4ETCA

Lysozyme, room temperature, 24 kgy dose
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-resolution protein structure determination by serial femtosecond crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4etcA00
4LT0A 4DD3A 1YKYX 1EQ5A 1FKVA 1LJGA 4OWHA 4NSIA 2G4NA 1GF7A 5B06A 1B7LA 5B1FA 1GBZA 2F4GA 3WVYA 1REYA 1LHHA 4MCKA 4WLDA 1YAMA 1LSDA 4H94A 193LA 1CKDA 4WM4A 133LA 4ZFPA 5L9JA 4WMGA 4NGLA 4NWHA 4HTNA 1KXYA 3TXEA 2Y8PA 1JTPL 1GB5A 2EKSC 4LT1A 1GE2A 1CNSA 1IP4A 1D0MA 3A3RX 4GCEA 4N9RA 5KY1A 1GFJA 1W08A 1BHZA 1B5WA 1OUIA 1GF0A 4NGJA 2HEEA 1LYYA 4P2EA 2BPUA 1C46A 1DI3A 2HEAA 4WOAA 4G49A 5DLAA 3WW6A 1GF8A 1LJEA 2G4PA 1UC0A 1W6ZA 3A90A 3B6LA 4NG8A 5APFA 4DDBA 1T3PA 1DKJA 5KXWA 3A6CY 1HEWA 1LSBA 1IR7A 4WM2A 1BWJA 1LZCA 1HMKA 1KIPC 1AZFA 4TX7A 5I5QA 5F9UA 2ZQ4A 1LSCA 2XBSA 5KXLA 5KKIA 1JISA 4DYGA 3EO5A 1FBIX 1JKBA 1GXV2 1LZDA 4Z46A 4H92A 1LSNA 1WQRA 2D4IA 4HTKA 4LZTA 2YDGA 1HENA 2Z18A 4NFVA 5EBHA 4J7VA 1REXA 1EL1A 1I1ZA 1GFEA 3AGHA 4WLYA 1ZVHL 1DPXA 2I25L 1GBWA 4OW1A 1B7SA 1LYOA 3P66A 4QGZA 1GE0A 4G4HA 2MECA 1F6SA 3OJPA 4W96A 1GFUA 4M4OA 2Z12A 1B5UA 1B7OA 1GFHA 3WPLA 1CKGA 3E3DA 1GF9A 1UUZC 1IY3A 2EIZC 4I0CA 5LA5A 1IWTA 5M1YA 4QY9A 5LYMA 5LVKA 2Z19A 3W6DA 1SQ2L 1VDQA 3LYOA 3N9EA 3M18B 4O34A 1LZEA 1OUBA 1QTKA 1H6MA 1GF6A 1GPQC 3KAMA 7LYZA 2Z2EA 4H9CA 1XGPC 4GN5C 3WH1A 5ILCA 4PJ2C 1ZMYL 3TMVA 2YBLA 1XGQC 1RCMA 2VB1A 1NF5A 2D6BA 1G7MC 4WL7A 5E9RA 3W6BA 1LZ6A 4C3WA 3EBAB 4ETBA 4J0LA 1CJ9A 1AM7A 1MLCE 4H8XA 1OUHA 3A34A 4DD2A 4B1AA 5APDA 2BQKA 3BKHA 3WUMA 4CJ2A 1DI4A 1LZAA 4LT3A 3ULRA 5F81A 1LSFA 3TXIA 1OUEA 4II8A 5KKJA 2YBNA 4FDYA 1QSWA 1TEWA 2DQIY 2DQCY 4YEOA 4RLNA 2ZNXY 1I20A 1GFRA 3HBDA 4ETDA 4LYCA 3TMWA 3W6AA 4G4CA 1IP5A 1LZGA 1HERA 153LA 3CT1A 1JKDA 5KXMA 154LA 4J1AA 1C43A 1TCYA 3G3BB 1IP6A 3A96A 3A93A 5LYTA 1N4FA 1LZ9A 1B7RA 1JPOA 4WLXA 1GB8A 1UIGA 2DQDY 4QDNA 1EQ4A 3SP3A 3HFMY 1V7SA 3IJUA 1HSXA 2ZILA 1BB5A 1QUSA 3AW7A 1RI8B 2MEFA 3IJVA 2C8OA 4GLAA 5L3IA 1F6RA 1FKQA 3AGIA 3T6UA 1GDWA 4GN3A 1HFZA 4G9SA 3WUAA 1IVMA 4B4EA 1LYSA 4XJHA 1BB3A 1LZ1A 3QE8A 1NQIA 4RDSA 3WULA 2Z2FA 3WU9A 1YAPA 5LVIA 1YQVY 1IIZA 1GB6A 5KXZA 4HV1A 4WG7A 2D4KA 1JSFA 1BB6A 1GDXA 3LHMA 4LT2A 4NHTA 4PHIA 3TXHA 1QSAA 3W3EA 2G4QA 5I54A 4PPOA 1UIDA 5D5FA 1BB4A 4OOOA 3TMUA 4BAPA 4I8SA 1PZYA 1NHEA 1QDTA 4B0DA 1DI5A 3GXRA 4LGKA 1LJKA 2NWDX 2DBTA 4TUNA 1GF3A 4OWCA 1GBSA 2D91A 1LJNA 3HBEX 1OP9B 2RSCA 5F16A 5B07A 3RU5A 4ET9A 1GB9A 3AZ5A 1MELL 1VDSA 3ZVQA 3RZ4A 2HTXA 3A6BY 2XJWA 5ILFA 3WPKA 1JJ0A 2BQHA 2HEBA 2ZYCA 9LYZA 5HMVA 4KT3A 5HMJA 1HEQA 4DC4A 4EOFA 5I4XA 3G3AB 5JENB 2W1YA 2BQGA 2HEDA 4GCBA 2DQGY 4N1EI 2H5ZA 4TTDA 2CWIA 1UIHA 4R0FA 5F9XA 1VATA 4NGKA 1B7QA 3CT0A 1BWIA 207LA 3ATOA 3D3DA 4XJIA 1B5VA 1HELA 3P4ZA 5J7CA 1HEMA 2X0AA 4B4JA 4CFOA 1GEZA 1NBYC 2DQFC 2I6ZA 1B7PA 3J4GA 4NHPA 3WPJA 3AJNA 1CJ6A 2YBMA 3OK0A 3W6FA 3RW8A 132LA 1YILA 4DDCA 1JHLA 2I26L 1J1OY 1NDMC 4WM1A 2DQHY 1JTOL 4NIJA 4YM8A 2MEHA 1LJFA 5LVHA 1UIEA 2IFFY 1LSGA 4NGVA 2HUBA 1LCNA 2CGIA 2LZTA 4B4IA 5IDDA 1JIYA 4OWEA 4H8ZA 4NHSA 1JJ3A 2BQLA 2YBIA 3J6KA 2LYMA 1JKCA 4GN4A 1GFKA 2YSSC 4H9FA 2BQDA 2MEEA 3ATNA 1IWVA 1GF4A 1LJIA 2F4AA 2LHMA 3B0IA 1HHLA 4M6DA 4XJDA 1F10A 1BB7A 1D6PA 1HFYA 2A7FA 4CFPA 2DQEY 4NHIA 208LA 3B0KA 1BVXA 1LZSA 1I56A 1LZ5A 1QUTA 5A3ZA 1OUGA 1D6QA 4H90A 1IORA 1BVKC 1WQPA 4FJRA 5LXWA 1XEJA 4NWEA 5AMYA 1F0WA 2BQCA 4OWAA 5IHGA 2ZWBA 2AUBA 3FE0A 5IELA 4N5RA 5KXNA 3EXDA 1JUGA 1XEKA 1XEIA 4RW2A 3QY4A 4NY5A 3CT5A 4ZEEA 1LZTA 1LKRA 3TXFA 1DXJA 2C8PA 3FI7A 4LYBA 4NEBA 2BLXA 3LYTA 5KXOA 1IWUA 2F30A 2HU1A 4TSBA 4DD7A 1FLWA 1WQOA 5K7OA 1LMAA 1WVVA 4ETAA 3W6CA 4HTQA 4C5FA 1GB3A 1LAAA 4ETCA 1H87A 5HLLA 3AGGG 5DM9A 1LMCA 3RT5X 1IOCA 1IC4Y 4RLMA 1A2YC 1DKKA 3B72A 4IATA 4HJVA 1ZV5L 4KL7A 5APEA 1QIOA 3A8ZA 4GCFA 5FEKA 4D9ZA 2XTHA 3AB6A 5C6LA 1YKZX 1IP1A 1LKSA 4J1BA 1CKCA 1B0DA 1QQYA 2Q0MX 5FELA 1VDPA 3CSZA 2ZNWY 1BWHA 4X3BA 134LA 1YL1X 3HBHA 4YOPA 1LJ4A 1OUFA 2MEBA 1IWWA 2W1XA 5FDJA 3WVXA 5B05A 3N9CA 3VWOA 3IWRA 1REZA 4BADA 1VEDA 1C7PA 4QEQA 1T6VL 1UCOA 2BQFA 4H1PA 4NHQA 2BQAA 1LMTA 1WVUA 4PRQA 1B2KA 1GFAA 1KIRC 1LMPA 1NBZC 3GXKA 1E8LA 1OUCA 1JEFA 1LTMA 4UWNA 1HSWA 4NGOA 1XSFA 1LHIA 1OUAA 2BQBA 4GLVA 1AKIA 4KXIA 1IY4A 1GE1A 1IR9A 5KXPA 1B7MA 1HEOA 1RJCB 3AZ7A 1GFGA 1C10A 2Z39A 3TXGA 4ETEA 1LZNA 2DQJY 1YANA 2BQOA 5LAGA 2XBRA 4H93A 1YROA 1IC5Y 4H9BA 2BQJA 1IP2A 1GFTA 1LZ4A 4HJYA 4IASA 4LFXA 4WLTA 5E4PA 3WUNA 2IHLA 1LPIA 4HP0A 2YVBA 4GCCA 1NWGA 2CDSA 2EPEA 2EQLA 1FDLY 4G4BA 1LHLA 1WQQA 4HJZA 4U3XB 1LJHA 1VFBC 1JJ1A 5HNCA 1IWXA 2FYCA 1B9OA 2MEGA 1IX0A 1IOTA 1GXXA 1HFXA 4XENA 3AW6A 5L3HA 3A91A 1G7JC 1CKFA 4UWVA 4DD0A 1C45A 2BQEA 1RFPA 1WTMA 1YKXX 4CHXA 4DT3A 4Z3MA 4ZIXA 3A67Y 3LZTA 3EMSA 4H8YA 4LYOA 1LMOA 1D0LA 2MEDA 1HF4A 1JITA 1OUJA 4NSHA 2MEIA 1LSYA 5KXYA 3WXUA 2HEFA 3A95A 3WMKA 1B5XA 2YBJA 3P68A 4DWXA 1FLQA 3LN2A 4KPMA 4PGJB 5APCA 5D5CA 1LYZA 4ET8A 4N1CC 1GB2A 1EQEA 1GHLA 1J1XY 1NKHA 1UACY 1VAUA 3CB7A 2B5ZA 2FYDA 2ZIJA 3D9AC 1GB0A 5LINA 1XGUC 1WQMA 1WTNA 1IP3A 1D0KA 1GEVA 2PC2A 2GV0A 5KXKA 4NGIA 1XGRC 1XGTC 4UWUA 6LYTA 1GE3A 4HSFA 4WO6A 4NGZA 1UIAA 4XN6A 5KXXA 1DZBX 1NMMA 1OQMA 8LYZA 5I4YA 3MGWA 1B7NA 2FBBA 2ZQ3A 4H9IA 3W6EA 1G7HC 4DD1A 1P2CC 2H9KA 2DKVA 2D4JA 3CSQA 4IJ4A 4OWBA 3K3TA 3LZ2A 5LVJA 1AT6A 1O23A 3B0OA 1GE4A 1ZVYB 4WG1A 2H9JA 1D9UA 1RE2A 5I53A 1LSMA 5KXSA 2Z37A 1CKHA 4HPEA 4HPIA 135LA 4NSJA 1UICA 1LOZA 4MSTA 2HECA 3CQLA 1B5ZA 3QNGA 1HMLA 5HQ1A 4XJFA 5LA8A 2BQNA 1LJ3A 2FBDA 1IO5A 1V7TA 4Z41A 4WO9A 1FLUA 1SLYA 5B1GA 5LAFA 1INUA 2Z38A 4AXTA 5LVGA 1JWRA 1QTEA 3TMXA 1HNLA 5DN5A 1IP7A 2LYZA 4A7DA 4WM5A 4XJGA 1REMA 4WM6A 1GAYA 3AYQA 2F2NA 1YIKA 1G7IC 4NGYA 4NG1A 1AT5A 2LZ2A 1J1PY 1LSPA 4TWSA 4H91A 4XYYA 3TXBA 1UBZA 1GF5A 4XADA 2ZYPA 4GCDA 4LYMA 5LIOA 5KXTA 3AZ6A 1GBYA 1YAOA 1NDGC 4L41A 1LJJA 4LFPA 4N8ZA 1LZRA 2W1MA 1JTTL 1TBYA 5KJ9A 1GBOA 4H9HA 1QDRA 5II3A 4E3UA 1LMNA 2BAAA 5HNLA 4NGWA 1ALCA 4ANRA 3N9AA 4BS7A 1FN5A 4LYZA 1TAYA 1VDTA 3LYMA 1IWZA 1GD6A 5FCPA 1BQLY 1JKAA 1DQJC 5LYZA 5DN4A 5FHWA 1JSEA 3RNXA 3A3QA 1C08C 1IOQA 4HV2A 2N5ZA 4N0JA 1BGIA 4WL6A 5T3FA 4OOTA 6LYZA 1CJ8A 1WQNA 1IWYA 1LZBA 3M3UA 2W1LA 5C6JA 2BLYA 5A3EA 1GFVA 1GBXA 1UA6Y 1LSEA 4WM3A 4R6CA 4MR1A 2BQIA 4PRUA 1LSAA 3A94A 1G7LC 4H9AA 1GB7A 1UIFA 5F14A 3WW5A 4BAFA 5B59A 3BKVA 1HC0A 5DL9A 4EMNA 3P65A 2WARA 1IOSA 2ZIKA 3WU8A 1IR8A 1LZYA 2LYOA 3LYZA 1GAZA 2DQAA 3AZ4A 5C6IA 4DD9A 1LHJA 1UIBA 4W94A 3TXJA 4DDAA 4XJBA 2BQMA 3ZEKA 3CSRA 1LZ8A 1TDYA 194LA 4CGEA 1KXXA 1KXWA 1YL0X 3WL2A 3WYHA 2HU3A 4AGAA 5FSTA 4YEMA 5I4WA 1YAQA 3P64A 3ZVQB 1DPWA 4LYTA 3TXKA 1KIQC 1OUDA 3T36A 1LMQA 1FLYA 2A7DA 4YENA 1A4VA 1HEPA 3WXTA 1GWDA 1LHMA 4RW1A 5KXRA 1PS5A 4Z98A 4TSCA 1CJ7A 1IEEA 4H9EA 4YF2A 2YBHA 3F6ZA 1B5YA 1IC7Y 1Z55A 2MEAA 4B49A 4ML7A 3WU7A 2CJLA 1LHKA 4NSGA 3TXDA 3A92A 1XFPL 1LSZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L73A 1L68A 1OVJA 2G4NA 1CX6A 1C69A 3WVYA 1REYA 1YAMA 1LSDA 1B6IA 4I7LA 5L9JA 227LA 191LA 3TXEA 2Y8PA 1JTPL 1GB5A 2EKSC 4LDOA 4GCEA 1D0MA 5KY1A 1ZYTA 2CUUA 232LA 1C46A 4WOAA 1GF8A 1LJEA 3A90A 3OE9A 1G0GA 5APFA 5KXWA 1LSBA 6LZMA 1HMKA 166LA 4DJHA 183LA 2RBQA 4DYGA 1FBIX 1JKBA 4EKPA 1LSNA 2Z18A 1C6FA 1GFEA 2OU9A 1CV5A 103LA 215LA 4G4HA 4ARMB 2MECA 1F6SA 4W96A 1B5UA 1CKGA 3E3DA 1UUZC 163LA 1L37A 3HDEA 2Z19A 1L33A 1LGXA 7LYZA 3WH1A 192LA 236LA 3W6BA 1G7MC 1LZ6A 2OTZX 1CJ9A 1L08A 1L85A 1MLCE 3CDOA 4DD2A 4B1AA 5APDA 1C65A 3C82A 4CJ2A 4LT3A 2YBNA 1TEWA 1I20A 3TMWA 4G4CA 1LZGA 2LC9A 5KXMA 154LA 3G3BB 3DN6A 3A93A 5LYTA 1LZ9A 1JPOA 4WLXA 246LA 234LA 3SP3A 1EQ4A 1L39A 3IJUA 3IJVA 2MEFA 1QUOA 2C8OA 5L3IA 3AGIA 1GDWA 242LA 3G3XA 4B4EA 1BB3A 1LZ1A 3GULA 4RDSA 4I7JA 1L42A 5LVIA 1IIZA 4HV1A 2D4KA 4LT2A 4PHIA 1SWYA 1QSAA 4PPOA 1L09A 4I7SA 1QDTA 1GF3A 1C6LA 1QSBA 1LJNA 3RU5A 3AZ5A 1MELL 3RZ4A 2HTXA 1JJ0A 9LYZA 1G0JA 1L41A 1L31A 4EOFA 3GUOA 3EMLA 4N1EI 4R0FA 1VATA 1B7QA 1B5VA 2X0AA 4CFOA 1GEZA 2DQFC 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4LT0 A;  4DD3 A;  1YKY X;  1EQ5 A;  1FKV A;  1LJG A;  4OWH A;  4NSI A;  2G4N A;  1GF7 A;  5B06 A;  1B7L A;  5B1F A;  1GBZ A;  2F4G A;  3WVY A;  1REY A;  1LHH A;  4MCK A;  4WLD A;  1YAM A;  1LSD A;  4H94 A;  193L A;  1CKD A;  4WM4 A;  133L A;  4ZFP A;  5L9J A;  4WMG A;  4NGL A;  4NWH A;  4HTN A;  1KXY A;  3TXE A;  2Y8P A;  1JTP L;  1GB5 A;  2EKS C;  4LT1 A;  1GE2 A;  1CNS A;  1IP4 A;  1D0M A;  3A3R X;  4GCE A;  4N9R A;  5KY1 A;  1GFJ A;  1W08 A;  1BHZ A;  1B5W A;  1OUI A;  1GF0 A;  4NGJ A;  2HEE A;  1LYY A;  4P2E A;  2BPU A;  1C46 A;  1DI3 A;  2HEA A;  4WOA A;  4G49 A;  5DLA A;  3WW6 A;  1GF8 A;  1LJE A;  2G4P A;  1UC0 A;  1W6Z A;  3A90 A;  3B6L A;  4NG8 A;  5APF A;  4DDB A;  1T3P A;  1DKJ A;  5KXW A;  3A6C Y;  1HEW A;  1LSB A;  1IR7 A;  4WM2 A;  1BWJ A;  1LZC A;  1HMK A;  1KIP C;  1AZF A;  4TX7 A;  5I5Q A;  5F9U A;  2ZQ4 A;  1LSC A;  2XBS A;  5KXL A;  5KKI A;  1JIS A;  4DYG A;  3EO5 A;  1FBI X;  1JKB A;  1GXV 2;  1LZD A;  4Z46 A;  4H92 A;  1LSN A;  1WQR A;  2D4I A;  4HTK A;  4LZT A;  2YDG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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