4H8YA

Radiation damage study of lysozyme- 0.14 mgy
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights into the mechanism of X-ray-induced disulfide-bond cleavage in lysozyme crystals based on EPR, optical absorption and X-ray diffraction studies.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 52
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4h8yA00
5B1FA 153LA 2BQIA 1J1PY 4WLXA 4QDNA 1JTOL 4II8A 4NSJA 4WOAA 5B1GA 3WU9A 4PRQA 2YBIA 1C10A 3EBAB 2BQLA 2WARA 4GCEA 4B4JA 4LYMA 3RW8A 4KL7A 193LA 1JEFA 3A3RX 4LFPA 4YOPA 4LT2A 3WULA 1GB5A 1LZEA 1WTNA 1NKHA 1GF0A 2DQDY 3A6CY 3TXGA 1IY3A 4RW2A 1EL1A 3A34A 1IWTA 4O34A 1LZ6A 4DDCA 1OUJA 4DD3A 2HECA 5M1YA 3TMVA 1WQMA 3RU5A 4W94A 3WYHA 3IWRA 1GF8A 1ZMYL 5APFA 4BS7A 4XN6A 2BQOA 2Z37A 5APCA 1LHKA 3WUNA 1B5XA 2HEBA 1IP1A 1IIZA 1LSCA 1YKZX 2D91A 4Z98A 3K3TA 5KXKA 4LT0A 1IORA 2IFFY 3WU7A 1OUFA 1DZBX 5B06A 3TMXA 1D6QA 1CJ7A 5I53A 3SP3A 4KT3A 4WO6A 5II3A 4N1CC 5KXPA 1VEDA 1F6RA 4GCBA 4XJDA 1LCNA 1LSEA 1GAYA 1HFXA 1UC0A 3AGHA 3IJUA 4NGOA 3WPLA 4HTQA 5DN4A 5A3ZA 3W6DA 4DD1A 5L3IA 1HC0A 1IP3A 1IY4A 1OUIA 3ATOA 2BLXA 1YAQA 4EMNA 1JKCA 2FYDA 3GXRA 4CGEA 1QTKA 1FLQA 1LZBA 2LZ2A 3WXUA 2HEDA 1JJ1A 2X0AA 2D4JA 1VFBC 4H8YA 1JSEA 4QY9A 5FCPA 3A95A 4TTDA 1LZ5A 135LA 1FLWA 1XFPL 4NHSA 1XGUC 4NHTA 1T6VL 2MEHA 4WLTA 1GDXA 4OOOA 2ZYCA 3LN2A 4NWEA 5HLLA 4WM5A 2LYOA 1LHJA 4PPOA 1LOZA 1QUTA 2ZIKA 1LKSA 3TXHA 1OP9B 5KXXA 4N5RA 2G4NA 1VDSA 1RFPA 1GFEA 2DQJY 2ZNXY 4N8ZA 1SQ2L 4R6CA 4P2EA 1CKGA 4HTNA 5HMJA 4XJHA 4WM1A 2MECA 4YEMA 1GE1A 1LJJA 1IR9A 1P2CC 1J1XY 1DKKA 3M18B 2HU1A 1HELA 2A7DA 4OWBA 5C6JA 6LYTA 1LSYA 1JTPL 4B1AA 1IOSA 5A3EA 4WG1A 1UIBA 4YM8A 1LJHA 3AW6A 3D9AC 3LYMA 4NFVA 4CFPA 1IX0A 1LHLA 1HHLA 4OOTA 4ETDA 4ETAA 5ILFA 3CSRA 2ZNWY 1VDQA 5FELA 5FEKA 1KXWA 1W6ZA 1B2KA 1F0WA 1KIRC 4H1PA 5I5QA 4QEQA 4Z3MA 2LZTA 3N9CA 1YILA 5HQ1A 1GBXA 2AUBA 1HSXA 2BLYA 4GLAA 4AXTA 3CQLA 1QIOA 1LZDA 4C3WA 1BB7A 3TXEA 4ET9A 4OWEA 3WU8A 1LMTA 4L41A 1GE0A 1UA6Y 4MCKA 1IR8A 1DKJA 5FSTA 1GFUA 1DPXA 1LYSA 2XBSA 3OK0A 1NMMA 1LMQA 4GCDA 4XYYA 1LZGA 5B07A 4AGAA 1IP7A 1BB5A 1GE3A 1GB2A 1GE2A 2CWIA 3WUMA 3B0IA 1UIDA 4YEOA 1GEVA 1B7SA 4RDSA 2DQEY 3M3UA 1I1ZA 3T36A 5LA8A 2A7FA 1GPQC 4PJ2C 4TX7A 5EBHA 1HNLA 2EKSC 1UIAA 1PZYA 2YDGA 3P64A 5LXWA 1INUA 1IP2A 2NWDX 1LMPA 1B5UA 4NSGA 5KXOA 1LSNA 1B5VA 5LAFA 3KAMA 3B0KA 1G7LC 2ZIJA 4TWSA 1ZV5L 1B5YA 1UIEA 1GXXA 4IATA 1LZ9A 1NBZC 4CHXA 4G4BA 1GF5A 4ETBA 2I6ZA 7LYZA 2D4KA 1OUGA 3A8ZA 2W1XA 2BQHA 4N1EI 1EQ4A 4NGIA 1UBZA 1DXJA 4GCFA 1SLYA 4GN4A 2PC2A 4H8XA 4NGWA 1LZ1A 4W96A 5B05A 1HEPA 1LSMA 2Y8PA 4XJIA 1XSFA 2CJLA 5C6IA 4IASA 1DI5A 2I25L 3HFMY 4NG8A 4HJVA 1XGPC 4ET8A 4OW1A 4GN3A 1GFTA 2HU3A 1GFHA 3CT0A 1GBSA 4YF2A 3AYQA 1WQRA 3RT5X 1HFYA 1JPOA 2Z12A 4H9EA 5LVGA 4U3XB 1V7SA 1UCOA 3G3BB 1QSAA 2BQGA 2BQFA 4WL6A 2DQFC 4LYTA 5K7OA 4NHIA 4MSTA 1GB8A 3TXJA 2MEIA 4HPEA 1KXYA 2MEFA 1JTTL 4H91A 5KXZA 5JENB 1IP5A 1GHLA 1WTMA 1CKCA 4HJYA 2DQCY 1B5WA 4LYOA 1LJFA 1MELL 4KXIA 5HNLA 3WW5A 1IO5A 4WLDA 1B7PA 1GB0A 3CSZA 1DI3A 1WQNA 3WXTA 5L9JA 1UIHA 1LYOA 3CT1A 1UIGA 3W6FA 3AJNA 1YROA 3AZ6A 4LGKA 2W1MA 3N9EA 2GV0A 1KXXA 1LHHA 132LA 1LHIA 4XJBA 5ILCA 1AM7A 2N5ZA 3N9AA 4DC4A 1AZFA 3A90A 4ZFPA 2YVBA 1LZ4A 4NIJA 2DQIY 1GF7A 3F6ZA 5LVJA 1MLCE 5DLAA 3ZEKA 5DN5A 4B0DA 1CKDA 1I56A 1LPIA 1HEMA 1BWIA 2DBTA 3AZ4A 3HBDA 3P66A 1Z55A 4DD2A 1GBOA 3TXIA 4LT1A 1JWRA 1G7IC 2BQNA 4RW1A 5LVIA 2EQLA 5F16A 3WW6A 4J7VA 1LAAA 1GB6A 5KKIA 4M6DA 1A2YC 1UICA 2HEAA 1T3PA 4NEBA 1I20A 3VWOA 5L3HA 1CJ8A 4NSIA 3B72A 9LYZA 5KXTA 3AGIA 4H9HA 2YBJA 3AZ7A 1WQPA 2G4PA 3ATNA 3GXKA 4H92A 1TAYA 1GB3A 1XEJA 1LSGA 1LZCA 1IWVA 1BQLY 1CKFA 3LHMA 1OUBA 3AZ5A 4GN5C 1LZYA 1GFKA 1JIYA 5D5CA 1GBWA 4TSBA 1JISA 2MEGA 1BB4A 4WG7A 5LVHA 1LYYA 1UIFA 4DD9A 1IWYA 4LZTA 2BQBA 4IJ4A 1LZAA 3TXFA 1O23A 2F4GA 4HPIA 5LINA 3B0OA 3LYTA 4OWHA 4WL7A 4WM4A 3AB6A 4NHPA 4XJGA 4FJRA 5IDDA 1GF4A 4PGJB 4WO9A 3ZVQB 4ZEEA 5J7CA 3B6LA 4MR1A 4G49A 2HUBA 1GB7A 4B49A 1IOTA 2Z18A 1DI4A 4J1BA 5DL9A 2HEEA 4XADA 4LYZA 3RNXA 2BQEA 1NBYC 1LJ3A 2BQDA 1W08A 2CGIA 4N0JA 1HERA 3FI7A 3LZTA 1HMLA 2BQCA 2ZQ4A 4HV2A 2ZQ3A 3CT5A 4R0FA 2YBNA 5KXSA 4CFOA 2IHLA 3A3QA 1JITA 1IOQA 4ZIXA 5HMVA 5APDA 3RZ4A 1GF3A 4NY5A 1WQOA 5LYMA 1HF4A 4HV1A 4DWXA 1YKYX 2Z38A 4H9FA 5HNCA 4NWHA 4H9IA 1LJKA 2MEAA 4UWVA 2MEDA 1VAUA 1RI8B 3TMWA 4E3UA 4FDYA 4BADA 4BAFA 1QUSA 1LZ8A 2DKVA 2F2NA 1DPWA 1EQEA 4NSHA 207LA 1FDLY 1LJNA 1YAPA 1F6SA 1LSPA 1B7MA 1BHZA 2EIZC 4NGZA 2H9JA 5LA5A 1RE2A 3TXBA 1B0DA 4X3BA 5AMYA 3CB7A 4H93A 1B7OA 1GEZA 1EQ5A 1TBYA 4WM2A 2BQMA 1RCMA 5KKJA 1CJ9A 1GF6A 1YQVY 4CJ2A 4NGYA 5F14A 2LYMA 4LYCA 1E8LA 1B7QA 2F30A 4ML7A 4KPMA 2H9KA 1IP6A 3P4ZA 2YSSC 4H94A 1WVVA 2I26L 2BQKA 2DQHY 1LJEA 1C08C 1ZVHL 1JUGA 2ZWBA 1GDWA 1LSZA 1FN5A 1LZTA 3OJPA 5C6LA 1IR7A 1CJ6A 2G4QA 1CKHA 5KXNA 1LMNA 1HEOA 1KIQC 1XEIA 4D9ZA 5I4WA 4WMGA 1F10A 4G9SA 1TEWA 1OUCA 2BPUA 1GAZA 2DQGY 5KXWA 4XJFA 1AT6A 1GBYA 2F4AA 3TMUA 3WMKA 2XJWA 3A93A 4ANRA 1G7JC 1AKIA 3BKHA 4PRUA 208LA 2HTXA 3AW7A 1B7LA 4EOFA 2Z2FA 5DM9A 1IC5Y 5IELA 4WM6A 2YBLA 3A91A 1J1OY 1N4FA 4HP0A 1HEWA 4PHIA 3W6EA 1D6PA 2Z19A 3WPJA 3G3AB 1GE4A 3LYOA 2HEFA 4DD7A 5F81A 1GFVA 4HSFA 1BWHA 1LHMA 2C8OA 5LIOA 1HFZA 1REYA 4H9CA 2MEBA 1B5ZA 1REXA 1GFAA 3J6KA 1H6MA 1LSBA 1IEEA 4OWCA 2W1YA 1IC7Y 4H9BA 1HEQA 1NF5A 1VDPA 3TXKA 5KXRA 2EPEA 1LMOA 1C7PA 2Z39A 1IVMA 4NG1A 5KXLA 4RLMA 1OUEA 1IWWA 3W6BA 4DDAA 1GFGA 3MGWA 3QNGA 4A7DA 1GXV2 1NDMC 4LFXA 1FLUA 4G4CA 2D6BA 4HJZA 1HMKA 4ETEA 1AT5A 134LA 4OWAA 1QQYA 2LHMA 4M4OA 1CNSA 3CSQA 1BWJA 1A4VA 1VATA 3WPKA 2VB1A 2Z2EA 3W3EA 1G7HC 1QDRA 4HTKA 5E4PA 5T3FA 1GWDA 5LAGA 2CDSA 1QDTA 2YBHA 1IC4Y 1JKAA 1UUZC 4TSCA 5F9UA 3FE0A 1XEKA 4Z41A 5IHGA 5KXMA 5APEA 4GCCA 1LMAA 1D0KA 1IWUA 1LYZA 2MEEA 2ZILA 1QSWA 3WVYA 4LT3A 3A67Y 1ALCA 3EXDA 3ULRA 4DYGA 1HSWA 4J1AA 4UWNA 1BVKC 3LZ2A 4DD0A 4WM3A 1JKBA 1GFRA 5KY1A 3D3DA 2XTHA 4DT3A 3QE8A 1GBZA 3HBHA 1VDTA 4GLVA 4WLYA 5F9XA 3E3DA 6LYZA 1REZA 1LMCA 1H87A 2LYZA 1LKRA 3BKVA 3WUAA 2YBMA 194LA 2W1LA 2B5ZA 1BB3A 1C43A 1XGRC 1ZVYB 2BQJA 1LSFA 133LA 1D0MA 1UACY 3A96A 2XBRA 5KXYA 1YAMA 1B7NA 1LZRA 1C46A 3A92A 3P65A 1KIPC 1LTMA 4RLNA 1BGIA 1B9OA 4DDBA 3ZVQA 1LJ4A 1JKDA 5B59A 1IWXA 1BB6A 1LSAA 1D0LA 1XGTC 1IWZA 1DQJC 5E9RA 4ETCA 4UWUA 2D4IA 5LYTA 3HBEX 4NGJA 2FBBA 4I8SA 4N9RA 1PS5A 5FDJA 1JJ3A 3J4GA 1V7TA 1NWGA 2ZYPA 5LYZA 1FBIX 2H5ZA 4LYBA 3WL2A 3LYZA 1YANA 4YENA 2FYCA 1FLYA 5KJ9A 1LZNA 1YL1X 4H8ZA 4XENA 5I4YA 1WVUA 4NHQA 1REMA 1TDYA 3P68A 1GFJA 5I54A 1NDGC 3IJVA 3AGGG 1GD6A 4H9AA 5I4XA 4BAPA 1GF9A 1YIKA 1YAOA 5FHWA 3W6AA 1IP4A 1LJIA 1G7MC 4QGZA 8LYZA 1HENA 2BAAA 4TUNA 4C5FA 1JHLA 4B4IA 154LA 1B7RA 1XGQC 2Q0MX 3WH1A 4NGKA 2FBDA 4Z46A 3A6BY 1FKQA 1BVXA 1LJGA 1OUHA 1OUAA 3TXDA 3EO5A 3WVXA 1OQMA 4NGVA 1FKVA 1WQQA 1NQIA 1OUDA 1QTEA 2C8PA 1IOCA 1YKXX 3QY4A 4I0CA 1JJ0A 3A94A 3EMSA 5LVKA 3T6UA 1LZSA 4B4EA 4G4HA 1TCYA 1YL0X 1RJCB 3W6CA 2RSCA 1JSFA 2BQAA 2DQAA 1C45A 1NHEA 1D9UA 1GB9A 4H90A 4J0LA 1LSDA 5D5FA 4NGLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WLXA 3WU9A 1P5CA 1L66A 191LA 4B4JA 4GCEA 1KNIA 3OE0A 4ARMB 1IY3A 1EL1A 1L89A 1IWTA 4DD3A 1T8FA 2HECA 3TMVA 3WYHA 4XN6A 1LHKA 1XJUA 2D91A 4LT0A 1JQUA 1QT4A 3DMVA 3TMXA 223LA 5I53A 1HFXA 5A3ZA 3W6DA 4DD1A 1IP3A 1L50A 3GULA 2BLXA 4EMNA 1JKCA 1LYEA 3GXRA 1QTKA 2CUUA 1C6KA 1JJ1A 2D4JA 6LZMA 4TTDA 4DAJA 1LZ5A 1FLWA 3HH3A 4NHTA 1T6VL 1C68A 3QAKA 4ARQB 1L61A 165LA 1L68A 1QTDA 2LYOA 1LOZA 1LKSA 1VDSA 2RBNA 4R6CA 4YEMA 1G0JA 150LA 1J1XY 1OYUA 1C61A 182LA 2RBRA 162LA 3AW6A 1HHLA 1L63A 3CSRA 107LA 2ZNWY 1VDQA 5FELA 5FEKA 1KXWA 2L78A 1KIRC 4Z3MA 1YILA 1CUQA 1GBXA 1JTNA 2BLYA 1HSXA 1ZYTA 3CQLA 1QIOA 4ET9A 3NY9A 3WU8A 250LA 4MCKA 5B07A 1NMMA 1LMQA 4YEOA 1I1ZA 1ZURA 4PJ2C 1HNLA 1PZYA 1IP2A 1L86A 1CU5A 2NWDX 4NSGA 112LA 2ZIJA 123LA 1ZV5L 4W58A 119LA 4CHXA 1LZ9A 1NBZC 4ETBA 4G4BA 3HWLA 4N1EI 4NGIA 1DXJA 4H8XA 1SLYA 4NGWA 1KY1A 2Y8PA 4I7TA 1XSFA 4IASA 4NG8A 2I25L 3HFMY 4HJVA 4ET8A 2ANXA 4OW1A 1GFTA 4I7OA 1GFHA 3CT0A 1WQRA 3RT5X 1L51A 4U3XB 1QSAA 4LYTA 4NHIA 1C66A 2MEFA 1JTTL 4H91A 140LA 1CTWA 4LYOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5B1F A;  153L A;  2BQI A;  1J1P Y;  4WLX A;  4QDN A;  1JTO L;  4II8 A;  4NSJ A;  4WOA A;  5B1G A;  3WU9 A;  4PRQ A;  2YBI A;  1C10 A;  3EBA B;  2BQL A;  2WAR A;  4GCE A;  4B4J A;  4LYM A;  3RW8 A;  4KL7 A;  193L A;  1JEF A;  3A3R X;  4LFP A;  4YOP A;  4LT2 A;  3WUL A;  1GB5 A;  1LZE A;  1WTN A;  1NKH A;  1GF0 A;  2DQD Y;  3A6C Y;  3TXG A;  1IY3 A;  4RW2 A;  1EL1 A;  3A34 A;  1IWT A;  4O34 A;  1LZ6 A;  4DDC A;  1OUJ A;  4DD3 A;  2HEC A;  5M1Y A;  3TMV A;  1WQM A;  3RU5 A;  4W94 A;  3WYH A;  3IWR A;  1GF8 A;  1ZMY L;  5APF A;  4BS7 A;  4XN6 A;  2BQO A;  2Z37 A;  5APC A;  1LHK A;  3WUN A;  1B5X A;  2HEB A;  1IP1 A;  1IIZ A;  1LSC A;  1YKZ X;  2D91 A;  4Z98 A;  3K3T A;  5KXK A;  4LT0 A;  1IOR A;  2IFF Y;  3WU7 A;  1OUF A;  1DZB X;  5B06 A;  3TMX A;  1D6Q A;  1CJ7 A;  5I53 A;  3SP3 A;  4KT3 A;  4WO6 A;  5II3 A;  4N1C C;  5KXP A;  1VED A;  1F6R A;  4GCB A;  4XJD A;  1LCN A;  1LSE A;  1GAY A;  1HFX A;  1UC0 A;  3AGH A;  3IJU A;  4NGO A;  3WPL A;  4HTQ A;  5DN4 A;  5A3Z A;  3W6D A;  4DD1 A;  5L3I A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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