4GCDA

Room temperature x-ray diffraction study of a 6-fold molar excess of a cisplatin/carboplatin mixture binding to hewl, dataset 2
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure analysis of the relative binding of cisplatin and carboplatin in a mixture with histidine in a protein studied at 100 and 300 K with repeated X-ray irradiation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4gcdA00
1GB6A 1H87A 2EQLA 4G4BA 1BWHA 4WG7A 1IP6A 1GB7A 1JTPL 4CFOA 1VEDA 1BHZA 1W6ZA 3WUMA 4CGEA 5LAGA 1B7QA 3LYTA 1C43A 2BPUA 3FI7A 5AMYA 8LYZA 1LSMA 3A3RX 4LFXA 3BKHA 3AZ7A 1GF8A 4DD2A 3EO5A 2XBSA 4J7VA 3ZVQB 1INUA 208LA 4H8XA 4GCBA 1NQIA 1XGQC 3P68A 2I25L 3TMUA 4BADA 1QDRA 2Z19A 2ZNWY 4XJFA 2ZQ4A 2HEFA 3E3DA 2DKVA 3LYZA 4HP0A 3OJPA 1JKCA 4H9CA 3ZVQA 1FLYA 4B4IA 1IOTA 4CJ2A 2D4JA 1QSWA 3ATNA 4E3UA 1IWXA 7LYZA 4HPEA 1LCNA 3G3BB 3A91A 3TXIA 5DM9A 1VDPA 1LMOA 3D3DA 1UA6Y 1VATA 1FN5A 2DQAA 1NDGC 1OUIA 5L9JA 1JSFA 4BAPA 4RW1A 1HC0A 4WLXA 4ETBA 1LHLA 3WL2A 1HEQA 5FELA 4H93A 2D4KA 1CJ7A 1LZ8A 4LZTA 1B9OA 4ZIXA 3B6LA 5IELA 1A4VA 4OOTA 3WMKA 4A7DA 1LSAA 3GXRA 4NWHA 4NGVA 4PHIA 5I54A 1FLUA 1HENA 4H8ZA 1CKCA 5D5FA 4D9ZA 5II3A 3CQLA 1WVVA 5B59A 1WTNA 1DKJA 4DD1A 4ET8A 1LZRA 4PJ2C 1GF9A 1LZCA 4DDBA 4DC4A 2CWIA 1LYYA 1H6MA 1VAUA 1DQJC 1EQ4A 3N9EA 1LSGA 4H9EA 5KXSA 4NY5A 1IY3A 1LJ4A 3RW8A 4GCDA 3A34A 2N5ZA 1GEZA 1IIZA 1GFTA 1NWGA 1SQ2L 2DQCY 1LZDA 5I5QA 1LSYA 4HV1A 1LHJA 4B0DA 1ZV5L 1NMMA 2ZIKA 2H5ZA 4IJ4A 4WM1A 1IP7A 1B7SA 2MEAA 1LMPA 2ZYCA 2YBIA 4B49A 2GV0A 1B5VA 3W6DA 4XJBA 4H9AA 1FDLY 1TDYA 2MEFA 1FBIX 2DQDY 2WARA 1LSDA 5DN4A 5KXMA 4NGZA 1LSZA 1LMQA 1JEFA 3EXDA 2HTXA 2LHMA 2W1YA 4NFVA 1GFRA 4AGAA 1B7PA 4DD7A 4NGWA 3AW6A 1LSPA 1NBYC 4ANRA 1IWVA 3A6BY 4LT1A 5L3HA 1LSNA 1IORA 1ZVYB 2FYDA 3W6EA 1AT5A 2HU3A 1LJFA 4PPOA 5KJ9A 3WW5A 3RZ4A 4KPMA 3P65A 4W94A 4N9RA 1D6PA 1LKRA 1LZYA 3AZ4A 3IJUA 1DPXA 1OUCA 1LZAA 194LA 1EQEA 1GAYA 3VWOA 5ILFA 4NG8A 4HV2A 4WLTA 1GFUA 4BAFA 1DI4A 3WPJA 1IP3A 2BQGA 2BQEA 5F81A 2W1MA 1LJ3A 1YIKA 135LA 1GF3A 4G4CA 4TTDA 2G4PA 2ZNXY 1GBSA 4H8YA 133LA 2BAAA 1PZYA 1E8LA 1HMKA 4M6DA 1LMTA 4XN6A 5LAFA 4HTQA 3AJNA 3SP3A 5KXLA 1C46A 2XJWA 2EPEA 2BQOA 5HQ1A 1GE0A 2Z18A 4GLAA 4NSGA 4BS7A 1LSFA 2AUBA 3HBHA 4CHXA 1LHKA 4OWEA 2F2NA 5B06A 1LPIA 1TCYA 1GF4A 3IWRA 2F4AA 4NG1A 4ETDA 1GB0A 2LZTA 1QUTA 1LZ4A 3A3QA 4PRQA 4DT3A 5HNCA 3AGIA 4RLNA 1B7NA 3LZ2A 4DWXA 1XGPC 4WM3A 2YBMA 5LVKA 3T36A 1GFKA 4ETAA 1CJ9A 1JKDA 1XEIA 1JJ0A 2LYOA 3AZ5A 4MR1A 2LZ2A 4KXIA 1YL1X 1JKAA 1IP2A 1GFHA 1IVMA 3A95A 2BQDA 2W1LA 4N1EI 2X0AA 1G7MC 4UWUA 2EKSC 1WQOA 5K7OA 1PS5A 2BQAA 4B4JA 1YROA 4DDAA 2A7DA 4HTNA 5LIOA 1CJ6A 2YBHA 4OWBA 2XBRA 1V7SA 5KXWA 4H9BA 2YVBA 1JTTL 1GXV2 3RNXA 1F6SA 2F30A 1EL1A 3LHMA 4LYCA 4GCFA 1REYA 4NHPA 1KIQC 4YF2A 4LGKA 1GBZA 4OWAA 1NF5A 1IEEA 4OWCA 1JISA 1B7OA 5FSTA 4TWSA 1IX0A 1RJCB 4ML7A 2G4QA 2XTHA 4XJDA 1LJJA 2FBDA 5APEA 5KXZA 1JJ1A 1GFJA 2LYMA 2HEAA 3P4ZA 4N0JA 2ZIJA 1REZA 1WQPA 1JIYA 2Z2FA 1WQQA 1BGIA 1WQRA 4MSTA 4MCKA 1HNLA 3T6UA 4B4EA 1OUHA 3WPKA 2ZILA 1XGRC 3AGHA 1BB7A 9LYZA 2BQBA 4I8SA 5LYTA 1IC4Y 4LYZA 3A6CY 4TUNA 4WM5A 1BB5A 3D9AC 2I6ZA 3TMVA 3CSRA 4LYMA 5KXYA 3M3UA 1YAMA 3HFMY 2BQIA 4DYGA 5KXOA 1UIEA 4XADA 3LYOA 1OUDA 3ATOA 1DI3A 1IR7A 2DQGY 1JPOA 1LMAA 1LHHA 2MEBA 1KIPC 4G49A 4NSJA 1YAPA 4GN4A 4AXTA 2DQEY 5FHWA 2HEDA 5KXTA 1G7LC 1F0WA 3W6AA 1VFBC 4WG1A 4NSHA 1HHLA 1JHLA 3AZ6A 1VDQA 1D0LA 4L41A 1LZNA 1IC7Y 4LFPA 4NHQA 5E9RA 3KAMA 4WLDA 2BQMA 2BQJA 4CFPA 4C5FA 2Z37A 1XGUC 1FKQA 2BLXA 4N1CC 4GLVA 4XJGA 1UC0A 4LYOA 1LOZA 4C3WA 4Z3MA 1WQMA 3AGGG 1GB2A 5APFA 1QDTA 4II8A 3RU5A 1GF6A 1MLCE 1YKYX 1LZ9A 5F9UA 1MELL 2ZWBA 1NDMC 5B1FA 1LJKA 4M4OA 2D91A 4HJZA 3TXEA 3WYHA 1DKKA 4XJHA 3CT1A 1JTOL 2LYZA 2DQFC 3WU7A 4DD9A 3A67Y 1HSXA 1LYSA 1GDWA 3FE0A 4RLMA 3TXJA 5JENB 5C6IA 1IWWA 2HEEA 2YBLA 1CKHA 2Z39A 1T3PA 4H94A 4HJYA 2Z38A 2MEIA 5LA8A 3BKVA 4XYYA 4Z98A 1LSBA 3A93A 4OWHA 4H90A 5KXPA 3TXHA 2A7FA 1LMNA 5F14A 1CNSA 4TSCA 5F16A 2BLYA 1LZSA 1KXYA 1HEMA 4LT0A 4GCCA 4TX7A 1BB6A 4WM6A 1TEWA 1EQ5A 2RSCA 1YANA 1TAYA 4H9FA 4P2EA 1QUSA 3TXFA 5E4PA 4WO9A 1YQVY 2HEBA 1B5UA 2ZYPA 4QEQA 1D0MA 1GPQC 5A3EA 1IR9A 1NKHA 1GAZA 2G4NA 1GB8A 1GBXA 4NSIA 1UIGA 1CKDA 1KXXA 1VDTA 1WTMA 2YDGA 1YAOA 4ET9A 5I4YA 1UACY 1LZGA 1LZ5A 2YBNA 1FLQA 1T6VL 3HBDA 1UCOA 5B07A 4Z41A 5LYZA 2CDSA 3W6FA 1A2YC 1IOSA 2HECA 4U3XB 1IC5Y 3J4GA 4W96A 1IR8A 2Q0MX 5HMJA 3WXTA 4ETCA 1C10A 5C6JA 4J0LA 3ZEKA 1GF5A 1B7RA 5C6LA 1GHLA 2D4IA 4N5RA 4J1AA 4NWEA 1BQLY 1RCMA 5ILCA 3AW7A 1CKFA 1GE1A 1HMLA 1LYZA 1Z55A 5FEKA 1LTMA 3A92A 1I1ZA 3A8ZA 1B5YA 4HJVA 2DBTA 4IATA 1GFGA 1SLYA 2C8PA 2EIZC 2HUBA 1CJ8A 3EBAB 1IWZA 2BQNA 1ALCA 3QE8A 4GCEA 4UWVA 1LJNA 1REMA 4H91A 1YILA 1IY4A 4O34A 4HPIA 1JSEA 3B0KA 3CT5A 4FJRA 5J7CA 5DLAA 2NWDX 5FDJA 6LYTA 4WOAA 1HEOA 1DZBX 3AB6A 5I53A 4H9IA 4DDCA 1DXJA 3TXKA 3WVXA 5KKJA 4YENA 1OUEA 3W3EA 5M1YA 4GN5C 5APCA 1BWIA 1OP9B 3EMSA 5A3ZA 1RE2A 4YEMA 1JITA 1TBYA 3B72A 1B5ZA 2DQHY 5LXWA 2D6BA 4XJIA 2CJLA 4OW1A 1LZTA 1FKVA 4H1PA 1J1XY 3B0OA 3LZTA 1GB5A 4WL6A 1UIFA 1LJGA 3F6ZA 5IHGA 4NGJA 2Z12A 5HMVA 1WVUA 2BQCA 2HU1A 4EMNA 4ZFPA 4DD3A 1GE3A 4Z46A 5I4WA 4YM8A 4B1AA 1B2KA 4NGKA 5EBHA 4WMGA 5DL9A 1UIAA 1LMCA 4LYTA 1AT6A 1JKBA 1GBWA 4H9HA 4LYBA 3TXBA 3WULA 1LJIA 2F4GA 3B0IA 3IJVA 4G4HA 1D6QA 4NHTA 4WL7A 4GN3A 4HTKA 1GWDA 2BQFA 4R0FA 1GD6A 5B1GA 1GF0A 2IFFY 4NEBA 3WW6A 1W08A 1NBZC 1HEPA 4PRUA 3QNGA 4QY9A 4UWNA 1LZEA 1JUGA 1B7MA 2B5ZA 1HELA 1LZ1A 1JJ3A 1GE4A 1QSAA 1UBZA 2DQIY 1AZFA 3LYMA 3QY4A 1GE2A 1P2CC 4X3BA 3W6CA 1GDXA 2Z2EA 2IHLA 1XEKA 1BB4A 1AKIA 1REXA 1G7HC 1OUFA 4NGLA 1HFZA 3M18B 4NHSA 2BQLA 1KIRC 1HFXA 2I26L 2MEHA 3G3AB 3TMWA 4DD0A 4EOFA 5KXNA 3OK0A 1B7LA 1JWRA 5LVHA 3AYQA 1BWJA 1F6RA 3TMXA 4NGIA 1IWUA 3RT5X 1GFAA 1LZBA 1ZVHL 4YEOA 2YBJA 5HLLA 1GFEA 2FYCA 1GB3A 3A94A 3K3TA 1LHIA 4XENA 4RDSA 3WU8A 5KXKA 6LYZA 3P66A 3CB7A 1LYOA 2BQHA 3GXKA 5DN5A 1O23A 3WU9A 153LA 1IOQA 1WQNA 3A96A 4NGYA 3ULRA 1XGTC 4J1BA 5LINA 4FDYA 1C08C 1LSCA 3TXGA 4WLYA 2MEGA 207LA 5IDDA 3A90A 4NIJA 3P64A 1J1PY 3WPLA 4WM4A 1C7PA 1XFPL 1AM7A 1IWTA 4H92A 5T3FA 1BVXA 1GBOA 1I56A 1HSWA 1QTKA 2MEEA 5F9XA 3WXUA 1OUGA 5LVJA 1D0KA 1OUJA 2H9JA 1IWYA 1VDSA 5B05A 3N9AA 1UICA 5LYMA 4ETEA 2YSSC 5KY1A 193LA 1N4FA 1LHMA 1FLWA 1HFYA 5D5CA 4WM2A 1UUZC 1D9UA 1IP4A 3CSQA 5KXRA 1LAAA 4I0CA 3CSZA 5FCPA 1IP5A 2W1XA 1G7JC 2C8OA 3J6KA 4ZEEA 2DQJY 3TXDA 1XEJA 4WO6A 1V7TA 4RW2A 1DI5A 4LT2A 1HF4A 5I4XA 4QGZA 1QIOA 4HSFA 1IOCA 2BQKA 1B5WA 4IASA 1RI8B 1YKXX 1HERA 1LJEA 4NGOA 5LVGA 134LA 1BB3A 1LZ6A 3HBEX 2Y8PA 1B5XA 1GXXA 1KXWA 1YL0X 3CT0A 4G9SA 1OUAA 1LSEA 3WUAA 4TSBA 4KL7A 1UIDA 4QDNA 1IP1A 1GF7A 1UIHA 4LT3A 3N9CA 4KT3A 1NHEA 1OUBA 1QQYA 1G7IC 2MEDA 4R6CA 3WVYA 5L3IA 1YKZX 1LJHA 2ZQ3A 1DPWA 1GB9A 1RFPA 2VB1A 1GFVA 3MGWA 4NHIA 1BVKC 4OOOA 1GBYA 132LA 1QTEA 3W6BA 2PC2A 1B0DA 1CKGA 5HNLA 3WH1A 3WUNA 4N8ZA 1F10A 1UIBA 3LN2A 5KKIA 1ZMYL 1J1OY 2MECA 1I20A 2CGIA 1XSFA 5LA5A 1YAQA 1C45A 1HEWA 4PGJB 5LVIA 5KXXA 5APDA 1GEVA 1IO5A 2FBBA 1OQMA 154LA 4YOPA 1LKSA 2H9KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1H87A 2EQLA 1QTHA 4WG7A 1IP6A 1GB7A 1OV7A 158LA 2HUKA 1B7QA 1C43A 2BPUA 3GUNA 1GF8A 4W54A 4DJHA 2XBSA 1INUA 192LA 4H8XA 3P68A 2HEFA 1L69A 2DKVA 4HP0A 4I7TA 1JKCA 3GUJA 1IOTA 3ATNA 1IWXA 1LCNA 211LA 249LA 1NDGC 1OUIA 4WLXA 1L55A 2RAYX 7LZMA 2D4KA 1B9OA 4OOTA 3WMKA 175LA 1C6QA 5I54A 1FLUA 4D9ZA 1CKCA 5II3A 1WTNA 1C6JA 244LA 1H6MA 3RZEA 1EQ4A 1IY3A 4EJ4A 137LA 1LI3A 2DQCY 4B0DA 247LA 5LZMA 1CU2A 1B5VA 2MEFA 1L17A 1LSDA 5DN4A 2LC9A 5KXMA 3EXDA 4DD7A 1B7PA 1LSPA 4ANRA 1OV5A 1LSNA 2FYDA 5KJ9A 1CX7A 4N9RA 1D6PA 1LKRA 4NG8A 1GFUA 1G0MA 2BQGA 4W58A 129LA 1L34A 133LA 1P7SA 1HMKA 1KY1A 4XN6A 3AJNA 1OVJA 1L06A 3SP3A 215LA 2EPEA 2XJWA 259LA 127LA 182LA 3SB9A 1TCYA 1GF4A 1L11A 5HNCA 1L83A 4WM3A 2YBMA 4DQ7A 1GFKA 1L87A 2LYOA 1I6SA 1L47A 177LA 1IP2A 1GFHA 3A95A 4UWUA 4I7KA 1CUPA 2YBHA 254LA 1V7SA 2YVBA 1L28A 3RNXA 1T8GA 2F30A 212LA 4LYCA 4NHPA 4OWAA 1IEEA 1RJCB 1C6HA 2LYMA 2RBQA 1REZA 165LA 1C6AA 1OUHA 1OWZA 1C6IA 3AGHA 1BB7A 9LYZA 1OWYA 2RBOA 1QT4A 4I8SA 4WM5A 262LA 3TMVA 1P37A 1L43A 4LYMA 1TLAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GB6 A;  1H87 A;  2EQL A;  4G4B A;  1BWH A;  4WG7 A;  1IP6 A;  1GB7 A;  1JTP L;  4CFO A;  1VED A;  1BHZ A;  1W6Z A;  3WUM A;  4CGE A;  5LAG A;  1B7Q A;  3LYT A;  1C43 A;  2BPU A;  3FI7 A;  5AMY A;  8LYZ A;  1LSM A;  3A3R X;  4LFX A;  3BKH A;  3AZ7 A;  1GF8 A;  4DD2 A;  3EO5 A;  2XBS A;  4J7V A;  3ZVQ B;  1INU A;  208L A;  4H8X A;  4GCB A;  1NQI A;  1XGQ C;  3P68 A;  2I25 L;  3TMU A;  4BAD A;  1QDR A;  2Z19 A;  2ZNW Y;  4XJF A;  2ZQ4 A;  2HEF A;  3E3D A;  2DKV A;  3LYZ A;  4HP0 A;  3OJP A;  1JKC A;  4H9C A;  3ZVQ A;  1FLY A;  4B4I A;  1IOT A;  4CJ2 A;  2D4J A;  1QSW A;  3ATN A;  4E3U A;  1IWX A;  7LYZ A;  4HPE A;  1LCN A;  3G3B B;  3A91 A;  3TXI A;  5DM9 A;  1VDP A;  1LMO A;  3D3D A;  1UA6 Y;  1VAT A;  1FN5 A;  2DQA A;  1NDG C;  1OUI A;  5L9J A;  1JSF A;  4BAP A;  4RW1 A;  1HC0 A;  4WLX A;  4ETB A;  1LHL A;  3WL2 A;  1HEQ A;  5FEL A;  4H93 A;  2D4K A;  1CJ7 A;  1LZ8 A;  4LZT A;  1B9O A;  4ZIX A;  3B6L A;  5IEL A;  1A4V A;  4OOT A;  3WMK A;  4A7D A;  1LSA A;  3GXR A;  4NWH A;  4NGV A;  4PHI A; 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 1BVX A;  1GBO A;  1I56 A;  1HSW A;  1QTK A;  2MEE A;  5F9X A;  3WXU A;  1OUG A;  5LVJ A;  1D0K A;  1OUJ A;  2H9J A;  1IWY A;  1VDS A;  5B05 A;  3N9A A;  1UIC A;  5LYM A;  4ETE A;  2YSS C;  5KY1 A;  193L A;  1N4F A;  1LHM A;  1FLW A;  1HFY A;  5D5C A;  4WM2 A;  1UUZ C;  1D9U A;  1IP4 A;  3CSQ A;  5KXR A;  1LAA A;  4I0C A;  3CSZ A;  5FCP A;  1IP5 A;  2W1X A;  1G7J C;  2C8O A;  3J6K A;  4ZEE A;  2DQJ Y;  3TXD A;  1XEJ A;  4WO6 A;  1V7T A;  4RW2 A;  1DI5 A;  4LT2 A;  1HF4 A;  5I4X A;  4QGZ A;  1QIO A;  4HSF A;  1IOC A;  2BQK A;  1B5W A;  4IAS A;  1RI8 B;  1YKX X;  1HER A;  1LJE A;  4NGO A;  5LVG A;  134L A;  1BB3 A;  1LZ6 A;  3HBE X;  2Y8P A;  1B5X A;  1GXX A;  1KXW A;  1YL0 X;  3CT0 A;  4G9S A;  1OUA A;  1LSE A;  3WUA A;  4TSB A;  4KL7 A;  1UID A;  4QDN A;  1IP1 A;  1GF7 A;  1UIH A;  4LT3 A;  3N9C A;  4KT3 A;  1NHE A;  1OUB A;  1QQY A;  1G7I C;  2MED A;  4R6C A;  3WVY A;  5L3I A;  1YKZ X;  1LJH A;  2ZQ3 A;  1DPW A;  1GB9 A;  1RFP A;  2VB1 A;  1GFV A;  3MGW A;  4NHI A;  1BVK C;  4OOO A;  1GBY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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