4DQ5A

Structural investigation of bacteriophage phi6 lysin (wt)
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
173
structure length
164
Chain Sequence
LQALSRVRFTTAEVDSAVARISQKIGVPASYYQFLIPIENFVVAGGFETTVSGSFRGLGQFNRQTWDGLRRLGRNLPAFEEGSAQLNASLYAIGFLYLENKRAYEASFKGRVFTHEIAYLYHNQGAPAAEQYLTSGRLVYPKQSEAAVAAVAAARNQHVKESWA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Selective pressure causes an RNA virus to trade reproductive fitness for increased structural and thermal stability of a viral enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Membrane protein Phi6 P5wt
molecule tags Membrane protein
source organism Pseudomonas phage phi6
total genus 59
structure length 164
sequence length 173
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-02-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.50 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4dq5A00
4DQJA 4DQ5A 4DQ7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HP0A 1L85A 3FI5A 2ZQ3A 4WMGA 1JKCA 5LVGA 3K2RA 2YBMA 2BQCA 1XFPL 255LA 171LA 1LZYA 1HSXA 2YBHA 1HFXA 1FLQA 1L33A 1B9OA 1L30A 3LYMA 1LSEA 3RT5X 1QTZA 123LA 4I7SA 4R6CA 3HDFA 3CDTA 1IY4A 3HTBA 1OP9B 5L3HA 213LA 4TWSA 1L43A 4BS7A 4WOAA 1L84A 5A3ZA 1LMTA 4IASA 1LLHA 1ZWNA 158LA 1DKJA 5E4PA 4LYMA 3AGIA 3C8SA 132LA 4NGKA 3M3UA 4AQNA 2RB0X 1D6PA 1HMKA 1L34A 1GAYA 127LA 1GB0A 1C60A 3TXGA 3V2YA 1L95A 1HEMA 2Z12A 1GE2A 1L19A 1BB6A 1DI4A 1G7JC 3GUOA 1CKGA 1L46A 160LA 1QS9A 1LZ6A 1OUHA 3W6BA 1HEWA 108LA 112LA 164LA 231LA 1YL1X 4W52A 1LSYA 1C64A 1NBZC 1C67A 1JTOL 3G3WA 5KXMA 4CHXA 2BQDA 1L10A 4G4HA 5KXWA 1B0DA 8LYZA 3DN1A 2RBRA 4B1AA 4I7TA 5FELA 1OVHA 3WPJA 1IP3A 1LYJA 4NWEA 3HU8A 3SB8A 2HEFA 2BQNA 3OJPA 226LA 1WTHA 1L50A 1XEIA 3A6CY 1JITA 1P7SA 3G3AB 1L49A 4KXIA 4I7LA 1LPIA 3CSZA 3EO5A 1L35A 5C6JA 3P66A 3A3RX 4WLYA 5LA8A 3DN2A 3WUNA 2HUMA 1B7PA 1L11A 1LTMA 4WM6A 185LA 3C7ZA 1LJFA 1P5CA 1J1PY 2RBNA 4DDCA 1L57A 1LSNA 4C3WA 1JQUA 1CKDA 4H90A 3T6UA 3NY9A 5I4YA 4NSHA 5II3A 3DMZA 4YX7C 3F8VA 2EKSC 2B73A 5FEKA 1QDTA 1KY0A 4I7QA 1IWZA 1L36A 5KXKA 1F6SA 222LA 1GHLA 4Z46A 5APFA 3QY4A 4H9AA 4XJIA 3QNGA 5KJ9A 2YSSC 5AMYA 1L75A 4U3XB 1G7LC 1RCMA 2FYDA 3WUAA 4DDAA 1PS5A 5HMJA 1LJJA 1QSQA 1L03A 1JTNA 1UBZA 2Q9EA 1LZCA 3TMWA 1C61A 4NGZA 2BPUA 3A95A 2OE9X 1BB3A 176LA 1QTBA 3FA0A 7LZMA 1UUZC 1UIDA 1LZGA 2Q0MX 1B5UA 3SB6A 3FE0A 1WQQA 1XEJA 4I0CA 3RUNA 2YDGA 4YF2A 5LXWA 1KXXA 3RNXA 1LI6A 3TXBA 4NIJA 1DPXA 1GFVA 1DI5A 3GUMA 208LA 5ILFA 5DN5A 1CU3A 1QUGA 3J6KA 4HV2A 1OUGA 1CU5A 3NYAA 2XTHA 3HT7A 3HBEX 1ZMYL 5F16A 1L01A 1XEKA 1C6NA 3LHMA 1L16A 1KS3A 3ZVQA 4ANRA 4XJDA 3UONA 1GFRA 9LYZA 1L18A 229LA 1F6RA 3OE9A 1D3MA 4HJVA 5LVKA 1LMAA 2LYMA 244LA 128LA 1G0LA 1JTPL 5F81A 133LA 3T36A 1L63A 1LZAA 1IOTA 2RAZX 1QSWA 1O23A 4B4JA 2LZTA 3HBHA 4YENA 3CDRA 3IWRA 5B07A 1L88A 1QUDA 2F2QA 3WU9A 4LYBA 1T8AA 2XJWA 1TLAA 5LVJA 1QQYA 1L37A 1YAPA 3B6LA 1L67A 1LPYA 1IC7Y 2W1YA 1OUIA 2ZILA 1JSFA 1IP4A 3HTGA 1D2WA 1W6ZA 2NWDX 3GXKA 216LA 3D3DA 3NY8A 2FYCA 1L44A 2G4NA 1C10A 2DQGY 1GFUA 2O4WA 1OUEA 1QIOA 1L83A 3KAMA 3LZMA 4TSBA 2BQGA 3HT9A 1IP6A 227LA 4QGZA 1GF8A 2Z39A 4TUNA 4ETDA 2Z18A 4B4IA 4N1EI 1L39A 5L9JA 1L79A 1XJUA 167LA 1SQ2L 4W94A 2I6ZA 3L2XA 139LA 4G49A 1B7NA 2HU1A 2H9JA 1T8FA 4I7KA 4W57A 140LA 4S0WA 2YBJA 1EPYA 1L55A 3CT1A 1AKIA 4ZIXA 3CT0A 2YBLA 4DJHA 1HHLA 1XGRC 1ALCA 4YOPA 5APDA 4H8ZA 1AM7A 2QARC 2RBPA 3TXIA 2HECA 1C66A 109LA 1LZTA 4LT2A 1JEFA 1P56A 1GXXA 2BQMA 4G4BA 2ZYCA 1HELA 1REXA 4FDYA 1PQJA 189LA 1B7LA 1EQ5A 1LAAA 3C8RA 3W6CA 2B6ZA 1PQDA 1WQOA 3K3TA 2HEAA 1UCOA 2PC2A 1FDLY 3ODUA 3W3EA 5I14A 1I56A 1QTKA 243LA 1SX7A 245LA 4LYZA 1BWHA 4WG1A 1LKRA 2IHLA 1L13A 3EXDA 5EBHA 1LHIA 3HT8A 4PHIA 5F14A 1LI2A 4GN4A 1D2YA 4WM3A 4WM5A 2LC9A 1C6KA 5HNLA 1L98A 3AJNA 1L48A 1C65A 1DYDA 1CV6A 1G1VA 238LA 246LA 1CVKA 1NF5A 111LA 1L97A 4H9IA 1GFTA 1L09A 5LYTA 4NSJA 2BLXA 3DNAA 1XEPA 1NMMA 3CDVA 4G4CA 5LAGA 1C62A 1P6YA 1G07A 1LJNA 1C6LA 252LA 2DQFC 1CUPA 1NKHA 188LA 1ZYTA 2RAYX 5L3IA 3A90A 3MGWA 144LA 3A67Y 2A7DA 4UWUA 4HJZA 4NGWA 2MEIA 122LA 1L54A 5IDDA 1OWZA 4C5FA 1NHEA 4G9SA 2OU8A 3B0IA 1LZ5A 3DN3A 4WM2A 1QTCA 4ZEEA 4RLMA 3FI7A 192LA 5DLAA 1OVKA 2LYZA 1HC0A 1BHZA 254LA 1G1WA 4NY5A 1OWYA 2RBQA 1P46A 3AZ7A 1GDXA 1IWVA 4H91A 5DM9A 1GBYA 1LZSA 1G0GA 2D4JA 2W1MA 4ARLA 1GBZA 3J4GA 249LA 118LA 1GF4A 4H9CA 4PRUA 228LA 3HH5A 2O79A 1JJ1A 198LA 1L99A 1XGUC 1IR8A 2B70A 1BWJA 4DQ5A 1L21A 1GAZA 1WTMA 3TMVA 1L73A 1L60A 3G3BB 4H9EA 1JTMA 1QTEA 4MCKA 4ARMA 1CV0A 3HUQA 5D5CA 2MEHA 3N9AA 2BQAA 4I7RA 153LA 3LYOA 2W1LA 1KW5A 1CNSA 149LA 4H8YA 4NGOA 5F9UA 4W56A 1LYIA 2OU0X 4DAJA 4R0FA 162LA 2F2NA 4W55A 4Z3MA 191LA 1CU6A 5F9XA 1L27A 3AGGG 3AW6A 1WQRA 1L08A 5K7OA 232LA 3CSRA 1C6EA 4QY9A 1GBWA 1YIKA 2I25L 1D3NA 4W59A 1C6BA 2MEFA 1LSMA 3CT5A 3WXTA 3WMKA 1QT6A 1L86A 4GCEA 1GF0A 4B49A 4YXCA 4X3BA 233LA 2RH1A 173LA 1CV5A 1G0MA 138LA 1HEOA 1CU2A 1P2CC 2RB1X 150LA 4ARQB 1P3NA 4EMNA 3WXUA 3WL2A 1UIEA 4YEMA 3AZ4A 4XENA 256LA 3E3DA 5IELA 142LA 5B1GA 3A96A 1LMNA 4IJ4A 1L17A 4PPOA 3C7WA 2B6WA 1WQPA 1L93A 2B74A 230LA 260LA 2H5ZA 3VWOA 1YKZX 4KT3A 1L89A 3GUKA 1FN5A 241LA 1JUGA 1GFEA 1YAMA 1UIFA 1A2YC 1K28A 1GWDA 4NSGA 1QUTA 1C7PA 1VDPA 4NHSA 120LA 1V7SA 1IP1A 3A92A 1GBXA 1GD6A 3LZTA 2X0AA 3RZEA 4K5YA 199LA 4WO6A 1IWWA 1G0PA 4LYCA 4BADA 110LA 1CUQA 1GFGA 4HV1A 1UA6Y 1ZV5L 1OUAA 237LA 1XGQC 1WQMA 4O34A 3HH6A 3IJUA 1DYEA 4OW1A 1JJ3A 250LA 2EQLA 3HU9A 235LA 1GEVA 1LZ8A 1LZBA 1OV5A 1XJTA 2RB2X 224LA 4W58A 102LA 1T6HA 4YEOA 1LJEA 5I54A 2IFFY 1DYCA 1T97A 1SLYA 3SBAA 5B59A 3GUIA 4NHQA 1L25A 4XADA 4KPMA 1D6QA 3N9EA 3EBAB 3HBDA 1L45A 1G7HC 1PQMA 2YBIA 1IWXA 3W6DA 5DN4A 4EKRA 209LA 5LVHA 1LYZA 1CV1A 1QDRA 5HNCA 2D6BA 1PZYA 3QE8A 1VDSA 4GLAA 4CFPA 2WARA 2BQFA 2DQIY 4WLTA 1QUOA 4I7NA 143LA 3C82A 1JJ0A 4ARJA 2HULA 4H8XA 3QAKA 1IC5Y 4HPIA 4LDEA 4N8ZA 1KIPC 1IP5A 1YKXX 1G0QA 3HUKA 4I7OA 236LA 1HEQA 2HTXA 1L42A 1FLUA 4OOTA 2DQAA 3OE0A 4NSIA 1GDWA 4EPIA 4H92A 4EXMA 1WTNA 2QB0B 4ET8A 4OWEA 4OWBA 1BVXA 4GCCA 3C83A 4GN3A 3DN4A 4DYGA 5APCA 1L66A 4P2EA 2ZIKA 1C6MA 2D4KA 3SN6R 3WVYA 1C6FA 1LSZA 1L23A 1IP2A 4WLXA 1I1ZA 5KXPA 3WPLA 5KXSA 1OVJA 1DZBX 1G0KA 1LW9A 5FDJA 5KXZA 1L71A 3A91A 4LGKA 4Z98A 3P4ZA 1REYA 3AZ5A 1L07A 2O7AA 3A93A 4LT1A 1IOQA 1NWGA 3A3QA 1GF3A 1LKSA 5FSTA 1G7IC 2FBBA 2D91A 1RE2A 126LA 2OEAX 1L0JA 1L12A 1JISA 1L0KA 4LYTA 4L41A 6LZMA 2YBNA 4TSCA 2B75A 2OE7X 1TDYA 3CSQA 3DMVA 5FCPA 4NG8A 3TXDA 5APEA 234LA 1L65A 1HNLA 1L51A 4XYYA 182LA 141LA 2CGIA 4EJ4A 210LA 107LA 3GUJA 4PJZA 4DD1A 196LA 1NQIA 2HUKA 4N5RA 212LA 3RZ4A 1GFAA 1DYGA 5B06A 4NGLA 221LA 1IEEA 5B1FA 3C81A 2RSCA 2HEDA 4H1PA 258LA 130LA 1HF4A 5KY1A 1LJ4A 4EPFA 4PRQA 1CTWA 1QT3A 4PJ2C 1G0JA 1LMQA 1LJGA 1OUJA 1LYHA 4FJRA 4DD3A 207LA 3DKEX 3W6EA 1CX7A 1VEDA 1LMCA 1C6DA 2N5ZA 2IGCA 1BQLY 2MEAA 1E8LA 3AGHA 1LYDA 5KXYA 1LZ9A 4NGYA 1IORA 200LA 1D0MA 3AW7A 1HENA 1SWZA 4ZFPA 5HMVA 1LJKA 2BQKA 2LZMA 170LA 3DMXA 2EPEA 2NTHA 5JENB 1KXWA 1AZFA 4MSTA 115LA 1L74A 155LA 1L24A 3ATNA 2I26L 1IX0A 1GE4A 4QEQA 2G4PA 4DD2A 2L78A 1HFZA 1L77A 3B72A 5D5FA 4NEBA 1GF9A 3CDOA 103LA 1DXJA 1CJ7A 4LZMA 4NWHA 1L32A 4RW2A 3TMXA 4DQJA 1L53A 152LA 1YQVY 1C6GA 1CX6A 3SB5A 1LMOA 1CJ6A 3D4SA 1W08A 2G4QA 1IR9A 1LOZA 1UIHA 1YKYX 201LA 1HERA 5A3EA 1L59A 3AYQA 1I6SA 4HTNA 4ET9A 5I53A 2LCBA 1QT4A 4DD9A 3SBBC 104LA 187LA 3W6AA 2Q9DA 1C6CA 1L96A 215LA 4OOOA 1IC4Y 4RDSA 1V7TA 3LYTA 1GF5A 4KL7A 1L61A 2RBSA 2MEDA 1L29A 5I4WA 3LZ2A 1CU0A 1JHLA 1F10A 1B5YA 4II8A 2B5ZA 1BB4A 181LA 5J7CA 4J0LA 3SB9A 1GXV2 194LA 1L38A 2Z2FA 1YROA 3F9LA 1VDQA 2B6YA 165LA 1LYGA 1REZA 1IWTA 2YVBA 1LHKA 1GFHA 1KIQC 1QUSA 5M1YA 1OUFA 3SP3A 2B6TA 1CKHA 3CB7A 3G3VA 1C6PA 2B6XA 1XGTC 3WULA 151LA 2BLYA 4GCFA 1JKBA 1KXYA 1UIGA 1T3PA 1LZ4A 1FLYA 3HH3A 4CJ2A 4HSFA 4OO9A 2F47A 1INUA 1VFBC 1GE0A 1B5ZA 146LA 2F32A 5LZMA 1C6TA 4HTKA 1L70A 3P64A 5HLLA 5KXTA 190LA 180LA 1QT5A 1LSAA 4CGEA 4DD7A 3PDSA 1DYFA 1B5XA 1C6JA 1GB6A 1L72A 4E97A 3B0KA 4DQ7A 4ARMB 1DPWA 3ATOA 4RLNA 193LA 3HT6A 175LA 3GUNA 1L87A 4MR1A 4PGJB 3TXHA 3HUAA 1L90A 1DYBA 3BKVA 1PQIA 4N1CC 1B6IA 4LT0A 1CV3A 2DBTA 4WL6A 1L82A 1BB5A 4ARQA 3C8QA 2Z19A 2F4GA 4M6DA 4ARPA 3W6FA 1B7OA 1DYAA 4TX7A 5DL9A 1RJCB 1BGIA 2AUBA 1L15A 3OE8A 1L64A 1LSBA 1PQOA 4I7PA 2DQDY 2MECA 1DKKA 4XJGA 4A7DA 2ZNWY 2HUBA 183LA 6LYZA 1GF7A 1L94A 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 4DQJ A;  4DQ5 A;  4DQ7 A; 
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 4HP0 A;  1L85 A;  3FI5 A;  2ZQ3 A;  4WMG A;  1JKC A;  5LVG A;  3K2R A;  2YBM A;  2BQC A;  1XFP L;  255L A;  171L A;  1LZY A;  1HSX A;  2YBH A;  1HFX A;  1FLQ A;  1L33 A;  1B9O A;  1L30 A;  3LYM A;  1LSE A;  3RT5 X;  1QTZ A;  123L A;  4I7S A;  4R6C A;  3HDF A;  3CDT A;  1IY4 A;  3HTB A;  1OP9 B;  5L3H A;  213L A;  4TWS A;  1L43 A;  4BS7 A;  4WOA A;  1L84 A;  5A3Z A;  1LMT A;  4IAS A;  1LLH A;  1ZWN A;  158L A;  1DKJ A;  5E4P A;  4LYM A;  3AGI A;  3C8S A;  132L A;  4NGK A;  3M3U A;  4AQN A;  2RB0 X;  1D6P A;  1HMK A;  1L34 A;  1GAY A;  127L A;  1GB0 A;  1C60 A;  3TXG A;  3V2Y A;  1L95 A;  1HEM A;  2Z12 A;  1GE2 A;  1L19 A;  1BB6 A;  1DI4 A;  1G7J C;  3GUO A;  1CKG A;  1L46 A;  160L A;  1QS9 A;  1LZ6 A;  1OUH A;  3W6B A;  1HEW A;  108L A;  112L A;  164L A;  231L A;  1YL1 X;  4W52 A;  1LSY A;  1C64 A;  1NBZ C;  1C67 A;  1JTO L;  3G3W A;  5KXM A;  4CHX A;  2BQD A;  1L10 A;  4G4H A;  5KXW A;  1B0D A;  8LYZ A;  3DN1 A;  2RBR A;  4B1A A;  4I7T A;  5FEL A;  1OVH A;  3WPJ A;  1IP3 A;  1LYJ A;  4NWE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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