4GCEA

Room temperature x-ray diffraction study of a 6-fold molar excess of a cisplatin/carboplatin mixture binding to hewl, dataset 3
Total Genus 46

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI1 (39-42)TI'1 (36-39)3H4 (120-124)AH1 (5-15)TII4 (124-127)TII1 (17-20)O2 (6-127)AH3 (88-100)3H1 (20-22)AH2 (25-36)TI3 (54-57)S1 (43-45)TI2 (46-49)S2 (51-53)S3 (58-59)TI4 (59-62)TIV1 (66-69)TI5 (60-63)TI6 (74-77)TII2 (69-72)3H2 (80-83)TIV2 (85-88)TIV3 (101-104)3H3 (104-107)TII3 (115-118)AH4 (109-115)O1 (118-120)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
publication title The crystal structure analysis of the relative binding of cisplatin and carboplatin in a mixture with histidine in a protein studied at 100 and 300 K with repeated X-ray irradiation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4gceA00
1D6PA 1LMPA 4II8A 4OOTA 1LSYA 1GFGA 1LMOA 4PHIA 133LA 2Z37A 3B6LA 1B7SA 1DKKA 2BLYA 3AZ6A 1IWUA 4FDYA 3J4GA 1LZDA 2EQLA 2G4QA 1QUSA 3WW6A 1JTTL 1IWTA 1SLYA 4LYOA 1GB5A 4H94A 2D91A 3AGHA 2Z2EA 3WXUA 1TBYA 2VB1A 4HPEA 5FDJA 4YEMA 2BQNA 4ETDA 4NEBA 3TMWA 2HEFA 4J1BA 1JISA 5APDA 5KJ9A 1HEOA 3SP3A 5LIOA 1JUGA 2C8OA 2IFFY 5F81A 1GHLA 4RLNA 4UWNA 1IP7A 3AW6A 1FLQA 1IOSA 5LVGA 1GB6A 1I20A 1NHEA 4HV1A 2BPUA 5ILCA 1WTMA 2Q0MX 3A3QA 1AKIA 1GFRA 3D3DA 1GAZA 1YKXX 3WUMA 1GFAA 2I25L 2MEDA 2LYOA 4NY5A 1HELA 4YOPA 1GFJA 4PRQA 5I4YA 1LYSA 1PS5A 3AZ4A 1MELL 4EOFA 4OOOA 1IWZA 4C3WA 1YANA 4U3XB 1TAYA 1C10A 1LCNA 4GCFA 4QGZA 5KXLA 134LA 5DN4A 1INUA 4LYMA 1GFUA 3B0OA 4N8ZA 1IOQA 1JPOA 4NGJA 1LJFA 1LZEA 1CJ8A 4YM8A 5B06A 5HNCA 1NMMA 4NGIA 1B5ZA 4MR1A 4MCKA 4WMGA 4GCDA 2XTHA 4B0DA 1IP3A 1UC0A 1XEJA 3P66A 1B2KA 1IC4Y 1D0MA 2DQEY 2G4PA 1YROA 1OUFA 5B05A 1QTKA 3TXJA 4XJBA 4Z3MA 3WUAA 4N9RA 1C43A 3ULRA 4Z41A 3AYQA 1LZ1A 1LJ3A 3OJPA 2HUBA 1HEPA 1VEDA 1GXV2 2MEHA 2MEBA 1GB8A 2I6ZA 4GCBA 3T6UA 1GFEA 1BWIA 2BQCA 1VATA 2LYZA 1CKDA 5DN5A 3K3TA 1LZNA 1NKHA 2AUBA 5L9JA 1A2YC 1LYYA 1F6RA 4OWCA 1GB9A 1IR8A 1GF9A 4LT1A 4RDSA 4LZTA 3BKHA 4KL7A 1J1OY 1JJ1A 1NQIA 5F9UA 8LYZA 4ETAA 4NWHA 1LPIA 3A96A 2MEEA 5M1YA 4NGKA 1T3PA 4HTNA 4NGLA 2H9KA 3AZ7A 3TMVA 2DQGY 3TXKA 3W6FA 135LA 4WOAA 1LMCA 3RW8A 4H9BA 4XN6A 4WM2A 1B5UA 2FYDA 1JKCA 1YAOA 1RI8B 3W6AA 5C6IA 4H8ZA 1BWHA 1LSNA 2FBDA 1YILA 3AZ5A 5D5FA 5KXXA 2BQIA 1V7SA 4NSGA 1REMA 1LJ4A 3WVXA 1DKJA 1LZTA 4WO9A 193LA 1B7NA 3G3BB 3TMXA 1PZYA 1JSEA 4LT0A 1IP1A 1GD6A 5HQ1A 3WXTA 1LYZA 3HBHA 4DD0A 4OWEA 1HFXA 5T3FA 4IASA 4YENA 3RU5A 1ZV5L 3A94A 3LYTA 4N5RA 4H9FA 2RSCA 4QY9A 4XJIA 4LYTA 3P64A 3D9AC 1NF5A 3P65A 3WPJA 1FDLY 4KXIA 4ETCA 4GCCA 1OUGA 3P68A 4WL6A 4GN3A 1JJ0A 4NWEA 3WPLA 1LYOA 1N4FA 3CSQA 2HU3A 1F6SA 4WM3A 3TXFA 5LVHA 4NGZA 1XGTC 1D0LA 3WPKA 4BS7A 4WL7A 1RJCB 1LZCA 2ZQ4A 1OP9B 4G4HA 4B4IA 4LGKA 1VDSA 1YAMA 5E9RA 4CFPA 3WUNA 1TCYA 4WLTA 5KXZA 3M18B 3AB6A 1DZBX 2XBRA 1B7PA 1B7OA 1FLWA 1JWRA 2B5ZA 2HEEA 1HENA 1LJKA 2D4IA 2YVBA 4OWHA 4L41A 1GB2A 1QDRA 4HJYA 1IOCA 2W1MA 1LTMA 4DDBA 1ZVHL 2XBSA 1GDXA 4NGVA 3LZTA 1QTEA 3WULA 1IC7Y 6LYZA 1B7LA 1WQNA 5LA5A 1RFPA 1LJEA 1GBOA 1LHJA 4PJ2C 4EMNA 1UIFA 2CWIA 1WQOA 1I1ZA 1W6ZA 1XSFA 207LA 3LZ2A 2I26L 1V7TA 4PGJB 5KXTA 1F10A 2MEGA 4WG1A 2BQMA 2BQKA 1EL1A 4XJDA 5HMJA 3N9AA 4G49A 1G7MC 5DLAA 1QSWA 3LN2A 4WLXA 2N5ZA 2BQEA 4J0LA 1LSEA 3J6KA 4TUNA 4I8SA 5HNLA 1OUHA 4ZEEA 1D0KA 4YF2A 1IP6A 1HMLA 4H9AA 3WMKA 4HTQA 5FELA 1IWWA 2YBHA 4BADA 5EBHA 2YSSC 1FLYA 2Z39A 1C46A 5KKIA 1YIKA 2CJLA 4XENA 3WH1A 1GE2A 1UICA 4ZIXA 3A95A 4MSTA 4N1CC 1RCMA 2LZ2A 4WM1A 1LKRA 1LMTA 1GBYA 4H1PA 4NG1A 3TXIA 1VAUA 5I4WA 2HECA 3LYOA 2YBMA 2DQAA 4LYCA 1B5VA 3A91A 1B7MA 1UUZC 2ZWBA 1SQ2L 1JJ3A 2Y8PA 5K7OA 1GFKA 1LJHA 2YBLA 1C45A 1CKGA 3EMSA 4H8XA 4ET9A 1BHZA 1GF0A 1Z55A 4NSIA 3QNGA 1B7RA 6LYTA 3BKVA 3A34A 5LAFA 2DKVA 5A3EA 3ATOA 5AMYA 5APCA 2DQDY 208LA 4YEOA 1LSDA 5KXRA 1LJGA 1CKHA 3WU9A 1HSWA 4H91A 4W96A 4Z98A 3M3UA 1LJNA 3TXEA 1IP4A 1G7JC 1YAPA 2D4KA 3LYZA 3QY4A 4NGYA 4HV2A 1FKVA 1GDWA 1GF4A 1JSFA 4NSJA 1O23A 3EBAB 5L3HA 1GB0A 4LFXA 5B07A 1B5WA 1B5YA 2ZIJA 1OUJA 3WYHA 5KXOA 1IEEA 4ZFPA 4H8YA 4H90A 1AT6A 4ETEA 1REXA 1LAAA 1LZAA 1HEQA 1KXYA 1IP2A 1LMAA 1LSCA 1EQ4A 1KXXA 2YBNA 1OUCA 4UWVA 4TSCA 1UIEA 3TXGA 1XGRC 2HU1A 5A3ZA 1BGIA 1JTPL 1IC5Y 1LZSA 1GB7A 1XGQC 2LZTA 1LZRA 1REYA 3TMUA 1H87A 1JHLA 5KXKA 1JKAA 4X3BA 2BQJA 1QIOA 5KXPA 4XYYA 1GF7A 5KKJA 1LZBA 1LZ4A 2BQOA 4LT2A 2F30A 1GFVA 1F0WA 1UA6Y 1VFBC 4NHTA 4NHSA 4OWAA 2Z2FA 4GN5C 1A4VA 5LVJA 1IP5A 1IY3A 1UIAA 1W08A 2FBBA 2FYCA 1XEKA 5HLLA 3TXHA 1BB5A 1DI3A 1LHIA 1UIGA 1HNLA 2ZNXY 4ETBA 2PC2A 1GBXA 1LSMA 5DM9A 1AT5A 4E3UA 1IO5A 1JTOL 1IWYA 2CDSA 4XADA 3EO5A 1ALCA 2MEIA 4G4CA 5L3IA 1AZFA 1HC0A 3OK0A 2DQJY 3B0KA 2HTXA 1CKCA 1WVVA 1BB4A 1VDPA 3IJVA 3P4ZA 2D6BA 3AJNA 4TSBA 5FCPA 1AM7A 4BAFA 1GF6A 2BQDA 5KXSA 4N0JA 2BQFA 1GB3A 4DT3A 2DQCY 4DC4A 1WQRA 4NGOA 1HMKA 5HMVA 4HJZA 1I56A 3AGIA 3TXBA 1UCOA 2WARA 1H6MA 2ZYCA 4DYGA 3W6EA 1IIZA 4W94A 4ET8A 1CJ9A 1LHKA 3CT1A 3G3AB 2HEBA 4J1AA 2CGIA 5LVIA 3FI7A 4NGWA 3RNXA 5J7CA 1D9UA 3E3DA 2H5ZA 2F2NA 3IJUA 4QEQA 4WLYA 3A92A 4OWBA 1IR7A 3AW7A 2DQFC 132LA 1WQMA 1LZ5A 3CB7A 1KIQC 1LHHA 4PPOA 1KIPC 1IOTA 1WTNA 2Z19A 1FN5A 2YDGA 3CSRA 7LYZA 5KY1A 1XEIA 2HEDA 5B1FA 1BB3A 3A90A 4A7DA 4H9HA 5LXWA 4Z46A 2BQGA 4R0FA 4NHIA 1OUAA 4NHQA 4GN4A 1KXWA 5C6JA 1B7QA 2YBJA 4HSFA 1UBZA 3CT5A 2ZILA 4TWSA 3F6ZA 4WM6A 1GE3A 4WO6A 4G9SA 4LYBA 2D4JA 3HBEX 3T36A 1UACY 1XGUC 1JITA 1JEFA 1LZ9A 1GWDA 2ZQ3A 2MEAA 1GE1A 2BQHA 4NG8A 5DL9A 2Z18A 1DI4A 2A7FA 5FSTA 4CHXA 3RZ4A 5KXYA 1DI5A 1UIDA 1GAYA 2EPEA 3W6DA 4FJRA 3WVYA 2IHLA 5F9XA 1LJIA 4AGAA 1OUBA 1D6QA 4LT3A 1HERA 1LSAA 4O34A 1JKBA 4WLDA 1RE2A 3CT0A 3WU7A 4DD1A 1EQ5A 5I4XA 3QE8A 2A7DA 5I53A 1BB7A 1CKFA 4H9IA 4NSHA 4M4OA 1YAQA 3LYMA 1HHLA 1GEZA 1G7LC 1LSFA 4M6DA 1BVXA 1LSZA 1IORA 1P2CC 1IWVA 5FHWA 4ANRA 1C08C 4NHPA 5IHGA 5E4PA 1HFZA 2BQAA 4DD9A 1GEVA 4R6CA 1GPQC 1LOZA 3N9EA 1LSGA 1GFHA 4HPIA 4H92A 4DD2A 1BB6A 1UIHA 1WQPA 1B9OA 5APEA 4HJVA 5LAGA 1EQEA 1J1PY 1ZMYL 1CJ6A 1IY4A 1FKQA 1GBWA 1IR9A 3RT5X 5C6LA 1BQLY 4P2EA 2XJWA 3VWOA 4GCEA 3WU8A 1VDQA 2EKSC 3A8ZA 3LHMA 4TX7A 1LHLA 5LINA 3B72A 2BQLA 4H9EA 4ML7A 2NWDX 1NBZC 1B5XA 1MLCE 4WG7A 4RW1A 4CFOA 1WQQA 4IATA 1HEWA 3WW5A 9LYZA 2DBTA 1GF3A 1OUIA 1QUTA 2YBIA 4GLAA 4RW2A 5KXNA 5LVKA 1LJJA 3HFMY 2W1LA 1JIYA 1DXJA 2X0AA 4G4BA 4DD7A 1NWGA 4UWUA 1DQJC 4HTKA 1J1XY 1YL0X 1G7IC 5B1GA 3TXDA 1BVKC 4CJ2A 1JKDA 1G7HC 5I54A 4TTDA 1QQYA 3EXDA 2ZNWY 4H93A 3AGGG 1C7PA 1E8LA 1YL1X 1WVUA 1TDYA 4XJFA 2ZIKA 4DWXA 4KT3A 3A67Y 3A6BY 1BWJA 1IWXA 4WM4A 1ZVYB 3KAMA 2LHMA 1IX0A 3B0IA 4HP0A 4OW1A 2BAAA 5FEKA 1B0DA 3FE0A 5II3A 1OUDA 153LA 3A93A 1TEWA 2HEAA 4NIJA 3CSZA 1LMNA 1NBYC 1HF4A 2DQIY 1CNSA 1LZ8A 2MEFA 3W6BA 3ZVQB 5KXWA 5LYMA 3GXKA 2LYMA 1GFTA 3A6CY 3ZVQA 2H9JA 1GBSA 1GBZA 5D5CA 1FLUA 3HBDA 4C5FA 5JENB 1REZA 4J7VA 4RLMA 5IELA 154LA 2W1YA 2MECA 194LA 4PRUA 5KXMA 1LSBA 1UIBA 3ATNA 3A3RX 5F14A 1QSAA 2BLXA 5F16A 4BAPA 4H9CA 5LYTA 5I5QA 2Z12A 1VDTA 4GLVA 1XFPL 4B4EA 4N1EI 1GE4A 4AXTA 4I0CA 4B49A 4DDCA 4WM5A 4LFPA 4CGEA 1DPXA 3GXRA 4XJHA 3W6CA 3CQLA 4XJGA 5ILFA 1LZ6A 1LKSA 1YKZX 4NFVA 4D9ZA 3N9CA 1GE0A 5LA8A 1HSXA 1LSPA 4B4JA 5IDDA 4DDAA 1IVMA 1DPWA 1GF5A 2EIZC 2F4GA 1LZYA 2GV0A 1NDMC 1OUEA 1HEMA 4KPMA 1QDTA 3IWRA 1GF8A 1T6VL 4QDNA 1LHMA 3ZEKA 5B59A 2C8PA 1LMQA 3MGWA 4IJ4A 3WL2A 1CJ7A 4B1AA 1YQVY 4DD3A 1HFYA 2Z38A 1GXXA 1LZGA 1NDGC 4LYZA 1OQMA 2G4NA 5LYZA 2F4AA 2W1XA 1YKYX 2DQHY 2ZYPA 2BQBA 3W3EA 1XGPC 1KIRC 5APFA 1FBIX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LMPA 4II8A 1LMOA 4PHIA 1C6DA 1B7SA 1DKKA 4W51A 2BLYA 1IWUA 2EQLA 1PQDA 2D91A 2Z2EA 1TBYA 4NEBA 4ARQA 5KJ9A 118LA 2B73A 1L89A 1L58A 1QT3A 1GHLA 4RLNA 211LA 1IOSA 3DMXA 1GB6A 5ILCA 114LA 3A3QA 2LCBA 1L96A 1YKXX 3WUMA 1GFAA 4NY5A 1GFJA 4PRQA 1L02A 1SWYA 1IWZA 1YANA 4U3XB 1TAYA 2QARC 157LA 4QGZA 5KXLA 134LA 1IOQA 4NGJA 188LA 5B06A 5HNCA 4MCKA 1XEJA 1LGUA 1IC4Y 1D0MA 2DQEY 1YROA 4XJBA 4Z3MA 4N9RA 1ZWNA 1C43A 4EKSA 1C6IA 196LA 3C82A 1GB8A 1BWIA 2LYZA 1LZNA 249LA 1P37A 231LA 1L25A 125LA 1L13A 2H9KA 1QTDA 3TMVA 3TXKA 4GBRB 135LA 2RB1X 163LA 1L69A 209LA 1B5UA 5C6IA 4H8ZA 1YILA 5D5FA 4NSGA 1REMA 247LA 3WVXA 1DKJA 4WO9A 193LA 1JSEA 1L12A 218LA 1GD6A 5HQ1A 1LYZA 3RU5A 3OE0A 3NY8A 2OEAX 1L80A 1FDLY 4KXIA 3RZEA 111LA 4NWEA 3WPLA 3CSQA 4EPFA 3TXFA 3WPKA 1C69A 2ZQ4A 1YAMA 5KXZA 3M18B 1L05A 2B6TA 2YVBA 1LTMA 2RBOA 1ZVHL 2XBSA 1GDXA 4W56A 1IC7Y 6LYZA 5LA5A 1RFPA 1WTHA 4I7OA 4WG1A 2BQKA 3N9AA 5DLAA 222LA 2BQEA 1LSEA 4I8SA 1OUHA 5I14A 2ANVA 1IP6A 4W52A 1L23A 1IWWA 5EBHA 3WH1A 138LA 2ANXA 4MSTA 2LZ2A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1D6P A;  1LMP A;  4II8 A;  4OOT A;  1LSY A;  1GFG A;  1LMO A;  4PHI A;  133L A;  2Z37 A;  3B6L A;  1B7S A;  1DKK A;  2BLY A;  3AZ6 A;  1IWU A;  4FDY A;  3J4G A;  1LZD A;  2EQL A;  2G4Q A;  1QUS A;  3WW6 A;  1JTT L;  1IWT A;  1SLY A;  4LYO A;  1GB5 A;  4H94 A;  2D91 A;  3AGH A;  2Z2E A;  3WXU A;  1TBY A;  2VB1 A;  4HPE A;  5FDJ A;  4YEM A;  2BQN A;  4ETD A;  4NEB A;  3TMW A;  2HEF A;  4J1B A;  1JIS A;  5APD A;  5KJ9 A;  1HEO A;  3SP3 A;  5LIO A;  1JUG A;  2C8O A;  2IFF Y;  5F81 A;  1GHL A;  4RLN A;  4UWN A;  1IP7 A;  3AW6 A;  1FLQ A;  1IOS A;  5LVG A;  1GB6 A;  1I20 A;  1NHE A;  4HV1 A;  2BPU A;  5ILC A;  1WTM A;  2Q0M X;  3A3Q A;  1AKI A;  1GFR A;  3D3D A;  1GAZ A;  1YKX X;  3WUM A;  1GFA A;  2I25 L;  2MED A;  2LYO A;  4NY5 A;  1HEL A;  4YOP A;  1GFJ A;  4PRQ A;  5I4Y A;  1LYS A;  1PS5 A;  3AZ4 A;  1MEL L;  4EOF A;  4OOO A;  1IWZ A;  4C3W A;  1YAN A;  4U3X B;  1TAY A;  1C10 A;  1LCN A;  4GCF A;  4QGZ A;  5KXL A;  134L A;  5DN4 A;  1INU A;  4LYM A;  1GFU A;  3B0O A;  4N8Z A;  1IOQ A;  1JPO A; 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 4WM4 A;  1ZVY B;  3KAM A;  2LHM A;  1IX0 A;  3B0I A;  4HP0 A;  4OW1 A;  2BAA A;  5FEK A;  1B0D A;  3FE0 A;  5II3 A;  1OUD A;  153L A;  3A93 A;  1TEW A;  2HEA A;  4NIJ A;  3CSZ A;  1LMN A;  1NBY C;  1HF4 A;  2DQI Y;  1CNS A;  1LZ8 A;  2MEF A;  3W6B A;  3ZVQ B;  5KXW A;  5LYM A;  3GXK A;  2LYM A;  1GFT A;  3A6C Y;  3ZVQ A;  2H9J A;  1GBS A;  1GBZ A;  5D5C A;  1FLU A;  3HBD A;  4C5F A;  5JEN B;  1REZ A;  4J7V A;  4RLM A;  5IEL A;  154L A;  2W1Y A;  2MEC A;  194L A;  4PRU A;  5KXM A;  1LSB A;  1UIB A;  3ATN A;  3A3R X;  5F14 A;  1QSA A;  2BLX A;  5F16 A;  4BAP A;  4H9C A;  5LYT A;  5I5Q A;  2Z12 A;  1VDT A;  4GLV A;  1XFP L;  4B4E A;  4N1E I;  1GE4 A;  4AXT A;  4I0C A;  4B49 A;  4DDC A;  4WM5 A;  4LFP A;  4CGE A;  1DPX A;  3GXR A;  4XJH A;  3W6C A;  3CQL A;  4XJG A;  5ILF A;  1LZ6 A;  1LKS A;  1YKZ X;  4NFV A;  4D9Z A;  3N9C A;  1GE0 A;  5LA8 A;  1HSX A;  1LSP A;  4B4J A;  5IDD A;  4DDA A;  1IVM A;  1DPW A;  1GF5 A;  2EIZ C;  2F4G A;  1LZY A;  2GV0 A;  1NDM C;  1OUE A;  1HEM A;  4KPM A;  1QDT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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