4GCEA

Room temperature x-ray diffraction study of a 6-fold molar excess of a cisplatin/carboplatin mixture binding to hewl, dataset 3
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure analysis of the relative binding of cisplatin and carboplatin in a mixture with histidine in a protein studied at 100 and 300 K with repeated X-ray irradiation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4gceA00
4ETAA 4N0JA 2Y8PA 1V7TA 1IP4A 4I8SA 5APFA 132LA 2D91A 1GAZA 2HU1A 3WMKA 1H87A 1BVKC 4L41A 5M1YA 4H92A 5I4YA 1J1PY 3TXDA 5E4PA 1IY3A 4LFPA 1D0MA 4HV1A 2Z37A 1KIPC 5APEA 5F9UA 5LA5A 2HEDA 1F6SA 1ZVHL 2BQEA 4HJZA 1FDLY 1JTPL 2ZNXY 5KKIA 1GBWA 1IP7A 1IORA 1OUGA 3TXJA 1E8LA 4B4EA 4I0CA 5LVJA 1B5ZA 4NSIA 4HPEA 5F9XA 2BQIA 4TWSA 1LZTA 3TXBA 5HNLA 4WL6A 1Z55A 4DDBA 4G9SA 1PZYA 1N4FA 2Z18A 4N1CC 5I4WA 2YBMA 3B72A 1DXJA 3RW8A 1GFRA 1VFBC 4ET9A 1KXXA 7LYZA 1REYA 1T6VL 4NHSA 4UWUA 4DD7A 1G7LC 4M6DA 1GF4A 1VDTA 1B5UA 5C6LA 4RLMA 3A8ZA 1IVMA 4DD0A 1EQ4A 1D0KA 2D4KA 1C43A 2YDGA 4NG8A 4NSHA 3W6DA 1WTMA 1JSEA 1CKFA 1LHHA 4OW1A 1SQ2L 4GLVA 1JIYA 1YANA 1IWTA 4J7VA 4NGLA 1VEDA 4EOFA 1BWIA 1W6ZA 3B0OA 1GB8A 4UWVA 1JSFA 5B06A 1HERA 1LSDA 1T3PA 4H9BA 4TX7A 1D6QA 1YAOA 3TXEA 5C6JA 1C10A 2H5ZA 4NFVA 1FLYA 2MECA 1GB0A 4KXIA 5KXLA 4KL7A 1NDMC 1HMLA 1XGPC 1GF5A 3AYQA 5FCPA 1B7NA 1JJ3A 1GF8A 4HSFA 4ML7A 4NGZA 5APCA 1JKCA 1EL1A 5DN5A 4DD1A 4CFPA 1GBOA 1HMKA 1UIDA 1LYZA 3FE0A 4J0LA 4CGEA 1LZ1A 1YIKA 1GFEA 4GCEA 1B7QA 1DZBX 2HECA 3TMUA 2WARA 4GN5C 1GAYA 3QNGA 4DD9A 2GV0A 1UIBA 1LTMA 1F0WA 2G4QA 5LAFA 1UBZA 3KAMA 4IJ4A 5B59A 4B0DA 2VB1A 3WVYA 1B5XA 3A34A 3EMSA 2DQCY 1CNSA 1JPOA 4G4HA 8LYZA 1LSNA 2MEEA 2X0AA 3LZ2A 1QTEA 4RLNA 1BB7A 1LZYA 4OWHA 3T36A 4M4OA 1REMA 2F4GA 4LYZA 1W08A 5ILFA 1LMNA 5LYMA 3WPLA 1OUFA 1LKRA 1WQPA 4Z41A 4XYYA 4WL7A 4MSTA 1YILA 1GF6A 5F16A 5L3IA 1JJ1A 1XFPL 4J1BA 3IWRA 4OWCA 4WO9A 4B49A 1IIZA 1GB5A 3WU8A 194LA 3A95A 3CT5A 1EQEA 4UWNA 1DQJC 1LMCA 1LZBA 1KIRC 2LYMA 3TMVA 1GB3A 1YQVY 1JITA 1LZSA 4R6CA 1LJ4A 4AXTA 1OQMA 3A6CY 1FKQA 5I5QA 1UIGA 3G3BB 4DDAA 1JISA 4XJGA 1F10A 1LJIA 1WVUA 4QGZA 1GBZA 1IR7A 1YAMA 3CT1A 1RCMA 3LHMA 1JTOL 4AGAA 4DC4A 4G4CA 1SLYA 4BADA 2RSCA 4KT3A 4ET8A 5LINA 3LYOA 2HTXA 1QSWA 1VDSA 3W6AA 2CDSA 2DQEY 1GWDA 1HFXA 1LSYA 1FN5A 4XJHA 1LHKA 1XSFA 3ATNA 4G4BA 1UACY 4LYMA 3TXHA 4HV2A 3W6FA 1GD6A 2MEGA 3AB6A 1YAPA 5FEKA 4BAPA 9LYZA 5JENB 2YBHA 4H8YA 1HFYA 2BAAA 2FBDA 4OWEA 2FYCA 2ZIJA 4PHIA 1CJ6A 1FLUA 1B9OA 5A3EA 1GEVA 1QQYA 4LYTA 2XJWA 2BQNA 2BQKA 5DL9A 4G49A 1G7JC 1LAAA 3P66A 4NGJA 3SP3A 1LJEA 1GDWA 3P68A 4Z98A 5B07A 3BKHA 1LJ3A 3WXTA 1ZV5L 4N8ZA 5A3ZA 2XBRA 1IO5A 4H9EA 1AT6A 1IC4Y 1NBYC 1WQMA 1TBYA 2MEHA 1QUSA 3N9AA 1NWGA 3ULRA 1GEZA 1O23A 3WPKA 1FLQA 1UC0A 3B6LA 3TXIA 5KJ9A 2IFFY 3EBAB 4HTNA 5AMYA 4WLXA 1LHMA 4N5RA 1B5WA 2F30A 1C46A 1LSPA 3QE8A 4E3UA 3TXKA 5IHGA 4WMGA 1AZFA 1PS5A 3A94A 3E3DA 4N1EI 1XEJA 4LYCA 4NHIA 3RT5X 5IELA 4BAFA 1KIQC 4YF2A 4WLTA 1GFVA 1OUBA 4LGKA 1HHLA 1JUGA 4NWHA 1OUDA 4LYOA 1GF9A 3CT0A 1FBIX 1GE0A 1JTTL 1DI3A 4ZEEA 4XADA 1HEOA 2XTHA 1BGIA 193LA 1CKHA 4WLDA 3TMWA 3AGIA 1IP3A 4XN6A 3AZ4A 3RNXA 1QTKA 1C45A 3WW6A 1RE2A 1GFTA 1JKAA 2YBIA 1IP6A 3N9CA 1B7OA 1GB2A 1NKHA 4MCKA 3A91A 3AZ5A 1IY4A 2LYZA 3WPJA 5KXRA 1LKSA 3LN2A 1GF3A 4TTDA 4HP0A 4RW1A 1UCOA 4H8ZA 4HTKA 4Z3MA 133LA 2EIZC 2MEFA 4OWAA 4ANRA 4H8XA 1JKBA 208LA 2BQOA 3ATOA 3CSZA 4WG7A 4B4IA 4GN3A 1GBSA 4CFOA 5LYZA 4W96A 4ZFPA 5KXWA 4GCDA 1OUAA 2A7DA 4H9FA 2BQAA 2AUBA 5IDDA 2BQJA 1B5YA 2G4NA 4NSGA 1IWZA 4DYGA 2HU3A 1B5VA 1YAQA 2D4JA 1HNLA 5LVKA 3W6EA 4DD2A 1GF0A 4II8A 1GFGA 1CJ8A 5KXSA 1JWRA 1UIEA 2YBLA 1GB9A 1INUA 2DQFC 4HTQA 2Q0MX 2Z19A 4NGKA 3QY4A 5DLAA 4U3XB 1GHLA 1OP9B 4YOPA 4OWBA 1BQLY 1GFKA 5FSTA 1LSCA 3RZ4A 4WM4A 1GFHA 1BB5A 4IATA 2BLXA 2YBNA 2C8PA 4HPIA 4PGJB 5ILCA 4HJYA 1BB4A 1BB6A 1LZDA 1WQNA 1F6RA 2PC2A 3OK0A 4GCBA 4NIJA 2BQHA 4YEMA 5HLLA 4TSBA 1LSBA 134LA 1IR8A 1DPXA 1LZEA 1NHEA 1WTNA 3EO5A 1NF5A 4PRQA 3W6CA 1LZ5A 5LVHA 1LZGA 2YVBA 1LYOA 4H93A 4LZTA 5KXYA 3CB7A 3TXFA 1IOTA 135LA 1LOZA 3WULA 3A3QA 3ZVQA 3J6KA 4NGOA 1GFJA 4WO6A 4YEOA 1C08C 1B0DA 1D0LA 4NEBA 1LMPA 1DKKA 1IWYA 2NWDX 3T6UA 2B5ZA 4NG1A 3W6BA 2CWIA 4OOOA 3TXGA 1LSZA 1FKVA 4J1AA 4YENA 2I26L 4IASA 5I53A 3CSQA 3LYTA 1DPWA 1QSAA 1LZNA 4NY5A 2FYDA 2I6ZA 1J1OY 3G3AB 1CJ9A 5E9RA 4DWXA 2BQGA 1LZ4A 2ZQ3A 3AGGG 1RI8B 1QDTA 1B2KA 3F6ZA 4GN4A 1LZRA 5HQ1A 5LVIA 2BQMA 4GCCA 1IP2A 5I4XA 4PPOA 1I56A 1IWWA 5L9JA 1GXV2 2LHMA 3A90A 2W1XA 4XJBA 1RJCB 3AGHA 1LMQA 1HENA 1UIHA 5B1FA 1CKGA 4WM6A 1AM7A 1TAYA 2W1MA 1LCNA 1LHJA 4NGIA 1EQ5A 1A4VA 1LMAA 4XJFA 5KXXA 3AZ7A 1LZ6A 4RW2A 4DD3A 3A92A 5KXZA 1BHZA 1J1XY 1UIAA 2HEFA 4X3BA 5LYTA 4PRUA 1LSEA 1NMMA 1QUTA 3LYZA 1CJ7A 3N9EA 4C3WA 3WU9A 3AJNA 2W1LA 1GPQC 4H1PA 6LYZA 1IC5Y 4C5FA 1BWJA 1NDGC 4WM2A 4MR1A 3W3EA 4H9IA 5D5FA 1IP5A 1OUIA 2LZTA 3LYMA 1HC0A 4H9CA 3WUNA 4NGYA 1LSMA 2ZNWY 4CJ2A 3CQLA 1B7PA 4H94A 4XJIA 2MEDA 3J4GA 1VDQA 1DI4A 2DQJY 1OUHA 1XGQC 1HEWA 5APDA 1HEMA 3A93A 2EKSC 4YM8A 1KXYA 1LHLA 3IJUA 3MGWA 1G7MC 1IR9A 5KXOA 2MEAA 2A7FA 1GE3A 1IC7Y 5D5CA 5I54A 1LZCA 1IOCA 1HSWA 1I20A 4P2EA 2DKVA 2YSSC 1I1ZA 1NQIA 3WL2A 1GFUA 2D4IA 3HBDA 1LJFA 1BB3A 2ZWBA 2DBTA 2ZQ4A 5F81A 4CHXA 154LA 1V7SA 2DQHY 4A7DA 4B1AA 1XGTC 4GCFA 1WVVA 3A3RX 4NGWA 3TMXA 4ZIXA 2ZYPA 3OJPA 4ETEA 1GFAA 1P2CC 2BQFA 4NHQA 1YKYX 2BPUA 2CGIA 2XBSA 1HSXA 1UIFA 3P4ZA 4BS7A 1BVXA 1WQQA 1OUEA 2Z39A 5HMJA 4W94A 1YROA 4XENA 5FELA 3HBEX 4LYBA 4D9ZA 1GB7A 1IWXA 4QDNA 5KY1A 2I25L 1GF7A 1WQRA 1LSAA 1LJKA 207LA 1HELA 2Z12A 4PJ2C 1CKDA 2BLYA 5LAGA 1B7RA 1B7LA 1LYYA 1LSGA 1TDYA 1IP1A 1G7HC 3A67Y 4LT0A 1GDXA 1VDPA 5KKJA 1FLWA 1GE2A 5C6IA 3GXRA 1LSFA 1GBYA 3WUAA 1H6MA 1OUJA 2HEBA 1GXXA 1IX0A 2EQLA 1GE1A 3FI7A 5LIOA 4H91A 4RDSA 1D6PA 1LMTA 5KXKA 3LZTA 2DQDY 1QIOA 3B0KA 3WU7A 4KPMA 5B1GA 3WXUA 4LFXA 3WH1A 2C8OA 1HEPA 3P64A 4NSJA 5LVGA 4LT1A 4EMNA 1LZ9A 4NHPA 2W1YA 1NBZC 2Z2EA 1YKXX 2ZILA 4NGVA 4R0FA 4ETDA 3EXDA 1ALCA 3IJVA 3WUMA 3RU5A 1DI5A 1MELL 1ZMYL 3GXKA 1LJNA 4WLYA 1TEWA 3ZEKA 2DQIY 5HMVA 3D3DA 3VWOA 1YKZX 1IOQA 5FDJA 4H9AA 1LHIA 2F2NA 2HEAA 4B4JA 1YL0X 153LA 1JHLA 2Z2FA 1UA6Y 3M3UA 1RFPA 1JKDA 1HF4A 1REXA 3AW6A 3BKVA 4H90A 1B7SA 4O34A 1LZ8A 1GE4A 4DT3A 4ETBA 1VATA 3A96A 2BQLA 3AW7A 4QY9A 1XGRC 1LZAA 2BQBA 1CKCA 4LT2A 3AZ6A 4WM1A 4TSCA 2CJLA 4WM5A 2HUBA 1LJHA 1REZA 1TCYA 1IWVA 1YL1X 3D9AC 1ZVYB 2HEEA 1LYSA 1A2YC 3ZVQB 4TUNA 1JEFA 1JJ0A 2N5ZA 4WM3A 1XGUC 5LXWA 5DN4A 4NWEA 4LT3A 1DKJA 2MEIA 2ZYCA 1QDRA 1KXWA 2EPEA 1BWHA 5EBHA 5LA8A 2DQAA 3HFMY 1GB6A 4DDCA 2H9JA 1AT5A 4FJRA 1B7MA 4WG1A 5KXTA 5T3FA 3WW5A 1C7PA 1OUCA 4N9RA 3WYHA 1VAUA 1IWUA 5HNCA 2LYOA 3WVXA 2G4PA 4QEQA 4XJDA 2ZIKA 5KXPA 2IHLA 1LPIA 3A6BY 1UUZC 2H9KA 4NHTA 2MEBA 1IOSA 1WQOA 1XEIA 4OOTA 4HJVA 3K3TA 1G7IC 1HFZA 3HBHA 2BQCA 5KXNA 5K7OA 2FBBA 1LMOA 5B05A 5II3A 2D6BA 1AKIA 2BQDA 1D9UA 1HEQA 1GBXA 3M18B 4ETCA 1UICA 2DQGY 3P65A 4FDYA 4Z46A 1IEEA 5DM9A 6LYTA 5FHWA 5KXMA 2YBJA 5L3HA 1LJGA 3B0IA 4H9HA 2F4AA 3CSRA 4WOAA 1LJJA 4GLAA 5J7CA 1MLCE 2Z38A 2LZ2A 1XEKA 5F14A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ETAA 2Y8PA 1IP4A 132LA 2D91A 3WMKA 1H87A 1BVKC 5M1YA 5I4YA 5LZMA 3TXDA 1IY3A 1D0MA 2Z37A 1KIPC 152LA 4HJZA 1L69A 5KKIA 1GBWA 1KNIA 5F9XA 4NSIA 4ARJA 162LA 4TWSA 3TXBA 5HNLA 4DDBA 3C83A 1PZYA 1N4FA 1QUGA 1L04A 4ET9A 1DXJA 1VFBC 1L56A 7LYZA 1REYA 1T6VL 1L75A 5C6LA 1B5UA 223LA 3HTDA 1IVMA 4NG8A 1C43A 1JSEA 4I7PA 4OW1A 4GLVA 1IWTA 1VEDA 1BWIA 1W6ZA 4B4EA 1L68A 4UWVA 4TX7A 2F32A 4NFVA 1PQMA 4KXIA 1C60A 1NDMC 3GUMA 2B6XA 1L15A 3AYQA 230LA 1C66A 1GF8A 166LA 4NGZA 1JKCA 5DN5A 4CFPA 1GBOA 4GCEA 2HECA 1OWZA 1GAYA 3QNGA 1UIBA 1G1WA 5LAFA 1UBZA 2RBOA 5B59A 4I7NA 3A34A 3EMSA 2DQCY 3SBBC 4G4HA 8LYZA 1L45A 1LZYA 3T36A 1W08A 1LKRA 4Z41A 1QTHA 3C8RA 1L22A 5L3IA 3IWRA 4OWCA 155LA 2RBRA 194LA 3A95A 1YQVY 4AXTA 1JITA 4R6CA 1P56A 3A6CY 1L77A 3G3BB 1JISA 4XJGA 1IR7A 3LHMA 1JTOL 3NY9A 1PQKA 1SLYA 3C82A 1C6IA 2RBSA 104LA 1GD6A 2MEGA 1YAPA 1CTWA 2B6ZA 1T8AA 1LI6A 4PHIA 1GEVA 4G49A 1LAAA 4Z98A 5B07A 4PK0A 2XBRA 1WQMA 1TBYA 4GBRB 1QUSA 3ULRA 1GEZA 4HTNA 1P6YA 1L19A 1LHMA 1QT6A 2B74A 4E3UA 186LA 1QUOA 3TXKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ETA A;  4N0J A;  2Y8P A;  1V7T A;  1IP4 A;  4I8S A;  5APF A;  132L A;  2D91 A;  1GAZ A;  2HU1 A;  3WMK A;  1H87 A;  1BVK C;  4L41 A;  5M1Y A;  4H92 A;  5I4Y A;  1J1P Y;  3TXD A;  5E4P A;  1IY3 A;  4LFP A;  1D0M A;  4HV1 A;  2Z37 A;  1KIP C;  5APE A;  5F9U A;  5LA5 A;  2HED A;  1F6S A;  1ZVH L;  2BQE A;  4HJZ A;  1FDL Y;  1JTP L;  2ZNX Y;  5KKI A;  1GBW A;  1IP7 A;  1IOR A;  1OUG A;  3TXJ A;  1E8L A;  4B4E A;  4I0C A;  5LVJ A;  1B5Z A;  4NSI A;  4HPE A;  5F9X A;  2BQI A;  4TWS A;  1LZT A;  3TXB A;  5HNL A;  4WL6 A;  1Z55 A;  4DDB A;  4G9S A;  1PZY A;  1N4F A;  2Z18 A;  4N1C C;  5I4W A;  2YBM A;  3B72 A;  1DXJ A;  3RW8 A;  1GFR A;  1VFB C;  4ET9 A;  1KXX A;  7LYZ A;  1REY A;  1T6V L;  4NHS A;  4UWU A;  4DD7 A;  1G7L C;  4M6D A;  1GF4 A;  1VDT A;  1B5U A;  5C6L A;  4RLM A;  3A8Z A;  1IVM A;  4DD0 A;  1EQ4 A;  1D0K A;  2D4K A;  1C43 A;  2YDG A;  4NG8 A;  4NSH A;  3W6D A;  1WTM A;  1JSE A;  1CKF A;  1LHH A;  4OW1 A;  1SQ2 L;  4GLV A;  1JIY A;  1YAN A;  1IWT A;  4J7V A;  4NGL A;  1VED A;  4EOF A; 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 1YL0 X;  153L A;  1JHL A;  2Z2F A;  1UA6 Y;  3M3U A;  1RFP A;  1JKD A;  1HF4 A;  1REX A;  3AW6 A;  3BKV A;  4H90 A;  1B7S A;  4O34 A;  1LZ8 A;  1GE4 A;  4DT3 A;  4ETB A;  1VAT A;  3A96 A;  2BQL A;  3AW7 A;  4QY9 A;  1XGR C;  1LZA A;  2BQB A;  1CKC A;  4LT2 A;  3AZ6 A;  4WM1 A;  4TSC A;  2CJL A;  4WM5 A;  2HUB A;  1LJH A;  1REZ A;  1TCY A;  1IWV A;  1YL1 X;  3D9A C;  1ZVY B;  2HEE A;  1LYS A;  1A2Y C;  3ZVQ B;  4TUN A;  1JEF A;  1JJ0 A;  2N5Z A;  4WM3 A;  1XGU C;  5LXW A;  5DN4 A;  4NWE A;  4LT3 A;  1DKJ A;  2MEI A;  2ZYC A;  1QDR A;  1KXW A;  2EPE A;  1BWH A;  5EBH A;  5LA8 A;  2DQA A;  3HFM Y;  1GB6 A;  4DDC A;  2H9J A;  1AT5 A;  4FJR A;  1B7M A;  4WG1 A;  5KXT A;  5T3F A;  3WW5 A;  1C7P A;  1OUC A;  4N9R A;  3WYH A;  1VAU A;  1IWU A;  5HNC A;  2LYO A;  3WVX A;  2G4P A;  4QEQ A;  4XJD A;  2ZIK A;  5KXP A;  2IHL A;  1LPI A;  3A6B Y;  1UUZ C;  2H9K A;  4NHT A;  2MEB A;  1IOS A;  1WQO A;  1XEI A;  4OOT A;  4HJV A;  3K3T A;  1G7I C;  1HFZ A;  3HBH A;  2BQC A;  5KXN A;  5K7O A;  2FBB A;  1LMO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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