4EKQA

T4 lysozyme l99a/m102h with 4-nitrophenol bound
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Engineering a model protein cavity to catalyze the Kemp elimination.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 63
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ekqA00
2B72A 113LA 1G1WA 227LA 1SSYA 3HH4A 1LYDA 218LA 1C67A 165LA 1L84A 1C60A 2LCBA 1P7SA 1C6PA 2OU9A 1NHBA 225LA 4K5YA 126LA 3DN1A 4DJHA 3ODUA 1PQOA 1P56A 197LA 186LA 3C7ZA 4EJ4A 1L76A 240LA 183LA 232LA 1L92A 2OTYX 6LZMA 3SB8A 1L36A 3CDRA 155LA 3C80A 1C6GA 108LA 1QS9A 1KW7A 1P5CA 216LA 2B75A 1CU3A 1L97A 1C6JA 4EKSA 1L96A 1L82A 261LA 146LA 224LA 1OYUA 2O7AA 3GUOA 1L10A 4GBRB 1ZWNA 1L65A 1L90A 1P6YA 257LA 1L56A 2L78A 3GUPA 3C8RA 125LA 250LA 118LA 1P36A 1PQIA 140LA 1L71A 1L99A 3FADA 1L48A 102LA 1T8AA 2B73A 243LA 2RAYX 4GRVA 191LA 217LA 1L30A 128LA 1C6EA 3OE9A 1DYEA 4YX7C 167LA 1LYJA 1CUQA 1L50A 4ARQA 215LA 2OEAX 3HH5A 1CVKA 1L98A 177LA 1L21A 1L61A 149LA 3SBAA 1LWKA 1L37A 181LA 1QT5A 3VW7A 3HU8A 3GUNA 131LA 222LA 260LA 1L57A 3GUJA 1L18A 4ARPA 1QT8A 3DN2A 3HT9A 1C66A 3C8SA 3HDFA 1CV1A 2OE7X 1L64A 1C6CA 1KNIA 2RB0X 1KY1A 1L60A 3C83A 1L41A 2RBNA 1T8FA 4W52A 1CV6A 1L07A 2F2QA 1QUHA 3PDSA 241LA 1L74A 4OO9A 1LWGA 226LA 172LA 223LA 171LA 1QUGA 2HUKA 1L13A 1EPYA 1D2YA 188LA 104LA 1P46A 1CV3A 4ARMB 1LW9A 1G0LA 1L68A 1L91A 137LA 4AQNA 174LA 1C61A 4YXAC 1JTMA 1T6HA 2B7XA 1QTBA 1L29A 1D3MA 1P64A 3L64A 1CX7A 1L75A 1D9WA 3F8VA 107LA 3HH6A 1DYGA 157LA 1C6IA 1C65A 169LA 166LA 1G0PA 1QSBA 248LA 161LA 2OU8A 200LA 2RB1X 2RH1A 220LA 1P2RA 229LA 1L38A 122LA 4W51A 2NTGA 3LZMA 3V2YA 4I7LA 1G0MA 3GUMA 1PQJA 1CTWA 209LA 1I6SA 1LYHA 2B6TA 4I7SA 3OE6A 1SWYA 1CU5A 3GUKA 1PQMA 148LE 1L80A 1C6NA 3HUQA 1QT3A 1L31A 1XEPA 258LA 119LA 1L03A 178LA 1CU0A 231LA 1OWYA 4LZMA 1L33A 2B70A 152LA 2RBSA 3CDVA 1QTDA 3DN6A 3HWLA 196LA 1L20A 1L0JA 182LA 254LA 1L23A 1D3JA 1TLAA 1LI2A 4YXCA 3G3VA 4LDEA 3QAKA 1C6MA 4I7OA 4EKRA 3JR6A 1L0KA 1QSQA 1LI3A 1SX7A 4I7NA 3NY8A 1DYCA 142LA 1SX2A 3DN3A 3DNAA 103LA 3L2XA 1L77A 4W58A 1L83A 3SB6A 201LA 3DN8A 1T97A 3C81A 143LA 1JQUA 3DMXA 1PQDA 1L54A 1C69A 1L35A 4EXMA 1L43A 3HTFA 211LA 1L01A 2O4WA 1JTNA 2OE4X 1CV0A 1LYGA 1QUOA 3EMLA 190LA 251LA 233LA 1L06A 1L00A 3HT8A 4DAJA 1L27A 1C6LA 2RBOA 192LA 213LA 3G3WA 4ARJA 1L87A 185LA 168LA 4S0WA 1L45A 3SN6R 1G1VA 1QTHA 1C6AA 3HTGA 1CUPA 1L46A 1L44A 3NY9A 4I7MA 1L73A 1L42A 1L32A 199LA 246LA 1L95A 1QT7A 1LGWA 1L49A 1SSWA 2LZMA 162LA 236LA 2RBRA 4ARMA 1C6QA 7LZMA 1LYFA 3G3XA 1OWZA 3SB9A 1L72A 1L11A 3CDQA 1C6BA 3DKEX 2RBPA 238LA 3C82A 151LA 1L85A 1L16A 1OVHA 3DN4A 3SB5A 245LA 2HUMA 184LA 214LA 1CV5A 2CUUA 4I7PA 1OV7A 1L08A 3HTDA 252LA 150LA 262LA 3HDEA 109LA 1L28A 2QARC 3D4SA 2Q9DA 235LA 115LA 4EPFA 111LA 198LA 1LLHA 1D3NA 123LA 1CV4A 4ZPUA 1QUDA 4PJZA 147LA 2ANXA 2OTZX 2OU0X 3C7WA 163LA 1LI6A 1L94A 239LA 127LA 4W54A 1G0GA 1XJTA 221LA 4EKQA 1L09A 3C7YA 3FI5A 187LA 1LGUA 4PK0A 189LA 1L86A 2RBQA 3OE8A 1L52A 1L58A 1L81A 1L79A 3UONA 1L25A 1L39A 1SWZA 160LA 2ANVA 3DN0A 3HTBA 1QTVA 2HULA 256LA 247LA 4DKLA 3HT6A 1C62A 3V2WA 1CX6A 1L88A 144LA 1CU2A 1D3FA 228LA 1L22A 244LA 2Z6BA 2B6WA 1P2LA 3NYAA 2IGCA 3CDOA 1DYAA 1L89A 1OV5A 212LA 1G06A 2B6XA 234LA 1QT6A 2F47A 1L34A 4I7JA 141LA 1LGXA 4EKPA 3SBBC 4ARLA 1L53A 145LA 1C6DA 1L04A 5I14A 2A4TA 3CDTA 2B6ZA 1L05A 3GUIA 1KW5A 2O79A 3C8QA 4W56A 3HU9A 1QTCA 4I7TA 138LA 1L67A 1C63A 206LA 237LA 3DMZA 1L62A 3PBLA 1L59A 242LA 4ARQB 1QTZA 1C68A 4W57A 159LA 173LA 130LA 1DYDA 120LA 3GULA 3RUNA 1QT4A 255LA 3HUAA 5LZMA 1LPYA 2RB2X 156LA 1T8GA 253LA 4W59A 2RAZX 1K28A 1LYIA 1B6IA 112LA 1L69A 1C64A 1G0KA 1L24A 1L17A 4I7QA 4IAPA 210LA 158LA 4LDLA 2B6YA 230LA 4W53A 180LA 1L15A 2OE9X 3F9LA 195LA 205LA 1C6TA 1L55A 1L66A 139LA 3K2RA 2Q9EA 1KY0A 1DYFA 1G07A 1L70A 2LC9A 114LA 1L63A 1OVJA 3OE0A 1C6FA 129LA 176LA 4EPIA 1ZURA 1L02A 1OVKA 4LDOA 170LA 1P37A 1L51A 3HH3A 3HT7A 1WTHA 1D2WA 1L12A 219LA 1L93A 2NTHA 2F32A 3FA0A 110LA 3HUKA 1PQKA 259LA 1QS5A 1ZYTA 2QB0B 1L26A 1L47A 249LA 2B74A 1C6KA 3DMVA 1L19A 1P3NA 1L14A 1L40A 4I7KA 1G0JA 175LA 1LYEA 1KS3A 4I7RA 4W55A 3SB7A 1CU6A 1DYBA 4E97A 1G0QA 1XJUA 1C6HA 164LA 3RZEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B72A 1G1WA 3WU9A 3HH4A 218LA 3QNGA 3WW6A 3G3BB 2LCBA 1N4FA 4HTQA 4NHQA 1IWYA 2OU9A 1NHBA 3A3RX 4E3UA 4DJHA 3A6CY 1IP3A 4PRQA 3C7ZA 5LVHA 4P2EA 1L76A 240LA 3K3TA 1WQMA 6LZMA 4B49A 155LA 1UIGA 1OP9B 1OUFA 1L82A 1OYUA 3GUOA 1L10A 4H9IA 1ZWNA 1HSXA 4WLYA 4WM3A 2L78A 1GPQC 250LA 2XBRA 2FYCA 1L99A 3FADA 4GCFA 1BB4A 1UIHA 2DQAA 4YM8A 5DM9A 5K7OA 5I5QA 1GDXA 1WVUA 4N0JA 2X0AA 2PC2A 1UIFA 2HTXA 4DD9A 1WTMA 5F16A 1JJ3A 1L61A 149LA 181LA 3P68A 5J7CA 1QT5A 5FHWA 1IC7Y 5DL9A 222LA 1IOCA 1GDWA 1LJEA 3LN2A 3P65A 3GUJA 4LT3A 1LMCA 4ARPA 3WW5A 1LZDA 2OE7X 2RB0X 1LHIA 2HEBA 5LYTA 1LPIA 2RBNA 1T8FA 4W52A 2XJWA 5EBHA 2F2QA 3PDSA 4OO9A 223LA 5KJ9A 4NGIA 1QUGA 4NSGA 5F81A 1LZRA 1F0WA 3TXJA 3IJUA 4BAFA 1LW9A 1UUZC 1V7TA 5F9XA 1LJJA 1HFXA 4DD7A 1UC0A 4H9BA 137LA 132LA 1JTMA 1LYYA 4GCCA 5I53A 5KXNA 1CX7A 4RDSA 4KXIA 2A7DA 1D9WA 1F6RA 4WG7A 1XEKA 1JUGA 3A96A 1C6IA 4RW2A 4YEOA 2C8OA 2RB1X 2IHLA 229LA 3QY4A 1L38A 2D4IA 1WQNA 4ET8A 3N9AA 1LZ5A 4NSIA 4XJDA 1DI3A 4OWHA 1B5WA 4I7SA 1SWYA 1L80A 2GV0A 1L31A 258LA 119LA 134LA 178LA 1CU0A 1JPOA 5APDA 231LA 1D6PA 2D91A 4LYCA 2RBSA 1V7SA 1QTDA 2ZYPA 2I6ZA 1FLUA 4YOPA 4G9SA 1UA6Y 1XGPC 4HV1A 4CJ2A 1LI3A 3A95A 4I7NA 5KKIA 6LYTA 142LA 1OUGA 3SB6A 201LA 1T97A 1JQUA 1YL1X 3D9AC 2XQOA 4YEMA 211LA 1TDYA 1KXYA 3ATNA 1CV0A 1UIDA 4NHSA 2BQLA 2ZQ3A 3IWRA 1NMMA 3EMLA 1WTNA 251LA 2MEAA 233LA 2YDGA 3HT8A 1L27A 2MECA 168LA 4G4CA 1WQOA 4S0WA 1YKYX 1HEQA 3NY9A 4XJHA 3W6CA 2DQGY 2BQGA 4I7MA 2DQEY 1L73A 3D3DA 199LA 246LA 3TMUA 1VFBC 1C08C 162LA 1G7JC 3RU5A 1UIAA 1OWZA 1LMPA 3DKEX 4NGJA 1BB3A 2RBPA 3AW7A 3G3AB 1L16A 245LA 2HUMA 184LA 1GFHA 214LA 4I7PA 4W94A 3HTDA 252LA 4CHXA 150LA 1QIOA 5DN5A 1L28A 3ATOA 4I0CA 2QARC 4XN6A 5HNLA 4EPFA 4NGLA 1LLHA 3B72A 2OTZX 1B9OA 2W1YA 5KXTA 3OE8A 3EO5A 1L58A 1L81A 3LZ2A 1HC0A 2Z19A 1L39A 3DN0A 3A94A 256LA 3HT6A 1C62A 1LZBA 1GFUA 1LJHA 1L88A 1D3FA 4Z98A 244LA 3NYAA 1RFPA 1DYAA 3ZVQA 4HP0A 2BQCA 4EMNA 1RCMA 4LFXA 2B6XA 234LA 1LZGA 1LZNA 4EKPA 1AKIA 1EL1A 1L53A 2Z2FA 3GUIA 5LIOA 2O79A 1QTCA 2W1XA 4GLVA 4YENA 206LA 237LA 3PBLA 2CWIA 3AZ5A 4W57A 2D6BA 130LA 193LA 3RUNA 1QT4A 3HUAA 153LA 1T8GA 1XGQC 1K28A 1B6IA 4CFPA 2DKVA 1HENA 230LA 4LT0A 180LA 3F9LA 1LYSA 4N5RA 4QEQA 2Q9EA 3A3QA 1IIZA 1DYFA 4UWUA 114LA 1QTEA 3OE0A 129LA 2MEFA 1GFKA 1LKSA 4EOFA 4LDOA 1L51A 1GE3A 1LJIA 4G4BA 1L12A 1JSEA 1LSGA 110LA 4WM5A 1ZYTA 2I26L 1L26A 3CT0A 3SP3A 1GB9A 2B74A 1LZAA 1C6KA 4XJBA 1L19A 5HQ1A 2Z39A 5LA8A 5B06A 1GBWA 1OUCA 4I7RA 4W55A 1VDPA 3SB7A 4E97A 1G0QA 1C6HA 3RZEA 4FDYA 113LA 2BQKA 227LA 1GBSA 1LYDA 1C67A 1GFAA 4HJVA 1L84A 1C60A 1P7SA 4GN3A 1C6PA 225LA 3J6KA 3WPJA 126LA 3DN1A 3ODUA 1HEOA 3AZ7A 4N9RA 186LA 4RW1A 2VB1A 4ETBA 3TXDA 232LA 1L92A 4ETDA 4GN4A 1LYZA 1BQLY 1VATA 5AMYA 1QS9A 216LA 1P5CA 4DDAA 1L96A 2IFFY 261LA 224LA 1GBXA 2Z37A 2G4PA 257LA 4OOTA 2W1LA 4TWSA 3B0IA 1OUIA 140LA 1L71A 4BADA 4XADA 2B73A 1GBZA 1IC5Y 1L30A 128LA 1XFPL 4YX7C 4Z46A 1IWVA 1CUQA 1NF5A 1W6ZA 4AGAA 4M6DA 1IOTA 1EQ4A 1IEEA 1LWKA 4I8SA 1IO5A 3GUNA 1H87A 2BQDA 4XJGA 1B7LA 3TXHA 1L18A 4NHTA 1GB8A 1VDSA 2BPUA 4XJIA 3HDFA 1BGIA 4ZEEA 1AT5A 4H92A 5L9JA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2B72 A;  1G1W A;  3WU9 A;  3HH4 A;  218L A;  3QNG A;  3WW6 A;  3G3B B;  2LCB A;  1N4F A;  4HTQ A;  4NHQ A;  1IWY A;  2OU9 A;  1NHB A;  3A3R X;  4E3U A;  4DJH A;  3A6C Y;  1IP3 A;  4PRQ A;  3C7Z A;  5LVH A;  4P2E A;  1L76 A;  240L A;  3K3T A;  1WQM A;  6LZM A;  4B49 A;  155L A;  1UIG A;  1OP9 B;  1OUF A;  1L82 A;  1OYU A;  3GUO A;  1L10 A;  4H9I A;  1ZWN A;  1HSX A;  4WLY A;  4WM3 A;  2L78 A;  1GPQ C;  250L A;  2XBR A;  2FYC A;  1L99 A;  3FAD A;  4GCF A;  1BB4 A;  1UIH A;  2DQA A;  4YM8 A;  5DM9 A;  5K7O A;  5I5Q A;  1GDX A;  1WVU A;  4N0J A;  2X0A A;  2PC2 A;  1UIF A;  2HTX A;  4DD9 A;  1WTM A;  5F16 A;  1JJ3 A;  1L61 A;  149L A;  181L A;  3P68 A;  5J7C A;  1QT5 A;  5FHW A;  1IC7 Y;  5DL9 A;  222L A;  1IOC A;  1GDW A;  1LJE A;  3LN2 A;  3P65 A;  3GUJ A;  4LT3 A;  1LMC A;  4ARP A;  3WW5 A;  1LZD A;  2OE7 X;  2RB0 X;  1LHI A;  2HEB A;  5LYT A;  1LPI A;  2RBN A;  1T8F A;  4W52 A;  2XJW A;  5EBH A;  2F2Q A;  3PDS A;  4OO9 A;  223L A;  5KJ9 A;  4NGI A;  1QUG A;  4NSG A;  5F81 A;  1LZR A;  1F0W A; 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