4I7OA

T4 lysozyme l99a/m102h with 2-amino-5-chlorothiazole bound
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 62
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7oA00
3G3VA 4I7OA 5LZMA 1LPYA 2O79A 3CDOA 1L32A 1L37A 4I7RA 139LA 2RBRA 1LWGA 141LA 1L0JA 1SSYA 1L49A 4W53A 1L06A 1TLAA 1L67A 4ARQB 4GRVA 123LA 3C7WA 1QTBA 3DN1A 196LA 4ARPA 4YXAC 228LA 126LA 3HT8A 1L0KA 184LA 1CU2A 1D9WA 1L69A 188LA 1C6NA 1L73A 242LA 3DN4A 3V2WA 158LA 1L75A 4EKQA 1K28A 2F2QA 3ODUA 3C80A 1G0KA 257LA 252LA 4PK0A 4EXMA 1LGUA 173LA 3F8VA 1DYAA 1L45A 236LA 1L77A 3DN6A 1EPYA 197LA 1ZURA 1L17A 183LA 4I7NA 1PQIA 195LA 2QARC 1G06A 248LA 1CU6A 1CUQA 1L28A 1L48A 205LA 254LA 1KW5A 1CU5A 2O7AA 3L64A 1XJTA 3NY8A 144LA 3SN6R 1LYJA 1SX7A 1L52A 1C69A 233LA 3CDVA 4ARLA 3HH5A 1OYUA 220LA 1OWZA 1L55A 1CV3A 2OU8A 2RBSA 3DMVA 3PBLA 3G3WA 3C81A 147LA 1D3MA 3FA0A 4S0WA 3HH4A 118LA 3PDSA 1C6EA 3OE8A 2IGCA 2L78A 2OU0X 1L20A 229LA 1L86A 2ANXA 176LA 1LYHA 3GULA 1QTHA 1L34A 1L26A 1L19A 2LCBA 3K2RA 3G3XA 1L11A 180LA 111LA 1C6LA 1QT7A 1PQMA 3OE6A 4I7KA 1C62A 110LA 1L01A 1L84A 1L65A 191LA 1G0JA 185LA 209LA 128LA 1OV5A 3GUPA 256LA 1D2WA 1JQUA 1ZYTA 3C83A 151LA 1G0GA 3OE0A 4W56A 3SB6A 231LA 3DNAA 1L54A 113LA 149LA 1CV5A 1D3JA 1C67A 259LA 2F47A 1SWZA 1L94A 1XJUA 1L10A 1C6BA 1JTNA 3HT6A 3C82A 1XEPA 206LA 255LA 162LA 1LGXA 1P6YA 1QT5A 3SB9A 1PQKA 1C63A 1L95A 3GUIA 1T8FA 3LZMA 1PQOA 103LA 1L47A 249LA 4I7SA 1LW9A 2RB2X 4W51A 4EKSA 125LA 170LA 137LA 3C7ZA 1G1WA 3SB5A 1G07A 3DN3A 1P64A 1L79A 3EMLA 2Q9DA 3C7YA 1KW7A 1LYEA 213LA 3RUNA 164LA 3GUOA 192LA 199LA 1L00A 1L08A 1L90A 1OVKA 1L40A 2HUKA 1T8AA 1SX2A 3HDEA 2HULA 1L89A 1T97A 4I7JA 2NTHA 221LA 2RAYX 3DMXA 1DYBA 1L38A 2OE4X 3GUNA 1L43A 3NY9A 225LA 1C6JA 1ZWNA 172LA 211LA 2O4WA 120LA 1C66A 175LA 1G1VA 1L82A 227LA 230LA 1L68A 3GUJA 1C65A 1QTCA 1G0MA 238LA 4EPFA 1WTHA 2QB0B 1L18A 1T6HA 262LA 2B6TA 1C60A 3SB8A 245LA 1L59A 216LA 1L58A 4DKLA 112LA 1L39A 1G0QA 1L66A 1T8GA 2B70A 1QUOA 2LZMA 232LA 1PQDA 1LI2A 1P5CA 4ZPUA 1CV1A 1L05A 1G0LA 2RB0X 198LA 1D2YA 1L88A 142LA 1L09A 3NYAA 1DYEA 2LC9A 2Q9EA 1LYIA 1L24A 1LYDA 4LZMA 1KNIA 182LA 1L76A 3JR6A 1L57A 1C6AA 1SSWA 1B6IA 3C8SA 2HUMA 4W54A 1L56A 224LA 1L70A 155LA 1P2RA 1OVJA 1QTVA 1L30A 1QUHA 3F9LA 3VW7A 109LA 4W55A 4LDLA 1C6HA 1C68A 140LA 246LA 1L04A 2RBPA 127LA 187LA 5I14A 1QT8A 1QUDA 3HTGA 1P37A 1L51A 178LA 1C61A 1L35A 167LA 2RH1A 3HTDA 165LA 1QT6A 1L31A 3CDQA 1CVKA 3D4SA 146LA 1P7SA 1L15A 3C8QA 169LA 3FI5A 1L71A 3HT7A 3HUAA 168LA 119LA 3C8RA 2CUUA 4LDOA 2B73A 251LA 4I7QA 1L13A 1OV7A 1DYDA 1L02A 2B74A 2F32A 1C6IA 1OVHA 1OWYA 217LA 131LA 250LA 1L41A 4EPIA 152LA 1LGWA 1L22A 1L36A 201LA 3UONA 1L62A 1QSBA 4YXCA 3HU8A 1L85A 4DAJA 174LA 4I7PA 122LA 1G0PA 1CX7A 161LA 1QT4A 1L14A 2B6ZA 226LA 166LA 3HH3A 163LA 2OTZX 1D3NA 223LA 2RB1X 107LA 143LA 2ANVA 181LA 1CUPA 129LA 210LA 258LA 189LA 200LA 3DN0A 1P3NA 2B75A 2OE7X 3CDTA 3SBAA 1KS3A 4ARMA 1L60A 1I6SA 1C64A 4IAPA 237LA 2RAZX 1L25A 1L61A 1LWKA 212LA 2OE9X 218LA 219LA 2B6XA 1L80A 4E97A 148LE 1L21A 1C6DA 1DYFA 102LA 1CV4A 115LA 2RBOA 1QTZA 4AQNA 3HH6A 171LA 4W58A 1CV0A 4YX7C 177LA 234LA 1L12A 3HTBA 1C6CA 3SB7A 104LA 1C6MA 235LA 1L99A 1DYGA 1L33A 3L2XA 2OTYX 1QTDA 3RZEA 240LA 3HDFA 1CU3A 4I7TA 190LA 239LA 3DKEX 1L74A 4K5YA 1L63A 186LA 1C6KA 3V2YA 4I7MA 1LYFA 243LA 1P46A 1L93A 4EKPA 1C6PA 4I7LA 261LA 2Z6BA 1C6GA 150LA 160LA 3CDRA 1L42A 4W59A 1QS5A 1NHBA 1D3FA 1QSQA 156LA 4ARJA 7LZMA 3HUQA 1L03A 1QT3A 244LA 130LA 4ARMB 1L29A 1L98A 1LYGA 138LA 1LI6A 1P36A 1L23A 1P56A 3HTFA 1C6FA 1L50A 4DJHA 3HUKA 1L53A 4W57A 1C6TA 1SWYA 2RBQA 4ARQA 1DYCA 241LA 4OO9A 1QS9A 260LA 1L81A 6LZMA 159LA 1CU0A 3DN8A 3SBBC 253LA 3HWLA 1L72A 114LA 214LA 3DMZA 4EJ4A 3GUMA 3QAKA 215LA 2B6WA 2B6YA 145LA 2A4TA 1L64A 1KY1A 1L46A 2OEAX 1L87A 2NTGA 3FADA 1L16A 1L83A 1L97A 1CTWA 1L27A 1LI3A 222LA 1CX6A 1CV6A 2RBNA 4W52A 1L96A 3DN2A 3OE9A 1L44A 1L92A 1P2LA 1C6QA 2OU9A 108LA 1QUGA 2B7XA 3HU9A 1L91A 4LDEA 3GUKA 247LA 2B72A 4GBRB 1PQJA 4EKRA 1LLHA 157LA 1JTMA 1L07A 1KY0A 3HT9A 4PJZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ZEEA 1I20A 1HSXA 1LPYA 3LHMA 4NSIA 1LWGA 2D6BA 4W53A 1L06A 123LA 1UC0A 2Z39A 4ARPA 1JSEA 3HT8A 2PC2A 1UIDA 1D9WA 5KXTA 1IOCA 1C6NA 3V2WA 5I53A 1LZYA 4EKQA 1K28A 4BAPA 1JKBA 3A34A 257LA 5KJ9A 1LGUA 173LA 2MEDA 3F8VA 1GB5A 197LA 2F30A 1LJ4A 5B07A 183LA 4H9EA 4I7NA 1LMPA 3A92A 2QARC 5LYMA 1CUQA 1L28A 2N5ZA 2HUBA 134LA 3W6AA 3LYMA 3ATOA 144LA 3J6KA 1SX7A 1LHIA 4HSFA 1IOTA 1QTEA 4UWUA 1OUBA 3A95A 1OWZA 1CV3A 3DMVA 2A7FA 5J7CA 1GAZA 1KIRC 2ZNWY 3HH4A 1EQ4A 3PDSA 2Q0MX 3A90A 2BQJA 5LVKA 1C7PA 2ZYCA 176LA 1UACY 5HMJA 1L26A 1QTKA 2LYMA 2BLXA 1C6LA 1B7QA 3AZ5A 1XFPL 3WU8A 185LA 1WTMA 1GF8A 1OV5A 3WU9A 4WLXA 1ZYTA 1B7RA 3SB6A 3OE0A 4W56A 4FDYA 2MECA 1L54A 4DWXA 1GFRA 1CV5A 1WQRA 1CKDA 1GBZA 3N9EA 1L94A 5LYZA 4RDSA 1O23A 255LA 1B9OA 1B5ZA 1P6YA 5DM9A 1DPWA 1T8FA 3LZMA 103LA 1L47A 1DQJC 1D0LA 3WVYA 2RB2X 4W51A 1GE0A 3C7ZA 1DZBX 1C45A 4H9BA 3SB5A 3DN3A 2YVBA 1L79A 1VFBC 5LA8A 4XJDA 3RUNA 1GFJA 5LVGA 3HDEA 1SX2A 1HF4A 2HULA 4KL7A 1L89A 1JEFA 4XYYA 1LZBA 1DYBA 2OE4X 3WU7A 3GUNA 1LMCA 1YL1X 1WQPA 227LA 1GF6A 3WL2A 1C65A 1OUJA 1IWUA 3AYQA 3HBDA 1AT6A 2YBNA 4H9HA 4PGJB 4NSGA 5KXRA 2B6TA 245LA 1L59A 4H1PA 1IC7Y 4WM5A 4GN3A 1B7MA 1LMNA 1TCYA 4R6CA 4C3WA 1LI2A 4NGJA 3AW7A 1L05A 2XBSA 1GXV2 2RB0X 4H9FA 3M3UA 4TSCA 5KXPA 3WULA 1L09A 4DQ5A 1V7TA 5HNLA 1ZVHL 2EQLA 4NSHA 2HUMA 4W54A 4DQ7A 1L70A 3T36A 1L30A 3WMKA 4BAFA 109LA 5FELA 3GXRA 4TUNA 1JIYA 3B6LA 4NGKA 1L04A 4N1EI 1MELL 1B7OA 2DQCY 1QUDA 4WG1A 1IOQA 167LA 4ML7A 1QT6A 1CVKA 2ZWBA 1AKIA 4NHIA 3ATNA 1GE1A 1JISA 1L13A 1BB7A 1DYDA 4J7VA 2B74A 1YILA 2BQMA 250LA 4EPIA 3A8ZA 1VAUA 1L22A 4NHQA 1L36A 1YKXX 5I5QA 1BVXA 2CWIA 1GF4A 1B5UA 4HPEA 122LA 1CX7A 2IHLA 3W3EA 1L14A 1HEQA 226LA 163LA 4GCFA 2H9JA 3TMUA 4HP0A 1OUHA 5F9UA 181LA 1I56A 1TAYA 1XGTC 1PZYA 3DN0A 4ARMA 4LYCA 1L60A 2A7DA 3RU5A 4NGLA 1LWKA 212LA 218LA 2B6XA 4E97A 4H93A 148LE 2CDSA 3AZ7A 1GF7A 1ZV5L 2DKVA 2Z18A 102LA 1QTZA 4AQNA 1F6SA 4W58A 3TMXA 2EIZC 4DD2A 1BB4A 3RNXA 3RW8A 4DDCA 1DI5A 4QEQA 104LA 1ZMYL 2YBIA 235LA 1GFHA 2LZ2A 2OTYX 3A67Y 4H9AA 1QTDA 4N8ZA 1GDWA 1CKGA 4WMGA 1IVMA 5LINA 1SQ2L 1IX0A 1B5YA 3V2YA 1GFEA 5DLAA 2BQLA 4CHXA 3AGIA 3P65A 1C6PA 3F6ZA 2MEFA 1LHLA 5I4WA 3LZTA 160LA 1L42A 4W59A 1D3FA 1QT3A 2IFFY 2BQFA 2EPEA 1P36A 3BKHA 3HTFA 1L50A 5LVHA 4NHPA 5LVIA 4WOAA 2RBQA 1DYCA 1YL0X 241LA 135LA 4LYZA 5LYTA 3W6CA 260LA 1F6RA 1YANA 6LZMA 1HENA 3K3TA 1CU0A 4MCKA 5C6IA 4L41A 1D6QA 2XTHA 4HPIA 5ILFA 4R0FA 5HMVA 5B05A 214LA 3GUMA 2HU1A 3QAKA 2B6WA 2BQEA 2B6YA 145LA 1BWJA 1WVVA 2HTXA 2OEAX 2LYZA 1IP6A 3FADA 1GB3A 4ANRA 1L16A 1CTWA 132LA 4WO6A 1GB7A 4B0DA 1P2LA 1RE2A 2OU9A 1LSYA 2D4JA 108LA 1RCMA 2B7XA 1BB3A 1LMAA 247LA 2B72A 4J1BA 1GF9A 5DN5A 4EKRA 1OP9B 1LYOA 1BB6A 4NG1A 1GBYA 1F10A 5LIOA 1GF5A 4I7OA 2O79A 1L32A 2DQHY 1F0WA 2RBRA 2ZQ4A 1L49A 4NGZA 1TLAA 7LYZA 4GRVA 2H9KA 1QTBA 1HEOA 196LA 2XJWA 1LZAA 5II3A 184LA 1YQVY 1QDTA 3EBAB 2HEBA 1XEKA 1L69A 3WYHA 3QNGA 1JKDA 1G0KA 1GBSA 4IASA 1WQOA 5KXZA 4W94A 1DYAA 1L45A 236LA 4Z46A 2DQDY 1LTMA 4B4IA 193LA 1G06A 1RFPA 248LA 1CU6A 5KXYA 1L48A 1C46A 3QE8A 1YAPA 1OUIA 4OWHA 1HFZA 1CU5A 1FLWA 1DI4A 3GXKA 3CDVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4ZEE A;  1I20 A;  1HSX A;  1LPY A;  3LHM A;  4NSI A;  1LWG A;  2D6B A;  4W53 A;  1L06 A;  123L A;  1UC0 A;  2Z39 A;  4ARP A;  1JSE A;  3HT8 A;  2PC2 A;  1UID A;  1D9W A;  5KXT A;  1IOC A;  1C6N A;  3V2W A;  5I53 A;  1LZY A;  4EKQ A;  1K28 A;  4BAP A;  1JKB A;  3A34 A;  257L A;  5KJ9 A;  1LGU A;  173L A;  2MED A;  3F8V A;  1GB5 A;  197L A;  2F30 A;  1LJ4 A;  5B07 A;  183L A;  4H9E A;  4I7N A;  1LMP A;  3A92 A;  2QAR C;  5LYM A;  1CUQ A;  1L28 A;  2N5Z A;  2HUB A;  134L A;  3W6A A;  3LYM A;  3ATO A;  144L A;  3J6K A;  1SX7 A;  1LHI A;  4HSF A;  1IOT A;  1QTE A;  4UWU A;  1OUB A;  3A95 A;  1OWZ A;  1CV3 A;  3DMV A;  2A7F A;  5J7C A;  1GAZ A;  1KIR C;  2ZNW Y;  3HH4 A;  1EQ4 A;  3PDS A;  2Q0M X;  3A90 A;  2BQJ A;  5LVK A;  1C7P A;  2ZYC A;  176L A;  1UAC Y;  5HMJ A;  1L26 A;  1QTK A;  2LYM A;  2BLX A;  1C6L A;  1B7Q A;  3AZ5 A;  1XFP L;  3WU8 A;  185L A;  1WTM A;  1GF8 A;  1OV5 A;  3WU9 A;  4WLX A;  1ZYT A;  1B7R A;  3SB6 A;  3OE0 A;  4W56 A;  4FDY A;  2MEC A;  1L54 A;  4DWX A;  1GFR A;  1CV5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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