38 A;  1LSM A;  1NBZ C;  4NG8 A;  3TXH A;  2DQF C;  1QTE A;  1BHZ A;  1FDL Y;  2MEG A;  3LZ2 A;  2BQK A;  5I4W A;  2MEA A;  2X0A A;  1IX0 A;  1B5Y A;  3TXD A;  1H6M A;  5DL9 A;  3W6B A;  1C10 A;  5KXL A;  1GFU A;  1IP3 A;  2XBS A;  1LYZ A;  1XFP L;  2G4Q A;  1LJF A;  5L3I A;  1GHL A;  1QTK A;  4LFX A;  6LYZ A;  4B49 A;  3BKH A;  1LMP A;  4B4J A;  1IOQ A;  5KXT A;  4NGI A;  3P65 A;  1INU A;  1B0D A;  2D4J A;  5FDJ A;  3K3T A;  3CB7 A;  3QY4 A;  5LIO A;  3AZ7 A;  1IC4 Y;  2DQE Y;  4OWE A;  1BWH A;  1ZVH L;  3RT5 X;  1GEZ A;  3OJP A;  2BQB A;  4DD3 A;  2LYM A;  1GF9 A;  3WPK A;  4GN3 A;  4B1A A;  207L A;  1BGI A;  1J1O Y;  2MEF A;  2HEA A;  4HPE A;  1CKC A;  4PHI A;  4C5F A;  4LYT A;  1LMA A;  1BWJ A;  2YBM A;  4LT1 A;  1OUD A;  4ETA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4DC4A

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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