4I7KA

T4 lysozyme l99a/m102h with toluene bound
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 65
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7kA00
3HUQA 144LA 3HU8A 184LA 1DYGA 3C7YA 3GUPA 1CU2A 4DKLA 1C63A 1C6AA 1L05A 6LZMA 1L29A 2RB1X 1L74A 169LA 241LA 232LA 1SWYA 209LA 3L2XA 4IAPA 1P56A 176LA 1L38A 3DN2A 1L10A 1L51A 1L64A 3GUIA 1L19A 3HUAA 2F2QA 3DN4A 4PJZA 3G3VA 3D4SA 1C64A 1OYUA 2RBRA 5I14A 1JQUA 1LYFA 181LA 1L23A 250LA 3SBBC 3GUOA 141LA 3LZMA 3CDRA 1L85A 1L72A 1D2WA 2B75A 2RBOA 242LA 118LA 3GUMA 172LA 3VW7A 131LA 151LA 1PQOA 1CU6A 1L33A 2B6WA 3DN6A 1L39A 4S0WA 4W53A 4W55A 1L86A 1LW9A 1CUPA 2Q9EA 1T6HA 1T8FA 2RH1A 103LA 1L91A 259LA 1DYCA 3HT9A 3L64A 186LA 1CV0A 1KY1A 1L37A 1C6DA 3C8RA 212LA 4YXAC 1L61A 4EKRA 1L34A 1QTDA 3ODUA 3GUKA 217LA 262LA 1LYJA 1K28A 178LA 1G1WA 174LA 4EKSA 1L94A 187LA 1CU3A 149LA 2RAZX 2OEAX 104LA 238LA 4W59A 5LZMA 4I7QA 1C6PA 4E97A 3F9LA 145LA 146LA 1LYEA 1NHBA 255LA 2LC9A 3C7WA 164LA 4LZMA 4PK0A 1L14A 1L80A 3DN0A 189LA 1C6FA 1L09A 7LZMA 123LA 1L18A 1L42A 2LCBA 1SX7A 1PQKA 245LA 219LA 2OE9X 111LA 3DMXA 2RBQA 1PQMA 1SSWA 3QAKA 1DYDA 1L92A 1QSBA 2IGCA 1L93A 1P2LA 1QTZA 236LA 243LA 2CUUA 4OO9A 1LYDA 1G1VA 1L82A 234LA 162LA 2B6YA 1L73A 3C8QA 218LA 1QT3A 1QT8A 1SX2A 1CU0A 1L65A 1LYGA 1L40A 1D3NA 171LA 1L71A 2RB2X 127LA 3C82A 1QS5A 1T8GA 1CVKA 200LA 2NTHA 120LA 188LA 1OVKA 233LA 1G0KA 1WTHA 129LA 3C83A 1QSQA 1L89A 1CX7A 216LA 1L97A 1LI6A 139LA 1L21A 1QTVA 1G0GA 1L49A 1L01A 4GRVA 4ARMB 3G3XA 1XJUA 3HH5A 3HTFA 3HT7A 222LA 254LA 1L68A 1QUHA 1KY0A 1L30A 2ANXA 3GUJA 3SN6R 191LA 3CDQA 1L75A 220LA 1L66A 137LA 4ARQA 253LA 1G0PA 4I7OA 252LA 148LE 2F47A 3SB7A 1KNIA 261LA 1D2YA 2B72A 152LA 3HTDA 1QT5A 2B70A 1L0KA 1C6LA 1L11A 1G07A 258LA 158LA 3C7ZA 1L04A 1LYHA 3DNAA 1L32A 1L53A 147LA 1G0JA 1LI3A 1DYAA 3OE9A 4ARLA 128LA 2RBNA 155LA 4EXMA 1ZYTA 1LGWA 2RB0X 249LA 2B6TA 2HULA 1DYBA 1L50A 3FI5A 1L35A 3NY9A 3HWLA 1L00A 3V2WA 239LA 108LA 1QUGA 109LA 1L62A 114LA 3DMVA 1L63A 2OE7X 3HDFA 1L46A 2Q9DA 156LA 4I7RA 2B6ZA 1I6SA 1T8AA 1P3NA 1LLHA 2QB0B 1L52A 196LA 161LA 2L78A 4ARJA 163LA 3PDSA 3DN3A 1QS9A 198LA 1L28A 4DAJA 125LA 4LDLA 2O4WA 199LA 1L12A 2OE4X 1P37A 211LA 157LA 1C6IA 3HH4A 227LA 1CV4A 4LDEA 1L17A 1L0JA 183LA 206LA 3GULA 1L16A 1CU5A 119LA 4I7SA 1OVJA 1L15A 1L20A 143LA 1CV3A 1L25A 1L44A 1C6BA 1L26A 165LA 1P64A 3HTBA 4W54A 1C61A 1L99A 1QTBA 166LA 226LA 1TLAA 1C6MA 221LA 2OTZX 1L58A 3F8VA 1L22A 3HH6A 3NYAA 107LA 173LA 3SBAA 1L48A 168LA 3DN1A 160LA 1CV5A 195LA 3V2YA 1T97A 1L07A 1KS3A 3DKEX 1LGXA 1ZURA 1P2RA 2Z6BA 1L90A 1L47A 1L79A 1L08A 235LA 3HUKA 2QARC 1D9WA 3K2RA 231LA 4W57A 142LA 1QTHA 1G06A 223LA 1D3FA 1QUDA 1L06A 1C6EA 130LA 3SB5A 167LA 4I7KA 3FADA 1C6QA 1L02A 4LDOA 159LA 3SB8A 248LA 1C6TA 1C65A 1L70A 140LA 3NY8A 3HH3A 3CDVA 197LA 1DYEA 3OE0A 1L36A 1P46A 2ANVA 1L76A 225LA 1CTWA 1CX6A 1L31A 175LA 246LA 2OU8A 247LA 1PQDA 1QT7A 1LYIA 4EPIA 4EKQA 1SWZA 1LPYA 1D3MA 256LA 4ARPA 3UONA 1LGUA 1L03A 1SSYA 1L41A 1C6GA 2RBSA 115LA 2A4TA 1C6JA 4I7LA 4I7JA 1JTNA 1L57A 3HU9A 4EJ4A 1LWGA 1L45A 1C69A 4W58A 4DJHA 1DYFA 2RBPA 1PQIA 138LA 1P7SA 1L56A 1OWZA 122LA 2OTYX 3CDTA 4ARQB 3DMZA 3SB6A 1L60A 1B6IA 4K5YA 2B73A 2LZMA 1L87A 1L13A 1G0QA 1L69A 1L84A 1G0LA 2B7XA 150LA 2OU9A 3FA0A 4W56A 1CV6A 215LA 2B6XA 4EPFA 1C67A 1L67A 2F32A 1L96A 180LA 1L88A 4YXCA 1L95A 3HTGA 1JTMA 3CDOA 110LA 1C68A 1P36A 1C6CA 3G3WA 1QT6A 213LA 3JR6A 192LA 229LA 240LA 1L98A 251LA 1XJTA 126LA 1L55A 1QT4A 3C8SA 3RUNA 4I7NA 185LA 3HDEA 4ZPUA 2HUKA 1C60A 4EKPA 113LA 3SB9A 3OE8A 1XEPA 260LA 3C81A 3HT8A 2HUMA 1L83A 1C66A 1C6HA 3EMLA 228LA 3OE6A 1KW5A 182LA 4W51A 1C6NA 1C6KA 4I7TA 1ZWNA 1QTCA 4AQNA 2B74A 1P6YA 2RAYX 230LA 2O7AA 201LA 1L59A 3GUNA 4YX7C 1OV5A 1L43A 3DN8A 1L77A 1C62A 1G0MA 1KW7A 4GBRB 1L27A 210LA 1CV1A 112LA 170LA 237LA 224LA 1CUQA 102LA 3C80A 3RZEA 1EPYA 3PBLA 1OV7A 214LA 257LA 2O79A 4ARMA 1P5CA 1L54A 1LWKA 1D3JA 1L24A 1QUOA 2OU0X 4W52A 177LA 1PQJA 190LA 3HT6A 1L81A 205LA 2NTGA 1OWYA 1OVHA 4I7PA 4I7MA 1LI2A 244LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
144LA 1C10A 1GF7A 4X3BA 1C6AA 1L05A 1YROA 1LMTA 1UIEA 1JKDA 169LA 232LA 209LA 4OWCA 3AB6A 1AT5A 1L19A 2F2QA 4PJZA 3D4SA 2MEDA 1G7LC 207LA 4PJ2C 1JQUA 3P4ZA 3A90A 1LYYA 1L23A 3GUOA 141LA 1GF0A 194LA 1JSFA 242LA 2BQCA 4R6CA 1GF5A 1OUCA 4DDAA 4W53A 4W55A 1CUPA 1T6HA 1T8FA 5F81A 4DWXA 2G4NA 4YXAC 2BQIA 1G7HC 3A67Y 4XJIA 1QTDA 3WW6A 3F6ZA 4C5FA 5KXPA 2D4KA 1LHJA 1G1WA 2DKVA 5HNCA 5LVHA 4I7QA 146LA 1YILA 1BQLY 4G49A 255LA 2LC9A 4LZMA 4PK0A 4EMNA 4NGYA 2HEAA 4H8XA 1GFGA 111LA 3DMXA 1CJ9A 1DYDA 1AKIA 1QSBA 2IGCA 1P2LA 2BQLA 1OUGA 243LA 1VATA 1L82A 5HNLA 4HP0A 234LA 162LA 2B6YA 2XBRA 3C8QA 2BQKA 4GN5C 3A6CY 1LSZA 1LMPA 1C45A 1LYGA 5LYZA 1LHKA 3C82A 1QS5A 2NTHA 2ZIKA 129LA 1L89A 216LA 4H9FA 4YF2A 1LI6A 139LA 5KXNA 1G0GA 4ARMB 1HEOA 4GRVA 4W94A 4M6DA 222LA 1UIAA 254LA 1L68A 4DQJA 1UIFA 1LJJA 3W6DA 2BPUA 4UWNA 1JEFA 5K7OA 253LA 135LA 4DC4A 3WVYA 2G4QA 1HEQA 4OWBA 1D2YA 3CSQA 5LYMA 1G07A 158LA 3IWRA 1L53A 4LT2A 1ZVHL 1LI3A 1HF4A 5LAFA 4II8A 4EXMA 1XSFA 4N1EI 4GLVA 2HULA 1DYBA 4CFPA 1GEVA 1LMNA 2LYOA 2ZNWY 1CJ6A 4WOAA 3V2WA 108LA 4GCDA 1GFTA 109LA 3DMVA 114LA 2OE7X 2Q9DA 3TMWA 1CNSA 3WUAA 1TEWA 196LA 161LA 4ARJA 4B49A 163LA 198LA 4DAJA 2O4WA 1DI3A 2MEAA 2OE4X 1P37A 4LDEA 1L0JA 206LA 1L16A 1CU5A 119LA 4HTNA 1GD6A 3W3EA 1RCMA 5APFA 4H90A 143LA 4B4IA 165LA 2Z37A 4W96A 4W54A 1GE3A 1IR9A 1QTBA 4H8ZA 166LA 226LA 1JTPL 2XTHA 1C6MA 1NF5A 2EQLA 1L22A 1XGTC 3NYAA 107LA 4RLMA 3DN1A 1VDSA 1JPOA 2EPEA 1ZURA 5LA8A 1D6PA 1P2RA 3WYHA 2Z6BA 4NHPA 1L90A 1QDRA 2I26L 1IO5A 1L06A 1QUTA 5JENB 130LA 1UIDA 5B1FA 4I7KA 1QTEA 1JJ3A 1F10A 159LA 3SB8A 1YIKA 4LT0A 1C6TA 4NGWA 1GBSA 3ZEKA 197LA 1L76A 1QIOA 1CX6A 1L31A 5A3ZA 247LA 1PQDA 1LYIA 4EPIA 1XEJA 1B7SA 1SWZA 4TX7A 4Z98A 5C6IA 4ML7A 4ARPA 1IOQA 5I4YA 1EQEA 1XFPL 1IWUA 2A4TA 1REMA 1YKZX 5E9RA 2HECA 1LWGA 4HV2A 1UACY 4W58A 4DJHA 138LA 1BWJA 1G7JC 4ET9A 1LJNA 2B73A 1L87A 1L13A 1L69A 1LCNA 2B7XA 5F16A 3ULRA 1TDYA 5B06A 1L67A 2F32A 1L96A 2I6ZA 4YXCA 3HTGA 4DDCA 4DT3A 110LA 1C68A 5KKIA 1P36A 3BKVA 4NHTA 1B2KA 5FDJA 4H8YA 192LA 240LA 1LSGA 4NSGA 1LYSA 5KXTA 3QNGA 3SB9A 4DQ5A 1XEPA 5B07A 2HUMA 1IC5Y 2DQAA 1C66A 1WQOA 3EMLA 3OE6A 1KW5A 182LA 4I7TA 1J1OY 4DD2A 2RAYX 2YBHA 2MEHA 153LA 1L77A 4GBRB 4OWAA 1FKVA 1L27A 210LA 1LZ8A 1WQRA 4J1BA 4DD1A 3CQLA 1LYOA 1SLYA 4KL7A 1CUQA 1GB0A 102LA 3D3DA 3PBLA 4H9HA 4NHSA 1P5CA 4ETAA 5KXMA 5KXWA 4LYZA 1GFVA 5AMYA 4NWHA 2LYMA 2OU0X 4NFVA 4W52A 4IASA 4MR1A 1FN5A 4HTKA 4BAFA 1IWTA 1JKBA 1WQNA 4I7PA 1IWZA 1B7OA 3TXGA 3LZ2A 1DYGA 1CU2A 1HFXA 1C63A 4RW2A 4G4HA 6LZMA 4CHXA 3WMKA 4WM6A 4WG7A 3CT5A 3W6BA 2BAAA 1XEIA 2BQGA 2FBDA 3DN2A 3WXTA 5B59A 1L10A 1L51A 3LZTA 3G3VA 4ETBA 4ANRA 5I14A 1RJCB 4H93A 181LA 1T6VL 1GFJA 1GBYA 1GAYA 4WLXA 1GBZA 4TTDA 1OUHA 3LZMA 1GE1A 4LYMA 1L72A 1B7MA 2YBIA 2RBOA 2Z2EA 3GUMA 3VW7A 131LA 151LA 1PQOA 5HLLA 1CU6A 3AZ5A 1HEWA 2HEEA 2DQJY 4LFPA 1L33A 1JJ1A 2ZIJA 1L39A 4S0WA 1L86A 1LW9A 1KIPC 4XENA 1GB8A 1FLYA 2FBBA 2HEDA 3A96A 2BQJA 3HT9A 1YKYX 186LA 1KY1A 1FLWA 4H9IA 1HNLA 1C46A 2DQIY 2BQEA 3WPJA 1TBYA 217LA 4U3XB 1V7TA 1LJIA 5I54A 3ATNA 1REZA 3GXKA 2I25L 2RAZX 1LSNA 1GWDA 4UWVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 144L A;  1C10 A;  1GF7 A;  4X3B A;  1C6A A;  1L05 A;  1YRO A;  1LMT A;  1UIE A;  1JKD A;  169L A;  232L A;  209L A;  4OWC A;  3AB6 A;  1AT5 A;  1L19 A;  2F2Q A;  4PJZ A;  3D4S A;  2MED A;  1G7L C;  207L A;  4PJ2 C;  1JQU A;  3P4Z A;  3A90 A;  1LYY A;  1L23 A;  3GUO A;  141L A;  1GF0 A;  194L A;  1JSF A;  242L A;  2BQC A;  4R6C A;  1GF5 A;  1OUC A;  4DDA A;  4W53 A;  4W55 A;  1CUP A;  1T6H A;  1T8F A;  5F81 A;  4DWX A;  2G4N A;  4YXA C;  2BQI A;  1G7H C;  3A67 Y;  4XJI A;  1QTD A;  3WW6 A;  3F6Z A;  4C5F A;  5KXP A;  2D4K A;  1LHJ A;  1G1W A;  2DKV A;  5HNC A;  5LVH A;  4I7Q A;  146L A;  1YIL A;  1BQL Y;  4G49 A;  255L A;  2LC9 A;  4LZM A;  4PK0 A;  4EMN A;  4NGY A;  2HEA A;  4H8X A;  1GFG A;  111L A;  3DMX A;  1CJ9 A;  1DYD A;  1AKI A;  1QSB A;  2IGC A;  1P2L A;  2BQL A;  1OUG A;  243L A;  1VAT A;  1L82 A;  5HNL A;  4HP0 A;  234L A;  162L A;  2B6Y A;  2XBR A;  3C8Q A;  2BQK A;  4GN5 C;  3A6C Y;  1LSZ A;  1LMP A;  1C45 A;  1LYG A;  5LYZ A;  1LHK A;  3C82 A;  1QS5 A;  2NTH A;  2ZIK A;  129L A; 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