4EXMA

The crystal structure of an engineered phage lysin containing the binding domain of pesticin and the killing domain of t4-lysozyme
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
315
structure length
291
Chain Sequence
PAFLFSGSTLSSYRPNFEANSITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVIFEMLRIDERLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSIWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Toxin, hydrolase
source organism Yersinia pestis
publication title Structural engineering of a phage lysin that targets Gram-negative pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pesticin, Lysozyme Chimera
total genus 83
structure length 291
sequence length 315
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4exmA02
108LA 170LA 1P46A 1P64A 1L03A 185LA 115LA 192LA 3G3XA 4ARQB 4GBRB 1CUQA 1L01A 1L51A 3HUAA 1C6DA 1QT4A 1TLAA 1L75A 2F2QA 4EKQA 1XJUA 3GUIA 235LA 174LA 2B6XA 3HUKA 1DYFA 1QTZA 3SBBC 1G0LA 5I14A 3NY8A 1C6CA 151LA 184LA 1L45A 4LDLA 3PBLA 3CDVA 1CU2A 1L72A 234LA 156LA 1OVHA 3VW7A 148LE 3DMZA 3HH4A 180LA 1L68A 1QTVA 3C80A 2OE9X 1C64A 1QS5A 1P2RA 1L05A 1OWYA 3GUOA 196LA 2RBSA 3SB8A 201LA 1L24A 2CUUA 1C63A 1PQDA 1L43A 1DYCA 3DN6A 1L53A 2HUMA 4I7PA 3DMXA 3GUMA 4OO9A 1CVKA 6LZMA 1L73A 2OU0X 3GUPA 1D2YA 1OVKA 3ODUA 4DKLA 1C6PA 1L04A 253LA 152LA 3C83A 1CV0A 1G1VA 3C82A 163LA 1QT8A 3GUKA 182LA 162LA 225LA 1L95A 214LA 1L44A 158LA 1PQIA 1D3FA 1L84A 3DN2A 1L32A 1L49A 1LI3A 1L83A 1P5CA 167LA 168LA 219LA 1QUDA 1D9WA 1L56A 1P7SA 123LA 1SSYA 1KY1A 166LA 1L35A 2Q9EA 1ZURA 1JQUA 3OE8A 2RBRA 3HUQA 1C6JA 114LA 113LA 233LA 128LA 2B70A 2O4WA 1L70A 3SB5A 238LA 131LA 188LA 1LPYA 1NHBA 1T8FA 1C68A 1L40A 1KW5A 143LA 1L22A 4YXAC 1L57A 120LA 1L20A 3HT8A 3NY9A 4W54A 1EPYA 1LI2A 1CV1A 1L94A 1LYDA 4GRVA 141LA 1C69A 3DKEX 1T8AA 245LA 177LA 2RAYX 102LA 1LGWA 1L71A 2F32A 126LA 1CUPA 3C7YA 212LA 1WTHA 1OV5A 2A4TA 4ARMA 4YXCA 187LA 1G0MA 247LA 1L69A 243LA 1QSBA 144LA 1G06A 1L10A 1C61A 1L11A 206LA 4I7TA 2B6YA 2L78A 4DAJA 1L98A 129LA 1L87A 244LA 1PQKA 1QTBA 205LA 4ARQA 1L28A 3CDQA 1L67A 1QT3A 1C60A 4PJZA 103LA 1L50A 2OE4X 1L18A 4YX7C 3C8QA 249LA 2RB1X 181LA 3HTBA 1QT7A 2OE7X 4AQNA 1L97A 1L62A 1LYHA 232LA 1PQOA 2F47A 242LA 1QTHA 1C66A 1DYAA 1L93A 3OE0A 4EKPA 1L79A 1T8GA 4K5YA 169LA 231LA 215LA 1L90A 4W51A 3GULA 4DJHA 2ANVA 2B6TA 3HWLA 1XJTA 3HTFA 161LA 213LA 229LA 239LA 240LA 1C6TA 1LWKA 4W57A 1L17A 252LA 149LA 1LGUA 3OE9A 260LA 222LA 1PQMA 1G07A 1C6FA 216LA 1C6MA 107LA 1L25A 1LLHA 1KY0A 195LA 1G0KA 1T97A 197LA 226LA 4EKSA 146LA 3HH3A 2QARC 3DN4A 119LA 138LA 3HDEA 3DMVA 4W53A 1P2LA 221LA 3SN6R 155LA 1G0PA 3HU8A 3GUJA 1P36A 1C6GA 1D3MA 1L02A 217LA 2NTHA 1JTMA 1LYJA 4PK0A 3FI5A 147LA 251LA 3C7ZA 3EMLA 1C6HA 3HT7A 1L77A 1L13A 1QTCA 4LZMA 1LGXA 104LA 1OV7A 2OEAX 254LA 3SB6A 4S0WA 1LYGA 1SWYA 1SSWA 127LA 190LA 220LA 173LA 255LA 1L85A 3DN8A 1QUHA 1L37A 1CV3A 1L96A 1CTWA 1L58A 1L30A 1L07A 2OTZX 4I7JA 3DN3A 3C81A 1KW7A 1DYGA 262LA 1CU0A 2OTYX 1L59A 1C67A 1L33A 2NTGA 4W52A 3G3VA 3HTDA 246LA 1C6KA 1D3NA 1G0GA 157LA 1ZWNA 1L0JA 1L46A 2HUKA 1CU6A 1L55A 3G3WA 1L82A 1L91A 1CU5A 3JR6A 3CDOA 1LYFA 1G1WA 4EPFA 261LA 2ANXA 176LA 1K28A 200LA 248LA 4EJ4A 2B72A 1B6IA 189LA 2RBNA 4W55A 1OVJA 4I7KA 1L26A 2OU8A 1P56A 3HDFA 4I7QA 4ARLA 256LA 1CV4A 1KS3A 1L66A 1P3NA 1G0JA 1L92A 1QUOA 2OU9A 2RB0X 1L08A 2RBQA 140LA 5LZMA 1L80A 228LA 186LA 1C6IA 1T6HA 3L64A 3C8SA 1L42A 1L65A 2B6ZA 4EKRA 3HH6A 1L09A 199LA 4I7SA 3D4SA 4I7RA 1CX7A 1L76A 1L16A 109LA 1C6NA 125LA 4EPIA 4I7NA 1L52A 1P6YA 1L60A 224LA 237LA 1CV6A 3OE6A 142LA 1L99A 1SX2A 4W59A 209LA 3V2WA 241LA 1CV5A 2B75A 3HT9A 1D3JA 1C62A 1OWZA 1C6BA 218LA 2O79A 1C6AA 3C8RA 2RB2X 4E97A 1L74A 1LYEA 4I7LA 230LA 259LA 211LA 1L36A 2QB0B 2RH1A 2LC9A 1DYDA 1P37A 1QT5A 3HTGA 3CDTA 164LA 1L89A 3L2XA 236LA 1DYBA 1LI6A 2B6WA 257LA 3DN1A 1LW9A 1DYEA 1L48A 1L19A 1G0QA 3HT6A 3NYAA 210LA 2RAZX 130LA 250LA 1L00A 3RZEA 1QSQA 3F9LA 3DN0A 4IAPA 1LYIA 4LDEA 1L47A 1SX7A 191LA 1LWGA 1L88A 172LA 1QUGA 2Q9DA 150LA 4ARJA 1I6SA 4I7MA 110LA 3SBAA 3CDRA 3SB9A 122LA 159LA 1L86A 1ZYTA 3K2RA 1PQJA 1XEPA 4EXMA 160LA 137LA 1C6EA 2HULA 4ARPA 1L39A 1C6LA 1L38A 1L34A 3FADA 111LA 2Z6BA 1L41A 1C6QA 1D2WA 183LA 1L54A 2O7AA 3PDSA 1L0KA 3LZMA 1C65A 3RUNA 139LA 1QS9A 3QAKA 2RBOA 2IGCA 1L61A 1JTNA 118LA 3FA0A 1L06A 145LA 1L29A 258LA 171LA 178LA 4ZPUA 2B7XA 3GUNA 3C7WA 7LZMA 1L15A 1L14A 1L31A 1QTDA 4W58A 3F8VA 3SB7A 223LA 3V2YA 4I7OA 1SWZA 1OYUA 2LZMA 227LA 4ARMB 165LA 1L27A 4W56A 1CU3A 2RBPA 2LCBA 1L21A 1L64A 1L63A 4LDOA 2B73A 1QT6A 1L12A 3DNAA 175LA 1L81A 1L23A 3UONA 112LA 198LA 2B74A 3HU9A 1CX6A 3HH5A 1KNIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4J7VA 1P46A 1L03A 4XYYA 115LA 192LA 4DC4A 1XFPL 3WU9A 1TLAA 1FLYA 4KXIA 2B6XA 4QEQA 1IP4A 1LJKA 2BQKA 5FDJA 1GFHA 3CDVA 1L72A 2BQCA 2I26L 3WPLA 3A34A 1OVHA 1CNSA 1GXV2 1P2RA 1GF9A 1PQDA 1KIRC 1KXWA 5LYZA 5APCA 2ZWBA 4XN6A 4CGEA 4OO9A 2Z2FA 133LA 6LZMA 1V7SA 1L73A 2MEEA 3GUPA 3ODUA 4TTDA 2C8PA 2DQDY 3C82A 4RW2A 4NSJA 1HMKA 1QUSA 1GB3A 1L95A 4Z41A 158LA 2BQFA 1LZSA 1NQIA 1B7NA 4NHSA 1L32A 4IJ4A 1GFUA 168LA 1IX0A 219LA 1GE1A 4NSGA 1D9WA 1XSFA 5JENB 1GB6A 4NGVA 5LAGA 1DXJA 3TMXA 1GF4A 1LAAA 3D3DA 2YBNA 1IIZA 3TXIA 1VEDA 134LA 1L22A 5E4PA 1L57A 4N0JA 1CJ7A 1F10A 1L20A 4N9RA 1IP1A 1LHMA 3NY9A 4A7DA 1L94A 1GAZA 4GRVA 3TXFA 1UUZC 3B0IA 3RW8A 5KXLA 1RE2A 1FLQA 212LA 1XGQC 3WXUA 4OWBA 1WTHA 3A8ZA 4LT0A 2CGIA 4ARMA 1G0MA 1QDTA 144LA 1NDGC 1UIFA 3B0KA 5KXXA 1VDSA 5LIOA 4AGAA 4B0DA 2L78A 4DAJA 5APEA 1L98A 3CB7A 129LA 193LA 244LA 1LYYA 1J1OY 1L28A 3CDQA 1JJ3A 1C60A 4QGZA 2BQEA 4YX7C 4WLXA 1ZVHL 1IP7A 2BQAA 1F0WA 4NG1A 5KXRA 232LA 5A3EA 1FKVA 2F47A 1WTNA 1QTHA 1DYAA 5DN4A 169LA 4HPIA 1E8LA 1GBXA 1L90A 4W51A 3HFMY 4BAPA 213LA 239LA 1OUFA 1LMOA 1LMAA 1D6PA 1BVKC 1L17A 153LA 3RNXA 1LGUA 1C6MA 1CKGA 2DQEY 1CKHA 1G7LC 197LA 4EKSA 3HH3A 1HENA 3DN4A 119LA 138LA 2FYCA 5I4XA 5LXWA 4H8YA 4PRQA 3DMVA 1REZA 4HJYA 1YAQA 2CWIA 3HU8A 1JTMA 1LJ3A 1B5ZA 3AGHA 3LYOA 1JSFA 3ZVQB 2HU1A 1IC4Y 1JSEA 1LGXA 4H92A 3SB6A 4B4EA 190LA 255LA 4NFVA 1QUHA 3HBDA 2ZNWY 1L58A 1LSGA 2Z18A 3AJNA 1LKSA 3DN3A 3C81A 1TAYA 4HJZA 1CU0A 1INUA 1L59A 4GN4A 2DQGY 1C67A 3G3VA 1YKXX 1L46A 1L55A 5M1YA 4LYCA 1L82A 2ZNXY 1L91A 1OUJA 5KXMA 1GFVA 1LKRA 1CKFA 1JTOL 3WULA 1K28A 1B6IA 4H9HA 1HHLA 3GXKA 1VFBC 4OOOA 2EPEA 1QUTA 1GB0A 1KIPC 4WL7A 1YANA 4I7KA 3CT1A 2I25L 1UA6Y 1RFPA 4IATA 1P56A 4ARLA 1LHHA 1P3NA 3E3DA 1CJ8A 1G0JA 1L92A 2RBQA 4BADA 1JITA 228LA 4D9ZA 1GF8A 3L64A 1BWIA 2I6ZA 1NF5A 1L42A 1L65A 1DKKA 4H9IA 4I7SA 3TXBA 109LA 1C6NA 1KXYA 1HFYA 4EPIA 237LA 3OE6A 1L99A 1EQ5A 3LYTA 4DQ5A 1REMA 5I4WA 1OWZA 2ZILA 3W6CA 1C6AA 1JTTL 3C8RA 2XJWA 4E97A 3FI7A 4XJHA 1FN5A 1W6ZA 2G4PA 4YEOA 1VDTA 2HEAA 1P37A 1IWXA 1O23A 164LA 6LYZA 1HELA 5FELA 1YAPA 1MELL 4O34A 1B5XA 1L48A 4DYGA 1L19A 1G0QA 1FBIX 4NGOA 250LA 1OUBA 1QSQA 4LDEA 1G7JC 1L47A 1LWGA 3RZ4A 5FSTA 2Q9DA 150LA 4GCBA 2DQIY 3SBAA 1B7PA 3CDRA 122LA 4W96A 4RLMA 3K2RA 1XEPA 2FBDA 3K3TA 1UIEA 3CQLA 160LA 4DD9A 2HULA 4ARPA 4J1BA 3GXRA 2DQAA 4YM8A 1L38A 1LSBA 4X3BA 1C6QA 1GF5A 1B5YA 5APFA 4HJVA 3EBAB 4ZFPA 2RBOA 4DD7A 1LPIA 2MECA 1HFXA 1JTNA 1DI4A 1IR7A 5LYMA 1GB2A 1DI5A 1HMLA 145LA 1L29A 5DM9A 2B7XA 3P4ZA 1B7LA 4G4BA 1QTDA 4NHPA 3A3RX 4ZEEA 3V2YA 5K7OA 1SWZA 1TBYA 4WM6A 4E3UA 1C46A 2RBPA 4XJDA 2LCBA 1DI3A 1QT6A 1L12A 1Z55A 1L81A 1YAOA 4GLAA 1D6QA 2XTHA 2B74A 4NEBA 2XBSA 3HU9A 1CX6A 3J6KA 1KNIA 5LAFA 108LA 5E9RA 4QY9A 1IP2A 4ETAA 4ARQB 1DZBX 1L51A 3HUAA 4DD2A 1QT4A 4W94A 2F2QA 4GCDA 4YEMA 174LA 1C45A 4LYOA 3HUKA 1D9UA 1GB9A 1QTZA 3SBBC 1G0LA 1LZAA 3P65A 1C6CA 151LA 184LA 1BHZA 2BPUA 4G4HA 1CU2A 1DQJC 1XGRC 156LA 5LVIA 3A91A 3VW7A 4ETEA 1HERA 3C80A 4OWEA 1C64A 3D9AC 1KIQC 2RSCA 5KJ9A 1OWYA 3SB8A 201LA 1AZFA 1C63A 1BB6A 4N1EI 3WL2A 1B5UA 5II3A 4N1CC 132LA 5B1FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4J7V A;  1P46 A;  1L03 A;  4XYY A;  115L A;  192L A;  4DC4 A;  1XFP L;  3WU9 A;  1TLA A;  1FLY A;  4KXI A;  2B6X A;  4QEQ A;  1IP4 A;  1LJK A;  2BQK A;  5FDJ A;  1GFH A;  3CDV A;  1L72 A;  2BQC A;  2I26 L;  3WPL A;  3A34 A;  1OVH A;  1CNS A;  1GXV 2;  1P2R A;  1GF9 A;  1PQD A;  1KIR C;  1KXW A;  5LYZ A;  5APC A;  2ZWB A;  4XN6 A;  4CGE A;  4OO9 A;  2Z2F A;  133L A;  6LZM A;  1V7S A;  1L73 A;  2MEE A;  3GUP A;  3ODU A;  4TTD A;  2C8P A;  2DQD Y;  3C82 A;  4RW2 A;  4NSJ A;  1HMK A;  1QUS A;  1GB3 A;  1L95 A;  4Z41 A;  158L A;  2BQF A;  1LZS A;  1NQI A;  1B7N A;  4NHS A;  1L32 A;  4IJ4 A;  1GFU A;  168L A;  1IX0 A;  219L A;  1GE1 A;  4NSG A;  1D9W A;  1XSF A;  5JEN B;  1GB6 A;  4NGV A;  5LAG A;  1DXJ A;  3TMX A;  1GF4 A;  1LAA A;  3D3D A;  2YBN A;  1IIZ A;  3TXI A;  1VED A;  134L A;  1L22 A;  5E4P A;  1L57 A;  4N0J A;  1CJ7 A;  1F10 A;  1L20 A;  4N9R A;  1IP1 A;  1LHM A;  3NY9 A;  4A7D A;  1L94 A;  1GAZ A;  4GRV A;  3TXF A;  1UUZ C;  3B0I A;  3RW8 A;  5KXL A;  1RE2 A;  1FLQ A;  212L A;  1XGQ C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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