4H9CA

Radiation damage study of lysozyme - 0.77 mgy
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights into the mechanism of X-ray-induced disulfide-bond cleavage in lysozyme crystals based on EPR, optical absorption and X-ray diffraction studies.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 52
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4h9cA00
1I1ZA 2BQDA 3W6CA 1F6RA 1XGRC 2D91A 1YILA 4CHXA 2IFFY 1LMAA 1LJNA 1LZBA 4EOFA 1LMNA 2Z38A 1LSGA 1WVUA 3N9AA 1GDXA 1GFVA 3TXGA 5B1GA 7LYZA 3B0IA 4WM4A 4H1PA 2PC2A 2MEDA 4BADA 4HTNA 1GBYA 2D6BA 4CJ2A 2DQGY 5LINA 1KIPC 2YBLA 3F6ZA 4NG1A 1TAYA 5KY1A 4B4JA 1LZAA 1VDPA 2EQLA 1B5VA 1HEPA 2CWIA 3WPJA 5LYTA 3ZEKA 3A6CY 1LZ8A 5B1FA 1NF5A 5DM9A 1UIDA 5FHWA 1EQ5A 2YDGA 3TXJA 3LYZA 1LZSA 1LZTA 1IVMA 1B7OA 5FEKA 1NBYC 2EIZC 3HFMY 4WM3A 1GF0A 1UIFA 5KXOA 1IIZA 4NHIA 4LT1A 4N1EI 1TDYA 1IOQA 1HMKA 2Q0MX 2ZILA 2HEFA 1LMPA 2LZ2A 4HP0A 1JWRA 1G7JC 5B06A 1LJGA 2DQDY 3LZTA 2DQJY 1BB4A 1P2CC 1D9UA 4LFXA 4NHPA 4UWUA 4YENA 5DN4A 207LA 2D4IA 5KXLA 1QIOA 4J1AA 2D4KA 5IELA 2EKSC 2BQOA 1GE3A 1G7IC 5FELA 4OWAA 2CDSA 1N4FA 3WU8A 4WL7A 5B07A 1IEEA 2BQAA 1B7NA 1QUSA 2I26L 1LMCA 3TXHA 3CB7A 1GB8A 4OWEA 5LVJA 1ZVYB 1OP9B 1GF5A 1LJFA 3HBEX 3K3TA 3WU7A 4HSFA 1GF7A 1CKFA 1H87A 1J1PY 2XBRA 4XJIA 2FBBA 1HFYA 5LVKA 4QY9A 2DKVA 4R0FA 3TXEA 4ET9A 1J1OY 1TBYA 1G7HC 4KXIA 3CT0A 3IJUA 5KJ9A 5B59A 1GF8A 4UWNA 2F30A 4XYYA 5KKIA 1LJKA 1ZMYL 1V7TA 1GFEA 3BKHA 3G3BB 1GXV2 4ETEA 4Z3MA 1B7SA 3E3DA 5LIOA 4WG7A 3P66A 4DD2A 4GCDA 4U3XB 4TX7A 3ZVQB 1IY4A 4I8SA 2BQNA 1CKGA 1GAYA 5HMJA 5DLAA 3ULRA 4LYBA 4NGOA 2MEFA 4YM8A 4ETCA 1GF6A 3AW7A 1D0LA 1DI5A 2G4QA 1LSMA 4NGYA 5E4PA 3GXKA 3SP3A 1NMMA 1YKXX 2MEGA 2ZNWY 3IWRA 3IJVA 1IOCA 1MLCE 3EBAB 3TXKA 1LKSA 3OJPA 4N1CC 3WUAA 5KXKA 5LXWA 1BVXA 4HV1A 1XGPC 1IC5Y 3WUMA 4LYZA 5I4YA 1GB0A 4W94A 3WU9A 3TMUA 4XJFA 3J4GA 3WXUA 3HBHA 5KXZA 2BPUA 1FDLY 4HJYA 3FE0A 1QSWA 4NFVA 4ZIXA 4YF2A 1JPOA 4PRUA 2DQCY 5F9UA 1QDRA 1LSAA 4TSCA 5FDJA 1LHIA 1RJCB 4Z41A 4KPMA 2FYCA 2CGIA 1FLYA 1B7PA 2H5ZA 1O23A 3B72A 1VDQA 3KAMA 3WUNA 1FKVA 1B9OA 1DI3A 1LHLA 5KXXA 1FLQA 2XBSA 1IP1A 4IASA 4NWEA 1GBXA 1H6MA 1HEOA 1LMTA 1UIEA 2MEEA 1UIGA 3A93A 4H8ZA 4OOOA 4DD1A 3AGHA 1WQPA 1IWZA 2YBJA 2Z2FA 1QTEA 133LA 3M3UA 1JKCA 3W3EA 4MR1A 4NGVA 3WYHA 1AT6A 1HHLA 5LVIA 2W1MA 4C3WA 2B5ZA 1PS5A 3AGGG 153LA 1B7RA 1BB5A 1GBOA 1B2KA 4ZEEA 3WW6A 1E8LA 1OQMA 4I0CA 1LHJA 2IHLA 1GB6A 2Z19A 4NG8A 2Z2EA 3N9EA 1YAMA 1JEFA 2BQJA 4RW2A 1AKIA 3TXIA 1ZV5L 3P64A 2ZYCA 4NSHA 1DKKA 4LYMA 1BQLY 5HLLA 5HNCA 1NHEA 1INUA 1NQIA 5L3IA 1HMLA 2F2NA 4LGKA 1LJHA 1LYYA 1XEIA 2DQFC 4DYGA 4N0JA 1LZEA 4WLYA 4BAFA 4DC4A 1GF9A 1GF4A 3CT5A 1CJ7A 1WQQA 1LHKA 4H9FA 5IDDA 4RLMA 2BQFA 1GHLA 1B5XA 3AW6A 2Z39A 1LZNA 1QDTA 4RDSA 4HV2A 1JKBA 1JUGA 1UA6Y 1G7LC 2CJLA 2YBIA 1IWUA 2RSCA 3EXDA 2BQBA 1EQ4A 1WQOA 2A7DA 5F9XA 5APEA 1IOSA 2HEEA 1GBWA 3ZVQA 4R6CA 4G4HA 4NSJA 1IWYA 4QEQA 4GN5C 3RW8A 1HERA 4DD9A 2ZNXY 2ZYPA 1F10A 2C8OA 4GCCA 9LYZA 5KXMA 1LJ4A 1NDMC 4XENA 4GLAA 1LJJA 2BQMA 3N9CA 6LYZA 4NGIA 4M4OA 4LYCA 1C45A 1UICA 4ANRA 1VATA 4H91A 4J7VA 1IX0A 4LT3A 1OUGA 5D5FA 4DDBA 4PGJB 1T3PA 2ZQ3A 3T36A 1EQEA 3GXRA 1IC4Y 4WOAA 2W1YA 5KXNA 3BKVA 1NBZC 5ILCA 1LSDA 3QE8A 1TCYA 1FLUA 4ET8A 4EMNA 4OWCA 1YAPA 1PZYA 1DXJA 1WVVA 3D3DA 4GN4A 5I5QA 1GE4A 3A8ZA 1D6PA 1YL1X 3A92A 1LZRA 1YQVY 2LZTA 1IC7Y 1CJ9A 3WXTA 4WM6A 4AGAA 4C5FA 3P4ZA 5F81A 4H90A 193LA 4LT2A 3VWOA 4DDCA 1W08A 4XADA 1OUFA 3A91A 3TMWA 4CFOA 2W1XA 1REZA 1C08C 1JSFA 4DD7A 1TEWA 1FN5A 2G4PA 2ZIKA 3LZ2A 4NGLA 1JJ1A 4UWVA 1GF3A 1DPWA 5KKJA 2BAAA 1WTNA 1GD6A 1JHLA 1GXXA 4G49A 3HBDA 1RI8B 4D9ZA 1LSPA 1F6SA 3W6FA 5LVHA 4TTDA 1HSWA 1CKCA 2MEAA 4QGZA 4WM1A 4HJZA 2MEIA 1BB7A 4B1AA 3AB6A 1LHMA 5APDA 2LYOA 2BQGA 4H92A 5E9RA 1UCOA 3WPKA 4G4BA 2HEDA 3AYQA 5APFA 3A6BY 3AZ6A 4WL6A 1D0MA 1IOTA 3W6AA 1LSBA 2DQEY 1I56A 3A3RX 4NSIA 1LTMA 3MGWA 4LT0A 4WLXA 1UIHA 3RU5A 5IHGA 4QDNA 5KXPA 1QUTA 1GFHA 1LJIA 1QQYA 4B0DA 4BAPA 1XGTC 1DQJC 1B5ZA 1HELA 1JTPL 4OWBA 3TMVA 4CFPA 1OUHA 1B7QA 4NSGA 1JIYA 1GFUA 1UIAA 6LYTA 5KXTA 1GBSA 1IWWA 2X0AA 3A90A 4H9BA 2BLYA 1GEZA 1VEDA 1JISA 1I20A 2HUBA 1BVKC 4XN6A 5LAFA 1DI4A 2EPEA 1JTTL 1LOZA 1XGQC 2ZWBA 134LA 3LYMA 3W6BA 1LYOA 2Y8PA 1BWHA 5C6LA 1LMOA 1CNSA 1UIBA 1W6ZA 4H9HA 5ILFA 4OOTA 2XJWA 5LYZA 2XTHA 4GN3A 3W6DA 1BB3A 1GFRA 1HFXA 4RW1A 2Z37A 4NIJA 1HEWA 4WG1A 2NWDX 3WH1A 2BQIA 1GFGA 5F14A 5I54A 5KXWA 3CT1A 2I25L 132LA 4H9IA 1IP6A 1GFAA 1REYA 4XJHA 1LZ5A 1IP3A 4DD0A 1IWVA 4NHSA 4L41A 4J1BA 1IP7A 3A96A 3WL2A 1XEJA 1C10A 1NDGC 4NHTA 1RCMA 1C43A 4WLTA 5T3FA 1VDTA 4W96A 5KXSA 4B4IA 1GFKA 3T6UA 3LYOA 4BS7A 4LYTA 4TSBA 4YEOA 1OUCA 1HSXA 4G9SA 4NWHA 4H8XA 4II8A 1GB3A 1CJ8A 2BQHA 2LYMA 4O34A 2YVBA 4TUNA 4NHQA 2MEHA 5K7OA 1FKQA 2LHMA 1A4VA 4MSTA 1HNLA 1GB2A 5FCPA 3A67Y 4N9RA 4TWSA 4H8YA 1D0KA 1C46A 4HTQA 5JENB 5LYMA 1LSNA 1XSFA 2G4NA 1GB7A 4WM5A 2I6ZA 1A2YC 1KXYA 1LSCA 5M1YA 1B5WA 3EO5A 4ETDA 1NKHA 1OUAA 2YBHA 3G3AB 5LA8A 5LVGA 2DQAA 4H94A 4H93A 1F0WA 4ML7A 1XGUC 1DPXA 1IP5A 2YBMA 1OUIA 2BQLA 2HU3A 3CSRA 1YAOA 1LZ1A 5DN5A 1HEQA 1LYZA 2LYZA 1WTMA 4PRQA 1RFPA 1GFJA 1SQ2L 1HF4A 1LSFA 1XFPL 5AMYA 2DQIY 1LSEA 3TXDA 3QNGA 5LAGA 1ALCA 2ZIJA 1UUZC 208LA 1GE0A 1LZ6A 3EMSA 8LYZA 1NWGA 1IP4A 4H9AA 4NGZA 5L9JA 1YROA 1IO5A 1SLYA 1G7MC 2HECA 2MEBA 1GB9A 1BWIA 1LZ9A 4YEMA 4IATA 3WVYA 1OUBA 3OK0A 5C6JA 4NGWA 3M18B 4HPIA 1LZYA 4NGJA 1LKRA 4H9CA 1B7LA 3W6EA 2BQEA 5HMVA 1GFTA 2BQCA 1GWDA 3AJNA 2D4JA 194LA 2HU1A 4HPEA 1YKYX 2ZQ4A 4KT3A 1LPIA 5KXRA 1XEKA 4XJGA 3WULA 1GAZA 1GPQC 2Z12A 1LMQA 1IWXA 3J6KA 4WLDA 2BQKA 1LZDA 1KIQC 3TMXA 2A7FA 4RLNA 3AZ4A 1HEMA 2WARA 1AT5A 4DD3A 1HC0A 1JJ3A 4N5RA 3A3QA 5HQ1A 1BGIA 2GV0A 3P65A 5DL9A 1GEVA 4N8ZA 2FBDA 1LZGA 1LYSA 1T6VL 1IORA 1KIRC 1UBZA 1YANA 3ATNA 4FDYA 1WQMA 4HTKA 4KL7A 1B7MA 4GLVA 3WPLA 1BWJA 4ZFPA 1VFBC 1ZVHL 4PHIA 1WQRA 4DT3A 1BHZA 1FLWA 1GDWA 3AZ7A 1IR7A 1JJ0A 1Z55A 3ATOA 4B49A 1HFZA 5C6IA 3LYTA 4B4EA 1B5YA 1REXA 3RZ4A 1LJ3A 1B5UA 2HEBA 1QSAA 5HNLA 5D5CA 1LCNA 4A7DA 5I4XA 1REMA 4OWHA 135LA 4Z98A 1J1XY 1V7SA 2H9KA 1IP2A 5A3ZA 1VDSA 1YKZX 3CSZA 4J0LA 5B05A 1JKDA 1UC0A 1AM7A 1UACY 1LZCA 2DQHY 3CSQA 3B0OA 4HJVA 4P2EA 2Z18A 5L3HA 3RNXA 1LAAA 154LA 5II3A 1GE1A 1MELL 3B6LA 4ETAA 2N5ZA 2YSSC 1KXWA 4PPOA 4LYOA 5FSTA 1YIKA 2FYDA 4NEBA 4WO6A 4GCEA 1LSYA 1IR8A 4G4CA 1OUDA 1IY3A 3AZ5A 3D9AC 4DWXA 5LA5A 1BB6A 1JSEA 1LZ4A 3A95A 2HTXA 4M6DA 4ETBA 1JKAA 5I4WA 4CGEA 1KXXA 2YBNA 1OUEA 1CJ6A 1GE2A 2BLXA 3AGIA 4H9EA 4XJBA 4DDAA 1LSZA 1B0DA 1WQNA 3FI7A 4AXTA 1IR9A 4PJ2C 3WW5A 4E3UA 3CQLA 1FBIX 2DBTA 5A3EA 3WMKA 3TXFA 1CKDA 4FJRA 3A34A 3QY4A 4YOPA 2MECA 1LJEA 3P68A 1YL0X 1D6QA 1YAQA 5EBHA 1DZBX 2AUBA 1HENA 1CKHA 1JTOL 1IWTA 4XJDA 3TXBA 1AZFA 1C7PA 4WO9A 2HEAA 4NGKA 4MCKA 4WM2A 4WMGA 1VAUA 3LN2A 5APCA 2C8PA 4LFPA 3RT5X 1RE2A 1DKJA 2F4GA 2H9JA 3LHMA 2VB1A 1LHHA 4IJ4A 5F16A 2W1LA 3WVXA 5J7CA 2F4AA 4GCBA 3A94A 4GCFA 1OUJA 4LZTA 1EL1A 3B0KA 4X3BA 5I53A 1JITA 4OW1A 5KXYA 1GBZA 1GB5A 1QTKA 4Z46A 4NY5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
258LA 1I1ZA 1F6RA 2A4TA 3N9AA 1GFVA 3TXGA 7LYZA 4WM4A 4HTNA 1GBYA 1TAYA 1B5VA 2CWIA 3ZEKA 1L99A 1C6PA 1UIDA 1L59A 3HFMY 4WM3A 1GF0A 1PQDA 1L62A 174LA 2HEFA 1LJGA 3LZTA 3ODUA 1L87A 1C6JA 1SWYA 222LA 3DKEX 1OVJA 5FELA 1N4FA 4WL7A 5B07A 188LA 262LA 128LA 4OWEA 1OP9B 3K3TA 3HBEX 1PQKA 1GF7A 1H87A 1J1PY 2XBRA 2FBBA 104LA 5LVKA 4R0FA 3TXEA 1K28A 1CV0A 3CT0A 3IJUA 4UWNA 4YX7C 1L56A 1V7TA 3G3BB 1B7SA 3CDTA 1CUPA 4TX7A 1CVKA 1CKGA 1GAYA 5DLAA 4LYBA 4NGYA 5E4PA 3GXKA 1G0PA 1NMMA 1L04A 5KXKA 1CU5A 219LA 4HV1A 1IC5Y 4XJFA 3J4GA 5KXZA 1L03A 4HJYA 1G0JA 1KW5A 2DQCY 1QDRA 1D2YA 4KPMA 2CGIA 3B72A 3WUNA 3KAMA 1P64A 3GUMA 5KXXA 4NWEA 1UIGA 1WQPA 2OE7X 1SX2A 2Z2FA 3W3EA 3WYHA 1DYEA 1LYHA 1PS5A 1CV6A 1B7RA 1B2KA 3WW6A 1L06A 1D3FA 1YAMA 210LA 2BQJA 1ZV5L 1LZEA 3HH4A 1GF4A 1LHKA 4H9FA 4RLMA 2BQFA 1GHLA 1L81A 1B5XA 2Z39A 197LA 2LCBA 4HV2A 2CJLA 2YBIA 1KY1A 152LA 1L44A 3EXDA 192LA 4QEQA 2RBRA 2ZNXY 1G1WA 4GCCA 1XEPA 9LYZA 5KXMA 1LJ4A 3N9CA 4NGIA 139LA 1C45A 1KY0A 4J7VA 1LWGA 5D5FA 4DDBA 4ARPA 1T8FA 1IC4Y 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1I1Z A;  2BQD A;  3W6C A;  1F6R A;  1XGR C;  2D91 A;  1YIL A;  4CHX A;  2IFF Y;  1LMA A;  1LJN A;  1LZB A;  4EOF A;  1LMN A;  2Z38 A;  1LSG A;  1WVU A;  3N9A A;  1GDX A;  1GFV A;  3TXG A;  5B1G A;  7LYZ A;  3B0I A;  4WM4 A;  4H1P A;  2PC2 A;  2MED A;  4BAD A;  4HTN A;  1GBY A;  2D6B A;  4CJ2 A;  2DQG Y;  5LIN A;  1KIP C;  2YBL A;  3F6Z A;  4NG1 A;  1TAY A;  5KY1 A;  4B4J A;  1LZA A;  1VDP A;  2EQL A;  1B5V A;  1HEP A;  2CWI A;  3WPJ A;  5LYT A;  3ZEK A;  3A6C Y;  1LZ8 A;  5B1F A;  1NF5 A;  5DM9 A;  1UID A;  5FHW A;  1EQ5 A;  2YDG A;  3TXJ A;  3LYZ A;  1LZS A;  1LZT A;  1IVM A;  1B7O A;  5FEK A;  1NBY C;  2EIZ C;  3HFM Y;  4WM3 A;  1GF0 A;  1UIF A;  5KXO A;  1IIZ A;  4NHI A;  4LT1 A;  4N1E I;  1TDY A;  1IOQ A;  1HMK A;  2Q0M X;  2ZIL A;  2HEF A;  1LMP A;  2LZ2 A;  4HP0 A;  1JWR A;  1G7J C;  5B06 A;  1LJG A;  2DQD Y;  3LZT A;  2DQJ Y;  1BB4 A;  1P2C C;  1D9U A;  4LFX A;  4NHP A;  4UWU A;  4YEN A;  5DN4 A;  207L A;  2D4I A;  5KXL A;  1QIO A;  4J1A A;  2D4K A;  5IEL A;  2EKS C;  2BQO A;  1GE3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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