4G9SA

Crystal structure of escherichia coli plig in complex with atlantic salmon g-type lysozyme
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
187
structure length
187
Chain Sequence
HHHHHHHMDITKVDTSGASEITARQDKLTLQGVDASHKLAEHDLVRMNKYKELITRVGQKHGLDPAIIAGIISRESRAGSALDHGWGDHGKGFGLMQVDKRYHKIVGAWDSEKHISQGTEILIEFIRRIQAKFPVWPKEHQLKGGISAYNAGDKNVRTYERMDVGTTGGDYSNDVVARSQWFKSQGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis of bacterial defense against g-type lysozyme-based innate immunity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Goose-type lysozyme
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Salmo salar
total genus 74
structure length 187
sequence length 187
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01464 SLT Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4g9sA00
3LZTA 1IP7A 4TSBA 2G4PA 1LSPA 3D3DA 5APCA 2EPEA 1LSEA 3LYTA 1YAPA 3QY4A 2YVBA 3CQLA 3W6AA 1H6MA 4R0FA 4WG1A 2W1YA 4PRUA 1HFXA 4XJHA 5ILFA 4W94A 4Z3MA 1J1PY 2D91A 4XYYA 4N5RA 3HBDA 1LZ5A 1HEPA 4NFVA 5KXPA 1CJ6A 4KL7A 4BAPA 1LZNA 1IORA 4NSIA 1D0MA 4TSCA 4ET9A 1T6VL 1QQYA 4XJFA 3AW7A 1QDRA 2BQHA 2F4AA 4G4CA 4J1BA 4DYGA 1OUEA 1LZDA 1NDGC 2ZWBA 2XBRA 3B0OA 4FJRA 2D4IA 1LZRA 5B59A 2HU1A 1B7OA 8LYZA 4H9CA 4LYZA 3P66A 1B7MA 1HFZA 3FI7A 1GPQC 4G9SA 1FKVA 1PZYA 5A3EA 1HNLA 1KXXA 5KXLA 3P65A 3B72A 5HQ1A 1MELL 1JITA 1LZ6A 4BAFA 2LZTA 4KPMA 5LVIA 5LA5A 1WQQA 1HEMA 4ETCA 1HMKA 3W6CA 4ZFPA 1BHZA 1LZCA 2RSCA 4L41A 2YBMA 4B49A 5APEA 5B1FA 2G4QA 1LSYA 5B1GA 1CKFA 193LA 1B7PA 1OUJA 4GCCA 4NGKA 1DZBX 2N5ZA 1LJIA 4NWHA 1TEWA 1VFBC 4LT2A 2Z2FA 4TTDA 1EL1A 3TXEA 5LYMA 4WM5A 5LXWA 2GV0A 1OQMA 1B5UA 3P64A 1GFJA 1JKBA 1IR9A 1YAQA 1BB6A 3A8ZA 3E3DA 1SQ2L 4RDSA 1B7NA 5IDDA 1GFHA 3TXGA 4XJDA 4EMNA 1YL0X 2ZILA 3AJNA 1LJFA 4H91A 5APFA 2EQLA 1G7HC 4LT0A 3P68A 4B1AA 1BB4A 1LMAA 1NBYC 2CGIA 3B6LA 4WG7A 3IJUA 1IIZA 4B4EA 1BVKC 4H1PA 1LMPA 1IP4A 2B5ZA 3CSZA 3HFMY 4XJGA 5AMYA 4GN3A 3OJPA 1XGQC 1LZ1A 4B4JA 1LJJA 1JIYA 1GFTA 2HEBA 3LYOA 3RZ4A 1GAYA 1B7LA 4NSHA 4NEBA 4MR1A 1B0DA 1LSZA 1JSEA 1FLQA 1TCYA 1DPWA 3AYQA 3AZ7A 4NHTA 4LYMA 1C10A 4HTQA 1QSWA 3HBEX 1NF5A 1FLWA 2HTXA 5EBHA 5F9UA 3WMKA 3ZVQB 1GFAA 4YF2A 1GFEA 4N1EI 3IWRA 4DDCA 1LZYA 1JTTL 1TAYA 4J1AA 1NQIA 5DLAA 4WM4A 3W3EA 4WMGA 1REXA 4WLXA 1LZEA 3TXDA 1LSDA 2BQMA 4KT3A 1H87A 4H9IA 2YBHA 3BKVA 4WO9A 1KXWA 4WL7A 1BVXA 3RT5X 2BQLA 3WW6A 1AM7A 3G3BB 1VDPA 5HNCA 5I54A 4H94A 3WPLA 1LJNA 5FSTA 1QTEA 1LMNA 3AGIA 3D9AC 2H9KA 2Z18A 3N9EA 1IVMA 4WLTA 2ZIKA 1NDMC 4NHPA 1HHLA 1YIKA 1OUCA 4HTKA 1NMMA 5KKIA 5KY1A 5LVGA 1CNSA 2I25L 1LSNA 3AZ5A 4AGAA 4H8YA 4N1CC 4WM6A 1BWJA 1IC7Y 3LYMA 4WOAA 1C43A 5FDJA 1LHLA 1OUBA 4OOOA 3AZ6A 3MGWA 3QE8A 4XJIA 1QSAA 1OP9B 3KAMA 1I1ZA 1LYOA 135LA 4H8XA 4OWHA 3RW8A 4R6CA 4N9RA 1XFPL 1B5YA 3RNXA 5KKJA 4DT3A 1GBSA 4G4BA 3ZVQA 6LYTA 2A7FA 1YKZX 4D9ZA 1GDXA 1JTPL 3AGGG 1FN5A 1QUSA 3ATOA 5LVKA 2CJLA 2ZNWY 1D6QA 1QDTA 4WM3A 3TXIA 1F6SA 1DI5A 3WULA 1LSBA 3AGHA 5DN4A 3WXTA 5E9RA 4A7DA 1CKHA 1LZGA 1WTMA 2BQCA 3LZ2A 1ZVHL 3WVYA 1LHIA 1FDLY 1B5ZA 4XJBA 2HU3A 5FCPA 1IWWA 4WL6A 5HLLA 1UC0A 1GF4A 1YKYX 1NWGA 4H9EA 1F6RA 1NBZC 3G3AB 1LZ4A 2W1XA 1DI3A 1RCMA 5A3ZA 1LZ8A 1GFUA 1JKAA 1RJCB 1IWXA 4NG1A 1MLCE 1LJHA 3ULRA 2AUBA 2LYOA 5KXZA 1GF6A 5KXWA 4Z41A 4WM2A 1DI4A 4DDBA 1GE2A 3WPJA 7LYZA 4DC4A 3BKHA 2BQJA 1ALCA 1N4FA 1DXJA 4DD7A 5IELA 1REMA 1BB5A 1IR8A 1CKCA 1GBOA 1LHKA 2BQGA 1LZBA 154LA 3B0KA 1HEQA 4G49A 2H5ZA 1IP3A 3P4ZA 1VAUA 2FYCA 1BWIA 4X3BA 4NY5A 2LYZA 4GLAA 2BQIA 1NHEA 1LSGA 5F9XA 2MEEA 1KIRC 4G4HA 1LSFA 5LVHA 1OUHA 1GBYA 1WQPA 1EQ5A 2BQDA 3WL2A 1YROA 3WU9A 2D4JA 4HJZA 3W6EA 1CJ7A 1B7SA 4YEMA 5KXRA 1D0KA 1OUDA 1YQVY 1DKKA 3J6KA 4H8ZA 2WARA 4PGJB 4ANRA 3ATNA 2DQEY 3CT1A 1DQJC 1YKXX 4WO6A 1V7TA 3A95A 1JSFA 1ZV5L 2DQGY 3CSRA 3A3QA 3FE0A 4QDNA 3WXUA 4YM8A 5K7OA 1B7RA 1IC5Y 1UBZA 2PC2A 2YBJA 2BQEA 1GF3A 4IJ4A 2I6ZA 3J4GA 3LN2A 4H9HA 5HMJA 1WQMA 3TMVA 4EOFA 5B06A 2MEIA 1HF4A 1UIBA 4HV1A 1LZ9A 1IOTA 1IP6A 4OWCA 4YOPA 4GCBA 2HECA 4NGYA 1G7IC 1UACY 5L9JA 1KIPC 3CT0A 5LYTA 1RE2A 1GB5A 1J1OY 1XGRC 4GCEA 4NWEA 1XGUC 2BAAA 3N9CA 5JENB 1GB2A 1TDYA 1W08A 1JJ3A 5DL9A 1LYZA 1HSXA 4NGOA 2ZYCA 4WLYA 5D5CA 4HTNA 5C6JA 3K3TA 2G4NA 4NHQA 3WYHA 4ET8A 1LMOA 4UWNA 5F14A 5I4XA 3WVXA 1LMCA 4YEOA 1IOQA 4TWSA 4NGLA 1IR7A 153LA 4LGKA 2HEAA 2ZQ3A 4GLVA 3EO5A 3GXRA 2BLYA 4N8ZA 5APDA 1G7LC 4HP0A 1IWYA 3A94A 3A6CY 4NHSA 1IWUA 1QIOA 3TXBA 1JJ1A 3WU8A 1D9UA 1YAOA 3WUNA 3WU7A 5B05A 5J7CA 4ML7A 4Z98A 1GD6A 1LYYA 3RU5A 1GB7A 4IATA 1EQEA 1LJEA 4AXTA 1REYA 2BQNA 2IHLA 1E8LA 5FEKA 4TUNA 2XTHA 3W6FA 5C6IA 4CGEA 1GBWA 1GF9A 1LJGA 3WW5A 2Z12A 1KIQC 1UIAA 1B5VA 1HEOA 4ETAA 5II3A 2ZNXY 2C8PA 5M1YA 3F6ZA 1D0LA 1IP1A 2MEAA 3CSQA 4Z46A 1A4VA 1LMQA 1XSFA 2DQFC 1GF0A 1B5XA 4I0CA 4OW1A 2ZYPA 4ZEEA 5IHGA 5LAFA 1JKDA 2NWDX 2ZIJA 2Z37A 1QUTA 3TMWA 4RW2A 2I26L 2MEHA 1LHHA 2Z39A 4KXIA 4LYBA 1GBZA 1GWDA 1B5WA 4WLDA 4E3UA 1UCOA 2BQFA 4LYTA 4W96A 5DM9A 1DKJA 1LHMA 1Z55A 1C46A 2FBBA 2XBSA 1VATA 1GB3A 2ZQ4A 2F4GA 1AZFA 1WQNA 4H9BA 1I56A 2Z19A 1GE0A 3TMUA 5KXXA 2F30A 1FKQA 1OUFA 4H93A 5B07A 4PHIA 4DD2A 4NHIA 1JEFA 4LZTA 4BADA 1BGIA 2W1MA 1LAAA 4M4OA 1IWZA 2Z2EA 4LFXA 2FBDA 3EBAB 1GFRA 2BPUA 4H92A 1GE3A 4PRQA 1HENA 1LOZA 3A6BY 4HJYA 1GFKA 1B7QA 1G7JC 4GCDA 3AB6A 1GF5A 2HEDA 4H9FA 1A2YC 2EKSC 1UA6Y 1YILA 1UIHA 5I53A 2BQOA 5FELA 3TMXA 3N9AA 4GN4A 194LA 1G7MC 1RFPA 208LA 3LHMA 1LZSA 2LHMA 1XEKA 1B9OA 9LYZA 4XN6A 4H9AA 4DWXA 1GBXA 1VDQA 4C3WA 1CJ8A 3M18B 2DKVA 3ZEKA 1C45A 1LJKA 4HSFA 2D4KA 2BQBA 1HC0A 1FLYA 5LINA 5D5FA 1J1XY 4DD3A 2VB1A 4J0LA 4DD1A 2W1LA 5KXNA 1JTOL 1CKDA 2DQAA 3A67Y 3AZ4A 2YBNA 132LA 2Y8PA 1V7SA 1JUGA 2IFFY 1HSWA 3EXDA 4DD0A 3T6UA 2YBLA 4B0DA 5FHWA 1TBYA 4BS7A 4DD9A 1JPOA 1D6PA 4M6DA 2HEEA 4NGWA 1BB3A 5KXKA 1GB8A 4P2EA 1UICA 2BQKA 2Q0MX 1XEJA 5I4YA 1XGPC 1BWHA 1GAZA 1LZAA 1UIGA 5F16A 1GB0A 1IC4Y 2A7DA 4NGJA 4NGIA 4OWBA 4LT1A 4LYCA 1INUA 5KXTA 1HELA 2MEDA 4II8A 4LT3A 5KXMA 1GF7A 1IP2A 4QEQA 1SLYA 5KXYA 1C08C 1EQ4A 2YBIA 1GDWA 4RLNA 4QY9A 5I5QA 1GE4A 3A96A 1GB6A 4OOTA 1VDSA 1CKGA 3QNGA 207LA 1LMTA 1LJ4A 2C8OA 5LAGA 1GFVA 4U3XB 4C5FA 4LYOA 2DQIY 2LYMA 1ZMYL 2CWIA 3WPKA 1LKSA 1GXXA 3A34A 4PPOA 4O34A 2H9JA 1JWRA 1YANA 4NGVA 1IY4A 1CJ9A 2XJWA 3M3UA 4NG8A 4ZIXA 4CJ2A 1IY3A 4DDAA 2MEFA 4QGZA 3WUAA 1WQRA 4RLMA 4GN5C 5C6LA 3LYZA 1HMLA 1IO5A 1WVVA 2FYDA 2YSSC 1FBIX 2LZ2A 4IASA 3W6DA 1YAMA 3IJVA 4HJVA 2DBTA 4UWVA 5LIOA 3CT5A 1LKRA 134LA 1UUZC 2MEBA 3B0IA 3W6BA 1BB7A 1FLUA 1HFYA 1KXYA 1LSMA 1GEZA 1AKIA 2DQHY 2DQDY 1OUIA 4OWEA 4XENA 3SP3A 1XEIA 4NSGA 5HMVA 4LFPA 5HNLA 1LCNA 1GF8A 1WQOA 2Z38A 5E4PA 1XGTC 5DN5A 1QTKA 1WTNA 3HBHA 1JISA 2HUBA 5F81A 3TXFA 1JKCA 4ETEA 1REZA 4FDYA 133LA 1UIEA 1HEWA 1IEEA 1NKHA 1PS5A 3A92A 1YL1X 5KJ9A 5ILCA 2F2NA 1VEDA 1JHLA 4RW1A 4WM1A 3WUMA 2HEFA 1AT6A 1OUAA 1DPXA 4MCKA 5KXSA 5LYZA 6LYZA 1LZTA 5T3FA 1IOSA 4I8SA 1BQLY 2YDGA 1F10A 1GB9A 3OK0A 3TXHA 2MECA 4NIJA 4PJ2C 3EMSA 1GXV2 3WH1A 4CFPA 2DQCY 1IWVA 5LA8A 4HPEA 4CFOA 4CHXA 1IWTA 4ETDA 4UWUA 1UIFA 2MEGA 1LTMA 4XADA 4ETBA 1IP5A 4NGZA 4OWAA 1IX0A 1LSAA 4MSTA 3TXJA 4HPIA 4NSJA 1ZVYB 1LYSA 1HERA 3A91A 3AW6A 1GE1A 1IOCA 1T3PA 3CB7A 3A3RX 1GFGA 1VDTA 1P2CC 3A90A 3A93A 3TXKA 2D6BA 4B4IA 1LHJA 1RI8B 1I20A 2BQAA 1OUGA 1LPIA 2EIZC 2BLXA 5L3IA 2X0AA 3T36A 4TX7A 1B2KA 4YENA 5LVJA 4J7VA 4HV2A 3GXKA 5KXOA 1LSCA 1AT5A 1F0WA 1WVUA 4GCFA 2DQJY 4H90A 1JJ0A 1GHLA 1O23A 1W6ZA 4N0JA 3VWOA 1LJ3A 1C7PA 2CDSA 5I4WA 5L3HA 1UIDA 1GEVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2G4PA 1QT7A 2Q9DA 1YAPA 1L28A 3QY4A 1OWZA 3CQLA 1XJUA 2RBNA 4XJHA 4W94A 3HBDA 5KXPA 1HEPA 4NFVA 1L99A 1L43A 4TSCA 1D0MA 1QDRA 4G4CA 1L90A 1LW9A 2ZWBA 3HU9A 2HU1A 190LA 4G9SA 1HNLA 1KXXA 1P46A 1MELL 4ETCA 2XQOA 4I7TA 4W51A 1L07A 4YXCA 1BHZA 131LA 164LA 4B49A 5APEA 233LA 1I6SA 1CKFA 186LA 4YXAC 4GCCA 1DZBX 1LJIA 4LT2A 1CUQA 1L26A 4WM5A 1OQMA 4E97A 162LA 1BB6A 1P64A 1B7NA 1L06A 180LA 3DN2A 2B6TA 112LA 1BB4A 1NBYC 2CGIA 3B6LA 3IJUA 1LMPA 3CSZA 1ZWNA 3HFMY 4XJGA 125LA 4GN3A 1XGQC 1L09A 4W53A 4NEBA 2B6ZA 3AYQA 1L70A 1L92A 1FLWA 1L68A 1L84A 1GFEA 3HT9A 247LA 1NQIA 3FA0A 4WLXA 4H9IA 1CTWA 3HTFA 4AQNA 3DN6A 4WL7A 1KY1A 3WW6A 5I54A 3AGIA 2H9KA 3N9EA 1IVMA 2Q9EA 1CX6A 2RBSA 1NDMC 4NHPA 1L96A 4HTKA 182LA 5LVGA 3AZ5A 4AGAA 259LA 1L01A 2OE7X 3G3VA 4WM6A 1BWJA 4WOAA 1C43A 3GUKA 1LI2A 2L78A 1LHLA 4XJIA 1OP9B 3KAMA 4OWHA 4N9RA 4G4BA 6LYTA 1T8AA 1L50A 4D9ZA 1GDXA 2CJLA 1D6QA 1QDTA 2F2QA 4W56A 4XJBA 2HU3A 1UC0A 1YKYX 3HT8A 1NBZC 2W1XA 1LZ8A 1C6IA 4NG1A 1SX2A 1LJHA 1LYEA 2OU9A 2RAYX 4WM2A 4DDBA 2BQJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3LZT A;  1IP7 A;  4TSB A;  2G4P A;  1LSP A;  3D3D A;  5APC A;  2EPE A;  1LSE A;  3LYT A;  1YAP A;  3QY4 A;  2YVB A;  3CQL A;  3W6A A;  1H6M A;  4R0F A;  4WG1 A;  2W1Y A;  4PRU A;  1HFX A;  4XJH A;  5ILF A;  4W94 A;  4Z3M A;  1J1P Y;  2D91 A;  4XYY A;  4N5R A;  3HBD A;  1LZ5 A;  1HEP A;  4NFV A;  5KXP A;  1CJ6 A;  4KL7 A;  4BAP A;  1LZN A;  1IOR A;  4NSI A;  1D0M A;  4TSC A;  4ET9 A;  1T6V L;  1QQY A;  4XJF A;  3AW7 A;  1QDR A;  2BQH A;  2F4A A;  4G4C A;  4J1B A;  4DYG A;  1OUE A;  1LZD A;  1NDG C;  2ZWB A;  2XBR A;  3B0O A;  4FJR A;  2D4I A;  1LZR A;  5B59 A;  2HU1 A;  1B7O A;  8LYZ A;  4H9C A;  4LYZ A;  3P66 A;  1B7M A;  1HFZ A;  3FI7 A;  1GPQ C;  4G9S A;  1FKV A;  1PZY A;  5A3E A;  1HNL A;  1KXX A;  5KXL A;  3P65 A;  3B72 A;  5HQ1 A;  1MEL L;  1JIT A;  1LZ6 A;  4BAF A;  2LZT A;  4KPM A;  5LVI A;  5LA5 A;  1WQQ A;  1HEM A;  4ETC A;  1HMK A;  3W6C A;  4ZFP A;  1BHZ A;  1LZC A;  2RSC A;  4L41 A;  2YBM A;  4B49 A;  5APE A;  5B1F A;  2G4Q A;  1LSY A;  5B1G A;  1CKF A;  193L A;  1B7P A;  1OUJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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