4ETDA

Lysozyme, room-temperature, rotating anode, 0.0026 mgy
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-resolution protein structure determination by serial femtosecond crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4etdA00
2ZYCA 1GF6A 1HELA 1JTOL 4DD1A 193LA 1ZVYB 2YBJA 4KL7A 1LHMA 3WXTA 1GB7A 3QY4A 1YL1X 1QQYA 5EBHA 3A3RX 3W6AA 1LYZA 1CKGA 2BQJA 1IOTA 1C7PA 4WL6A 5E4PA 3AZ7A 1GD6A 4ETEA 4KPMA 1JEFA 4DYGA 1IWYA 1IX0A 1DQJC 1NF5A 5DLAA 1YAOA 1KXYA 2DQJY 5LYTA 3CT5A 1XGQC 1D0MA 1LMQA 1LCNA 2BQAA 5HNLA 5LA8A 4DD2A 4ZEEA 3WU9A 4WO6A 5L3HA 1AT5A 3WVYA 135LA 207LA 4H1PA 3ATNA 4QGZA 1WQNA 3TXIA 5IHGA 3EBAB 1LZEA 1BB4A 2WARA 5ILFA 4DD3A 4NWHA 1J1XY 208LA 3EXDA 1GF5A 1RFPA 2XTHA 1EQ4A 2BQMA 2GV0A 1JSEA 3RZ4A 1JHLA 4KXIA 2FYDA 4R6CA 6LYZA 2FBBA 3LYTA 4W94A 5HMVA 2BAAA 2Z2EA 3G3AB 1DPWA 3FE0A 3AGGG 1G7LC 1FLQA 3K3TA 2ZILA 5LVKA 5LYZA 2A7FA 7LYZA 1MELL 4TUNA 1HSWA 4NSHA 5B05A 4CGEA 5KY1A 1QIOA 1OUBA 4W96A 1QUTA 4WOAA 1GFEA 1LZTA 3ATOA 4H93A 4GCBA 4UWUA 4B4IA 5KXOA 5KXLA 2Q0MX 1D0LA 1VEDA 3D3DA 1FN5A 1GFTA 4NWEA 4NSJA 2HECA 4Z46A 5L9JA 2DQAA 1LSBA 4WM3A 1LYOA 1HERA 1EL1A 4LT2A 3WXUA 5DL9A 1LMAA 5F14A 1VAUA 1HENA 4U3XB 3F6ZA 3WW6A 1GB0A 1VATA 2YBMA 4XJBA 4ETAA 1JKBA 5KXPA 2BQFA 3W3EA 2EPEA 4LYMA 1BVKC 4E3UA 1IWWA 1LSPA 1B5ZA 4J0LA 3BKHA 4G4HA 1LHLA 1LZRA 3A6BY 4NHQA 3G3BB 1AKIA 2CWIA 1HEPA 1D9UA 1IOSA 1XFPL 1IR7A 1IY3A 4H9HA 3A6CY 1ZVHL 3WL2A 1GB3A 1IP2A 4XJDA 1LJJA 2ZQ3A 1AM7A 1LJIA 1LJ3A 1BQLY 2D4KA 3AB6A 4WLTA 4XJHA 5B1FA 1YILA 5KXYA 3RT5X 1RI8B 2F2NA 4B4JA 4ET9A 3RW8A 8LYZA 3WU8A 1DKKA 1GB2A 1JISA 4CFOA 1BWIA 1SLYA 5AMYA 3P4ZA 1C46A 4NGVA 2YDGA 2Z37A 3N9EA 4H9AA 4XJFA 1XSFA 4WM2A 1KIQC 1DKJA 4YOPA 4I0CA 2H5ZA 4NIJA 3HFMY 2HEAA 3M18B 1GXV2 1IIZA 1LJEA 1YL0X 2BPUA 2D4IA 1RCMA 4XENA 1LSNA 1HMKA 1LZ6A 1B5UA 1JSFA 2C8PA 2MEGA 1VDSA 4FDYA 1GE2A 1GE0A 2W1XA 4IASA 4L41A 4X3BA 1LZNA 1UIAA 5KXSA 4BS7A 3QE8A 2F4AA 1LHKA 2CDSA 2B5ZA 4NGZA 133LA 4QDNA 3QNGA 2HEDA 1LZSA 2D91A 4DC4A 2HTXA 4DDBA 4N9RA 2Z39A 1MLCE 1OQMA 1TCYA 4WM4A 4PGJB 1LSZA 1A4VA 3TXKA 1IP5A 5HQ1A 1YQVY 1IR9A 4BAPA 1B5XA 4FJRA 3A91A 1IP1A 1CKFA 4GCFA 1VDTA 4LZTA 4DT3A 5LYMA 1GPQC 1UIHA 4XADA 4Z3MA 1XGTC 5A3EA 4CHXA 1GBOA 1LSAA 1WQPA 1HF4A 4EOFA 4WLYA 1NBYC 3SP3A 1GF4A 2I25L 4PJ2C 1IWVA 1IO5A 3WPLA 1HNLA 3TMUA 3LZ2A 4LYCA 5LAFA 3B72A 1QDRA 2N5ZA 4OOOA 4PPOA 3B0IA 4UWVA 4HV1A 1VFBC 1YKZX 1IWTA 3T36A 3ZEKA 1E8LA 1GFVA 1GFGA 3LHMA 1GBZA 2LZTA 4XYYA 4OWAA 5KKIA 2BQIA 4N1EI 2BQOA 1AZFA 1GHLA 4XJGA 4H91A 2CJLA 1RJCB 1UC0A 2ZIKA 3AZ5A 5FSTA 3TXJA 134LA 3WMKA 1IORA 1B7MA 1KIPC 4R0FA 1UICA 2BQHA 1UUZC 3VWOA 1HEQA 1IP7A 1LJ4A 2BLXA 5LVIA 4IJ4A 1PZYA 4J7VA 1LJNA 194LA 2G4PA 4NGYA 1NKHA 3WUAA 2YBNA 3A93A 3B6LA 4TTDA 4H8YA 4TX7A 1B7PA 1O23A 4YEMA 4Z41A 4LYOA 5APEA 1OUJA 5F9XA 1CKDA 1LZYA 1D0KA 3EO5A 2MEFA 1GF9A 4G9SA 1B9OA 4GCCA 5KXRA 3LYMA 3LYZA 5FELA 2EIZC 1HEMA 3CSQA 4NGWA 4RDSA 1XEJA 5LVHA 5I54A 1IWZA 1NBZC 1QDTA 1GEVA 2Z18A 1TAYA 3A90A 1GDXA 1FLUA 5LAGA 4J1AA 5LXWA 1F6SA 2MEBA 4TSCA 1LZCA 2CGIA 1D6QA 4WMGA 5KXKA 4DDCA 1IC4Y 1GB9A 1A2YC 5KXZA 1INUA 2FYCA 1IWUA 1BB6A 1FBIX 4MR1A 3TXGA 4C3WA 9LYZA 4QY9A 4ZIXA 1LZ9A 1UA6Y 1CNSA 5J7CA 1NQIA 3FI7A 2G4QA 3HBDA 5I4WA 5B06A 1GFAA 1LZDA 1B5YA 2X0AA 5FEKA 5ILCA 1OUCA 1J1PY 4H9FA 2DQHY 4LGKA 1LJHA 1HEOA 4HTQA 1B7NA 1LSCA 3AGIA 4ETBA 1DI3A 1CKHA 1ZV5L 2NWDX 1REMA 1JTTL 4LYBA 1YROA 2IFFY 3A92A 2ZNXY 2XBSA 4MSTA 3WPJA 1WTMA 3GXKA 1OUHA 1LTMA 1HFZA 1B0DA 4NEBA 4ANRA 2PC2A 3HBHA 1LZ8A 2EKSC 4ETCA 4PRUA 1GB8A 1IOCA 4OWHA 2BQBA 2Z38A 1IC7Y 1IR8A 2DQIY 5F16A 1Z55A 4LT3A 1GFHA 5DM9A 1JWRA 3TXDA 3A95A 5T3FA 5KXWA 5F9UA 2BQCA 3E3DA 1REZA 1LYYA 1H6MA 1REXA 2BQKA 2YSSC 4H8XA 5C6LA 4GN4A 4CJ2A 4M6DA 1DXJA 1B5WA 1LSFA 5LIOA 3IJVA 1BB7A 4G4BA 3B0OA 1HSXA 1GDWA 1HEWA 1WVUA 3A96A 3TXBA 1G7HC 2LZ2A 1B5VA 2LHMA 4NY5A 2ZNWY 3IJUA 4GLVA 4OW1A 5C6JA 2MEAA 2AUBA 1JJ0A 4H92A 1BHZA 3CB7A 4H8ZA 2XJWA 3P68A 4HTKA 1IOQA 3WYHA 1CKCA 1AT6A 4H9BA 1G7MC 4GN5C 3J6KA 1LMCA 2BQLA 4NGKA 4ML7A 5IDDA 4YF2A 5KJ9A 4LFXA 4OWEA 1YAMA 3AZ6A 2ZYPA 4GCEA 3WULA 4DWXA 4DDAA 1I1ZA 1G7IC 2W1LA 2BLYA 3AZ4A 1LMTA 5FCPA 4NHPA 1ZMYL 5KXTA 1F0WA 1H87A 1IEEA 4PHIA 2D4JA 3W6DA 4LYTA 4WLXA 3CT1A 4N0JA 3RNXA 1IC5Y 4HTNA 2BQGA 4KT3A 3TMVA 4C5FA 1LSEA 5IELA 4NG1A 4QEQA 154LA 4WG1A 1GFJA 2MEHA 1CJ7A 1LZ1A 4WO9A 1YKYX 3TMXA 4ETDA 1KIRC 1LSYA 3P66A 1GBYA 1LZGA 4WM5A 1T3PA 4HJYA 1XGUC 5HNCA 1OUIA 1UACY 1J1OY 4I8SA 5JENB 1B7QA 1WQMA 1QSAA 3A8ZA 1SQ2L 1LSGA 5I4XA 1LZAA 3T6UA 1GWDA 4OWBA 1BWJA 1YAPA 4UWNA 5A3ZA 4DD9A 5KXXA 1LSDA 1C43A 1T6VL 1TEWA 3LN2A 2W1YA 3MGWA 1UCOA 2DKVA 4GCDA 4NHTA 5LVGA 1LJFA 1YIKA 153LA 3P65A 4N5RA 1JJ3A 2C8OA 3CSZA 5M1YA 4NGOA 1N4FA 1XEKA 4WLDA 4NGIA 1HC0A 5DN4A 3W6EA 1LZ5A 5L3IA 1DI5A 1XGPC 3CQLA 4H9CA 1NWGA 3TXEA 1FLWA 3CT0A 4YEOA 5KXNA 3W6CA 1GE1A 1IP3A 2HUBA 1GXXA 1HFXA 5I53A 1UIEA 1GFKA 3AW6A 5DN5A 1UIFA 3GXRA 2HEEA 1LMOA 3OK0A 1FDLY 2D6BA 1LJKA 1NDMC 2DQCY 4RLMA 1GEZA 3LYOA 1LYSA 5LINA 1QUSA 4NGLA 4CFPA 1XGRC 5D5CA 5F81A 5HLLA 1W08A 1FKVA 1OUEA 1GB5A 4HJVA 2MECA 4G49A 4LT1A 1JKAA 1UBZA 4YM8A 5B07A 1HMLA 2DBTA 3N9AA 1GAZA 4RW2A 3WH1A 1B7SA 1IP4A 3WUMA 4B49A 3A34A 1JJ1A 1VDPA 2MEDA 1WTNA 2DQEY 1GFRA 2MEIA 1C45A 1DPXA 4XJIA 1F10A 1LKRA 4NG8A 2F4GA 1V7TA 2LYOA 3J4GA 1C10A 1BB5A 2BQDA 4WL7A 3TXHA 2A7DA 1WQRA 1YKXX 2HEFA 4DD0A 4OWCA 4WG7A 1OUDA 1LKSA 4O34A 3A67Y 1DZBX 1FLYA 1LHJA 3KAMA 3W6BA 5FHWA 4TWSA 4WM6A 5C6IA 3WVXA 2YBHA 2MEEA 4B0DA 3A94A 3IWRA 1GBXA 1CJ8A 1NHEA 1P2CC 2H9JA 1B7RA 1GE3A 2ZIJA 4H9EA 5II3A 4NSIA 3W6FA 4HSFA 1JKDA 1RE2A 2Z2FA 3M3UA 3AJNA 1REYA 4AXTA 4WM1A 1GBWA 4B4EA 1IVMA 1IWXA 4ZFPA 4G4CA 1UIGA 4P2EA 1GAYA 1JIYA 1NDGC 2DQGY 2ZQ4A 5APDA 3WPKA 1OP9B 1VDQA 3TXFA 4N1CC 4BADA 3WUNA 2ZWBA 1OUAA 1QTKA 1LSMA 1IY4A 1LPIA 1TDYA 4N8ZA 1I56A 3A3QA 1D6PA 4EMNA 2Z19A 1HFYA 4LT0A 4A7DA 3OJPA 3TMWA 5APFA 2Z12A 5LVJA 1GF8A 5LA5A 2LYMA 1PS5A 1NMMA 4B1AA 1JUGA 4NFVA 1B7OA 2W1MA 5FDJA 4D9ZA 1JITA 2XBRA 4IATA 1WVVA 2G4NA 4PRQA 5APCA 1OUFA 6LYTA 1QSWA 1GF7A 3AYQA 2FBDA 2Y8PA 1LZ4A 2YBIA 1BGIA 1QTEA 2HU1A 2BQEA 4DD7A 5KXMA 1BVXA 1LJGA 2DQFC 5B1GA 1UIBA 2EQLA 4AGAA 1G7JC 5B59A 5HMJA 5K7OA 1B2KA 1UIDA 3ULRA 4XN6A 4HJZA 3ZVQA 4M4OA 1CJ9A 3AW7A 4LFPA 2LYZA 5I5QA 3N9CA 5E9RA 4GLAA 1JKCA 1KXXA 1JTPL 1DI4A 1LMPA 1YAQA 4J1BA 4MCKA 5D5FA 4ET8A 3BKVA 1GE4A 3ZVQB 4OOTA 5I4YA 4Z98A 1V7SA 2IHLA 1B7LA 1OUGA 2BQNA 4RLNA 1KXWA 1JPOA 1LHHA 2DQDY 1FKQA 1BWHA 1HHLA 2H9KA 2HEBA 3RU5A 1EQEA 4NSGA 4H94A 3B0KA 132LA 1LZBA 1LHIA 2I6ZA 3HBEX 1LOZA 3CSRA 2VB1A 3EMSA 1BB3A 4NGJA 1W6ZA 4NHSA 1WQQA 1EQ5A 1CJ6A 1GBSA 2I26L 2YVBA 4NHIA 3P64A 1WQOA 1GF3A 4H9IA 4TSBA 1IP6A 1TBYA 4GN3A 1C08C 1YANA 2HU3A 4LYZA 4RW1A 1ALCA 4H90A 3WU7A 5KKJA 3AGHA 4HPEA 4II8A 1GF0A 4HPIA 1F6RA 1GFUA 3D9AC 4HV2A 4BAFA 1LAAA 1LMNA 3LZTA 3WW5A 2RSCA 2YBLA 2F30A 4HP0A 1GB6A 4YENA 1XEIA 1I20A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HELA 1L15A 4DD1A 4KL7A 156LA 1QQYA 1CVKA 3OE9A 1LYGA 4ETEA 4DQ7A 2HUKA 1NF5A 5DLAA 2DQJY 1PQMA 3C7WA 5LYTA 1D0MA 5LA8A 1LGUA 135LA 200LA 1GF5A 4LDLA 2BQMA 1L64A 198LA 4KXIA 1L0KA 6LYZA 2FBBA 5HMVA 2LC9A 210LA 2BAAA 2Z2EA 3G3AB 1FLQA 1HSWA 2OE7X 4WOAA 1GFEA 1LZTA 3ATOA 5KXLA 5KXOA 4YX7C 237LA 1D0LA 1FN5A 5L9JA 1LSBA 1VAUA 3L2XA 1HENA 4DKLA 1BVKC 1KS3A 1IWWA 1LSPA 4J0LA 1LHLA 1D3NA 1C6LA 150LA 1IOSA 238LA 3A6CY 3WL2A 1GB3A 1L23A 5B1FA 4DQ5A 4ET9A 8LYZA 120LA 2OEAX 186LA 1JISA 1QTVA 1SLYA 5AMYA 3P4ZA 2YDGA 2Z37A 1CU5A 1XSFA 4WM2A 4YOPA 4I0CA 4NIJA 3C7ZA 3HFMY 3OE0A 3M18B 1GXV2 2D4IA 176LA 4XENA 2C8PA 139LA 4FDYA 4BS7A 1LZNA 1UIAA 3QE8A 1LHKA 4LZMA 2B5ZA 4NGZA 4QDNA 3QNGA 4N9RA 1TCYA 4WM4A 1L27A 1IP5A 1SSWA 3DN2A 3NYAA 1LSAA 1HF4A 1WTHA 3G3XA 4PJ2C 1KNIA 1PQIA 2B73A 2N5ZA 1L25A 1KW5A 1G0QA 4UWVA 2BQIA 2BQOA 152LA 1AZFA 1PQKA 2CJLA 1L82A 119LA 1C6PA 1L85A 3WMKA 4R0FA 4AQNA 194LA 1QSBA 2G4PA 1PQDA 3B6LA 1C61A 1OUJA 1D0KA 4GCCA 147LA 5KXRA 3LYMA 3F8VA 1HEMA 1C6AA 1C6MA 4RDSA 1C6TA 1C64A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZYC A;  1GF6 A;  1HEL A;  1JTO L;  4DD1 A;  193L A;  1ZVY B;  2YBJ A;  4KL7 A;  1LHM A;  3WXT A;  1GB7 A;  3QY4 A;  1YL1 X;  1QQY A;  5EBH A;  3A3R X;  3W6A A;  1LYZ A;  1CKG A;  2BQJ A;  1IOT A;  1C7P A;  4WL6 A;  5E4P A;  3AZ7 A;  1GD6 A;  4ETE A;  4KPM A;  1JEF A;  4DYG A;  1IWY A;  1IX0 A;  1DQJ C;  1NF5 A;  5DLA A;  1YAO A;  1KXY A;  2DQJ Y;  5LYT A;  3CT5 A;  1XGQ C;  1D0M A;  1LMQ A;  1LCN A;  2BQA A;  5HNL A;  5LA8 A;  4DD2 A;  4ZEE A;  3WU9 A;  4WO6 A;  5L3H A;  1AT5 A;  3WVY A;  135L A;  207L A;  4H1P A;  3ATN A;  4QGZ A;  1WQN A;  3TXI A;  5IHG A;  3EBA B;  1LZE A;  1BB4 A;  2WAR A;  5ILF A;  4DD3 A;  4NWH A;  1J1X Y;  208L A;  3EXD A;  1GF5 A;  1RFP A;  2XTH A;  1EQ4 A;  2BQM A;  2GV0 A;  1JSE A;  3RZ4 A;  1JHL A;  4KXI A;  2FYD A;  4R6C A;  6LYZ A;  2FBB A;  3LYT A;  4W94 A;  5HMV A;  2BAA A;  2Z2E A;  3G3A B;  1DPW A;  3FE0 A;  3AGG G;  1G7L C;  1FLQ A;  3K3T A;  2ZIL A;  5LVK A;  5LYZ A;  2A7F A;  7LYZ A;  1MEL L;  4TUN A;  1HSW A;  4NSH A;  5B05 A;  4CGE A;  5KY1 A;  1QIO A; 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 2MEI A;  1C45 A;  1DPX A;  4XJI A;  1F10 A;  1LKR A;  4NG8 A;  2F4G A;  1V7T A;  2LYO A;  3J4G A;  1C10 A;  1BB5 A;  2BQD A;  4WL7 A;  3TXH A;  2A7D A;  1WQR A;  1YKX X;  2HEF A;  4DD0 A;  4OWC A;  4WG7 A;  1OUD A;  1LKS A;  4O34 A;  3A67 Y;  1DZB X;  1FLY A;  1LHJ A;  3KAM A;  3W6B A;  5FHW A;  4TWS A;  4WM6 A;  5C6I A;  3WVX A;  2YBH A;  2MEE A;  4B0D A;  3A94 A;  3IWR A;  1GBX A;  1CJ8 A;  1NHE A;  1P2C C;  2H9J A;  1B7R A;  1GE3 A;  2ZIJ A;  4H9E A;  5II3 A;  4NSI A;  3W6F A;  4HSF A;  1JKD A;  1RE2 A;  2Z2F A;  3M3U A;  3AJN A;  1REY A;  4AXT A;  4WM1 A;  1GBW A;  4B4E A;  1IVM A;  1IWX A;  4ZFP A;  4G4C A;  1UIG A;  4P2E A;  1GAY A;  1JIY A;  1NDG C;  2DQG Y;  2ZQ4 A;  5APD A;  3WPK A;  1OP9 B;  1VDQ A;  3TXF A;  4N1C C;  4BAD A;  3WUN A;  2ZWB A;  1OUA A;  1QTK A;  1LSM A;  1IY4 A;  1LPI A;  1TDY A;  4N8Z A;  1I56 A;  3A3Q A;  1D6P A;  4EMN A;  2Z19 A;  1HFY A;  4LT0 A;  4A7D A;  3OJP A;  3TMW A;  5APF A;  2Z12 A;  5LVJ A;  1GF8 A;  5LA5 A;  2LYM A;  1PS5 A;  1NMM A;  4B1A A;  1JUG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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