4HTQA

Mitigation of x-ray damage in macromolecular crystallography by submicrometer line focusing; total dose 6.70 x 10e+11 x-ray photons
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mitigation of X-ray damage in macromolecular crystallography by submicrometre line focusing.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 52
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4htqA00
153LA 1LZYA 5LAFA 1LJJA 4KXIA 5D5CA 5FCPA 1C08C 1FKVA 2BPUA 3AJNA 2G4PA 4LT2A 2ZYPA 1HERA 2AUBA 4NG8A 1LMTA 4DDAA 3WU8A 4BAFA 5IELA 2GV0A 4OW1A 2W1LA 4DYGA 1OUEA 4H9EA 1XEJA 2EQLA 4LT3A 5KKJA 1JISA 1G7MC 2LHMA 5KXWA 2ZQ3A 1IWZA 1LZSA 1KXXA 4ZFPA 5IDDA 2A7DA 2C8OA 1F0WA 4N9RA 208LA 2XTHA 5K7OA 1LSFA 1O23A 1YAQA 4HJYA 4NSIA 1FLWA 4XJFA 1JSEA 5LAGA 3A34A 1GF9A 5APDA 1WVUA 1ZVHL 3P4ZA 4HP0A 1HFYA 1LSZA 4HTKA 3FI7A 2FBBA 4MCKA 4NEBA 135LA 4NSJA 4XJIA 1GE4A 1B7PA 1JJ3A 1HENA 1YILA 1GEZA 2MEEA 3HFMY 3WVXA 1AT5A 1LJ3A 5B1FA 1UACY 1LSGA 3W6EA 4PPOA 4YOPA 3F6ZA 4G4HA 5M1YA 4B1AA 2BQGA 2ZWBA 4N1CC 3A94A 2W1MA 2HEDA 4NG1A 5HNLA 5LVIA 4D9ZA 2LZTA 3WXUA 1GFGA 1LZRA 5ILCA 4ANRA 4NY5A 1B9OA 2HU1A 4GCEA 1IC5Y 3WU7A 2DQGY 3WL2A 1LMCA 1B5ZA 3TXHA 3IWRA 1NF5A 1CJ7A 1DPWA 3GXRA 1LMPA 1J1OY 1JEFA 5APEA 1UBZA 1B7SA 1MELL 4YEOA 5LYMA 1UIAA 4NHQA 3SP3A 3E3DA 3TXIA 1IX0A 1UUZC 2LZ2A 3T36A 1CKGA 4ML7A 4EMNA 4QDNA 5JENB 5I53A 4RDSA 2XBRA 4Z46A 4II8A 1YKXX 1WQNA 4B0DA 1VDSA 3P68A 1QUSA 4A7DA 4QY9A 5D5FA 1TEWA 1GFEA 4HPEA 4CGEA 3M18B 2MEGA 1OUDA 1YL0X 1C7PA 4NGWA 1XSFA 1LJGA 1TAYA 1LZAA 2EPEA 9LYZA 1DKKA 4J7VA 5KKIA 5KXNA 1CNSA 4TSBA 3W6DA 1XFPL 3KAMA 4I8SA 4QEQA 1W6ZA 4YEMA 4I0CA 4EOFA 1BB7A 4LGKA 2DQDY 1VAUA 1BWJA 3RT5X 4WM6A 3A93A 4CHXA 1GF3A 4DT3A 3A3RX 2Y8PA 1D6QA 1AZFA 4ETBA 2D4KA 1JKDA 2DQCY 4BAPA 1IIZA 4WLDA 5ILFA 1LMOA 2LYMA 3EBAB 1GBSA 1UC0A 2Z39A 4GN3A 4N5RA 4HJVA 4NGVA 4B49A 4HPIA 5HMVA 1LAAA 4R0FA 4WG1A 1DI3A 1LZTA 1JKCA 3WUNA 1WTNA 5LA8A 2Z2FA 5LIOA 1XGPC 4NHPA 1EQEA 1HFXA 4NIJA 1OUHA 3EXDA 4B4JA 1YAOA 4LYCA 1XGRC 2BQDA 2DQJY 1BHZA 1OUBA 1B5VA 1G7IC 1GFRA 4PHIA 1HSXA 3N9AA 4WM4A 4HTNA 1VATA 4M4OA 1DI5A 1QTKA 1LSDA 1FLQA 2H9JA 1IP1A 3P66A 5DM9A 1LYYA 1TBYA 4KL7A 4UWNA 5II3A 1LHKA 3OK0A 1GFVA 3AGGG 1GE0A 1QDRA 3LHMA 1LJEA 2DQFC 4N0JA 1UIBA 4N8ZA 2HEFA 1T3PA 5L3IA 2HECA 1LZCA 1P2CC 1LYZA 1YAPA 1GFKA 3A90A 3J6KA 4LYMA 5FELA 5F14A 5HQ1A 1ZMYL 2FYDA 4W96A 3W6BA 1RJCB 1LYSA 1HEWA 1LKRA 4UWVA 3WULA 5LA5A 1IVMA 1NDGC 133LA 2BQJA 2H5ZA 4WG7A 4LZTA 4PJ2C 1BB6A 3HBEX 1KXWA 3B0KA 5F9UA 3P64A 5A3EA 2A7FA 6LYTA 4XN6A 5I5QA 1DXJA 4H92A 2HUBA 1IP7A 1HMKA 1D0KA 1LSBA 1WVVA 3A8ZA 3W6FA 4TX7A 5A3ZA 6LYZA 1GAZA 2ZILA 3TMXA 4PRUA 1UCOA 1OP9B 1IP5A 1LHHA 2HEAA 1IP2A 3GXKA 1ZVYB 1CKDA 3CSRA 3IJUA 4WM3A 4OWEA 3D3DA 5E9RA 1B2KA 3CSZA 4H1PA 1F6SA 3W3EA 2ZYCA 1FLUA 3AYQA 3G3AB 3J4GA 1CJ8A 4NWEA 5KXOA 2G4QA 1LZNA 1JUGA 4LFPA 1ZV5L 1B5XA 2I25L 2YDGA 4WL6A 1LJ4A 4DWXA 1SQ2L 4H8YA 2YBLA 2BQNA 1WQQA 3CT1A 4HTQA 2BQMA 3IJVA 194LA 1GBOA 2MEAA 3CB7A 1IWVA 4TUNA 1GHLA 7LYZA 1IR7A 4GN5C 5DN4A 1TCYA 4H90A 1AT6A 1LPIA 1VFBC 1JHLA 1EQ5A 1LHMA 2ZNWY 3A6CY 5KXZA 1KIPC 4L41A 4NGYA 1C10A 3TXJA 5I4YA 4ZEEA 4NHIA 2BQLA 3RU5A 4G9SA 1NDMC 1H87A 4OWCA 1I56A 1LSAA 4LYTA 5AMYA 1GE2A 4ET8A 4P2EA 3TXGA 5HNCA 1HHLA 2D4IA 2B5ZA 5I54A 1IOSA 4LFXA 3AGHA 4RW2A 5KXRA 3TMVA 1IWTA 4AXTA 3ZVQB 3B0OA 2BLXA 2LYZA 1HEMA 5LVJA 3OJPA 4DD2A 2FBDA 3WU9A 1GB8A 2DQHY 2VB1A 5KY1A 3RNXA 1UA6Y 2RSCA 1IC7Y 1YL1X 4HJZA 1IR8A 2LYOA 4XJGA 1JTOL 1D9UA 5KXYA 5B05A 5LVGA 3MGWA 1LJIA 4OWBA 2EIZC 4BS7A 4FJRA 3HBDA 2BQIA 5B06A 1CKCA 3TXBA 1DKJA 1B7RA 2XBSA 1REYA 3ATNA 3LYZA 1LSPA 1N4FA 2F4AA 5C6JA 2HU3A 3WPKA 1REMA 1IWUA 5DL9A 1AM7A 2Z37A 1RI8B 4WM2A 1GE3A 1B5WA 5C6LA 1B7OA 1REZA 1GB2A 1EQ4A 1JIYA 1QSWA 1UIGA 1DI4A 3VWOA 1NBYC 4H93A 4MR1A 4XJHA 4XJDA 1G7HC 1FLYA 2XJWA 1INUA 4LYOA 3RW8A 3A92A 3LN2A 4G49A 4GCDA 2BQFA 2MEDA 3QNGA 1WQPA 1IP4A 1QIOA 1UIFA 3CSQA 1TDYA 1YROA 2BQOA 3WUMA 2Z18A 3WXTA 3T6UA 5L9JA 1RE2A 3AZ7A 4LYZA 3CQLA 3ATOA 1JSFA 1IOCA 2HTXA 5E4PA 1LJHA 3A91A 1E8LA 4NGOA 5KXPA 1GB5A 3A67Y 1G7LC 4NGJA 4ET9A 2BQBA 1OUCA 3G3BB 154LA 4IATA 1HEOA 1OUGA 4YF2A 1HEPA 2F4GA 2ZQ4A 1AKIA 1HMLA 5KJ9A 1YKZX 1GDXA 5EBHA 1JPOA 3AZ5A 2EKSC 1IORA 4OOOA 1I20A 1IWXA 4GLVA 1LSCA 1F10A 5APFA 1VEDA 1JJ1A 1HF4A 5FHWA 4B4EA 2D4JA 5I4XA 1REXA 1YAMA 1QTEA 4NWHA 2WARA 4KT3A 4AGAA 4PGJB 2BQAA 1HC0A 2CDSA 4CFPA 1IY4A 1CJ6A 2DQIY 3WH1A 4ETEA 4DD9A 1HSWA 1GE1A 1GFUA 4IJ4A 4NFVA 1CJ9A 4Z3MA 2BQKA 2F30A 1JJ0A 1VDPA 4NGLA 3D9AC 4J1AA 3CT0A 5LINA 1LSNA 3TXEA 1BQLY 5LXWA 4WMGA 1GD6A 1XGUC 3WW6A 1D0LA 1JTPL 2N5ZA 4M6DA 4E3UA 4WOAA 4DDBA 1LJFA 1LTMA 3AGIA 4H8ZA 2X0AA 1CKHA 1B7QA 1LHLA 1A4VA 1Z55A 4NGKA 3TMWA 1GF5A 2BLYA 1DPXA 1GXXA 2BQEA 2ZIJA 4H94A 5DN5A 5FDJA 4DD1A 1GB3A 2YBNA 4WLXA 5F81A 3WYHA 2Z19A 4TSCA 5B59A 2MEFA 4ETCA 1V7TA 2C8PA 1LMNA 3WMKA 5L3HA 1FN5A 1DQJC 4CFOA 3LZ2A 2DQAA 4CJ2A 3B6LA 1FKQA 1VDTA 1LZ8A 1GBXA 4NHTA 4ZIXA 3K3TA 4O34A 4WO9A 2BQCA 5F9XA 5KXMA 1BB4A 3HBHA 3WUAA 1V7SA 1LMAA 1NWGA 1PS5A 4HV2A 4H91A 5LYTA 3QE8A 1KXYA 3TXKA 1F6RA 1G7JC 1GPQC 1LZ1A 1RCMA 4TWSA 5KXTA 1LOZA 2IHLA 1LCNA 3M3UA 1I1ZA 1MLCE 4H9BA 134LA 2D6BA 3W6AA 5IHGA 1QUTA 2Q0MX 1A2YC 1HFZA 1GB0A 1YQVY 1SLYA 1LKSA 2W1XA 1KIQC 2MEHA 3LYTA 4KPMA 3RZ4A 1BVXA 2YVBA 1C43A 1GFHA 4Z98A 4XJBA 5DLAA 2IFFY 2H9KA 1IP3A 2BQHA 4H9HA 1IOQA 2CJLA 4OWHA 1W08A 1XEIA 3B0IA 5B07A 3TXFA 3ZEKA 4RLMA 1JKBA 1QSAA 4WM5A 2YBJA 1GBZA 1QQYA 1UIHA 2MEBA 3AZ4A 4GN4A 5F16A 4HSFA 5KXSA 1D6PA 1IOTA 1LZEA 1IC4Y 1YIKA 2I6ZA 5FEKA 5B1GA 193LA 1LZ4A 1GF7A 1IWWA 1GF0A 3CT5A 1GF6A 2PC2A 2MECA 2ZNXY 1IP6A 1GAYA 3WPLA 1GWDA 1IR9A 4HV1A 5HMJA 1RFPA 3FE0A 3ZVQA 1J1PY 1LHJA 3BKHA 4BADA 4LT1A 1WQRA 2I26L 1HEQA 4X3BA 1LHIA 1GBWA 1LSEA 4QGZA 3A96A 1NMMA 1LYOA 2Z2EA 4LT0A 4RLNA 2Z12A 4WM1A 4YENA 3W6CA 5KXKA 4NSGA 4TTDA 1LZBA 2W1YA 1IO5A 3LYOA 1GFAA 4RW1A 3B72A 4N1EI 1YANA 1JTTL 1GB6A 1GB9A 1ALCA 5APCA 4NHSA 4LYBA 4W94A 3A95A 1C45A 1IWYA 1NKHA 2CWIA 3N9CA 4XYYA 4WLYA 1B5YA 1GF8A 4WO6A 1VDQA 3LYMA 3TMUA 4DC4A 4FDYA 4NGIA 1JITA 2YBIA 3BKVA 1B7MA 3TXDA 4NSHA 1LZ9A 1PZYA 1BVKC 2HEBA 2NWDX 2ZIKA 4UWUA 4U3XB 5LYZA 1DZBX 4Z41A 1BB3A 5KXXA 3AW6A 1LMQA 1LJNA 4H8XA 1GEVA 4DD0A 2HEEA 1B7LA 1B5UA 1FBIX 4GCFA 5FSTA 3WPJA 4C5FA 1BWIA 5HLLA 5KXLA 1B0DA 1GXV2 1IEEA 1BWHA 1GBYA 3A3QA 2Z38A 3ULRA 3WVYA 1LSMA 3EMSA 1NQIA 1JWRA 5T3FA 4J0LA 1D0MA 1GB7A 1OUJA 1GFTA 1OUFA 1QDTA 1OUIA 1YKYX 2D91A 1HELA 1UICA 4NGZA 4R6CA 4B4IA 3P65A 8LYZA 1LSYA 1LZ6A 2FYCA 2YBHA 4WLTA 4MSTA 1OUAA 5LVHA 1BB5A 1GDWA 1KIRC 4DDCA 2DQEY 5I4WA 1WQMA 1LZGA 1CKFA 1IY3A 1GF4A 2YBMA 2YSSC 207LA 4YM8A 1J1XY 3QY4A 4IASA 4H9IA 1NHEA 4H9AA 1WTMA 3WW5A 4WL7A 1H6MA 1LZ5A 3N9EA 2G4NA 1C46A 1EL1A 1BGIA 4DD7A 4OWAA 4C3WA 4G4CA 1WQOA 4H9CA 5C6IA 1JKAA 4PRQA 1FDLY 3AB6A 3AZ6A 2DKVA 1UIDA 4XENA 2MEIA 5J7CA 4G4BA 4ETAA 1XGTC 4J1BA 1T6VL 2BAAA 4GCCA 4GLAA 4XADA 1OQMA 3EO5A 4ETDA 1UIEA 1XGQC 2F2NA 5LVKA 1NBZC 1XEKA 4DD3A 1GFJA 4H9FA 1B7NA 1LJKA 3A6BY 3LZTA 4OOTA 2CGIA 132LA 4GCBA 1LZDA 1HNLA 2DBTA 3AW7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
7LZMA 4KXIA 181LA 2G4PA 1L85A 3WU8A 5IELA 2GV0A 4OW1A 1LWGA 4H9EA 1XEJA 2EQLA 1C62A 1L92A 1IWZA 2ZQ3A 3VW7A 2C8OA 2XTHA 238LA 3DKEX 1L71A 4HJYA 1DYEA 1JSEA 167LA 1GF9A 165LA 1ZVHL 1XJUA 4NEBA 1GE4A 1HENA 1JJ3A 2MEEA 3HFMY 3WVXA 1LJ3A 5M1YA 251LA 3A94A 2W1MA 2HEDA 4NG1A 2LZTA 3WXUA 1LZRA 4NY5A 1B9OA 2HU1A 4GCEA 2DQGY 2ANVA 1LMCA 3IWRA 1CJ7A 1LMPA 1B7SA 4YEOA 1L44A 3SP3A 3T36A 2OE4X 104LA 5JENB 4QDNA 1WQNA 3P68A 1KS3A 1XSFA 209LA 2HUMA 1LZAA 4YX7C 1L54A 1LYHA 1K28A 4CHXA 2Y8PA 1D6QA 259LA 1DYCA 5ILFA 2LYMA 2Z39A 1C61A 147LA 1C6KA 4R0FA 1L16A 1LZTA 1JKCA 5LA8A 3C8RA 4NHPA 1OUHA 1DYGA 1XGRC 2DQJY 1G7IC 1HSXA 4WM4A 1FLQA 1C68A 1L87A 4UWNA 137LA 1LHKA 1QDRA 3LHMA 4N8ZA 2RAYX 4N0JA 173LA 5F14A 5LVHA 3SB8A 1ZMYL 1LYEA 1LKRA 5LA5A 1D3JA 3WULA 1L60A 2H5ZA 4LZTA 5F9UA 1CV3A 3P64A 2A7FA 1L14A 221LA 3OE9A 1L10A 1HMKA 6LYZA 3LZMA 4PRUA 3V2YA 3D4SA 1OP9B 1C6BA 1T8GA 1L75A 1L77A 3HT9A 3W3EA 3AYQA 3DNAA 1LZNA 157LA 3C80A 1SQ2L 1L94A 1L24A 2BQNA 1IWVA 4TUNA 1GHLA 4H90A 1EQ5A 2ZNWY 3HU9A 4G9SA 113LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 153L A;  1LZY A;  5LAF A;  1LJJ A;  4KXI A;  5D5C A;  5FCP A;  1C08 C;  1FKV A;  2BPU A;  3AJN A;  2G4P A;  4LT2 A;  2ZYP A;  1HER A;  2AUB A;  4NG8 A;  1LMT A;  4DDA A;  3WU8 A;  4BAF A;  5IEL A;  2GV0 A;  4OW1 A;  2W1L A;  4DYG A;  1OUE A;  4H9E A;  1XEJ A;  2EQL A;  4LT3 A;  5KKJ A;  1JIS A;  1G7M C;  2LHM A;  5KXW A;  2ZQ3 A;  1IWZ A;  1LZS A;  1KXX A;  4ZFP A;  5IDD A;  2A7D A;  2C8O A;  1F0W A;  4N9R A;  208L A;  2XTH A;  5K7O A;  1LSF A;  1O23 A;  1YAQ A;  4HJY A;  4NSI A;  1FLW A;  4XJF A;  1JSE A;  5LAG A;  3A34 A;  1GF9 A;  5APD A;  1WVU A;  1ZVH L;  3P4Z A;  4HP0 A;  1HFY A;  1LSZ A;  4HTK A;  3FI7 A;  2FBB A;  4MCK A;  4NEB A;  135L A;  4NSJ A;  4XJI A;  1GE4 A;  1B7P A;  1JJ3 A;  1HEN A;  1YIL A;  1GEZ A;  2MEE A;  3HFM Y;  3WVX A;  1AT5 A;  1LJ3 A;  5B1F A;  1UAC Y;  1LSG A;  3W6E A;  4PPO A;  4YOP A;  3F6Z A;  4G4H A;  5M1Y A;  4B1A A;  2BQG A;  2ZWB A;  4N1C C;  3A94 A;  2W1M A;  2HED A;  4NG1 A;  5HNL A;  5LVI A;  4D9Z A;  2LZT A;  3WXU A;  1GFG A;  1LZR A;  5ILC A;  4ANR A; 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 1BVK C;  2HEB A;  2NWD X;  2ZIK A;  4UWU A;  4U3X B;  5LYZ A;  1DZB X;  4Z41 A;  1BB3 A;  5KXX A;  3AW6 A;  1LMQ A;  1LJN A;  4H8X A;  1GEV A;  4DD0 A;  2HEE A;  1B7L A;  1B5U A;  1FBI X;  4GCF A;  5FST A;  3WPJ A;  4C5F A;  1BWI A;  5HLL A;  5KXL A;  1B0D A;  1GXV 2;  1IEE A;  1BWH A;  1GBY A;  3A3Q A;  2Z38 A;  3ULR A;  3WVY A;  1LSM A;  3EMS A;  1NQI A;  1JWR A;  5T3F A;  4J0L A;  1D0M A;  1GB7 A;  1OUJ A;  1GFT A;  1OUF A;  1QDT A;  1OUI A;  1YKY X;  2D91 A;  1HEL A;  1UIC A;  4NGZ A;  4R6C A;  4B4I A;  3P65 A;  8LYZ A;  1LSY A;  1LZ6 A;  2FYC A;  2YBH A;  4WLT A;  4MST A;  1OUA A;  5LVH A;  1BB5 A;  1GDW A;  1KIR C;  4DDC A;  2DQE Y;  5I4W A;  1WQM A;  1LZG A;  1CKF A;  1IY3 A;  1GF4 A;  2YBM A;  2YSS C;  207L A;  4YM8 A;  1J1X Y;  3QY4 A;  4IAS A;  4H9I A;  1NHE A;  4H9A A;  1WTM A;  3WW5 A;  4WL7 A;  1H6M A;  1LZ5 A;  3N9E A;  2G4N A;  1C46 A;  1EL1 A;  1BGI A;  4DD7 A;  4OWA A;  4C3W A;  4G4C A;  1WQO A;  4H9C A;  5C6I A;  1JKA A;  4PRQ A;  1FDL Y;  3AB6 A;  3AZ6 A;  2DKV A;  1UID A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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