4GCDA

Room temperature x-ray diffraction study of a 6-fold molar excess of a cisplatin/carboplatin mixture binding to hewl, dataset 2
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure analysis of the relative binding of cisplatin and carboplatin in a mixture with histidine in a protein studied at 100 and 300 K with repeated X-ray irradiation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4gcdA00
4NGVA 1QIOA 2ZNXY 4XADA 2BQBA 3LZTA 4J7VA 1TAYA 1JTPL 2MEDA 1LZ9A 4DD3A 4OOTA 7LYZA 4ETEA 4B4EA 4EMNA 4IATA 2BLYA 2LYMA 1HNLA 2CGIA 1IP5A 1LAAA 1LSCA 1GFKA 1UA6Y 3HFMY 3IJUA 5FDJA 1WQQA 4NWHA 1B7QA 1CKDA 1GF5A 4H93A 1XFPL 2H5ZA 1DI5A 1B5WA 2XTHA 1LHKA 3E3DA 1LMPA 4PJ2C 2MECA 3LYZA 4HPEA 1CJ7A 1H6MA 5F14A 5DLAA 3P66A 2YBLA 5LYMA 4TTDA 4MSTA 1I56A 3BKHA 3WUNA 4WM5A 5KXTA 1LJ4A 1LKRA 1NF5A 1D6QA 1WQPA 3A92A 1Z55A 1BB7A 2ZQ4A 2G4NA 3EBAB 3WVYA 1HFZA 4G4HA 5M1YA 1WQMA 3RNXA 3RT5X 3ATNA 1IR8A 1JKCA 1VDQA 3WU9A 4ZEEA 154LA 1YKXX 2HTXA 3AZ7A 1GE3A 1WQOA 1XGTC 3AZ5A 1GF0A 8LYZA 1GE0A 5HMJA 1KXYA 4N1CC 5F16A 4NHSA 3IWRA 1IWUA 2YBNA 1GFUA 1DPWA 1OUHA 1UBZA 1WQNA 1GEZA 5LVKA 1LJGA 1YQVY 3QNGA 2XJWA 1GB7A 5KXZA 3ZEKA 1IR9A 1CJ6A 1J1XY 2CWIA 2LYZA 4WM3A 4GLVA 194LA 3WW5A 5J7CA 1IP3A 1G7LC 4HTKA 4G9SA 4HJVA 5KXMA 5LINA 4OWEA 2N5ZA 1GB0A 1XEKA 1YAQA 5FHWA 5LVIA 4QDNA 4WM6A 1LZDA 1CKFA 1WTMA 1WVUA 4HSFA 4ET9A 5KXRA 1GFJA 1GB9A 2BQAA 1CKGA 2HU3A 1VFBC 3CQLA 4GCCA 1REXA 3WPLA 1CKCA 1HEQA 4PRQA 4DD7A 4N8ZA 4O34A 1GFAA 3P65A 1F6RA 3B6LA 4ZFPA 5LVJA 1GXV2 4PPOA 3P68A 5D5CA 2Z18A 5HLLA 2IFFY 1J1OY 3AZ6A 1EL1A 1RJCB 1V7TA 4LFPA 5DL9A 1FLYA 3WW6A 3WUAA 4WLDA 5I53A 2ZNWY 1TEWA 2FYCA 2HUBA 4CJ2A 5D5FA 4NEBA 2YSSC 2G4PA 1IORA 4N0JA 1LMCA 1B0DA 1BVXA 1P2CC 1PS5A 4DDBA 3OJPA 5L3HA 3WULA 3A94A 4NHIA 3OK0A 1GFVA 4WOAA 1D0LA 2BQGA 1B9OA 5HMVA 1JTTL 1LJFA 4RLMA 1OUBA 1OUCA 3TXJA 3TMWA 5LYZA 4D9ZA 1WTNA 4XJGA 3ULRA 1LZNA 2ZILA 1REYA 2WARA 3W6FA 3WVXA 4ETCA 1OUEA 2DQIY 3TMUA 1JJ1A 3TXEA 4YF2A 3RZ4A 5L3IA 1OUDA 4H9AA 2D4IA 1YL0X 5HNCA 4NGIA 1UIFA 4J1BA 1LHMA 5A3EA 1LSEA 1A4VA 1YAOA 1CNSA 1HSXA 1B7SA 1JUGA 5IDDA 1C45A 5T3FA 1FLQA 4YM8A 1LPIA 3AZ4A 1LZEA 3HBEX 4G4CA 4H94A 5B1GA 4II8A 4FJRA 1B7MA 4WG7A 4PHIA 4NFVA 1GBXA 5DM9A 132LA 3TXFA 4DD9A 2NWDX 1LSDA 4J1AA 4KT3A 134LA 4RLNA 4BAPA 1HENA 4NGJA 4OW1A 5IHGA 1UIBA 4MCKA 2MEBA 1JSEA 3W6CA 2LZTA 4LYMA 4GN5C 4G4BA 1FLUA 1GEVA 5LA8A 1B7NA 1B5XA 3TXDA 4H9CA 2VB1A 1LZ8A 4GCBA 4LYCA 1KIQC 5B07A 5FSTA 3WYHA 4I0CA 5KXPA 4Z46A 1EQEA 1GFGA 3IJVA 2DBTA 3LYTA 3N9CA 4DD1A 4NSGA 3WU8A 2F2NA 1B7LA 1GB8A 3MGWA 4GCDA 1VATA 1BB4A 1BGIA 3TXBA 1B5VA 1IP7A 1GFEA 1YAPA 4H9FA 4XJHA 2I25L 4YEOA 3TMXA 1GF7A 5ILFA 2ZIKA 1CJ9A 4UWNA 4UWVA 4N1EI 1HEPA 1LYYA 1KIPC 1ZV5L 1BB6A 2Z39A 3A90A 1LYOA 1FBIX 1RCMA 1B5ZA 1GBOA 5KXSA 4HJZA 4OOOA 4TSBA 1LHIA 1GB2A 1XEJA 3CT5A 3LN2A 4AXTA 1VAUA 2EKSC 4Z41A 4H91A 4DT3A 1GF9A 1LJJA 1SQ2L 2BQCA 2DQCY 1GF6A 4NGWA 4XJFA 3A8ZA 1BWHA 1XGQC 4IASA 1GAZA 3HBHA 3A91A 2MEHA 4H8YA 1VEDA 4NSHA 3LYOA 4CHXA 4LGKA 1GBWA 3W6AA 5LA5A 1REMA 1JKAA 2D91A 1UACY 4H8XA 5IELA 1LSPA 1LJ3A 1LZTA 1ZMYL 1IWTA 1GDWA 4OWBA 2BQMA 1IOQA 1I20A 1FKQA 1LJNA 4GCEA 4KL7A 4UWUA 4XJIA 5F9UA 1IP1A 1HHLA 1HFXA 1BHZA 1QTEA 3CSZA 5C6LA 1VDTA 5APDA 5KXOA 1MLCE 1NMMA 1GWDA 2FBDA 2F4GA 2BQIA 3LYMA 4P2EA 2DQDY 2YBHA 4WM2A 1AM7A 1INUA 1IP6A 3D9AC 3AGIA 1CJ8A 4YOPA 2Z37A 5I4WA 4GCFA 1LJEA 1G7MC 1BWJA 1JTOL 1KIRC 4DD0A 5APEA 5ILCA 1LZAA 1HFYA 1LZCA 2LZ2A 2MEEA 4H92A 4DD2A 4LT3A 5EBHA 2IHLA 1GF8A 4CGEA 4NWEA 1LHLA 4PGJB 2C8OA 4EOFA 2ZYCA 5LIOA 1UICA 3J4GA 3LZ2A 3WPJA 1IC4Y 4ETDA 4E3UA 1REZA 4DC4A 4XJDA 2YBMA 1OUAA 2Z38A 5FCPA 1IWZA 3WL2A 1LSAA 1TBYA 2AUBA 5F9XA 1G7IC 3AB6A 4WM4A 3TXKA 1AKIA 1YL1X 4NSIA 4WL6A 1B7RA 1LZ4A 4C5FA 2DQEY 1DZBX 4XJBA 4OWCA 4WL7A 4CFPA 1T3PA 2C8PA 1C7PA 2BQKA 1A2YC 4H9IA 1F0WA 3T36A 5I4XA 4NHQA 2PC2A 2EPEA 3CSRA 1KXXA 2GV0A 1LZRA 1IC7Y 3WXUA 1I1ZA 1JISA 1IWWA 1JHLA 1NQIA 2MEGA 4IJ4A 1LMOA 4LYBA 4NGYA 4NY5A 3A34A 1GB3A 3B0KA 1BVKC 4TX7A 3VWOA 1HEMA 4NHTA 135LA 5C6JA 5KJ9A 4GN3A 5HNLA 4M4OA 5APFA 1F10A 1QSAA 5L9JA 4XYYA 3TXHA 1RI8B 2LYOA 4C3WA 4CFOA 5KXLA 2BQFA 2W1LA 1JPOA 1FKVA 4TUNA 3WH1A 3WUMA 2HECA 1D6PA 3AW7A 3BKVA 4N9RA 1IWYA 5KKJA 3M3UA 1D0KA 3CT1A 1UIGA 2A7FA 1ALCA 1QUTA 1LKSA 2F4AA 5A3ZA 5KKIA 1QQYA 3TXIA 1UUZC 1XEIA 3A67Y 207LA 1LZ6A 4A7DA 1NBYC 4ML7A 5F81A 1BB5A 1LSZA 1QDTA 1GBZA 4H9EA 2BQLA 2DQHY 4HJYA 3RU5A 1NWGA 3G3BB 1NBZC 1JSFA 1HSWA 3B0IA 4QY9A 3TMVA 4DWXA 3WXTA 5I4YA 1LSBA 1LMQA 1IC5Y 1YIKA 1IOTA 1DQJC 2BQNA 1LJHA 2D4KA 3HBDA 4DYGA 2DQJY 1IEEA 1C08C 1D0MA 4H9HA 2EQLA 3A3RX 1CKHA 4W94A 2BQEA 1GFTA 1IIZA 1B5YA 4BADA 2MEAA 4J0LA 4DDCA 5LVGA 2CJLA 1NDMC 1JKBA 3A96A 4Z98A 1JWRA 5JENB 1GDXA 5LVHA 4R0FA 1TDYA 1IP2A 1HEWA 4NGLA 5FEKA 3A3QA 6LYTA 1HMKA 3W6BA 3B0OA 1LSYA 1UIEA 2HEBA 1GB5A 1GE1A 5KXXA 1C46A 1JKDA 1GF3A 4LZTA 4B49A 2D4JA 5KXNA 1UC0A 1N4FA 3A6CY 3RW8A 1H87A 4QEQA 4U3XB 5K7OA 2BAAA 3N9EA 3QY4A 4LFXA 2ZYPA 1LZBA 3AJNA 4YENA 1W6ZA 5KXYA 2W1YA 133LA 1JJ0A 3EO5A 1DXJA 1UCOA 3LHMA 1G7HC 1YANA 1LSMA 5E4PA 5KY1A 1LMNA 3ZVQA 4HTQA 1GXXA 1UIAA 3KAMA 1SLYA 3FI7A 4N5RA 1RE2A 4WG1A 4WLTA 4RDSA 1HERA 4H1PA 1WQRA 3P4ZA 1C10A 1NHEA 4B1AA 4XN6A 4NG1A 1AT5A 2RSCA 2YBJA 1PZYA 1C43A 1FLWA 4RW2A 4TSCA 4B4JA 3J6KA 1DI3A 1OUJA 1IWXA 4NHPA 4XENA 4KXIA 6LYZA 3F6ZA 5KXWA 3A95A 2Z19A 5I5QA 5B06A 2B5ZA 4WM1A 3G3AB 1EQ5A 4LYOA 2YBIA 1GB6A 1BWIA 5B05A 4RW1A 4WLXA 1GHLA 3WMKA 1LZ1A 1HMLA 1MELL 1GBYA 1YKYX 1OQMA 5C6IA 1UIDA 1QDRA 1GD6A 1GE4A 1OUGA 1KXWA 208LA 2BLXA 4LT1A 5AMYA 5LYTA 1LSNA 4NSJA 3N9AA 4M6DA 2BQJA 2H9JA 1HF4A 1AT6A 3EXDA 1J1PY 3WPKA 1G7JC 1XGUC 1LCNA 1JITA 1FDLY 4YEMA 1OUIA 4WO6A 1LTMA 3D3DA 1YKZX 2H9KA 5B59A 153LA 1BQLY 1LSFA 3B72A 1LOZA 4LYZA 4Z3MA 1DKJA 1FN5A 5LXWA 2XBRA 1JJ3A 1LYZA 1LZ5A 4H90A 4ETBA 2FBBA 5FELA 1E8LA 3ATOA 1IY3A 1LZGA 1RFPA 4HV2A 4OWAA 4NIJA 2BQOA 3WU7A 2BQDA 4B4IA 1B7PA 1GFRA 1XGPC 4PRUA 3CT0A 4LYTA 1LSGA 2Y8PA 5APCA 3TXGA 2Q0MX 4H8ZA 4ANRA 4GLAA 2DQAA 2EIZC 1GBSA 2X0AA 1F6SA 1OUFA 2HU1A 3CSQA 1IR7A 2DQFC 4LT2A 1YAMA 193LA 1IOSA 3W6EA 1IOCA 3A93A 1IVMA 1B5UA 3SP3A 3AGGG 1LYSA 1DKKA 3P64A 4H9BA 1IY4A 2I6ZA 2CDSA 2DQGY 4WO9A 1ZVHL 1TCYA 4FDYA 4NG8A 1W08A 5I54A 4NGKA 1VDSA 1YROA 1BB3A 1JIYA 1LMTA 1LZSA 4GN4A 4NGZA 1DPXA 1D9UA 4KPMA 1LJKA 1T6VL 3W6DA 3FE0A 4ET8A 1XGRC 3EMSA 1XSFA 1QTKA 1IO5A 2FYDA 2D6BA 2Z2EA 5DN5A 4WLYA 2W1MA 2DKVA 1GAYA 4HPIA 2A7DA 4ZIXA 1HELA 1GPQC 4TWSA 2BQHA 2BPUA 2XBSA 2ZIJA 2YVBA 1ZVYB 2HEEA 2HEDA 1JEFA 1LJIA 2Z12A 5LAGA 4WMGA 5LAFA 2I26L 4DDAA 1VDPA 2YDGA 2G4QA 3K3TA 1LHHA 1HC0A 2HEFA 1LMAA 1YILA 3CB7A 1B2KA 2LHMA 4HP0A 3ZVQB 1GF4A 1GFHA 1QSWA 3T6UA 3QE8A 5KXKA 1EQ4A 3AW6A 2F30A 1NKHA 2MEFA 4LT0A 4QGZA 9LYZA 1LZYA 4X3BA 2ZWBA 5DN4A 3GXKA 5E9RA 1IWVA 3W3EA 3M18B 4MR1A 4G49A 1B7OA 4L41A 2W1XA 4OWHA 5B1FA 1IP4A 1O23A 5II3A 2ZQ3A 1QUSA 1IX0A 4W96A 3A6BY 4B0DA 1AZFA 2MEIA 3GXRA 5HQ1A 3AYQA 4I8SA 1WVVA 4R6CA 1UIHA 1LHJA 1V7SA 1OP9B 2HEAA 1NDGC 3AGHA 1GE2A 4HV1A 4NGOA 4AGAA 4ETAA 4HTNA 1HEOA 2Z2FA 4BS7A 4BAFA 1DI4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HH6A 1QIOA 253LA 2BQBA 1L27A 4J7VA 3SB8A 1JTPL 215LA 248LA 4B4EA 4EMNA 4W58A 1GFKA 1B7QA 2XTHA 1LHKA 1LMPA 1H6MA 2YBLA 5KXTA 4MSTA 3BKHA 4WM5A 1LJ4A 1NF5A 3A92A 1HFZA 3ATNA 1VDQA 4ZEEA 154LA 2B74A 2HTXA 3AZ7A 199LA 1D3JA 1GF0A 1GE0A 5HMJA 1OUHA 1QUGA 122LA 1YQVY 2LC9A 5KXZA 2CWIA 3OE6A 4WM3A 2CUUA 5KXMA 1C67A 260LA 238LA 1L05A 2QB0B 5KXRA 1VFBC 1P2LA 1CKCA 4PRQA 4O34A 1GFAA 1F6RA 3CDTA 1C6EA 1GXV2 4DAJA 1RJCB 1FLYA 3WUAA 5I53A 226LA 2FYCA 4CJ2A 5D5FA 1L48A 4WOAA 1CV6A 2BQGA 1B9OA 3TXJA 2OU8A 3TMWA 5LYZA 1WTNA 3W6FA 1OUEA 4YF2A 1SSWA 1YL0X 3HT6A 5HNCA 4J1BA 4I7NA 1PQIA 1HSXA 1G0JA 1PQJA 4II8A 4FJRA 4WG7A 1GBXA 3DMVA 132LA 4YXAC 2NWDX 4EJ4A 3L2XA 1L17A 1L84A 4RLNA 1HENA 4OW1A 1UIBA 2LZTA 4LYMA 4G4BA 1FLUA 1GEVA 1L94A 1L13A 3TXDA 1L02A 1L72A 4LYCA 5FSTA 4I0CA 5KXPA 3IJVA 3LYTA 2DBTA 3DN0A 4EKQA 1B7LA 1CUQA 3TXBA 4DQ5A 1B5VA 1YAPA 1GFEA 4XJHA 219LA 5ILFA 183LA 1HEPA 2Z39A 1CUPA 1ZV5L 1LYOA 4OOOA 4W51A 1XEJA 2RB1X 4AXTA 2EKSC 3G3VA 3DN2A 3V2WA 2Z6BA 1LJJA 1SQ2L 2BQCA 223LA 1D3NA 1XGQC 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4NGV A;  1QIO A;  2ZNX Y;  4XAD A;  2BQB A;  3LZT A;  4J7V A;  1TAY A;  1JTP L;  2MED A;  1LZ9 A;  4DD3 A;  4OOT A;  7LYZ A;  4ETE A;  4B4E A;  4EMN A;  4IAT A;  2BLY A;  2LYM A;  1HNL A;  2CGI A;  1IP5 A;  1LAA A;  1LSC A;  1GFK A;  1UA6 Y;  3HFM Y;  3IJU A;  5FDJ A;  1WQQ A;  4NWH A;  1B7Q A;  1CKD A;  1GF5 A;  4H93 A;  1XFP L;  2H5Z A;  1DI5 A;  1B5W A;  2XTH A;  1LHK A;  3E3D A;  1LMP A;  4PJ2 C;  2MEC A;  3LYZ A;  4HPE A;  1CJ7 A;  1H6M A;  5F14 A;  5DLA A;  3P66 A;  2YBL A;  5LYM A;  4TTD A;  4MST A;  1I56 A;  3BKH A;  3WUN A;  4WM5 A;  5KXT A;  1LJ4 A;  1LKR A;  1NF5 A;  1D6Q A;  1WQP A;  3A92 A;  1Z55 A;  1BB7 A;  2ZQ4 A;  2G4N A;  3EBA B;  3WVY A;  1HFZ A;  4G4H A;  5M1Y A;  1WQM A;  3RNX A;  3RT5 X;  3ATN A;  1IR8 A;  1JKC A;  1VDQ A;  3WU9 A;  4ZEE A;  154L A;  1YKX X;  2HTX A;  3AZ7 A;  1GE3 A;  1WQO A;  1XGT C;  3AZ5 A;  1GF0 A;  8LYZ A;  1GE0 A;  5HMJ A;  1KXY A;  4N1C C;  5F16 A;  4NHS A;  3IWR A;  1IWU A;  2YBN A;  1GFU A;  1DPW A;  1OUH A;  1UBZ A;  1WQN A;  1GEZ A;  5LVK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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