4I0CA

The structure of the camelid antibody cabhul5 in complex with human lysozyme
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A nanobody binding to non-amyloidogenic regions of the protein human lysozyme enhances partial unfolding but inhibits amyloid fibril formation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Immune system/hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 48
structure length 130
sequence length 130
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i0cA00
4J0LA 4BAFA 4WG1A 3WUAA 5A3EA 1LKRA 4C3WA 3LHMA 4NGIA 4XENA 4R0FA 4GLAA 1LSAA 4G4CA 4H9BA 4NHTA 1GE2A 1GXXA 1VDTA 3A94A 5FSTA 4Z98A 5LYZA 4ETCA 2MEFA 1QDRA 3EXDA 4NWEA 5LVKA 1A4VA 1IEEA 3P68A 1GF8A 1GFTA 1LMOA 1LSBA 1OUIA 2DQIY 4H94A 4WM5A 3TMWA 1F6SA 2D4IA 1GXV2 6LYTA 4CFOA 4H9HA 2GV0A 4WM6A 4ETAA 4XN6A 1JTTL 1CJ8A 1HNLA 1CKGA 1J1XY 1B5UA 3BKVA 2ZIJA 3WL2A 2LYOA 4B4IA 1BB3A 1I56A 1C45A 1DI3A 1AM7A 1ZMYL 4HPEA 4HTNA 1GE0A 1HFYA 1LZ8A 4WM2A 4H8XA 1LZRA 1LZNA 3IJUA 2LYZA 1GWDA 5HQ1A 2N5ZA 1LSEA 3QNGA 1ALCA 1F10A 2BLXA 4P2EA 2H5ZA 1FN5A 1JSEA 1RCMA 132LA 3TMXA 4LFPA 2BQBA 1GB9A 2HU3A 5C6IA 1IOQA 1JUGA 2LYMA 4W96A 1LJFA 1LJEA 4GLVA 4NY5A 5LIOA 1ZVYB 5LVHA 1QSAA 1VAUA 1LZGA 4IJ4A 4W94A 5LXWA 1FLQA 3FI7A 1LZCA 3W6CA 1LYZA 1WQNA 1JKAA 4RW1A 1C10A 1GB6A 1VATA 1D9UA 4RDSA 4WL6A 4DD0A 3W6BA 3A6BY 1HEQA 3QE8A 1NBZC 4J1AA 1BGIA 1LZ5A 4N5RA 1BWHA 2YBMA 2DQHY 1IWZA 4XJGA 5F14A 4GCDA 1UACY 1LZ4A 3A67Y 4LYCA 4WLYA 3RT5X 1LZYA 2Y8PA 4WG7A 3VWOA 1UIEA 5FDJA 1GF6A 1VDQA 1YILA 4GCCA 1LSCA 1VEDA 2CWIA 1CNSA 4G49A 4LYBA 2EPEA 208LA 4OWHA 1LZ6A 4WLXA 1D0MA 4NSHA 5DL9A 4B0DA 3HBEX 1LZSA 1NHEA 2HUBA 3IJVA 1XGQC 3P64A 2HEEA 2DQEY 4BS7A 4OWBA 1QDTA 3LYZA 5DM9A 1OUCA 1LYOA 2ZWBA 4HP0A 2ZNWY 4DT3A 3LN2A 3LZTA 4HJYA 3ZEKA 2F4GA 3RU5A 1AZFA 1GE1A 2LZTA 4GCBA 5F9UA 3WXUA 5KKIA 1GF3A 2RSCA 1O23A 2AUBA 1BVXA 1DQJC 2G4NA 4LYOA 4CFPA 4H91A 1E8LA 5F81A 4H1PA 4I8SA 4OWCA 3RNXA 1IP4A 1CKCA 1JWRA 4ETBA 1FLYA 1B5YA 1G7JC 5IDDA 3AZ6A 4YEOA 1W08A 1PS5A 4ZEEA 1LZDA 1VDPA 1JITA 4WO9A 1I1ZA 5LVGA 2CGIA 1MELL 1NBYC 2Z39A 1LCNA 2VB1A 1EQEA 1BB4A 3TXKA 1D0LA 1LOZA 1IP3A 3AGHA 1YAPA 1GEZA 1WQQA 1LMTA 2Z18A 1DZBX 1B5XA 2B5ZA 3A6CY 4J1BA 4B49A 5LA5A 2Z19A 1IC5Y 2MEIA 5L3IA 1OUBA 1UIHA 1IWVA 1FKQA 1REYA 4H9FA 1OUEA 5L9JA 3E3DA 4GCEA 1B5VA 3G3BB 3HBHA 3A8ZA 1HEMA 5ILFA 2YBNA 1TAYA 4N9RA 1INUA 1YL1X 3LZ2A 3W3EA 1GE4A 2MEHA 1LJ3A 3EO5A 2WARA 5HNLA 4HJZA 4B4EA 1GBWA 3WMKA 3EMSA 1YKZX 1IC7Y 1QUSA 4NIJA 5DN4A 1IO5A 1D6PA 4DD7A 3WUNA 4NGVA 1KIRC 2C8OA 2PC2A 4MSTA 1Z55A 3LYOA 4O34A 1TBYA 1C46A 4NHSA 4PPOA 1LSPA 2MEDA 4Z3MA 1JIYA 2BQLA 4QDNA 1OUDA 1JKBA 1GDXA 1HF4A 4NFVA 1GBXA 3A34A 4RW2A 1B7MA 4WL7A 1GE3A 3ZVQB 4ET8A 1WVUA 1GB5A 3BKHA 4WO6A 2G4PA 4H9AA 4U3XB 1RE2A 1D0KA 2Z2EA 4AXTA 4QGZA 1OUGA 4LYTA 2Z2FA 3A95A 3LYMA 1DI4A 4NHIA 1GFRA 1BQLY 3ATOA 3A91A 1GB0A 4NG8A 1JTPL 7LYZA 1ZV5L 1OP9B 3F6ZA 4C5FA 1FKVA 2W1YA 5APFA 1V7TA 1H87A 1GFVA 3A3RX 4WMGA 1GFKA 4DC4A 1I20A 2ZILA 1CJ9A 1HHLA 3WVYA 1RFPA 3EBAB 1B7QA 1BB6A 1HFZA 1QTEA 2MECA 1B7NA 3TXEA 1LHLA 1JISA 1LHHA 2HU1A 1BVKC 3MGWA 3W6DA 5KXMA 3WU8A 1NQIA 2DQFC 3OJPA 2A7DA 5APDA 2IHLA 1BB5A 1HFXA 4LYMA 1GFGA 5D5FA 1LJNA 1LKSA 4NG1A 4WOAA 1WQOA 1NDGC 4DYGA 5FCPA 4M4OA 1F0WA 3W6EA 1HMKA 1KXYA 5I4YA 2YBLA 5HNCA 1LZAA 4H90A 4LZTA 3B0OA 1KXWA 4TX7A 3RZ4A 5B07A 3M3UA 1XEJA 2EQLA 1LHJA 3CSZA 3P65A 3T36A 3TXHA 1HEOA 4ETEA 4ANRA 4X3BA 2HEDA 1LHMA 4UWUA 1JKCA 2W1LA 4XJBA 5HMVA 2EIZC 1LSZA 3WYHA 1DKKA 1LPIA 5A3ZA 9LYZA 3K3TA 1YAOA 2YBJA 4LGKA 1GBOA 1C43A 3WVXA 4DD3A 4XJDA 5I54A 3HFMY 4XJFA 2A7FA 4IATA 4LT3A 5HMJA 3P66A 4H9EA 1EQ5A 2BQNA 5EBHA 3WH1A 1CJ6A 1B0DA 1SQ2L 2I25L 1IY4A 4E3UA 1GEVA 4PRUA 4H93A 1GB8A 1IWXA 1HELA 1REZA 5FELA 4TSCA 2W1MA 5KKJA 1LZ9A 1GPQC 3B0KA 1SLYA 1LJGA 1YIKA 3QY4A 1HMLA 193LA 2ZQ3A 133LA 4OWEA 1XEIA 1GF0A 2BQJA 2NWDX 4YENA 5APEA 3AB6A 4CGEA 5LYTA 5T3FA 4B4JA 3KAMA 4ZFPA 1NDMC 1YAMA 4MR1A 3RW8A 3WPKA 1LMNA 5ILCA 1GFUA 5KXYA 4NGWA 1OUFA 1LJKA 3AZ4A 1G7LC 1JJ0A 3CT0A 1TEWA 2F2NA 1XGTC 1GFJA 3CSRA 4HPIA 4FJRA 1DKJA 4GN4A 4Z46A 5KY1A 1UBZA 1IOSA 5LVJA 1IIZA 4WM1A 5I4XA 2MEBA 4A7DA 2DKVA 2YSSC 4TSBA 1B5WA 3WULA 3W6FA 1LZTA 5KXKA 1B2KA 4ML7A 5J7CA 1IR9A 5KJ9A 1BB7A 5KXWA 4HJVA 4CHXA 1WVVA 1LMCA 3AYQA 3AW6A 4NGJA 1UA6Y 3P4ZA 5II3A 2LZ2A 1LHKA 1LJ4A 4TUNA 3B72A 5F9XA 1PZYA 5D5CA 1GFHA 2BQOA 1CJ7A 2YDGA 1UIAA 2MEAA 1IWUA 3A92A 1JEFA 3W6AA 1IR8A 3WU9A 1IORA 4WLTA 2BQKA 1OUHA 4DDAA 2ZQ4A 4ET9A 1IX0A 1GB2A 4NGOA 3G3AB 1KIQC 3CSQA 3FE0A 4XJHA 1IP5A 1DPXA 5KXTA 4DD1A 5IHGA 1WQPA 1YQVY 1MLCE 1OUAA 1LMAA 4OW1A 1RI8B 5AMYA 1CKFA 1IP2A 4WLDA 1LJIA 4WM3A 5KXXA 1QSWA 4DWXA 1HENA 1WTNA 1IC4Y 3ULRA 4GN3A 1QTKA 2XTHA 1GBSA 3TXIA 4TWSA 1B7PA 4HSFA 1H6MA 2HEBA 4LT2A 3ATNA 1B5ZA 1XGRC 4KPMA 1FLUA 3J6KA 1IY3A 4TTDA 1LZEA 1WQRA 4G4BA 4XJIA 5B1FA 5KXPA 2ZYPA 3WPLA 5LINA 1VDSA 4PJ2C 1IOCA 3WW5A 4DD9A 2ZNXY 5KXOA 4B1AA 1T3PA 1YKYX 1UC0A 3N9CA 3TXGA 3WUMA 1HEWA 1V7SA 1UIFA 3J4GA 4H8YA 4G4HA 4L41A 3HBDA 4LYZA 1LAAA 1XSFA 1HSXA 4OWAA 2HTXA 1JTOL 4H9IA 4LT1A 1LYYA 4KXIA 4H9CA 1YANA 4HTQA 1UICA 2DQJY 5FEKA 4D9ZA 1HC0A 1LSNA 2XBRA 1GAYA 2YBIA 1B7OA 5E4PA 2FYDA 1XFPL 5KXRA 4PGJB 3WW6A 2EKSC 3OK0A 1AT5A 5LVIA 1G7HC 1P2CC 2D4JA 2DQAA 3GXRA 1B7SA 3A93A 134LA 154LA 1UUZC 1GAZA 5HLLA 1IP1A 3GXKA 2CDSA 1HEPA 5M1YA 2BQCA 1RJCB 1YAQA 2XBSA 1FLWA 2BAAA 3M18B 5KXZA 5B05A 4HV2A 1LSMA 5F16A 4AGAA 2DQDY 2HECA 2YVBA 3WU7A 2F30A 1UIGA 1TCYA 4NHPA 4DD2A 2D91A 4QEQA 1XGUC 2CJLA 2HEAA 4NEBA 2F4AA 1REXA 3TMUA 1ZVHL 3B6LA 1VFBC 3CT1A 4WM4A 1GF4A 1LSFA 5JENB 1QIOA 3N9AA 4N1CC 5L3HA 2BPUA 4YF2A 153LA 1FBIX 4FDYA 4DDCA 2DBTA 1IR7A 1AT6A 1YROA 2FYCA 2Z12A 1NMMA 2MEEA 1T6VL 2IFFY 1GB3A 4NGLA 5APCA 3AGIA 4XADA 2BQIA 194LA 2HEFA 4RLMA 4UWNA 2MEGA 2DQCY 2DQGY 3ZVQA 1JKDA 1LMQA 2Q0MX 4RLNA 1YKXX 4N0JA 1JJ3A 1UIBA 5I5QA 5KXSA 4MCKA 3IWRA 5I53A 2I6ZA 1JPOA 1G7MC 2BQGA 1JJ1A 4R6CA 3WPJA 4DDBA 1AKIA 1LZBA 1J1PY 2G4QA 1IOTA 1JHLA 5LAFA 2C8PA 6LYZA 1A2YC 5B1GA 1LSGA 1C08C 2BQDA 1LSYA 4N8ZA 3TXJA 2I26L 1GB7A 4ETDA 5KXNA 2BQAA 135LA 1GD6A 3AZ5A 4G9SA 1IWWA 4QY9A 1XGPC 2Z38A 5LAGA 1KIPC 1NKHA 3WXTA 4BAPA 4CJ2A 3T6UA 2BQMA 4GCFA 4NGYA 1GBZA 1LYSA 1OUJA 1UCOA 4OOTA 1IWYA 5B59A 1WQMA 4IASA 1LJHA 1C7PA 1DI5A 4EMNA 1GBYA 1LMPA 4NWHA 4NSJA 4EOFA 1NWGA 5C6LA 1CKHA 1HERA 1N4FA 3A90A 3TXDA 4I0CA 1XEKA 1LSDA 1JSFA 1OQMA 1IP7A 1KXXA 2X0AA 2Z37A 1B7RA 3AGGG 3CB7A 4II8A 4PRQA 3LYTA 1WTMA 3B0IA 1GFAA 4M6DA 3D9AC 3AJNA 1LHIA 5DLAA 1REMA 3N9EA 4YOPA 207LA 4LFXA 3A96A 2XJWA 4HTKA 4LT0A 3TXFA 5K7OA 1B9OA 2YBHA 4YM8A 2FBDA 3TXBA 4YEMA 5KXLA 1QUTA 4BADA 5B06A 3D3DA 1IP6A 1BHZA 3A3QA 4KL7A 1BWJA 4PHIA 3AZ7A 8LYZA 4NGKA 1LJJA 4KT3A 1EL1A 1B7LA 3TMVA 1UIDA 2BQEA 4H92A 4N1EI 5LA8A 2W1XA 4NSGA 1BWIA 2LHMA 4ZIXA 4GN5C 1GF7A 2BQHA 2D4KA 2H9JA 4UWVA 4HV1A 5DN5A 1DPWA 1DXJA 1FDLY 5C6JA 1GF5A 4NHQA 1GDWA 2ZIKA 2ZYCA 3CQLA 4H8ZA 1W6ZA 4NGZA 2D6BA 5I4WA 1NF5A 5FHWA 1EQ4A 1CKDA 2BLYA 2H9KA 1G7IC 3CT5A 1GFEA 5LYMA 4NSIA 1LTMA 1GHLA 1QQYA 1TDYA 4Z41A 1LZ1A 5IELA 4OOOA 3SP3A 2BQFA 1IVMA 5E9RA 1D6QA 4XYYA 3AW7A 2FBBA 1HSWA 1YL0X 1F6RA 1GF9A 1IWTA 1J1OY 4J7VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4J0LA 3WUAA 1LKRA 4NGIA 191LA 4G4CA 4H9BA 4NHTA 3P68A 1OUIA 2DQIY 2O79A 1F6SA 3SB9A 3OE6A 4XN6A 1L21A 1CKGA 1J1XY 1BB3A 1P5CA 1LZ8A 4H8XA 3IJUA 180LA 1GWDA 2N5ZA 1C6DA 132LA 3TMXA 1L80A 1KNIA 2BQBA 1GB9A 2HU3A 1IOQA 1CV3A 4W96A 4NY5A 1VAUA 4K5YA 1JTMA 1LZCA 1LYZA 1C6TA 4DD0A 182LA 3A6BY 1BWHA 1IWZA 5F14A 3A67Y 4ARLA 1GF6A 1VDQA 1YILA 1LSCA 1CU3A 1OYUA 4B0DA 4I7MA 1QT5A 3HWLA 3P64A 1L33A 2ZWBA 218LA 2ZNWY 3LN2A 3LZTA 1LI3A 2F4GA 1OV5A 1OWZA 4AQNA 1L45A 1GF3A 2RSCA 1O23A 1DQJC 4CFPA 4H91A 1IP4A 1L65A 1FLYA 5IDDA 1EPYA 3HUAA 5LVGA 1NBYC 3SBBC 2VB1A 1P64A 3AGHA 3OE8A 1GEZA 1LMTA 1DZBX 1PQOA 2Z19A 5LA5A 1OUBA 1UIHA 3HTFA 1L86A 4H9FA 1OUEA 4GCEA 1L47A 3A8ZA 242LA 1HEMA 5ILFA 3V2YA 1YL1X 4HJZA 1CX7A 1IC7Y 4DJHA 3HH4A 1D6PA 1LYGA 4I7TA 1L37A 1L06A 211LA 4O34A 1Z55A 3LYOA 167LA 2B6ZA 4NHSA 4PPOA 4Z3MA 2BQLA 247LA 1L42A 3A34A 4RW2A 1GE3A 4ET8A 1L20A 4AXTA 4QGZA 3DNAA 3A95A 197LA 3OE9A 158LA 1BQLY 201LA 4NG8A 4W52A 3HDFA 1H87A 2B6YA 178LA 157LA 3D4SA 3WVYA 1L48A 1L58A 1LYFA 1QTEA 2MECA 119LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J0L A;  4BAF A;  4WG1 A;  3WUA A;  5A3E A;  1LKR A;  4C3W A;  3LHM A;  4NGI A;  4XEN A;  4R0F A;  4GLA A;  1LSA A;  4G4C A;  4H9B A;  4NHT A;  1GE2 A;  1GXX A;  1VDT A;  3A94 A;  5FST A;  4Z98 A;  5LYZ A;  4ETC A;  2MEF A;  1QDR A;  3EXD A;  4NWE A;  5LVK A;  1A4V A;  1IEE A;  3P68 A;  1GF8 A;  1GFT A;  1LMO A;  1LSB A;  1OUI A;  2DQI Y;  4H94 A;  4WM5 A;  3TMW A;  1F6S A;  2D4I A;  1GXV 2;  6LYT A;  4CFO A;  4H9H A;  2GV0 A;  4WM6 A;  4ETA A;  4XN6 A;  1JTT L;  1CJ8 A;  1HNL A;  1CKG A;  1J1X Y;  1B5U A;  3BKV A;  2ZIJ A;  3WL2 A;  2LYO A;  4B4I A;  1BB3 A;  1I56 A;  1C45 A;  1DI3 A;  1AM7 A;  1ZMY L;  4HPE A;  4HTN A;  1GE0 A;  1HFY A;  1LZ8 A;  4WM2 A;  4H8X A;  1LZR A;  1LZN A;  3IJU A;  2LYZ A;  1GWD A;  5HQ1 A;  2N5Z A;  1LSE A;  3QNG A;  1ALC A;  1F10 A;  2BLX A;  4P2E A;  2H5Z A;  1FN5 A;  1JSE A;  1RCM A;  132L A;  3TMX A;  4LFP A;  2BQB A;  1GB9 A;  2HU3 A;  5C6I A;  1IOQ A;  1JUG A;  2LYM A;  4W96 A;  1LJF A;  1LJE A;  4GLV A;  4NY5 A;  5LIO A;  1ZVY B;  5LVH A;  1QSA A;  1VAU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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