4EPFA

The crystal structure of pesticin from yersinia pestis
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
343
structure length
333
Chain Sequence
PAFLFSGSTLSITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVTFGSGVDLGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFSDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural engineering of a phage lysin that targets Gram-negative pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pesticin
molecule tags Toxin
source organism Yersinia pestis
total genus 113
structure length 333
sequence length 343
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4epfA02
4EKSA 2B74A 4W55A 215LA 4YXAC 120LA 1L63A 123LA 4LDOA 1L43A 1L95A 1SX7A 1L77A 4W52A 2L78A 1G0MA 3RZEA 246LA 1OV5A 206LA 1L33A 1D3JA 1C6GA 3C7WA 2NTHA 3HDFA 3SB5A 1L38A 1C6CA 1L76A 3SN6R 1L22A 1CU0A 1LYGA 1C68A 230LA 3C83A 3DN8A 3DMZA 3GUPA 3GUJA 1C6NA 4IAPA 1L07A 3HH3A 190LA 3OE8A 1L79A 1L13A 1KNIA 218LA 1L05A 1QSQA 260LA 219LA 2QB0B 3CDRA 1OWYA 1L08A 1L46A 1CU3A 224LA 1D9WA 251LA 1LWGA 192LA 1QT5A 2ANVA 1TLAA 2B73A 1C6JA 1SWYA 3GUIA 1QUOA 1SWZA 174LA 249LA 1L58A 1CV3A 1XJUA 1C64A 2RB1X 3DN1A 182LA 3GUNA 4EPIA 115LA 1C60A 1C6TA 231LA 2NTGA 1P56A 3C8QA 1LW9A 3HUKA 2CUUA 1L82A 1JTMA 3C80A 173LA 1L03A 3HTFA 1L14A 118LA 1CX6A 1L52A 3SB9A 159LA 1L00A 2B70A 252LA 3GUMA 1P2LA 4I7LA 1L27A 1G0KA 1C67A 1CV0A 103LA 144LA 1QSBA 127LA 1L51A 1C63A 5LZMA 1L39A 1L65A 4EKRA 129LA 3UONA 201LA 256LA 1CU6A 1LI6A 1L37A 165LA 1L06A 2ANXA 1LYDA 4YXCA 1QS9A 2B6TA 3DN4A 184LA 1QUDA 1L87A 1G0LA 2OEAX 1P3NA 1ZYTA 1L17A 4PJZA 1L0KA 3C7ZA 1KY1A 149LA 152LA 1XJTA 1C6EA 160LA 1C6HA 112LA 3OE6A 3SB6A 4YX7C 1QT6A 3HUQA 1CU2A 1QT4A 1K28A 2LCBA 1KW7A 186LA 1QUHA 4OO9A 146LA 3HT6A 1L20A 111LA 3SBAA 4DJHA 1L73A 1L21A 223LA 3DMVA 4PK0A 1L11A 175LA 1OVKA 1P36A 217LA 3K2RA 3DN2A 1G0JA 1L25A 3HH6A 1CV5A 158LA 1KY0A 148LE 1P5CA 1T6HA 1L41A 254LA 257LA 1L93A 4I7JA 1LI3A 1I6SA 130LA 1QTDA 4EXMA 232LA 1NHBA 1L85A 1L19A 142LA 2RBRA 1C65A 1D2YA 2B6YA 1DYAA 1L54A 1CVKA 1JTNA 1L0JA 1L35A 2O79A 4E97A 1LWKA 3C8SA 3CDVA 1L80A 4I7OA 1PQIA 244LA 187LA 242LA 178LA 2OE9X 1L01A 1L75A 3EMLA 236LA 1L50A 1DYCA 1CTWA 195LA 3HTGA 1L04A 2B6WA 170LA 198LA 145LA 1LYJA 4W58A 1PQOA 1L61A 247LA 1DYDA 1C61A 4I7MA 169LA 1SSYA 2RBNA 1LI2A 161LA 216LA 189LA 1L30A 2O7AA 3G3VA 1P6YA 4ARMB 1KW5A 1P7SA 1OVHA 211LA 1DYBA 3GULA 2RBSA 3V2WA 4LDEA 3HWLA 1P64A 209LA 3F8VA 4W53A 1OWZA 2Q9EA 180LA 3HT8A 253LA 1D3NA 3HDEA 2QARC 1T97A 1T8GA 1OV7A 1L09A 3DN6A 1L69A 1L57A 1L29A 261LA 1L89A 1L24A 3OE0A 4EPFA 1ZWNA 4W54A 2Q9DA 1L10A 1L02A 2HUKA 4K5YA 1LGUA 2O4WA 262LA 225LA 176LA 1P46A 2OU0X 1XEPA 3QAKA 1C6MA 2F2QA 3V2YA 2F47A 171LA 3DN0A 2F32A 1G07A 2RH1A 128LA 1ZURA 3G3WA 210LA 237LA 248LA 3CDQA 1C6PA 1L28A 3D4SA 3RUNA 4LDLA 1G0GA 1QS5A 4GRVA 4GBRB 1L18A 3JR6A 3HTDA 1EPYA 3SB7A 235LA 1LPYA 1QT8A 3ODUA 1L55A 1L49A 6LZMA 1L47A 157LA 241LA 3PDSA 4W59A 1P37A 1QT7A 185LA 1CU5A 138LA 196LA 4W57A 1C6LA 1L45A 1LLHA 1OYUA 1C6AA 3G3XA 143LA 188LA 2OU9A 3HT9A 2OE7X 3C7YA 1L44A 1L97A 1T8FA 168LA 4W51A 147LA 155LA 2B6ZA 109LA 1T8AA 1C6BA 3PBLA 3HH5A 1QUGA 3HU9A 1LGXA 221LA 183LA 4ARQB 4EKPA 226LA 1WTHA 122LA 4I7TA 1L70A 1L62A 4I7SA 4DKLA 1SX2A 4S0WA 104LA 7LZMA 1L74A 2RBQA 3NYAA 172LA 2RB2X 1L48A 1L72A 4DAJA 150LA 2B7XA 113LA 2IGCA 1QTVA 1L31A 1LGWA 258LA 1JQUA 3DNAA 3VW7A 2B72A 4I7KA 1L60A 4ARMA 1B6IA 3HT7A 259LA 205LA 137LA 3FADA 238LA 1L53A 3SBBC 4AQNA 108LA 255LA 1L36A 1L94A 1L88A 1C62A 1C6FA 1DYFA 1L68A 2LZMA 3CDTA 3SB8A 1OVJA 1L71A 1LYEA 1C6IA 1PQKA 3HH4A 1D3FA 1L90A 1L84A 3L64A 1PQMA 2B6XA 2RBOA 163LA 229LA 151LA 119LA 164LA 1L42A 5I14A 162LA 234LA 3C81A 222LA 243LA 166LA 1L64A 1L15A 191LA 3NY8A 139LA 3NY9A 199LA 1QTHA 3GUKA 2Z6BA 4EJ4A 102LA 126LA 1CV4A 114LA 3C82A 3L2XA 4I7PA 1L92A 1CV1A 1CUQA 2OE4X 2B75A 3HU8A 4I7NA 4ARLA 1SSWA 156LA 1D2WA 3FI5A 1G0QA 1DYGA 181LA 1C69A 1DYEA 240LA 3CDOA 239LA 1L81A 250LA 4I7QA 214LA 2RB0X 220LA 3GUOA 2RAYX 1QT3A 1L16A 197LA 1G06A 1L86A 2A4TA 2LC9A 3OE9A 3F9LA 1KS3A 1P2RA 1L83A 1L66A 1QTCA 3C8RA 200LA 1L23A 2OU8A 1CV6A 1D3MA 1LYFA 228LA 1L99A 1LYIA 1QTZA 213LA 4W56A 141LA 1QTBA 3DMXA 4ARQA 2RBPA 110LA 4EKQA 2OTYX 1PQJA 1C6QA 3LZMA 107LA 125LA 1L32A 1L67A 177LA 1C6KA 3HTBA 3FA0A 3HUAA 1L56A 1L96A 167LA 233LA 1L26A 3DKEX 131LA 4ARPA 140LA 4I7RA 1PQDA 3DN3A 1L59A 4ARJA 1L12A 2HUMA 1CUPA 2OTZX 2HULA 227LA 2RAZX 1LYHA 212LA 4LZMA 1CX7A 1L34A 1G1WA 1C6DA 1C66A 245LA 1G1VA 4ZPUA 1L98A 1L91A 1G0PA 1L40A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GAZA 4W55A 215LA 1G0MA 5LXWA 4TWSA 1FKVA 1GBWA 5II3A 1UIDA 206LA 2X0AA 3WUMA 1OUIA 194LA 4U3XB 4CHXA 2LYZA 3AZ5A 2HUBA 4NHQA 3HDFA 1F10A 1L38A 1B9OA 4NGYA 1LJ4A 2G4QA 1C68A 4IAPA 3GUPA 3WVXA 1L07A 1L13A 4HTQA 2LYMA 219LA 3CDRA 1OWYA 1LZNA 251LA 1LMCA 1BWIA 1RJCB 2ANVA 1AKIA 1SWYA 3GUIA 1GF8A 1VDQA 4MR1A 1L58A 1C64A 115LA 4XADA 1C6TA 2HEDA 1C7PA 1REMA 4NHTA 132LA 1LW9A 1LZYA 4GLAA 1L14A 2MEGA 4XJIA 159LA 1L00A 1P2LA 1L27A 1G0KA 1C67A 2DQEY 103LA 127LA 1GDWA 1L51A 5KXSA 1C63A 5LZMA 1L39A 1Z55A 1JKDA 1L65A 1L37A 4NFVA 1GF7A 1RI8B 4LGKA 6LYZA 4YXCA 3DN4A 1DKKA 1GXV2 1L87A 2OEAX 4OWCA 3TXGA 1L17A 3RU5A 5I4WA 152LA 1C6EA 3OE6A 4LT1A 5T3FA 3SB6A 4WM4A 1GD6A 2YBNA 1K28A 1C43A 1UIAA 1JWRA 1QUHA 3W6AA 1IIZA 3HT6A 2D6BA 1J1PY 4I8SA 1LJEA 5LA5A 1WVVA 3A67Y 1GE4A 1OVKA 217LA 3K2RA 1REXA 1KXYA 1TAYA 158LA 5LVHA 1GF5A 1TBYA 1LMQA 1RFPA 4H92A 1NWGA 130LA 4G4BA 1IOCA 2BQGA 2RBRA 3WPKA 193LA 1CVKA 2IFFY 1JKBA 2MECA 3LZ2A 3TXDA 2BQKA 5E9RA 4I7OA 1PQIA 1BVXA 187LA 242LA 208LA 1C46A 4WL7A 5KXXA 4NGVA 2CGIA 3HTGA 4YM8A 2B6WA 145LA 2I26L 4HPEA 4P2EA 247LA 4I7MA 1JTPL 4H8ZA 1LI2A 1P7SA 1OVHA 4G9SA 2RBSA 1F6SA 4H9IA 1ZV5L 180LA 3HDEA 5KXMA 1OV7A 3AW6A 4N0JA 1L09A 3EMSA 5LVGA 4EPFA 1ZWNA 1OQMA 1NBYC 1YAPA 1LHHA 4NGZA 5KXOA 262LA 4WM1A 2C8OA 1YILA 2AUBA 1LYZA 1IP7A 4WLYA 2RH1A 3GXKA 128LA 4B4IA 4PHIA 1T6VL 248LA 3AGIA 3J4GA 1L18A 3HTDA 5DN5A 1EPYA 3SB7A 1IEEA 3IJVA 4MCKA 1LPYA 3W6BA 1C08C 1L49A 6LZMA 1NHEA 4OWAA 157LA 1JITA 196LA 1LSDA 4W57A 3LZTA 1LYYA 1C6AA 4II8A 3LYTA 3P65A 143LA 1GFEA 2OU9A 1IOTA 1L44A 1GB7A 5A3ZA 5FCPA 5IELA 1LSBA 2W1XA 4OWEA 1GF3A 3HU9A 4ETEA 183LA 4EKPA 4WLXA 1L70A 4WOAA 4I7SA 5LYZA 4DKLA 1SX2A 3WU8A 4S0WA 7LZMA 1REZA 1L74A 3NYAA 172LA 3TXBA 1CJ8A 1B7QA 150LA 2IGCA 113LA 5LINA 1UA6Y 2D4IA 1WQPA 2MEIA 1JTTL 1IP1A 4EMNA 1LZTA 3DNAA 1YANA 4GCCA 1LJFA 1L60A 5APFA 1IP2A 3TXFA 1HEPA 3FADA 2W1YA 1L53A 5KXTA 1EQ5A 108LA 2HU3A 3B0OA 1L88A 1C62A 3CDTA 3GXRA 1L71A 4OWBA 1C6IA 3HH4A 2BLYA 1LPIA 1D3FA 2HEFA 3OJPA 3WPLA 1JIYA 1UCOA 2DQDY 4CFOA 4NGWA 3C81A 5K7OA 5M1YA 166LA 3LYOA 1LSCA 4ETAA 4B4JA 2XBRA 114LA 2YBHA 4HV2A 2F2NA 1L92A 4HTNA 2OE4X 3HU8A 1SSWA 2BQEA 1QTKA 3FI5A 1DYGA 4TUNA 4Z98A 1DYEA 5I53A 240LA 250LA 214LA 2H5ZA 1A4VA 3GUOA 4WM5A 1L16A 1W08A 3TXIA 197LA 1LHJA 1LSMA 2LC9A 1L66A 200LA 1KXXA 1L99A 1LYIA 1B7MA 5KXWA 4W56A 4EKQA 2OTYX 1OP9B 1PQJA 1GBZA 3LZMA 1GFGA 125LA 1L32A 1LSGA 3P66A 3EBAB 4GN3A 3TMUA 1L96A 1GE2A 4YEMA 1FLQA 3DKEX 1GB8A 4ARJA 1HSWA 3ZVQB 4WM6A 2HULA 4LYZA 1HHLA 1LYHA 2MEDA 1CX7A 4FJRA 6LYTA 4LFPA 245LA 1G1VA 4DD7A 2ZNWY 2B74A 1BHZA 1IP4A 1D0KA 5I54A 4IATA 4XJBA 123LA 4UWNA 1L77A 4UWUA 4OOTA 5A3EA 1OV5A 5KY1A 4YENA 3AJNA 4IJ4A 1GFJA 2BAAA 1C6GA 1JJ0A 4DQ7A 4LYCA 3J6KA 1AM7A 5KXRA 3SN6R 2Z2FA 1GDXA 1HMLA 3C83A 4OWHA 3DN8A 1CJ6A 1C6NA 3WVYA 1CJ9A 1KNIA 3B72A 1IORA 218LA 1L05A 260LA 1L08A 5HNCA 192LA 1P2CC 2W1MA 1TEWA 1CKFA 4XN6A 5LYTA 1IP5A 1INUA 3OK0A 3AB6A 3WU9A 1JHLA 1SWZA 1RE2A 8LYZA 2MEBA 3DN1A 4WL6A 2LZTA 5APEA 4WLDA 4TSCA 4WM3A 3C8QA 173LA 4OW1A 1YKYX 4NHSA 4NIJA 2FYCA 1I56A 1QUTA 3UONA 3ZVQA 201LA 1JISA 256LA 1J1XY 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GAZ A;  4W55 A;  215L A;  1G0M A;  5LXW A;  4TWS A;  1FKV A;  1GBW A;  5II3 A;  1UID A;  206L A;  2X0A A;  3WUM A;  1OUI A;  194L A;  4U3X B;  4CHX A;  2LYZ A;  3AZ5 A;  2HUB A;  4NHQ A;  3HDF A;  1F10 A;  1L38 A;  1B9O A;  4NGY A;  1LJ4 A;  2G4Q A;  1C68 A;  4IAP A;  3GUP A;  3WVX A;  1L07 A;  1L13 A;  4HTQ A;  2LYM A;  219L A;  3CDR A;  1OWY A;  1LZN A;  251L A;  1LMC A;  1BWI A;  1RJC B;  2ANV A;  1AKI A;  1SWY A;  3GUI A;  1GF8 A;  1VDQ A;  4MR1 A;  1L58 A;  1C64 A;  115L A;  4XAD A;  1C6T A;  2HED A;  1C7P A;  1REM A;  4NHT A;  132L A;  1LW9 A;  1LZY A;  4GLA A;  1L14 A;  2MEG A;  4XJI A;  159L A;  1L00 A;  1P2L A;  1L27 A;  1G0K A;  1C67 A;  2DQE Y;  103L A;  127L A;  1GDW A;  1L51 A;  5KXS A;  1C63 A;  5LZM A;  1L39 A;  1Z55 A;  1JKD A;  1L65 A;  1L37 A;  4NFV A;  1GF7 A;  1RI8 B;  4LGK A;  6LYZ A;  4YXC A;  3DN4 A;  1DKK A;  1GXV 2;  1L87 A;  2OEA X;  4OWC A;  3TXG A;  1L17 A;  3RU5 A;  5I4W A;  152L A;  1C6E A;  3OE6 A;  4LT1 A;  5T3F A;  3SB6 A;  4WM4 A;  1GD6 A;  2YBN A;  1K28 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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