4DT3A

Crystal structure of zinc-charged lysozyme
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Gallus gallus
publication title Experimental phasing using zinc anomalous scattering
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-02-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4dt3A00
4H93A 4XENA 1GF6A 4HV1A 1B5UA 4J1AA 1G7LC 2D4IA 5LAFA 1LPIA 1LMCA 3B72A 4LYMA 4NHPA 1LJNA 3A92A 1UIEA 1IOSA 1VATA 3LZTA 4H8ZA 3LN2A 3TMWA 3WH1A 5IELA 1ZMYL 1LJKA 1B5WA 3QE8A 1LSFA 5HMJA 1GFKA 4DD7A 2Z37A 1IOQA 5B06A 4ZIXA 4ETCA 5KXSA 1Z55A 2FBDA 5I4XA 3E3DA 1FLWA 2Q0MX 1GE1A 1IP4A 1VAUA 4PHIA 1YQVY 1LSDA 1VEDA 3F6ZA 4W96A 4J1BA 4H9HA 4XADA 5KXMA 1BWHA 4W94A 207LA 3J4GA 3ZVQA 1HEMA 1O23A 4LYZA 5B1FA 1G7MC 4NHTA 5DN5A 4ETDA 5KY1A 3GXKA 4KXIA 154LA 1QSWA 3OK0A 4NFVA 4ETAA 4XN6A 4R0FA 1I1ZA 4NGIA 1GB0A 4H91A 1CJ8A 4H9BA 5K7OA 1B2KA 1HEWA 1C45A 1GDWA 2CGIA 3VWOA 2ZQ4A 5FDJA 1J1XY 2FYCA 3TMUA 1GFRA 4L41A 3A96A 3D9AC 2DQCY 4WG1A 3AZ7A 1B7SA 4WM1A 1XFPL 1NF5A 1HFXA 1UC0A 4DD3A 1JTOL 2H5ZA 1OUFA 1UIHA 3EMSA 1B7MA 3N9CA 4LYTA 4OWEA 4A7DA 1NQIA 2CJLA 4H94A 4NGVA 132LA 4DD1A 3AGGG 1DKKA 1UIBA 1YL1X 5DLAA 2BQNA 3AB6A 1JSFA 3TXBA 1RCMA 4GCCA 4ML7A 1V7SA 1FLYA 5FEKA 5HNLA 3ZVQB 1UUZC 1LTMA 1QIOA 2MEDA 5KXZA 4DWXA 1FKVA 2AUBA 1EQ5A 2HUBA 4DYGA 1UA6Y 4N5RA 1GF3A 2Z2FA 2YBLA 2Z2EA 4QEQA 2HEDA 1D0MA 5IHGA 5L9JA 5I5QA 4PPOA 4YM8A 1LHHA 1TBYA 5B1GA 1UIAA 2W1LA 1CKHA 3AZ4A 4C3WA 4R6CA 4CFOA 5KKIA 3P64A 1CKCA 2LYOA 1REMA 1RI8B 4AGAA 4HTKA 1LZ6A 2LZTA 3A6BY 3AW6A 4IJ4A 1OUCA 1LZNA 4LYOA 4WM4A 3WXTA 2DBTA 1HSXA 1JJ1A 1IO5A 133LA 1QUSA 5M1YA 1QUTA 4N1CC 1REYA 5DN4A 2HEAA 4UWUA 4RW1A 1HELA 1GFVA 2MEEA 3AGHA 1JPOA 3WXUA 4WM3A 1EQ4A 193LA 1VDSA 2YBIA 4XYYA 3P4ZA 1GXV2 5LYTA 4CFPA 3EBAB 4GLVA 4DDAA 4OWHA 5HNCA 4XJBA 2MEBA 2G4NA 2BQBA 4LT2A 4M6DA 4DD2A 5JENB 1YROA 1REZA 1PZYA 1T3PA 1F10A 1CNSA 1LMNA 4H9EA 5F81A 1G7IC 2G4PA 4NSGA 4KL7A 1GE4A 1JIYA 1WQRA 4FDYA 1JJ0A 1IWUA 3HBHA 4BS7A 4B4JA 1XGQC 2MEIA 1IOCA 1XGUC 1ZVHL 4NGZA 1JKCA 1IWYA 1HHLA 1B5XA 4PJ2C 1GWDA 4FJRA 4WMGA 2BQCA 1GB5A 2BQFA 4YF2A 4Z46A 2I6ZA 2Z18A 3P65A 4PRUA 4OOOA 4MR1A 4OW1A 1IIZA 1YKZX 2W1YA 1CKDA 1RJCB 2I26L 3BKVA 3QY4A 4NSIA 5KXNA 5LIOA 4TTDA 3A3RX 1OUAA 4NEBA 1HERA 3WVYA 1GEVA 3D3DA 3CQLA 1LZAA 2MEHA 3CSQA 4HTQA 1HC0A 1UIGA 1GFEA 1GF8A 1CJ6A 1GFJA 4GN3A 4E3UA 4XJGA 1IC7Y 1UBZA 3W6EA 5KXTA 3CB7A 1KXYA 1XGRC 2CDSA 2EIZC 1C10A 1YAPA 4GN5C 4WG7A 3B0IA 4DT3A 4G49A 3RZ4A 1JUGA 5F16A 1LMAA 1IP7A 1LJ3A 1LZ4A 1NMMA 1QQYA 1WTMA 5L3HA 1AM7A 1NWGA 1C7PA 2RSCA 1LSNA 1KIQC 1GXXA 5LVHA 2HU1A 5T3FA 2FYDA 1C43A 1EL1A 4HV2A 3A90A 3LYMA 4LGKA 2F4GA 5DM9A 3WW5A 1E8LA 4I0CA 1GDXA 2X0AA 5C6LA 9LYZA 1GBXA 1DXJA 1NHEA 1UCOA 3A93A 4WOAA 4ETEA 4HJZA 4J0LA 6LYTA 1NBYC 2LYZA 2ZIJA 1KXWA 1SLYA 2BQAA 3HBEX 4NGOA 3T6UA 3AJNA 1MELL 5I54A 1JJ3A 1YAOA 1QTEA 2Z39A 2BLYA 1IWWA 1V7TA 1DI5A 3WMKA 4NG8A 4IASA 5A3EA 1B5YA 1DPXA 1RE2A 4NY5A 3T36A 4D9ZA 1YIKA 3B0KA 5APDA 4NHIA 5LINA 3N9AA 8LYZA 1GFAA 1T6VL 4QDNA 3TXEA 3LHMA 5AMYA 5APCA 1I20A 4KPMA 3AZ5A 1C08C 4EMNA 2ZILA 3ULRA 5J7CA 134LA 5LYZA 1JHLA 4HJVA 4HSFA 1IWZA 3EXDA 1XEIA 2DQIY 2MECA 4AXTA 1LHLA 1LMTA 1WQOA 4O34A 1IR7A 4N8ZA 4TX7A 1LJEA 3WPLA 1LHIA 4NGKA 1D0LA 1ZV5L 2DKVA 4OOTA 4WLXA 1UIFA 4MCKA 1XGTC 4HPEA 1LMOA 1HFZA 3A8ZA 4RLMA 2YBJA 4NIJA 2D91A 4ET8A 4WM6A 1PS5A 3WULA 1DI4A 1D6QA 3MGWA 1I56A 3FE0A 4OWCA 3W6FA 1B7RA 1JTTL 2BQIA 2FBBA 2XBSA 1LOZA 1OUJA 2YDGA 4HJYA 1N4FA 4X3BA 3A94A 4J7VA 3QNGA 3B0OA 4RDSA 1YILA 1WQQA 2H9JA 5KXWA 2Z19A 1WTNA 4CGEA 1YL0X 2ZYPA 1AZFA 1DKJA 1HEQA 1XSFA 4WL7A 1LSPA 1G7JC 1YANA 3RU5A 3SP3A 2YVBA 4CJ2A 2DQFC 3J6KA 1LYSA 4CHXA 1B7PA 4H9CA 1FBIX 1CJ7A 2CWIA 2D4KA 2BLXA 1BGIA 3WPJA 1LZCA 4C5FA 1FN5A 1UIDA 4WO6A 1IVMA 3GXRA 4TWSA 5I53A 1G7HC 2EKSC 1LZGA 5DL9A 1LSEA 3W3EA 4OWAA 4DDCA 1LZSA 1P2CC 3ATNA 4G4CA 2MEAA 2LZ2A 1BVXA 1EQEA 2ZWBA 3A6CY 5KXPA 2F4AA 4U3XB 4XJHA 3W6CA 3WL2A 5LA5A 5LVIA 4NSHA 1H6MA 4HPIA 4YOPA 3WW6A 4ANRA 1IR9A 4ETBA 5LVGA 4B4IA 3A95A 3TXDA 2D6BA 1FLUA 4KT3A 1WQNA 6LYZA 1GPQC 1HEPA 1LSBA 1QTKA 3HBDA 4YEMA 4RW2A 2ZNXY 2BQEA 1JKAA 153LA 1IR8A 5C6JA 1FLQA 1LJFA 1AT6A 1RFPA 4H9AA 4WLTA 1GE0A 1BB5A 1UICA 1HSWA 4UWNA 1CKFA 5APEA 1IEEA 5B59A 4NGWA 1BQLY 2DQDY 2MEFA 2NWDX 2H9KA 4I8SA 208LA 3ZEKA 2PC2A 3ATOA 5KXOA 1LKSA 4GN4A 2DQAA 2YSSC 1WQPA 1W08A 1YAQA 4H9FA 1LSZA 2DQEY 2B5ZA 4N0JA 4DDBA 1IORA 2XJWA 5B05A 3TXFA 2HU3A 1GD6A 2LHMA 1WQMA 2IHLA 1DPWA 3W6BA 1XGPC 1HMLA 1GB9A 1LHMA 2VB1A 4WM5A 5LVKA 3TXKA 1LSGA 2BQKA 3LYOA 2YBNA 1GB2A 3B6LA 3K3TA 4MSTA 4Z98A 5C6IA 4ZEEA 5KKJA 3G3AB 5ILCA 1LZBA 1IP5A 4NG1A 4XJDA 1GFGA 3WVXA 4DD0A 3AYQA 1LJIA 1FDLY 3P68A 1GB7A 1GF4A 2C8OA 4B4EA 1GFHA 4N9RA 1LHKA 4G4BA 4PRQA 4NHQA 1F6SA 2MEGA 2Z38A 4NSJA 4GCEA 4DD9A 1DI3A 1A2YC 4NWEA 5HMVA 3TMVA 1LZRA 1GFUA 4H90A 1GB8A 2D4JA 1B5ZA 1GE2A 1A4VA 2HECA 2W1MA 1AT5A 3CT1A 5D5FA 1TCYA 4GCBA 5F14A 1IWXA 2XBRA 4RLNA 1GF7A 1GF5A 1JTPL 3CT5A 4G4HA 3LYTA 5FSTA 4NWHA 1LSCA 2BQOA 2N5ZA 3M18B 5F9UA 5LVJA 2I25L 1YKYX 3AW7A 2XTHA 3FI7A 1JKBA 4WL6A 3CSRA 1GBWA 2EQLA 1OQMA 1HFYA 4EOFA 1OUIA 2DQJY 4BADA 4TSBA 5LYMA 1LSYA 1JEFA 1LZYA 3TXGA 2Y8PA 1NBZC 1LZEA 1LJ4A 2GV0A 2BQGA 1F0WA 4GLAA 7LYZA 4NHSA 2W1XA 1QDTA 1LCNA 3CSZA 4H9IA 1TAYA 1B7NA 1BHZA 1JKDA 135LA 1LYOA 1BWJA 3A3QA 3LYZA 2YBHA 3A34A 3TXJA 1DQJC 3IWRA 194LA 2BQLA 4H8XA 1D0KA 4WLYA 5E9RA 2G4QA 1LJJA 1B7OA 1BB6A 1AKIA 1B7QA 1GE3A 1GAYA 5FCPA 5D5CA 5I4WA 1IY4A 2BQMA 2BQJA 4UWVA 1FKQA 1C46A 3KAMA 4BAFA 2F30A 2BAAA 2ZQ3A 1B0DA 1J1OY 1NDGC 1TEWA 2YBMA 5II3A 5FHWA 4LFPA 1LJHA 3BKHA 1SQ2L 5I4YA 1HNLA 1HENA 1OUBA 4TSCA 3W6AA 1WVVA 3AZ6A 4NGJA 5KXLA 1QDRA 2ZNWY 4LT3A 3TXHA 5KXKA 2HEEA 4H8YA 4YENA 1GBYA 5ILFA 4OWBA 5L3IA 1H87A 4LYBA 4GCFA 1B9OA 1HF4A 2HEBA 3OJPA 3WPKA 5F9XA 1CKGA 3WUMA 1IC5Y 4YEOA 3WU7A 4N1EI 1GBSA 4HP0A 1D6PA 1JITA 2DQHY 1JISA 1LYYA 1LZDA 3A67Y 1ALCA 4IATA 4LYCA 4WLDA 2IFFY 3EO5A 2ZIKA 1F6RA 1LSMA 4NGYA 1GAZA 5KXYA 1ZVYB 2EPEA 1HMKA 4TUNA 5B07A 3WUNA 1LZ8A 1MLCE 3LZ2A 4B0DA 5E4PA 3WU9A 2LYMA 1IWTA 1IP2A 1BB3A 1IX0A 4QGZA 1IWVA 1LAAA 2BPUA 4M4OA 1LHJA 3CT0A 3RW8A 1OP9B 5KXRA 4PGJB 1VDTA 5LAGA 4LT0A 1DZBX 4B1AA 1GF0A 1LZ5A 4H1PA 4LFXA 1BWIA 1JWRA 4BAPA 1LYZA 1VFBC 1GF9A 1BVKC 5APFA 1BB7A 1KIPC 3RNXA 3G3BB 4DC4A 1REXA 5A3ZA 1GHLA 2BQDA 4Z41A 1IC4Y 3AGIA 5HQ1A 4Z3MA 5IDDA 5LA8A 1LKRA 1LZTA 4LZTA 5KJ9A 3P66A 1IY3A 1HEOA 2DQGY 3TMXA 1J1PY 1GEZA 1LMPA 1WVUA 1XEJA 1YKXX 5FELA 3WUAA 5KXXA 1GBOA 4P2EA 4G9SA 2A7DA 4XJFA 1VDPA 1BB4A 1KXXA 1KIRC 1LSAA 1NDMC 1D9UA 1OUGA 1GBZA 4XJIA 4ZFPA 2BQHA 1B7LA 1OUDA 4NGLA 4II8A 4GCDA 1GFTA 1XEKA 4B49A 3M3UA 2WARA 5EBHA 1B5VA 3N9EA 1YAMA 2Z12A 2A7FA 4H92A 3W6DA 1IP1A 1GB3A 1IOTA 2HTXA 3IJUA 2C8PA 3RT5X 3WU8A 3IJVA 5LXWA 1VDQA 1LMQA 3WYHA 4HTNA 3TXIA 1IP3A 1GB6A 1LZ1A 4WO9A 1TDYA 1LZ9A 1IP6A 1UACY 4ET9A 5HLLA 1QSAA 3HFMY 1CJ9A 1JSEA 1W6ZA 1INUA 2F2NA 1LJGA 1OUEA 4WM2A 4LT1A 2ZYCA 1NKHA 2HEFA 1OUHA 3A91A 4QY9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HV1A 1L17A 2D4IA 2LCBA 4J1AA 5LAFA 1LPIA 3B72A 4LYMA 1L47A 1UIEA 1IOSA 1CU6A 103LA 1ZMYL 2HUMA 1T8GA 2Z37A 1IOQA 3GUPA 2FBDA 1C69A 1YQVY 254LA 222LA 5KXMA 1L89A 3ZVQA 4I7TA 3NY9A 154LA 5DN5A 3GXKA 237LA 4XN6A 1L52A 1I1ZA 5K7OA 1B2KA 1L43A 3SB9A 1T6HA 3TMUA 1CUQA 1XFPL 1UIHA 3N9CA 4GRVA 4H94A 1LYDA 1JSFA 3TXBA 1RCMA 4ML7A 3ZVQB 2MEDA 4DWXA 2AUBA 2HUBA 4N5RA 1C67A 3HWLA 5B1GA 247LA 4C3WA 2RH1A 1C6IA 3P64A 1CKCA 2LYOA 5KKIA 1L93A 1LZ6A 3A6BY 1LZNA 4WM4A 1IO5A 133LA 184LA 5M1YA 1QUTA 1OVKA 1TLAA 5DN4A 2HEAA 4RW1A 1G1VA 5LYTA 148LE 4OWHA 2MEBA 1REZA 1F10A 4KL7A 1GE4A 213LA 1JIYA 3FA0A 1JJ0A 1IWUA 3RZEA 4BS7A 4B4JA 2MEIA 1B6IA 1L86A 1L83A 4PJ2C 1EPYA 2LC9A 2I6ZA 2Z18A 4PRUA 2RBPA 4OW1A 3QY4A 1L22A 1RJCB 5LVGA 5KXNA 1L97A 147LA 1HERA 3D3DA 3CSQA 253LA 4E3UA 1GFJA 1QTHA 2RB2X 4GN3A 1D3NA 4XJGA 1UBZA 3CB7A 2CDSA 1YAPA 3RZ4A 1JUGA 5F16A 1D2WA 1LJ3A 1NMMA 1C7PA 1CUPA 1KIQC 1GXXA 5LVHA 2HU1A 1EL1A 3GUOA 1E8LA 3WW5A 2F47A 3A93A 1CX6A 4HJZA 1G0KA 1NBYC 1SLYA 2BQAA 1QTVA 3T6UA 1YAOA 1G0PA 2Z39A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4H93 A;  4XEN A;  1GF6 A;  4HV1 A;  1B5U A;  4J1A A;  1G7L C;  2D4I A;  5LAF A;  1LPI A;  1LMC A;  3B72 A;  4LYM A;  4NHP A;  1LJN A;  3A92 A;  1UIE A;  1IOS A;  1VAT A;  3LZT A;  4H8Z A;  3LN2 A;  3TMW A;  3WH1 A;  5IEL A;  1ZMY L;  1LJK A;  1B5W A;  3QE8 A;  1LSF A;  5HMJ A;  1GFK A;  4DD7 A;  2Z37 A;  1IOQ A;  5B06 A;  4ZIX A;  4ETC A;  5KXS A;  1Z55 A;  2FBD A;  5I4X A;  3E3D A;  1FLW A;  2Q0M X;  1GE1 A;  1IP4 A;  1VAU A;  4PHI A;  1YQV Y;  1LSD A;  1VED A;  3F6Z A;  4W96 A;  4J1B A;  4H9H A;  4XAD A;  5KXM A;  1BWH A;  4W94 A;  207L A;  3J4G A;  3ZVQ A;  1HEM A;  1O23 A;  4LYZ A;  5B1F A;  1G7M C;  4NHT A;  5DN5 A;  4ETD A;  5KY1 A;  3GXK A;  4KXI A;  154L A;  1QSW A;  3OK0 A;  4NFV A;  4ETA A;  4XN6 A;  4R0F A;  1I1Z A;  4NGI A;  1GB0 A;  4H91 A;  1CJ8 A;  4H9B A;  5K7O A;  1B2K A;  1HEW A;  1C45 A;  1GDW A;  2CGI A;  3VWO A;  2ZQ4 A;  5FDJ A;  1J1X Y;  2FYC A;  3TMU A;  1GFR A;  4L41 A;  3A96 A;  3D9A C;  2DQC Y;  4WG1 A;  3AZ7 A;  1B7S A;  4WM1 A;  1XFP L;  1NF5 A;  1HFX A;  1UC0 A; 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 3LZ2 A;  4B0D A;  5E4P A;  3WU9 A;  2LYM A;  1IWT A;  1IP2 A;  1BB3 A;  1IX0 A;  4QGZ A;  1IWV A;  1LAA A;  2BPU A;  4M4O A;  1LHJ A;  3CT0 A;  3RW8 A;  1OP9 B;  5KXR A;  4PGJ B;  1VDT A;  5LAG A;  4LT0 A;  1DZB X;  4B1A A;  1GF0 A;  1LZ5 A;  4H1P A;  4LFX A;  1BWI A;  1JWR A;  4BAP A;  1LYZ A;  1VFB C;  1GF9 A;  1BVK C;  5APF A;  1BB7 A;  1KIP C;  3RNX A;  3G3B B;  4DC4 A;  1REX A;  5A3Z A;  1GHL A;  2BQD A;  4Z41 A;  1IC4 Y;  3AGI A;  5HQ1 A;  4Z3M A;  5IDD A;  5LA8 A;  1LKR A;  1LZT A;  4LZT A;  5KJ9 A;  3P66 A;  1IY3 A;  1HEO A;  2DQG Y;  3TMX A;  1J1P Y;  1GEZ A;  1LMP A;  1WVU A;  1XEJ A;  1YKX X;  5FEL A;  3WUA A;  5KXX A;  1GBO A;  4P2E A;  4G9S A;  2A7D A;  4XJF A;  1VDP A;  1BB4 A;  1KXX A;  1KIR C;  1LSA A;  1NDM C;  1D9U A;  1OUG A;  1GBZ A;  4XJI A;  4ZFP A;  2BQH A;  1B7L A;  1OUD A;  4NGL A;  4II8 A;  4GCD A;  1GFT A;  1XEK A;  4B49 A;  3M3U A;  2WAR A;  5EBH A;  1B5V A;  3N9E A;  1YAM A;  2Z12 A;  2A7F A;  4H92 A;  3W6D A;  1IP1 A;  1GB3 A;  1IOT A;  2HTX A;  3IJU A;  2C8P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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