4GN5C

Obody am3l15 bound to hen egg-white lysozyme
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags De novo protein/hydrolase
source organism Pyrobaculum aerophilum
publication title Tracking Molecular Recognition at the Atomic Level with a New Protein Scaffold Based on the OB-Fold.
pubmed doi rcsb
molecule keywords OBody AM3L15
total genus 51
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4gn5C00
2ZYPA 3LYOA 1LZBA 1SLYA 2ZQ4A 1YIKA 1FLWA 1MLCE 2DQDY 3A8ZA 2BPUA 4GLVA 3AGIA 1VATA 3AJNA 3AGHA 1IVMA 4BAPA 3A6BY 4WM1A 4NHSA 1WQQA 1WQRA 5B1FA 4QDNA 2D4JA 3A67Y 3B0IA 4NGLA 2B5ZA 1LZAA 4UWUA 1LMNA 4NGIA 1XGUC 2W1LA 3M18B 1FN5A 1NWGA 4YENA 1REZA 4WO6A 1AKIA 2DQAA 5K7OA 1LSBA 1GBYA 1LKSA 4ET9A 1XFPL 1B5UA 1GB5A 1LZRA 2HTXA 1QDRA 3AW6A 1OUCA 4NG1A 3N9CA 1WVUA 5KXYA 1LJGA 4N1EI 1JIYA 2BQBA 5B59A 4O34A 1RCMA 3BKVA 3WH1A 3A6CY 4H91A 1INUA 207LA 1LAAA 1DQJC 2MEDA 3TXJA 3WUMA 2MEEA 4QGZA 2DQHY 5LYMA 5FELA 1GHLA 1BVXA 5FHWA 3KAMA 4ML7A 1JTPL 1B5XA 3A90A 1CKFA 4MSTA 1D6QA 1GBXA 3M3UA 1WTNA 2BQNA 1C46A 1RE2A 1UIEA 1VDQA 5FDJA 1LZSA 3TXIA 1KXXA 3TXKA 4RLNA 4OWBA 1HMKA 3CT5A 5F81A 1WQNA 5LVJA 1LMOA 3TXHA 1LMPA 1DPXA 2BQCA 5DN4A 3D9AC 1GFJA 1IR9A 1LSGA 1TCYA 1XEJA 5EBHA 3WPJA 1GE3A 3WPLA 4MR1A 2Z2EA 4LYMA 1GF9A 1IP6A 1LZDA 2I6ZA 1H87A 1HMLA 3AGGG 4H8ZA 1QSAA 3ZVQB 1LZ5A 2YBLA 5DM9A 1NMMA 1FKQA 1JSEA 1EQEA 1LSAA 1GE0A 4DYGA 1AT5A 1F6SA 1GF6A 4GN5C 1LJ3A 2F30A 2BLXA 2W1XA 1BHZA 2HEBA 3P4ZA 1I1ZA 1XSFA 1GFAA 4R6CA 3WU7A 4R0FA 1IWTA 1UIDA 5KKJA 1DI5A 1GDXA 1LJ4A 4WL7A 3A91A 1QUTA 3EO5A 4WG1A 1KXYA 1CKCA 1LKRA 5C6LA 3A34A 1GFGA 1HEWA 1XGQC 2DQFC 3QY4A 1B7RA 2W1YA 1XEIA 3WU8A 1FKVA 1LSEA 1JSFA 1B7SA 1CKHA 5HLLA 2DQJY 1WTMA 1J1OY 5D5CA 1GF3A 3EMSA 1V7TA 4B4JA 1JHLA 1GB2A 4YEOA 1HSWA 3LHMA 1HF4A 5HNCA 5M1YA 1LSFA 1TAYA 1LSDA 2FBBA 2I25L 4EOFA 6LYZA 4BADA 1UCOA 194LA 1FLYA 1P2CC 4LGKA 3QE8A 3HBHA 1GBSA 1EQ4A 3LZ2A 1DPWA 1JISA 4IASA 4NG8A 5AMYA 1HELA 1UA6Y 4DDBA 4ETCA 1OUIA 4NFVA 1IY4A 1LHMA 4YF2A 5C6JA 4LT0A 5ILFA 5JENB 3FI7A 1XEKA 1AM7A 4GCEA 1GEZA 1G7LC 4U3XB 1ALCA 4HPIA 4H9CA 5F14A 2BQKA 133LA 2G4QA 3J4GA 4FJRA 1GF0A 4XYYA 1REXA 1YAMA 4CHXA 1IO5A 1B7PA 1JKCA 2AUBA 1OUGA 5HMVA 3G3AB 4LYBA 1GFHA 3WW5A 4NSJA 3WMKA 1G7IC 3WVYA 1LZ8A 2BQEA 2LZTA 3CSRA 4J1BA 1IP3A 2F4AA 4XADA 5FEKA 4DD0A 1TDYA 1HC0A 1LMTA 5I4YA 4HTKA 3LZTA 1EQ5A 3WYHA 5KXOA 3EBAB 1REMA 1YKYX 1BB6A 1JTTL 1LJHA 1PS5A 3RU5A 1LJIA 3K3TA 2FYCA 2FYDA 1TBYA 1B7MA 4WM5A 1VDTA 4WOAA 1LJKA 1JJ1A 5IDDA 1HERA 3TMXA 4DD2A 1C43A 1HEOA 1HEQA 1YL0X 1Z55A 2YBHA 4QY9A 1JJ3A 4RW1A 4DD7A 1GB7A 1D0LA 1OUFA 4ETBA 2MEIA 1OUAA 2EPEA 2HU1A 2YSSC 4CFPA 2C8PA 1G7JC 4AGAA 5L3HA 1UBZA 2HU3A 1VFBC 4XN6A 2ZIKA 3LYMA 1LZEA 1N4FA 4WM3A 4DD1A 4ETEA 1GFRA 4H92A 2BQOA 2N5ZA 3FE0A 4H9FA 3VWOA 4NEBA 1GXXA 1LMQA 1IORA 1LJNA 1LHHA 4DDAA 1CJ6A 3HBEX 1B7QA 1QTKA 2ZNWY 1IEEA 4NHQA 2Z37A 4ETDA 5I4WA 1LZ6A 4N8ZA 2CWIA 5T3FA 4WM6A 2BQMA 4GN4A 1GWDA 6LYTA 5KXTA 1VAUA 2H5ZA 1C08C 5KXSA 5KXMA 4NGKA 5KXXA 3RZ4A 4P2EA 1V7SA 1NDMC 3D3DA 4ANRA 2Z38A 5APFA 1NBZC 3GXKA 1I56A 1FDLY 3CT0A 4HV2A 5F9XA 5B07A 5I4XA 2YBIA 1T3PA 4H90A 4HTQA 4TUNA 2X0AA 1TEWA 2BAAA 3N9AA 4NWEA 4OOTA 1GB3A 3SP3A 193LA 4CJ2A 1JITA 3W6CA 4HJZA 1YILA 2ZIJA 3CB7A 1LMCA 4YM8A 4PHIA 1YQVY 1OUJA 4OWHA 2DQEY 1NHEA 2DQGY 4WL6A 4EMNA 4ZIXA 2LZ2A 2YVBA 4OOOA 2MEFA 1YANA 3B72A 3J6KA 1GE1A 4DT3A 1BGIA 5ILCA 1IIZA 1DXJA 2EIZC 4UWVA 4J0LA 4PRUA 1HNLA 3A96A 5LAFA 4HSFA 1C7PA 4WLYA 4W94A 1GFKA 1I20A 2BLYA 5L9JA 2HECA 4WM2A 1T6VL 3G3BB 1ZVHL 1IC5Y 4B1AA 4Z98A 3OK0A 4H8XA 2A7FA 4NHPA 4NGVA 5KXNA 4H94A 4XJIA 3W3EA 1LHLA 4ZEEA 1VDSA 4J7VA 1LSNA 3N9EA 4GCCA 5APEA 4HPEA 1YAPA 1IC7Y 2F2NA 1XGPC 2Q0MX 3BKHA 4LYCA 1W6ZA 4NGZA 4WM4A 1LSPA 3AZ6A 2W1MA 3WPKA 4C5FA 4TTDA 1YKXX 2YBMA 5LAGA 1UUZC 1F6RA 1LZ1A 4HP0A 5LIOA 4CGEA 4PPOA 3EXDA 1OUHA 4NSGA 4B0DA 4MCKA 1FLQA 5E4PA 3W6EA 4YOPA 1XGTC 1B5YA 3ZVQA 1C45A 1LOZA 4LT2A 1GB9A 1KXWA 1LTMA 2CJLA 4G4HA 4X3BA 1JEFA 2H9JA 2BQIA 4G4CA 1UIFA 4NWHA 1VDPA 5E9RA 1HEMA 2XBRA 2NWDX 5KXRA 1YAOA 1LZCA 4LYOA 4H9AA 2F4GA 4TSBA 1OUDA 2D91A 3ATNA 3CSQA 3HBDA 3LYZA 1LHIA 4DWXA 1IR8A 2Y8PA 1ZMYL 1IOTA 1GF4A 1LJFA 2I26L 1DZBX 4RW2A 5LVKA 1CKGA 1WQOA 1OP9B 4GCFA 1AT6A 4I8SA 3WXUA 1GPQC 1E8LA 3W6AA 1UIBA 1GFTA 1D6PA 4YEMA 3T36A 1GD6A 1B7OA 2ZQ3A 1LYYA 1RI8B 3TXGA 1B7NA 4H9HA 1LSZA 5I54A 153LA 4BAFA 1LZGA 5HMJA 1G7MC 154LA 1B0DA 3A3QA 2HEAA 4PJ2C 1BVKC 3A94A 1LYOA 4XJDA 3E3DA 2C8OA 1GE4A 8LYZA 1JKDA 5KXLA 1GAYA 1AZFA 1XGRC 2DQCY 4I0CA 1IP5A 1JWRA 2YDGA 4H9EA 5IELA 1FBIX 2MEAA 1IP1A 1BWIA 4RDSA 3WUAA 1CJ9A 4XJFA 4HJVA 4KT3A 1HSXA 1GXV2 4GN3A 1NF5A 1UICA 4BS7A 3OJPA 1CJ7A 4KL7A 4TWSA 1IWVA 1KIRC 1UC0A 2XTHA 1RJCB 1W08A 4H93A 4DC4A 4Z3MA 1SQ2L 5LXWA 4E3UA 5KJ9A 2Z39A 5F9UA 5KXKA 4KXIA 1B9OA 1GBWA 1UACY 2LHMA 4LZTA 3RW8A 3P64A 1KIQC 4NHTA 3TMUA 3TXDA 5A3ZA 1LJEA 3RT5X 2XBSA 5I53A 1QUSA 4LT3A 1B5VA 1GF8A 3F6ZA 4NY5A 2DBTA 4N1CC 4PGJB 1QQYA 5KXZA 3ULRA 4QEQA 2CGIA 1LZNA 3LYTA 5LVHA 1NQIA 2HEDA 1LCNA 2VB1A 1QDTA 1VEDA 1YL1X 4TSCA 5KY1A 2RSCA 1LHKA 2PC2A 1EL1A 4H9BA 1IWWA 2LYOA 4XJGA 2WARA 2DKVA 4A7DA 5DN5A 4XENA 5HQ1A 1JKBA 4HTNA 3CT1A 4LYTA 1WQMA 3CQLA 1C10A 2ZYCA 4WLXA 1JKAA 2ZWBA 4UWNA 1GB6A 4WLDA 2FBDA 5LA5A 3AW7A 1QSWA 2GV0A 4GLAA 2Z12A 4NIJA 1BB5A 1FLUA 3T6UA 3ZEKA 4N5RA 1WVVA 5A3EA 1HHLA 1GAZA 2DQIY 1H6MA 5IHGA 1JPOA 4XJBA 1LZYA 4KPMA 3RNXA 5LINA 1OUBA 4B4EA 4Z46A 1JTOL 3IWRA 132LA 3AYQA 5I5QA 5II3A 1GFUA 3P66A 1LJJA 5KKIA 2HEEA 1D0MA 1GFEA 1GBOA 135LA 2YBJA 4OWAA 5B05A 1GDWA 4N9RA 1IWUA 3MGWA 3WVXA 4LFPA 1J1XY 1LMAA 1LSMA 1OQMA 3AZ7A 1DI4A 2BQJA 4L41A 1GE2A 4W96A 1BB7A 2MEBA 4TX7A 4XJHA 5FSTA 2MEGA 4GCBA 2BQDA 1IC4Y 2MEHA 1MELL 2IFFY 1F10A 4D9ZA 4ZFPA 2BQHA 1UIHA 1LYSA 2Z2FA 2Z18A 3TXFA 5J7CA 1IOSA 1YROA 3A92A 1LHJA 5DLAA 4RLMA 3AZ4A 3W6BA 4M4OA 1GBZA 5APDA 5LVIA 1CJ8A 1BWJA 2EKSC 4NSIA 3AZ5A 4DD3A 4LYZA 4LFXA 2D4IA 1D0KA 3AB6A 3TMVA 3WUNA 1RFPA 5DL9A 4J1AA 1A4VA 3GXRA 3ATOA 1BQLY 2BQFA 4FDYA 4G4BA 4WMGA 4CFOA 4DD9A 1LPIA 4B4IA 1GFVA 3IJVA 1CKDA 4IATA 1IR7A 1GF5A 4AXTA 5B1GA 1IOQA 4DDCA 1OUEA 5HNLA 1BB3A 2HEFA 4NGYA 1GB8A 1LZ4A 2MECA 1IOCA 1LZTA 3TXBA 3A95A 1IP7A 4WG7A 4M6DA 1F0WA 1BB4A 5KXWA 5APCA 1NKHA 2ZNXY 4G9SA 5B06A 1G7HC 3W6FA 1GB0A 1O23A 3A3RX 4GCDA 1HFZA 2Z19A 4NGOA 2G4NA 3P65A 2BQAA 1CNSA 1IWXA 3A93A 4ETAA 5LVGA 4H8YA 2HUBA 4WO9A 4NSHA 5F16A 4Z41A 1HEPA 4NHIA 1BWHA 1JUGA 5LA8A 1LSCA 5LYZA 1HENA 2D6BA 4LT1A 1NBYC 1B2KA 1HFXA 1IP4A 3W6DA 1JJ0A 3B0OA 5KXPA 1QTEA 134LA 4N0JA 1B7LA 3WULA 1GF7A 4H9IA 1IX0A 3TMWA 1REYA 1KIPC 4H1PA 4OWCA 3LN2A 2BQLA 2XJWA 1UIGA 1PZYA 1YKZX 1J1PY 2G4PA 4II8A 3TXEA 3WU9A 3CSZA 4NGJA 4PRQA 5C6IA 4WLTA 3WL2A 1D9UA 1UIAA 1LZ9A 3P68A 3WW6A 5FCPA 9LYZA 208LA 3HFMY 5L3IA 3IJUA 3B0KA 1IWZA 1QIOA 1DI3A 1HFYA 4C3WA 2IHLA 4B49A 2D4KA 4NGWA 7LYZA 4ET8A 4HV1A 1GEVA 1DKKA 3B6LA 4OW1A 3WXTA 1IP2A 1NDGC 2LYZA 4G49A 1B5ZA 1WQPA 4OWEA 4IJ4A 1IY3A 1ZV5L 3QNGA 1B5WA 1IWYA 4HJYA 1YAQA 2H9KA 1A2YC 5LYTA 1ZVYB 2ZILA 5D5FA 1DKJA 2LYMA 2CDSA 1LSYA 1LYZA 2A7DA 2BQGA 2EQLA 2YBNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SLYA 3G3WA 4GLVA 1QTCA 1L44A 2BPUA 1VATA 3GULA 4WM1A 4QDNA 4NGLA 4UWUA 1LZAA 1LMNA 1XGUC 3M18B 1FN5A 1NWGA 4YENA 1G0JA 4WO6A 2DQAA 5K7OA 1L61A 1L83A 1LZRA 1B5UA 1L86A 3AW6A 1OUCA 1JIYA 160LA 207LA 3TXJA 4I7SA 222LA 2DQHY 1GHLA 3LZMA 1T8AA 3PDSA 1L21A 1C6KA 1SWZA 4EKSA 3CDVA 1VDQA 4OWBA 3CT5A 1L81A 1WQNA 5LVJA 3TXHA 144LA 250LA 1LSGA 3WPJA 1GE3A 2Z2EA 1IP6A 3AGGG 4H8ZA 2B74A 3ZVQB 262LA 2YBLA 214LA 1PQIA 1LSAA 1GE0A 3HU8A 1AT5A 1F6SA 1GF6A 209LA 4I7QA 1LJ3A 2B6TA 3ODUA 1ZURA 1BHZA 4DAJA 172LA 1L57A 260LA 1QT5A 4R0FA 5KKJA 4WL7A 1QUTA 236LA 2RAYX 3EO5A 1CKCA 1QTHA 4W58A 3WU8A 3SBAA 1LSEA 1J1OY 3EMSA 3UONA 4YEOA 1HSWA 1LSDA 2FBBA 6LYZA 235LA 4BADA 194LA 149LA 1CV4A 4LGKA 1L38A 1PQDA 5LVHA 5AMYA 1HELA 4ETCA 224LA 1OUIA 2L78A 5ILFA 4GCEA 1GEZA 1L68A 3RUNA 5HMVA 4NSJA 3WMKA 1LZ8A 3CSRA 5FEKA 1L29A 5I4YA 3FI5A 3HTGA 3WYHA 5KXOA 1L88A 229LA 1LJHA 5HQ1A 4RW1A 181LA 4DD7A 1C6GA 1P46A 4EKPA 1L95A 4XN6A 4WM3A 1GFRA 4H92A 1C6MA 4LDLA 4NEBA 1GXXA 1XJTA 1L11A 1CJ6A 3HBEX 1L52A 1K28A 4ETDA 1SWYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZYP A;  3LYO A;  1LZB A;  1SLY A;  2ZQ4 A;  1YIK A;  1FLW A;  1MLC E;  2DQD Y;  3A8Z A;  2BPU A;  4GLV A;  3AGI A;  1VAT A;  3AJN A;  3AGH A;  1IVM A;  4BAP A;  3A6B Y;  4WM1 A;  4NHS A;  1WQQ A;  1WQR A;  5B1F A;  4QDN A;  2D4J A;  3A67 Y;  3B0I A;  4NGL A;  2B5Z A;  1LZA A;  4UWU A;  1LMN A;  4NGI A;  1XGU C;  2W1L A;  3M18 B;  1FN5 A;  1NWG A;  4YEN A;  1REZ A;  4WO6 A;  1AKI A;  2DQA A;  5K7O A;  1LSB A;  1GBY A;  1LKS A;  4ET9 A;  1XFP L;  1B5U A;  1GB5 A;  1LZR A;  2HTX A;  1QDR A;  3AW6 A;  1OUC A;  4NG1 A;  3N9C A;  1WVU A;  5KXY A;  1LJG A;  4N1E I;  1JIY A;  2BQB A;  5B59 A;  4O34 A;  1RCM A;  3BKV A;  3WH1 A;  3A6C Y;  4H91 A;  1INU A;  207L A;  1LAA A;  1DQJ C;  2MED A;  3TXJ A;  3WUM A;  2MEE A;  4QGZ A;  2DQH Y;  5LYM A;  5FEL A;  1GHL A;  1BVX A;  5FHW A;  3KAM A;  4ML7 A;  1JTP L;  1B5X A;  3A90 A;  1CKF A;  4MST A;  1D6Q A;  1GBX A;  3M3U A;  1WTN A;  2BQN A;  1C46 A;  1RE2 A;  1UIE A;  1VDQ A;  5FDJ A;  1LZS A;  3TXI A;  1KXX A;  3TXK A;  4RLN A;  4OWB A;  1HMK A;  3CT5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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