4EKPA

T4 lysozyme l99a/m102h with nitrobenzene bound
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Engineering a model protein cavity to catalyze the Kemp elimination.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 64
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ekpA00
1C61A 2NTHA 4ARJA 2L78A 3GUNA 244LA 2B6TA 1CVKA 4EPFA 157LA 4W54A 1L53A 1L79A 1QTBA 1P6YA 1L43A 221LA 206LA 7LZMA 1L50A 231LA 1C68A 3EMLA 1SWYA 3DN0A 162LA 4YXAC 128LA 1PQDA 1L02A 1SX7A 1SSYA 2RH1A 1L96A 1L52A 4EKSA 2B6ZA 104LA 1L0JA 6LZMA 2OEAX 1L23A 3DMVA 2A4TA 1L09A 167LA 1CU5A 1QSQA 3NYAA 1L84A 1C67A 130LA 1C6FA 1L41A 3L64A 112LA 3SB9A 3GUIA 1PQMA 2O7AA 212LA 3HTGA 252LA 1L51A 225LA 242LA 3HDEA 4I7RA 189LA 4I7PA 1L82A 2RB2X 1L56A 3HTDA 250LA 1C66A 2QB0B 1C6EA 201LA 4I7JA 3GUOA 113LA 198LA 3GULA 226LA 127LA 1L88A 218LA 139LA 1CTWA 3DKEX 166LA 183LA 3F8VA 2B72A 1L30A 111LA 1P2LA 1L93A 3C8QA 3HH6A 261LA 4DAJA 3G3VA 1QT6A 110LA 141LA 146LA 1L16A 1C6DA 1C6IA 253LA 1KY1A 1L24A 1C6MA 1OYUA 2OE4X 2Q9EA 1CU3A 1L39A 232LA 1LI3A 1D2WA 1L27A 215LA 1L94A 222LA 1QTHA 149LA 3OE8A 1P36A 257LA 3FA0A 4E97A 1XEPA 2F2QA 1L29A 176LA 3GUJA 1D2YA 3RZEA 1LYFA 228LA 4W51A 1QSBA 1P56A 1CV5A 1DYDA 1P64A 3RUNA 1C62A 1PQIA 4W53A 1JQUA 1CX7A 1LYJA 1JTMA 1L22A 1L55A 1CU0A 1L61A 224LA 3D4SA 1L69A 1QT5A 3HUQA 3DN2A 3FADA 1EPYA 1L71A 164LA 1QTCA 1C6KA 1L03A 1LLHA 1LYHA 3C80A 213LA 1D3JA 3G3WA 1C6NA 3GUPA 2RAZX 1L44A 1L18A 1L65A 1KY0A 4I7QA 1L70A 3GUKA 140LA 1G0JA 1L14A 3HT8A 211LA 3HTBA 3SB8A 1D3FA 143LA 1LYGA 4GRVA 3HUKA 3HH4A 1C6HA 1C6BA 227LA 2B6WA 173LA 4I7SA 4I7TA 2OU8A 152LA 4YX7C 238LA 236LA 3SBBC 119LA 1L67A 2OU0X 123LA 190LA 185LA 1C6JA 1SSWA 192LA 1T97A 1P2RA 1L19A 3C8SA 1L49A 1LPYA 4ARMA 3SB6A 3PBLA 1CU6A 1CV6A 1G0LA 2RBNA 2OTZX 2IGCA 3DN6A 2Q9DA 1OVJA 2RB0X 4YXCA 3C7ZA 3F9LA 248LA 3DN4A 138LA 1C6GA 4ARQB 4W52A 1LYIA 1LWKA 1L08A 2OE9X 4ZPUA 4IAPA 1D3MA 1L76A 216LA 3C81A 3DNAA 4W59A 171LA 1KW5A 1T6HA 102LA 1QTVA 4DKLA 3C7WA 1L73A 1L77A 254LA 2RBRA 1QS9A 1L48A 3HDFA 1DYBA 3HTFA 1P46A 3CDTA 1L45A 239LA 2HULA 1L54A 2O4WA 156LA 3JR6A 3UONA 1CV1A 3DN3A 209LA 1L32A 4W55A 1DYGA 230LA 1L97A 1TLAA 188LA 159LA 1L10A 142LA 1L26A 1C64A 3HT9A 4EKPA 1OV7A 2OE7X 195LA 1L75A 1C6QA 1L20A 3HU9A 4W58A 2B70A 2LC9A 1L33A 125LA 5I14A 1P5CA 249LA 1CV4A 1QTDA 2RBQA 4I7OA 4EJ4A 4EKQA 103LA 1L15A 1LI6A 233LA 3V2WA 145LA 2RAYX 1LWGA 161LA 240LA 1XJUA 1L17A 200LA 3PDSA 1D3NA 2HUMA 205LA 210LA 3SN6R 1CUQA 2QARC 1LI2A 180LA 165LA 155LA 1L99A 1G0KA 1L87A 4I7LA 1L68A 245LA 1OWYA 2B75A 2Z6BA 199LA 178LA 4GBRB 3CDRA 1L86A 1LYDA 1L74A 1NHBA 1L42A 1C63A 4S0WA 217LA 1QTZA 1G0GA 2F32A 182LA 3OE6A 3OE9A 151LA 1PQOA 1L72A 1P37A 172LA 1QUDA 170LA 3C8RA 1G0MA 3HU8A 1L89A 1L05A 181LA 1QS5A 1L12A 1OV5A 1C65A 1CX6A 3C82A 1DYCA 4ARMB 1C6PA 120LA 1L25A 1DYAA 1D9WA 1LGXA 163LA 4ARPA 1L35A 219LA 258LA 1G0PA 1L38A 3HT7A 118LA 1C6CA 3HWLA 1DYEA 1PQJA 1C69A 2NTGA 1XJTA 1L11A 1CV0A 1QT8A 1QUOA 1G07A 1L01A 1L36A 1ZYTA 1KNIA 4I7MA 3HUAA 4W56A 4I7KA 3DN8A 3DMZA 2OU9A 1OVHA 3CDOA 147LA 191LA 259LA 1DYFA 234LA 1L21A 1SX2A 1C6AA 1LW9A 2HUKA 2RBSA 1L91A 3HH3A 1L98A 1QT4A 1L47A 1T8AA 4DJHA 5LZMA 137LA 1L63A 3ODUA 4EPIA 168LA 1P3NA 2LZMA 3DN1A 1L46A 115LA 1L37A 187LA 1G0QA 1CV3A 4LDLA 1L13A 1LGWA 174LA 131LA 214LA 2B73A 148LE 1L0KA 1L28A 2OTYX 3DMXA 4AQNA 262LA 1T8GA 129LA 1LGUA 186LA 4K5YA 2B6XA 3NY8A 107LA 2B74A 4ARQA 1PQKA 1KW7A 1T8FA 3NY9A 3FI5A 1L04A 3LZMA 1C6LA 247LA 246LA 3C83A 237LA 1K28A 4EKRA 2O79A 1G06A 2ANVA 4EXMA 4OO9A 1L00A 2B7XA 3HT6A 1OWZA 1I6SA 1L64A 4ARLA 1L40A 1SWZA 3QAKA 2ANXA 1L06A 1JTNA 1L92A 1LYEA 126LA 2RBOA 114LA 3L2XA 160LA 3OE0A 1WTHA 3HH5A 197LA 3SB7A 4W57A 1L34A 260LA 1L90A 1QUHA 3GUMA 1CUPA 1L31A 1L81A 4LDOA 1L59A 223LA 196LA 1QT7A 3SBAA 158LA 4LZMA 2F47A 150LA 3V2YA 169LA 1P7SA 4LDEA 241LA 3C7YA 1C6TA 235LA 1QUGA 3K2RA 175LA 177LA 122LA 1G1VA 2CUUA 3SB5A 243LA 1L57A 2RBPA 4PK0A 1B6IA 3CDVA 229LA 1L85A 1L62A 144LA 255LA 1CU2A 251LA 3G3XA 1L80A 1C60A 1G1WA 1L60A 1ZWNA 1ZURA 1L95A 1L66A 1KS3A 184LA 4PJZA 1QT3A 1L07A 4I7NA 256LA 220LA 3VW7A 2RB1X 1L83A 2B6YA 109LA 1OVKA 3CDQA 108LA 1L58A 2LCBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NTHA 2YSSC 244LA 3N9AA 5LAFA 4EPFA 3LYTA 4RW2A 1L53A 1P6YA 1L43A 3G3BB 1HEWA 1L50A 3WW5A 1GEZA 4H9EA 1LJNA 4HV1A 3F6ZA 4NWEA 1LSAA 1AM7A 128LA 4BAPA 2RH1A 4EKSA 104LA 4TUNA 2OEAX 1H87A 1GWDA 1LZ9A 3DMVA 1OUIA 1DI5A 1VDQA 1GFKA 3L64A 3SB9A 2Z18A 2HECA 1IC5Y 1C7PA 1PQMA 1QDRA 2GV0A 5C6JA 1GEVA 5KXZA 5LVKA 3OJPA 5LIOA 5E9RA 1L51A 1CJ9A 1V7TA 5HLLA 1LMCA 1BQLY 2QB0B 1C6EA 1AT6A 2DBTA 201LA 1CJ6A 1QIOA 4PJ2C 2XTHA 1HENA 1GB7A 1GB3A 1GFGA 2CDSA 1CTWA 1L30A 111LA 4DAJA 5EBHA 141LA 1LZ6A 1D9UA 1C6DA 2F30A 1C6IA 1OYUA 2OE4X 2Q9EA 3CSQA 1L94A 4NSHA 1NF5A 149LA 1LZEA 1P36A 1VDTA 257LA 4ZEEA 1XGUC 1GF9A 1NBZC 228LA 4TX7A 1P2CC 1IOCA 3AW6A 3RW8A 1LHHA 1LYOA 1P64A 5LXWA 3J6KA 4W53A 4GN3A 1LYJA 1G7IC 1UBZA 1CKGA 224LA 1L69A 1XEJA 3HUQA 4XJDA 4B4JA 1UUZC 3EXDA 1LLHA 1RFPA 3A6BY 1JEFA 3TMUA 1HEOA 5DN5A 1LSFA 3G3WA 3GUKA 5HNCA 1EQ5A 3A3RX 2ZNWY 2B6WA 5M1YA 3VWOA 5D5FA 152LA 2Z19A 4YF2A 3SBBC 1JPOA 1F6RA 2DQHY 2BQCA 1LZBA 1C6JA 1SSWA 1L19A 5KXOA 4ETBA 1CU6A 2ZYCA 5KXLA 2CGIA 4YXCA 3F9LA 1F10A 1C6GA 4HSFA 1LMPA 1LWKA 2BQMA 4DD2A 2EIZC 4IAPA 1D3MA 3C81A 1B5WA 3DNAA 4NGJA 171LA 4DDCA 4RW1A 4DKLA 1BWHA 1L77A 1QS9A 3HDFA 1P46A 1XGPC 3CDTA 1XEKA 2HULA 4EOFA 3A96A 2H9JA 1B5YA 1DYGA 1G7HC 5APFA 1AKIA 1DI4A 1YROA 3AGHA 1C46A 4GLVA 4HV2A 1OV7A 2OE7X 1C08C 1JSEA 1GB6A 3HU9A 1L33A 1GB5A 1NWGA 249LA 2RBQA 4EKQA 233LA 1LI6A 3ATNA 2RAYX 3SP3A 240LA 4CFOA 5KXWA 1INUA 2BQJA 3PDSA 3AZ7A 4WM2A 4NG1A 3TXDA 4WL7A 180LA 4R6CA 1PZYA 4CFPA 4I7LA 245LA 2B75A 5HNLA 1L86A 1HERA 1L74A 4B4EA 1GF7A 1BVKC 2F32A 2HEDA 194LA 2DQAA 1GF4A 4CGEA 5KKIA 3C82A 1RE2A 1XFPL 3EO5A 1IWWA 1C6PA 1JKAA 1L25A 5IDDA 1D9WA 4WL6A 163LA 1L35A 5I5QA 219LA 1GBZA 3HT7A 3WU9A 1C6CA 1LSPA 1XGRC 1GB9A 1PQJA 1G7JC 1GDXA 1D0KA 1IWTA 1L11A 1CV0A 3CSRA 5LINA 1KNIA 1LSCA 4W56A 5JENB 4ETAA 4H9IA 1IP2A 4DQJA 4AXTA 1DYFA 1BWIA 1UIGA 4N5RA 2BQIA 1GXV2 1L98A 3WPKA 4M6DA 5T3FA 137LA 4CJ2A 5KXXA 1P3NA 3DN1A 187LA 3IWRA 174LA 1FLQA 1LMNA 1VATA 1LJFA 1LYYA 4AQNA 1ZMYL 1DI3A 1T8GA 129LA 1LKRA 4H9CA 107LA 2B74A 1AT5A 3FI5A 5AMYA 1OUHA 1L04A 1IP7A 1C6LA 3C83A 4HJZA 3IJUA 4G4CA 2O79A 2ANVA 1UIHA 4H9AA 4H9FA 4TWSA 1L00A 1I6SA 1L64A 2VB1A 1AZFA 3QAKA 4L41A 4QDNA 1YL0X 2YBIA 4ET8A 3OE0A 3CT0A 4XJIA 2A7DA 3WMKA 1QUHA 3GUMA 6LYZA 1L31A 4LDOA 2Z2FA 1XGTC 3CSZA 1L59A 196LA 1VEDA 4LZMA 3W6CA 3V2YA 3P64A 1HEQA 235LA 2ZQ4A 175LA 4KPMA 122LA 3SB5A 3T6UA 1XSFA 2RBPA 255LA 4DQ5A 4N1CC 1LHIA 2F4GA 1L60A 1L95A 5J7CA 1OUDA 1QTKA 1UIDA 1RJCB 5KXTA 184LA 1QT3A 1L07A 4LFPA 4PRQA 1OVKA 3A34A 1L58A 2LYMA 1LHKA 1CVKA 1HFYA 4W54A 1QTBA 221LA 1JITA 206LA 7LZMA 1LZTA 1D6PA 1B9OA 2MEEA 1YKXX 1HEPA 4HJYA 1HMKA 1SWYA 3P4ZA 162LA 153LA 1L02A 4DYGA 1WQPA 2B6ZA 1LSDA 1L0JA 1L23A 1GDWA 167LA 3NYAA 3ZVQB 1HSWA 1C6FA 7LYZA 3E3DA 2HEFA 1B7OA 2C8OA 3GUIA 1IOSA 252LA 4XADA 225LA 3HDEA 1RI8B 4OWBA 2W1MA 1NQIA 2I25L 1LMTA 3P68A 1BVXA 198LA 1YAPA 1WVUA 139LA 3LHMA 4B49A 4FDYA 4BAFA 1SQ2L 1C43A 3F8VA 3FE0A 2B72A 4PHIA 4H9BA 3C8QA 1L93A 2Z38A 3HH6A 4HTQA 4RLNA 5KXRA 1QT6A 3RZ4A 110LA 3A67Y 1KY1A 4DD0A 1C6MA 3EMSA 1LI3A 1N4FA 1IIZA 4WM1A 1QQYA 3TXGA 1BB6A 4LT1A 4YEMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2NTH A;  2YSS C;  244L A;  3N9A A;  5LAF A;  4EPF A;  3LYT A;  4RW2 A;  1L53 A;  1P6Y A;  1L43 A;  3G3B B;  1HEW A;  1L50 A;  3WW5 A;  1GEZ A;  4H9E A;  1LJN A;  4HV1 A;  3F6Z A;  4NWE A;  1LSA A;  1AM7 A;  128L A;  4BAP A;  2RH1 A;  4EKS A;  104L A;  4TUN A;  2OEA X;  1H87 A;  1GWD A;  1LZ9 A;  3DMV A;  1OUI A;  1DI5 A;  1VDQ A;  1GFK A;  3L64 A;  3SB9 A;  2Z18 A;  2HEC A;  1IC5 Y;  1C7P A;  1PQM A;  1QDR A;  2GV0 A;  5C6J A;  1GEV A;  5KXZ A;  5LVK A;  3OJP A;  5LIO A;  5E9R A;  1L51 A;  1CJ9 A;  1V7T A;  5HLL A;  1LMC A;  1BQL Y;  2QB0 B;  1C6E A;  1AT6 A;  2DBT A;  201L A;  1CJ6 A;  1QIO A;  4PJ2 C;  2XTH A;  1HEN A;  1GB7 A;  1GB3 A;  1GFG A;  2CDS A;  1CTW A;  1L30 A;  111L A;  4DAJ A;  5EBH A;  141L A;  1LZ6 A;  1D9U A;  1C6D A;  2F30 A;  1C6I A;  1OYU A;  2OE4 X;  2Q9E A;  3CSQ A;  1L94 A;  4NSH A;  1NF5 A;  149L A;  1LZE A;  1P36 A;  1VDT A;  257L A;  4ZEE A;  1XGU C;  1GF9 A;  1NBZ C;  228L A;  4TX7 A;  1P2C C;  1IOC A;  3AW6 A;  3RW8 A;  1LHH A;  1LYO A;  1P64 A;  5LXW A;  3J6K A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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