4DDBA

Eval processed hewl, cisplatin dmso paratone ph 6.5
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural studies of the effect that dimethyl sulfoxide (DMSO) has on cisplatin and carboplatin binding to histidine in a protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ddbA00
1G7LC 1JJ3A 3AZ5A 2ZWBA 1NMMA 2HEFA 3A6CY 4WM6A 4ZIXA 3LZTA 1IOSA 1QUSA 2YBMA 1LJIA 4UWNA 1DKKA 1LOZA 4WLXA 4WO6A 4H9CA 1P2CC 1NBYC 1VDQA 1XGTC 1CKDA 1D0LA 1OUGA 2DQIY 1LZ6A 2ZYCA 1O23A 2W1XA 1QUTA 2D6BA 1ALCA 1XGUC 2YBLA 3BKVA 4NY5A 1D0KA 3WL2A 4BAFA 1GB3A 2MEDA 2F4AA 1GHLA 3WUMA 4P2EA 2ZYPA 2BQIA 3WMKA 4YF2A 1UIHA 3P66A 2I25L 5F9XA 1FLYA 2Z18A 4WG1A 4CFOA 4OOOA 1D0MA 3P64A 1LZDA 1B5VA 2DQJY 4L41A 4RW1A 1OQMA 2ZQ3A 3EBAB 1MELL 4ETBA 2MECA 1HMLA 1CKFA 2BQLA 1UIEA 3CSRA 1B5UA 2CJLA 1LZ8A 1B7RA 1GBWA 2DQHY 3W6AA 3CSQA 1YL1X 2Z19A 1YAQA 5LVKA 5LIOA 4CHXA 4LT1A 3TXDA 4PPOA 1GE2A 3EXDA 4WM3A 1GE1A 1GF4A 2BQOA 1GB8A 5L9JA 2XBRA 3OJPA 4ET9A 1CJ6A 4NGZA 1OUCA 5A3EA 1MLCE 3AZ4A 3ZVQA 4ET8A 4NGVA 4UWUA 4GCCA 4NHSA 1FN5A 5KKJA 2MEBA 4OW1A 1IORA 1HEMA 4UWVA 1AT6A 2CWIA 4BAPA 1J1XY 1TEWA 1T3PA 1UIDA 4NSGA 2IFFY 5KXKA 1LYZA 2FYCA 5KXLA 5DN4A 3A91A 5I54A 1LAAA 3AZ7A 4HTQA 1WTMA 5LYTA 3CT0A 4W94A 3F6ZA 3T36A 3A3RX 3A8ZA 3IJUA 4DC4A 5C6JA 1RFPA 4Z46A 5LA8A 2H5ZA 1KIPC 1BB5A 1I56A 1LJKA 5LAFA 1IR8A 1LZTA 4GCEA 4HP0A 4MR1A 4HJYA 4WM2A 2NWDX 4MCKA 2DQCY 1LZSA 3FI7A 3WUNA 1QSWA 1BWJA 2H9KA 1G7IC 1V7TA 5FSTA 1JJ1A 1YROA 4NGIA 4XN6A 5E4PA 5HNCA 1VDPA 4YENA 1LMOA 5E9RA 1LJEA 2F4GA 4WLYA 1VDTA 4NSIA 133LA 1YAOA 4ZFPA 1LHKA 135LA 4G4BA 3WW6A 5I4YA 4ML7A 3WPJA 1GE0A 4DD3A 2WARA 1CKCA 3M18B 4H1PA 1DXJA 3LYZA 4WM4A 2G4PA 1LZYA 3ATNA 5FHWA 4GCDA 5HQ1A 4WM1A 1LSEA 5KXSA 5A3ZA 5LVIA 4OWHA 1JTPL 1LJFA 1YKZX 1KIQC 4HJVA 4B1AA 1AZFA 2YBJA 4AXTA 4NIJA 5LVJA 3A96A 5L3IA 4NG1A 4TUNA 1LMTA 2BQHA 4U3XB 1XEIA 4G49A 5FEKA 1YAPA 5HMJA 4LFPA 1IP7A 4H92A 5M1YA 3GXRA 1WVUA 2Z12A 1B5ZA 1HERA 2B5ZA 4B49A 3TMWA 1OP9B 4DD7A 2N5ZA 1JSFA 2C8OA 4II8A 2Q0MX 3D3DA 3WUAA 4N5RA 1UIFA 4ZEEA 2FBDA 1J1OY 7LYZA 1A4VA 1HEPA 1NKHA 4TWSA 1EL1A 4PGJB 1LHJA 4AGAA 2HEAA 3WU8A 1LYYA 2F30A 5I4WA 4OOTA 2YSSC 2BQCA 1GB5A 1CKHA 1UIBA 3AB6A 1QIOA 1HENA 1JWRA 1C10A 1T6VL 1LKSA 4NWEA 1BQLY 1GFAA 4H9FA 3WW5A 2D4KA 2LHMA 1LSPA 1GFHA 2DKVA 4NG8A 3G3BB 1BGIA 2D4JA 4B4EA 4NEBA 1GB2A 1UIGA 3TMXA 2DQAA 1LZ5A 1LMNA 1D6QA 1NBZC 4IJ4A 1BB4A 4XJGA 3TMUA 3TXGA 2C8PA 3RU5A 4QEQA 4RDSA 2ZNWY 1VAUA 4XADA 1C46A 2XBSA 1KXYA 1XEKA 4H91A 1H87A 4DWXA 4GCBA 4RLNA 4XENA 2EPEA 4NGJA 4RW2A 3N9EA 1LZRA 1LSCA 1D6PA 3B72A 1GF3A 2Y8PA 4MSTA 1GXV2 4WOAA 1REZA 1H6MA 5APFA 3TXKA 2BQBA 3CT1A 4KT3A 1IR9A 1AM7A 1JJ0A 1B7NA 4QY9A 2LYMA 4I8SA 1GBYA 3N9CA 4NGWA 207LA 1IO5A 5L3HA 1WTNA 1IC4Y 1KIRC 4NHQA 1VDSA 1G7HC 2BLYA 1LCNA 5K7OA 1GAYA 1GEVA 2LYZA 1YIKA 2DQDY 5B59A 1GF5A 4HV2A 1YAMA 3AW7A 2G4QA 4FJRA 4YEMA 2BAAA 1G7MC 3WXUA 1BWIA 1A2YC 1HMKA 1LSAA 5FCPA 2CGIA 4DD1A 1VATA 3WU7A 1JEFA 1YKXX 2HECA 4NGLA 2EIZC 1LSBA 2ZNXY 1LSNA 1LKRA 2F2NA 1CJ7A 208LA 4XYYA 2Z39A 1B7SA 3HBDA 1F6RA 5B05A 3RZ4A 4B4JA 4BS7A 5HMVA 1IIZA 1WQQA 2HU3A 1IOCA 1IC7Y 2GV0A 4NGKA 5ILCA 4M4OA 1F0WA 4DDAA 1LZCA 1BWHA 4C5FA 4PJ2C 2HEEA 2HEDA 4LT0A 4XJHA 1JPOA 4W96A 1TAYA 1HSWA 3WVXA 2DQFC 1OUJA 2FYDA 1SLYA 2DQEY 4G4HA 3WVYA 4Z98A 1LSMA 1UUZC 1UBZA 1LSDA 4H8ZA 4HTNA 2YBIA 5C6IA 132LA 4HPIA 1AKIA 1GFGA 1LHLA 5HLLA 4X3BA 1GB6A 4D9ZA 1GF9A 3A6BY 4NGYA 1I20A 4LYBA 2EKSC 1OUAA 5KXNA 4KXIA 1BB7A 1GF8A 1BB3A 1C7PA 1C45A 1GFJA 1QDRA 3LN2A 5D5FA 5DLAA 1EQ5A 4GCFA 1GEZA 4DD9A 1LHHA 1DQJC 1GFEA 4IASA 1LJHA 4XJDA 3TXEA 1DI4A 1LZGA 2BQKA 2G4NA 3ZEKA 1LZAA 4ANRA 4NFVA 4QDNA 3LYMA 1GE4A 2DQGY 5LYZA 1FKVA 1Z55A 3J6KA 1BB6A 1B9OA 1IY3A 4DDBA 1NQIA 1REYA 1TBYA 2RSCA 1IWUA 1JKBA 6LYTA 3OK0A 1UACY 1JITA 1IWTA 5J7CA 1IP3A 1PS5A 3WYHA 1NDMC 4KPMA 4WLTA 5LA5A 1UCOA 2BLXA 4NHIA 5B07A 1LJ3A 5F14A 5KXOA 5ILFA 1B5WA 4O34A 5D5CA 3TXFA 4DD2A 6LYZA 1LJGA 1HC0A 4XJIA 1QTEA 3HFMY 1DPXA 4H9HA 5KXYA 3W6CA 1LSGA 4H9IA 1IR7A 1OUIA 4I0CA 194LA 3VWOA 2W1LA 4N8ZA 1OUFA 4LZTA 1D9UA 1WQMA 5F81A 1JKAA 4J7VA 5HNLA 3QNGA 3P68A 3A95A 2VB1A 4OWCA 2XTHA 4H8YA 1HFZA 3M3UA 2ZQ4A 4LYZA 1DZBX 2Z37A 1UC0A 4TTDA 3WU9A 2D91A 1B5XA 1RE2A 1PZYA 4Z41A 4ETCA 5LVGA 2BQNA 4CGEA 1QDTA 2Z2EA 1LZ9A 4ETAA 1LPIA 1RJCB 3P4ZA 3E3DA 4PRUA 5F9UA 1B7PA 2MEEA 1C43A 1BVXA 1GPQC 1HEOA 4WO9A 4M6DA 5KXRA 1W6ZA 1LSFA 154LA 1YANA 1GF0A 4N1CC 4NGOA 5II3A 3W6BA 1IWXA 1F10A 1IC5Y 4WMGA 3BKHA 1ZVHL 3AW6A 3K3TA 1HFYA 3AZ6A 1C08C 4YM8A 2D4IA 1NHEA 1GF7A 1WQNA 1GFTA 4LYTA 1W08A 3TXBA 4E3UA 1HSXA 2A7DA 1GAZA 1B7OA 4NWHA 1REMA 1LZBA 1FLUA 1JTOL 1INUA 2H9JA 1LSYA 1JISA 1XGRC 4HPEA 4CFPA 4R0FA 1G7JC 9LYZA 1GFUA 1JUGA 3CT5A 4H90A 4PRQA 5AMYA 1LZ4A 2PC2A 2BQGA 3A94A 3CB7A 4BADA 3CQLA 3EMSA 4N1EI 1XGPC 1KXWA 1OUBA 5LAGA 1FBIX 3SP3A 1NDGC 1JIYA 5LVHA 1LZEA 1TCYA 1LHIA 4YEOA 1LHMA 3WXTA 1IP1A 1LYOA 5IDDA 4N0JA 4IATA 1GBSA 1LMPA 1LMQA 4LT3A 5B1FA 1I1ZA 1JKCA 5I53A 4B4IA 3HBEX 3RT5X 2X0AA 3AGGG 2YBHA 3LYOA 4LT2A 1LMAA 4OWBA 5I5QA 5T3FA 4Z3MA 3AYQA 2FBBA 1IVMA 3WPLA 2HU1A 3A67Y 1RCMA 3TXJA 4G4CA 5LXWA 4A7DA 1LJ4A 1GWDA 1E8LA 3A90A 3CSZA 1XEJA 3EO5A 4NSJA 1JKDA 5APCA 4HV1A 5KXXA 2A7FA 2LZ2A 1GXXA 3QE8A 1B7QA 4H9AA 1IX0A 153LA 1CJ8A 1JHLA 4J1AA 5F16A 4ETDA 2I6ZA 3IWRA 1OUEA 2Z2FA 2HEBA 4TSCA 5KXWA 4DT3A 3WULA 4DDCA 1J1PY 3RNXA 3G3AB 1OUHA 3T6UA 4GN4A 4J1BA 3AJNA 4TX7A 5FDJA 3N9AA 4HSFA 193LA 1LJJA 1GB0A 1HF4A 4OWAA 4WL7A 3A3QA 134LA 4R6CA 3B0KA 5KXZA 3B0OA 1ZVYB 4J0LA 1IY4A 1GF6A 1HEWA 3ULRA 4DYGA 1OUDA 1IP2A 3KAMA 3LZ2A 4EMNA 4H9BA 2BQFA 4GN5C 1FKQA 4XJBA 1IWWA 1HNLA 2HUBA 3MGWA 1CKGA 2MEFA 4YOPA 1UA6Y 2BQMA 2BQDA 4QGZA 3W3EA 3WPKA 1IWVA 1IWZA 5EBHA 1N4FA 1EQ4A 3LYTA 1WVVA 4RLMA 4LFXA 4ETEA 5JENB 1B5YA 1LJNA 1YKYX 2Z38A 3LHMA 1FLQA 1GBZA 1GFRA 1QSAA 2HTXA 2LZTA 2MEAA 1UIAA 1WQOA 3AGIA 1EQEA 1CJ9A 4NHTA 5B06A 5KXTA 2ZILA 4H93A 5I4XA 4B0DA 1GDWA 3W6FA 1LZ1A 1IEEA 1NF5A 2EQLA 1WQRA 2DBTA 2MEHA 2ZIJA 3ATOA 4GLVA 5IHGA 1YQVY 3FE0A 4LGKA 4EOFA 4LYMA 1JSEA 4LYCA 4GN3A 2YBNA 4WM5A 3A34A 1CNSA 3ZVQB 3TXHA 1VEDA 4NHPA 8LYZA 5KKIA 3J4GA 1IP5A 5IELA 5KXMA 1ZV5L 1NWGA 3GXKA 4GLAA 4WL6A 1HHLA 1IP6A 2BQJA 4PHIA 1VFBC 2ZIKA 3IJVA 3TXIA 2YDGA 4FDYA 1XFPL 4TSBA 1AT5A 1DKJA 1DPWA 2MEGA 1IOQA 4OWEA 5APEA 4WLDA 5KXPA 1GBXA 1YILA 5DN5A 5APDA 1UICA 1B7MA 2I26L 4H8XA 5B1GA 2CDSA 3A92A 3W6DA 1IWYA 1DI3A 1GD6A 5DL9A 1TDYA 1XGQC 1QTKA 2XJWA 5C6LA 1QQYA 1RI8B 2IHLA 1GB9A 1FLWA 1B7LA 1B0DA 1YL0X 2W1MA 5LINA 4NSHA 4WG7A 1HEQA 1F6SA 1GE3A 1KXXA 4XJFA 5DM9A 2MEIA 1LSZA 3P65A 4KL7A 2BPUA 3B6LA 2AUBA 1ZMYL 1WQPA 1IOTA 3AGHA 5FELA 4CJ2A 4H9EA 1GBOA 4G9SA 1B2KA 1FDLY 2LYOA 3D9AC 1HELA 5KJ9A 1GFKA 3QY4A 1GFVA 3A93A 3B0IA 1BVKC 2BQAA 4N9RA 1REXA 4HJZA 5KY1A 4LYOA 1LTMA 3TMVA 2YVBA 2BQEA 1IP4A 4C3WA 5LYMA 1BHZA 2W1YA 4H94A 4HTKA 1HFXA 4DD0A 1V7SA 1DI5A 1GB7A 1SQ2L 1LMCA 1LZNA 3W6EA 1GDXA 3WH1A 3RW8A 1JTTL 1XSFA 1LYSA 3HBHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZWBA 1NMMA 3A6CY 4EKSA 4ZIXA 131LA 3C83A 192LA 1DKKA 1LOZA 1L83A 213LA 1XGTC 2ANXA 1CKDA 1LZ6A 2ZYCA 2MEDA 1GHLA 4P2EA 2BQIA 4YF2A 1UIHA 5F9XA 1OYUA 1FLYA 4ARMB 3L2XA 4WG1A 4I7RA 3P64A 1QSQA 1LYEA 1P37A 4L41A 4I7TA 1MELL 2MECA 3CSQA 1YL1X 1C6TA 4LT1A 3TXDA 4PPOA 1GE1A 1GB8A 5L9JA 4ET9A 5A3EA 1OUCA 1MLCE 4NGVA 4UWUA 1SX2A 4UWVA 4DAJA 1J1XY 1TEWA 1T3PA 1UIDA 5KXLA 1L00A 3A91A 1LAAA 3F6ZA 3A8ZA 3DMZA 3RZEA 5C6JA 5LA8A 1I56A 4EKRA 7LZMA 1IR8A 4GCEA 2NWDX 4MCKA 1L14A 3FI7A 1BWJA 5E4PA 127LA 3GULA 1G0KA 1C6KA 1LMOA 1LJEA 210LA 4NSIA 1YAOA 1CX6A 4DD3A 2WARA 3LYZA 1LZYA 5FHWA 5HQ1A 1L09A 5KXSA 2IGCA 245LA 1LJFA 4B1AA 2YBJA 4AXTA 5LVJA 1G1WA 2BQHA 4U3XB 1L65A 2LZMA 1WVUA 5I14A 3LZMA 1CVKA 1L59A 4B49A 4AQNA 218LA 3D3DA 2NTHA 4N5RA 1J1OY 7LYZA 1L40A 1HEPA 4PGJB 1LHJA 1L20A 2HEAA 3HH5A 4ARMA 1L70A 1HENA 1C10A 4W51A 1LSPA 1PQKA 4NG8A 180LA 2D4JA 4B4EA 4NEBA 1LZ5A 1L82A 4XJGA 3TXGA 1C46A 1KXYA 3N9EA 1L05A 4WOAA 1GF3A 3OE6A 3CT1A 2LYMA 4I8SA 1CV6A 4ZPUA 4NGWA 1IO5A 1KIRC 228LA 1G7HC 2BLYA 128LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1G7L C;  1JJ3 A;  3AZ5 A;  2ZWB A;  1NMM A;  2HEF A;  3A6C Y;  4WM6 A;  4ZIX A;  3LZT A;  1IOS A;  1QUS A;  2YBM A;  1LJI A;  4UWN A;  1DKK A;  1LOZ A;  4WLX A;  4WO6 A;  4H9C A;  1P2C C;  1NBY C;  1VDQ A;  1XGT C;  1CKD A;  1D0L A;  1OUG A;  2DQI Y;  1LZ6 A;  2ZYC A;  1O23 A;  2W1X A;  1QUT A;  2D6B A;  1ALC A;  1XGU C;  2YBL A;  3BKV A;  4NY5 A;  1D0K A;  3WL2 A;  4BAF A;  1GB3 A;  2MED A;  2F4A A;  1GHL A;  3WUM A;  4P2E A;  2ZYP A;  2BQI A;  3WMK A;  4YF2 A;  1UIH A;  3P66 A;  2I25 L;  5F9X A;  1FLY A;  2Z18 A;  4WG1 A;  4CFO A;  4OOO A;  1D0M A;  3P64 A;  1LZD A;  1B5V A;  2DQJ Y;  4L41 A;  4RW1 A;  1OQM A;  2ZQ3 A;  3EBA B;  1MEL L;  4ETB A;  2MEC A;  1HML A;  1CKF A;  2BQL A;  1UIE A;  3CSR A;  1B5U A;  2CJL A;  1LZ8 A;  1B7R A;  1GBW A;  2DQH Y;  3W6A A;  3CSQ A;  1YL1 X;  2Z19 A;  1YAQ A;  5LVK A;  5LIO A;  4CHX A;  4LT1 A;  3TXD A;  4PPO A;  1GE2 A;  3EXD A;  4WM3 A;  1GE1 A;  1GF4 A;  2BQO A;  1GB8 A;  5L9J A;  2XBR A;  3OJP A;  4ET9 A;  1CJ6 A;  4NGZ A;  1OUC A;  5A3E A;  1MLC E; 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 1YQV Y;  3FE0 A;  4LGK A;  4EOF A;  4LYM A;  1JSE A;  4LYC A;  4GN3 A;  2YBN A;  4WM5 A;  3A34 A;  1CNS A;  3ZVQ B;  3TXH A;  1VED A;  4NHP A;  8LYZ A;  5KKI A;  3J4G A;  1IP5 A;  5IEL A;  5KXM A;  1ZV5 L;  1NWG A;  3GXK A;  4GLA A;  4WL6 A;  1HHL A;  1IP6 A;  2BQJ A;  4PHI A;  1VFB C;  2ZIK A;  3IJV A;  3TXI A;  2YDG A;  4FDY A;  1XFP L;  4TSB A;  1AT5 A;  1DKJ A;  1DPW A;  2MEG A;  1IOQ A;  4OWE A;  5APE A;  4WLD A;  5KXP A;  1GBX A;  1YIL A;  5DN5 A;  5APD A;  1UIC A;  1B7M A;  2I26 L;  4H8X A;  5B1G A;  2CDS A;  3A92 A;  3W6D A;  1IWY A;  1DI3 A;  1GD6 A;  5DL9 A;  1TDY A;  1XGQ C;  1QTK A;  2XJW A;  5C6L A;  1QQY A;  1RI8 B;  2IHL A;  1GB9 A;  1FLW A;  1B7L A;  1B0D A;  1YL0 X;  2W1M A;  5LIN A;  4NSH A;  4WG7 A;  1HEQ A;  1F6S A;  1GE3 A;  1KXX A;  4XJF A;  5DM9 A;  2MEI A;  1LSZ A;  3P65 A;  4KL7 A;  2BPU A;  3B6L A;  2AUB A;  1ZMY L;  1WQP A;  1IOT A;  3AGH A;  5FEL A;  4CJ2 A;  4H9E A;  1GBO A;  4G9S A;  1B2K A;  1FDL Y;  2LYO A;  3D9A C;  1HEL A;  5KJ9 A;  1GFK A;  3QY4 A;  1GFV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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