4H9IA

Radiation damage study of lysozyme - 1.05 mgy
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights into the mechanism of X-ray-induced disulfide-bond cleavage in lysozyme crystals based on EPR, optical absorption and X-ray diffraction studies.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 53
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4h9iA00
4G49A 2BQCA 5I4WA 1LZNA 1LYSA 3A92A 3ATNA 1JKAA 1LJEA 1DQJC 2ZILA 1WQPA 1CNSA 3IJVA 3P65A 1I56A 1KXWA 2W1LA 4H9BA 4HJZA 4LFPA 1OUHA 4LT1A 5DN4A 5DL9A 1NKHA 1IWXA 5B05A 1HEQA 4M4OA 1LSEA 4NGJA 2Q0MX 4WM2A 4B4JA 5A3ZA 1IOSA 1GFUA 3LHMA 3HBEX 1YANA 1UICA 1FN5A 2D4JA 3QY4A 4MSTA 5E4PA 1GF0A 2HTXA 1KIQC 3AGGG 4N1CC 1LMAA 1XEIA 2EQLA 5KXYA 3RNXA 1GAZA 4H1PA 1GWDA 1XGUC 4HPEA 4PRQA 4OWCA 3CSRA 1AKIA 3W3EA 1G7LC 3TXJA 3AZ4A 4YOPA 2BQLA 1BB3A 1LZGA 2ZYPA 1C7PA 3TXKA 4ZFPA 1NDMC 2DBTA 1DI3A 1YKXX 1A4VA 2HUBA 3RU5A 4ZIXA 4N5RA 1C45A 1OP9B 3J4GA 4DYGA 1OUDA 5HNCA 1LSGA 1NMMA 1C10A 3AZ7A 4MR1A 1GFAA 5KXXA 4ML7A 3TXIA 4ANRA 1TEWA 1LZ9A 3KAMA 5C6LA 1BVXA 4QY9A 4TUNA 3TXGA 1LMQA 5KXRA 2DQEY 4WM1A 1G7HC 2LZTA 3TMUA 1OUJA 4IJ4A 1LHJA 4WMGA 4KL7A 1TCYA 4WO6A 4X3BA 4GCDA 4HTQA 4N0JA 5B1GA 1LJFA 1RCMA 1GF4A 1RI8B 1BB4A 4J7VA 5B06A 4C5FA 3G3AB 4NHPA 3FE0A 1CKDA 2YBJA 1IP1A 1FBIX 4NHTA 1LYZA 1TBYA 1WTNA 3ZVQB 4WLXA 1YL1X 1AT6A 1HEOA 1DPWA 1WQNA 1WVVA 2Z18A 3G3BB 1HC0A 1GFRA 1YAPA 3TMWA 2MEEA 1HEMA 1GFVA 1IP4A 4WOAA 1DZBX 1JIYA 4GLAA 5M1YA 3B0OA 1LSDA 1JSEA 1TDYA 1DI4A 2RSCA 4HJVA 1LZEA 6LYTA 5B07A 3HBDA 5I5QA 1IWYA 1GB9A 2HEBA 3BKVA 5LAGA 3LYZA 1V7TA 1JTOL 3QE8A 4C3WA 4ETBA 2BLXA 1LMPA 2LHMA 3A3QA 4GCBA 1OUGA 3A6CY 4R0FA 2YBNA 1QUSA 5J7CA 1LJGA 135LA 1D9UA 1GF5A 2MEBA 2Z2FA 4H9HA 1HFXA 3LYMA 4N9RA 1B7MA 1G7JC 4OWAA 1LJ4A 3A93A 3A3RX 1NBYC 1ALCA 5KJ9A 5KXWA 3ULRA 1LKRA 1HEPA 1EQ4A 4KPMA 3WUMA 1IOTA 3WU7A 1HFZA 3ZEKA 1DKJA 1DXJA 3CT5A 3LZ2A 4D9ZA 1IWVA 1BB7A 5T3FA 2BQKA 1LMOA 1CJ7A 2HU1A 1HERA 2A7DA 2D4IA 1GHLA 1YL0X 1LMCA 4NHSA 3MGWA 4OOTA 1B5WA 2BQIA 4IATA 2I6ZA 2BQEA 5EBHA 1OQMA 4OW1A 2FYCA 4NFVA 4TSCA 1LPIA 3AJNA 2H5ZA 1LSCA 3D9AC 4PGJB 4WLYA 2A7FA 4J1BA 1RJCB 5APCA 3P66A 3W6AA 3WL2A 3A91A 4OWEA 5KXLA 2C8PA 1LMTA 4NHIA 4EOFA 1UUZC 3W6FA 1LYYA 2F30A 2BQAA 1SQ2L 3EXDA 4WLTA 1JKDA 194LA 1IEEA 2BQDA 2DQJY 3A96A 4KXIA 4L41A 4NGYA 2ZYCA 4PPOA 1VDQA 1LKSA 3AW7A 3TXDA 2YVBA 4ETCA 1B2KA 2BQOA 2MEIA 4ET8A 4PHIA 5DN5A 4NWHA 4NG8A 1JSFA 1GF8A 4RW2A 4H90A 2CDSA 4LFXA 1BQLY 3TXEA 2DQFC 3AW6A 5LYTA 1IR9A 3TXHA 3BKHA 1LJNA 1DPXA 134LA 1YAMA 2BQHA 1LCNA 5KXNA 1EL1A 1LZYA 2VB1A 2HEAA 1GXV2 3N9EA 5C6IA 1B9OA 4NGOA 3WPKA 1QSAA 3QNGA 4H9EA 4LGKA 3ATOA 1B7SA 4UWUA 2Z12A 2EPEA 193LA 1JKCA 1B7PA 132LA 3LZTA 5AMYA 5KXSA 2Z39A 1JWRA 1GE3A 3LYTA 3RZ4A 1LAAA 1LZ1A 2BQNA 1QDRA 2F4AA 5LVHA 4DT3A 4XJBA 4W96A 1CKCA 1YKYX 2CJLA 4H93A 1YAQA 1KIRC 1G7MC 1I20A 3WUAA 2W1XA 4E3UA 2I26L 1GDWA 5LVKA 5KXOA 1GF7A 4HV1A 3TMVA 4H94A 1INUA 1XEKA 4WLDA 4CFOA 4CGEA 5IHGA 4OOOA 1HEWA 1GF9A 2X0AA 1B5VA 1BB6A 4PJ2C 3WXUA 4ETDA 1WQQA 3M18B 1F0WA 3P64A 2BQFA 4AXTA 4G4CA 1DKKA 1LZCA 1GEZA 5FCPA 1FLUA 3EO5A 2ZWBA 5LYZA 1JUGA 1Z55A 1J1XY 1N4FA 1W08A 1QTEA 1VATA 3EBAB 1IORA 1H87A 3J6KA 3WPJA 1GXXA 3M3UA 1C46A 1XSFA 1LSNA 5II3A 4GN3A 2FYDA 2ZNXY 2XJWA 1XGPC 1JEFA 1TAYA 1ZVYB 1CJ9A 1GB2A 3IJUA 4NSIA 1XFPL 5A3EA 4HTKA 1UIDA 3GXKA 4CJ2A 1QIOA 1FLWA 2D4KA 4B4IA 1F6SA 1LSYA 4NGWA 4QEQA 1LHMA 4H9AA 4NHQA 4WG1A 5E9RA 5F9XA 3OK0A 1YROA 1PZYA 1C43A 2XBRA 1JJ0A 2YBMA 3W6CA 2DQIY 1LZ8A 3A6BY 1XEJA 4WM3A 4YENA 2D91A 5LVJA 1BHZA 2IHLA 2YBLA 1CKGA 5C6JA 4J1AA 1GB5A 2MEAA 3WMKA 5HLLA 1QDTA 2HEFA 1XGRC 4HJYA 3ZVQA 4XADA 1XGTC 5LAFA 4DC4A 5DM9A 3WXTA 1D6QA 1NDGC 4NGZA 4LYTA 1HF4A 4LT2A 2BPUA 5HMVA 4OWBA 4R6CA 5F16A 3W6DA 3WVYA 1EQEA 1NHEA 5K7OA 4YM8A 2Z2EA 1B7RA 4ET9A 4WO9A 1BB5A 4LYOA 1LZAA 1IWUA 1WTMA 2BQJA 2MEDA 3AZ6A 3A8ZA 133LA 3SP3A 153LA 4HSFA 4XJDA 3CB7A 4PRUA 1IX0A 1LSPA 208LA 1LYOA 4H8XA 3T36A 5LA8A 2CGIA 3RT5X 1RFPA 5FEKA 4FJRA 4XYYA 4B49A 4EMNA 4Z3MA 4WM4A 4FDYA 1HNLA 1UIEA 4XENA 4RW1A 2Y8PA 1RE2A 4NSHA 2F4GA 5LIOA 5F81A 4H91A 1WQRA 1GEVA 2HEDA 3AZ5A 1LHKA 1NWGA 2MECA 1AZFA 2AUBA 1IC7Y 4ZEEA 5HMJA 1HFYA 1LJ3A 4LYMA 1IVMA 5B1FA 4RLNA 2EKSC 3F6ZA 1GBXA 1IOQA 1BWJA 3T6UA 5LVIA 5ILCA 1J1PY 1GFJA 2LYZA 1VEDA 2I25L 1B5XA 1JJ3A 1LHIA 1H6MA 1LMNA 5APDA 5LVGA 1IOCA 3VWOA 4W94A 1QSWA 1BWIA 3WU8A 1GFKA 1GDXA 3LN2A 4Z46A 2YBHA 1MLCE 4XJIA 5KKIA 1AM7A 1GB7A 2BQBA 2MEGA 1HSWA 1FKQA 3B72A 4CHXA 1UIBA 3AB6A 5KXPA 1D0KA 3CT0A 1HMKA 1QUTA 1I1ZA 4XN6A 5IELA 2BLYA 8LYZA 2DQCY 2BQGA 1LSAA 2DQAA 2Z37A 4YEMA 1B7OA 1GD6A 4OWHA 1MELL 2EIZC 5DLAA 4I8SA 3WYHA 1OUBA 1GBZA 1JISA 3FI7A 4NGVA 2G4QA 1E8LA 1NBZC 1VDPA 2YSSC 3AYQA 5APFA 4HP0A 2FBBA 2DKVA 4DDBA 4NSJA 1NF5A 1GBOA 2LYMA 1PS5A 1BVKC 1REZA 2HU3A 3CT1A 3OJPA 5B59A 1GE2A 4NWEA 1B7QA 1FLQA 4NGLA 1LSMA 3CSQA 5FELA 1IC5Y 3GXRA 1IWZA 4G4BA 1VFBC 3WVXA 1IR7A 1LZTA 5D5CA 4DD1A 1LZBA 1LZDA 1WVUA 4GCCA 1GFTA 1T6VL 1GAYA 4IASA 1UIAA 4U3XB 1GE1A 1LZ6A 1IC4Y 1F6RA 1HHLA 1OUCA 5FHWA 1D0LA 4TX7A 5KXZA 1LSBA 1ZV5L 4LZTA 4MCKA 4DD3A 5I53A 1YQVY 4GCEA 4HV2A 4N1EI 1B0DA 1LJIA 2MEHA 3A67Y 1FKVA 1JPOA 5KY1A 5LXWA 1IY3A 4H9FA 4DD2A 4LYCA 4NY5A 3TXBA 4RDSA 4LT0A 4NIJA 1V7SA 1LJKA 1IWWA 1IP5A 4UWVA 1KXXA 1LSZA 5KXMA 2IFFY 4B4EA 4M6DA 1GBSA 1YIKA 4B1AA 4N8ZA 5LINA 3WH1A 3N9CA 1IY4A 4XJFA 5L3HA 1IIZA 2ZQ4A 1LJJA 4O34A 3TMXA 2FBDA 4Z98A 5HQ1A 1GF6A 1QTKA 1W6ZA 4CFPA 4BADA 1BWHA 3WPLA 2W1MA 1EQ5A 5KKJA 3E3DA 4NGKA 5L9JA 2MEFA 2DQDY 1UIFA 4GN4A 1KIPC 3CSZA 2XTHA 1UA6Y 1HMLA 1OUFA 4RLMA 1UACY 1KXYA 1UIHA 1CKFA 1YKZX 1HELA 1J1OY 1F10A 2WARA 3AGIA 3WW6A 3W6BA 1GFEA 1IP7A 3P4ZA 1LHLA 4BAPA 4ETEA 4II8A 5FDJA 4H92A 3P68A 1HENA 5APEA 4NEBA 3B0KA 4GCFA 4DD9A 1CKHA 7LYZA 1A2YC 1ZMYL 1D6PA 1JITA 1JTTL 5L3IA 2ZIJA 1CJ8A 2H9KA 5HNLA 1JHLA 1WQMA 4G9SA 4A7DA 4I0CA 5IDDA 1LHHA 2B5ZA 4TTDA 2F2NA 1WQOA 4B0DA 1BGIA 4DWXA 3HBHA 4GLVA 1JJ1A 2BAAA 1AT5A 2CWIA 4HTNA 2HECA 4WL6A 1REMA 3W6EA 2LZ2A 1OUEA 2HEEA 2N5ZA 1VDSA 4H9IA 2H9JA 1JKBA 1NQIA 154LA 1C08C 3WU9A 1D0MA 4DD7A 4HPIA 3IWRA 4LYZA 1B5YA 1ZVHL 2YBIA 1XGQC 2G4NA 4QGZA 4WM5A 5KXKA 1GBWA 5LYMA 2XBSA 3RW8A 1GB8A 5F14A 1VAUA 1HSXA 4DDCA 2DQHY 3EMSA 2LYOA 2PC2A 4QDNA 1GPQC 4AGAA 1LSFA 3A90A 4J0LA 5ILFA 1LZ5A 3A95A 5FSTA 4Z41A 1IWTA 4H8YA 1P2CC 1REYA 4H8ZA 1IR8A 2W1YA 4XJGA 1LJHA 2Z38A 4H9CA 3LYOA 1T3PA 9LYZA 2ZNWY 1G7IC 5I54A 1IP6A 3AGHA 4KT3A 1O23A 4GN5C 4YEOA 2C8OA 1VDTA 2D6BA 207LA 2ZIKA 3HFMY 3D3DA 1GE4A 1UIGA 4TSBA 1YAOA 4WM6A 3B6LA 1QQYA 4TWSA 5I4XA 3A94A 4P2EA 1B7NA 1GFGA 1GB6A 1LTMA 3K3TA 1UCOA 3N9AA 4LT3A 3WUNA 5LA5A 1B7LA 4UWNA 1FDLY 5F9UA 3TXFA 4NG1A 2Z19A 6LYZA 5KXTA 1GB3A 5I4YA 2DQGY 1GE0A 4ETAA 1REXA 4DD0A 4WL7A 4XJHA 1UBZA 1IP3A 5D5FA 1B5ZA 3WULA 4G4HA 2G4PA 1LOZA 1GF3A 4BS7A 1UC0A 1SLYA 3B0IA 1JTPL 4YF2A 1OUAA 1IP2A 1LZSA 1GBYA 1FLYA 2BQMA 2GV0A 5JENB 2NWDX 4BAFA 1B5UA 1GB0A 4LYBA 1LZ4A 3A34A 1IO5A 1OUIA 3CQLA 4NGIA 4DDAA 2YDGA 1CJ6A 4NSGA 1GFHA 4WG7A 1LZRA 3WW5A 1YILA 1DI5A 2ZQ3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BQCA 104LA 1LYSA 3ATNA 2W1LA 248LA 4EJ4A 1HEQA 7LZMA 2B70A 1IOSA 1GFUA 1LI6A 1CX6A 3LHMA 4LDEA 5E4PA 4MSTA 1GF0A 2HTXA 4N1CC 1XGUC 4PRQA 3CSRA 3TXKA 1C7PA 1NDMC 2DBTA 1DI3A 3C7WA 1YKXX 1GFAA 2O4WA 1L62A 5KXXA 3DN0A 1TEWA 1L51A 3DMVA 3G3XA 3PBLA 2DQEY 4WM1A 1T97A 1OUJA 4KL7A 1ZWNA 4HTQA 237LA 1LJFA 4J7VA 4NHPA 1CKDA 181LA 3SB7A 1FBIX 3ZVQB 1WQNA 1HC0A 1GFRA 3TMWA 1GFVA 1OV5A 4GLAA 1PQOA 3B0OA 261LA 1TDYA 1DI4A 4W53A 1LZEA 5B07A 1GB9A 2HEBA 4I7MA 1LGXA 1CVKA 1V7TA 2BLXA 2LHMA 4GCBA 3HT7A 4R0FA 2YBNA 5J7CA 156LA 2MEBA 2Z2FA 2L78A 4N9RA 4OWAA 1LJ4A 1SWZA 3GUPA 3A3RX 5KXWA 251LA 1HFZA 1L98A 3LZ2A 1IWVA 2BQKA 114LA 1CJ7A 2D4IA 1GHLA 1LMCA 4OOTA 155LA 189LA 2BQEA 5EBHA 4OW1A 4TSCA 4WLYA 3HTFA 1RJCB 3A91A 4EOFA 1UUZC 3W6FA 2F30A 2NTHA 1C63A 1SQ2L 3EXDA 3DMZA 1IEEA 4L41A 1LKSA 3TXDA 1JSFA 240LA 195LA 1BQLY 3TXEA 3AW6A 3BKHA 197LA 1YAMA 1EL1A 1LZYA 2B73A 1KW5A 246LA 5C6IA 1L86A 193LA 4DJHA 213LA 2Z39A 1L12A 3G3VA 1QDRA 1G07A 4LDOA 4DT3A 1CKCA 1L66A 2CJLA 1SSWA 1YAQA 1KIRC 1I20A 1GF7A 4H94A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4G49 A;  2BQC A;  5I4W A;  1LZN A;  1LYS A;  3A92 A;  3ATN A;  1JKA A;  1LJE A;  1DQJ C;  2ZIL A;  1WQP A;  1CNS A;  3IJV A;  3P65 A;  1I56 A;  1KXW A;  2W1L A;  4H9B A;  4HJZ A;  4LFP A;  1OUH A;  4LT1 A;  5DN4 A;  5DL9 A;  1NKH A;  1IWX A;  5B05 A;  1HEQ A;  4M4O A;  1LSE A;  4NGJ A;  2Q0M X;  4WM2 A;  4B4J A;  5A3Z A;  1IOS A;  1GFU A;  3LHM A;  3HBE X;  1YAN A;  1UIC A;  1FN5 A;  2D4J A;  3QY4 A;  4MST A;  5E4P A;  1GF0 A;  2HTX A;  1KIQ C;  3AGG G;  4N1C C;  1LMA A;  1XEI A;  2EQL A;  5KXY A;  3RNX A;  1GAZ A;  4H1P A;  1GWD A;  1XGU C;  4HPE A;  4PRQ A;  4OWC A;  3CSR A;  1AKI A;  3W3E A;  1G7L C;  3TXJ A;  3AZ4 A;  4YOP A;  2BQL A;  1BB3 A;  1LZG A;  2ZYP A;  1C7P A;  3TXK A;  4ZFP A;  1NDM C;  2DBT A;  1DI3 A;  1YKX X;  1A4V A;  2HUB A;  3RU5 A;  4ZIX A;  4N5R A;  1C45 A;  1OP9 B;  3J4G A;  4DYG A;  1OUD A;  5HNC A;  1LSG A;  1NMM A;  1C10 A;  3AZ7 A;  4MR1 A;  1GFA A;  5KXX A;  4ML7 A;  3TXI A;  4ANR A;  1TEW A;  1LZ9 A;  3KAM A;  5C6L A;  1BVX A;  4QY9 A;  4TUN A;  3TXG A;  1LMQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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