4EPFA

The crystal structure of pesticin from yersinia pestis
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
343
structure length
333
Chain Sequence
PAFLFSGSTLSITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVTFGSGVDLGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFSDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural engineering of a phage lysin that targets Gram-negative pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pesticin
molecule tags Toxin
source organism Yersinia pestis
total genus 113
structure length 333
sequence length 343
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4epfA02
4W57A 4I7NA 2NTHA 2ANVA 4W51A 1JTNA 163LA 1L87A 2RBQA 3CDTA 177LA 253LA 2OU9A 1LI2A 1NHBA 1L76A 1CX6A 1L92A 171LA 196LA 1L56A 4ARLA 3C8SA 3CDRA 226LA 1L37A 262LA 1CV5A 259LA 1P7SA 4EPFA 1CU0A 4I7JA 1C64A 1P37A 248LA 3C82A 157LA 2L78A 241LA 1D2YA 1KW7A 1QT8A 2OTZX 3L64A 2B70A 3VW7A 1G07A 1LYHA 1P64A 1L25A 141LA 170LA 3PBLA 3HH3A 3ODUA 1L96A 168LA 3GUNA 2RAZX 3FA0A 1OYUA 128LA 1L41A 112LA 218LA 1L50A 3NYAA 1L98A 244LA 1C63A 1CV1A 1DYEA 1QTZA 3CDVA 1G0PA 3SB6A 3DN4A 5I14A 2B7XA 4LDEA 1L29A 3GUJA 3C8RA 1L91A 137LA 206LA 217LA 1L16A 1L10A 3HH5A 1D3NA 1L65A 200LA 1C60A 4ZPUA 238LA 1L22A 1LI6A 3DNAA 1L08A 199LA 4W56A 2RBSA 1C6MA 1QSBA 1LWGA 3GUOA 4YXAC 185LA 2HUKA 131LA 127LA 1L19A 1L36A 3NY8A 3HT7A 167LA 3DN0A 4LDOA 1B6IA 1C6AA 1L73A 148LE 3DMZA 3DN2A 147LA 164LA 2QARC 175LA 197LA 256LA 2O4WA 1C62A 2ANXA 1CV3A 1L05A 2QB0B 3C7WA 1LYGA 3CDQA 149LA 1G0JA 4YX7C 1P3NA 1L53A 1L85A 1L62A 1CUQA 4ARQA 181LA 1C61A 5LZMA 146LA 261LA 3K2RA 1CVKA 114LA 3SBBC 130LA 4I7PA 4EKQA 1PQJA 6LZMA 1L38A 2RBOA 4W53A 1L35A 2RAYX 1QT4A 1L58A 1L94A 7LZMA 1JTMA 222LA 198LA 160LA 205LA 2RB2X 1L55A 1L30A 3SB9A 4LZMA 1OVKA 1QT5A 3HU9A 1L24A 4I7QA 4I7KA 1C6HA 245LA 151LA 1L80A 1T6HA 1D3JA 1P2RA 1LGUA 1G0KA 189LA 1EPYA 3FADA 3HTDA 1L0JA 1SSWA 187LA 216LA 2Z6BA 3HTBA 1LYIA 1L61A 1L07A 209LA 3SB7A 1C6FA 236LA 2LC9A 1QTHA 1QT7A 3L2XA 1TLAA 2A4TA 4GBRB 3D4SA 1SSYA 3DMVA 1C6JA 1L20A 1DYCA 1L77A 4GRVA 4W55A 2RBPA 4I7SA 1ZURA 188LA 1C6IA 258LA 3GUIA 1D9WA 4ARPA 1L63A 255LA 1L68A 3HTFA 235LA 1C6BA 1L89A 1LGWA 3OE9A 1L79A 3OE0A 201LA 1CU2A 1LYDA 1L21A 1C66A 246LA 2B6YA 184LA 1QTBA 3G3XA 1DYGA 3F9LA 191LA 3HUAA 1C6EA 1L02A 2B6WA 4PK0A 3C83A 1G1VA 230LA 115LA 1LW9A 1L86A 1L18A 1XEPA 1C65A 1T97A 1L95A 1L01A 125LA 3HUKA 2IGCA 1L14A 3HH6A 4I7LA 1L57A 1KS3A 3UONA 1DYAA 3C81A 1L46A 1L54A 1L90A 1L99A 1CU3A 1L17A 1OVHA 1L72A 176LA 1QTCA 3OE8A 3V2YA 225LA 234LA 2OU8A 2LZMA 3OE6A 2B6XA 158LA 138LA 180LA 111LA 173LA 1C69A 3JR6A 1PQMA 3DMXA 249LA 4ARQB 2F47A 102LA 1L47A 1L82A 140LA 108LA 3DN1A 1L0KA 2RB0X 126LA 2Q9EA 223LA 3HUQA 1L84A 1L69A 233LA 2OE9X 145LA 1QUGA 4DJHA 159LA 1D3MA 1KW5A 215LA 1ZYTA 240LA 3SB5A 2B6TA 1L06A 3PDSA 4W54A 109LA 1L42A 142LA 2B73A 1LYFA 3C7ZA 229LA 1L34A 107LA 1L00A 4EJ4A 232LA 4I7MA 190LA 3CDOA 1PQOA 2F2QA 4I7OA 162LA 2O7AA 4S0WA 1OV7A 3GULA 1L28A 1L12A 2OE4X 4EKPA 3NY9A 172LA 1L04A 1OWZA 221LA 1C6NA 3C8QA 3GUMA 1QT3A 2LCBA 1P5CA 1L49A 4PJZA 1D3FA 214LA 4IAPA 1L64A 3GUPA 1LPYA 139LA 2NTGA 4EXMA 1L23A 3C80A 1T8GA 192LA 2HULA 1KNIA 2RBRA 1QTVA 1L97A 144LA 257LA 3EMLA 4ARMA 3RUNA 1L60A 4EKSA 1L40A 1CTWA 1L83A 239LA 1G1WA 1L70A 3HU8A 4YXCA 1D2WA 2CUUA 2Q9DA 1P56A 155LA 1L74A 1L15A 213LA 1C6KA 1CX7A 1G06A 183LA 1L59A 1LI3A 1QTDA 210LA 3DN8A 1K28A 1SWYA 1L11A 3F8VA 1CV4A 3GUKA 1L03A 1CUPA 1L43A 1CV0A 252LA 3HH4A 1L71A 152LA 1KY0A 4ARJA 1P6YA 1QS5A 3HDFA 3DN6A 165LA 1WTHA 1XJUA 3LZMA 2OU0X 1C67A 1L66A 1DYFA 2B75A 174LA 1L32A 1LLHA 1LYEA 1LWKA 3HT8A 182LA 3SB8A 1DYDA 1I6SA 2OTYX 161LA 211LA 1C6LA 2B74A 3DKEX 3SBAA 3HTGA 1OV5A 1L33A 2OEAX 1L75A 123LA 166LA 3FI5A 1QS9A 169LA 1L13A 104LA 1C6DA 195LA 2O79A 1XJTA 237LA 2OE7X 1SX2A 2B72A 3G3VA 3V2WA 1L31A 119LA 1LYJA 1QT6A 4E97A 4W58A 219LA 1L88A 2B6ZA 1L26A 1P46A 4LDLA 3G3WA 113LA 1QUDA 260LA 1C6TA 251LA 3HT9A 1G0MA 1L67A 3RZEA 1ZWNA 4W59A 212LA 4W52A 150LA 1DYBA 3SN6R 250LA 1L27A 186LA 2HUMA 4I7TA 1KY1A 1SX7A 1PQIA 2RH1A 4K5YA 1L52A 1L48A 2RB1X 1C6GA 4EKRA 1QUHA 243LA 1JQUA 4DKLA 110LA 4DAJA 4OO9A 1L39A 1L44A 122LA 1CV6A 231LA 3C7YA 1C6PA 3HWLA 1QSQA 156LA 254LA 1L45A 1G0QA 220LA 224LA 1OVJA 1P36A 4ARMB 1CU5A 4AQNA 1T8FA 1PQKA 3HDEA 129LA 3HT6A 4I7RA 1L93A 118LA 1PQDA 120LA 2RBNA 1OWYA 1C6CA 247LA 1P2LA 1L51A 143LA 1LGXA 1QUOA 1SWZA 1C68A 228LA 103LA 4EPIA 1C6QA 178LA 227LA 242LA 1CU6A 1G0GA 1L81A 1L09A 1T8AA 3QAKA 3DN3A 1G0LA 2F32A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4W57A 5LA5A 2NTHA 2ANVA 1JTNA 163LA 1CKGA 177LA 1LKRA 1LI2A 1L76A 1CX6A 5M1YA 1L92A 196LA 1VEDA 1D0MA 4EPFA 1HSXA 1LMTA 1P7SA 2DQIY 4I7JA 5DN5A 1WTNA 2L78A 4G4CA 1CJ6A 1XGQC 241LA 1KW7A 2OTZX 5C6LA 1IEEA 4YM8A 3A6BY 4NWHA 1QTEA 141LA 4LT3A 1AT5A 4ET9A 128LA 1B7LA 1L41A 2D6BA 4WM1A 244LA 3WPLA 1C63A 5LVKA 1CV1A 1QTZA 3CDVA 2H9JA 3SB6A 1LYSA 1GBYA 2C8PA 2B7XA 4LDEA 1L29A 1BWIA 1QSAA 1FLWA 4DD7A 1KXXA 3HH5A 1YL1X 2MEIA 1LI6A 1LSMA 6LYTA 3N9CA 1C6MA 5K7OA 1LWGA 3GUOA 4YXAC 1TAYA 1LJJA 1HENA 1DXJA 1GFGA 1L19A 3P68A 3HT7A 4GN3A 3DN0A 4A7DA 1JKAA 4NFVA 1C6AA 148LE 1LJKA 164LA 154LA 1OUEA 1UICA 5A3EA 1CV3A 2QB0B 3C7WA 4X3BA 1LYGA 4GLVA 1GE1A 3J6KA 3A90A 1G0JA 3TXKA 1P3NA 1L53A 1LZAA 3WMKA 4UWNA 1IC4Y 4QY9A 1FKQA 146LA 1A2YC 1GE0A 3SBBC 3LYZA 130LA 4I7PA 1EQ4A 2BQAA 1LMPA 1L38A 2RBOA 4W53A 1E8LA 1L35A 222LA 2G4PA 3SB9A 2ZQ3A 1IWXA 1OVKA 1QT5A 4MCKA 1SSWA 3HTBA 1L61A 4OWHA 1LZ9A 3EXDA 4ET8A 4GCDA 1QTHA 3L2XA 2A4TA 4I8SA 1C6JA 4LFPA 3TMWA 1LOZA 4I7SA 1ZURA 5KKJA 4WM4A 5LVHA 1LZ1A 1WQMA 4RW2A 2Z2EA 3GUIA 1IOCA 1L68A 3HTFA 1C6BA 1HEPA 3WUMA 3OE9A 2I6ZA 1NQIA 2ZNWY 1LSCA 1JUGA 3D9AC 2HU3A 1LYDA 1C66A 1DKKA 1UUZC 4LZTA 1JKDA 3LHMA 3WYHA 4PK0A 115LA 1LW9A 2Y8PA 1T97A 5FSTA 3HUKA 4I7LA 3HH6A 1L57A 4H9EA 5D5FA 5FDJA 3UONA 4H9CA 4WLXA 2HEDA 1L99A 4OWBA 1L72A 1INUA 3CB7A 176LA 1QTCA 4HV2A 1B7QA 4ETBA 1YANA 234LA 4GLAA 4PRQA 158LA 1LZSA 4DD2A 1LHMA 3P66A 1ZV5L 3WW5A 4YENA 3JR6A 1MELL 3F6ZA 4ARQB 4H9IA 2BQJA 1L47A 2Q9EA 1HFYA 233LA 2OE9X 2LZTA 1XGPC 4DJHA 1UIGA 3QE8A 4HP0A 4J7VA 5B05A 4H94A 4W54A 3WVXA 3K3TA 4HSFA 2X0AA 229LA 4D9ZA 5KKIA 4LYZA 1H87A 1GB9A 4CFPA 1FBIX 4I7MA 4N8ZA 4I7OA 162LA 1XEJA 5I4YA 3NY9A 1ALCA 3C8QA 1QT3A 1LZ6A 1B7PA 3AYQA 4DQJA 2DQEY 214LA 2Z38A 2DKVA 4IAPA 1L64A 4NY5A 1GF4A 2HEAA 1LJ3A 2RBRA 1QTVA 144LA 1I56A 4GCBA 3CSQA 1G1WA 3FI7A 2XBSA 4ETDA 4YXCA 155LA 1GFKA 1L15A 5APFA 1G06A 1LSAA 183LA 4IJ4A 1L59A 1GB0A 4R6CA 4R0FA 5ILCA 1JHLA 1CV4A 4OW1A 1CUPA 3HH4A 1LHLA 4DQ7A 1P6YA 1QIOA 1GFTA 1G7IC 5J7CA 4ZEEA 4Z41A 1LWKA 5KXSA 3HT8A 1LJNA 1DYDA 1I6SA 1IR9A 4WM6A 3DKEX 5IHGA 3HTGA 4B4JA 2OEAX 1L75A 1GE2A 3TMVA 2YBJA 1L13A 1C6DA 195LA 2O79A 2ZILA 4GCCA 237LA 1SX2A 1BHZA 3G3VA 1GFJA 3TXFA 2MECA 1LYJA 4E97A 4AXTA 7LYZA 3RNXA 3TXIA 1GBOA 3FE0A 4HTNA 5HNLA 1UIHA 3RZEA 1HSWA 1T6VL 4C3WA 2MEBA 1JKBA 1ZWNA 1TDYA 1CKHA 212LA 4ML7A 4NGKA 186LA 2HUMA 1SX7A 3G3BB 1L52A 2ZYCA 1JQUA 1IR8A 1SLYA 3RU5A 110LA 4U3XB 4OO9A 2LYZA 1GPQC 231LA 5KXMA 1F6SA 156LA 1YAOA 254LA 4ETCA 4EMNA 5KY1A 4WOAA 1F0WA 1T8FA 1LSEA 3HBHA 3CT0A 4XJDA 1B0DA 2YBIA 2RBNA 1P2LA 1W6ZA 1L51A 1OUGA 2LYMA 5AMYA 4EPIA 1GF3A 1LCNA 1IWTA 3QAKA 1LZDA 1VATA 3DN3A 2ZQ4A 1G0LA 4XJFA 4I7NA 1BB3A 2BQKA 1L87A 3CDTA 4WLYA 2NWDX 1NKHA 1NHBA 1LSBA 4XJBA 4M6DA 1LSNA 1L56A 3C8SA 5KJ9A 1L37A 262LA 1CV5A 4LYOA 1C64A 1P37A 1B5YA 157LA 1D2YA 9LYZA 2F30A 1QT8A 2B70A 1NBZC 1LYHA 1L25A 4BS7A 1DZBX 3AB6A 4WM3A 1GFEA 5KXYA 1L96A 4NHTA 2RAZX 1DPWA 1OYUA 2Z12A 112LA 1L50A 1UACY 2BQLA 1VDTA 4N1EI 1XEIA 1G0PA 2BQGA 3DN4A 4AGAA 1IX0A 238LA 2MEAA 1B7MA 4WL7A 199LA 1JJ3A 1C45A 1GF8A 185LA 1J1OY 127LA 1L36A 3NY8A 1GF9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4W57 A;  5LA5 A;  2NTH A;  2ANV A;  1JTN A;  163L A;  1CKG A;  177L A;  1LKR A;  1LI2 A;  1L76 A;  1CX6 A;  5M1Y A;  1L92 A;  196L A;  1VED A;  1D0M A;  4EPF A;  1HSX A;  1LMT A;  1P7S A;  2DQI Y;  4I7J A;  5DN5 A;  1WTN A;  2L78 A;  4G4C A;  1CJ6 A;  1XGQ C;  241L A;  1KW7 A;  2OTZ X;  5C6L A;  1IEE A;  4YM8 A;  3A6B Y;  4NWH A;  1QTE A;  141L A;  4LT3 A;  1AT5 A;  4ET9 A;  128L A;  1B7L A;  1L41 A;  2D6B A;  4WM1 A;  244L A;  3WPL A;  1C63 A;  5LVK A;  1CV1 A;  1QTZ A;  3CDV A;  2H9J A;  3SB6 A;  1LYS A;  1GBY A;  2C8P A;  2B7X A;  4LDE A;  1L29 A;  1BWI A;  1QSA A;  1FLW A;  4DD7 A;  1KXX A;  3HH5 A;  1YL1 X;  2MEI A;  1LI6 A;  1LSM A;  6LYT A;  3N9C A;  1C6M A;  5K7O A;  1LWG A;  3GUO A;  4YXA C;  1TAY A;  1LJJ A;  1HEN A;  1DXJ A;  1GFG A;  1L19 A;  3P68 A;  3HT7 A;  4GN3 A;  3DN0 A;  4A7D A;  1JKA A;  4NFV A;  1C6A A;  148L E;  1LJK A;  164L A;  154L A;  1OUE A;  1UIC A;  5A3E A;  1CV3 A;  2QB0 B;  3C7W A;  4X3B A;  1LYG A;  4GLV A;  1GE1 A;  3J6K A;  3A90 A;  1G0J A;  3TXK A;  1P3N A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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