4GN4A

Obody am2ep06 bound to hen egg-white lysozyme
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Tracking Molecular Recognition at the Atomic Level with a New Protein Scaffold Based on the OB-Fold.
pubmed doi rcsb
molecule keywords OBody AM2EP06
molecule tags De novo protein/hydrolase
source organism Pyrobaculum aerophilum
total genus 55
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4gn4A00
1LMNA 1XFPL 1BGIA 1UIEA 1LSPA 1IWUA 1GAYA 1GDXA 154LA 4WLDA 2ZQ3A 1YKZX 1OUCA 1GE0A 2GV0A 2W1LA 4LFXA 1EL1A 5I54A 4TSBA 1BHZA 3IJUA 4DDBA 1IP2A 4PHIA 3T6UA 4Z41A 3TXEA 1IR9A 2HECA 4H8YA 1QDTA 2MEDA 4HV1A 4NGKA 4NWHA 4YM8A 1KIQC 5LVHA 1C45A 1LMTA 1DKJA 207LA 2BQJA 4XJGA 1OUJA 3LHMA 1AKIA 4QEQA 4WLXA 5KXTA 5LVGA 3W6BA 4NGJA 5LYMA 2YVBA 1CJ9A 3RU5A 1QDRA 2BQAA 3J4GA 1LHMA 1JISA 3HFMY 1SQ2L 5LA8A 2W1YA 2DQGY 2Z19A 1HELA 4H9CA 2YSSC 4WM1A 3IWRA 1B7QA 1LHHA 3P65A 4NGVA 3J6KA 4R0FA 4HJVA 3A3RX 3ZVQA 1B7MA 1DXJA 1VDSA 4WL7A 4C5FA 1HEWA 2NWDX 1GF0A 4NGYA 1VEDA 4DD3A 3EBAB 4D9ZA 2PC2A 1T6VL 4NG8A 1LZDA 4GN4A 1FLUA 1XGPC 1BB4A 1IWWA 2DQCY 4XENA 4H94A 3WL2A 1DI4A 1JTOL 1TBYA 1JJ0A 2F4AA 2YBIA 1GF8A 5APDA 1GBOA 1A2YC 5LA5A 1IORA 3W6FA 1KXYA 5C6IA 1LJIA 4GCDA 1JTPL 4LYTA 4W96A 5FEKA 2HU3A 1LYZA 2BQEA 5APEA 1YKYX 3A90A 1IOQA 1B5VA 4UWUA 2D4JA 1JSFA 1REZA 3WPJA 5II3A 1LZSA 1JKBA 4CFOA 1RI8B 1J1PY 1LSCA 1ZMYL 1D0MA 3A34A 4HP0A 1UACY 3SP3A 1OP9B 1FDLY 1PZYA 1W6ZA 4H9FA 5A3ZA 1DZBX 1OUGA 4KXIA 1YQVY 7LYZA 4G4HA 1ZV5L 2IHLA 4WG7A 3AW7A 1JJ3A 2D4IA 3K3TA 1IX0A 1BVXA 3QNGA 5LYTA 1CJ7A 3IJVA 4YENA 1HENA 1GD6A 4TTDA 1LZ5A 1IWZA 4NEBA 2BQNA 1DPWA 4WLYA 2CJLA 4B0DA 4HPEA 4PGJB 1TCYA 2BQMA 4GCBA 4QDNA 1D9UA 1LHLA 4GN5C 2DQFC 1GFGA 3RZ4A 4KL7A 4HJZA 4LT2A 1C43A 2ZNWY 3CT5A 1BQLY 1NWGA 4G4CA 4RW1A 5LAGA 4OOTA 3AGIA 1AT5A 1LJNA 4N1CC 5B07A 2D4KA 5F14A 1BWIA 3CSRA 1GWDA 4GN3A 4WM4A 4ZFPA 5IHGA 1LZYA 3RW8A 3TXHA 1C46A 153LA 2YBJA 1LZEA 3HBDA 1IR8A 1DPXA 1LSGA 1ZVYB 2LZTA 2FBBA 2MEFA 1LJGA 1TDYA 4N1EI 2Z38A 1F6SA 1LZBA 4DT3A 1QSWA 1LZRA 5KXRA 5D5CA 1LMPA 2XBSA 1QIOA 4J1BA 2LYZA 1JIYA 4LT3A 4J0LA 4N0JA 1IOTA 4TX7A 4LYCA 3TXKA 4WOAA 2MEIA 3TXIA 4E3UA 1UIHA 1JKAA 4NGLA 4XJHA 1DKKA 1LHJA 4OWHA 4OW1A 4W94A 5F9UA 1O23A 3T36A 1INUA 1IP5A 1LZCA 4DD7A 2BQHA 1GEZA 2HTXA 5HNLA 1UIBA 1E8LA 5KXLA 4XJDA 4XYYA 5F16A 4A7DA 1GFAA 1J1OY 1LJ4A 3CQLA 3G3BB 1LHKA 2BPUA 2YBLA 3LN2A 1GHLA 1GB6A 5LVIA 3WW5A 3WW6A 5HMVA 1XGQC 5I4XA 1GE1A 1I56A 4DD2A 3MGWA 1CNSA 1REXA 1LJJA 1NF5A 1QTEA 2ZWBA 4J7VA 3TXGA 2DQAA 2MEEA 4WLTA 4XN6A 4NY5A 1N4FA 3N9AA 4DD9A 4NHTA 3A8ZA 4OOOA 1AT6A 4H93A 4G4BA 5DL9A 1OUIA 1LJ3A 1GXXA 1WQQA 1JWRA 1QTKA 3HBEX 2XTHA 1YROA 2Z2EA 5B59A 8LYZA 1NDMC 3W6DA 5B1FA 1RJCB 2EIZC 2C8PA 4H9IA 4NHIA 1GB5A 3AZ7A 4TSCA 4YEOA 5K7OA 1AM7A 2WARA 4H8ZA 5A3EA 3B72A 1LYYA 5HLLA 1G7LC 1GBXA 4WMGA 4PJ2C 1GPQC 3LYZA 2ZYCA 1LSMA 5HNCA 3AZ6A 4ET8A 1B7RA 1LSBA 5KXXA 1IVMA 2DKVA 4II8A 2BQCA 4XJFA 1BVKC 1GB7A 4Z3MA 1G7JC 4RLNA 5B06A 133LA 2MEBA 5C6JA 5KXZA 4DYGA 9LYZA 4XJIA 1LZTA 4HSFA 1YAPA 4NIJA 3QE8A 5E4PA 1OUAA 5LIOA 4NSGA 2MEGA 4OWBA 5KXSA 1TEWA 2HUBA 4LT0A 1XEKA 3GXRA 2Q0MX 1VATA 1LMCA 5KY1A 1B7SA 4XADA 1GF5A 1OQMA 1WQNA 1YL0X 4UWVA 1SLYA 1GB9A 4DD1A 1V7TA 1HF4A 3CSZA 3TMXA 1LJFA 4PRQA 1OUBA 2DBTA 2A7DA 4CFPA 1GFVA 1B0DA 1GFRA 4HTKA 4LYBA 4RW2A 1LOZA 2XBRA 1NBZC 3EO5A 3WULA 2YBMA 4WL6A 1NDGC 5FHWA 2G4QA 1KXXA 3AJNA 1KXWA 4LYOA 1C08C 4FDYA 1UIGA 4IASA 2DQIY 1TAYA 4GLAA 1CJ6A 2CDSA 3ATOA 1OUFA 3VWOA 4H9EA 4TWSA 2BQIA 5KJ9A 1CKCA 3WXTA 1GF7A 3ZEKA 1FKVA 4NWEA 1ALCA 1B7LA 4LT1A 4HTNA 1GB3A 1YKXX 3A67Y 2CWIA 3AW6A 3WYHA 1D0LA 3P4ZA 2ZQ4A 2Z37A 5KXKA 2H5ZA 1G7MC 4NHSA 5KKIA 1IWXA 1HFZA 3LZ2A 5IELA 1FKQA 2CGIA 4MCKA 4G49A 1BB7A 3D3DA 3M3UA 1HEOA 1GFHA 2Y8PA 1GF6A 1VDTA 3CB7A 3ZVQB 1LAAA 1G7IC 1D6PA 4N8ZA 1CKDA 1GBWA 2BQGA 1RFPA 4HPIA 4XJBA 4ZEEA 4KPMA 6LYTA 1GFTA 2FYDA 2C8OA 5DN5A 4AXTA 1LZ6A 5LAFA 1IWVA 3WVXA 1XGUC 1LSZA 2Z12A 2LZ2A 1HSXA 2BAAA 1LPIA 2F4GA 2HEEA 2F2NA 3LYTA 4O34A 4YOPA 5FCPA 3A91A 1CJ8A 4NSJA 1GFJA 1LYSA 1UC0A 2ZILA 3WU8A 1OUDA 2ZIJA 1FN5A 1VDPA 3E3DA 1GF3A 1B5ZA 1LMQA 1BWHA 2LHMA 4NG1A 4ETCA 1UUZC 1VDQA 1QQYA 1LJKA 1V7SA 1HNLA 1LSEA 2B5ZA 2BQOA 1JJ1A 1B2KA 4Z46A 1LKSA 3AGHA 4WO9A 1YL1X 2ZNXY 1JTTL 1LSYA 1IP4A 4GCCA 1EQ4A 4QGZA 3B0IA 1CKFA 5APCA 1LTMA 5J7CA 4ETEA 1LSNA 1UIDA 3A94A 1GFKA 4ETBA 1NQIA 1WQOA 1H6MA 1XEIA 3A6BY 3RNXA 1LSDA 1IP3A 135LA 1HFXA 3QY4A 5EBHA 3TXDA 1RCMA 1D6QA 1B5XA 5ILCA 2DQJY 1B5WA 3LYMA 4DD0A 5JENB 1UA6Y 3B6LA 5I53A 4NGOA 1LJEA 3EXDA 5FELA 3TXBA 1C10A 3B0OA 1GF9A 1IC5Y 4ML7A 4YF2A 5E9RA 4B4JA 3CT1A 3P66A 3WUMA 5LINA 2BQLA 4FJRA 2HEAA 4DC4A 4MR1A 2ZIKA 4IJ4A 2G4PA 4DDCA 4LZTA 2DQHY 3LYOA 2BQFA 1C7PA 1FLYA 3N9EA 3TMUA 1GFEA 2MECA 1B5UA 4PRUA 5FSTA 3KAMA 1IC7Y 1REMA 3AYQA 3OJPA 4UWNA 4RDSA 3WPKA 1YAMA 4H91A 1W08A 4OWEA 1NKHA 2BLYA 1GB2A 1GAZA 1HEQA 4CJ2A 2EQLA 4X3BA 1DI5A 1VFBC 1GF4A 1BB5A 1IP1A 1OUHA 4WM2A 5I4YA 1B7OA 2EPEA 1GEVA 3CSQA 4GCEA 4WM3A 4OWCA 3WU7A 2LYMA 4BAFA 5C6LA 2FBDA 4CGEA 1JKCA 1JPOA 5LVKA 2BQDA 4LFPA 2H9JA 2X0AA 4CHXA 4Z98A 5FDJA 4N5RA 1GFUA 1UIFA 2W1XA 3AZ4A 3WVYA 3WXUA 4I8SA 1GB8A 1JSEA 4KT3A 1VAUA 1WVVA 1GBZA 1D0KA 2G4NA 3BKVA 1I1ZA 4HJYA 3W3EA 2LYOA 3TMVA 1IOSA 1YANA 2F30A 1B7PA 3OK0A 1LMOA 1LYOA 1B7NA 4MSTA 1BWJA 2EKSC 4GLVA 1F10A 1HEMA 2A7FA 2YBNA 3D9AC 1FBIX 5KXWA 4P2EA 4N9RA 4EOFA 3EMSA 1YAOA 5L9JA 5KXOA 1KIRC 1WQPA 2Z18A 3A95A 3TXFA 4M4OA 3TMWA 5HMJA 5KKJA 1WQRA 2I6ZA 4NFVA 1G7HC 3WPLA 1UCOA 1PS5A 1HMLA 1XEJA 1FLWA 1YILA 5D5FA 5ILFA 1UIAA 2I25L 3FI7A 1IWYA 1LZ8A 1A4VA 1DQJC 3M18B 2MEHA 2W1MA 4WM6A 1LKRA 1QSAA 2DQDY 5APFA 3N9CA 4ET9A 1IWTA 4WM5A 5AMYA 1BB3A 5F81A 4GCFA 4WG1A 1ZVHL 4TUNA 5KXYA 1LSFA 1LZNA 1XGRC 1IEEA 1UBZA 1IOCA 5I5QA 1GE2A 1NBYC 1BB6A 1LZGA 1LZ9A 4BS7A 1WTMA 4H90A 1GXV2 5LYZA 1LMAA 1HMKA 1NHEA 1HC0A 2BQBA 1RE2A 1QUSA 2D91A 4H9HA 5DN4A 1OUEA 132LA 3AZ5A 3RT5X 3P68A 5LVJA 1JUGA 4BAPA 2Z39A 5IDDA 4NSHA 2AUBA 4ANRA 5DM9A 4HTQA 1REYA 5L3HA 3WUAA 1Z55A 1GB0A 1LJHA 4LYMA 1JKDA 3HBHA 4NGZA 3AB6A 1IR7A 5M1YA 5T3FA 1MLCE 2D6BA 2Z2FA 4EMNA 5LXWA 4QY9A 1I20A 1WTNA 4DWXA 2HEDA 4ETDA 4NHQA 2VB1A 4L41A 4B4IA 2MEAA 4B1AA 1F6RA 3BKHA 4HV2A 1IIZA 3W6CA 4H92A 3W6AA 1UICA 4RLMA 2HEBA 3ULRA 2DQEY 3LZTA 5B05A 1HEPA 1GBYA 4AGAA 1JEFA 1IY3A 1JITA 1LSAA 1XGTC 2HEFA 3G3AB 3A92A 4WO6A 1WVUA 3WH1A 3WU9A 4G9SA 2BLXA 3P64A 1GE3A 5KXMA 1EQ5A 1GBSA 1B5YA 4OWAA 4NGWA 2RSCA 1WQMA 2ZYPA 4PPOA 1XSFA 3GXKA 5HQ1A 1LZ4A 3A93A 1LHIA 4IATA 4B49A 1GDWA 1LZ1A 3WUNA 3A3QA 4R6CA 1IP7A 1IO5A 3B0KA 5KXPA 1LZAA 2YBHA 4U3XB 4M6DA 5L3IA 1YAQA 3WMKA 1IY4A 2FYCA 4I0CA 4DDAA 4ZIXA 2XJWA 3AGGG 4H9AA 1QUTA 208LA 1DI3A 5KXNA 1HFYA 193LA 1YIKA 1CKGA 4J1AA 1GE4A 4H8XA 4H9BA 1AZFA 3TXJA 3ATNA 134LA 3CT0A 3W6EA 5I4WA 6LYZA 1HSWA 4H1PA 4BADA 2IFFY 2N5ZA 4B4EA 1IC4Y 1HERA 1NMMA 1LCNA 4NSIA 4C3WA 1T3PA 1IP6A 1F0WA 1B9OA 3A6CY 4YEMA 4NGIA 1CKHA 3A96A 4LGKA 5DLAA 5B1GA 3FE0A 4NHPA 4LYZA 2HU1A 1KIPC 1EQEA 1P2CC 194LA 1HHLA 1MELL 2YDGA 1FLQA 1JHLA 4ETAA 2H9KA 5F9XA 2I26L 2BQKA 3F6ZA 1J1XY 1H87A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QT4A 1BGIA 4W53A 1GDXA 4LDLA 2ZQ3A 4LFXA 1L12A 1EL1A 238LA 4S0WA 3IJUA 4Z41A 3TXEA 1IR9A 1QDTA 2MEDA 1L70A 2B6XA 4NGKA 4NWHA 1LMTA 3SB8A 1CX6A 4NGJA 2YVBA 4YX7C 2BQAA 1JISA 258LA 3C7YA 2W1YA 2YSSC 4WM1A 3IWRA 1LHHA 1C69A 1DXJA 1VDSA 205LA 4NG8A 3SBBC 1IWWA 2DQCY 119LA 3WL2A 2F4AA 1C6JA 5APDA 1L59A 5LA5A 3W6FA 1LJIA 1LZSA 1JKBA 3C83A 1D0MA 1OP9B 4H9FA 1PQIA 1OUGA 7LYZA 3DMZA 1L49A 1ZV5L 1C6AA 3QNGA 1LGWA 3DMXA 4YENA 1TCYA 1L34A 1D9UA 1GFGA 246LA 4HJZA 2ZNWY 5LAGA 125LA 4OOTA 1L0KA 5B07A 3CSRA 1LZYA 3FI5A 1L11A 1ZVYB 1DPXA 1QTHA 2Z38A 184LA 3C8SA 3HT7A 4I7OA 5D5CA 1QIOA 256LA 4N0JA 4LDEA 1IOTA 4TX7A 3TXKA 1OV7A 1QT8A 1DKKA 1UIBA 3LN2A 1PQJA 2BPUA 1GHLA 1GB6A 3HH6A 1OYUA 4W59A 1I56A 5LZMA 2ZWBA 1K28A 2DQAA 2MEEA 4NY5A 3NY9A 1P3NA 1KY1A 4OOOA 4H93A 1L30A 1KW5A 2B75A 1QTKA 2Z2EA 1NDMC 177LA 3W6DA 4TSCA 2C8PA 1GB5A 5A3EA 3B72A 1C68A 1L17A 1GBXA 1LSMA 2B6WA 3AZ6A 1LSBA 1CV0A 4XJFA 1BVKC 1L27A 133LA 5C6JA 5KXZA 4DYGA 2O7AA 5E4PA 5LIOA 1L05A 4LT0A 3GXRA 220LA 1B7SA 4I7JA 1L06A 1SLYA 3HH3A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LMN A;  1XFP L;  1BGI A;  1UIE A;  1LSP A;  1IWU A;  1GAY A;  1GDX A;  154L A;  4WLD A;  2ZQ3 A;  1YKZ X;  1OUC A;  1GE0 A;  2GV0 A;  2W1L A;  4LFX A;  1EL1 A;  5I54 A;  4TSB A;  1BHZ A;  3IJU A;  4DDB A;  1IP2 A;  4PHI A;  3T6U A;  4Z41 A;  3TXE A;  1IR9 A;  2HEC A;  4H8Y A;  1QDT A;  2MED A;  4HV1 A;  4NGK A;  4NWH A;  4YM8 A;  1KIQ C;  5LVH A;  1C45 A;  1LMT A;  1DKJ A;  207L A;  2BQJ A;  4XJG A;  1OUJ A;  3LHM A;  1AKI A;  4QEQ A;  4WLX A;  5KXT A;  5LVG A;  3W6B A;  4NGJ A;  5LYM A;  2YVB A;  1CJ9 A;  3RU5 A;  1QDR A;  2BQA A;  3J4G A;  1LHM A;  1JIS A;  3HFM Y;  1SQ2 L;  5LA8 A;  2W1Y A;  2DQG Y;  2Z19 A;  1HEL A;  4H9C A;  2YSS C;  4WM1 A;  3IWR A;  1B7Q A;  1LHH A;  3P65 A;  4NGV A;  3J6K A;  4R0F A;  4HJV A;  3A3R X;  3ZVQ A;  1B7M A;  1DXJ A;  1VDS A;  4WL7 A;  4C5F A;  1HEW A;  2NWD X;  1GF0 A;  4NGY A;  1VED A;  4DD3 A;  3EBA B;  4D9Z A;  2PC2 A;  1T6V L;  4NG8 A;  1LZD A;  4GN4 A;  1FLU A;  1XGP C;  1BB4 A;  1IWW A;  2DQC Y;  4XEN A;  4H94 A;  3WL2 A;  1DI4 A;  1JTO L;  1TBY A; 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 2HED A;  4ETD A;  4NHQ A;  2VB1 A;  4L41 A;  4B4I A;  2MEA A;  4B1A A;  1F6R A;  3BKH A;  4HV2 A;  1IIZ A;  3W6C A;  4H92 A;  3W6A A;  1UIC A;  4RLM A;  2HEB A;  3ULR A;  2DQE Y;  3LZT A;  5B05 A;  1HEP A;  1GBY A;  4AGA A;  1JEF A;  1IY3 A;  1JIT A;  1LSA A;  1XGT C;  2HEF A;  3G3A B;  3A92 A;  4WO6 A;  1WVU A;  3WH1 A;  3WU9 A;  4G9S A;  2BLX A;  3P64 A;  1GE3 A;  5KXM A;  1EQ5 A;  1GBS A;  1B5Y A;  4OWA A;  4NGW A;  2RSC A;  1WQM A;  2ZYP A;  4PPO A;  1XSF A;  3GXK A;  5HQ1 A;  1LZ4 A;  3A93 A;  1LHI A;  4IAT A;  4B49 A;  1GDW A;  1LZ1 A;  3WUN A;  3A3Q A;  4R6C A;  1IP7 A;  1IO5 A;  3B0K A;  5KXP A;  1LZA A;  2YBH A;  4U3X B;  4M6D A;  5L3I A;  1YAQ A;  3WMK A;  1IY4 A;  2FYC A;  4I0C A;  4DDA A;  4ZIX A;  2XJW A;  3AGG G;  4H9A A;  1QUT A;  208L A;  1DI3 A;  5KXN A;  1HFY A;  193L A;  1YIK A;  1CKG A;  4J1A A;  1GE4 A;  4H8X A;  4H9B A;  1AZF A;  3TXJ A;  3ATN A;  134L A;  3CT0 A;  3W6E A;  5I4W A;  6LYZ A;  1HSW A;  4H1P A;  4BAD A;  2IFF Y;  2N5Z A;  4B4E A;  1IC4 Y;  1HER A;  1NMM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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