4EPI | Genus

Total Genus 108

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	108
sequence length	330
structure length	329
Chain Sequence	SMSDTMVVNGSGGVPAFLFSGSTLSSYRPNFENSITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVCFEMLRCDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNC

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__562641174408587__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__562641174408587__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4EPI/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__562641174408587__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"562641174408587","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4EPI/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__562641174408587__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d03bbe3a0419d54da0d07d4/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d03bbe3a0419d54da0d07d4/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d03bbe3a0419d54da0d07d4/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d03bbe3a0419d54da0d07d4/pdb.gz): 642 ms

reading 329 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

329 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:328});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Toxin, hydrolase
source organism	Yersinia pestis
publication title	Structural engineering of a phage lysin that targets Gram-negative pathogens. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Pesticin, Lysozyme Chimera
total genus	108
structure length	329
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2012-04-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00959	Phage_lysozyme	Phage lysozyme

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.40	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	4epiA02

1C6NA 1KY0A 131LA 240LA 1WTHA 3DMVA 4YXAC 2RB2X 4ZPUA 3SB5A 3LZMA 1C62A 222LA 205LA 1C66A 1L57A 1QTCA 187LA 1L0JA 3C7YA 2HUKA 1OVHA 2LCBA 171LA 1DYAA 169LA 3HU9A 1CV3A 1C61A 1C6JA 120LA 4ARLA 225LA 1L41A 237LA 4LZMA 1SWYA 1C64A 1C6LA 1L79A 1G0LA 4AQNA 1L86A 261LA 2L78A 1QTDA 1L03A 1QUDA 1LYHA 1LPYA 3HUKA 1EPYA 229LA 3L64A 1KNIA 1L84A 1LYEA 1ZYTA 1LYIA 166LA 1C6FA 162LA 1L73A 4K5YA 242LA 3C83A 1L85A 1QTBA 4I7PA 3HWLA 1P56A 1CX7A 167LA 1CV1A 1L83A 1TLAA 1G0PA 1L44A 1L99A 1LYDA 1QTVA 1L82A 1L95A 256LA 258LA 1L31A 4W53A 1L70A 4W52A 3C8SA 3HT8A 224LA 3DN0A 1L28A 1C60A 201LA 2CUUA 220LA 260LA 1L18A 1L72A 149LA 1P64A 1P2RA 3CDQA 6LZMA 107LA 241LA 3V2YA 206LA 4GBRB 212LA 123LA 1L27A 1L71A 2OU0X 160LA 2O4WA 230LA 1DYGA 1L05A 218LA 1G0KA 1OWYA 2RBRA 1KY1A 2NTGA 4ARQB 1L21A 262LA 2RB0X 3C8QA 184LA 155LA 1C67A 236LA 4OO9A 1L93A 1L47A 3HTDA 142LA 1L52A 3SN6R 4ARJA 1L69A 2OU8A 2RAZX 1L88A 3PBLA 165LA 1L29A 4W59A 3G3VA 1DYEA 1L24A 4I7JA 1C68A 1L68A 1G07A 1I6SA 1P37A 3OE0A 4YXCA 238LA 1D3FA 4S0WA 3UONA 2RB1X 1QT5A 3C7ZA 1LI6A 3HUQA 4E97A 2B6XA 1L26A 2OE7X 2IGCA 1L92A 3CDTA 1L25A 3NY9A 2B6ZA 1L11A 2RBQA 1LW9A 1QT6A 178LA 163LA 1C6DA 3HTBA 1CU0A 177LA 243LA 1G1WA 1LYJA 248LA 1SWZA 126LA 1G06A 1C6GA 119LA 145LA 1LLHA 249LA 244LA 1K28A 1P5CA 4W57A 1LI2A 3DN3A 3DN6A 3GUNA 3HU8A 1L20A 108LA 1P3NA 2F47A 2F32A 5LZMA 1L60A 1L50A 228LA 3DNAA 186LA 1G0JA 3DN8A 1L98A 2RAYX 3DN1A 3SB8A 1G0GA 1L45A 1P36A 1PQDA 1LYGA 3QAKA 1QS9A 235LA 1G1VA 1L09A 1P7SA 1QUOA 1L48A 175LA 200LA 3NY8A 3OE8A 191LA 139LA 1DYDA 1L61A 3FADA 1DYCA 148LE 2B75A 4ARMB 172LA 1OVJA 3C80A 158LA 3HT6A 4I7QA 1D3MA 144LA 1CU6A 1L75A 2B6WA 1LGXA 1L67A 4W51A 183LA 4EPIA 118LA 1XJUA 1L90A 1QSBA 1CV6A 2OE9X 1QT7A 2OTYX 3HT9A 3HH3A 173LA 3DMXA 1T8FA 1OVKA 1P6YA 4W58A 1L46A 1L77A 1L22A 1SX7A 1C6MA 3GUJA 3HDFA 1L08A 4EKRA 180LA 4I7MA 159LA 1C6QA 2F2QA 1L94A 102LA 3F8VA 137LA 1CVKA 182LA 3GULA 3SBAA 1C63A 1C6PA 1L37A 1QUGA 2O79A 2HULA 1L01A 109LA 1JTMA 2B72A 1QSQA 1L63A 1CU2A 2NTHA 234LA 2Q9EA 3HDEA 2B73A 3GUPA 3OE6A 3FI5A 130LA 4EPFA 223LA 3V2WA 1L64A 1DYBA 1C6EA 4LDOA 4EKQA 1PQKA 211LA 1L80A 7LZMA 4ARQA 1KS3A 1CTWA 245LA 2RBOA 141LA 1L59A 1ZWNA 3HTGA 3F9LA 1G0MA 3C8RA 1L42A 1LGUA 113LA 197LA 195LA 1L38A 1L51A 110LA 1CUQA 219LA 4I7RA 1ZURA 174LA 1L07A 2Z6BA 1L15A 213LA 157LA 1T8AA 4I7NA 216LA 181LA 4I7TA 1XEPA 3DKEX 114LA 4YX7C 4I7OA 161LA 1L10A 226LA 3EMLA 1L14A 3GUKA 2OEAX 199LA 138LA 1CUPA 1L36A 4W55A 1C6KA 4GRVA 1P46A 4ARPA 1C69A 1L13A 1JQUA 239LA 1L76A 1LI3A 2B74A 128LA 1L81A 1L40A 2Q9DA 2RH1A 3HH5A 1OYUA 3G3XA 2OU9A 143LA 185LA 164LA 1L30A 3PDSA 1L04A 4IAPA 3NYAA 140LA 2B7XA 1PQOA 4EJ4A 215LA 152LA 1LWKA 4EXMA 5I14A 1L00A 1CV5A 168LA 1C65A 1L89A 259LA 3GUIA 3DN4A 190LA 1L16A 4I7SA 3SBBC 1B6IA 198LA 3GUMA 1L49A 1L97A 232LA 1D2WA 1L35A 209LA 1QUHA 1D3NA 2B70A 2RBPA 1OV5A 1PQMA 2ANXA 1L54A 1L12A 1QTHA 127LA 1CU5A 1SSYA 2LZMA 3HH4A 1L19A 4LDLA 231LA 1L32A 1LWGA 1PQJA 1OV7A 151LA 2B6TA 1QTZA 3HT7A 3L2XA 3JR6A 192LA 210LA 1T6HA 3HH6A 176LA 4EKPA 104LA 1L02A 3SB7A 1QT3A 4EKSA 1L53A 1CV4A 1L56A 1L43A 3SB9A 189LA 4PJZA 103LA 1KW7A 253LA 2HUMA 1C6CA 254LA 4ARMA 3VW7A 250LA 2LC9A 3RZEA 147LA 1QS5A 2QARC 1L0KA 1T8GA 247LA 2ANVA 4DKLA 3OE9A 233LA 1P2LA 255LA 156LA 1JTNA 1L96A 1C6IA 252LA 1C6AA 2B6YA 1L17A 4W56A 4LDEA 112LA 217LA 1SX2A 3C81A 1L91A 246LA 196LA 170LA 1L58A 2O7AA 221LA 1NHBA 1G0QA 1QT8A 1CV0A 1OWZA 125LA 1C6BA 2RBSA 3HUAA 1L23A 111LA 129LA 1C6HA 3SB6A 2OE4X 1DYFA 3HTFA 3CDOA 115LA 188LA 227LA 1L55A 2OTZX 1D3JA 4W54A 214LA 1D2YA 3DMZA 1XJTA 4I7KA 4DAJA 3GUOA 1L87A 1L62A 3DN2A 1KW5A 1L74A 1CU3A 150LA 1SSWA 2RBNA 1PQIA 1LYFA 1C6TA 1L66A 3RUNA 1L39A 2QB0B 251LA 257LA 3K2RA 1L34A 3ODUA 2A4TA 1T97A 3C7WA 3FA0A 1LGWA 1D9WA 4PK0A 1L33A 3CDRA 122LA 1L65A 3C82A 3CDVA 3G3WA 4DJHA 146LA 4I7LA 3D4SA 1QT4A 1CX6A 1L06A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

4HV2A 5LAFA 1TDYA 3DMVA 4YXAC 2MEBA 4LYMA 4ZPUA 1UBZA 5L3HA 222LA 3SB5A 205LA 5DN5A 4LZTA 1P2CC 3AGIA 1L0JA 1GF5A 4MSTA 2LCBA 171LA 1LSDA 4H9HA 4ARLA 225LA 3B0KA 3RU5A 1L41A 237LA 1C64A 1CKFA 4AQNA 1IORA 1EPYA 1FLYA 3L64A 1IR7A 1KNIA 1L84A 1Z55A 1NDMC 1L73A 4K5YA 1LZRA 4GN4A 2DQGY 4OOTA 4M6DA 4I7PA 1LMCA 1DPWA 3HBDA 1CX7A 1PZYA 4AXTA 1GFUA 1ZVHL 4G4HA 2LZTA 4TSCA 1GB6A 2DQHY 1L99A 1QTVA 3WUMA 1L82A 1FLUA 1L70A 3A95A 1G7LC 1B5XA 220LA 1OP9B 1L18A 5ILFA 1GE0A 1L72A 3A6CY 4U3XB 3CDQA 4L41A 1JTOL 3WUAA 2F4GA 4QDNA 1L71A 160LA 5LVIA 1JKAA 218LA 3TMUA 3IWRA 3A94A 1UIAA 2YVBA 2I26L 4OO9A 2FYCA 5ILCA 3HTDA 142LA 4ARJA 3SN6R 2OU8A 1RCMA 4DD2A 3G3VA 1HSXA 4FJRA 2XJWA 2BQBA 1NDGC 2F4AA 1B5WA 2EQLA 4I7JA 1HERA 1J1PY 3TXBA 3WH1A 1LMQA 3OE0A 1LJKA 4S0WA 2B6XA 1YANA 2IGCA 3CDTA 3NY9A 4I0CA 1LZGA 2RBQA 1LW9A 2A7DA 1IIZA 163LA 2G4QA 177LA 248LA 2MECA 1YQVY 1A2YC 1B0DA 1YKXX 1LSNA 119LA 249LA 1GF4A 4E3UA 1LI2A 3DN6A 2F47A 1YILA 5KXSA 228LA 1HEPA 2ZYPA 4YEOA 4OOOA 3DN8A 1L98A 5L3IA 1HELA 1P36A 2A7FA 4WL7A 2MEIA 1MLCE 4WG1A 1UACY 1GEVA 2EKSC 3CSRA 1HF4A 4NGKA 1L61A 5B06A 1LSGA 4N0JA 2B75A 1UIHA 4DQ7A 1LGXA 1GDWA 4EPIA 4LGKA 118LA 1YIKA 1D6PA 1QT7A 3HH3A 1LZ4A 1T8FA 4H91A 1SX7A 1LKSA 3GUJA 3HDFA 4DDCA 4EKRA 180LA 5E9RA 4PHIA 5I4XA 137LA 1CVKA 3GULA 1C6PA 4HJYA 4YENA 2HULA 2WARA 1BVXA 1GB8A 2B72A 4Z98A 1QSQA 234LA 2D6BA 4KXIA 1GEZA 1B9OA 3OE6A 223LA 1L64A 3LN2A 4EKQA 5KXNA 132LA 1NQIA 211LA 1B5YA 245LA 1GXXA 1LZ9A 1OUGA 2RBOA 1ZWNA 1G0MA 4KT3A 4XENA 1RE2A 4YOPA 1DI4A 2C8PA 213LA 4I7NA 4LT2A 4HJVA 3DKEX 4YX7C 1LHLA 1T3PA 1FKQA 4I7OA 161LA 226LA 3EMLA 4C5FA 1L14A 199LA 1GF3A 1L36A 2BQDA 2HEEA 4LFXA 1KXYA 1YAPA 1GFJA 2B74A 2Q9DA 1L40A 134LA 3HH5A 4J0LA 3G3XA 4PJ2C 2OU9A 164LA 4GLAA 5KXTA 1L04A 1GB2A 1WQNA 1PQOA 4EJ4A 1WVVA 1A4VA 1GBSA 1BWIA 4PRQA 1LWKA 4NY5A 259LA 3ZEKA 1GE4A 2RBPA 2BPUA 1CU5A 2LZMA 3HH4A 1L32A 151LA 2B6TA 1QTZA 1B5UA 5EBHA 3HT7A 154LA 1JTTL 1FBIX 4PGJB 1JSFA 1L02A 1QIOA 1QSAA 1L53A 1GHLA 1CV4A 1XGTC 3A3QA 2W1MA 4ARMA 1I1ZA 2LC9A 2MEDA 4ZEEA 1GBWA 1QS5A 1LKRA 247LA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4EPIA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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