4E97A

T4 lysozyme l99a/m102h with 2-mercaptoethanol bound
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Engineering a model protein cavity to catalyze the Kemp elimination.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 64
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4e97A00
4I7NA 119LA 1L94A 1L32A 1L98A 3SB7A 1LYFA 4W51A 2OE4X 1CU0A 182LA 1L85A 1P64A 2B72A 3DN1A 3HTGA 1C6CA 4W59A 232LA 4I7RA 259LA 1QTBA 1L76A 1B6IA 1L24A 220LA 147LA 2B6WA 115LA 1L56A 1L68A 3CDVA 262LA 149LA 229LA 2F47A 1L34A 4LZMA 1CU5A 1P56A 3PDSA 125LA 3UONA 108LA 2HUKA 111LA 1L61A 1D9WA 1L02A 4EKSA 1KS3A 1D3FA 4LDOA 152LA 4EPIA 1L99A 1L74A 2RBOA 1CV3A 1OYUA 235LA 3HTBA 191LA 1ZWNA 223LA 1CV5A 3K2RA 1CUPA 3C8QA 4I7QA 4I7LA 1L33A 1L69A 1QT6A 1G0LA 216LA 1C6EA 156LA 1L87A 1T8FA 1CUQA 1PQKA 230LA 161LA 2OU9A 1QTZA 162LA 2Q9DA 183LA 4I7OA 180LA 1L25A 1PQDA 167LA 1QT8A 3C7YA 1CU2A 1G1WA 1L40A 3V2YA 217LA 3SB5A 1KNIA 1L49A 2OU8A 1L36A 1DYGA 1C65A 253LA 1G0MA 1L0JA 1L10A 4DAJA 127LA 3LZMA 1QT7A 1XEPA 1L00A 145LA 1QTDA 1SSWA 1L89A 1L31A 1P3NA 201LA 1C61A 1C67A 2RB1X 2QB0B 221LA 1L38A 1K28A 1DYFA 225LA 1QSQA 2HUMA 1L54A 1CU6A 4I7PA 4W53A 1G0GA 1PQJA 1L80A 254LA 1L27A 237LA 1C6LA 1T8AA 3OE6A 4EJ4A 241LA 3DN4A 3DMXA 2B73A 166LA 1PQMA 4EPFA 3GUMA 2RAYX 1C6MA 4I7MA 1L21A 1PQIA 129LA 1L45A 130LA 1L70A 3DN8A 3RZEA 168LA 4EKPA 1P37A 1T97A 2LZMA 1C6NA 1L13A 1P2LA 4W52A 3HUQA 238LA 4I7KA 1PQOA 1D2YA 1KW5A 3HUKA 1OVKA 181LA 1L35A 1LYIA 1L19A 1L66A 3C7WA 3CDOA 3QAKA 1LYDA 1LLHA 1L03A 1C6KA 1G06A 3SB9A 171LA 1L63A 3RUNA 146LA 3C8RA 1P46A 3C80A 1LYHA 1L64A 110LA 1L60A 3HU8A 1D3MA 3C83A 3HH6A 3GULA 3SBBC 3NY9A 1OVHA 198LA 3DNAA 1L26A 1CX6A 114LA 2B6XA 118LA 1EPYA 2B7XA 2O4WA 139LA 1G0PA 248LA 1DYCA 192LA 1L07A 1P2RA 3ODUA 1L46A 103LA 3GUKA 6LZMA 3SBAA 2O7AA 2OE7X 213LA 3GUOA 1KW7A 3F8VA 1LPYA 1L59A 1L37A 1LI3A 1OWYA 3DN3A 3FI5A 1L51A 1G07A 4EXMA 1LI6A 165LA 4W56A 197LA 2L78A 1C6TA 1QUGA 231LA 1QS5A 1L48A 2B6ZA 1WTHA 2OE9X 1QSBA 3HH4A 239LA 226LA 4I7SA 1C62A 1QTCA 3F9LA 4EKQA 1C60A 113LA 1JTMA 3HU9A 4YX7C 2OTYX 2QARC 3DMVA 3GUIA 2OU0X 4GBRB 1C66A 1QUDA 252LA 2NTGA 1SWZA 3DN0A 1G1VA 4YXCA 1LGUA 4GRVA 4ARJA 3C81A 1SSYA 4ARLA 2F32A 1L88A 2IGCA 1L18A 196LA 4DKLA 2O79A 1L75A 1QS9A 140LA 3C82A 3HT6A 3HH3A 4OO9A 1CU3A 172LA 4AQNA 3VW7A 247LA 1D2WA 222LA 1LI2A 1L23A 1DYAA 227LA 2B6TA 4ARPA 2B74A 209LA 3NY8A 1LYEA 1QTVA 1C64A 1L44A 1DYDA 3OE9A 1KY1A 3HT7A 3GUPA 218LA 1LWGA 4W54A 104LA 190LA 2B70A 1C6GA 257LA 1T8GA 4ARMA 1L90A 1L28A 1L53A 1L58A 243LA 1L14A 2OTZX 210LA 1C69A 2A4TA 143LA 251LA 1L50A 1G0KA 1C6JA 1L81A 2Q9EA 249LA 1L67A 1C6BA 211LA 1L71A 3G3WA 3OE0A 3L2XA 151LA 150LA 170LA 137LA 1LWKA 178LA 188LA 1L09A 1XJUA 1L22A 1G0JA 3HTDA 3SB8A 1OV7A 3GUNA 2RBPA 1L92A 174LA 175LA 3HT8A 1L95A 3PBLA 3FA0A 3L64A 1C6FA 1L86A 2LCBA 173LA 3OE8A 187LA 2B6YA 1C6DA 1CTWA 2B75A 1XJTA 184LA 4PK0A 2ANVA 1L42A 1D3JA 126LA 242LA 4W57A 233LA 2ANXA 2RH1A 3HH5A 1P36A 109LA 144LA 1JQUA 3JR6A 1C63A 1L77A 4W55A 1C6QA 1DYBA 158LA 1L05A 1QUHA 1C68A 250LA 1L20A 155LA 3HTFA 120LA 1NHBA 1L52A 224LA 1L83A 1QT4A 255LA 1L30A 1D3NA 1G0QA 214LA 1L79A 1TLAA 3HT9A 176LA 1L04A 3HWLA 1L91A 234LA 128LA 3CDQA 1L16A 1KY0A 4ARMB 1OVJA 112LA 1LYJA 4YXAC 4LDLA 205LA 1L96A 195LA 186LA 4ARQA 3C8SA 1L72A 2CUUA 3DN2A 3G3VA 1L12A 3NYAA 3D4SA 1LYGA 1L17A 1QTHA 1L93A 1L06A 2NTHA 4S0WA 4I7TA 2RBQA 1L08A 159LA 107LA 164LA 1L82A 1L47A 258LA 3HDFA 1QT5A 1C6PA 1CV4A 1T6HA 1I6SA 1L39A 1L55A 2LC9A 1L43A 1L65A 160LA 212LA 1ZURA 1L01A 2F2QA 1L15A 4LDEA 1L41A 1C6AA 4E97A 1SX7A 4IAPA 244LA 1L73A 1SWYA 3DMZA 185LA 1L84A 1L29A 1L62A 4I7JA 240LA 3HDEA 3SN6R 246LA 200LA 1JTNA 1QT3A 245LA 2RBRA 3DKEX 4DJHA 148LE 199LA 7LZMA 1QUOA 1CV6A 4EKRA 256LA 2Z6BA 122LA 4K5YA 1SX2A 3CDTA 1OWZA 3C7ZA 1P7SA 1ZYTA 3GUJA 4W58A 3DN6A 131LA 163LA 261LA 5I14A 177LA 1CVKA 141LA 2RB0X 2RB2X 1L11A 1OV5A 228LA 1LW9A 1P6YA 1L57A 2RAZX 5LZMA 219LA 2RBNA 1LGWA 4ARQB 2RBSA 3FADA 1P5CA 260LA 1C6IA 138LA 189LA 1LGXA 142LA 1L0KA 4PJZA 3V2WA 2HULA 1CV1A 169LA 1C6HA 3HUAA 123LA 3CDRA 1CV0A 1L97A 1CX7A 3G3XA 4ZPUA 3EMLA 1DYEA 215LA 236LA 206LA 2OEAX 3SB6A 102LA 157LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1V7SA 2G4PA 4W51A 3W6CA 182LA 1L85A 3AGGG 3DN1A 1OUEA 4I7RA 4N1CC 2XJWA 1NBZC 4NWHA 4WMGA 5KXRA 2D4JA 1NBYC 149LA 262LA 3LZTA 2HUBA 2F47A 4LZMA 1P56A 2DBTA 3PDSA 3WMKA 3B6LA 3UONA 3A67Y 1LMCA 3AB6A 2YDGA 5APFA 4LDOA 4WO6A 2BQJA 5FSTA 4EPIA 4TUNA 1CV3A 1OYUA 4MR1A 235LA 3HTBA 1TAYA 1IR9A 1ZWNA 223LA 1CKGA 1IC4Y 1WQMA 3C8QA 2BQCA 3GXKA 4HTKA 1D0KA 1C6EA 1L87A 4H93A 1T8FA 4ANRA 1PQKA 3EO5A 4NHTA 1PQDA 2ZILA 3P4ZA 3V2YA 217LA 1GBXA 3SB5A 1WQPA 1KNIA 1XGRC 1L36A 1DYGA 2EQLA 3LZMA 1LSFA 1L00A 4DC4A 2HEEA 3HBDA 1SSWA 1L89A 3CB7A 3ATNA 1C67A 2QB0B 2WARA 221LA 3N9EA 5KXLA 1LJFA 1QSQA 2HUMA 3WUAA 1LYZA 1QSWA 4I7PA 1WVUA 1JJ0A 254LA 1C10A 1C6LA 5A3EA 1IWUA 3CT1A 4CFPA 1DKJA 3DMXA 3P68A 2Z38A 153LA 1IP3A 1GF7A 2BQIA 4HV1A 4NGZA 3SP3A 130LA 4TSBA 4TSCA 4EKPA 2LZMA 1P2LA 2YVBA 3CQLA 3HUQA 4XJIA 1D2YA 1L35A 1LJEA 1L66A 1LZTA 4H92A 5LVIA 1DXJA 2ZYPA 3SB9A 171LA 3WULA 5II3A 1D9UA 4IATA 4H8YA 1LYHA 1VDSA 5KXKA 4LT3A 1LPIA 4H9BA 3GULA 1JTTL 1VAUA 193LA 3B0KA 3NY9A 1GBZA 1GF9A 114LA 2B6XA 118LA 1EPYA 4WG1A 4NGJA 1DYCA 4J7VA 103LA 2B5ZA 1GE1A 1QSAA 1DI5A 2XBSA 4NWEA 213LA 3WPJA 1KW7A 1L59A 1L37A 1L51A 4NGOA 4EXMA 1LCNA 2LYMA 2HU1A 197LA 5C6LA 1WTHA 1QTKA 2F4AA 1C62A 1QTCA 1GDWA 4Z3MA 1NHEA 3GUIA 4LYMA 1RJCB 1SWZA 1P2CC 3WU7A 1F10A 1G1VA 4ARJA 1YANA 4ARLA 5HLLA 1HERA 1QS9A 4DD1A 1UCOA 1CU3A 4DT3A 1GFAA 1LOZA 1JTOL 1LI2A 1B9OA 227LA 3TXGA 1G7MC 5KXSA 1C64A 1UIHA 3W6EA 3TXDA 1KXXA 1J1PY 4BAFA 3GUPA 4YM8A 1L90A 1L53A 1YQVY 243LA 1L14A 1OUHA 5KY1A 4WLXA 2F2NA 1C69A 5F9UA 2A4TA 4ETBA 1G0KA 1L81A 5FELA 1AT6A 4NSGA 4J0LA 4PRUA 4H9IA 1L67A 4W94A 1A4VA 4B0DA 1LWKA 188LA 1L09A 1LSNA 1XJUA 4H9HA 154LA 4HPIA 2YBLA 5ILFA 3HT8A 1ZMYL 4GLAA 1C46A 1OUIA 3PBLA 1JKCA 4WL7A 1BB7A 3OE8A 2YBMA 4NGYA 1D3JA 1QUTA 126LA 242LA 2CDSA 4NHSA 233LA 2RH1A 3HH5A 109LA 1P36A 1PZYA 1JWRA 1L77A 4W55A 1D6PA 4H1PA 1GAYA 250LA 1L20A 3TMXA 4W96A 1JKDA 4PHIA 1BQLY 1IP6A 1L52A 255LA 1L30A 1D3NA 2Z2EA 2IFFY 4L41A 1L04A 234LA 2BAAA 1GFVA 1BB4A 4ARMB 4OWAA 4PRQA 5K7OA 1L96A 5LYZA 1EL1A 186LA 4IASA 5B59A 1B5WA 3C8SA 2CUUA 3AGHA 1L12A 1L17A 1RE2A 2XQOA 1L93A 1NWGA 1L06A 1KIQC 1L08A 5APCA 3WU8A 159LA 1L82A 2YBHA 1CJ9A 258LA 4H9EA 3G3AB 1RFPA 1L65A 2Z19A 1BB3A 1NF5A 2A7FA 1GFGA 1SX7A 1L73A 4ETDA 1IP1A 1L29A 1XEJA 1F6SA 3WXUA 3SN6R 2I6ZA 1V7TA 246LA 4KL7A 199LA 1HSXA 1C7PA 4LYOA 4W58A 4M6DA 131LA 4J1BA 1LHIA 1B7PA 4ETAA 1CVKA 141LA 5B1GA 2RB0X 4X3BA 1OV5A 5KXPA 134LA 1LW9A 5D5FA 4OWEA 4OWBA 1I1ZA 4B49A 4DQ7A 1LGWA 1GB6A 3FADA 1GF8A 9LYZA 1KXYA 1JKAA 2C8OA 138LA 189LA 1D6QA 1LGXA 1LHLA 3AZ4A 4PJZA 1HENA 2FYCA 4H94A 3A3QA 4G4BA 1LMPA 3SB6A 1ALCA 2I26L 4OOOA 2N5ZA 236LA 3J4GA 1EQ5A 5LAGA 4I7NA 2G4QA 3SB7A 1L98A 2XBRA 2H9JA 4LYZA 2B72A 4W59A 232LA 4H9AA 1L24A 2DKVA 194LA 3LYZA 2MEDA 2B6WA 1GBYA 3IJUA 1L56A 3VWOA 229LA 1GE2A 1QTEA 1L34A 1CU5A 125LA 4LT1A 1IO5A 4CFOA 2LYZA 1L02A 1IY3A 1KS3A 2HEBA 1OUFA 1D3FA 1HEMA 132LA 4DD0A 1L99A 5LVHA 4TTDA 1C43A 4G49A 4HPEA 1IOTA 5LINA 1CUPA 3W6FA 1LJ4A 1IOQA 1NQIA 8LYZA 1G0LA 1HHLA 4FDYA 1REZA 1YAOA 1CUQA 1LSPA 4HTNA 2OU9A 5KXNA 4HSFA 1HF4A 4PGJB 180LA 4B4JA 1G1WA 2X0AA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1V7S A;  2G4P A;  4W51 A;  3W6C A;  182L A;  1L85 A;  3AGG G;  3DN1 A;  1OUE A;  4I7R A;  4N1C C;  2XJW A;  1NBZ C;  4NWH A;  4WMG A;  5KXR A;  2D4J A;  1NBY C;  149L A;  262L A;  3LZT A;  2HUB A;  2F47 A;  4LZM A;  1P56 A;  2DBT A;  3PDS A;  3WMK A;  3B6L A;  3UON A;  3A67 Y;  1LMC A;  3AB6 A;  2YDG A;  5APF A;  4LDO A;  4WO6 A;  2BQJ A;  5FST A;  4EPI A;  4TUN A;  1CV3 A;  1OYU A;  4MR1 A;  235L A;  3HTB A;  1TAY A;  1IR9 A;  1ZWN A;  223L A;  1CKG A;  1IC4 Y;  1WQM A;  3C8Q A;  2BQC A;  3GXK A;  4HTK A;  1D0K A;  1C6E A;  1L87 A;  4H93 A;  1T8F A;  4ANR A;  1PQK A;  3EO5 A;  4NHT A;  1PQD A;  2ZIL A;  3P4Z A;  3V2Y A;  217L A;  1GBX A;  3SB5 A;  1WQP A;  1KNI A;  1XGR C;  1L36 A;  1DYG A;  2EQL A;  3LZM A;  1LSF A;  1L00 A;  4DC4 A;  2HEE A;  3HBD A;  1SSW A;  1L89 A;  3CB7 A;  3ATN A;  1C67 A;  2QB0 B;  2WAR A;  221L A;  3N9E A;  5KXL A;  1LJF A;  1QSQ A;  2HUM A;  3WUA A;  1LYZ A;  1QSW A;  4I7P A;  1WVU A;  1JJ0 A;  254L A;  1C10 A;  1C6L A;  5A3E A;  1IWU A;  3CT1 A;  4CFP A;  1DKJ A; 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