4H90A

Radiation damage study of lysozyme - 0.28 mgy
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights into the mechanism of X-ray-induced disulfide-bond cleavage in lysozyme crystals based on EPR, optical absorption and X-ray diffraction studies.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 54
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4h90A00
1W08A 3IJVA 4NHQA 4B1AA 1JKBA 4B0DA 2YVBA 4DDBA 1QDTA 5IHGA 1LHHA 1W6ZA 1DKJA 1D6QA 2X0AA 4H9CA 2D91A 4ETCA 2HEDA 1YKZX 4Z3MA 1UBZA 3CQLA 1B9OA 1LSGA 1LSZA 4TWSA 4ET9A 5C6LA 5ILCA 1BB3A 2DQCY 4AXTA 1V7TA 3K3TA 3HBDA 3QE8A 3WUMA 2BQKA 3RW8A 1LZSA 1UICA 1CNSA 4GCCA 2LYOA 4GCBA 1JKAA 1IC4Y 4EMNA 1GHLA 1B7QA 1H87A 2MEBA 4L41A 3B0KA 3EMSA 4TUNA 4NG8A 4YOPA 1C10A 2DQEY 4HTNA 3WXUA 1GB9A 4H9IA 4E3UA 3MGWA 4NG1A 1QSWA 5DN4A 1TBYA 1SQ2L 5KXZA 4IASA 1HMKA 1OUGA 2CGIA 3A90A 5KXRA 3ATOA 4YEOA 3TXDA 1JKCA 1GE1A 1LJJA 2BQMA 3BKHA 4N9RA 5KXMA 4QY9A 1LHMA 4YENA 1B5UA 3P68A 2I6ZA 4Z46A 2Z18A 5LA5A 1JWRA 3B0OA 2BLXA 1GE3A 2YBNA 4NEBA 1LSCA 1MELL 4N1EI 4PHIA 3F6ZA 1GF7A 1UUZC 3AW6A 1XEJA 2W1MA 4D9ZA 2ZIJA 1KIQC 1BB5A 1LKSA 2HEBA 1YAPA 2ZQ4A 1FLWA 1HFZA 1JPOA 1LHJA 1LMNA 4UWUA 3W6FA 1GE2A 1GXV2 1YKXX 2MEIA 3KAMA 2DKVA 4UWNA 4TX7A 3M3UA 4WL7A 4WM6A 4YM8A 1LZAA 1OUAA 2H9KA 2HU3A 4XJGA 4OW1A 1FLYA 4DDAA 5L9JA 4NHSA 4W96A 1IP6A 1IR9A 3WH1A 3RT5X 1D0LA 4GCEA 4HJZA 4WM5A 1GDWA 1GEVA 2D4IA 4TTDA 1IP2A 4J7VA 4H9FA 4ML7A 1BVXA 3EO5A 5K7OA 3ZVQA 1LZEA 1GF4A 6LYTA 1GFGA 5KKJA 2BQBA 1B0DA 1C45A 2D4JA 4ET8A 1B7RA 3WW6A 5E4PA 4GCFA 2C8PA 194LA 1VEDA 4NGZA 1WQRA 4QDNA 3G3BB 5HQ1A 3LYMA 4RDSA 1NMMA 1AT6A 1NBYC 2GV0A 1RI8B 2MEEA 4DD9A 4DT3A 3D3DA 5HMVA 134LA 1YL0X 2MEFA 4HV1A 5KXTA 3LYZA 1J1XY 1B7LA 2NWDX 4H92A 1JSEA 5B1GA 4LT0A 1MLCE 1SLYA 4G4BA 4IJ4A 1HHLA 1QSAA 1F6RA 5KXNA 1JTTL 3OK0A 1N4FA 3WXTA 1GB2A 2LYMA 1LOZA 5KXKA 2DQAA 2XBSA 1GFEA 1EL1A 1DQJC 1KIRC 1EQ5A 4H8ZA 1NDGC 5ILFA 4NY5A 1LCNA 1BWJA 1CKHA 4ETDA 4H1PA 1JJ0A 4XADA 1LZ6A 1GEZA 1LYYA 1OUDA 2BQIA 3AZ4A 3W6AA 1XFPL 4LYBA 1YKYX 1VAUA 1GB6A 135LA 3IJUA 1IC7Y 1LSAA 2DBTA 133LA 2IFFY 4CJ2A 3AZ5A 2HECA 1LZ1A 4N1CC 3RU5A 1B5VA 1UACY 2BQAA 3P65A 4TSBA 4QGZA 4WO9A 1LJFA 2XBRA 1HENA 2ZYCA 3EXDA 4NSHA 5DM9A 1G7HC 1LAAA 1RFPA 2I26L 1LMQA 1DI3A 1JUGA 1HEWA 1KXYA 4MCKA 5B05A 2BQHA 4LT3A 1I56A 4I8SA 1QTKA 2PC2A 2W1XA 4HSFA 4RW2A 3W6DA 4H9AA 4LGKA 1LMAA 1GFTA 132LA 4HTQA 4WO6A 1UIDA 1LZRA 1G7JC 3B6LA 3LN2A 2I25L 1G7IC 5II3A 1WQQA 4OWBA 4BAPA 5C6JA 3J4GA 1OUJA 3WU7A 1LZTA 4HV2A 208LA 2MEHA 1LZYA 1B5YA 1CJ6A 4HPEA 3WL2A 3P66A 4HJYA 1GWDA 1AZFA 2YSSC 4DC4A 3WYHA 3M18B 2EIZC 1DKKA 4NSGA 5DLAA 5B07A 1WQNA 1LTMA 2HTXA 3WPLA 2LZ2A 3TXGA 1LZ5A 4DD2A 8LYZA 5L3IA 4NHPA 4WM4A 2AUBA 3B0IA 1HMLA 4YEMA 3ULRA 1CJ9A 1VDSA 2CJLA 3N9EA 3A3RX 1IOTA 1LJGA 4HTKA 5I4WA 1VATA 2YBHA 4LFPA 2BQLA 4XN6A 1GFAA 1OP9B 1XGQC 2CWIA 3CSRA 1NDMC 4B49A 1HFXA 4WM3A 1JSFA 1B5ZA 2YDGA 1D9UA 4WLXA 4B4EA 1GB5A 4XJBA 5IELA 1GDXA 1ZMYL 3BKVA 4HP0A 1LSEA 4ZEEA 4PJ2C 1LMPA 1IORA 2G4PA 3D9AC 4ETBA 1TCYA 4OWEA 2ZILA 1HNLA 1B2KA 1IO5A 1JTOL 1IOQA 1G7LC 1T6VL 1GBZA 1NHEA 1PS5A 4NGKA 1CJ8A 5LVGA 1XGRC 4WG7A 5FELA 3WUAA 4LYCA 1GF9A 2HUBA 1Z55A 1YAQA 5LYMA 2G4NA 1CKGA 5A3ZA 2VB1A 1CJ7A 5J7CA 2DQFC 1JTPL 3TMVA 4A7DA 153LA 5B1FA 4NGVA 1YANA 4KPMA 1HEQA 2F4GA 4XJIA 1JHLA 4NGYA 1LSMA 2MEGA 4KL7A 3E3DA 5LA8A 5KXXA 1ZVHL 1UCOA 1IWXA 1F6SA 1WTNA 3LZ2A 4I0CA 3TXBA 3WU9A 3IWRA 1YIKA 4XJHA 1IWVA 1LJNA 2BQCA 154LA 1DPXA 1RCMA 4OWHA 1UIHA 1JISA 3AZ6A 4WM1A 5FSTA 1LHKA 4N8ZA 1P2CC 2FBDA 1AM7A 1IEEA 1GB0A 2YBJA 1LJHA 2BQJA 5B06A 1RJCB 3WPJA 2BLYA 5FEKA 3TXEA 2Z38A 5C6IA 1A4VA 2BQEA 2HEFA 2Z19A 4XENA 2D6BA 1IP3A 5T3FA 5FDJA 4GLAA 1QQYA 4KT3A 4NGIA 4NGLA 1D0MA 4YF2A 1LJKA 1JEFA 1GE0A 3WUNA 3EBAB 1BB4A 3AZ7A 2H5ZA 1B7SA 1GFKA 1ZV5L 2ZWBA 1PZYA 1BB7A 4NGOA 4WM2A 1OUHA 1CKCA 1NQIA 1FKVA 3N9AA 5LYZA 4Z98A 1LHLA 3A94A 1DPWA 1LSFA 3A8ZA 2BQDA 4J1AA 2F4AA 3TXIA 4DD1A 5HNCA 2ZNXY 1LZ9A 4PGJB 4DD3A 2LHMA 5I53A 4Z41A 1A2YC 4DWXA 5D5FA 1LZDA 1QDRA 1BVKC 4H8XA 5LINA 5LYTA 1LZNA 4MR1A 1GBYA 2BPUA 2Z2FA 9LYZA 1I1ZA 3A95A 1F0WA 1OUEA 3LZTA 5I4XA 2RSCA 4GLVA 1INUA 1B5WA 3AGIA 1TDYA 1TEWA 1JJ3A 1YILA 3CT1A 1IWYA 5I54A 1HFYA 1G7MC 2BQNA 4PRQA 1LKRA 2F2NA 5LAFA 4WG1A 1C46A 4X3BA 1FLQA 5F9UA 1IP5A 1KIPC 2C8OA 3TXKA 1YAOA 5JENB 1LSYA 5EBHA 4NHTA 5HLLA 5HMJA 4CGEA 4M6DA 2H9JA 1IWWA 1C7PA 1WVUA 4H9EA 4LT1A 4XJFA 1H6MA 3A67Y 4ZIXA 2Z2EA 3ZEKA 1YROA 4XYYA 1HEOA 4LYMA 1F10A 4N5RA 1EQEA 1IP1A 4H93A 3TMUA 1HSXA 1LZ8A 2ZYPA 4W94A 1YL1X 5LIOA 4BS7A 1LZCA 4II8A 3HBEX 4B4JA 2FBBA 2HU1A 1AT5A 1WQOA 1UIBA 3ZVQB 4FJRA 3T36A 2YBLA 1IC5Y 4WLDA 5F9XA 2BQGA 1IOCA 5APEA 3P64A 2A7FA 1VDTA 4OWCA 4HPIA 1UC0A 1JIYA 4DYGA 1LSNA 4G49A 5APCA 2EQLA 4HJVA 3A91A 1CKDA 1GFUA 1YAMA 4NWHA 1GBXA 1HF4A 1OUCA 1HSWA 3WVYA 2MEDA 2DQIY 2WARA 4OWAA 1GF0A 3CB7A 1ALCA 1VDPA 1WQMA 5A3EA 1IWUA 4LFXA 1LYSA 193LA 2F30A 3A3QA 4NFVA 4LYZA 3W3EA 4OOTA 5KY1A 5LVJA 2IHLA 4G4CA 1DXJA 4WLYA 5HNLA 3AGHA 3W6CA 5B59A 3LYOA 1GFRA 1UIAA 5LVIA 2ZNWY 3AYQA 1OUFA 3A96A 3GXKA 3B72A 3CSZA 4NSJA 1GBWA 1E8LA 5KXPA 4PRUA 4P2EA 3LHMA 3WPKA 4WL6A 1GF5A 1LSBA 1NBZC 3TXJA 1JJ1A 3AJNA 3SP3A 1B7NA 2B5ZA 2YBMA 5KJ9A 4GN5C 3FE0A 1IOSA 1V7SA 2A7DA 1B5XA 4UWVA 3P4ZA 4J1BA 3HFMY 4DD0A 4RLMA 3AB6A 1BB6A 4GN3A 3HBHA 1EQ4A 1FLUA 1J1OY 1DI4A 1LZBA 4DD7A 1BQLY 1XEKA 1LMCA 3N9CA 1GAYA 5F16A 1C43A 4NHIA 1B7MA 4R6CA 4EOFA 4NGWA 2BAAA 1OUIA 1B7OA 4H90A 5APFA 1D6PA 1KXWA 4KXIA 1BGIA 4NIJA 3ATNA 1XGTC 1NKHA 3J6KA 1GAZA 4XJDA 4BADA 4OOOA 4LYTA 1KXXA 4WMGA 1LYZA 3RNXA 5KXLA 1LSPA 1IR7A 4CFOA 1GBOA 4WOAA 2Q0MX 1UA6Y 4O34A 1BWHA 2W1YA 4NGJA 5F81A 1OUBA 1REXA 2Z39A 2ZIKA 1GFVA 1FN5A 4AGAA 5M1YA 1GE4A 3A6CY 3TMWA 1IP4A 207LA 1C08C 4H8YA 1IP7A 4RLNA 1LYOA 1GB3A 1BHZA 1OQMA 1DI5A 2EKSC 4G4HA 1D0KA 1GF6A 5DL9A 2MECA 5FHWA 3VWOA 2DQDY 2FYCA 2XJWA 4QEQA 5F14A 2LZTA 5LVKA 5L3HA 1T3PA 1HC0A 1J1PY 1REMA 3AW7A 3QY4A 1LSDA 1RE2A 3TXHA 1XGPC 3LYTA 4C5FA 7LYZA 1VFBC 5I4YA 1ZVYB 2LYZA 1LHIA 3OJPA 1GFJA 3WU8A 1LMOA 2EPEA 2W1LA 1LZ4A 1IX0A 4B4IA 1GD6A 1HEPA 3CT5A 1XGUC 1WQPA 3QNGA 1IWZA 5I5QA 1B7PA 1LZGA 1XEIA 4DDCA 2Z37A 3A34A 1FDLY 1QUTA 2FYDA 5D5CA 4ETEA 2DQGY 1HERA 1NF5A 2BQFA 1DZBX 1YQVY 3WW5A 1IR8A 4J0LA 4LZTA 1IWTA 2N5ZA 4MSTA 5AMYA 1O23A 1LJ4A 1GB8A 1LJIA 2CDSA 4H94A 4NWEA 4ANRA 3W6BA 1REYA 1XSFA 4LYOA 1NWGA 4BAFA 2G4QA 1AKIA 1LPIA 1TAYA 4CFPA 3TMXA 2MEAA 5IDDA 2ZQ3A 1IIZA 3W6EA 4WLTA 3RZ4A 1LMTA 1GFHA 5DN5A 1LJ3A 4ZFPA 2D4KA 5E9RA 4ETAA 1HEMA 1VDQA 3T6UA 5KXYA 1FKQA 2DQJY 4NSIA 3GXRA 1REZA 5APDA 1WVVA 1LJEA 1GPQC 1JITA 3A6BY 1BWIA 5LXWA 4N0JA 4PPOA 4M4OA 1GF8A 4IATA 1IVMA 3TXFA 3WMKA 1IY3A 5FCPA 5KXOA 5KKIA 4LT2A 1JKDA 4U3XB 3A93A 4C3WA 4G9SA 4GCDA 1GF3A 1WTMA 4RW1A 1I20A 2BQOA 2Y8PA 3CSQA 3CT0A 3FI7A 1UIGA 1CKFA 1QUSA 3A92A 1QIOA 5LVHA 1GXXA 1HELA 2HEEA 3AGGG 1GBSA 2HEAA 4H9BA 1FBIX 1IY4A 2DQHY 4GN4A 4TSCA 5KXWA 1GB7A 1UIFA 2XTHA 4H9HA 3WVXA 1QTEA 2Z12A 4FDYA 6LYZA 3WULA 4CHXA 5KXSA 4H91A 4R0FA 3G3AB 1UIEA 5LAGA 2YBIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1W08A 1QTZA 2YVBA 2OTZX 1W6ZA 2X0AA 4K5YA 3CQLA 3HT8A 158LA 213LA 1BB3A 260LA 252LA 175LA 1C6EA 1LZSA 1L38A 1QSBA 4GCBA 1JKAA 199LA 228LA 1GHLA 3B0KA 3EMSA 3WXUA 2DQEY 142LA 4HTNA 1GB9A 1T8AA 4E3UA 258LA 3MGWA 1SQ2L 1HMKA 4N9RA 3BKHA 5KXMA 4QY9A 1KW7A 5LA5A 3SB7A 1L23A 2YBNA 1LYJA 1LSCA 1XEJA 4ZFPA 1LKSA 1YAPA 1GE2A 1GXV2 3KAMA 3HDEA 1LZAA 1OUAA 2H9KA 2HU3A 4XJGA 4ARJA 4GCEA 1GDWA 146LA 1L80A 4J7VA 1GFGA 1B0DA 4ET8A 3DMVA 3OE9A 2C8PA 1NMMA 2MEEA 1C64A 1P37A 1QT4A 1B7LA 2NWDX 235LA 3SBBC 151LA 2RB0X 1MLCE 4IJ4A 1QSAA 5KXNA 1D3FA 1JTTL 1L58A 198LA 1DQJC 4IAPA 233LA 4NY5A 1CKHA 1L69A 1JJ0A 1GEZA 3RUNA 1OUDA 2BQIA 4LYBA 1LPYA 1L06A 109LA 1L0KA 3RZEA 187LA 1IC7Y 133LA 2HECA 1L29A 1LZ1A 4N1CC 2BQAA 4WO9A 2ZYCA 3EXDA 3GUJA 1DI3A 2BQHA 212LA 2ANVA 4I8SA 1QTKA 4LGKA 132LA 1LZRA 4WO6A 1G7JC 1G0JA 1LZTA 1LZYA 1B5YA 4HPEA 4EKRA 1C68A 3M18B 5B07A 1WQNA 1LTMA 1QUDA 3WPLA 2LZ2A 3TXGA 1QT5A 3C7ZA 3B0IA 1L05A 189LA 1IOTA 1OVJA 4LFPA 4B49A 2CWIA 1XGQC 1NDMC 1HFXA 2YDGA 1D9UA 1ZMYL 1QT8A 2ZILA 3DN8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1W08 A;  3IJV A;  4NHQ A;  4B1A A;  1JKB A;  4B0D A;  2YVB A;  4DDB A;  1QDT A;  5IHG A;  1LHH A;  1W6Z A;  1DKJ A;  1D6Q A;  2X0A A;  4H9C A;  2D91 A;  4ETC A;  2HED A;  1YKZ X;  4Z3M A;  1UBZ A;  3CQL A;  1B9O A;  1LSG A;  1LSZ A;  4TWS A;  4ET9 A;  5C6L A;  5ILC A;  1BB3 A;  2DQC Y;  4AXT A;  1V7T A;  3K3T A;  3HBD A;  3QE8 A;  3WUM A;  2BQK A;  3RW8 A;  1LZS A;  1UIC A;  1CNS A;  4GCC A;  2LYO A;  4GCB A;  1JKA A;  1IC4 Y;  4EMN A;  1GHL A;  1B7Q A;  1H87 A;  2MEB A;  4L41 A;  3B0K A;  3EMS A;  4TUN A;  4NG8 A;  4YOP A;  1C10 A;  2DQE Y;  4HTN A;  3WXU A;  1GB9 A;  4H9I A;  4E3U A;  3MGW A;  4NG1 A;  1QSW A;  5DN4 A;  1TBY A;  1SQ2 L;  5KXZ A;  4IAS A;  1HMK A;  1OUG A;  2CGI A;  3A90 A;  5KXR A;  3ATO A;  4YEO A;  3TXD A;  1JKC A;  1GE1 A;  1LJJ A;  2BQM A;  3BKH A;  4N9R A;  5KXM A;  4QY9 A;  1LHM A;  4YEN A;  1B5U A;  3P68 A;  2I6Z A;  4Z46 A;  2Z18 A;  5LA5 A;  1JWR A;  3B0O A;  2BLX A;  1GE3 A;  2YBN A;  4NEB A;  1LSC A;  1MEL L;  4N1E I;  4PHI A;  3F6Z A;  1GF7 A;  1UUZ C;  3AW6 A; 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 3CT5 A;  1XGU C;  1WQP A;  3QNG A;  1IWZ A;  5I5Q A;  1B7P A;  1LZG A;  1XEI A;  4DDC A;  2Z37 A;  3A34 A;  1FDL Y;  1QUT A;  2FYD A;  5D5C A;  4ETE A;  2DQG Y;  1HER A;  1NF5 A;  2BQF A;  1DZB X;  1YQV Y;  3WW5 A;  1IR8 A;  4J0L A;  4LZT A;  1IWT A;  2N5Z A;  4MST A;  5AMY A;  1O23 A;  1LJ4 A;  1GB8 A;  1LJI A;  2CDS A;  4H94 A;  4NWE A;  4ANR A;  3W6B A;  1REY A;  1XSF A;  4LYO A;  1NWG A;  4BAF A;  2G4Q A;  1AKI A;  1LPI A;  1TAY A;  4CFP A;  3TMX A;  2MEA A;  5IDD A;  2ZQ3 A;  1IIZ A;  3W6E A;  4WLT A;  3RZ4 A;  1LMT A;  1GFH A;  5DN5 A;  1LJ3 A;  4ZFP A;  2D4K A;  5E9R A;  4ETA A;  1HEM A;  1VDQ A;  3T6U A;  5KXY A;  1FKQ A;  2DQJ Y;  4NSI A;  3GXR A;  1REZ A;  5APD A;  1WVV A;  1LJE A;  1GPQ C;  1JIT A;  3A6B Y;  1BWI A;  5LXW A;  4N0J A;  4PPO A;  4M4O A;  1GF8 A;  4IAT A;  1IVM A;  3TXF A;  3WMK A;  1IY3 A;  5FCP A;  5KXO A;  5KKI A;  4LT2 A;  1JKD A;  4U3X B;  3A93 A;  4C3W A;  4G9S A;  4GCD A;  1GF3 A;  1WTM A;  4RW1 A;  1I20 A;  2BQO A;  2Y8P A;  3CSQ A;  3CT0 A;  3FI7 A;  1UIG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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