4EXMA

The crystal structure of an engineered phage lysin containing the binding domain of pesticin and the killing domain of t4-lysozyme
Total Genus 83

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
315
structure length
291
Chain Sequence
PAFLFSGSTLSSYRPNFEANSITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVIFEMLRIDERLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSIWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKN

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYTII1 (19-22)S1 (28-29)TI1 (21-24)3H1 (40-43)S2 (46-49)S3 (57-61)TIV3 (60-63)TII2 (50-53)AH1 (122-129)3H2 (132-134)S4 (64-70)TI4 (147-150)TIV4 (74-77)TI2 (87-90)TI3 (94-97)S6 (110-120)TI'2 (107-110)S7 (142-146)AH2 (135-139)S8 (152-155)TIV9 (197-200)TIV7 (155-158)S10 (195-199)AH3 (158-181)AH7 (278-292)AH6 (263-276)S9 (183-189)TIV8 (190-193)TIV10 (198-201)AH4 (230-250)AH5 (253-260)TIV1 (36-39)S5 (99-107)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Toxin, hydrolase
source organism Yersinia pestis
publication title Structural engineering of a phage lysin that targets Gram-negative pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pesticin, Lysozyme Chimera
total genus 83
structure length 291
sequence length 315
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4exmA02
206LA 4I7QA 4LDOA 1L43A 243LA 3FA0A 1G06A 1G07A 4I7TA 3V2YA 253LA 1L47A 216LA 2RAYX 3SB9A 2B6YA 4ZPUA 1L90A 1PQJA 3NY8A 3PDSA 1L07A 4GRVA 1L53A 1G0LA 1OYUA 1L08A 183LA 3DN2A 3OE6A 214LA 2A4TA 1CU2A 2HULA 3HT6A 1KW7A 1L38A 4EPFA 155LA 3DMZA 1L96A 3C8QA 141LA 126LA 232LA 1SWZA 1KY0A 2OU8A 3G3XA 1QSBA 1QTHA 1B6IA 1NHBA 221LA 147LA 1D3FA 4W52A 229LA 3SBAA 1L51A 3DN1A 131LA 130LA 2B75A 3DN3A 192LA 1LI6A 1C60A 1G0GA 1T6HA 4DAJA 3CDVA 110LA 1L86A 138LA 1LWKA 1L03A 1L82A 148LE 1L34A 1XJUA 1C62A 187LA 1L44A 3RZEA 1C6TA 1C6KA 3C8SA 1C6GA 4I7RA 189LA 1QUOA 1CV3A 1L26A 2B6XA 1C6HA 1L0KA 4ARMA 3HTDA 210LA 4I7NA 1KY1A 2B70A 1L41A 244LA 1P46A 3HTGA 245LA 143LA 139LA 246LA 158LA 238LA 151LA 1L46A 255LA 1LYDA 3GUOA 145LA 1C66A 191LA 1D3JA 1L84A 2IGCA 1CX6A 2RBOA 3ODUA 2Q9EA 1CVKA 1G0MA 1LW9A 1LYEA 1SX2A 3CDOA 3CDTA 3F8VA 3K2RA 3SB8A 1P3NA 1L66A 2B74A 162LA 1LGUA 1L20A 2F2QA 4I7KA 4PK0A 3FADA 2F47A 231LA 140LA 1JTNA 258LA 1SX7A 1LGWA 1QUHA 1DYBA 1LGXA 1L21A 2RB2X 4E97A 1C6LA 226LA 4S0WA 1OWZA 1OV7A 3OE8A 1L62A 3L64A 4W51A 3FI5A 178LA 1L94A 174LA 4DKLA 4DJHA 4EKQA 220LA 248LA 177LA 1QTDA 4EXMA 3GUIA 1PQDA 1QUGA 184LA 201LA 1L11A 1QT7A 1C6BA 3C81A 3HT9A 1I6SA 223LA 1XJTA 224LA 4ARQA 4EKSA 1P36A 186LA 2O79A 1P37A 4ARMB 1CV4A 163LA 3HDEA 1QT6A 1ZWNA 1L73A 4YXAC 120LA 1ZURA 173LA 247LA 4IAPA 1OWYA 3LZMA 1P2LA 1LYJA 2RH1A 142LA 185LA 104LA 1L64A 3HU8A 1C64A 2LC9A 3C7YA 3HU9A 1L72A 3C7WA 237LA 2QB0B 1L00A 1L81A 1L30A 1P56A 1CU0A 4EJ4A 164LA 1L12A 1L48A 3SB7A 1L59A 1C61A 1QT5A 3GULA 1LPYA 2HUMA 108LA 2RBRA 1L76A 1SSWA 1T8FA 1CTWA 4LDEA 150LA 211LA 1L19A 1QUDA 2CUUA 1C6AA 3HUKA 198LA 196LA 169LA 1CV1A 1LWGA 2O4WA 4YX7C 166LA 6LZMA 233LA 2F32A 1L49A 1L93A 4YXCA 190LA 3SN6R 250LA 257LA 1L52A 115LA 1G1WA 1C6EA 1SWYA 1KW5A 3EMLA 3L2XA 1P6YA 2RAZX 3HWLA 1D9WA 1QTBA 156LA 260LA 3C8RA 1C6JA 1L99A 4W55A 170LA 1L58A 1D2YA 1L29A 182LA 119LA 1L55A 2OE9X 3HT8A 3SB6A 1QS5A 1PQOA 239LA 1L27A 1L70A 2LZMA 4I7SA 176LA 1KNIA 213LA 3DN6A 1PQKA 200LA 1DYGA 168LA 3DN8A 5I14A 3GUKA 2B7XA 1L35A 3NY9A 118LA 1C6MA 2OE4X 3RUNA 1G1VA 4W58A 1L37A 2OE7X 4PJZA 157LA 3UONA 161LA 1L16A 1L45A 1DYCA 4W56A 1LYFA 109LA 2NTHA 3HTFA 122LA 1KS3A 256LA 1CV5A 1CV6A 1LYHA 3C83A 3OE0A 2B6ZA 1C6FA 1L56A 1LYIA 3GUNA 3DNAA 241LA 1LYGA 1L87A 4EKPA 2LCBA 188LA 1C6DA 1L89A 1L31A 181LA 1P2RA 2Q9DA 1QT8A 149LA 4ARLA 1G0JA 4ARPA 225LA 3HH5A 1WTHA 1CX7A 1L98A 2RBSA 1D2WA 3PBLA 1DYDA 1L60A 144LA 3GUJA 1L39A 1TLAA 4I7JA 1C6CA 1PQIA 1L0JA 4I7MA 1C63A 215LA 230LA 3JR6A 1L61A 1T8GA 3HH4A 1L02A 1DYAA 123LA 218LA 1K28A 1QS9A 107LA 2NTGA 2ANVA 2QARC 111LA 1L22A 1L69A 2B6TA 235LA 2HUKA 2B6WA 2Z6BA 1L63A 1JQUA 4OO9A 1C69A 4I7LA 4EPIA 1L65A 1L25A 3F9LA 228LA 4W57A 4AQNA 3HH3A 159LA 3HUAA 1L68A 1DYEA 1OVJA 1CU5A 1XEPA 2OTYX 112LA 1CU3A 1LLHA 4W53A 2RBPA 1L79A 3NYAA 1QT4A 1QTVA 175LA 113LA 1L42A 3DMXA 129LA 1OVKA 1L77A 219LA 3D4SA 1C6PA 171LA 2RB0X 1L10A 3HT7A 1L01A 1CU6A 3SB5A 2RBQA 180LA 1P64A 1G0KA 1L14A 2B72A 252LA 205LA 1D3MA 1C67A 1C6QA 1EPYA 1L15A 1L13A 1L83A 3DKEX 3C80A 1G0PA 3GUPA 4EKRA 1QSQA 1L85A 1QTZA 251LA 146LA 236LA 172LA 1L88A 217LA 1C6IA 1L91A 3SBBC 209LA 2OEAX 3HTBA 3DN4A 1OV5A 3V2WA 1L40A 4I7PA 1L04A 137LA 1L33A 2RBNA 4ARQB 1L80A 127LA 1LI2A 3CDQA 1L17A 1L75A 4GBRB 2OU9A 1T97A 102LA 3QAKA 4I7OA 167LA 1L05A 1LI3A 1QT3A 3CDRA 1G0QA 3G3WA 1C6NA 1C68A 2ANXA 1CV0A 4W59A 128LA 2L78A 222LA 1L97A 7LZMA 1L18A 1D3NA 197LA 1SSYA 1L95A 212LA 1DYFA 2B73A 1PQMA 227LA 1L09A 1L74A 4K5YA 152LA 165LA 254LA 5LZMA 3HDFA 1OVHA 2OU0X 125LA 1ZYTA 242LA 103LA 195LA 1L28A 3G3VA 3DMVA 4LDLA 1L06A 1T8AA 1L71A 3HH6A 1L32A 4ARJA 2O7AA 4LZMA 234LA 1L67A 3GUMA 240LA 3OE9A 1L50A 2RB1X 1L54A 3HUQA 1CUQA 261LA 3VW7A 1CUPA 1P5CA 1JTMA 160LA 1L92A 3DN0A 1L57A 2OTZX 1L24A 114LA 1L36A 249LA 259LA 3C82A 1P7SA 1C65A 262LA 4W54A 1QTCA 199LA 3C7ZA 1L23A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NG1A 5B06A 153LA 1GB0A 4LDOA 1JTTL 243LA 3V2YA 3CT0A 1DPWA 1GB6A 2RAYX 2HECA 4XJHA 1VDSA 1L90A 2W1XA 3NY8A 2BQAA 1BVKC 1GE1A 1CU2A 4NSHA 1HEOA 3HT6A 5AMYA 1KW7A 2FBDA 1LMPA 4DD2A 4IATA 3RNXA 3DMZA 1YL0X 3WUAA 232LA 1G7JC 1QSBA 3B0KA 221LA 1H6MA 3TXIA 4HJYA 3WL2A 4CGEA 2LYMA 4X3BA 1XGUC 1C60A 5LA5A 1OUHA 1L03A 4NGYA 4ZFPA 3P66A 187LA 1L44A 1NQIA 4FJRA 1CV3A 4NGLA 5HQ1A 1WQQA 1L26A 1TCYA 1L41A 1P46A 3HTGA 3FE0A 158LA 3A8ZA 2W1MA 3HBEX 255LA 2Z37A 1LZ9A 145LA 191LA 2IGCA 3ODUA 3TXJA 1CVKA 1G0MA 1CKCA 1UBZA 3CDTA 3SB8A 1REZA 2F2QA 1L20A 3A92A 3FADA 1YIKA 3LZTA 1IOTA 5ILFA 4S0WA 1DI5A 1JKBA 1OWZA 1OV7A 1L62A 4NGIA 2A7FA 3ZVQA 3W6BA 178LA 4G4HA 4ETCA 1GE4A 1LYZA 1UIBA 1LZCA 2XTHA 1QTEA 5C6LA 1L11A 4WOAA 4LT3A 1GE2A 5KXZA 1CKFA 223LA 1UIHA 4B0DA 1GF6A 1LJIA 4ARMB 1QT6A 1AT6A 1W6ZA 4MCKA 2G4QA 1RI8B 185LA 104LA 1L64A 3HU8A 3HU9A 3A67Y 2QB0B 4PHIA 2HEBA 1LMAA 1HELA 1F6SA 1L12A 1LJJA 1B5YA 2D91A 1QT5A 3TMVA 1FLQA 4KL7A 1INUA 2HUMA 1GFEA 1GE3A 2RBRA 1L76A 1T8FA 1QUDA 1QSAA 169LA 1G7HC 4YX7C 166LA 6LZMA 3FI7A 3ATOA 3WMKA 1GF8A 3B72A 2BPUA 1L52A 115LA 1G1WA 4GCDA 2G4NA 1KW5A 2F4AA 1LJHA 3WULA 3C8RA 1GXV2 1CJ7A 1L29A 4Z98A 5KXLA 1JSFA 5APFA 1GEVA 1LZDA 1PQOA 1HSXA 4LYBA 1L27A 2Z18A 4DDBA 1XEIA 2D4IA 3WU8A 3AZ4A 2GV0A 4IJ4A 1GF4A 3DN8A 3GUKA 3W6FA 4RW2A 2LZTA 3TXEA 1XGPC 3TXKA 4RLNA 4W56A 2C8PA 3HTFA 1LMNA 1GB7A 1KS3A 3C83A 1C6FA 1FLWA 1L56A 5B1GA 2Z19A 4HV2A 4EKPA 4HPIA 1C6DA 4WL6A 2N5ZA 2YBMA 1ZVHL 2IFFY 149LA 1FDLY 2RSCA 4ARLA 3HH5A 4WLTA 1L98A 1C6CA 1HMLA 3D9AC 4XJGA 5I53A 215LA 1FKQA 3AZ6A 1LZ4A 1T8GA 1LJEA 3TXHA 4LZTA 1L02A 123LA 2NTGA 2YBLA 2ANVA 1I20A 4ETBA 111LA 1L22A 3WU9A 4CFPA 1JQUA 3HBDA 1IP3A 1CKGA 5FHWA 4D9ZA 3EBAB 154LA 1AZFA 1D9UA 3F9LA 5JENB 1C10A 1IOSA 1L68A 1CKDA 1QDRA 1DYEA 1MLCE 1IO5A 1XEPA 1LHLA 5K7OA 4R0FA 1BB7A 1LZNA 1GF0A 1LLHA 2MEDA 3DMXA 1VAUA 5LVIA 5LYZA 1JTOL 1L10A 3EO5A 4NIJA 2RBQA 1FKVA 2WARA 2B72A 252LA 205LA 1L15A 1C6QA 1L83A 4HTNA 1L85A 236LA 172LA 1L88A 1L91A 3SBBC 209LA 2OEAX 1F10A 1NWGA 1L40A 4U3XB 4ARQB 137LA 4GLVA 1LHJA 5KY1A 1L17A 2MEAA 4H9BA 3IJVA 2OU9A 5F14A 3QY4A 1OUDA 1DPXA 1XEKA 3G3AB 2CGIA 4LT1A 3GXRA 1CNSA 1AKIA 4OOTA 3WPJA 4BADA 1IWYA 1GFAA 1JITA 4DD3A 128LA 2L78A 1L97A 3RZ4A 1L95A 212LA 5IDDA 4DYGA 1L74A 3WUMA 1EQ4A 1B7RA 4K5YA 4NGZA 1YAMA 1BB4A 1RE2A 3HDFA 1IWTA 2VB1A 1XGQC 1ZYTA 3P68A 1IORA 5J7CA 1LSEA 4YM8A 1IWVA 8LYZA 1IC5Y 4G49A 1L06A 1T3PA 1LCNA 1OUBA 1L32A 1H87A 4ARJA 234LA 1L50A 4WLYA 4NEBA 1JJ0A 1CUQA 261LA 1CUPA 1JTMA 4XN6A 160LA 1IWUA 4BAPA 2CJLA 1IWZA 249LA 5LAFA 4NWHA 2ZILA 5APDA 259LA 1CJ6A 3C7ZA 1RFPA 1LPIA 3WPLA 4I7QA 1IC7Y 4QDNA 1EQ5A 4DD9A 4I7TA 3T6UA 3SB9A 4ZPUA 1PQJA 3PDSA 1DKKA 1HFYA 1AM7A 4GRVA 4H9HA 2MEBA 1G0LA 1OYUA 3A93A 183LA 1I56A 1OUEA 4YENA 1ZVYB 4HP0A 1TAYA 1GF7A 2HULA 4M6DA 1LSYA 1L38A 3N9AA 3QE8A 155LA 4KPMA 1B0DA 1KY0A 4NGOA 1QTHA 1B6IA 2HUBA 4W52A 229LA 1L51A 3DN1A 1GB8A 1G0GA 1J1PY 4J1AA 110LA 4P2EA 1C62A 1TDYA 2LYZA 3AW7A 1C6TA 4L41A 3RZEA 4WM2A 2BQEA 2B6XA 1DXJA 1C6HA 1L0KA 3HTDA 1KY1A 2B70A 2DKVA 3WH1A 1GFTA 3LHMA 143LA 1B7PA 151LA 5KXWA 1JJ1A 1LYDA 3A3RX 1LYYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4NG1 A;  5B06 A;  153L A;  1GB0 A;  4LDO A;  1JTT L;  243L A;  3V2Y A;  3CT0 A;  1DPW A;  1GB6 A;  2RAY X;  2HEC A;  4XJH A;  1VDS A;  1L90 A;  2W1X A;  3NY8 A;  2BQA A;  1BVK C;  1GE1 A;  1CU2 A;  4NSH A;  1HEO A;  3HT6 A;  5AMY A;  1KW7 A;  2FBD A;  1LMP A;  4DD2 A;  4IAT A;  3RNX A;  3DMZ A;  1YL0 X;  3WUA A;  232L A;  1G7J C;  1QSB A;  3B0K A;  221L A;  1H6M A;  3TXI A;  4HJY A;  3WL2 A;  4CGE A;  2LYM A;  4X3B A;  1XGU C;  1C60 A;  5LA5 A;  1OUH A;  1L03 A;  4NGY A;  4ZFP A;  3P66 A;  187L A;  1L44 A;  1NQI A;  4FJR A;  1CV3 A;  4NGL A;  5HQ1 A;  1WQQ A;  1L26 A;  1TCY A;  1L41 A;  1P46 A;  3HTG A;  3FE0 A;  158L A;  3A8Z A;  2W1M A;  3HBE X;  255L A;  2Z37 A;  1LZ9 A;  145L A;  191L A;  2IGC A;  3ODU A;  3TXJ A;  1CVK A;  1G0M A;  1CKC A;  1UBZ A;  3CDT A;  3SB8 A;  1REZ A;  2F2Q A;  1L20 A;  3A92 A;  3FAD A;  1YIK A;  3LZT A;  1IOT A;  5ILF A;  4S0W A;  1DI5 A;  1JKB A;  1OWZ A;  1OV7 A;  1L62 A;  4NGI A;  2A7F A;  3ZVQ A;  3W6B A;  178L A;  4G4H A;  4ETC A;  1GE4 A;  1LYZ A;  1UIB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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