4I0CA

The structure of the camelid antibody cabhul5 in complex with human lysozyme
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A nanobody binding to non-amyloidogenic regions of the protein human lysozyme enhances partial unfolding but inhibits amyloid fibril formation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Immune system/hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 48
structure length 130
sequence length 130
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i0cA00
4KPMA 2F4GA 2HU3A 5B59A 7LYZA 1B5YA 1GF6A 1LSGA 1XFPL 4J1AA 2CWIA 3WULA 4IJ4A 1IP5A 193LA 1DPWA 1GB6A 1LSFA 1UUZC 2BLYA 2Z39A 1GWDA 1HSWA 1JSFA 2XBRA 4DD3A 6LYTA 3ZVQA 4QGZA 4HTNA 2YBJA 4HPEA 1LYZA 1IO5A 1DZBX 3AB6A 2EIZC 1TCYA 1VDTA 1VEDA 2BQIA 4LZTA 4PPOA 4LFXA 1TDYA 3CT0A 1HEPA 1GFGA 1LZTA 207LA 4H94A 1B2KA 5APEA 2YDGA 1LHIA 2Z38A 1DI5A 1GFAA 1HENA 1VFBC 3B72A 4TWSA 4WO9A 5ILFA 4RLMA 3A3QA 1GF3A 1IP6A 1LJ4A 4WL7A 4B0DA 1VATA 1G7JC 2EQLA 5KXNA 4H8XA 4ETCA 2Z18A 3KAMA 1IOQA 3M18B 4NGOA 3W3EA 1IIZA 1OQMA 5B05A 1D9UA 3WU9A 3WW5A 5C6JA 1GD6A 1BB6A 1LSDA 2BQOA 2H5ZA 4LYCA 1D6PA 2X0AA 4MCKA 1LMCA 1GXXA 2CJLA 3EXDA 1UC0A 1D6QA 4B1AA 4YF2A 4LFPA 1DI4A 4WM5A 5K7OA 1BHZA 5I4XA 4R6CA 3A93A 1GBZA 1JTTL 2FYCA 4EMNA 1LSMA 4MSTA 1HF4A 1GF4A 208LA 4LT2A 4OWCA 5APFA 4DDCA 4LT3A 2Q0MX 4BAPA 5HLLA 2I25L 1CKDA 1UIEA 1LZBA 3B0OA 4QEQA 1QTKA 1FDLY 5F14A 2FBBA 1QUTA 4XENA 1XEIA 5HQ1A 1C43A 4HSFA 1OUIA 1LYYA 1W6ZA 1A4VA 1LTMA 4DD7A 1NWGA 1XEKA 1QSWA 2GV0A 2H9JA 3P64A 2LZ2A 3WPLA 1GFVA 4BAFA 1GFHA 4XADA 5DN4A 5HNCA 5LYMA 4PRUA 1OUHA 1LZ8A 1YL1X 1LZ4A 1I56A 2DBTA 4NIJA 1B7OA 4GCCA 4DD9A 5LA5A 3TXIA 1GDWA 2DQHY 2BQJA 5I54A 4II8A 2ZYPA 5ILCA 3A3RX 4GCBA 1GBSA 4DC4A 5KXMA 1C10A 1LYOA 2D91A 1VDQA 1O23A 1LJ3A 4ETEA 1J1PY 1GBOA 2G4QA 4NGVA 2ZYCA 1B5WA 2MEIA 1HEWA 4J0LA 4NSJA 1XGUC 3G3AB 1GF5A 4PJ2C 3WVXA 1GEVA 2MEDA 4O34A 3MGWA 3P68A 1YAOA 1LMNA 5I53A 3GXRA 5I4YA 3TMUA 4LYBA 1OUDA 1BB5A 1LZCA 1UIHA 5DM9A 1JITA 1OUGA 4DYGA 1NKHA 2YSSC 2Z2EA 3IJVA 1I20A 1UBZA 4H8ZA 3B6LA 1IVMA 2I6ZA 4D9ZA 3A92A 3W6FA 1QSAA 1OUJA 1HMKA 3AZ7A 4B49A 5LINA 3AYQA 1YL0X 4XYYA 4B4JA 4TTDA 1LHMA 4NSHA 2HEFA 4FDYA 1DXJA 1BWJA 1GEZA 1B5XA 4G4CA 5KXZA 5LVIA 4NGJA 3WVYA 2MEHA 3J6KA 4OWHA 4ZEEA 1GHLA 1GFJA 1HEMA 1JTOL 2MEFA 3LYMA 5C6IA 4C5FA 4Z46A 4HV1A 1DQJC 4I0CA 1JIYA 1IWUA 4WLDA 1LZRA 2BLXA 3OJPA 4RW1A 1GBYA 5J7CA 3TXGA 4WM4A 3WH1A 1LMQA 4CFOA 4EOFA 1NBYC 2ZQ4A 1H87A 4LT0A 1JISA 4E3UA 1B7SA 3RT5X 5KXYA 3IWRA 2IFFY 3QE8A 1LAAA 1B7QA 4LYZA 1LHJA 1B9OA 4H9FA 4IATA 1LHLA 3RU5A 1C46A 1IOTA 1GB0A 1C7PA 1BQLY 1HFZA 1LSBA 2YBLA 1HHLA 5FELA 1IX0A 1G7MC 5JENB 4W94A 5LYZA 1GE2A 4H9BA 1BB4A 2BQAA 1GPQC 2BQBA 1JJ1A 4HTKA 1EL1A 3TXKA 5F9UA 1T6VL 4G9SA 4NSGA 1FN5A 1KXXA 4WM2A 1IEEA 2Z2FA 3W6AA 1AM7A 3LN2A 4H9EA 2DQJY 1IR9A 2YBMA 4B4EA 1BGIA 1GF9A 4RDSA 1J1OY 3CT5A 1C45A 1JKDA 3AZ5A 1UIAA 4H92A 3P65A 5LA8A 5LVJA 1RFPA 2YVBA 1LZEA 1LZ5A 1IOSA 1LSZA 1UIDA 4FJRA 1LMOA 1CKCA 5HNLA 4RLNA 4ET9A 1TEWA 3P4ZA 4NG1A 1GDXA 1LJFA 4GLAA 5FCPA 5L3IA 2EPEA 3TMXA 3LZTA 2YBHA 3M3UA 4HTQA 1D0LA 4WLXA 3SP3A 4NG8A 5LVGA 5F16A 1NDMC 1KIPC 4G49A 5IDDA 4TSBA 1HNLA 1REZA 4AXTA 3A91A 1AT5A 5FDJA 1OUCA 2HEDA 1CKGA 3TMWA 1B7LA 4ZIXA 2D4JA 1LSPA 4G4HA 2F2NA 1HEQA 4KT3A 1G7IC 1JEFA 2F30A 1ZV5L 4R0FA 2FBDA 1INUA 1ZMYL 3HBDA 4ML7A 4PRQA 2D4IA 2HU1A 4DD1A 153LA 1LZYA 1PS5A 1B7MA 3QY4A 1LHKA 3TXDA 1GB9A 1AT6A 1YAMA 5E9RA 5II3A 2LHMA 1UA6Y 2WARA 4HV2A 4TSCA 1IORA 1IR7A 1IC5Y 1J1XY 2Z12A 2Z37A 4LGKA 2MECA 5M1YA 1DKJA 1NF5A 2ZIKA 4N1CC 4XJDA 4XN6A 5LIOA 3WU7A 4GCEA 2HEAA 1HELA 1WQNA 1BB3A 2D4KA 2MEBA 3CQLA 3D9AC 4H9HA 3W6DA 3D3DA 5KXSA 3RZ4A 3ATOA 4WM6A 1FLWA 1GFKA 1GE3A 4LYTA 1FKVA 3TXHA 4UWNA 1B5UA 4H1PA 1LJIA 1GE4A 4H93A 3TMVA 1LCNA 1OUFA 4H9IA 2CGIA 5A3ZA 1DI3A 2DQGY 1JKAA 1ZVYB 2ZNXY 5LAGA 5B07A 4GN4A 1B5ZA 1GB2A 3QNGA 1GBWA 2HECA 1FLQA 4ETAA 1EQ5A 4GN3A 1YKXX 5EBHA 1F6SA 1CNSA 2DQEY 4KXIA 1ZVHL 2EKSC 1NBZC 2DQFC 1YROA 2RSCA 4YENA 1IOCA 4A7DA 1AZFA 4KL7A 1GAZA 4YEMA 5KXXA 1GAYA 1RE2A 1YKZX 1LZAA 1CKFA 2AUBA 1IWTA 5APDA 1WTNA 4WG1A 2DQDY 1LZ9A 1JJ3A 3VWOA 2Z19A 3AGHA 4LT1A 3CSRA 5B1GA 4P2EA 1LJNA 4IASA 4WG7A 1LSEA 3K3TA 2H9KA 4H90A 3W6CA 1I1ZA 133LA 1LYSA 2DQIY 4HPIA 3WL2A 2G4PA 4HJYA 4NHIA 5DLAA 5KKJA 5LYTA 1GFUA 1VDPA 1LJGA 1NHEA 1YANA 5LAFA 1LZGA 1WQOA 1DKKA 4HJVA 1F10A 1TAYA 5LXWA 1UIGA 1OP9B 3HFMY 1OUAA 4NGLA 5KY1A 1UIFA 1GF8A 1YILA 2A7DA 1JPOA 3T6UA 1JTPL 2ZQ3A 1HSXA 1KXWA 1GFEA 2XTHA 4GCFA 3TXJA 2ZILA 1LZDA 4N8ZA 1HFXA 1LPIA 4DWXA 4DT3A 1NDGC 4N1EI 1JHLA 2F4AA 1D0MA 4DDBA 3BKVA 4MR1A 3T36A 1N4FA 134LA 1CJ8A 3AW7A 4CFPA 1FBIX 2MEAA 1ALCA 1BWHA 2D6BA 4OWBA 1BVKC 5E4PA 1IWVA 1GE0A 3LZ2A 4NSIA 1LMTA 4DD2A 4Z3MA 5C6LA 5IELA 3WXUA 5KKIA 2BQLA 5FHWA 1B5VA 1IWXA 1YAQA 3EBAB 4WOAA 3WW6A 2VB1A 1HEOA 1HFYA 3A90A 3P66A 1QDRA 2C8OA 2IHLA 3A94A 1IP2A 3AGGG 3N9CA 2LYOA 3OK0A 1GB7A 5B1FA 4XJHA 4ANRA 5KXOA 1CJ6A 1EQEA 4CGEA 2BAAA 1QTEA 1KIRC 2HEEA 3ATNA 1EQ4A 1A2YC 2ZNWY 1BVXA 4H9AA 1REXA 5B06A 4WO6A 4ETBA 1QUSA 1YQVY 1LSCA 2HUBA 4NWEA 1IC4Y 1G7LC 1LSNA 1GB3A 3WUNA 4C3WA 4N0JA 3TXEA 1WTMA 3B0IA 1FKQA 4WM1A 4LYOA 5D5FA 3AW6A 1NMMA 1WQMA 2BQKA 2CDSA 5F9XA 1UCOA 1JWRA 1LKSA 2BQCA 4WLTA 3ZVQB 4M4OA 1MLCE 5I5QA 1JKBA 1GB8A 4RW2A 4M6DA 4NEBA 1YIKA 4J7VA 4NHQA 4XJFA 1IP4A 2DQAA 1UIBA 1LJJA 1RJCB 1VDSA 3AJNA 1LJHA 1IP3A 4ZFPA 5KJ9A 5I4WA 2YBIA 2XBSA 3HBHA 1REMA 4NFVA 1LJEA 3EO5A 3LYOA 3HBEX 5APCA 1QQYA 2PC2A 3WXTA 1C08C 2W1YA 3B0KA 1FLYA 4N9RA 4NWHA 3G3BB 1E8LA 5KXTA 4OWEA 4YM8A 3N9AA 3WMKA 2C8PA 2W1LA 3A96A 1BB7A 1LZ1A 4OOOA 4UWUA 3CT1A 4WM3A 3GXKA 5AMYA 4Z41A 2MEGA 5L9JA 4NHPA 4XJIA 1AKIA 4HP0A 3W6BA 5KXLA 5HMVA 5FEKA 4NHTA 1F6RA 1WQPA 1GBXA 2G4NA 5FSTA 5KXRA 5KXWA 2HEBA 154LA 1GFRA 1XSFA 2I26L 4NGIA 3TXFA 2BQDA 4OOTA 1LSAA 1JSEA 4AGAA 2ZWBA 2DQCY 1WQRA 1BWIA 1JUGA 1B7NA 4LYMA 1CKHA 3RW8A 2A7FA 3W6EA 4NGYA 4HJZA 6LYZA 1B7PA 1B0DA 3FE0A 4J1BA 3RNXA 1OUBA 4CJ2A 4PGJB 1LMAA 5LVHA 1P2CC 1SLYA 1XEJA 1IWZA 4GLVA 4H91A 1B7RA 2MEEA 3WYHA 3CB7A 3FI7A 4QDNA 1JJ0A 1GF7A 4G4BA 3A67Y 1SQ2L 4BADA 2LYMA 2N5ZA 3LYZA 4H9CA 3WU8A 4NGKA 4H8YA 4YOPA 4OW1A 3LHMA 1LOZA 2B5ZA 1KIQC 1LZNA 4Z98A 3CSZA 4X3BA 8LYZA 1IP1A 1IC7Y 3A8ZA 4CHXA 9LYZA 4L41A 2W1MA 1Z55A 4TX7A 3A95A 1NQIA 1HMLA 1YAPA 1LZSA 4ET8A 2Y8PA 1VAUA 2BQEA 4NGWA 1GB5A 1GE1A 3AZ4A 3A34A 3LYTA 1XGQC 4NY5A 4TUNA 4N5RA 4QY9A 1UACY 2NWDX 3AGIA 1XGTC 3AZ6A 5D5CA 4GCDA 3IJUA 3WPKA 3WUAA 1TBYA 1F0WA 2LZTA 3ULRA 4XJGA 1UICA 4U3XB 5KXPA 1W08A 3J4GA 4UWVA 194LA 1G7HC 1LJKA 4BS7A 135LA 5DN5A 3N9EA 1WVUA 2ZIJA 1IWYA 1T3PA 4NHSA 4I8SA 5LVKA 3WUMA 4DD0A 5KXKA 4OWAA 3ZEKA 1CJ7A 1MELL 5L3HA 1WQQA 1LSYA 1QDTA 1LMPA 4YEOA 5IHGA 1CJ9A 1LZ6A 5DL9A 4DDAA 1D0KA 1FLUA 2BQNA 5F81A 1IP7A 1HERA 2YBNA 4WMGA 1REYA 1IY4A 1OUEA 1GFTA 5A3EA 3CSQA 132LA 1PZYA 1RI8B 2DKVA 2BPUA 3A6CY 4ETDA 2BQHA 1IWWA 4W96A 3A6BY 3WPJA 1DPXA 2BQMA 1WVVA 3E3DA 2FYDA 1JKCA 4PHIA 3EMSA 4WL6A 1V7TA 1RCMA 4B4IA 1HC0A 3BKHA 4XJBA 2XJWA 4GN5C 2LYZA 1V7SA 2HTXA 4NGZA 3F6ZA 1LHHA 1IY3A 5HMJA 2BQFA 1YKYX 1GF0A 1XGRC 2W1XA 1XGPC 5T3FA 1GXV2 3TXBA 1IR8A 1H6MA 1KXYA 1LKRA 1QIOA 2BQGA 4WLYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2F4GA 7LYZA 1B5YA 3WULA 4IJ4A 2BLYA 1UUZC 1HSWA 2XBRA 4HPEA 1DZBX 1TCYA 1TDYA 3CT0A 151LA 3DMXA 4DQ7A 219LA 2Z38A 1VFBC 1G0GA 1L30A 3A3QA 1IP6A 2A4TA 7LZMA 3M18B 4NGOA 1SWZA 3WU9A 1TLAA 3HH3A 3HU8A 2H5ZA 2B72A 4K5YA 1D6PA 1L98A 3EXDA 1D6QA 4B1AA 4YF2A 1DI4A 235LA 1JTTL 4EKPA 4LT2A 1L37A 4OWCA 103LA 4BAPA 1UIEA 144LA 2FBBA 1G0MA 1QUTA 1LYYA 1A4VA 1LTMA 2GV0A 1QSWA 2H9JA 3HUAA 3WPLA 1GFVA 1D9WA 1C6NA 4PRUA 1QUOA 1YL1X 3F9LA 1I56A 1L22A 3GUJA 167LA 1B7OA 5LA5A 1GDWA 1L48A 2DQHY 4II8A 5ILCA 1C10A 1L95A 2D91A 1O23A 157LA 2ZYCA 2MEIA 201LA 256LA 223LA 4LYBA 1OUDA 4I7JA 162LA 5DM9A 2Z2EA 4YXAC 3W6FA 1OUJA 1HMKA 1QT8A 216LA 1CV0A 3AZ7A 4B49A 4XYYA 4TTDA 3GULA 1CV3A 4NSHA 1GEZA 1B5XA 4NGJA 3WVYA 3J6KA 1GHLA 1GFJA 1JTOL 4Z46A 1LYDA 4I0CA 1JIYA 3WH1A 1NBYC 2B73A 4LT0A 1JISA 4E3UA 4EKSA 4I7MA 262LA 1LHLA 3DNAA 1C6GA 1OVHA 2YBLA 1G7MC 2L78A 2BQAA 175LA 1G0KA 230LA 1IEEA 2QARC 2RB0X 2Z2FA 3LN2A 2RBRA 2YBMA 1BGIA 1J1OY 1L52A 1JKDA 1LZEA 2Z6BA 4FJRA 1CKCA 5HNLA 1ZWNA 4NG1A 1GDXA 5L3IA 4GLAA 3M3UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4KPM A;  2F4G A;  2HU3 A;  5B59 A;  7LYZ A;  1B5Y A;  1GF6 A;  1LSG A;  1XFP L;  4J1A A;  2CWI A;  3WUL A;  4IJ4 A;  1IP5 A;  193L A;  1DPW A;  1GB6 A;  1LSF A;  1UUZ C;  2BLY A;  2Z39 A;  1GWD A;  1HSW A;  1JSF A;  2XBR A;  4DD3 A;  6LYT A;  3ZVQ A;  4QGZ A;  4HTN A;  2YBJ A;  4HPE A;  1LYZ A;  1IO5 A;  1DZB X;  3AB6 A;  2EIZ C;  1TCY A;  1VDT A;  1VED A;  2BQI A;  4LZT A;  4PPO A;  4LFX A;  1TDY A;  3CT0 A;  1HEP A;  1GFG A;  1LZT A;  207L A;  4H94 A;  1B2K A;  5APE A;  2YDG A;  1LHI A;  2Z38 A;  1DI5 A;  1GFA A;  1HEN A;  1VFB C;  3B72 A;  4TWS A;  4WO9 A;  5ILF A;  4RLM A;  3A3Q A;  1GF3 A;  1IP6 A;  1LJ4 A;  4WL7 A;  4B0D A;  1VAT A;  1G7J C;  2EQL A;  5KXN A;  4H8X A;  4ETC A;  2Z18 A;  3KAM A;  1IOQ A;  3M18 B;  4NGO A;  3W3E A;  1IIZ A;  1OQM A;  5B05 A;  1D9U A;  3WU9 A;  3WW5 A;  5C6J A;  1GD6 A;  1BB6 A;  1LSD A;  2BQO A;  2H5Z A;  4LYC A;  1D6P A;  2X0A A;  4MCK A;  1LMC A;  1GXX A;  2CJL A;  3EXD A;  1UC0 A;  1D6Q A;  4B1A A;  4YF2 A;  4LFP A;  1DI4 A;  4WM5 A;  5K7O A;  1BHZ A; 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 1IC7 Y;  3A8Z A;  4CHX A;  9LYZ A;  4L41 A;  2W1M A;  1Z55 A;  4TX7 A;  3A95 A;  1NQI A;  1HML A;  1YAP A;  1LZS A;  4ET8 A;  2Y8P A;  1VAU A;  2BQE A;  4NGW A;  1GB5 A;  1GE1 A;  3AZ4 A;  3A34 A;  3LYT A;  1XGQ C;  4NY5 A;  4TUN A;  4N5R A;  4QY9 A;  1UAC Y;  2NWD X;  3AGI A;  1XGT C;  3AZ6 A;  5D5C A;  4GCD A;  3IJU A;  3WPK A;  3WUA A;  1TBY A;  1F0W A;  2LZT A;  3ULR A;  4XJG A;  1UIC A;  4U3X B;  5KXP A;  1W08 A;  3J4G A;  4UWV A;  194L A;  1G7H C;  1LJK A;  4BS7 A;  135L A;  5DN5 A;  3N9E A;  1WVU A;  2ZIJ A;  1IWY A;  1T3P A;  4NHS A;  4I8S A;  5LVK A;  3WUM A;  4DD0 A;  5KXK A;  4OWA A;  3ZEK A;  1CJ7 A;  1MEL L;  5L3H A;  1WQQ A;  1LSY A;  1QDT A;  1LMP A;  4YEO A;  5IHG A;  1CJ9 A;  1LZ6 A;  5DL9 A;  4DDA A;  1D0K A;  1FLU A;  2BQN A;  5F81 A;  1IP7 A;  1HER A;  2YBN A;  4WMG A;  1REY A;  1IY4 A;  1OUE A;  1GFT A;  5A3E A;  3CSQ A;  132L A;  1PZY A;  1RI8 B;  2DKV A;  2BPU A;  3A6C Y;  4ETD A;  2BQH A;  1IWW A;  4W96 A;  3A6B Y;  3WPJ A;  1DPX A;  2BQM A;  1WVV A;  3E3D A;  2FYD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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